ניתוח סטריאוטקסי סטנדרטי לאיתור אתרי מוח בעכברים1 כולל בדרך כלל קיבוע של הגולגולת באמצעות סט של מוטות אוזניים ומוט פה. הקואורדינטות נאמדות לאחר מכן על סמך אטלסים ייחוס 2,3, ונקודות ציון של הגולגולת, כלומר, bregma (הנקודה שבה התפרים של העצמות המצחיות והקודקודיות מתאחדות) או למבדה (הנקודה שבה התפרים של העצמות הקודקודיות והאוציפיטליות מתאחדות; איור 1א,ב). דרך חור בור לתוך הגולגולת שמעל המטרה המשוערת, ניתן להגיע לאזור המטרה, בין אם לצורך אספקת מיקרו-אינטגרציות או מכשור עם צינוריות או סיבים אופטיים. בשל שונות באנטומיה של תפרים אלה וטעויות בלוקליזציה של bregma או lambda 4,5, המיקום של נקודות אפס ביחס למוח משתנה מחיה לחיה. בעוד שטעויות קטנות במיקוד, הנובעות מהשתנות זו, אינן מהוות בעיה עבור מטרות גדולות או קרובות, השפעתן גדולה יותר עבור אזורי עניין קטנים יותר המרוחקים מנקודות האפס במישורים האנטרופוסטריוריים או הגביים ו/או כאשר חוקרים בעלי חיים בגדלים משתנים בשל גיל, מתח ו/או מין. ישנם מספר אתגרים נוספים שהם ייחודיים למדולה אובלונגטה ולחוט הצוואר העליון. ראשית, שינויים קטנים בקואורדינטות אנטרופוסטריות קשורים לשינויים משמעותיים בקואורדינטות הגב-ונטרליות ביחס לדורה, בשל המיקום והצורה של המוח הקטן (איור 1Bi)2,6,7. שנית, חוט הצוואר העליון אינו כלול בתוך הגולגולת2. שלישית, תנוחת ההטיה של העצם העורפית והשכבה העליונה של שרירי הצוואר2 הופכת את הגישה הסטריאוטקסית הסטנדרטית למאתגרת עוד יותר עבור מבנים הממוקמים בסמוך למעבר בין גזע המוח לחוט השדרה (איור 1Bi). לבסוף, מטרות רבות של עניין בגזע המוח הקאודלי ובחובר צוואר הרחם הן קטנות2, הדורשות זריקות מדויקות וניתנות לשחזור 8,9.
גישה חלופית באמצעות הציסטרנה מגנה עוקפת את הבעיות הללו. הציסטרנה מגנה היא חלל גדול המשתרע מהעצם העורפית ועד האטלס (איור 1A, כלומר עצם החוליה השנייה)10. הוא מלא בנוזל שדרתי ומכוסה על ידי דורה מאטר10. רווח זה בין העצם העורפית לבין האטלס נפתח בעת אנטרופלקסינג של הראש. ניתן לגשת אליו על ידי ניווט בין הבטן הזוגית העליונה של שריר הלונגוס קפיטיס, וחושף את פני השטח הגביים של גזע המוח הקאודלי. לאחר מכן ניתן להתמקד באזורים מעניינים על סמך ציוני הדרך של אזורים אלה עצמם אם הם ממוקמים בסמוך לפני השטח הגביים; או על ידי שימוש ב-obex, הנקודה שבה התעלה המרכזית נפתחת לחדר IV, כנקודת אפס לקואורדינטות כדי להגיע למבנים עמוקים יותר. גישה זו שימשה בהצלחה במגוון מינים, כולל חולדה11, חתול12, עכבר 8,9, ופרימט לא אנושי13 כדי להתמקד בקבוצת הנשימה הגחונית, היווצרות רשתית מדיאלית מדולרית, גרעין דרכי הבודדות, אזור פוסטרמה או גרעין היפוגלוסלי. עם זאת, גישה זו אינה נמצאת בשימוש נרחב מכיוון שהיא דורשת ידע באנטומיה, ערכת כלים מיוחדת וכישורים כירורגיים מתקדמים יותר בהשוואה לגישה הסטריאוטקסית הסטנדרטית.
כאן אנו מתארים גישה כירורגית שלב אחר שלב כדי להגיע לגזע המוח ולחוט הצוואר העליון דרך הציסטרנה מגנה, לדמיין ציוני דרך, להגדיר את נקודת האפס (איור 2), ולהעריך ולמטב את קואורדינטות המטרה להעברה סטריאוטקסית של מיקרו-איניג'מנטים לתוך גזע המוח הבדיד ואזורי העניין של חוט השדרה (איור 3). לאחר מכן נדון ביתרונות ובחסרונות הקשורים לגישה זו.