הרשמה ל-JoVE נדרשת לצפייה בתוכן זה. התחברו או התחילו בגרסת ניסיון בחינם.

מאמר שיטה

מיקובקטריום שחפת העשרת שלפוחית חוץ-תאית באמצעות כרומטוגרפיית אי-הכללת גודל

2.3K צפיות

⸱

DOI:

10.3791/63895

⸱

19 במאי 2022

 ,  , 
1Mycobacteria Research Laboratories, Department of Microbiology Immunology & Pathology, Colorado State University, 2BioMARC, Infectious Disease Research Center, Colorado State University

במאמר זה

סיכום

פרוטוקול זה מתאר כרומטוגרפיית אי-הכללת גודל, טכניקה ניתנת לשחזור להעשרת בועיות חוץ-תאיות של Mycobacterium tuberculosis מסופרנטים של תרביות.

תקציר

תפקידן של שלפוחיות חוץ-תאיות (EVs) בהקשר של זיהום חיידקי התגלה כאפיק חדש להבנת הפיזיולוגיה המיקרוביאלית. באופן ספציפי, כלי רכב חשמליים של Mycobacterium tuberculosis (Mtb) ממלאים תפקיד באינטראקציה בין מארח לפתוגן ובתגובה ללחץ סביבתי. כלי רכב חשמליים מסוג Mtb הם גם אנטיגניים מאוד ומראים פוטנציאל כמרכיבי חיסון. השיטה הנפוצה ביותר לטיהור רכבים חשמליים מסוג Mtb היא אולטרה-צנטריפוגציה של שיפוע צפיפות. לתהליך זה יש מספר מגבלות, כולל תפוקה נמוכה, תפוקה נמוכה, הסתמכות על ציוד יקר, אתגרים טכניים, והוא יכול להשפיע לרעה על ההכנה המתקבלת. כרומטוגרפיית אי הכללת גודל (SEC) היא שיטה חלופית עדינה יותר הנלחמת ברבות מהמגבלות של אולטרה-צנטריפוגציה. פרוטוקול זה מדגים כי SEC יעיל להעשרת Mtb EV ומייצר תכשירי Mtb EV באיכות גבוהה של תפוקה מוגברת באופן מהיר ומדרגי. בנוסף, השוואה ל-ultracentrifugation של שיפוע צפיפות על ידי כימות והליכי הסמכה מדגימה את היתרונות של SEC. בעוד שההערכה של כמות EV (ניתוח מעקב אחר ננו-חלקיקים), פנוטיפ (מיקרוסקופיית אלקטרונים הולכה) ותוכן (כתם מערבי) מותאמת לרכבים חשמליים מסוג Mtb, ניתן ליישם את זרימת העבודה המסופקת על מיקובקטריות אחרות.

מבוא

שחרור שלפוחית חוץ-תאית (EV) על ידי פתוגנים עשוי להיות המפתח לפתיחת טכנולוגיות חדשות לשליטה במחלות זיהומיות1. מיקובקטריום שחפת (Mtb) הוא פתוגן בעל השלכות גבוהות, מדביק כשליש מאוכלוסיית העולם וגובה את חייהם של מיליוני אנשים בכל שנה2. ייצור EV על ידי Mtb מתועד היטב ועם זאת חמקמק בביוגנזה ובתפקידים המגוונים (כלומר, אימונוסטימולטוריים, מדכאי חיסון, ברזל ורכישת חומרים מזינים) של כלי רכב חשמליים אלה בהקשר של זיהום 3,4,5. מאמצים להבין את הרכבם של כלי רכב חשמליים מסוג Mtb חשפו כדורים סגורים של 50-150 ננומטר של ממברנת השומנים הנגזרים מממברנת הפלזמה המכילים שומנים וחלבונים בעלי משמעות אימונולוגית 3,6. חקירת תפקידם של כלי רכב חשמליים מסוג Mtb בפיזיולוגיה של חיידקים גילתה את החשיבות של אפנון ר"ח חיידקי בתגובה ללחץ סביבתי להישרדות5. מחקרי אינטראקציה בין מארח לפתוגנים היו מסובכים יותר לפענוח, אך הראיות מצביעות על כך שרכבים חשמליים מסוג Mtb יכולים להשפיע על התגובה החיסונית של המארח ועשויים לשמש כמרכיב חיסון יעיל 3,4,7.

