מאמר שיטה

אופטימיזציה של ביופסיית שד והליכי איסוף דגימות כריתת שד עבור ביו-בנקאות, רפואה מותאמת אישית ויישומי מחקר

DOI:

10.3791/67193

⸱

2 בספטמבר 2025

 ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  , 
1Department of Biology, University of the Philippines Baguio, 2Philippine Genome Center, University of the Philippines, 3Department of Surgery, Philippine General Hospital, University of the Philippines, 4Institute of Biology, College of Science, University of the Philippines Diliman, 5Department of Pathology, College of Medicine, University of the Philippines Manila, 6Institute of Human Genetics, National Institutes of Health, University of the Philippines Manila

* These authors contributed equally

במאמר זה

סיכום

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

מאמר זה מציג פרוטוקול מפורט לאיסוף דגימות סרטן השד, שנועד לייעל את התועלת שלהן עבור בנקאות ביולוגית, רפואה מותאמת אישית ויישומי מחקר אחרים. זרימת העבודה לאיסוף דגימות, כולל ביופסיה של השד והליכי כריתת שד, מתוארת בפירוט, תוך התמקדות במזעור נזק לרקמות ומקסום איכות הדגימה.

תקציר

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

סרטן השד הוא הסרטן השכיח ביותר המשפיע על נשים, במיוחד באסיה, עם השכיחות הגבוהה ביותר בפיליפינים. למרות המאמצים המתמשכים, ההבנה של הביולוגיה של סרטן השד נותרה לא מספקת, בתוספת היעדר תוכניות סקר יעילות וטיפולים בזמן. בהתמודדות עם בעיות אלה, ביובנקים ומאגרים אחרים לדגימות ביולוגיות צברו תאוצה עולמית. בית החולים הכללי של אוניברסיטת הפיליפינים-הפיליפינים (UP-PGH) הקים בנק ביולוגי לסרטן, המדגים את הכדאיות של יוזמה הנתמכת על ידי הממשלה לחקר הסרטן בפיליפינים. המחקר כולל תצפית פרוספקטיבית על 100 חולות סרטן שד פיליפיניות בשלבי מחלה שונים, תוך מינוף המומחיות של UP-PGH, מרכז הגנום הפיליפיני (PGC) ואוניברסיטת הפיליפינים דילימן - המכון לביולוגיה (UPD-IB). הוא משלב איסוף, עיבוד ואחסון של דגימות ביולוגיות לצד נתוני מטופלים מקיפים. ההליכים כוללים חילוץ RNA, הכנת ספרייה וריצוף. בנוסף, תת-קבוצה של חולים משתתפת בניסוי תרבית תאים תלת מימדית (תלת מימדית) במבחנה להקרנה מוקדמת של כימותרפיה. הנתונים המצטברים נועדו לחשוף אסטרטגיות טיפוליות שיכולות להוביל לטיפולים מותאמים אישית כאשר גישות קליניות סטנדרטיות אינן מספקות. טכניקות מפתח כוללות ביופסיית מחט ליבה מונחית אולטרסאונד, איסוף קפדני של רקמת שד תקינה וקביעת אחוז גידול מדויקת כדי להבטיח מיצוי RNA באיכות גבוהה, ריצוף ותרבית תאים תלת מימדית. המחקר מתייחס גם לאתגרים שנתקלו בהם במאמצים קודמים של ביו-בנקאות. בסופו של דבר, מחקר זה נועד לתרום באופן משמעותי לחקר סרטן השד, ולמצב את עצמו כמודל למחקר שיתופי, הקמת בנק ביולוגי וקידום רפואה מדויקת במדינות מתפתחות, כמו הפיליפינים.

מבוא

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

סרטן השד הוא צורת הסרטן הנפוצה ביותר בקרב נשים פיליפיניות. באסיה, הפיליפינים מציגה את אחד משיעורי התמותה הגבוהים ביותר מסרטן השד ואת יחס התמותה לשכיחותהנמוך ביותר 1. ייתכן שהשיעורים הושפעו מאוד מהיעדר תוכניות סקר וטיפול יעיל בזמן לסרטן השד. במדינה, סרטן השד מאובחן בדרך כלל בשלבים מאוחרים יותר מכיוון שרוב חולות הסרטן פונות לייעוץ רק בשלבי סרטן מתקדמים. בפיליפינים, שם נצפה שיעור היארעות גבוה של סרטן השד, 53% ממקרי סרטן השד אובחנו בשלבים III ו-IV, ורק 2-3% אובחנו בשלבI 1,2,3. מלבד קידום קליטת הקרנות וחינוך מטופלים בנושא סרטן השד, יש לחקור עוד יותר מחקר ופיתוח הקשורים לסרטן השד כדי להפחית את שכיחות סרטן השד במדינה.

הקמת הבנקים הביולוגיים ברחבי העולם אפשרה את האצת ההתקדמות הרפואית. ביובנקים משמשים לאחסון ושימור של דגימות ביולוגיות בעלות ערך מדעי למחקר ופיתוח עתידיים4. מאז, ביובנקים שימשו למחקר תרגומי5 ולשיפור גישות רפואיות מותאמות אישית6. באסיה, הבנקים הביולוגיים מרוכזים בעיקר במזרח אסיה, במיוחד בסין, יפןוקוריאה. במדינות בעלות הכנסה נמוכה עד בינונית באסיה, כמו הפיליפינים, הרעיון של בנקאות ביולוגית עדיין מתפתח. הבנקים הביולוגיים בפיליפינים נמצאים ברובם בבעלות מוסדות בריאות פרטיים, שבהם מצב הבריאות והחשיפה של הדמוגרפיה הפיליפינית הרחבה יותר עשוי שלא להיות מיוצג היטב.

