מאמר שיטה

אמילואיד והארכיטקטורה החוצה-בטא

DOI:

10.3791/69350

⸱

13 בפברואר 2026

 ,  ,  ,  , 
1School of Life Sciences, University of Sussex

במאמר זה

סיכום

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

סיבי עמילואיד נוצרים על ידי חלבונים רבים, והסיבים המתקבלים חולקים מבנה "β-יריעה". כאן אנו מתארים כיצד ניתן להכין דגימות סיבים אמילואידיים לדיפרקציה של סיבי רנטגן וכיצד ניתן לנתח את הדפוסים.

תקציר

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

סיבי עמילואיד מורכבים מחלבון מקופל בצורה לא נכונה, המורכב מעצמו, המאורגן למבנה מוגדר היטב וחזרתי. הם ידועים בתפקידם החשוב במחלות של קיפול חלבוני בצורה שגויה, כולל מחלת אלצהיימר וסוכרת סוג 2, שבהן סיבי העמילואיד הבלתי מסיסים שוקעים ברקמות. יתרה מזאת, נמצא כי הם ממלאים תפקיד תפקודי חשוב באורגניזמים רבים, ומספקים חוזק, פיגומים והגנה. המודלים המבניים הראשונים של עמילואיד התבססו על איסוף נתוני דיפרקציית סיבי רנטגן מחבילות של סיבי עמילואיד מיושרים. כתוצאה מכך, נוצרו מודלים מוקדמים של מבנה β חוצה גנרי, שהוחלף בניתוח דיפרקציה מפורט יותר מדגימות מכוונות וחצי-גבישיות, מה שהוביל לפרטים של ארגון פפטידים לארכיטקטורה חזרתית. כאן התמקדנו בתיאור שיטות לקביעת הארכיטקטורה הבסיסית של סיבים אלו, ותיארנו את התכונות המשותפות של סיבי עמילואיד ממקורות פתוגניים, פונקציונליים וסינתטיים מגוונים. אנו מתארים את הכנת הדגימות, איסוף הנתונים וניתוח הנתונים לאחר מכן כדי ליצור מבנה מודל שניתן להשוות לנתונים הניסיוניים.

מבוא

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

סיבי עמילואיד זוהו לראשונה בתוך קבוצת מחלות הידועה כאמילואידוזה, שבה סיבי חלבון מצטברים במרחבים החוץ-תאיים של רקמות1. כל מחלה מאופיינת על ידי חלבון מקדים מסוים שעובר שינוי קונפורמציה ליצירת סיבי חלבון מסודרים ויציבים 2,3. ההגדרה העדכנית יותר של סיבים אמילואידיים כוללת כיום סיבים שמצטברים בסביבה התאית. לאחרונה זוהו מספר מערכות פונקציונליות המשתמשות במבנה העמילואיד כדי לספק יציבות, הידבקות או אפילו אחסון מידע. למרות המגוון הרחב של מבני חלבון שיכולים להרכיב את עצמם ליצירת סיבי עמילואיד, כולם חולקים מבנה חוצה-β4. סידור β צולב זה תואר לראשונה על ידי אסטבורי עבור חלבון ביצת תרנגולות5 ולאחר מכן הוסבר בהרחבה על ידי גדס עבור משי צולבβ 6. בארכיטקטורה זו של חלבונים, הסיבים מורכבים מ-β גדילים שרצים בניצב לציר הסיביים, אשר מסודרים ל-β גיליונות שמתחברים דרך שרשראות הצדדים ליצירת מה שנקרא מאוחר יותר רוכסני סטריק7. זה יוצר ארגון יציב מאוד שמוחזק יחד באמצעות קשרי מימן המקבילים לסיב, לצד אינטראקציות הידרופוביות, אלקטרוסטטיות ופולריות דרך שרשראות צדדיות8.