רוב המחקרים על כלי רכב חשמליים מסוג Mtb עד כה הסתמכו על אולטרה-צנטריפוגציה של שיפוע צפיפות להעשרת שלפוחית8. זה היה יעיל למחקרים בקנה מידה קטן; עם זאת, לטכניקה זו יש מספר אתגרים טכניים ולוגיסטיים. זרימות עבודה חלופיות מצמידות צנטריפוגה מרובת שלבים, להסרת תאים שלמים ופסולת גדולה, עם שלב אולטרה-צנטריפוגציה סופי לרכבים חשמליים כדוריים. מתודולוגיה זו יכולה להשתנות ביעילותה, ולעתים קרובות גורמת לתפוקה נמוכה ולטיהור משותף של ביו-מולקולות מסיסות שאינן קשורות לשלפוחית, תוך השפעה על שלמותהשלפוחית 9. בנוסף, תהליך זה גוזל זמן רב, אינטנסיבי באופן ידני ומוגבל מאוד בתפוקה בשל אילוצי ציוד.

הפרוטוקול הנוכחי מתאר טכניקה חלופית ל-ultracentrifugation של שיפוע צפיפות: כרומטוגרפיית אי-הכללת גודל (SEC). שיטה זו הוכחה עבור מיקובקטריה סביבתית, ובעבודה הנוכחית, היא עברה אקסטרפולציה ל- Mtb10. עמודה זמינה מסחרית ואספן שברים אוטומטי יכולים לשפר את העקביות בהכנת שלפוחית ולהפחית את הצורך בציוד ספציפי ויקר. ניתן גם להשלים פרוטוקול זה בשבריר מהזמן בהשוואה לאולטרה-צנטריפוגציה של שיפוע צפיפות, מה שמגדיל את התפוקה. טכניקה זו פחות מאתגרת מבחינה טכנית, מה שמקל על השליטה בה, ויכולה להגביר את יכולת השכפול הבין-מעבדתית. לבסוף, ל-SEC יש יעילות הפרדה גבוהה והיא עדינה, תוך שמירה על שלמות הבועיות.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

פרוטוקול

הוועדה לביו-בטיחות מוסדית של אוניברסיטת מדינת קולורדו אישרה את המחקר הנוכחי (19-046B). טיפוח שחפת מיקובקטריום וקצירת סופרנאטים עשירים ב-EV בוצעו על ידי צוות מיומן במעבדה להכלה גבוהה. החומרים הועברו אל מחוץ לאזור ההכלה הגבוהה לאחר ששיטת השבתה תקפה בוצעה, אושרה ואושרה על ידי מדיניות הבטיחות הביולוגית המוסדית. בעוד ששכפול הפרוטוקול, אם שיטת ההשבתה או הסינון הסטרילית המאומתת אינה אפשרית, יש לבצע את ההליכים הבאים במעבדה עם הכלה גבוהה.

1. הכנת תרכיז Mtb EV גולמי

הערה: להליכים מפורטים על גידול Mtb והכנת חלבון תסיסה תרבית (CFP), ראה הפניות11,12. מומלץ כי מדיית תרביות החיידקים תהיה נקייה מתוספי גדילה עם רכיבים המכילים EV או חלבוניים, כגון אלבומין דקסטרוז קטלאז (OADC), ודטרגנטים כגון Tween. כמו כן, מומלץ לבדוק את איכות תרבית החיידקים ואת ה-CFP שנקטף כדי להבטיח מוות מוגבל של תאים וליזה13,14.

