$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
בבדיקות ובהשוואות המתועדות להלן, השתמשנו בשני קווי hESC (H9 ו-HS429, מ-WiCell וממכון קרולינסקה, בהתאמה) ובשני קווי hiPSC (NCS001 ו-NCS002, שניהם נוצרו על-ידי מתקן הליבה הנורבגי לתאי גזע פלוריפוטנטיים אנושיים). הנתונים המוצגים באיורים ובטבלאות הם מקווי hESC, אך תוצאות דומות לחלוטין התקבלו מקווי hiPSC.
בידינו, קציר מכני הביא לכך שהמושבות פוצלו לכחמישה עד שישה גושים בקוטר ~200-250 מיקרומטר, בעוד שעם דיס-היצמדות הנגרמת על ידי EDTA ואחריה טריטורציה, כל מושבה פוצלה ל~10-20 גושים בקוטר ~60 מיקרומטר. אנו מעריכים שמספר התאים בכל גוש שנקצר על ידי EDTA הוא ~20. מכיוון שאין זה מעשי לפצל מושבה לגושים בגודל זה באמצעות אזמל, מבחינה זו, דיס-הידבקות הנגרמת על ידי EDTA עדיפה, מכיוון שהיא יוצרת גושים בגודל נוח יותר להישרדות תאי מושבה10,11.
מושבות hESC/hiPSC שנקטפו באמצעות EDTA היו גם הומוגניות יותר בגודל ובצורה בהשוואה למושבות שנקטפו באופן מכני (איור 1A-F). הסיבה לכך היא שהחיתוך הנדרש לקציר מכני יוצר קצוות לא אחידים וגדלי גושים משתנים. כדי להעריך זאת כמותית, הערכנו את מעגליות המושבה (כמדד למידת העיגול של קצוות המושבה; ערך של 1 מציין עיגול מושלם) 5 ימים לאחר המעבר באמצעות פרוטוקול ImageJ-win6412. מעגליות המושבה הייתה נמוכה משמעותית במושבות שנקטפו באופן מכני (קציר מכני: 0.61 ± 0.10; קציר מבוסס EDTA: 0.84 ± 0.01; n = 10, p < 0.001, מבחן U-Mann-Whitney, U = 10).
צפיפות התאים במושבות שנקטפו וצויפו מחדש, שהיא מדד לאינטראקציות בין תאים לאחר הקציר במהלך היווצרות מושבות, הייתה דומה עם קציר מבוסס EDTA וקציר מכני (טבלה 1 ואיור 1G,H). למושבות שנקטפו באופן מכני הייתה נטייה גדולה יותר לפתח נמק באזורים המרכזיים שלהן (איור 1J). זה נבע ככל הנראה משונות בצורה, ובמיוחד בגודל גושי התאים המבודדים מכנית, שכן כאשר גושים אלה גדולים מדי, הם יכולים בקלות להתקפל על עצמם כאשר הם מועברים לצלחות תרבית חדשות. זה לא היה המקרה עם המושבות שנקטפו באמצעות EDTA, שהציגו מראה שקוף באופן אחיד עם קצוות ברורים (איור 1I).
באמצעות קציר מבוסס EDTA, הצלחנו לאסוף למעשה את כל המושבות שהוקמו בבאר תוך 2-3 דקות. באמצעות קציר מכני, איסוף כל המושבות בבאר יהיה מייגע וגוזל זמן. בדרך כלל הצלחנו לאסוף רק ~ 30%, או ~ 20-25 מושבות, באמצעות קציר מכני, וזה לקח ~ 20 דקות. כמו כן, באמצעות עיכול collagenase ואחריו גירוד עדין, זה היה בדרך כלל קשה לקצור את כל המושבות, אם כי ההליך הכולל לקח רק כמה דקות. לפיכך, קציר מבוסס EDTA הוא מהיר או מהיר יותר מקציר אנזימטי ויעיל יותר מקציר מכני או אנזימטי.
כדי להעריך את ההשפעה של שיטות הקציר השונות על גזעיות ופלוריפוטנטיות, חשפנו תחילה את המושבות שהתקבלו לאחר 20 מעברים באמצעות קציר מבוסס EDTA או מכני לניתוח qPCR (איור 2) וצביעה אימונוציטוכימית (איור 3 ואיור 4) עבור סמני גזע. המושבות שהתקבלו בשתי השיטות הציגו ביטוי יציב של סמני גזע הן ברמת ה-mRNA והן ברמת החלבון. לאחר מכן הערכנו פלוריפוטנציה על-ידי התמיינות לשלוש שכבות הנבט בגופי העובר (איור 5 ואיור 6). הגופים העובריים שנוצרו מתאי גזע עובריים עובריים (hESCs) או hiPSCs שהתקבלו לאחר 20 מעברים בשתי השיטות הכילו תערובת של תאים המבטאים סמנים מקובלים עבור אקטודרם, מזודרם ואנדודרם.
לבסוף, הערכנו את ההיארעות של סטיות גנומיות בתאי גזע עובריים (תאי גזע עובריים) ובתאי גזע עובריים (hiPSCs) בכל אחת מהשיטות באמצעות ניתוח גנטי מבוסס qPCR (ראו טבלת חומרים). המושבות שהתקבלו לאחר 20 מעברים בשתי שיטות הקציר הציגו כמה דוגמאות לסטייה צנועה מתבנית כרומוזומלית דיפלואידית ייחוס (החריגות שהוערכו היו אלה הקשורות בדרך כלל לתכנות מחדש של hiPSCs, אולם ניתן להשיג אותן גם בתאי גזע עובריים עובריים) (איור 7). עם זאת, דפוס הסטיות הללו היה זהה במהותו במושבות שהתקבלו לאחר שתי שיטות הקציר, מה שמעיד על כך שהן לא היו קשורות לשיטת הקציר.

