כאן, אנו מציגים פרוטוקול להפקת חומצות גרעין וירוס מהירה מהדם כל וירוס-לא פעיל. החילוץ מתבצע ישירות על צינורות איסוף דם ואינו דורש שום ציוד או חשמל. השיטה אינה תלויה למתקני המעבדה וניתן להשתמש בהם בכל מקום (למשל, בבתי-חולים שדה).
מאמר שיטה
כאן, אנו מציגים פרוטוקול להפקת חומצות גרעין וירוס מהירה מהדם כל וירוס-לא פעיל. החילוץ מתבצע ישירות על צינורות איסוף דם ואינו דורש שום ציוד או חשמל. השיטה אינה תלויה למתקני המעבדה וניתן להשתמש בהם בכל מקום (למשל, בבתי-חולים שדה).
האבחון מהיר של זיהום חיוני עבור ניהול התפרצות, הסיכון הבלימה, הטיפול בחולה. אנחנו בעבר הראו שיטה מהירה המיטה איון של וירוס האבולה במהלך לקיחת דמים לבדיקות בטוח חומצת גרעין (NA) על-ידי הוספת מאגר פירוק מסחריות/איגוד ישירות לתוך צינורות איסוף דם ואקום. באמצעות גישה זו המיטה איון, פיתחנו פשוטה, מהירה ובטוחה המיטה נה החילוץ שיטת הגילוי עוקבות של וירוס בדם כל פירוק/איגוד להשבית-מאגר. החילוץ נה מתבצע ישירות על צינורות איסוף דם, דורש ציוד או חשמל.
לאחר הדם נאסף לתוך המאגר פירוק/איגוד, התוכן מעורבבים. בהטלת הצינורית ביד, ולא התערובת מודגרת למשך 20 דקות בטמפרטורת החדר. חלקיקים מגנטיים זכוכית (MGPs) מתווספים הצינור, התוכן ומערבבים על ידי flipping הצינור אוסף בעבודת יד. MGPs ואז נאספים בצד הצינור איסוף הדם באמצעות מחזיק מגנטי או מגנט, גומייה. MGPs נשטפים שלוש פעמים, אחרי התוספת של מאגר • תנאי ישירות לתוך הצינור אוסף, NAs מוכנות לבדיקות נה, כגון qPCR או לולאה איזותרמי הגברה (מנורה), ללא הסרת MGPs של התגובה. שיטת החילוץ נה אינה תלויה כלשהו למתקני המעבדה, ניתן בקלות להשתמש בכל מקום (למשל, בבתי חולים שדה ובתי החולים בידוד במחלקות). כאשר שיטה זו החילוץ נה משולב עם המנורה, מכשיר נייד, ניתן לקבל אבחון בתוך 40 דקות של אוסף דם.
במצבים התפרצות וירוס, כאשר בחולים מרותקים במחלקות בידוד חולים או כאשר נדרשת אבחנה מהירה, מדויקת, פשוטה ובטוחה בשלב של טיפול מולקולרית אבחון הכרחי הסגר לחולה הטיפול ואת הסיכון. שני האחרונים ויראלי התפרצויות, של וירוס האבולה (EBOV) במערב אפריקה (2013) והוירוס Zika בדרום אמריקה (2015), הגדילו את עניין משופרת בשלב של טיפול מולקולרית בדיקות אבחון, כגון שעתוק במהופך בתיווך לולאה איזותרמי הגברה (RT-המנורה)1,2 ו- recombinase פולימראז הגברה (RPA)3,4. RT-המנורה והן RPA הן בדיקות מולקולריות מהירה, רגיש, ספציפי שניתן לבצע על ההכנות דוגמה מפושטת. . הוירוס Zika RT-המנורה יש כבר בשילוב עם וזמינותו זרימה לרוחב (LFA), אשר יכול לזהות וירוס Zika בדגימות דם מלא שאינם מטוהרים בתוך 30 דקות1; עם זאת, עבור EBOV, אשר מסווגים חיידק קבוצה 4 סיכון והוא מדבק מאוד, הדגימות צריך להתנהל תחת אבטחה ברמה 4 תנאים (BSL-4) ו לא פעיל לפני כל הפרוצדורות האבחוניות בטוח שניתן לבצע.
