כל ההליכים בבעלי חיים אושרו על ידי ועדת האתיקה של בעלי החיים של אוניברסיטת הרפואה הסינית בבייג'ינג [BUCM-2023-0912] ובוצעו בהתאם להנחיות מוסדיות ולאומיות לטיפול ושימוש בבעלי חיים במעבדה. לא היו מעורבים נבדקים אנושיים.
החומרים והציוד בהם משתמשים מופיעים בטבלת החומרים.
1. תגובות וחומרים
ממסים בדרגה אנליטית ובמגיבים ברמת ביולוגיה מולקולרית שימשו לאורך כל הדרך. כל המידע המסחרי, כולל יצרנים, מספרי קטלוג ופרטי רישיון תוכנה, מסופק בטבלת החומרים (xlsx). המים לכל ההכנות עברו דה-יוניזציה וסינון. כל המאגרים הוכנו טריים או אוחסנו בתנאים שצוינו להלן.
2. ציוד והגדרת תוכנה
מערכת UPLC-MS/MS מחוברת לספקטרומטר מסה מרובע זמן טיסה; צנטריפוגה מקוררת עם רוטור דלי מתנדנד; חממת CO₂ נשמרת בטמפרטורה של 37°C, 5% CO₂, ולחות יחסית ≥95%; קורא מיקרופלט (450 ננומטר); תרמחזור PCR בזמן אמת; אלקטרופורזה ומערכת הכתמה; וכן נעשה שימוש במיקרוסקופ פלואורסצנציה עם מסנני עירורים/פליטה קבועים. בקרת מכשירים וניתוח נתונים בוצעו ב-MassLynx v4.2 לנתוני כרומטוגרפיה וספקטרומטריות מסה, וב-AutoDock 4.2 עם AutoDockTools 1.5.7 לעגינה. ניתוח תמונה בוצע ב-ImageJ/Fiji v1.53.
3. הכנת נוזל חוקן דיבאי (DBE)
התערובת הצמחית שכללה דיו (50 גרם), בייג'י (50 גרם) וארצ'ה (20 גרם) נמחצה בגסות והושרה במים דה-יוניים של 1,200 מ"ל בטמפרטורת החדר למשך 30 דקות כדי להבטיח הידרציה מלאה. התערובת השרויה הוטבעה תחת רתיחה חזקה במשך 30 דקות עם ערבוב מדי פעם כדי למנוע היצמדות. הסוכריה החמה סיננה דרך גזה רפואית סטרילית רב-שכבתית אל כלי זכוכית סטריליים להסרת חומר בלתי מסיס. הסינון ריכז בוואקום באמבט מים שלא עלה על 45 מעלות צלזיוס עד שהתקבל ריכוז התואם לריכוז סופי של 1.98 גרם/מ"ל (מלאי במינון גבוה). תמיסות עבודה במינון בינוני ונמוך ב-0.99 גרם למ"ל ו-0.50 גרם למ"ל הוכנו בדילול עם מים טרייליים דה-יוניים עד נפחים סופיים של 100 מ"ל כל אחד. כל תמיסה עברה דרך ממברנה של 0.22 מיקרון בתנאים סטריליים, חולקה למיכלים סטריליים מסומנים, ונשמרה בטמפרטורה של 4 מעלות צלזיוס עד שבעה ימים. לפני השימוש, התמיסות היו מעורבבות בעדינות; מראה מקובל היה שקוף עד מעט אופלסנטי ללא חלקיקים נראים לעין.
4. UPLC - ניתוח MS/MS של DBE
האבקה מכל רכיב רפואי נשקלה בדיוק ב-50 מ"ג והופקה עם 1.0 מ"ל של 80% מתנול (v/v) באמצעות ערבוב אולטרסוני למשך 30 דקות בטמפרטורת הסביבה. התמציות הוחזרו לטמפרטורת החדר לאחר הסוניקציה, צונטריפוגות ב-15,000 × גרם למשך 10 דקות בטמפרטורה של 4 מעלות צלזיוס, והסופרנטנטים סיננו דרך ממברנות של 0.22 מיקרון לבקבוקי דגימה אוטומטית. הפרדה כרומטוגרפית בוצעה על עמודה עם פאזה הפוכה (2.1 × 100 מ"מ, 1.8 מיקרון; סוג C18 עם קצה קוטבי) שנשמרה על 35 מעלות צלזיוס; מותג/דגם עמודה ומספר קטלוג מופיעים בטבלת החומרים. שלב א' נייד: 0.1% חומצה פורמית במים; שלב ב' נייד: אצטוניטריל. קצב זרימה: 0.30 מ"ל לדקה; נפח הזרקה: 10 מיקרוליטר. שיפוע: 5% B למשך 0-2 דקות; 5→95% B בין 2 ל-20 דקות; 95% B ל-20-23 דקות; 95→5% B בין 23.0 ל-23.1 דקות; איזון מחדש ב-5% B עד 26 דקות (טבלת הגרדיאנט המלאה מוצגת בטבלה 1).
ספקטרומטריית מסה השתמשה ביינון אלקטרוספריי עם החלפה חיובית/שלילית ורכישה בלתי תלויה בנתונים עם סריקות באנרגיה נמוכה וגבוהה (MSE). טווח מסה: מטר/z 100-1,500; מתח קפילרי: 2.0 קילו-וולט; קונוס דגימה: 20 וולט; טמפרטורת מקור: 120 מעלות צלזיוס; טמפרטורת המיסה: 360 מעלות צלזיוס; גז חרוט: 50 ליטר לשעה; גז המיסה: 600 ליטר לשעה. פונקציית אנרגיה גבוהה השתמשה באנרגיית התנגשות מדורגת של 20-50 eV. הנתונים עובדו ב-MassLynx v4.2 עם תיקון מסה נעילה ופרמטרי זיהוי שיא סטנדרטיים. רשימה מקיפה של 105 רכיבים שזוהו (נוסחאות מולקולריות, מחזור/ז, זמני שמירה וציוני ביטחון) מוצגת בטבלה משלימה 1.