  1. הכינו מסנן צנטריפוגלי לחתוך משקל מולקולרי של 100 kDa (MWCO) (ראו טבלת חומרים) על ידי הוספת קיבולת הנפח המלאה של מי מלח עם מאגר פוספט (1x PBS). צנטריפוגה למשך 5 דקות ב 2,800 x g ב 4 °C (64 °F).
    הערה: אם משתמשים במסנן ללא נפח עצירה מת, יש להקפיד על כך שנפח הדגימה לא יקטן מתחת לרמת המסנן, וכתוצאה מכך יתייבש המסנן באופן מלא במהלך צנטריפוגה.
  2. יש להשליך את הזרימה-דרך ואת כל ה-PBS הנותרים לפני מילוי תא הדגימה ב-Mtb CFP עד לקיבולת המרבית שלו. צנטריפוגה ב 2,800 x g ב 4 °C עד הנפח הצטמצם לנפח המינימלי של התקן סינון אולטרה. חזור על הפעולה לפי הצורך, והוסף עוד CFP ליחידה עד שהמדגם כולו הופחת מספיק.
    הערה: שמור על חלק מהחומר של 100 kDa לזרימה דרך (100F) להסמכה במורד הזרם במידת הצורך. יש לאחסן בטמפרטורה של 4 מעלות צלזיוס.
  3. הוסף 1x PBS ליחידת המסנן המכילה את התרכיז עד לקיבולת ההתקן הכוללת. הקטן את עוצמת הקול כמתואר ב- 1.2. חזור על שלב זה חמש פעמים כדי להבטיח שטיפה מלאה והחלפת חיץ.
  4. שחזר את 100 kDa מרוכז CFP retentate (100R) על פי מפרטי התקן סינון אולטרה (ראה טבלת חומרים). לאחר שחזור ה-100R, שטפו את המסנן בנפח מינימלי של 1x PBS לפחות שלוש פעמים, ואגרו את השטיפה עם ה-100R כדי למקסם את ההתאוששות.
  5. הוסיפו את החומר 100R ל-100R עם בדיקה דו-צ'ינכונינית (BCA) בהתאם להוראות היצרן (ראו טבלת חומרים). כדי לבצע את הבדיקה, השתמש במספר דילולים של דגימות 1:2, 1:5 ו- 1:10 ב- PBS. בדוק את המדגם במשולש.
    הערה: שמור חלק מחומר ה- 100R להסמכה במורד הזרם במידת הצורך. יש לאחסן בטמפרטורה של 4 מעלות צלזיוס.

2. כרומטוגרפיית אי הכללת גודל להעשרת כלי רכב חשמליים מסוג Mtb מ-CFP

הערה: ההליך הבא הוא ספציפי לשימוש ב- 3 מ"ג של 100R Mtb CFP עם עמודת SEC ואספן שברים אוטומטי (AFC, ראה טבלת חומרים). ניתן להתאים אותו לריכוזי התחלה וסוגי עמודות אחרים על ידי ביצוע מפרט היצרן. בנוסף, מומלץ למשתמשים לקרוא ולהבין את המדריך האוטומטי למשתמש של אספן שברים.