איור 1: מורפולוגיית מושבה וצפיפות תאים בעקבות קציר מבוסס EDTA או מכני. (A-F) תמונות שדה בהיר מייצגות של מושבות H9 hESC שהוקמו בתרבית נטולת מזין למשך 5 ימים לאחר 20 מעברים באמצעות קציר מכני (A-C) מבוסס EDTA או (D-F). (ז,ח) תמונות פלואורסצנטיות מייצגות של צפיפות התאים במושבות H9 hESC שנוצרו לאחר 20 מעברים באמצעות (G) מבוסס EDTA או (H) קציר מכני. גרעיני התא מוכתמים ב-DAPI. (ט,י) תמונות שדה בהיר מייצגות של מושבות H9 hESC שנוצרו לאחר 20 מעברים באמצעות (I) קציר מכני מבוסס EDTA או (J). שימו לב לאזור המרכזי הנמק במושבה שנקצר באופן מכני (חץ ב-J). כל התמונות נרכשו 5 ימים לאחר המעבר ה-20. פסי קנה מידה = 100 מיקרומטר. קיצורים: hESC = תא גזע עוברי אנושי; EDTA = חומצה ethylenediaminetetraacetic; DAPI = 4',6-diamidino-2-phenylindole. אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.

איור 2: ביטוי של mRNA של סמן גזע בשני קווי hESC (H9 ו-HS429) שנוצרו לאחר קציר מבוסס EDTA או מכני. תגובת שרשרת פולימראז כמותית בזמן אמת של הסמנים שצוינו בתאי גזע עובריים H9 (פאנל עליון) ו-HS429 (פאנל תחתון) לאחר מעבר יחיד באמצעות קציר מכני, לאחר 20 מעברים באמצעות קציר מכני, ולאחר 20 מעברים באמצעות קציר מבוסס EDTA (דילול 1:5). רמת הביטוי היא יחסית לזו של גן משק הבית ACTB (בטא-אקטין ). קווי השגיאה מציינים את סטיית התקן. קיצורים: hESC = תא גזע עוברי אנושי; EDTA = חומצה ethylenediaminetetraacetic. אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.

איור 3: ביטוי חלבוני סמן גזע בקו H9 hESC לאחר תנאי קציר שונים. צביעה אימונופלואורסצנטית מייצגת של מושבות H9 hESC שנקצרו באופן מכני (A-E) לפני מעבר נוסף, (F-J) לאחר 20 מעברים באמצעות קציר מכני, ו-(K-O) לאחר 20 מעברים באמצעות קציר מבוסס EDTA. פסי קנה מידה = 100 מיקרומטר. קיצורים: hESC = תא גזע עוברי אנושי; EDTA = חומצה ethylenediaminetetraacetic; DAPI = 4',6-diamidino-2-phenylindole. אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.