הקמת הבנק הביולוגי לסרטן בבית החולים הכללי הפיליפיני של אוניברסיטת הפיליפינים מנילה (UPM) הוכיחה את ההיתכנות של הקמת בנק ביולוגי לסרטן הנתמך על ידי הממשלה שיכול לקדם מחקרים הקשורים לסרטן בפיליפינים7. בהתבסס על בסיס זה באמצעות מאמץ משותף המגשר בין מומחיות רפואית, חדשנות מחקרית ומדיניות בריאות, אנו שואפים ליצור שינוי חיובי בנוף הטיפול והמחקר בסרטן השד בפיליפינים. עם זאת, יש צורך הכרחי בזרימת עבודה ביו-בנקאית של פנום סרטן וגישה מורחבת המייעלת את איסוף הנתונים הספציפיים למטופלים נרחבים ומרובדים בקנה מידה לאומי. מחקר זה מתאר את הפרוטוקול לביופסיית שד והליכי איסוף דגימות כריתת שד, תוך התמקדות בשילובם במסגרת הבנקאות הביולוגית. צופה לא רק לקדם את ההבנה שלנו לגבי פתוגנזה של סרטן השד בהקשר של האוכלוסייה הפיליפינית, אלא גם להקל על פיתוח טיפולים מדויקים התואמים את התכונות הגנטיות, הסביבתיות והקליניות הייחודיות של אנשים מושפעים.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

פרוטוקול

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

זהו מחקר פרוספקטיבי ותצפיתי עם אוסף של דגימות ביולוגיות לא מזוהות (גידול ורקמת שד תקינה) ונתונים קליניים-פתולוגיים, טיפוליים ותוצאות מ-100 חולות סרטן שד פיליפיניות בשלבים שונים. זוהי עבודה משותפת בין בית החולים הכללי הפיליפיני (PGH), מרכז הגנום הפיליפיני (PGC) והמכון לביולוגיה (IB) של אוניברסיטת הפיליפינים דילימן, כל אחד עם משימות ייעודיות. הפרוטוקול נרשם במשרד מינהל מענקי המחקר (RGAO-2020-0933), ונבדק ואושר על ידי מועצת האתיקה של המחקר של אוניברסיטת הפיליפינים במנילה (UPMREB) ליישום תחת אישור אתי מספר UPMREB 2020-822-01. כל המעבדות המשמשות מצייתות להנחיות הבטיחות הביולוגית של כל מוסד. גיוס מטופלים מ-PGH הבטיח את השונות והייצוג מבחינת גורמים קליניים-פתולוגיים, מוצא אתני וחשיפות סביבתיות. נוהל הפעלה סטנדרטי (SOP) שפותח ותוקף בפרויקטים קודמים שימש כמסגרת לרכישה, איסוף, הובלה וסידורים לוגיסטיים אחרים הקשורים לדגימות.

הערה: ראה איור 1 - זרימת עבודה דיאגרמטית של הפרוטוקול לסיכום זרימת העבודה של הפרוטוקול והתפקידים של כל מוסד המעורב במחקר.

1. הליך איסוף דגימות טרום שד

  1. לזהות ולסנן את המטופלים המתאימים להכללת המחקר במהלך ייעוץ במרפאה או כנס טרום ניתוחי.
    1. קריטריונים להכללה לחולי סרטן
      1. כלול פיליפינית, אישה, בגילאי 19-75 שאובחנה עם סרטן שד שלב 1, 2 ו-3, ונשים פיליפיניות בגילאי 19-70 שאובחנו עם סרטן שד שלב 3B ו-4.
      2. כלול מקרים חשודים קלינית או מאובחנים פתולוגית של סרטן שד פולשני בכל שלב.
      3. כלול מטופלות שיעברו טיפול כירורגי (כריתת שד רדיקלית שונה או כריתת שד רדיקלית) מראש (שלב קליני I או II) או כימותרפיה פוסט-ניאו-אדג'ובנטית (שלב IIIB, IIIC). מטופלים בשלב IIIA יכולים לעבור ניתוח מקדים או טיפול ניאו-אדג'ובנטי בהתאם להמלצות הרופא. עבור מטופלות שלב IV, אלו המוכנות לעבור ביופסיית מחט ליבה של גידול השד והרקמה הנורמלית הסמוכה. חולות סרטן שד שלב IV לא יעברו טיפול כירורגי.
      4. כלול חולות סרטן שד שלב III שעברו טיפול ניאו-אדג'ובנטי לפני הגיוס, ויש תיעוד מלא של תגובה רפואית וקלינית לטיפול.
      5. כלול מטופלים שיכולים להבין ולחתום על הסכמה מדעת.
    2. קריטריונים להחרגה לחולי סרטן
      1. לא לכלול חולות שיש להן ממאירות קודמת או בו-זמנית, כולל אבחנה קודמת של סרטן השד.
      2. לא לכלול חולות עם סרטן שד דו-צדדי.
      3. לא לכלול חולים שעברו רדיותרפיה ניאו-אדג'ובנטית או טיפול הורמונלי קודם.
      4. לא לכלול חולים שעברו ביופסיה קודמת של הליבה או החתך שבהם אין הסכמה להליך ביופסיה חוזר עבור אותם חולים שיעברו כימותרפיה ניאו-אדג'ובנטית (מכיוון שלא ניתן להשיג דגימת גידול טרייה לפני כימותרפיה)
      5. לא לכלול חולים שעברו ביופסיה קודמת של כריתה ללא שאריות גידול.
      6. לא לכלול חולים עם מחלות נלוות המונעות ניהול כירורגי או כימותרפיה ניאו-אדג'ובנטית.
    3. קריטריונים לנסיגה
      1. הודע למשתתפים שהם יכולים לפרוש בכל עת מטעמי בטיחות או חששות אחרים מבלי להשפיע על הטיפול הרפואי שלהם. מחקר לא התערבותי זה לא ישפיע על בחירת הטיפול עבור המשתתפים.
  2. קבל את הסכמת המטופל ומלא את טופס איסוף הנתונים.
    הערה: העמית האחראי (FIC) או היועץ, יחד עם עמית המחקר של האוניברסיטה (URA), מבטיחים את ההסכמה.
  3. השג ואמת את לוח הזמנים של המטופל להליך ביופסיית מחט הליבה לאחר אישור השתתפותו במחקר.
  4. לנהל נהלים בהתאם להנחיות שנקבעו ואושרו על ידי ועדת האתיקה וועדת הבטיחות הביולוגית של המוסד.