  1. אפשרו לעמודת ה-SEC להתאיף לטמפרטורת החדר.
  2. הפעילו את ה-AFC באמצעות מתג ההפעלה בחלק האחורי של יחידת המגדל והתאימו את ההגדרות לתא העומס, במידת הצורך, על-ידי לחיצה על SETUP במסך המגע הראשי של התפריט. יש לכייל את תא העומס רק בעת השימוש הראשון, לאחר כל עדכון תוכנה, ואם ניתן להבחין בחוסר עקביות באמצעי האחסון של איסוף השברים.
  3. ממסך SETUP , יישרו את הקרוסלה על ידי בחירה ב-CAROUSEL >-CALIBRATE. הכנס את הקרוסלה עם 13 החורים הקטנים הפונים כלפי מעלה למגדל AFC, והתאים את הקרוסלה כך שזרבובית הנוזל תהיה ישירות מעל מיקום הסומק על ידי לחיצה על הכפתורים - ו / או + .
  4. הסר את המכסות מעמודת ה- SEC המשוזנת. החלק את עמודת ה- SEC לתוך תושבת העמודה המתאימה והתקין אותה בקפידה במגדל AFC. ודא שתג זיהוי תדר הרדיו (RFID) בעמודה פונה ל- AFC, ובדוק שהחיבור בין העמודה לשסתום מאובטח. מניחים את צינורות שקע הפסולת במיכל איסוף.
  5. ממסך SETUP , בחר לוח זמנים לאיסוף והגדר את הספירה ל- 13 ואת הגודל ל- 0.5 מ"ל על-ידי לחיצה על הלחצנים - ו / או + . השאר את ההגדרה "אמצעי אחסון מאגר" כברירת המחדל של 2.7 מ"ל ולאחר מכן סגור את החלון "לוח זמנים לאיסוף" על-ידי הקשה על X.
  6. בחר התחל אוסף ממסך הבית ואשר את פרמטרי האוסף על-ידי בחירה ב- YES. טען 13 מסומן 1.7 מ"ל צינורות microcentrifuge עם המכסים פתוחים ומצביעים לכיוון מרכז הקרוסלה.
  7. קדם את ה- AFC על-ידי בחירת אישור, ולאחר מכן הרכיב את מאגר העמודות והתקדם שוב על-ידי לחיצה על אישור. בחר באפשרות לשטוף את העמודה על-ידי הקשה על YES, והוסף נפח עמודה אחד של PBS מסונן של 0.2 μm כדי להסיר כל מאגר אחסון. לאחר השלמת ההדחה, קדם את ה- AFC על ידי לחיצה על אישור.
  8. הניחו את כיסוי הקרוסלה מעל ה-AFC ולחצו על OK. הכן נפח עמודה אחד של 0.2 מיקרומטר מסונן PBS. השתמש בפיפטה כדי להסיר כל מאגר עודף מהעמודה.
  9. הביאו 3 מ"ג של דגימת 100R כפי שמכומתת בשלב 1.5 עד 500 μL עם 1x PBS. הוסף את הדגימה של 3 מ"ג לראש העמודה. קדם את ה- AFC ואפשר לדוגמה לרוץ לתוך הפריט. לאחר שהדגימה נכנסה במלואה לעמודה, הוסף את ה- PBS שהוכן בשלב 2.6 למאגר.
  10. נטר את הרצת ה- AFC בזמן שהוא אוסף תחילה את נפח הריק ולאחר מכן את השברים שצוינו. לאחר שהריצה מסתיימת והקרוסלה חוזרת למצב פסולת, הסירו את הכיסוי והסירו את צינורות השבר מהקרוסלה. אחסן את השברים בטמפרטורה של 4 מעלות צלזיוס לפני הכימות (שלב 3) וההסמכה (שלב 4).
  11. אם יש לעשות שימוש חוזר בעמודה, בחר באפשרות לנקות את העמודה על-ידי הקשה על כן; אחרת, לחץ על לא. בצע את ההוראות ב- AFC.
    הערה: לאחר שהעמודה נשטפת ומאגר האחסון פועל, ניתן להסיר אותה, לכסותה ולאחסן אותה בטמפרטורה של 4 °C (7 °F).

