כאן אנו מציגים פרוטוקול לניתוח וזיקולות חוץ-תאיות קטנות (sEVs) באמצעות ספקטרוסקופיית רמאן משופרת על פני שטח ללא תוויות (SERS), המאפשר אבחון מחלות זעיר-פולשניות והערכת sEVs ככלי אספקה טיפולית.
הרשמה ל-JoVE נדרשת לצפייה בתוכן זה. התחברו או התחילו בגרסת ניסיון בחינם.
מאמר שיטה
* These authors contributed equally
כאן אנו מציגים פרוטוקול לניתוח וזיקולות חוץ-תאיות קטנות (sEVs) באמצעות ספקטרוסקופיית רמאן משופרת על פני שטח ללא תוויות (SERS), המאפשר אבחון מחלות זעיר-פולשניות והערכת sEVs ככלי אספקה טיפולית.
פרוטוקול זה מתאר פלטפורמה מקיפה וללא תוויות המשלבת ספקטרוסקופיית רמאן משופרת על פני השטח (SERS) עם למידת מכונה (ML) לזיהוי ופרופיל מולקולרית של וזיקולות חוץ-תאיות קטנות (sEVs) ליישומים אבחנתיים וטיפוליים. השיטה מתחילה בבידוד sEV באמצעות כרומטוגרפיה של הוצאת גודל או אולטרה-צנטריפוגה. וזיקולות מבודדות מנותחות לאחר מכן על תת-מערך ננופירמידה דו-ממדי פלזמוני מהונדס, המסוגלים להיות רגישים לשפוחה יחידה. באמצעות טביעות אצבע ביוכימיות פנימיות של רמאן, הפרוטוקול מאפשר זיהוי ספציפי גבוה ללא תוויות חיצוניות. לאחר רכישת הספקטרל, הנתונים עוברים עיבוד מוקדם ומנותחים באמצעות אלגוריתמים מיומנים של למידת מכונה (כגון LDA, SVC) לסיווג מצבי מחלה, תוך הבחנה מוצלחת בין סרטן קיבה לבקרת בריאות באמצעות sEVs מרקמות, פלזמה ורוק, עם דיוק סיווג של 90.1%, 70.9% ו-60.7%. בנוסף, יישומו הטיפולי מתבטא בכימות עומס דוקסורוביצין ב-sEVs בודדים, מדידה שמוגברת באמצעות סובסטרטים מצופים גרפן כסטנדרט פנימי. גישה זו מאפשרת ניתוח בתפוקה גבוהה המתעדת הטרוגניות אוכלוסיית, החיונית לגילוי מוקדם של מחלות ולהבנת יעילות טעינת התרופות ברמת שלף יחיד.
וזיקולות חוץ-תאיות קטנות (sEVs), בדרך כלל בקוטר של 30 עד 200 ננומטר, מופרשות באופן טבעי על ידי תאים לנוזלים ביולוגיים ונושאות חלבונים, ליפידים וחומצות גרעין המעידות על תא מוצאם 1,2,3. כביומרקרים לא פולשניים הנמצאים ברוק, שתן ונוזלי גוף אחרים4, הם מבטיחים לאבחון מוקדם של מחלה, פרוגנוזה ומעקב טיפולי, במיוחד באונקולוגיה 5,6,7. עם זאת, התרגום הקליני שלהם מוגבל בשל הטרוגניות גבוהה ושפע נמוך במטריצות ביולוגיות מורכבות8. כדי להתגבר על אתגרים אלו, פרוטוקול זה עושה שימוש בספקטרוסקופיית ראמן משופרת על פני השטח (SERS), שיטה אנליטית עוצמתית המסוגלת להגביר את פיזור הרמן עד פי 1010-10 ו-11 פעמים באמצעות תת-קרקעיות פלזמוניות 9,10,11. SERS לוכד ספקטרום "טביעת אצבע" מולקולרית פנימית של sEVs בודדים בתוך שניות, ומאפשר ניתוח חד-וזיקול רגיש במיוחד תוך הימנעות מזמני בדיקה ארוכים.