2. הליך איסוף דגימות ביופסיה של השד

הערה: ראה איור 2 לזרימת העבודה המפורטת של הליך הליבה של ביופסיית שד מחט עבור מטופלות שלב III ו-IV, המציג את התפלגות הדגימות עבור כל הליך.

  1. סמן מראש שפופרות לפני איסוף הדגימות כ-GB, כלומר גנומיקה - שד (המחקר שהדגימה עוברת בו), xxx שהוא מספר המשתתף ויכול לנוע בין 001 ל-100, או יותר, והאותיות A, C ו-D. להלן קודי האותיות שישמשו לתיוג הצינורות:
    A - פירושו ביופסיית מחט ליבה, רקמת גידול, לשליחה ל-PGC
    C - פירושו ביופסיית מחט ליבה, רקמת גידול, לבנקאות ביולוגית
    D - פירושו ביופסיית מחט ליבה, רקמה תקינה
    1. הקצו את הדגימות שהוגשו לריצוף עם תווית המעבדה: "BC" ושני מספרי דגימה דו-ספרתיים (למשל, BC01, BC21). לכל דגימה יש קוד "GB" מתאים המתאים לקוד שהוקצה במהלך איסוף הדגימה.
  2. השג עד תשע ליבות רקמה באמצעות אקדח ביופסיית מחט ליבת 14G בהנחיית אולטרסאונד, במרפאת חוץ, בחדר ניתוח או בסביבה אספטית אחרת.
    1. עבור כל ליבה, קבל דגימת שד באורך של כ-2 ס"מ במרכז הגידול ובמרחק של 1 ס"מ מהגידול לרקמה תקינה סמוכה. אסוף שני סוגים של דגימות מכל משתתף: רקמת גידול ורקמה רגילה.
    2. מסור כל דגימה ל-URA להצבה בצלחת פטרי המכילה תמיסת מלח חוצצת פוספט (PBS).
      הערה: במחקר זה, ביופסיות מחט ליבה בוצעו רק בחולות עם סרטן שד שלב III ו-IV. עבור חולות שלב III, ביופסיות מחט ליבה סיפקו דגימות גידול כימותרפיות. עבור חולות שלב IV, ביופסיות מחט ליבה שימשו כדגימת הגידול העיקרית, מכיוון שלא בוצעה כריתת שד. עבור חולות עם סרטן שד שלב I ו-II, לא בוצעו ביופסיות מחט ליבה. במקום זאת, גידול ורקמות תקינות סמוכות התקבלו מדגימות כריתת שד.
  3. חותכים את דגימות הביופסיה לשניים כדי לחלק באופן שווה בין המחקר לניתוח ההיסטופתולוגי.
    1. עבור רקמת גידול, השג עד 9 ליבות לכל מטופל מחקר באמצעות מחט 14-G.
    2. הפרד את ליבות הגידול שהתקבלו לשתי קבוצות בצלחת פטרי: דגימות לניתוח RNA (6 ליבות) ודגימות לבנקאות ביולוגית (3 ליבות).
    3. חותכים כל ליבה ל -2 לאורך, אך במקרים בהם קשה לעשות זאת, חותכים את הליבות ל -2 לרוחב. השתמש בלהב סטרילי כדי לחתוך את הליבות. שלח מחצית מליבת הרקמה לניתוח RNA או אחסן לבנקאות ביולוגית. שלח את החצי השני של ליבת הרקמה לפתולוגיה לניתוח היסטופתולוגי שגרתי.
    4. עבור רקמה רגילה, יש להשיג עד 3 ליבות לכל מטופל מחקר באמצעות מחט 14 גרם. השתמש במחט שונה מזו המשמשת להשגת רקמות גידול כדי למנוע זיהום. במקרים שבהם זה לא אפשרי, השג תחילה רקמות שד תקינות לפני קבלת רקמות גידול.
    5. מניחים כל רקמה נורמלית שהתקבלה בצלחת פטרי בדומה למה שנעשה עם רקמות הגידול, וחותכים את הליבות לשניים. להפיץ את הדגימות למחקר ולמחלקה הפתולוגית לניתוח היסטופתולוגי.
  4. לאחר איסוף הדגימה, חלקו את הדגימות בין הצינורות, לפי אופן וסדר עדיפות.
    1. הנח מחצית מהליבות בבקבוקון הקריוביאלי המיועד של 2 מ"ל מלא מראש ב-1.25 מ"ל של תמיסת ייצוב RNA (כל הליבות לניתוח RNA מונחות יחד בבקבוקון אחד וכל הליבות לבנקאות ביולוגית בבקבוקון נפרד, שמור דגימות בטמפרטורה קרה בכל עת) והנח את החצאים המתאימים של ליבות אלה בבקבוקון/צינור דגימה רגיל וקבוע עם פורמלין ניטרלי 10% חוצץ ניטרלי (10% NBF), לניתוח היסטופתולוגי. ודא שלשתי חצאי הקבוצות המתאימות, זו שהולכת למרכז המיועד (למשל, דגימות שנשלחו לניתוח RNA), ולדגימת הפתולוגיה המתאימה יש את אותו קוד דגימה.
  5. מלא את טפסי הפתולוגיה הכירורגית. יחד עם הטפסים, הגש את דגימות הפתולוגיה הקבועות בפורמלין לפתולוגיה להיסטופתולוגיה שגרתית.
  6. אטום עם פרפילם את דגימות ביופסיית מחט הליבה ספוגות בצינורות המכילים תמיסת ייצוב RNA (באופן אידיאלי יחס של 5:1 בין התמיסה לרקמה, כך שאם רקמה של 0.25 ס"מ, 1.25 מ"ל של תמיסת ייצוב RNA).
  7. אחסן את הדגימות בטמפרטורה של 4 מעלות צלזיוס למשך 24 שעות, ולאחר מכן העביר אותן בסופו של דבר למקפיא הנמוך במיוחד, בטמפרטורה של -80 מעלות צלזיוס.
    הערה: מדריך בנושא אחסון יידון בסעיף 4 (אחסון, אריזה והובלה של דגימות).

