דור של rd29A: וקטור ביטוי DREB1A (איור 1)
מסגרת הקריאה הפתוחה DREB1A באורך מלא (ORF, 651 bp) הוגברה מ-Arabidopsis thaliana L. cDNA באמצעות פריימרים ספציפיים לגנים המשלבים אתרי הגבלה של BamHI ו-EcoRI: קדימה 5/-GGCGGATCCATGAACTTTTCTGCT-3/ והפוך 5/-GGCGAATTCTTAATAACTCCATAACGA-3/. באופן דומה, מקדם ה-rd29A (499 bp) הוגבר מה-DNA הגנומי של Arabidopsis באמצעות פריימרים המכילים אתרי KpnI ו-BamH I: קדימה 5/-GCG GGTACCCCTATTAGAACGATTAGAG-3/ והפוך 5/-GGCGGATCCGGTGGTTCCTCTCTTTGATCC-3/. תגובות PCR בוצעו בנפח של 25 מיקרוליטר המכיל 2.5 מיקרוליטר של מאגר PCR 10x, 1.5 מ"מ MgCl2, 0.2 מ"מ מכל dNTP, 0.4 מיקרומטר מכל פריימר, 1 U של Taq DNA פולימראז ו-1 מיקרוליטר של תבנית DNA (כ-100 ננוגרם ל-DNA גנומי או 50 ננוגרם ל-cDNA), עם מים נטולי נוקלאז שנוספו לנפח הסופי. תנאי ההגברה של שברי המקדם DREB1A ו-rd29A היו כדלקמן: דנטורציה ראשונית ב-95 מעלות צלזיוס למשך 3 דקות; 35 מחזורי דנטורציה ב-95 מעלות צלזיוס למשך 30 שניות, חישול ב-58 מעלות צלזיוס למשך 30 שניות, והארכה ב-72 מעלות צלזיוס למשך דקה; ואחריה הארכה סופית ב-72 מעלות צלזיוס למשך 7 דקות. מוצרים מוגברים נפתרו על ג'ל אגרוז 0.7% וטוהרו בג'ל באמצעות ערכת מיצוי ג'ל על פי פרוטוקול היצרן.
מוצרי ה-PCR המוגברים של מקדם DREB1A ו-rd29A שובטו לתוך וקטור השיבוט, pTZ57R/T, באמצעות שיבוט TA, והמוצרים עברו ריצוף סנגר לאישור. רצף DREB1A (מס' הצטרפות. AM992886) הוגש ל-GenBank (מקדם rd29A הוכנס לאתרי KpnI ו-BamHI, ורצף הקידוד DREB1A הוכנס במורד הזרם לאתרי BamHI ו-EcoRI, ובכך החליף את מקדם ה-2x35S המקורי ומיקם את DREB1A בשליטת rd29A. הקסטה הסופית (rd29A::DREB1A::CamV) נכרתה באמצעות KpnIו-EcoRV ושובטה לאזור T-DNA של הווקטור הבינארי pGA482 כדי ליצור את המבנה המשמש לטרנספורמציה של הצמח (איור 1). לאחר ריצוף סנגר הראשוני לאימות המוצרים המשובטים, לא בוצע אימות ריצוף נוסף.
ניתוח רצף גנים
באמצעות הכלי הביואינפורמטי המוזכר, בוצע ניתוח פילוגנטי של רצפי החלבונים של AtDREB1A ו-DREB1 מ-13 מיני דיקוט ומונוקוט שונים והושווה בשיטת הצטרפות השכנים. רצפי חומצות האמינו נאספו מפיטוזום (http://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html) ובנק הג'נבנק (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/). ניתוח יישור רצפים מרובים בוצע באמצעות התוכנית המקוונת Clustal Omega. לאחר שהרצפים החיוניים נרכשו מ-Phytozome ו-GenBank, אין צורך באחזור רצף נוסף.