השיטה שלנו משלבת באופן סינרגטי SERS מבוססי תוויות ללא תוויות כדי להשיג אפיון מהיר ורגיש במיוחד של sEVsבודדים 12,13,14,15,16. SERS ללא תוויות לוכד חתימות ביוכימיות פנימיות, וכאשר משולב עם מודלים של למידת מכונה כמו LDA, SVC, הוכח שהוא מבחין ב-sEVs שמקורם בתאים בריאים לעומת חולים בעלי ספציפיות גבוהה13. כדי לשפר עוד יותר את השחזוריות והיכולת הכמותית של הפלטפורמה שלנו, השיטה שלנו תואמת לחלוטין למצעי רמאן המכוסים בגרפן16. גרפן חד-שכבתי מציע משטח אחיד כימית שמייצב נקודות חום פלזמונית ומגביר את ספיגת המולקולות17,18, וחשוב מכך, גרפן חד-שכבתי משמש כמד "מובנה" של אותות SERS12,19, המאפשר את יכולת הכימות של המולקולות שזוהו. למרות שקוטר קרן הלייזר של רמאן (~ 1 מיקרון) גדול יותר מה-sEV הטיפוסי, הפלטפורמה שלנו משיגה רזולוציית וזיקולה יחידה יעילה בזכות האינטראקציה הייחודית בין מנגנונים פיזיים וסטטיסטיים. תת-הננופירמידה הזהב-קוואזי-מחזורית מייצרת "נקודות חמות" פלזמוניות מקומיות מאוד בגדלים קטנים מ-100 ננומטר, שמגבירות אותות רמאן בצורה סופר-ליניארית12. כתוצאה מכך, האות מה-sEV, הקרוב ביותר באופן סטוכסטי לנקודה החמה החזקה ביותר בקרן, שולט בספקטרום. בנוסף, הדמיית SEM מאשרת ש-sEVs מרוחקים היטב (> 1 מיקרון), מה שממזער חפיפה ספקטרלית, בעוד שמפות עוצמת רמאן חושפות מיקום אותות התואם לגודל של ווסיקולותבודדות 13,14. יחד, תכונות אלו מבטיחות שכל ספקטרום שנאסף יתאם בעיקר ל-sEV יחיד, מה שמאפשר ניתוח סטטיסטי יציב וללא תווית. בהשוואה לגישות קונבנציונליות, כמו ווסטרן בלוט, ספקטרומטריית מסה או פיזור ראמן רגיל, שדורשות נפחי דגימות גדולים ואינן מספקות לפתור וזיקולות בודדות20, פלטפורמת SERS החד-וזיקולית שלנו מציעה רגישות, קצב העברה ורזולוציה מולקולרית עליונות. תהליך עבודה זה מתאים לחוקרים השואפים לפתח כלים אבחנתיים זעיר-פולשניים ברזולוציה גבוהה או לחקור הטרוגניות של sEV ויעילות טעינת תרופות במחקרים טיפוליים מותאמים אישית. בפרוטוקול זה אנו מראים כיצד פלטפורמת SERS שלנו משתמשת ב-sEVs בודדים כדי לאפשר זיהוי מחלות ויישומים טיפוליים, במיוחד בסרטן, כולל כל תהליך הבידוד של וזיקולות, הכנת מצע פלזמוני, רכישת ראמן וניתוח נתונים באמצעות למידת מכונה.
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
איסוף הדגימות האנושיות בוצע בהתאם להצהרת הלסינקי ואושר על ידי מועצת הביקורת המוסדית (IRB) של UCLA. כל התורמים נתנו הסכמה מדעת בכתב לפני השתתפותם במחקר.
הערה: בסך הכול 4 קווי תאים, AGS (CRL-1739), A549 (CCL-185), NCI-N87 (CRL-5822), Hs 738.St/Int (CRL-7869), כולם נרכשו מספק מסחרי, שימשו במחקר זה. קווי התאים הללו גודלו ועברו בקפדנות לפי הוראות הספק ותגובותיו. המדיה המעובדת נאספה ואוחסנה בטמפרטורה של -20 מעלות צלזיוס לפני העיבוד. במרכז הרפואי סמסונג בקוריאה, תורמים תרמו מרצון דגימות רקמה, פלזמה ורוק. רקמת סרטן הקיבה נאספה במהלך כריתה כירורגית, בעוד שביופסיות מביקורת לא-סרטנית נאספו באמצעות אנדוסקופיה. פלזמה נאספה בצינורות EDTA בהתאם לפרוטוקולים קליניים סטנדרטיים. כ-5 מ"ל רוק שלם לא מגורה נאספו מכל נבדק, ואז צונטריפוגה ב-2,600 × גרם למשך 15 דקות בטמפרטורה של 4 מעלות צלזיוס. לשימור RNA חוץ-תאי, הסופרנטנט הושלים במעכב RNase SUPERase-In בעוצמה של 20 U/mL. כל הדגימות נשמרו בטמפרטורה של מינוס 80°C עד לעיבוד נוסף. ה-sEVs בודדו ממדיות מותנות ודגימות קליניות בהתאם לפרוטוקולים שנקבעו21.
1. בידוד ואפיון של sEV
2. ייצור מצע פלזמוני של SERS 12,18,19
3. העברת גרפן למצע פלזמוני
4. הכנת דגימות SERS ורכישת ספקטרום
5. קדם-עיבוד נתונים
6. ניתוח ספקטרלי עם למידת מכונה
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
יישום מוצלח של פרוטוקול SERS חד-וזיקולתי מניב ספקטרום ראמן מובחן מ-sEVs בודדים, ומאפשר סיווג אבחוני בהמשך ומניטור עומס תרופות טיפולי. איור 1 מציג את זרימת העבודה של מחקר האבחון לסרטן הקיבה ויישום ניטור ה-sEVs העמוסים בתרופות באמצעות הפרוטוקול המדווח כאן, בהתאמה.