3. הליך איסוף דגימות לכריתת שד

  1. בצע את הליך איסוף הדגימות לפני השד בסעיף 1.
    הערה: מטופלות שלב I, II ו-III שנרשמו למחקר יעברו כריתת שד בחדר הניתוח (OR). עבור מטופלות שלב I ו-II, כריתת שד תבוצע מראש, ואילו עבור מטופלות שלב III, כריתת שד תתבצע רק לאחר השלמת 8 מחזורים של טיפול ניאו-אדג'ובנטי. עבור שלב 4, לא נאספות דגימות כריתת שד. ראה איור 3 לפרוטוקול איסוף דגימות כריתת שד מפורט המציג את התפלגות הדגימות לכל הליך.
  2. תאמו את לוח הזמנים עם משתפי הפעולה והמחלקה הפתולוגית. עשה זאת לפחות יומיים לפני תאריך היעד של ההליך. במקרה של שינויים בלוח הזמנים שנקבע, הודע מיד לצוות הנוגע בדבר כדי למנוע התנגשויות בלוח הזמנים.
  3. סמן מראש את הצינורות לפני איסוף הדגימות כ-GB, כלומר Genomics Breast (המחקר שהדגימה נמצאת), xxx שהוא מספר המשתתף ויכול לנוע בין 001 ל-100, או יותר, והאותיות E ו-F. להלן קודי האותיות שישמשו לתיוג הצינורות:
    E - פירושו כריתת שד, רקמת גידול, לשליחה ל-PGC, IB ולביו-בנקאות
    F - פירושו כריתת שד, רקמה תקינה
    1. הקצו את הדגימות שהוגשו לריצוף עם תווית המעבדה: "BC" ומספר דגימה דו ספרתי (למשל, BC01, BC21). לכל דגימה יש קוד "GB" מתאים המתאים לקוד שהוקצה במהלך איסוף הדגימה.
  4. מלא את טפסי הפתולוגיה הכירורגית במהלך הניתוח, בזמן ההמתנה לדגימה. שלח עדכונים לפתולוג האחראי כדי שיבצע את כל ההכנות הדרושות לאיסוף הדגימות.
  5. הנח את הדגימה בשקית ניילון/דגימה נקייה מיד לאחר הסרה ותיעוד של דגימת השד. ודא שדגימת כריתת השד מובאת מיד למחלקה הפתולוגית לברוטו כדי למזער את הזמן האיסכמי הקר. אין להניח את הדגימה בפורמלין בעת ההגשה.
    הערה: תמונות פעולה לדוגמה במהלך כריתת שד מוצגות באיור 4 (תמונות מייצגות של איסוף דגימות במהלך הליך כריתת שד).
  6. השג שני סוגים של דגימות מכל דגימה עם הברוטו: רקמת גידול ורקמה תקינה.
    1. רקמת גידול
      1. השג מינימום של בלוק אחד (רצוי יותר) בגודל 1 ס"מ × 1 ס"מ × 1 ס"מ של רקמת גידול לדגימה.
      2. חותכים את גוש הרקמות שהתקבל לשני חלקים, כאשר כל חצי גוש בגודל 1 ס"מ × 0.5 ס"מ × 0.5 ס"מ. העבירו למעלה ממחצית מגוש הרקמה ל-URA לצורך בנקאות ביולוגית וניתוח, ולאחר מכן קבעו את החצי השני בפורמלין להיסטופתולוגיה שגרתית.
      3. חתכו באופן שווה את חצי גוש הרקמה הטרייה. זה יהיה מיועד לריצוף RNA, ביו-בנקאות ותרבית אורגנואידים.