3. כימות כלי הרכב החשמליים של Mtb

  1. מדוד את ריכוז החלבון עבור כל שבר באמצעות BCA ו- micro BCA12.
    1. עבור שברים של 0.5 מ"ל שנאספו מ-3 מ"ג של 100R Mtb CFP, השתמש במיקרו BCA עם דילול של 1:3 עבור שברים הממוספרים 1-7 מכל דגימה במשולש.
    2. עבור שברים של 0.5 מ"ל הממוספרים 5-13, השתמש ב- BCA ללא דילול עבור כל דגימה במשולש.
      הערה: חפיפה בין המבחנים עבור שברים 5-7 תסייע להבטיח שלכל השברים יש פלט קריא.
  2. יש למדוד את ריכוז החלקיקים עבור כל שבר באמצעות ניתוח מעקב אחר ננו-חלקיקים (NTA).
    1. לדלל את הדגימות ב-1 מ"ל של 1x PBS באמצעות יחסי ההתחלה המוצעים הבאים; עבור שברים 1-3, השתמש ב- 1:100 ולאחר מכן עבור השברים הנותרים, השתמש בדילול של 1:10.
    2. מערבולת את הפתרונות המדוללים ולאחר מכן שואבים את הדגימה למזרק חד פעמי של 1 מ"ל. הגדר את המזרק במשאבת מזרק אוטומטית אם היא זמינה.
    3. הגדר את משאבת המזרק ל- 30 μL /min והשתמש בהגדרות לכידת הווידאו עם רווח מסך של 10-12 ורמת מצלמה של 10-12. התאם את המיקוד עבור כל דגימה.
    4. אסוף מינימום של שלושה סרטונים ב-30 שניות כל אחד באמצעות זרימה קבועה.
    5. בצע את הניתוח כאשר סף זיהוי התוכנה מוגדר לחמישה.
      הערה: ייתכן שלא ניתן יהיה לקבל נתוני נת"ע עבור השברים האחרונים (>7) מבלי להקריב נפח דגימה משמעותי.

4. הסמכת רכבים חשמליים מסוג Mtb

  1. דמיינו את פרופיל החלבון הכללי של כל שבר באמצעות ג'ל חלבון מוכתם בכסף.
    הערה: ניתן למצוא נהלים מפורטים עבור SDS-PAGE וכתם כסף בהפניה15.
    1. הוסף מאגר דגימות SDS ל- 10 μL של כל שבר ו- 5 מיקרוגרם של CFP, 100R ו- 100F. מרתיחים למשך 5 דקות בטמפרטורה של 100 מעלות צלזיוס, ואז מעמיסים על ג'ל Bis-Tris של 4%-12% עם סולם משקל מולקולרי לאלקטרופורזה של ג'ל פוליאקרילאמיד (PAGE) (ראו טבלת חומרים).
    2. הפעל את הג'ל באמצעות 1x 2-[N-morpholino]חומצה אתנסולפונית (MES) רץ (ראה טבלת חומרים) וזרם של 200 וולט למשך 35 דקות.
    3. מוציאים את הג'ל מהקלטת וממשיכים עם צביעת כסף15.
  2. הערך את נוכחותם או היעדרם של סמני EV בכל שבר לפי כתם מערבי.
    הערה: נהלים מפורטים לכתם מערבי ניתן למצוא בהפניה15.
    1. הפעל ג'ל SDS-PAGE כמתואר בשלבים 4.1.1.1-4.1.2.
    2. מוציאים את הג'ל מהקלטת ומעבירים את החלבונים שנפתרו לממברנה ניטרוצלולוז של 0.2 מיקרומטר (ראו טבלת חומרים) על ידי מריחת זרם של 50 וולט למשך שעה לפחות.
    3. בצע ניתוח כתמים מערביים כדי להעריך חלבונים בעלי עניין. מומלץ להשתמש בנוגדנים ראשוניים נגד LpqH, ליפוראבינומנאן (LAM) ו-GroES (ראו טבלת חומרים).
    4. חלקי מאגר המבוססים על נוכחותם או היעדרם של סמנים לפי העניין עבור היישום במורד הזרם.
  3. אשר את נוכחותם של בועיות שלמות על ידי מיקרוסקופ אלקטרונים שידור (TEM).
    1. תקן 15 μL של דגימת השלפוחית על ידי הוספת 15 μL של 4% כיתה EM paraformaldehyde ולאחסן ב 4 ° C לילה.
    2. הכינו רשת TEM מנחושת מצופה 200 Mesh formvar-carbon על ידי ניקוי המשטח ויצירת מצע הידרופילי.
      הערה: מומלץ לנקות פלזמה עם 95% ארגון, 5% חמצן ו-30% הספק פלזמה למשך דקה אחת.
    3. שחררו 10 μL מהדגימה הקבועה על הרשת ואפשרו לדגימה להידבק למשך 10 דקות, ואז הכתימו את הנוזל העודף עם נייר מסנן.
    4. צפו את הרשת על טיפת מים אולטרה-אפורים במשך 30 שניות, ואז הורידו את עודפי הנוזלים.
    5. צפו את הרשת על טיפת אורניל אצטט בדרגה d% EM למשך 2 דקות, ואז הורידו את הנוזל העודף.
    6. אפשרו לרשת להתייבש לחלוטין באוויר.
    7. תמונה באמצעות TEM (ראה טבלת חומרים) ב- 100 kV או דומה.
      הערה: יש להשתמש בשיטות אחרות של כמות ואפיון של EV בהתבסס על יישומים במורד הזרם. יש לעיין במידע המינימלי למחקרים של שלפוחית חוץ-תאית18 לקבלת הנחיות כדי להבטיח את ההקפדה ויכולת השכפול של כל מחקרי הרכב החשמלי.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

