Method Article

EasyFiji: ממשק גרפי לעיבוד תמונות פלואורסצנציה ידידותי למשתמש בפיג'י

DOI:

10.3791/69441

⸱

February 20th, 2026

 , 
1Center for Bioimage Informatics, St. Jude Children's Research Hospital, 2Cell and Tissue Imaging Center, St. Jude Children's Research Hospital

In This Article

Summary

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

EasyFiji הוא תוסף ממשק משתמש גרפי לפיג'י (ImageJ) המספק חבילת כלים מוקפדת של ויזואליזציה ועיבוד תמונות פלואורסצנטיות, המשמשים לעיתים קרובות מדעני חיים.

Abstract

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

פיג'י (Fiji Is Just ImageJ) היא חבילת עיבוד תמונה בקוד פתוח נרחבת ומורחבת הנמצאת בשימוש נרחב בקהילת ניתוח הביודימויות. עם זאת, עבור מדעני חיים שאינם חישוביים, אינטראקציה ידנית עם היכולות הרבות של פיג'י דורשת למידה וניווט במערכת תפריטים רב-שכבתית עמוקה. יתרה מזאת, התנהגויות ברירת המחדל של חלק מהפקודות אינן אידיאליות להצגת ועיבוד תמונות פלואורסצנטיות. כדי להגדיל את היעילות עבור מדעני חיים העובדים עם תמונות מיקרוסקופיה פלואורסצנטית, פיתחנו את EasyFiji, תוסף ממשק משתמש גרפי (GUI) שנבחר לפיג'י. כל פקודת EasyFiji מתבצעת באמצעות כפתורים ומחוונים משודרגים ב-tooltip ותמיד מציגה ביצוע ספציפי לערוץ, כפי שנדרש לתמונות פלואורסצנטיות. פקודות שמשנות עוצמות פיקסלים ניתנות גם לביטול בלחיצה אחת כדי לאפשר עיבוד אינטראקטיבי יותר, וניתן להקליט ולשמור אותן אוטומטית כטקסט לשמירת רשומות. לוח מידע תמונה מציג הגדרות קריטיות לפרשנות התמונה. מסופקות גם פונקציות חדשות של רינדור תמונה ותיקון הלבנה. התוסף זמין בחינם ב-GitHub וכאתר עדכון פיג'י. פרוטוקול זה מפרט את השלבים לשימוש בממשק של EasyFiji להמחשה ועיבוד של תמונות מיקרוסקופיה פלואורסצנטיות.

Introduction

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Fiji (Fiji Is Just ImageJ) היא חבילת עיבוד תמונה בקוד פתוח נרחבת ומורחבת הנמצאת בשימוש נרחב בקהילת ניתוח התמונותהביולוגית 1,2. בסיס הקוד הגדול של אלגוריתמים כלליים בפיג'י, יחד עם שפת המקרו וממשק התוספים, יכולים להיות מנוצלים בנוחות על ידי אנליסטים חישוביים כדי לספק פתרון כמעט לכל בעיית עיבוד תמונה או ניתוח. עם זאת, עבור משתמשי מדעי החיים עם מעט ניסיון חישובי, >1,100 הפקודות של FIJI הפזורות על פני מערכת תפריט נפתח רב-שכבתית עשויות להיות מורכבות מאוד לניווט ולשימוש יעיל. ננקטו מספר גישות לפישוט השימוש הידני בפיג'י. סרגל החיפוש של פיג'י הוא חלופה לניווט בתפריטים, ומספק גישה לתיעו....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Protocol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

פרוטוקול זה מתאר כיצד להתקין ולהשתמש ב-EasyFiji.

1. להתקין את EasyFiji...