      4. לריצוף RNA: יש להניח מיד בקריוביאלים של 5 מ"ל מקוררים מראש, מסומנים מראש, ממולאים מראש בתמיסת ייצוב RNA של 2.5 מ"ל (לא יותר מ-30 דקות, יש לשמור על קור בכל עת).
      5. לבנקאות ביולוגית: יש להניח מיד בקריוביאלים של 5 מ"ל מקוררים מראש, מסומנים מראש וממולאים מראש עם תמיסת ייצוב RNA של 2.5 מ"ל (לא יותר מ-30 דקות, יש לשמור על קור בכל עת).
      6. לתרבית אורגנואידים: יש להניח מיד בבקבוקונים חרוטיים של 15 מ"ל מקוררים מראש, מסומנים מראש וממולאים מראש עם 5 מ"ל תמיסת אחסון רקמות ו-0.01 מ"ל פרימוצין (לא יותר מ-30 דקות, יש לשמור קר כל הזמן). בצינור חרוטי אחד שליש מכל גושי הגידול המתקבלים מחלקים שונים של הדגימה.
    2. רקמה תקינה
      1. השג מינימום של בלוק אחד (רצוי יותר) בגודל 1 ס"מ × 1 ס"מ × 1 ס"מ של רקמת שד רגילה לדגימה.
      2. חותכים את גוש הרקמה שהתקבל לשני חלקים, כאשר כל חצי גוש בגודל 1 ס"מ × 1 ס"מ × 0.5 ס"מ. העבירו למעלה ממחצית מגוש הרקמה ל-URA לצורך בנקאות ביולוגית וניתוח, ולאחר מכן קבעו את החצי השני בפורמלין להיסטופתולוגיה שגרתית.
      3. חותכים את גוש הרקמה באופן שווה לשניים לצורך המחקר. אלה יהיו מיועדים לריצוף RNA ובנקאות ביולוגית.
      4. לריצוף RNA: יש להניח מיד בקריוביאלים של 5 מ"ל מקוררים מראש, מסומנים מראש, ממולאים מראש בקריוביאלים של 2.5 מ"ל עם תמיסת ייצוב RNA (לא עולה על 30 דקות, יש לשמור על טמפרטורה קרה בכל עת).
      5. עבור ביו-בנקאות, יש להניח מיד בקריוביאלים של 2.5 מ"ל מקוררים מראש, מסומנים מראש וממולאים מראש עם תמיסת ייצוב RNA (לא יותר מ-30 דקות, יש לשמור על טמפרטורה קרה בכל עת).
        הערה: דגימות גידול המסומנות "E" מתקבלות בדרך כלל משלושה חלקים שונים או יותר של הדגימה. כדי למנוע בלבול, יש למקם דגימות גידול המיועדות לניתוח RNA ובנקאות ביולוגית בצינורות נפרדים המסומנים כ-E1, E2, E3 וכו', בעוד שדגימות גידול מאוגדות המיועדות לתרבית תאים צריכות להיות מונחות בצינורות המסומנים בפשטות כ-E. עבור דגימות המסומנות E1, E2 ו-E3, יש לרשום את המיקום/המיקום היחסי של כל דגימת רקמה ביחס לגידול (למשל, מרכז, מיקום בשעה 10).
  7. אטום עם פרפילם את הקריוביאלים המכילים את הדגימות שהתקבלו מכריתת השד.
  8. אחסן את הקריוביאל בטמפרטורה של 4 מעלות צלזיוס למשך 24 שעות, ולאחר מכן העביר אותם למקפיא הנמוך במיוחד, בטמפרטורה של -80 מעלות צלזיוס לאחסון לטווח ארוך.
  9. ארוז את הצינור החרוטי המכיל את גושי הגידול שנאגרו והכין אותו להובלה. גושי גידול אלה ישמשו לתרבית תאים לאורגנואידים.