תוצאות

חלבון ניעול תרבית (CFP) מ-Mycobacterium tuberculosis (Mtb) היה מרוכז, כומת, ולאחר מכן הוחלו 3 מ"ג של חומר על עמודת כרומטוגרפיית אי-הכללת גודל (SEC). ריכוזי החלבון והחלקיקים נמנו על ידי BCA ו-NTA, בהתאמה. הטווחים הצפויים להתאוששות חלבונים וחלקיקים בתוספת הערכים המדויקים שהתקבלו עבור תוצאות אלה מדווחים בטבלה 1. ערכים גבוהים בהרבה מטווחים אלה עשויים להצביע על בעיות זיהום או שלמות עמודה. הערכים נמוכים משמעותית מצביעים על בעיות בשלבי הסינון האולטרה-סינון, ולכן יש להשוות את הזרימה-דרך ל-CFP ההתחלתי ול...

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

דיון

שלפוחיות חוץ-תאיות מיקובקטריום שחפת הן מאגרים אנטיגניים מאוד, המציגים אותן כאפיק אטרקטיבי לפיתוח כלי אבחון וחיסונים עתידיים 4,19,20. מבחינה היסטורית, אולטרה-צנטריפוגציה של שיפוע צפיפות שימשה להפרדת כלי רכב חשמליים מסוג Mtb מחומרים מסיסים ומופרשים אחרים8. בעוד שתהליך זה יעיל, הוא גם גוזל זמן רב, מאתגר מבחינה טכנית, ועלול להשפיע על שלמותם של תכשירי הרכב החשמלי המתקבלים ...

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

גילויים

למחברים אין מה לחשוף.

תודות

ברצוננו להודות על תמיכת המכללה לרפואה וטרינרית ומדעים ביו-רפואיים פרס חווייתי ותוכנית מחקר משותפת של מועצת המחקר של המכללה ל- NKG ומימון על ידי ATCC (פרס # 2016-0550-0002) ל- KMD. אנו רוצים גם להודות לאן סימפסון על תמיכה טכנית ומשאבי BEI, NIAID, NIH עבור הריאגנטים הבאים: שחפת מונוקלונלית נגד מיקובקטריום LpqH (גן Rv3763), IT-54 (מיוצר במבחנה), NR-13792, שחפת מונוקלונלית נגד מיקובקטריום GroES (גן Rv3418c), שיבוט IT-3 (SA-12) (מיוצר במבחנה), NR-49223, ושחפת מונוקלונלית נגד מיקובקטריום LAM, שיבוט CS-35 (מיוצר במבחנה), NR-13811.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

