הדרך המשמעותית ביותר שבה שונה המודל המתואר כאן ממודלים של חיסון נרתיקי שפורסמו בעבר היא השימוש בחיידקים בתרבית אנאירובית, הדורשים שיקולים מיוחדים להכנת חיסון בר קיימא ולהתאוששות חיידקים מהעכברים. שלבים ספציפיים בפרוטוקול לעיל עשויים להשתנות מעט בהתאם למין/זן החיידקים שבהם נעשה שימוש, כפי שמוצע בקובץ משלים 1. בנוסף, כתב יד זה מתאר שיטה פרוצדורלית חדשה למתן חיידקים ושטיפות נרתיקיות, הדורשת פחות ניסיון מצד החוקר ופחות ריסון מצד העכברים. אם הנסיין אינו חש בנוח עם צורת האיפוק המתוארת בשלב 3.2. ושלב 3.3., ניתן במקום זאת לקשקש את העכברים כפי שתואר קודם לכן34 עם או בלי הרדמה בהתאם לתכנון הניסוי ולהנחיות IACUC המוסדיות.
אזהרה חשובה לשימוש בחיידקים בתרבית אנאירובית במודלים של מורין היא שצעדים מסוימים (כמו כל אלה המערבים בעלי חיים חיים) חייבים להיעשות מחוץ לתא האנאירובי. לכן, השלבים הקריטיים ביותר בפרוטוקול זה הם אלה שבהם החיידקים המעניינים ייחשפו לסביבה אירובית, כגון במהלך חיסון העכברים. השימוש בכל אנאירוב חדש במודל זה ידרוש חקירה ראשונית של יכולתו לשמור על כדאיותו בעת חשיפה לחמצן (כגון השוואה בין CFUs לפני ואחרי החיסון כמתואר בשלב 2.5 ושלב 3.4). בהתאם למידת החמצן והרגישות PBS של האורגניזם, יש לשקול שיטות שונות להכנת חיסונים (קובץ משלים 1, שלב 2.4.5). עבור חיסונים באמצעות G. vaginalis JCP8151B, מצאנו כי ניתן להכין צינורית אחת של חיסון ב- PBS ולהשתמש בה כדי להדביק את כל העכברים. אם נעשה שימוש בחיידק אנאירובי אחר הרגיש יותר לחמצן, ניתן במקום זאת להכין את החיסון בצינורות נפרדים לכל עכבר, כך שלא יהיה צורך בפתיחה/סגירה חוזרת של הצינור. כמו כן, אם זן החיידקים המעניין הוא יותר קפדני / פחות מסוגל לשרוד PBS מאשר G. vaginalis, החיסון יכול להיות מוכן במקום זאת במדיה תרבית. אם המדיום המשמש מכיל חומרים מחזרים, כגון מדיום ה- CDC anaerobe המשמש לתרבית Prevotella bivia (קובץ משלים 1, שלב 2.1. ושלב 2.2.), אז לחיידקים תהיה גם הגנה מוגברת מפני חשיפה לחמצן.
ניתן לשקול גם שיטות חלופיות להומוגניזציה, כגון מכות חרוזים22,35, אשר נעשה עם מכסה הצינור סגור ועשוי, לכן, להכניס פחות חמצן מאשר הומוגנייזר כף יד. בנוסף, אורגניזמים רגישים יותר לחמצן עשויים לדרוש זמן שיווי משקל ארוך יותר עבור מדיה. מחוון חמצן כגון resazurin יכול לשמש כדי לבדוק כי תנאים אנאירוביים הגיעו (שלב 2.1). שיטות חלופיות כגון צנצנות אנאירוביות עשויות להשפיע על התוצאות ויש לבדוק את כדאיות החיידקים לפני השימוש.
הרגישות לחמצן והקפדנות של אורגניזם הניסוי עשויות גם לשחק תפקיד בהתאוששות מוצלחת של חיידקים בני קיימא מהעכבר במהלך שטיפה/הומוגניזציה (קובץ משלים 1, שלב 3.2 ושלב 5.1). עבור אורגניזמים רגישים מאוד, הזמן בין לקיחת השטיפה לבין הציפוי עלול להוביל לאובדן הכדאיות ולגרום לאומדן נמוך באופן מלאכותי של התיישבות חיידקים בנרתיק. כדי למתן השפעה זו, ניתן לדלל מיד שטיפות שנאספו למדיה תרבית אנאירובית טרייה (עם חומר מפחית). באופן דומה, הומוגניזציה של איברים יכולה להיעשות במדיה תרבית טרייה ולא PBS כדי להגביר את הכדאיות החיידקית, וניתן לעשות זאת גם בתא האנאירובי עצמו כדי למזער את החשיפה לחמצן.
בהתאם למטרה של ניסוי נתון, הנסיין חייב לשים לב לקבוצות ביקורת. כדי לבחון השערות, מדדים בסיסיים של עכברי ביקורת לא נגועים שמטופלים בדחיקה ברכב בלבד יסייעו לקבוע אם יש אינדוקציה של כימוקינים/ציטוקינים או תוצאות ספציפיות אחרות של זיהום. רכב הבקרה המשמש חייב להיות זהה לרכב המשמש לחיסון, כך שאם החיידקים מחוסנים באמצעי תרבית, אזי יש להשתמש באמצעי תרבית לא מחוסנים כבקרה (קובץ משלים 1, שלב 2.4.5).
השיטות המתוארות בפרוטוקול זה יכולות להיות מיושמות גם על חיידקים פקולטטיביים המסוגלים לגדול באופן אנאירובי אך נחקרים באופן מסורתי באמצעות תנאי תרבית אירובית (כגון Escherichia coli או סטרפטוקוקוס מקבוצה B). זה יכול להיות רלוונטי במיוחד עבור זיהומים על ידי אורגניזמים אלה באתרי הגוף כי הם האמינו להכיל רמות נמוכות של חמצן, כגון צוואר הרחם. ייתכן שאורגניזם פקולטטיבי מדביק בהצלחה רבה יותר אתרים עם פחות חמצן כאשר החיסון מוכן באופן אנאירובי בהשוואה לאירובי. בניסוי כזה, התאוששות של חיידקים קיימא לספירת CFU עשויה שלא לדרוש תנאים אנאירוביים.