הכנת אקספלנטים ואקדח אינדוקציה יבלות20,34
זן קנה הסוכר גדל בשדה הניסויי ב-NIBGE, פייסלאבאד. לאחר 6 חודשים, החלק העליון של המקל הבריא נכרת כדי להחזיר את האזור האפיקלי, שנחתך לניצן הסופי. בתנאים סטריליים, גלילי העלים קולפו למקטעים גליליים של ~5 מ"מ ופני השטח עוקרו עם 70% אתנול. מהאזור שמעל המריסטם האפיקלי, הוכנו כ-10-15 דיסקים אפיקליים (~3 מ"מ גודל) לכל קנה. הדיסקים תורבתו על מדיום אינדוקציה של יבלות (CIM) כפי שתואר קודם לכן 1,20,34. לאחר 4-6 שבועות, הקאלי העוברי שנוצר עבר תת-תרבית על CIM טרי להמשך התפשטות. הערה: השימוש ב-70% אתנול לחיטוי פני השטח נמצא מספיק, ולא נדרשו שלבי עיקור נוספים.
טרנספורמציה גנטית של rd29A: DREB1A בקנה סוכר באמצעות אקדח גנים20,34
היבלת העוברית המתפשטת סודרה במרכז צלחת הפטרי המכילה CIM. לאחר 3 ימים, הקאלי הופצצו בווקטור בינארי מצופה זהב, pGA482, המכיל rd29A: DREB1A, באמצעות אקדח ביוליסטי PDS-1000/He כמתואר בפירוט34. לאחר ההפצצה, חלקים קטנים של קאלי תורבו ב-CIM במשך 3 ימים והונחו בחושך ב-26 ±-2 מעלות צלזיוס. לאחר מכן, הקאלי תורבת על מדיום בחירת יבלות (CSM) המכיל 60 מ"ג/ליטר גנטיצין, תת-תרבית על CSM כל 10 ימים, והונחו בחושך בטמפרטורה של 26 ± 2 מעלות צלזיוס.
לאחר 30 יום, קאלי בריא תורבת על מדיום בחירת רגנרציה (RSM) המכיל אנטיביוטיקה של 60 מ"ג/ליטר כדי לקבל יורה. הלוחות הונחו בחדר גידול למשך 4 שבועות בטמפרטורה מבוקרת (26 ± 2 מעלות צלזיוס), 16 שעות/8 שעות אור אור/חושך, עוצמת אור של 500 מיקרומול m-2 s-1 ולחות מבוקרת35. יורה הבריאות המחודשת תורבתה על מדיום ברירה (RtSM) המכיל אנטיביוטיקה של 60 מ"ג/ליטר בצנצנות זכוכית והונחה בחדר הגידול בתנאים שהוזכרו לעיל. לאחר 4-6 שבועות הועברו טרנספורמטורים משוערים לעציצי פלסטיק קטנים המכילים אדמה חולית מעוקרת והונחו בחדר הגידול בתנאים שהוזכרו לעיל. אין צורך בתת-תרבות נוספת במדיום בחירת יבלות (CSM) מעבר ל-10 ימים.
אישור מולקולרי של צמחי קנה סוכר טרנסגניים
כפי שתואר קודם לכן, DNA גנומי בודד מהעלים הצעירים של שתילי קנה סוכר טרנסגניים משוערים בשיטת מיצוי CTAB36. איכות וריכוז ה-DNA הוערכו באמצעות ספקטרופוטומטר NanoDrop ואלקטרופורזה של ג'ל אגרוז. הגברת PCR של גן הסמן הניתן לבחירה nptII (750 bp) והטרנסגן DREB1A (651 bp) בוצעה באמצעות פריימרים ספציפיים לגן המפורטים בטבלה 1. כל תגובת PCR של 25 מיקרוליטר הכילה 1x מאגר PCR, 2.5 מ"מ MgCl₂, 0.2 מ"מ dNTPs כל אחד, 0.4 מיקרומטר מכל פריימר, 1 U של Taq DNA פולימראז, ~100 ננוגרם של DNA גנומי ומים נטולי יונים לנפח. התגובות בוצעו בתרמו-סייקלר בתנאים הבאים: דנטורציה ראשונית ב-95 מעלות צלזיוס למשך 3 דקות; 35 מחזורים של 94 מעלות צלזיוס למשך 30 שניות, 58 מעלות צלזיוס למשך 30 שניות, 72 מעלות צלזיוס למשך 45 שניות; ואחריה הארכה סופית ב-72 מעלות צלזיוס למשך 5 דקות. מוצרי PCR נפתרו על ג'ל אגרוז 1% והודגמו באור UV כדי לאשר הגברה. צמחים טרנסגניים חיוביים ל-PCR (T0) הועברו לאחר מכן לעציצי חרס גדולים והוקשחו בסביבת חממה מבוקרת עד לבגרות. עם ההתבגרות, מקטעי קנה מחמישה אירועי T₁ שאושרו באקראי על ידי PCR נשתלו והופצו במיקרו-חלקות למשך 12 חודשים כדי ליצור מספיק קבוצות שיבוט לניסוי עקת הבצורת. הערה: לאחר אישור הגנים nptII ו-DREB1A , לא בוצעו הגברות PCR נוספות.