חומרים

רשימת החומרים שנעשה בהם שימוש במאמר זה
שםחברהמספר קטלוגהערות
20x MES SDS מאגר ריצהThermoFisher ScientificNP0002
96 באר צלחתקורנינג15705-066
אספן שברים אוטומטיIZON ScienceAFC-V1-USD
BenchMark סולם חלבון מוכתם מראשInvitrogen10748010
צנטריפוגה ספסלבקמן קולטראלגרה 6R
Centricon Plus - מסנן צנטריפוגלי 70, חיתוך 100 kDaMillipore SigmaUFC710008מכשיר אולטרה-סינון המשמש בשלב 1.1
מערכת ElectroblottingThermoFisher Scientific09-528-135
EM Grade ParaformaldehydeElectron Microscopy Sciences15714-S
Formvar/Carbon 200 mesh Cu GridsElectron Microscopy SciencesFCF200H-Cu-TA
עז נגד עכבר IgG H& L (פוספטאז אלקליין), מולקולה שלמה, 1 מ"לAbCamab6790נוגדן משני
JEM-1400 מיקרוסקופ אלקטרונים שידור
Micro BCA ThermoFisherScientific23235
קורא מיקרופלייטBIOTEKEpoch
חד שבטי אנטי-Mycobacterium tuberculosis GroES (גן Rv3814c)BEI ResourcesNR-49223נוגדן
ראשוני מונוקלונלי אנטי-Mycobacterium tuberculosis LpqH (Gene Rv3763)BEI ResourcesNR-13792נוגדן
ראשוני מונוקולונלי אנטי-Mycobacterium tuberculosis LAM, Clone CS-35BEI ResourcesNR-13811נוגדן ראשוני
NanoClean 1070Fischione Instrumentsלניקוי פלזמה של רשת TEM
Nanosight מצויד במשאבת מזרק ומחשב עם תוכנת NanoSight NTAMalvern PanalyticalNS300
קרום ניטרוצלולוזה, גליל, 0.2 μ mBioRad1620112
NuPAGE 4-12% ג'ל חלבון ביס-טריסThermoFisher ScientificNP0323BOX
תמיסת מלח חוצצת פוספט, 1X ללא סידן ומגנזיוםקורנינג21-040-CV
ערכת בדיקת חלבון Pierce BCAThermoFisher Scientific23225
ספק כוח בסיסי PowerPacBioRad1645050
qEV מקורי 35 ננומטר 5/pkIZON ScienceSP5-USDSEC עמודה
SDS מאגר דגימהBosterAR1112מתכון פנימי המשמש בהליך זה, אולם מוצר זה שווה ערך
לתא ג'ל SDS-PAGEThermoFisher ScientificEI0001
Sigmafast BCIP/NBTMillipore SigmaB5655
Silver Stain Plus KitBioRad1610449פרוטוקול פנימי המשמש בהליך זה, אולם ערכה זו מקבילה למדעי
מיקרוסקופיית האלקטרוניםUranyl Acetate22400
ערכת בדיקת חלבון JOEL