איור 1
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
היבט מרכזי בפרוטוקול זה הוא הכנת המצע וטיהור ה-sEV. הביצועים של SERS ללא תוויות תלויים במידה רבה בייצור מצעים פלזמוניים אחידים ובעלי קונפורמיות גבוהה עם "נקודת חמה" חזקה. באופן דומה, בידוד sEV טהור גבוה באמצעות כרומטוגרפיה של החרגת גודל הוא חיוני ליצירת ספקטרום SERS אמין וניתן לשחזור. זיהומים כמו אגרגטים חלבונים או ליפופרוטאינים לא רק מחלישים את אות הוזיקולה, אלא גם עלולים לבלבל את סיווג למידת המכונה בהמשך על ידי הכנסת רעש ספקטרלי.
יתרון משמעותי של הפ...
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
המחברים מצהירים כי אין להם ניגודי עניינים הקשורים לעבודה זו.
עבודה זו נתמכה על ידי המרכז הלאומי לקידום מדעי התרגום של המכונים הלאומיים לבריאות תחת מספרי פרס 4UH3TR002978-03 ו-1U18TR003778-01, ועל ידי מענק מהמכון לרפואה רגנרטיבית של קליפורניה (CIRM) (מספר מענק TRAN1-14649).
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
| שם | חברה | מספר קטלוג | הערות |
|---|---|---|---|
| 1x PBS | תרמו פישר סיינטיפיק | J61196. AP | |
| רשת נחושת של 300 רשתות | מדעי מיקרוסקופיית אלקטרונים | EMS200-Cu | |
| 4% תמיסת פאראפורמלדהיד | סיגמא אולדריץ' | 1004960700 | |
| 4″ Si wafers | MSE Supplies | <חזק>WA0810 | (100) מכוון |
| קו התאים A549 | ATCC | CCL-185 | |
| קו התאים של AGS | ATCC | CRL-1739 | |
| רוטור צנטריפוגה F-35-6-30, 5430 | אפנדורף | <חזק>22654306 | |
| CHA Mark 40 | CHA Mark 40 | https://chaindustries.com/mark-40-system/ | אידוי קרן אלקטרונית |
| תמיסת חריטת Cr | סיגמא אולדריץ' | 651826-500ML | |
| דוקסורוביצין D-4000 | מעבדות LC | D-4000_3g | |
| מערכת ExoView R100 וערכת טטראספנין אנושית של ExoView | NanoView Biosciences | https://www.nowmedicalstudios. com/portfolio/nanoview- Biosciences-3D-product-illustrations | |
| פתרון FeCl3 | סיגמא אולדריץ' | 451649 | |
| פתרון HF | סיגמא אולדריץ' | 695068-500ML | |
| Hs 738.St/Int קו תאים | ATCC | CRL-7869 | |
| באמצעות מיקרוסקופ קונפוקלי של רמאן | רנישו | https://www.renishaw.com/en/ invia-confocal-raman-microscope --6260?srsltid=AfmBOoqbZlyW qv2KDdcXV0UZnp8tdLNgYZ0 GbZvGOWI6z1OKi48rg5-b | |
| פתרון KOH | סיגמא אולדריץ' | 417661 | |
| שייקרים חד-מימיים/מקררים של MaxQ 4000 על שולחן | תרמו-סיינטיפיק | SHKA4000 (4320) | |
| חממת MCO-19AIC | סניו | 8380-30-0035 | |
| מסנן מילקס-GP | מיליפורסיגמא | SLGPM33RS | 0.22 ומיקרו; m |
| מיקרוסקופ NanoSEM 230 | FEI | SEM-FEI-014 | |
| Nanosight NS300 | מלוורן אנליטי | https://www.malvernpanalytical .com/en/support/product-support /nanosight-range/nanosight-ns300 | |
| קו התאים NCI-N87 | ATCC | CRL-5822 | |
| Optima TLX אולטרה-צנטריפוגה | בקמן קולטר | 8043-30-1197 | |
| אוקספורד פלסמלאב 80 פלוס | אוקספורד פלסמלאב | https://plasma.oxinst.com/ products/rie/plasmapro-800-rie | |
| כדורי פוליסטירן | אלפא אסאר | <חזק>AA42711AB | 500 ננומטר |
| qEVoriginal/35 ננומטר | איזון | ICO-35 | |
| גרפן חד-שכבתי | MSE Supplies | <חזק>ME0408 | |
| בקבוק T-75 | VWR | 156800 | |
| TF20 EM ברזולוציה גבוהה | FEI | https://eicn.cnsi.ucla.edu/project/fei-tf20-tem/ | |
| תמיסת אצטט אורניל | מדעי מיקרוסקופיית אלקטרונים | 22400-1 |
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.