  1. הורידו את הגרסה העדכנית ביותר של פיג'י (>1.54g) המתאימה למערכת ההפעלה והתקינו אותה בתיקייה שאליה המשתמש קיבל גישה לקריאה/כתיבה (ראו טבלת חומרים לקישור לאתר ההורדה של פיג'י).
  2. השיק את פיג'י ונווט לעזרה | עדכון... בסרגל התפריטים.
  3. בחלון המעדכן , לחץ על ניהול עדכוני אתרים. בחר ב-EasyFiji מהרשימה, ולחץ על הגשה וסגירה. EasyFiji יותקן אוטומטית, ופיג'י תעודכן אוטומטית עם גרסאות עתידיות של EasyFi....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Results

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

הדמיות פסאודו-צבעוניות של תמונות פלואורסצנציה רב-ערוציות יכולות לשמש להמחשת הקשרים המרחביים או העוצמתיים בין אותות; עם זאת, פיג'י המקורית מציעה רק טכניקת רינדור RGB מורכבת שמבלבלת מטבעה צבע ובהירות ברמת התפיסה. להמחשת בעיה זו, איור 2 משתמש בתמונה דו-ערוצית של N-Myc ו-RNA פולימראז II (RNAPolII). באיור 2A, כל ערוץ מוצג בנפרד בגווני אפור כך שאין מידע כרומטי (אולי מבלבל). באיור 2B, הערוצים מוצגים יחד כה.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Discussion

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

פיג'י היא תוכנה לעיבוד וניתוח תמונות בקוד פתוח, פופולרית מאוד בקרב אנליסטים של תמונות. עם זאת, ממשק התפריט המורכב שלו ולעיתים התנהגויות לא אינטואיטיביות ביחס להצגת ועיבוד תמונות פלואורסצנטיות מציבים אתגרים למדעני חיים שאינם חישוביים. EasyFiji מציעה למדעני החיים סט מאוזן של כפתורים וסליידרים מאורגנים נושאית ומשופרים לפי טיפים שמציגים באופן עקבי התנהגויות ספציפיות לערוץ, כפי שנדרש בעבודה עם תמונות פלואורסצנטיות. כל פקודות העיבוד אינן ניתנות לביצוע, ומאפשרות אינטראקטיביות וניתן גם להקליט ול.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Disclosures

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

המחברים מצהירים כי אין להם אינטרסים פיננסיים מתחרים או ניגודי עניינים אחרים.

Acknowledgements

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

אנו מודים לחברי מרכז הדמיית תאים ורקמות סנט ג'וד וממרכז לאינפורמטיקה ביואימג'ית על תגובותיהם לכתב היד. תמונות ביולוגיות סופקו בנדיבות על ידי: איור 2: מליסה מרזאן וטניה מיטאג; איור 3: פנג ווי וג'יימס מורגן; איור 4א: אהרון פיטרה; איור 4B: אהרון פיטרה וו ג'ונג צ'ו; איור 5A: הלן צ'ן והית'ר מפורד; איור 5B: סאוראדיפ סינה וגיידרה קרנצ'יוטה.

....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Materials

List of materials used in this article
NameCompanyCatalog NumberComments
אתר EasyFiji GitHubקוד פתוחhttps://github.com/stjude/EasyFiji
פורום EasyFiji Image.scקוד פתוחhttps://forum.image.sc/t/announcing-easyfiji-a-user-friendly-gui-plugin-for-fiji/117617
אתר EasyFiji ImageJ.netקוד פתוחhttps://imagej.net/plugins/EasyFiji_plugin#quick-start
תוכנת פיג'יקוד פתוחhttps://imagej.net/software/fiji/downloads
נגן המדיה VLCקוד פתוחhttps://www.videolan.org/vlc/

References

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Schindelin, J., et al. Fiji: an open-source platform for biological-image analysis. Nat Methods. 9 (7), 676-682 (2012).
  2. Rueden, C. T., et al. ImageJ2: ImageJ for the next generation of scientific image data. BMC Bioinformatics. 18 (1), 5....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Tags

Fluorescence Image ProcessingFiji PluginGraphical User InterfaceBioimage AnalysisChannel AdjustmentBleach CorrectionMaximum Intensity ProjectionColocalization AnalysisImage MetadataGaussian Blur

Related Articles