מחקרים מבניים מוקדמים השתמשו בדיפרקציה של סיבי רנטגן כדי לבחון את מבנה סיבי העמילואיד, כאשר הסיבים היו מיושרים ומכוונים ליצירת צרור של סיבי עמילואיד שניתן היה למקם בקרן הרנטגן של דיפרקטומטר 9,10. נוצר מבנה גנרי של סיבי עמילואיד כדי להתאים לדפוסי הדיפרקציה ממספר סיבי עמילואיד שהופקו מרקמת מחלה אנושית או שגודלו במבחנה4, וזה סיפק בסיס לתיאורים מבניים נוספים11. בשנים האחרונות, התקדמות בתהודה מגנטית גרעינית במצב מוצק (ssNMR), קריסטלוגרפיית מיקרוקריסטלים בקרני רנטגן ומיקרוסקופיה אלקטרונית קריוגנית (CryoEM) סיפקה פירוט אטומי למבנה חוצה-β11. עם זאת, שיטת דיפרקציית סיבי רנטגן נותרה חשובה ושימושית, ומספקת מידע על הארגון החוזר של החלבונים. יתרה מזאת, במקרים מסוימים, מידע הנוגע לפקודה לטווח ארוך עשוי להיות נגיש. בעיקרון, דיפרקציית סיבי רנטגן משמשת לעיתים קרובות לאישור נוכחות סיבי עמילואיד הנוצרים מחלבונים שונים, ודפוס β חוצה הוא אחד הדרישות העיקריות לסיווג מכלול סיבי כאמילואיד12.

כאן אנו מתארים את המתודולוגיה שבה נעשה שימוש להכנת סיבי עמילואיד ויישונם לאיסוף נתוני דיפרקציית סיבי רנטגן. יתרה מזאת, אנו מספקים פרטים כיצד ניתן לנתח את נתוני הדיפרקציה לעומק כדי ליצור מבנה מודל, דפוס הדיפרקציה החזוי שלו, והשוואתנו לנתוני דיפרקציה מסיבים שמקורם ב-ex-vivo.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

פרוטוקול

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. הכנת דגימות פיברילריות לדיפרקציה של סיבי רנטגן

  1. המיס חלבון או פפטיד מעניין בתנאים אופטימליים להיווצרות סיבים עבור הפפטיד האמילואידוגני שנבחר והעריך את היווצרות הסיבים באמצעות מיקרוסקופ אלקטרונים או מיקרוסקופ כוח אטומי. פרטים על אופן הכנת דגימות וביצוע הדמיה זמינים במקומות אחרים.13. ודא שהסיבים ארוכים, ישרים וללא הסתעפות כפי שמוצג באיור 1. לדוגמה, הסיבים המוצגים באיור 1 צולמו באמצעות מיקרוסקופ אלקטרוני מעבר (TEM). הנח טיפה המכילה סיבים על רשת מיקרוסקופ אלקטרונים ואז צבע שלילי באמצעות אצטטאורניל 14.
    הערה: כיסוי והתפלגות שווים של הסיבים על הרשת רצויים.
  2. יישר ליצירת חבילה של סיבים שצירי הסיבים שלהם אידיאלית מקבילים (איור 2A).
    1. המיס את שעוות הנרות עד שהיא נוזלית באמצעות פלטה חמה. באמצעות חותך זכוכית כמו עט יהלום, חתכו נימי זכוכית בורוסיליקט בקוטר 1 מ"מ לאורך של כ-2-3 ס"מ וטבלו אותם בשעווה הנוזלית לזמן קצר. משוך את שעווה הנר למעלה באמצעות פעולה קפילרית (כ-1-2 מ"מ באורך בתוך הנימים). ודאו שמשטח השעווה שטוח כדי שהשעון הסיבי יוכל לנוח באופן שווה.
    2. השתמש בפלסטלינה לחיבור הנימים האטומים אופקית בצלחת פטרי עם רווח של 0.5 מ"מ עד 2 מ"מ בין הקצוות המלאים בשעווה (איור 2A).