שיטות איון פשוטה EBOV, כגון התוספת של פירוק מאגרי מדגם2,3,4,5, שימשו במהלך ההתפרצות; עם זאת, שיטות אלה דורשים טיפול בתנאים BSL-4 עם ציוד מעבדה, כגון ארונות אבטחה BSL-3, צנטריפוגות, חימום בלוקים, פיפטות, לכל הפחות. ציוד זה קיים בדרך כלל לא במחלקות בידוד או בבתי-חולים שדה. כדי להתגבר על האתגר הזה, נעשים ניסיונות לבצע אבחון מזוודות3ולאחר מספר מכשירים ניידים, מכונות כבר מפותחת [למשל, מכשיר נייד להפקת חומצות גרעין (NA)]6. עם זאת, עדיין דוגמאות EBOV-חיובית עליך ניתן להשבית התקנים אלה שניתן יהיה להשתמש בהם.
אנחנו דיווחו בעבר כי שיטה איון וירוס המיטה מהירה עבור EBOV7, וירוס Vaccinia, וירוס אבעבועות הפרות8 על ידי תוספת של מאגר פירוק מסחריות/איגוד אל צינורות איסוף דם ואקום רגיל, המאפשר הישיר העברה של דם מן המטופל לתוך מאגר השתקה של כרומוזום7. איון זה ישירה ומיידית בתוך מערכת סגורה מבטלת את הצורך טיפול בדגימות משתמש בכל בלימה קפדני, כגון תנאי BSL-47, הדגימות ניתן לטפל בתנאים רגילים BSL-2. שיטה זו איון היא תואמים מספר מערכות חילוץ נה, כמו רובוטים ערכות טיהור יד7; עם זאת, שיטות אלה דורשים ציוד מעבדה, כגון רובוטים, בדיקות חשמל, אשר אינם תמיד נוכח הגדרות שדה או בתוך בית החולים בידוד במחלקות.
בדו ח זה, אנו מתארים פשוטה, מהירה ובטוחה ידנית נה החילוץ שיטת זיהוי מולקולרי עוקבות של נגיף בדם כל פירוק/איגוד להשבית-מאגר. שיטת החילוץ נה אינו דורש שום ציוד שאינו בעל מגנט/מגנטי. אין צנטריפוגות, חימום בלוקים או חשמל יש צורך החילוץ נה. לפיכך, שיטה זו אינה תלויה למתקני המעבדה, ניתן בקלות להשתמש בכל מקום (למשל, בבתי-חולים שדה, במחלקות בידוד בבית החולים, או עם הגדרות משאבים נמוכה). שיטת החילוץ NA היא מהירה ופשוטה, והוא יכול לשמש ישירות בבדיקות נה במורד הזרם, כגון qPCR, RT-qPCR, מנורה או RT-המנורה. כאשר שיטה זו החילוץ נה משולב עם המנורה, מונחה הסוללה איזותרמי מכשיר נייד, ניתן לקבל אבחנה המיטה בתוך 40 דקות של אוסף דם.
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
ועדת אתיקה במחקר ביו-רפואי, בירת אזור נתן הסכמה מדעת, כל השיטות המתוארות כאן מ'מניעת מסקירה על ידי מערכת הוועדה האתית, על פי החוק הדני על פרויקטי פיתוח וזמינותו.
1. הכנה שפופרות ואקום אוסף דם וירוס איון והפקת נה מהירה
התראה: המאגר המשמש עבור פרוטוקול זה מכיל guanidinium thiocyanate (GITC) של חומרים פעילי שטח ללא יונית, שהינם חומרים מגרים. לקחת אמצעי בטיחות מעבדה המתאים ברדס זרימה ושימוש ללבוש כפפות בעת טיפול זה. הימנע כל העור, קשר עין. אם המאגר ישפך, השטח מזוהמים חייב לא להיות נקיים ישירות עם כלורמין או נתרן תת-כלורי (המרכיבים הפעילים ב "אקונומיקה") כי תערובת זו עלול להוביל להיווצרות של ציאניד רעיל ראשית, נגב המאגר שנשפך עם רקמת סופג. בשלב הבא, לנקות את השטח עם אתנול 70% ולאחר מכן עם מים, ולהשתמש בסופו של דבר, כלורמין או נתרן תת-כלורי.