4. אחסון, אריזה והובלה של דגימות

  1. אטום מיד עם פרפילם את כל הקריוביאלים המכילים את הגידול והרקמות הנורמליות ואחסן אותם בטמפרטורה של 4 מעלות צלזיוס למשך 24 שעות. לאחר 24 שעות, העבירו את הצינורות ל-20 מעלות צלזיוס למשך כ-2-4 שעות ולאחר מכן העבירו אותם בסופו של דבר ל-80 מעלות צלזיוס ללא הגבלת זמן, לאחסון לטווח ארוך עד להובלה.
  2. עדכן את עוקב הדגימות ומסד הנתונים לפני הובלת דגימות לניתוח RNA, כולל תוצאות היסטופתולוגיה שגרתית ואחוזי גידול, כדי להבטיח את זהות הדגימה.
  3. בצע מניפסט הובלה עבור כל דגימה, לפני ההובלה. ודא שתהליך האריזה מהיר והצינורות המכילים את הדגימות לא נשארים בטמפרטורת החדר (RT) לתקופה ממושכת.
    1. אטום את כל מכסי הקריוביאל עם פרפילם כדי למנוע דליפה.
    2. מניחים את כל המבחנות במתלה מבחנה.
    3. הגדר את לוגר הטמפרטורה והנח אותו מעל המתלה לצד הצינורות להובלה.
    4. עטפו את הצינורות בחומר סופג, ואז בניילון בועות, והניחו את הפריטים בתוך השקית הניתנת לסגירה חוזרת. ודא שלוגר הטמפרטורה רושם טמפרטורה ושהצינורות שלמים וממוקמים זקופים לפני איטום הפריטים בתוך השקית.
    5. הנח את אריזות הג'ל בתחתית קופסת המשלוח מפוליסטירן, ולאחר מכן הנח את השקית הניתנת לסגירה חוזרת המכילה את הצינורות על גבי אריזות הג'ל. שים שכבה נוספת של חבילות ג'ל על גבי השקית. ודא שהצינורות דחוסים בין אריזות ג'ל כדי להבטיח שהדגימות יישמרו קרות במהלך ההובלה.
    6. סגור את קופסת הפוליסטירן והכניס אותה לקופסת משלוח מקרטון. אם אין קופסת קרטון גדולה זמינה, השתמש בקופסת פוליסטירן גדולה יותר. הנח את מניפסט ההובלה שהושלם בתוך שקית זיפלוק והכניס אותו לקופסה. מיקום הפריטים בתוך הקופסה מוצג באיור 5.
    7. אטמו את קופסת הקרטון והניחו את תווית המשלוח המתאימה מחוץ לקופסה.
  4. הודע לנמען על לוח הזמנים של איסוף הדגימות ומתי יהיה היעד לשליחת הדגימות.
    1. לתרבית אורגנואידית, רק רקמות גידול שמקורן בכריתת שד נשלחות ומנוצלות. ודא שהם מועברים טריים, על קרח רטוב, ותוך 24 שעות מאיסוף הדגימות. לאחר שהדגימות נארזות והקופסה אטומה, הזמינו במהירות שליח להובלתן. ודא שהקופסאות לא יישארו באזורים בטמפרטורה גבוהה לתקופות ממושכות, שכן ירידה או עלייה חמורה בטמפרטורה עלולה לפגוע בכדאיות הדגימות.
    2. לפני המסירה לשליח, שימו לב למספר הבקבוקונים/צינורות שנשלחו והשעה שהשליח עזב את הביו-בנק. עם הגעת החבילה, ודא שהנמען רושם את הדברים הבאים: זמן ההגעה והקבלה במרכז המיועד, טמפרטורה בעת ההגעה, מספר הבקבוקונים/צינורות שהתקבלו וכל דגימה שנפגעה
    3. לניתוח RNA, בדוק אם לדגימות שיימסרו יש תוצאה היסטופתולוגיה מתאימה ואחוזי גידול מהחטיבה לפתולוגיה כירורגית, לפני שליחת דגימות לניתוח RNA. זהה ובחר את גוש הרקמה עם תכולת הגידול הגבוהה ביותר עבור כל מטופל שיוגש למיצוי RNA. דגימות הובלה רק עם אחוזי גידול.
    4. שלח את הדגימות בקבוצות של לא יותר מ -40 כדי להקל על עיבוד אצווה. בחר כל שילוב של רקמת גידול מביופסיית מחט ליבה או כריתת שד ורקמה רגילה מכריתת שד. סקור את התנאים הבאים אם יש להעביר רקמה תקינה מביופסיית מחט ליבה:
      -נרשם כשלב 3, אך תוצאת ההיסטופתולוגיה מראה שלב 4
      -נרשם כשלב 3, אך תוצאת ההיסטופתולוגיה מראה התקדמות מקומית של המחלה.
    5. ודא שכל הדגימות מועברות על קרח רטוב. בדומה לפרוטוקול הנהוג בעת שליחת דגימות לתרבית תאים תלת מימדית, לאחר אריזת הדגימות והקופסה אטומה, הזמינו מיד שליח להובלה. הימנע מהשארת הקופסאות באזורים בטמפרטורה גבוהה לתקופות ממושכות, מכיוון שתנודות טמפרטורה משמעותיות עלולות לפגוע בכדאיות הדגימות.
    6. לפני המסירה לשליח, שימו לב למספר הבקבוקונים/צינורות שנשלחו והשעה שהשליח עזב את הביו-בנק. יש לציין את הפרטים הבאים עם הגעת החבילה: שעת ההגעה והקבלה במרכז המיועד, טמפרטורה בעת ההגעה, מספר הבקבוקונים/צינורות שהתקבלו, וכל דגימה שנפגעה (אם יש).
  5. עדכן את מסד הנתונים של הדגימות שנשלחו והזן את כל המידע הדרוש לפני עיבוד נוסף של דגימות. עקוב והעריך את מסד הנתונים פעם בשבוע.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

תוצאות

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

עבור איסוף דגימות במהלך ביופסיית מחט הליבה, לביצוע ההליך בהנחיית אולטרסאונד הייתה השפעה עצומה על נוחות המטופל ויעילות זרימת העבודה, כמו גם על שלמות ה-RNA של הדגימות. אם זה לא נעשה, ייתכן שהתוצאות הצפויות לא יתקבלו, והמטופלים חייבים לחזור למרפאות כדי לחזור על ההליך, ובכך להאריך את איסוף הדגימה והעיבוד.