    3. באמצעות פיפטה, תולה בזהירות טיפה של 10 מיקרוליטר תמיסה בין קצות המים המלאים בשעווה של שני הנימים. ודאו שהתמיסה נוגעת בשני קצות השעווה אך אינה מתרחבת אל הזכוכית.
    4. הגנו על הדגימה מאבק על ידי כיסוי צלחת הפטרי. אפשר לדגימה להתאדות במהלך הלילה, מה שמוביל ליישור הסיבים (ראו איור 2A).
      הערה: ייתכן שייקח מספר ימים עד שהדגימה תתייבש לחלוטין, וזה תלוי בטמפרטורת הסביבה, בלחות, ובצמיגות הדגימה.
    5. לאטום את הלוח; דגרו בטמפרטורות נמוכות יותר במקרר או דגרו תוך שימוש בלחות בקופסה אטומה כדי להאט את הייבוש, מה שעשוי להוביל ליישור טוב יותר של הדגימה.
  3. יישר סיבי עמילואיד בנימי זכוכית (איור 2B).
    1. מקבע מזרק של 1 מ"ל עם חתיכת צינור גומי קטנה בקצה הרחב לנימי זכוכית סיליקונית בקוטר 0.7 מ"מ ושאוף 2-3 ס"מ של מתלה סיביים.
    2. אוטום קצה אחד של הנימים באמצעות שעווה מותכת ואפשר לקצה השני להישאר פתוח כדי לאפשר אידוי. סדר את הנימים אנכית ואפשר לו להתייבש במשך מספר ימים או שבועות עד שנוצר דיסק יבש בצינור הקפילרי (איור 2B).
  4. יישר את הסיבים כ"מזרן" או שכבה דקה (איור 2C).
    1. מניחים ריכוז גבוה (למשל>10 מ"ג/מ"ל) של דגימת סיבים על מחסנית זכוכית, פאראפילם או חתיכת טפלון, מכסה, ותנו לה להתייבש באוויר לפחות 24 שעות. זה אמור להתייבש וליצור שכבה דקה ושטוחה על פני השטח. הרימו בזהירות את זה באמצעות סכין מנתח ואז חברו אותו לצינור נימי זכוכית באמצעות דבק או פלסטלין.
    2. המזרן יהיה בעל סידור אקראי של סיבים (ראו איור 2C). התקן בזהירות את הדגימה על ראש גוניומטר כך שקרן הרנטגן תעבור דרך קצה הדגימה ובמקביל למישור הסרט (איור 2C).
      הערה: דיפרקציה דרך פני הסרט תוביא לטבעות דיפרקציה עקב יישור אקראי (ראו איור 2C).
  5. בדוק את הדגימה.
    1. בדקו עד כמה הדגימה מיושרת על ידי בדיקה באמצעות קוטב צולב תחת מיקרוסקופ אור. אם קיימת ביברפרינגנס, זה עשוי להעיד על יישור טוב בחבילת הסיבים.
    2. חבר את דגימת הסיבים הקפילריים לראש גוניומטר באמצעות פלסטלין. יש לשקול האם הדגימה היא חבילת סיבים, משטח או דיסק כאשר מניחים אותה בקרן הרנטגן.
      1. יש לשים לב שציר סיבוב הדגימה יהיה סביב ציר הסיב עבור חבילת סיבים (איור 2A), בעוד שבדיסקים הסיבים נוטים ליישר לאורך קוטר הצינור (איור 2B). למזרן יהיו שני כיוונים מובחנים (מקבילים למישור הסרט וניצבים אליו) (איור 2C).
    3. אספו דפוס דיפרקציה (כפי שמוצג באיור 3A) באמצעות ציוד רנטגן פנימי (CuKα לקריסטלוגרפיית חלבונים) או באמצעות קרינת סינכרוטרון. זמני החשיפה משתנים בהתאם לעוצמת קרן הרנטגן; כוון זאת בהתאם לזמני איסוף מומלצים למקור העיקוי.