איור 4: ביטוי חלבוני סמן גזע בקו HS429 hESC לאחר תנאי קציר שונים. צביעה אימונופלואורסצנטית מייצגת של מושבות HS429 hESC שנקצרו באופן מכני (A-E) לפני מעבר נוסף, (F-J) לאחר 20 מעברים באמצעות קציר מכני, ו-(K-O) לאחר 20 מעברים באמצעות קציר מבוסס EDTA. פסי קנה מידה = 100 מיקרומטר. קיצורים: hESC = תא גזע עוברי אנושי; EDTA = חומצה ethylenediaminetetraacetic; DAPI = 4',6-diamidino-2-phenylindole. אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.

איור 5: ביטוי סמנים לשלוש שכבות הנבט בגופי עובר שנוצרו מקו H9 hESC לאחר קציר מכני או מבוסס EDTA. צביעה אימונופלואורסצנטית מייצגת של סמנים עבור (שורות A ו- D) אקטודרם (ECTO, TUJI), (שורות B ו- E) אנדודרם (ENDO, AFP), ו- (שורות C ו- F) מזודרם (MESO, SMA). EBs שנוצרו (A-C) לאחר 20 מעברים של קציר מכני או (D-F) לאחר 20 מעברים של קציר מבוסס EDTA. פסי קנה מידה = 40 מיקרומטר. קיצורים: hESC = תא גזע עוברי אנושי; EDTA = חומצה ethylenediaminetetraacetic; EBs = גופים עובריים. אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.

איור 6: ביטוי סמנים לשלוש שכבות הנבט בגופי עובר שנוצרו מקו HS429 hESC לאחר קציר מכני או מבוסס EDTA. צביעה אימונופלואורסצנטית מייצגת של סמנים עבור (שורות A ו- D) אקטודרם (ECTO, TUJI), (שורות B ו- E) אנדודרם (ENDO, AFP), ו- (שורות C ו- F) מזודרם (MESO, SMA). EBs שנוצרו (A-C) לאחר 20 מעברים של קציר מכני (A-C) או (D-F) לאחר 20 מעברים של קציר מבוסס EDTA. פסי קנה מידה = 40 מיקרומטר. קיצורים: hESC = תא גזע עוברי אנושי; EDTA = חומצה ethylenediaminetetraacetic; EBs = גופים עובריים. אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.

איור 7: ניתוח גנטי מבוסס qPCR של סטיות גנומיות נפוצות בקווי ESC HS9 ו-HS429 ובקו NCS002 iPSC לאחר 20 מעברים באמצעות קציר מכני או מבוסס EDTA. קו הבסיס בערך 2 מייצג דיפלואידיות תקינה בכל הסמנים הכרומוזומליים. ערך של 1 או 3 מייצג הפסד או רווח, בהתאמה, של הסמן הכרומוזומלי המצוין בכל התאים. ערכי ביניים בין 1 ל -2 או בין 2 ל -3 מצביעים על נוכחות של אובדן או רווח של הסמן המצוין בחלק קטן מהתאים. שימו לב שדפוס הסטיות דומה בשני תנאי הקציר. קיצורים: ESC = תא גזע עוברי; EDTA = חומצה ethylenediaminetetraacetic; iPSC = תא גזע פלוריפוטנטי מושרה. אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.
| צפיפות תאים (תאים/מ"מ2) | | |
| H9 | התכוון | סטדב |
| קציר מכני לפני מעבר נוסף | 3918 | 263.3 |
| קציר מכני 20 פעמים | 3868 | 197.7 |
| קציר EDTA 20 פעמים | 4080 | 127.8 |
| HS429 | התכוון | סטדב |
| קציר מכני לפני מעבר נוסף | 5249 | 565.4 |
| קציר מכני 20 פעמים | 5247 | 726.3 |
| קציר EDTA 20 פעמים | 4963 | 448.8 |
טבלה 1: השוואת צפיפות התאים במושבות משני קווי hESC (H9 ו-HS429) שנוצרו לאחר קציר מבוסס EDTA או מכני. צפיפות התאים הוערכה לאחר מעבר בודד באמצעות קציר מכני, לאחר 20 מעברים באמצעות קציר מכני, או לאחר 20 מעברים באמצעות קציר מבוסס EDTA (בדילול 1:5). בכל המקרים, n = 5 מושבות.