בנוסף לכך, זיהוי אחוזי הגידול לדגימה, שנעשה על ידי הפתולוג האחראי, הוא גם צעד חשוב להבטחת איכות הדגימות למיצוי ולמזעור עיכובים בניתוח הנתונים. אחוז הגידול הוא או...

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

דיון

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

היישום המוצלח של פרוטוקול זה מסתמך לא רק על דיוק טכני אלא גם על תיאום של צוותים קליניים ומחקריים כדי להבטיח איכות דגימה עקבית ושלמות הנתונים. פרוטוקול זה משלב מספר הליכים מרכזיים שנועדו למקסם את דיוק האבחון וליצור דגימות ביולוגיות באיכות גבוהה המתאימות לניתוחים מולקולריים במורד הזרם. השלבים העיקריים כוללים ביופסיית מחט ליבה מונחית אולטרסאונד להשגת רקמת שד תקינה ורקמת שד גידולית, איסוף נתונים על התגובה לטיפול וכימות אחוז הגידול.

ביופסיית מחט ליבה (CNB) מומלצת ל...

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

גילויים

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

למחברים אין כל ניגוד אינטרסים, בין אם כספי, אישי או מוסדי, לחשוף.

תודות

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

מחקר זה ממומן על ידי המחלקה למדע וטכנולוגיה, המועצה הפיליפינית למחקר ופיתוח בריאות (DOST-PCHRD), ונערך בשיתוף פעולה עם מרכז הגנום הפיליפיני (PGC) ואוניברסיטת הפיליפינים דילימן - המכון לביולוגיה (UPD-IB). המחברים רוצים להודות גם למר לך האוול טיזון, מר קונרד צ'ונג וגב' סוזן ואליביה על עזרתם באופטימיזציה של פרוטוקול זה, כמו גם למתמחים בפתולוגיה שתרמו לצילום פרוטוקול זה, ד"ר קלריס ורוניקה מירהאן וד"ר פטרישיה פרנקו.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

חומרים

רשימת החומרים שנעשה בהם שימוש במאמר זה
שםחברהמספר קטלוגהערות
37% תמיסת פורמליןתאגיד פילוסהלא זמיןמשמש כחומר משמר של רקמות לניתוח היסטופתולוגי
70% אלכוהול איזופרופילגרין קרוס בע"מ.לא זמיןמשמש כחומר חיטוי
מדפסת ברקודזברהGC420tלהדפסת תוויות ברקוד לשימוש בצינורות תיוג המכילות את הדגימות
אקונומיקהגרין קרוס בע"מ.לא זמיןמשמש כחומר חיטוי; לניקוי כלים כירורגיים
חבילות קרח כחולותרוברמייד1002לשמירת דגימות בטמפרטורות נמוכות במהלך ההובלה
מחט 14-G לביופסיית מחט ליבהבארדMN1410כלי כירורגי צינורי פולשני שנועד להיות מחובר לידית אקדח ביופסיה לצורך חילוץ אוטומטי של דגימת רקמה קטנה ממבנה אנטומי (ביופסיה), תוך גרימת נזק מינימלי לרקמות סביב, לצורך בדיקה/בדיקה פתולוגית של הרקמה.
אקדח ביופסיית שד עם מחט ליבהבארדMG1522כלי ביופסיה רב-פעמית לליבה המשמש לאיסוף דגימות רקמה במהלך ביופסיית מחט ליבה
צלחת פטרי חד-פעמית בגודל 90 מ"מ x 15 מ"ממוצרי הביו-רפואיים של פיניקסלוט: 20220206משמש באיסוף דגימות ביופסיה ממחט ליבה בעת טבילה של רקמות ב-PBS
המלח המאופר בפוספט של דולבקו (PBS)תרמו פישר סיינטיפיק21600010תמיסת מלח מאוזנת המשמשת למגוון יישומים של תרביות תאים, כגון שטיפת תאים לפני דיסוציאציה, הובלת תאים או רקמה, דילול תאים לספירה, והכנת תגובות.
מלקחייםספק מקומילא זמין
מגבי משימות עדינים של Kimtech Science KimVipesקימברלי קלארק פרושיונלKC341204.3 x 8.4 אינץ'. (11.0 ס"מ x 21.3 ס"מ); ספירה עם שכבה אחת 280; לניקוי משטחים, חלקים, מכשירים ומרפאות רפואיות, מגבונים אלו מנקים בקלות נוזלים, אבק וחלקיקים קטנים.
פתרון אחסון רקמות MACSמילטני ביוטק130-100-008פתרון אחסון המשמש לאחסון אופטימלי של דגימות איברים ורקמות טריות
מיקרופיפטהShanghai Lichen Instrument Technology Co., Ltd.STEM-GC-3197-Yלפיפטינג/העברת נוזלים בנפחים קטנים
קצות מיקרופיפטהטארסונים521100לפיפטינג/העברת נוזלים בנפחים קטנים
פאראפילםפאראפילם M5259-04LC PM996לאיטום אטום ועמיד ללחות של צינורות למניעת דליפות
פרימוצין 250 מ"ג (5x1 מ"ל)InvivoGenאנט-PM-05משמש להגנה על רקמות מזיהום מיקרוביאלי
מקרר (4 מעלות; C)LGדגם: GR-Y331SLZBלאחסון דגימות רקמה ותגובות
פתרון RNAlaterתרמו פישר סיינטיפיקAM7021תמיסת ייצוב RNA המשמשת לאחסון וביובנק רקמות
צינור קוני סטרילי בגודל 15 מ"לתרמו-סיינטיפיק339650משמש לייצור אליקוטים של מגבים/מדיה המשמשים לאחסון רקמות
קריוביאלים סטריליים בנפח 5 מ"לתרמו-סיינטיפיק5000-1020משמש לייצור אליקוטים של מגבים/מדיה המשמשים לאחסון רקמות
להב סכין סטרילי (#11)סרג'יטקלא זמיןלחיתוך גידול ורקמות שד תקינות
מספריים כירורגיים (18.5 ס"מ 7 & frac14; " str)אולטן אינסטרומנטסBO-0125לחיתוך גידול ורקמות שד תקינות
לוגר טמפרטורהאקסטק אינסטרומנטס42280לצורך רישום טמפרטורה ולחות במהלך הובלת דגימות
דיו רקמהאפרדיה3120123על צביעת שולי דגימות כירורגיות שנלקחו לניתוח היסטופתולוגי
מקפיא אולטרה-נמוךהייר ביומדיקלDW-86L579לאחסון בלתי מוגבל של גידול ורקמות שד תקינות
מיכל דגימת שתן 60 מ"לשור גארד0016UCS06PCלאחסון רקמות לניתוח היסטופתולוגי
שקיות זיפלוקריינולדס מוצרי צריכה בע"ממשמש לאריזת הדגימות להובלה