2. ניתוח נתונים

  1. שימוש ב-CLEARER לניתוח נתונים15.
    הערה: תוכנת ניתוח דפוסי דיפרקציית סיבי רנטגן זמינה בחינם למשתמשים אקדמיים מהמחבר המתאים. שיטות נוספות לניתוח דיפרקציה זמינות 16,17 (www.esrf.fr/computing/expg/subgroups/data_analysis/FIT2D)18. נטוי בסוגריים מציין פקודות בתפריט.
    1. המור את דפוס הדיפרקציה לקובץ .tiff והעלה את הקובץ ל-CLEARER (איור 4).
    2. הזן את הגדרות הדיפרקציה (דפוס דיפרקציה: הגדרות דיפרקציה), כולל גודל הפיקסל בתמונת TIFF, מקור קרני הרנטגן, ומרחק הדגימה לגלאי.
    3. ודא שתבנית הדיפרקציה מכוונת כך שהמרידיאן אנכי (עיבוד תמונה: סיבוב). השתמש במודול המרכזים (תבנית דיפרקציה: תמונת מרכז) כדי למרכז את התמונה. הגדר את שני הצירים העיקריים (מרידיאן וקו המשווה): מודול זה משווה את העוצמה לאורך שני הצירים של התבנית. לאחר סיום המרכז, שמור את התמונה וודא שהיא משמשת בשלבים הבאים.
    4. ציין זווית מתאימה (מונחת לאורך שני הצירים הראשיים [מרידיאן וקו המשווה]) והוציא גרף המראה את מיקום אות הדיפרקציה מול עוצמה באמצעות מודול הממוצע הרדיאלי (תבנית דיפרקציה: ממוצע רדיאלי) (איור 4A).
    5. מדוד ופלט אוטומטית את מיקומי אותות הדיפרקציה באמצעות מודול מציאת שיא (תבנית דיפרקציה: ממוצע רדיאלי: מיקום שיא) (איור 4B). ודא שכל אותות הדיפרקציה מזוהים במדויק על ידי התאמת רוחב חיפוש השיא תוך הבטחת שרעש אינו מזוהה.
    6. בדוק את מיקומי האות שמוצאים על ידי Peak Find באמצעות מודול Zoom & Measure (תבנית דיפרקציה: Zoom & Measure). ודאו שכל מיקומי האותות רשומים ומוקצים לציר הנכון.
    7. חקור מממדי תא יחידה (b ו-c) שיפיקו את אותות העקיפה הנצפים באמצעות מודול אופטימיזציית תא יחידה (תבנית דיפרקציה: אופטימיזציה של תא יחידה) (איור 5A). בדוק את האותות החזקים שנמצאים בקו המשווה כדי ליצור ניחוש ראשוני להזנה בטבלת הקלט של תא יחידה, ולציין את האינדקסים המינימום והמקסימום [hkl] שעליהם CLEARER מחפש תאים פוטנציאליים (ממד הוא מרידיוני ומוגדר כברירת מחדל ל-4.76 Å).
    8. חשב את ממדי תא היחידה הפוטנציאלית והשווה את מיקומי אותות הדיפרקציה החזויים עם החזרות נצפות. תאי יחידה מדורגים בהתאם למידת ההתאמה בין האותות החזויים לאותות הניסיוניים. לאחר מכן מוצגים עשרים המשחקים המובילים. יש לשקול את אורך הפרקורסור של הפפטיד ומידע נוסף ממיקרוסקופ אלקטרונים, AFM או תהודה מגנטית גרעינית במצב מוצק (ssNMR) כדי לסייע בבחירת התאים היחידה הטובים ביותר שיתאימו לנתונים ולדגימה.

3. מידול מבני ובדיקת המודל באמצעות CLEARER

  1. בניית מודלים מולקולריים (פורמט PDB).
    הערה: השתמשו בתוכניות מידול חלבונים כמו Pymol (DeLano)19 או Insight II (Accelerys) ואחרות, כדי ליצור קואורדינטות PDB של פפטיד הפרקורסור במבנה β-גדילי ובסידור β גיליון. סעיף זה מתאר תהליך פשוט המשמש לתא יחידה אורתורומבי (כל זוויות 90°). ארגונים לא אורתוגונליים אפשריים כאשר נדרשת ידע מקצועי רב יותר בדיפרקציה. ניתן לחקור אותם ב-CLEARER עבור תאי יחידה מורכבים יותר.
    1. בנה סידורים תלת-ממדיים של הפפטידים בסידור של β גיליונות כדי להתאים לתא היחידה שנקבעו. ודא שמודל זה מכיל את כל האובייקטים הקשורים לסימטריה בתוך התא.
    2. טען את מודל ה-PDB למודול מחולל שרשרת המבנה (סימולציית דיפרקציה: מבנים: מחולל שרשרת מבנה) כדי לבדוק את קואורדינטות המבנה שנבנה. ודא שציר הסיבים וציר הקרן מוקצים נכון. הזן את מידות תא היחידה שנקבעו. בדוק האם מתרחש התנגשות עבור מממדי התא שנבחרו (איור 5B).
    3. העלאת קואורדינטות מודל PDB למודול סימולציית דיפרקציית סיבים (סימולציית דיפרקציה: סימולציית דיפרקציית סיבים).
      1. הזן את כיוון ציר הסיב, כיוון הקרן, ממדי תא היחידה שנבחרו משלב 3.1.2, הגדרות מקור קרני רנטגן וגלאי, וסימולציה של לחץ. בסימולציית תא יחידה אורתרומבית, ציר הסיב מוגדר על ידי הציר הקרטזי הקשור לכיוון ציר הסיב במודל שבו משתמשים.
      2. ודא שצירי הקרן ניצבים לציר הסיבים, כלומר על אחד משני הצירים האפשריים האחרים. שמור את הגדרות הסימולציה כקבצי .html (קובץ: שמור כ). ניתן להעלות ולערוך אותם מאוחר יותר כדי לחקור באופן איטרטיבי את מבנה המודל האופטימלי.
      3. שמרו את הדפוס המדומה שנוצר בפורמט גולמי, שניתן להעלות אותו מאוחר יותר לניתוח נוסף, או כ-.tiff (בפורמט זה יש מידע ניגודיות נוסף שנזרק) (סימולציה: שמירת תמונה נראית כ-TIFF). לאחר מכן, השוו אותם לדפוס הניסוי.
  2. השווה בין דפוסי דיפרקציה מדומים לתבניות ניסיוניות להצגה.
    1. השתמש בשלבים 2.1.5-2.1.6 למדידת אותות דיפרקציה מדומים ולהשוות לאלו שנמדדו מדפוסים ניסיוניים (איור 6). רשום את זה בטבלה.
    2. השתמשו במודול בשם Layers (דפוס דיפרקציה: שכבות) כדי לשכב על דפוסים מדומים וניסיוניים להשוואת מיקומי אותות ( איור 6C).
    3. השווה את מיקומי האות והעוצמות היחסיות בין הדפוסים הניסיוניים למדומים על ידי סידור רבע של הדפוס המדומה לצד תבנית הניסוי (כפי שמוצג באיור 6B)8,20,21.
    4. הערכו את תוקף תא היחידה המוצע והמודל המוצעים, ולאחר מכן לשנות באופן איטרטיבי את המודל והתא כדי לשפר את הדמיון בין הדפוס המדומה לדפוס הדיפרקציה הניסיוני.
    5. השווה בהרחבה את תוצאות המודלים והתאים השונים באמצעות ההליך המתואר בשלב 3.1 כדי לבדוק מספר חלופות. ודאו שמידע שנאסף מטכניקות אחרות, כגון TEM, AFM ו-NMR, נחשב למגביל את המודלים ולהגיע לייצוג מבני מיטבי שיתאים לנתונים 8,21,22,23.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