מקורות

  1. Gill, S., Catchpole, R., Forterre, P. Extracellular membrane vesicles in the three domains of life and beyond. FEMS Microbiology Reviews. 43 (3), 273-303 (2019).
  2. World Health Organization. GLOBAL TUBERCULOSIS REPORT 2021. World Health Organization. , (2021).
  3. Prados-Rosales, R., et al. Mycobacteria release active membrane vesicles that modulate immune responses in a TLR2-dependent manner in mice. Journal of Clinical Investigation. 121 (4), 1471-1483 (2011).
  4. Prados-Rosales, R., et al. Mycobacterial membrane vesicles administered systemically in mice induce a protective immune response to surface compartments of mycobacterium tuberculosis. mBio. 5 (5), 01921(2014).
  5. Prados-Rosales, R., et al. Role for mycobacterium tuberculosis membrane vesicles in iron acquisition. Journal of Bacteriology. 196 (6), 1250-1256 (2014).
  6. Lee, J., et al. Proteomic analysis of extracellular vesicles derived from Mycobacterium tuberculosis. Proteomics. 15 (19), 3331-3337 (2015).
  7. Athman, J. J., et al. Mycobacterium tuberculosis Membrane Vesicles Inhibit T Cell Activation. The Journal of Immunology. 198 (5), 2028-2037 (2017).
  8. Prados-Rosales, R., Brown, L., Casadevall, A., Montalvo-Quirós, S., Luque-Garcia, J. L. Isolation and identification of membrane vesicle-associated proteins in Gram-positive bacteria and mycobacteria. MethodsX. 1, 124-129 (2014).
  9. Cvjetkovic, A., Lötvall, J., Lässer, C. The influence of rotor type and centrifugation time on the yield and purity of extracellular vesicles. Journal of Extracellular Vesicles. 3 (1), 23111(2014).
  10. Dauros Singorenko, P., et al. Isolation of membrane vesicles from prokaryotes: a technical and biological comparison reveals heterogeneity. Journal of Extracellular Vesicles. 6 (1), 1324731(2017).
  11. Wallace, E., et al. Culturing mycobacteria. Methods in Molecular Biology. 2314, 1-58 (2021).
  12. Lucas, M., et al. Extraction and separation of mycobacterial proteins. Methods in Molecular Biology. 2314, 77-107 (2021).
  13. Walker, S. A., Kennedy, M. T., Zasadzinski, J. A. Encapsulation of bilayer vesicles by self-assembly. Nature. 387 (6628), 61-64 (1997).
  14. Edwards, D. A., et al. Spontaneous vesicle formation at lipid bilayer membranes. Biophysical Journal. 71 (3), 1208(1996).
  15. Dobos, K. Production Manuals & SOPs. SP007: Running of polyacrylamide gels, SP011: Western blot, and SP0012: Silver staining protocols. , Available from: https://labs.vetmebiosci.colostate.edu/dobos/bei-resources/ (2022).
  16. Engers, H. D., et al. Results of a World Health Organization-sponsored workshop to characterize antigens recognized by mycobacterium-specific monoclonal antibodies. Infection and Immunity. 51 (2), 718-720 (1986).
  17. Chatterjee, D., Lowell, K., Rivoire, B., McNeil, M. R., Brennan, P. J. Lipoarabinomannan of Mycobacterium tuberculosis. Capping with mannosyl residues in some strains. Journal of Biological Chemistry. 267 (9), 6234-6239 (1992).
  18. Théry, C., et al. Minimal information for studies of extracellular vesicles 2018 (MISEV2018): a position statement of the International Society for Extracellular Vesicles and update of the MISEV2014 guidelines. Journal of Extracellular Vesicles. 7 (1), 1535750(2018).
  19. Palacios, A., et al. Mycobacterium tuberculosis extracellular vesicle-associated lipoprotein LpqH as a potential biomarker to distinguish paratuberculosis infection or vaccination from tuberculosis infection. BMC Veterinary Research. 15 (1), 1-9 (2019).
  20. Ziegenbalg, A., et al. Immunogenicity of mycobacterial vesicles in humans: Identification of a new tuberculosis antibody biomarker. Tuberculosis. 93 (4), 448-455 (2013).
  21. Chiplunkar, S. S., Silva, C. A., Bermudez, L. E., Danelishvili, L. Characterization of membrane vesicles released by Mycobacterium avium in response to environment mimicking the macrophage phagosome. Future Microbiology. 14 (4), 293-313 (2019).

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

הדפסות חוזרות והרשאות

תגיות

EVs Mycobacterium TuberculosisNanoparticle Tracking AnalysisTransmission Electron MicroscopyWestern BlotSDS PAGE
מיקובקטריום שחפת העשרת שלפוחית חוץ-תאית באמצעות כרומטוגרפיית אי-הכללת גודל
צור קשר
המלצה לספרייה

פרטיות

תנאי שימוש

מדיניות

2026 © זכויות יוצרים MyJoVE Corporation. כל הזכויות שמורות.