מחקר ביטוי DREB1A
הביטוי היחסי של DREB1A בעלים לחוצים של צמחי קנה סוכר טרנסגניים ולא טרנסגניים כומת באמצעות PCR בזמן אמת (qPCR). סך ה-RNA בודד מ~100 מ"ג של רקמת עלים באמצעות מגיב המיצוי על פי פרוטוקול היצרן. איכות ה-RNA אומתה על ידי אלקטרופורזה של ג'ל אגרוז וכומתה באמצעות ספקטרופוטומטר. עבור כל דגימה, 2 מיקרוגרם של RNA תומלל לאחור באמצעות ערכת סינתזת cDNA בהתאם להוראות הספק, עם פריימרים oligo(dT).
ה-cDNA שהתקבל שימש כתבנית להגברת DREB1A של 188 bp באמצעות פריימרים ספציפיים לגנים: קדימה 5'-ACAGAGGAGTTCGTCGGAGA-3' והפוך 5'-GAGTCTCCAAGCCGAGTCAG-3'. כל תגובת qPCR של 25 מיקרוליטר הכילה 12.5 מיקרוליטר של 2x SYBR Green qPCR Master Mix, 0.4 מיקרומטר מכל פריימר, 2 מיקרוליטר של cDNA מדולל (תבנית ~100 ננוגרם), ומים נטולי נוקלאז כדי להביא את הנפח ל-25 מיקרוליטר. התגובות בוצעו בשלוש עותקים על מחזורי תרמי באמצעות התוכנית הבאה: דנטורציה ראשונית ב-95 מעלות צלזיוס למשך 5 דקות, ואחריהם 40 מחזורים של 95 מעלות צלזיוס למשך 30 שניות, 56 מעלות צלזיוס למשך 30 שניות ו-72 מעלות צלזיוס למשך 30 שניות, עם הארכה סופית ב-72 מעלות צלזיוס למשך 10 דקות.
כדי לאשר את היעילות והליניאריות של תגובות ה-qPCR, נוצרה בתחילה עקומה סטנדרטית באמצעות דילולים סדרתיים פי 10 של DNA פלסמיד המכיל את שבר ה-DREB1A המשובטים. עם זאת, עבור ניתוח ביטוי, כימות יחסי בוצע בשיטת 2−ΔΔCt 37. הגן אקטין שימש כהתייחסות אנדוגנית, ורמת הביטוי של DREB1A בכל קו טרנסגני נורמלה לזו של הביקורת מסוג הבר. כל ערכיה-Ct נאספו באמצעות הגדרות בסיס וסף אוטומטיות המומלצות על ידי תוכנת המכשיר. רק עקומות התכה עם פסגות בודדות וחדות התקבלו, מה שאישר את הספציפיות. RNA איכותי ולא מתפרק היה חיוני לכימות מדויק. דגימות RNA לא טהורות או מושפלות לא נכללו כדי להימנע מפגיעה באמינות של סינתזת cDNA וניתוח ביטוי גנים במורד הזרם.