תוצאות

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

דוגמה24 של CcbMet: איור 1 מציג מיקרוגרפים אלקטרוניים המראים צפיפות גבוהה של סיבי עמילואיד על רשת המתאימה להכנת דגימת סיבי רנטגן. איור 2 מתאר את הטקסטורות השונות שיכולות להיווצר מחבילת סיבים דגימות סיבית (איור 2A), דיסק (איור 2B), מט/סרט (איור 2C), ומראה את כיוון קרן הרנטגן.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

דיון

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

דיפרקציית סיבי רנטגן יכולה לשמש להערכת האם דגימה יוצרת מבנה אמילואידי ולקבלת תובנות נוספות לגבי הארגון המולקולרי של החלבון או הפפטיד הקדום בתוך הסיבים. כאן, תיארנו את השיטות שבהן ניתן להכין דגימות סיביות לדיפריקציית סיבי רנטגן, לקבל נתונים ואז לנתח. חשוב לציין, איכות הנתונים שיתקבלו תלויה הן בסדר בתוך הסיבים הבודדים. לכן, הכנת הדגימה הראשונית היא בעלת חשיבות רבה, והאם הסיבים סינתטיים או מופקים מרקמה ישפיע גם על איכות הנתונים. חקירת מרווחים אופטימליים להרכבת סיבי עמילואיד עשויה להיות חשוב...

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

גילויים

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

למחברים אין ניגודי עניינים לחשוף

תודות

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

המחברים מבקשים להודות לעזרתם של ד"ר פאבל סיקורסקי ופרופסור אדוארד אטקינס בפיתוח תוכנית CLEARER ובניתוח הדפוסים. התוכנית נכתבה על ידי ד"ר או'סאמנר מאקין. עבודה זו נתמכה במימון מקרן מחקר האלצהיימר ו-BBSRC.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

חומרים

רשימת החומרים שנעשה בהם שימוש במאמר זה
שםחברהמספר קטלוגהערות
0.7 mm diameter X-ray  quartzglass capillaries GLAS, W. Muller, D-13503, Berlin, GermanyQ-07-001-80
Glass capillaries 1,5 mm borosilicateHarvard appatus Ltd, (Edenbridge, Kent, UK)BS4 30-0074example, available at other manufacturers
Protein crystallography X-ray diffractometerVariousVarious manufacturers