מקורות

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Wu, T., Lee, J. Promoting breast cancer awareness and screening practices for early detection in low-resource settings. Eur J Breast Health. 15 (1), 18-25 (2018).
  2. De Leon Matsuda, M. L., et al. BRCA1 and BRCA2 mutations among breast cancer patients from the Philippines. Int J Cancer. 98 (4), 596-603 (2002).
  3. Ngelangel, C. A., Wang, E. H. M. Cancer and the Philippine Cancer Control Program. Jpn. J Clin Oncol. 32 Suppl, S52-S61 (2002).
  4. Lee, S., Jung, P. E., Lee, Y. Publicly-funded biobanks and networks in East Asia. SpringerPlus. 5 (1), 1080(2016).
  5. Murtagh, M. J., Demir, I., Harris, J. R., Burton, P. R. Realizing the promise of population biobanks: a new model for translation. Hum Genet. 130, 333-345 (2011).
  6. Coppola, L., et al. Biobanking in health care: evolution and future directions. J Transl Med. 17 (1), 172(2019).
  7. Sajo, M. E. J. V., et al. A pilot cancer-phenome biobanking system in a low-resource Southeast Asian setting: The Philippine general hospital biobank experience. Biopreserv Biobank. 18 (3), 180-188 (2020).
  8. Considerations for RNA Seq Read Length and Coverage. , Illumina Knowledge. https://knowledge.illumina.com/library-preparation/rna-library-prep/library-preparation-rna-library-prep-reference_material-list/000001243 (2024).
  9. Evidence-based clinical practice guidelines for early breast cancer. Phil J Surg Specialties. 68 (2), 41-74 (2013).
  10. Al-Ismaeel, A. H., Nugud, A., Nugud, A., Nugud, S. Ultrasonography-guided core needle biopsy diagnostic value in breast lump assessment: An experience from the Middle East. J Diagn Med Sonogr. 37 (1), 5-11 (2021).
  11. Poontananggoon, S. Accuracy of ultrasound-guided core-needle biopsy on non-palpable breast masses. Srinagarind Med J. 35 (2), 125-128 (2020).
  12. Finak, G., et al. Gene expression signatures of morphologically normal breast tissue identify basal-like tumors. Breast Cancer Res. 8 (5), R58(2006).
  13. Johnson, K. C., et al. Normal breast tissue DNA methylation differences at regulatory elements are associated with the cancer risk factor age. Breast Cancer Res. 19 (1), 81(2017).
  14. Smits, A., et al. The estimation of tumor cell percentage for molecular testing by pathologists is not accurate. Mod Pathol. 27, 168-174 (2014).
  15. Busheri, L., et al. Breast cancer biobank from a single institutional cohort in an urban setting in India: Tumor characteristics and survival outcomes. Cancer Treat Res Commun. 28, 100409(2021).
  16. Pekar, G., et al. Biobanking multifocal breast carcinomas: sample adequacy with regard to histology and DNA content. Histopathology. 68, 411-421 (2016).

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

הדפסות חוזרות והרשאות

בקש הרשאה לשימוש חוזר בטקסט או באיורים של מאמר JoVE זה

בקש הרשאה

תגיות

Breast Cancer BiobankingCore Needle BiopsyRNA SequencingOrganoid CultureTumor Tissue CollectionNormal Tissue CollectionUltrasound Guided BiopsyCryo Vial StoragePersonalized MedicineThree Dimensional Culture

מאמרים קשורים