מחקר על שינויים בתיווך DREB1A בקנה סוכר: ניסוי עקת מים20,34
לאחר שנה נזרעו שלושה שכפולים של חמישה מקטעי קנים (שני צמתים/מקטעים) של צמחים טרנסגניים ולא טרנסגניים (מסוג בר) בעומק של 5 ס"מ בעציצי חרס המכילים 18 ק"ג אדמה (ECe 1.34; SAR 2.72; pH 7.8). שלושה משטרי עקת מים: 100, 80 ו-60% FC יושמו (טבלה 2). פעילות פוטוסינתטית של קנה סוכר (PN, E ו-gs) ויחסי מים של צמחים (Ψw, Ψs ו-RWC) נחקרו לאחר 12 חודשים. אל תשנה את משטרי המים שנקבעו, מכיוון שזה ישפיע על עקביות הטיפולים.
קביעת פעילות פוטוסינתטית
לאחר 180 יום של עקת מים, פרמטרים של חילופי גזים - קצב פוטוסינתטי (PN), קצב דיות (E) ומוליכות פיוניות (gs) - נמדדו הן בצמחי קנה סוכר טרנסגניים והן בצמחי בר באמצעות מערכת פוטוסינתזה ידנית ניידת. המדידות נלקחו בין השעות 09:00 ל-11:00 בבוקר באמצעות העלה השלישי המורחב במלואו מהחלק העליון של כל צמח. העלה שנבחר הוכנס בעדינות לתא העלים השקוף המובנה (3 ס"מ2 clamp שטח), מה שמבטיח מגע מלא ללא קמטים או חסימה. תנאי הסביבה תועדו בזמן אמת על ידי המערכת, בעוד שעוצמת האור נשמרה על כ-1,000 מיקרומול m-2 s-1 באור שמש טבעי. המכשיר הותר לשיווי משקל למשך 30-60 שניות עד שהתקבלו קריאות מצב יציב להטמעת CO2 וחילופי אדי מים. החיישנים הפנימיים של המכשיר רשמו אוטומטית את טמפרטורת העלה, הלחות היחסית וריכוז ה-CO2 הסביבתי. עבור כל גנוטיפ וטיפול, המדידות שוכפלו על לפחות שלושה צמחים בלתי תלויים ביולוגית, והנתונים אוחסנו באופן פנימי ומאוחר יותר יוצאו לניתוח. הקפדה על שמירה על תנאים סביבתיים עקביים על פני שכפולים כדי להבטיח את אמינות הנתונים.
קביעת פוטנציאל מי עלים ופוטנציאל אוסמוטי
פוטנציאל המים (Ψw) של העלה השלישי המורחב במלואו מראש הצמחים נקבע באמצעות תא לחץ מסוג Scholander. לאחר מכן העלים הוקפאו בטמפרטורה של -20 מעלותצלזיוס בצינורות של 1.5 מ"ל, ומיץ התאים שהתקבל מהעלים הקפואים שימש לניתוח פוטנציאל אוסמוטי (Ψs) באמצעות האוסמומטר.
קביעת תכולת המים היחסית של העלים
תכולת המים של עלי הצמח הטרנסגניים והפראיים נבדקה בפירוט. המשקולות הטריות של העלים נמדדו, והעלים הוטבלו במים מזוקקים למשך הלילה. לאחר מכן, נרשם משקלם העכור של העלים, ואילו המשקל היבש נקבע על ידי דגירה של העלים ב-70 מעלות צלזיוס למשך 72 שעות. עלה RWC חושב באמצעות הנוסחה הבאה:

הערה: כדי לנתח במדויק את הפוטנציאל האוסמוטי באמצעות אוסמומטר, יש להקפיא עלים בטמפרטורה של -20 מעלות צלזיוס לאחר קביעת פוטנציאל המים.
תכונות תשואה
תכונות תפוקת קני הסוכר נמדדו בשלב הקציר, כגון גובה קנה סוכר (ס"מ), קוטר, מספר קני טחינה, בריקס (%), וביומסה של נבטים ושורשים.
ניתוחים סטטיסטיים
ניסויי שדה (מבוקרים באמצעות גדר) בוצעו באמצעות פריסת עיצוב בלוק שלם אקראי עם שלושה שכפולים לכל טיפול (חמישה צמחים לכל שכפול; n = 15). בוצע ניתוח דו-כיווני של שונות כדי לנתח את השינויים בתכונות אגרונומיות ופיזיולוגיות שונות ברמת מובהקות של P ≤ 0.05.