2. הכנה של מאגרי לחילוץ נה
3. איסוף דם מחולים עם סימנים ותסמינים להידבקות בווירוס
התראה: לקחת אמצעי בטיחות מעבדה המתאימה בעת איסוף דם מן המטופל. ללבוש כפפות ומשקפיים. אם החולה בבידוד, אנא עקוב אחר הליכי אבטחה רמה 4.
4. פשוטה נה החילוץ של הדם כולו
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
פרוטוקול המובאת כאן פשוט ויעיל, ניתן להחיל באופן כללי על כל assay מולקולרית שיש לבצע על דגימות דם מלא זיהומיות לא פעיל עם המאגר פירוק/איגוד. שזרימת הדם איון ו נה החילוץ מוצג באיור 1, לרבות הכנת דם אוסף שפופרות ואקום7 (איור 1 א'), אוסף דם7 (איור 1B), החילוץ NA ( 1C דמויות - 1 H), וניתוח במורד הזרם NA (
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
בדו ח זה, אנו מתארים פשוטה, מהירה ובטוחה ידנית המיטה נה החילוץ שיטת זיהוי מולקולרי במורד הזרם של נגיף בדם כל פירוק/איגוד להשבית-מאגר. שיטת החילוץ נה שתואר פותחה כדי להתבצע ישירות על דגימות דם נאסף הדם ואקום צינורות אוסף המכיל את פירוק/איגוד מאגר (טבלה של חומרים)7. מאגר ספציפי חלבונית EBOV7 , הוא המרכיב הקריטי בשיטה. אחרי האוסף דם, אנו ממליצים המקננת הצינור לפחות 20 דקות7 על מנת להבטיח של איון מוחלט של המדגם. איון EBOV המיטה מבטלת את ...
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
המחברים אין לחשוף.
אנו מודים Susanne מרגריטה לופס רסמוסן וג'נסן Kolbjørn Solvej לסיוע טכני שלהם ועל לטיפול הדגימות קליניים. פרויקט זה הוא חלק. האיחוד EbolaMoDRAD, אשר קיבלה מימון חדשני רפואה היוזמה 2 Joint Undertaking תחת גרנט הסכם N ° 115843. זה Joint Undertaking מקבל תמיכה המחקר של האיחוד האירופי אופק 2020, ותוכנית חדשנות EFPIA.
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
| שם | חברה | מספר קטלוג | הערות |
|---|---|---|---|
| צינורות Vacutainer K2 EDTA (4 מ"ל) | Becton Dickinson | 368861 | |
| Plus איסוף דם | Becton Dickinson | 362725 | |
| 23G x 1 מחט | Becton Dickinson | 300800 | |
| LUER LOK מזרק (3 מ"ל) | Becton Dickinson | 309658 | |
| מחט פרפר עם צינורות הארכה עם קדח קטן | Jø rgen Kruuse A/S | 121714 | |
| 1% Virkon | Nomeco A/S | 849265 | |
| MagNA Pure LC DNA Isolation Kit I - מאגר ליזה/מחייב - מילוי | מחדש Roche Diagnostics A/S | 03246752001 | |
| MagNA Pure LC Total Nucleic Acid Isolation Kit | Roche Diagnostics A/S | 3038505001 | |
| Nunc™ צינורות קריוגניים של בנקאות ביולוגית ותרבית תאים (1,8 מ"ל) | Thermo Fisher Scientific | 375418 | |
| Nunc™ צינורות קריוגניים של בנקאות ביולוגית ותרבית תאים (3,6 מ"ל) | Thermo Fisher Scientific | 379189 | |
| Nunc™ צינורות קריוגניים של ביו-בנקאות ותרבית תאים (4,5 מ"ל) | Thermo Fisher Scientific | ||
| ™-5 מגנט | Thermo Fisher Scientific | 12303D | |
| העברת פיפטה (3.5 מ"ל) | Sarstedt | 86.1171.010 | |
| Thermo Scientific™ Samco™ פיפטות העברת קצה עדין (1.5 מ"ל) | Thermo Fisher Scientific | 231 | |
| Thermo Scientific™ נונק ומסחר; 50 מ"ל צינורות צנטריפוגה פוליפרופילן סטריליים חרוטיים | תרמו פישר סיינטיפיק | 339652 |
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
בקש הרשאה לשימוש חוזר בטקסט או באיורים של מאמר JoVE זה
בקש הרשאה