מקורות

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Shirahama, T., Cohen, A. S. High resolution electron microscopic analysis of the amyloid fibril. J Cell Biol. 33, 679-706 (1967).
  2. Buxbaum, J. N., et al. Amyloid nomenclature 2024: Update, novel proteins, and recommendations by the International Society of Amyloidosis (ISA) Nomenclature Committee. Amyloid. 31 (4), 249-256 (2024).
  3. Dobson, C. M. The structural basis of protein folding and its links with human disease. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 356 (1406), 133-145 (2001).
  4. Sunde, M., et al. Common core structure of amyloid fibrils by synchrotron X-ray diffraction. J. Mol. Biol. 273, 729-739 (1997).
  5. Astbury, W. T., Woods, H. J., Bragg, W. L. X-ray studies of the structure of hair, wool, and related fibers. II. The molecular structure and elastic properties of hair keratin. Philos Trans R Soc Lond A. 232, 333-394 (1934).
  6. Geddes, A. J., Parker, K. D., Atkins, E. D., Beighton, E. "Cross-beta" conformation in proteins. J Mol Biol. 32 (2), 343-358 (1968).
  7. Sawaya, M. R., et al. Atomic structures of amyloid cross-beta spines reveal varied steric zippers. Nature. 447 (7143), 453-457 (2007).
  8. Makin, O. S., Atkins, E., Sikorski, P., Johansson, J., Serpell, L. C. Molecular basis for amyloid fibril formation and stability. Proc Natl Acad Sci U S A. 102 (2), 315-320 (2005).
  9. Eanes, E. D., Glenner, G. G. X-ray diffraction studies on amyloid filaments. J Histochem Cytochem. 16 (11), 673-677 (1968).
  10. Kirschner, D. A., Abraham, C., Selkoe, D. J. X-ray diffraction from intraneuronal paired helical filaments and extraneuronal amyloid fibers in Alzheimer disease indicates cross-beta conformation. Proc Natl Acad Sci U S A. 83 (2), 503-507 (1986).
  11. Ke, P. C., et al. Half a century of amyloids: Past, present and future. Chem Soc Rev. 49 (15), 5473-5509 (2020).
  12. Sipe, J. D., et al. Nomenclature 2014: Amyloid fibril proteins and clinical classification of the amyloidosis. Amyloid. 21 (4), 221-224 (2014).
  13. Morris, K. L., Serpell, L. C. X-ray fiber diffraction studies of amyloid fibrils. Methods Mol Biol. 849, 121-135 (2012).
  14. Al-Hilaly, Y. K., et al. Tau (297-391) forms filaments that structurally mimic the core of paired helical filaments in alzheimer's disease brain. FEBS Lett. 594 (5), 944-950 (2020).
  15. Makin, O. S., Sikorski, P., Serpell, L. C. Clearer: A new tool for the analysis of X-ray fiber diffraction patterns and diffraction simulation from atomic structural models. Appl Cryst. 40 (5), 966-972 (2007).
  16. Winn, M. D. An overview of the CCP4 project in protein crystallography: An example of a collaborative project. J Synchrotron Radiat. 10 (Pt 1), 23-25 (2003).
  17. Squire, J., et al. New CCP13 software and the strategy behind further developments: Stripping and modelling of fiber diffraction data. Fibre Diffr Rev. 11, 7-19 (2003).
  18. Makin, O. S., Serpell, L. C. Amyloid Proteins: Methods and Protocols. , Humana Press. Totowa, NJ. (2005).
  19. The pymol molecular graphics system. , DeLano Scientific. San Carlos, USA. (2002).
  20. Jahn, T. R., et al. The common architecture of cross-beta amyloid. J Mol Biol. 395 (4), 717-727 (2009).
  21. Madine, J., et al. Structural insights into the polymorphism of amyloid-like fibrils formed by region 20-29 of amylin revealed by solid-state NMR and X-ray fiber diffraction. J Am Chem Soc. 130 (45), 14990-15001 (2008).
  22. Madine, J., Copland, A., Serpell, L. C., Middleton, D. A. Cross-β spine architecture of fibrils formed by the amyloidogenic segment nfgsvqfv of medin from solid-state NMR and X-ray fiber diffraction measurements. Biochemistry. 48 (14), 3089-3099 (2009).
  23. Papapostolou, D., et al. Engineering nanoscale order into a designed protein fiber. Proc Natl Acad Sci U S A. 104 (26), 10853-10858 (2007).
  24. Steinmetz, M. O., et al. Atomic models of de novo designed ccβ-met amyloid-like fibrils. J Mol Biol. 376 (3), 898-912 (2008).
  25. Blake, C., Serpell, L. Synchrotron x-ray studies suggest that the core of the transthyretin amyloid fibril is a continuous β-helix. Structure. 4, 989-998 (1996).

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

הדפסות חוזרות והרשאות

בקש הרשאה לשימוש חוזר בטקסט או באיורים של מאמר JoVE זה

בקש הרשאה

תגיות

X2

מאמרים קשורים