Method Article

בחירת קבוצות משנה מרובים סמן עם הופעות איבחונים יעיל באופן דומה

DOI:

10.3791/57738

⸱

October 11th, 2018

 ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  , 
1College of Computer Science and Technology, and Key Laboratory of Symbolic Computation and Knowledge Engineering of Ministry of Education, Jilin University, 2College of Software, Jilin University, 3Ultrasonography Department, China-Japan Union Hospital of Jilin University, 4Department of Pathogenobiology, College of Basic Medical Science, Jilin University

In This Article

Summary

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

קיימים אלגוריתמים לייצר פתרון אחד עבור dataset זיהוי ' סמן '. פרוטוקול זה מדגים את קיום פתרונות מרובים לתוצאה דומה ומציג תוכנה ידידותית למשתמש כדי לסייע לחוקרים ביו לחקור datasets שלהם בשביל האתגר המוצע. מדעני מחשב עשויים גם כן לספק תכונה זו בשלהם סמן זיהוי אלגוריתמים.

Abstract

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

סמן זיהוי היא אחת מהשאלות ביו יותר חשוב לחוקרים תפוקה גבוהה 'טכנולוגיות"ולהפיק כמעט כל האלגוריתמים זיהוי סמן קיימת תת-קבוצה סמן אחד עם מדידה מיטביים עבור dataset נתון . עם זאת, מחקר שנערך לאחרונה הפגינו את קיום קבוצות משנה מרובים סמן עם הופעות סיווג לתוצאה דומה או אפילו זהה. פרוטוקול זה מציג מתודולוגיה פשוטה לגילוי קבוצות משנה סמן עם הופעות איבחונים, טוב יותר על-ידי המשתמש ניתוק. הפרוטוקול מורכב נתוני הכנה, טעינה, סיכום מידע תוכנית בסיסית, פרמטר הכוונון, סמן ההקרנה, תוצאה ויזואליזציה, פרשנות, סמן גנטי ביאורים, exportation תוצאה והדמיה - איכות הפרסום. סמן המוצע הקרנת אסטרטגיה הוא אינטואיטיבי ומדגים כללי לפיתוח אלגוריתמים גילוי סמן. ממשק משתמש גרפי ידידותי למשתמש (GUI) פותחה באמצעות שפת התיכנות פיתון, ומאפשר ביו לחוקרים יש גישה ישירה אל התוצאות שלהם. ניתן להוריד את קוד המקור ואת המדריך של kSolutionVis http://www.healthinformaticslab.org/supp/resources.php.

Introduction

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

חקר איבחונים, נפוץ ביותר, כריית בעיות באזור ביו, מאתגר נתונים משמש לבניית מודל סיווג מאומן על שתי קבוצות של דגימות עם המדויקות ביותר אפליה כוח1, 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7. עם זאת, הנתונים הגדול שנוצר בתחום הביו-רפואי יש את הגלום "גדול p קטנה n" הפרדיגמה, עם מספר תכונות בדרך כלל הרבה יותר גדול מאשר מספר דוגמאות6,8,9. לכן, חוקרים ביו יש להפחית את הממד ....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Protocol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

הערה: פרוטוקול הבאים מתאר את פרטי ההליך האנליטי אינפורמטיקה וקודים מדומה של המודולים העיקריים. מערכת ניתוח אוטומטיות פותחה באמצעות פיתון גרסה 3.6.0 ו פנדה מודולים של פייתון, abc, numpy, scipy, sklearn, sys, PyQt5, sys, mRMR, מתמטיקה, matplotlib. החומרים אשר השתמשו במחקר זה מפורטים בטבלה של חומרים.

1. מכינים את מטריצת נתונים ושיעור תוויות

  1. להכין קובץ מטריקס הנתונים כקובץ מטריקס או פסיק-טאבים, כמופיע ב איור 1A.
    הערה: כל שורה יש את כל הערכים של תכונה, הפריט הראשון הוא שם התכונה. תכונה הוא מזהה probeset עבור ערכת הנתונים מבוסס-microarray transcriptome או מזהה ערך אחר כמו משקע ציסטאין עם....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Results

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

המטרה של זרימת עבודה זו (איור 6) היא לזהות קבוצות משנה מרובים סמן בעזרת יעילות דומה עבור dataset איבחונים. התהליך כולו מודגם על ידי שני datasets דוגמה ALL1, ALL2 מופק של זיהוי התפרסמו לאחרונה סמן ללמוד12,48. משתמש יכול להתקין kSolutionVis על פי ההוראות בהחומרים המשלימים.

Dataset ALL1 פרופיל תכונות transcriptomic 12 625 של 95 תא B ו- 33 T-cel.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Discussion

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

מחקר זה מציג פרוטוקול זיהוי ואפיון של easy-to-בצע פתרון רב סמן עבור dataset איבחונים מוגדרים על-ידי המשתמש. התוכנה שמה דגש על ידידותיות למשתמש ממשקים גמיש ייבוא/ייצוא בתבניות קובץ שונות, ומאפשר חוקרת ביו לחקור את הנתונים (dataset) בקלות באמצעות GUI של התוכנה. מחקר זה מדגיש גם את הצורך של יצירת פתרון אחד או יותר עם הופעות דוגמנות לתוצאה דומה, בעבר התעלמו רבים קיים סמן זיהוי אלגוריתמים. בעתיד, פיתח סמן זיהוי אלגוריתמים עשויים לכלול אפשרות זו על ידי רישום כל תת-קבוצות סמן ביניים עם מספיק דוגמנות הופעות.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Disclosures

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

יש לנו שאין ניגודי אינטרסים הקשורים בדו ח זה.

Acknowledgements

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

עבודה זו נתמכה על-ידי התוכנית האסטרטגית של מחקר עדיפות של האקדמיה הסינית למדעים (XDB13040400) ואת המענק הפעלה מאוניברסיטת ג'ילין. הסוקרים אנונימיים ומשתמשים בדיקות ביו היו להערכה על הערותיהם בונה על שיפור את השימושיות ואת הפונקציונליות של kSolutionVis.

....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Materials

List of materials used in this article
NameCompanyCatalog NumberComments
<חזק>חומרה
מחשב ניידLenovoX1 פחמןכל מחשב עובד. תצורה מינימלית מומלצת: שטח דיסק קשיח נוסף בנפח 1 ג'יגהבייט, זיכרון בנפח 1 ג'יגהבייט, מעבד CPU<
>שם< חזק ><חזק>חברה<<>חזק>מספר קטלוגי<חזק>הערות
<חזק>תוכנה
Python 3.0WingWareאישיכל סביבות התכנות והריצה של Python תומכות ב-Python גרסה 3.0 ומעלה
חזק

References

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Heckerman, D., et al. Genetic variants associated with physical performance and anthropometry in old age: a genome-wide association study in the ilSIRENTE cohort. Scientific Reports. 7, 15879(2017).
  2. Li, Z., et al.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Tags

Biomarker DetectionBinary ClassificationFeature Subset SelectionPerformance MeasurementGraphical User InterfaceData PreparationParameter TuningResult VisualizationGene AnnotationExport Visualization

Related Articles