5. עגינה מולקולרית
העגינה בוצעה באוטודוק 4.2 תחת פרוטוקול התאמה מושרה. המבנה התלת-ממדי של S100β (PDB 3HCM) הוכן על ידי הסרת מולקולות מים קריסטלוגרפיות, הוספת מימנים קוטביים והקצאת מטעני קולמן. מבני ליגנד המייצגים רכיבים אופייניים של DBE נבנו, פרוטונו ב-pH פיזיולוגי, והוזערו באנרגיה. אתר הקישור הוגדר על ידי קואורדינטות הליגנד המקומיות; שאריות חומצה אמינית בטווח של 6 Å מהליגנד הטבעי טופלו כגמישות במהלך העגינה. תיבות הרשת כיסו את כל הכיס עם מרווח רשת של 0.375 Å. פרמטרי האלגוריתם הגנטי של למרק היו: גודל האוכלוסייה 150; הערכות אנרגיה עד 2.5 × 10⁶; 100 ריצות עצמאיות לכל ליגנד. הפוזות הסופיות דורגו לפי אנרגיית קשירה חופשית חזויה ואוצבצו לפי RMSD; דפוסי אינטראקציה (קשרי מימן, מגעים הידרופוביים, אינטראקציות π-π) הוצגו לצורך התאמה עם קומפלקסים ידועים של S100β.
6. מודל בעלי חיים של טיפול בקוליטיס ו-DBE שנגרם על ידי DSS
עכברים זכרים C57BL/6J (8 שבועות, 20-22 גרם) התרגלו לפחות 7 ימים בטמפרטורה של 22 ± 2 מעלות צלזיוס, לחות יחסית של 50%-60%, מחזור בהיר-חושך של 12 שעות, עם אוכל ומים לפי רצון. בעלי החיים חולקו באקראי לשש קבוצות (n = 10 לקבוצה): ביקורת, מודל דסקסטרן סולפט סודיום (DSS), סולפאסלאזין (SASP) בביקורת חיובית, וטיפולי DBE במינון נמוך, בינוני וגבוה. הצוות האחראי על ניקוד היסטולוגי וכימות תמונה היה עיוור להקצאת קבוצות.
קוליטיס ניסיוני נגרם על ידי 2.0% (ללא יחס ל-DSS) במי שתייה למשך 7 ימים, לאחר מכן 1.0% DSS במשך 3 ימים, ואז מים רגילים במשך 4 ימים לפני המתת חסד. DBE ניתנה פעם ביום באמצעות חוקן במינון 10 מ"ל/ק"ג באמצעות קטטר גמיש שהוכנס 2.5 ס"מ לרקטום; בעלי חיים הוחזקו אנכית במשך 30 דקות כדי למזער דליפה. מנות DBE יומיות היו 12.35, 27.4 ו-49.4 גרם לק"ג/יום בקבוצות הנמוכות, הבינוניות והגבוהות, בהתאמה; SASP ניתנה במינון 0.5 גרם/ק"ג/יום כביקורת חיובית. משקל הגוף, עקביות הצואה ודם מצואה נסתר נרשמו מדי יום לחישוב מדד המחלה-פעילות. בנקודת הסיום, העכברים הורדמו בפנטוברביטל נתרן 50 מ"ג/ק"ג i.p.; דם נאסף מהסינוס הרטרו-אורביטלי באמצעות נימים הפאריניים; בעלי חיים הושמתו כתוצאה מפריקת צוואר הרחם. המעי הגס נחתך מהמפגש האילאוצקלי אל הרקטום, הורחב בעדינות, והאורך נמדד במתח מינימלי. מקטעים מייצגים היו קבועים ב-4% פאראפורמלדהיד; הרקמה שנותרה הוקפאה בחנקן נוזלי ונשמרה בטמפרטורה של −80°C.
7. הכנת סרום המכיל תרופות
זכרים של חולדות ספרג-דולי חולקו באקראי לקבוצות ביקורת וקבוצות DBE (n = 6 לקבוצה). קבוצת DBE קיבלה 12.34 גרם/ק"ג/יום באמצעות ניתוח אוראלי פעם ביום במשך 7 ימים; הבקרות קיבלו מים מטוהרים בנפח שווה. עשרים וארבע שעות לאחר המנה הסופית, בעלי חיים הורדמו, ונאסף דם מלא מאאורטה הבטנית. הסרום הופרד לאחר קרישה למשך 30 דקות בטמפרטורת החדר, ולאחר מכן בצנטריפוגה ב-1,500 × גרם למשך 10 דקות בטמפרטורה של 4 מעלות צלזיוס. הסרות הושבתו בחום בטמפרטורה של 56 מעלות צלזיוס למשך 30 דקות וסוננו דרך ממברנות של 0.22 מיקרון בתנאים סטריליים לפני האחסון. הסרום הועבר לצינורות סטריליים ואוחסן בטמפרטורה של −80°C. דגימות המוליזות, שזוהו על ידי ספיגה מוגברת בסמוך ל-414 ננומטר, הוצאו.
8. בדיקה היסטולוגית (H&E)
רקמת המעי הגס שהתקבעה ב-4% פאראפורמלדהיד במשך 24 שעות יובשה באמצעות אתנולים מדורגים, נוקתה בקסילן והוטמעה בפרפין. החלקים (5 מיקרון) נחתכו, הוסרו מפרפין, הודרו מחדש וצבועו בהמטוקסילין במשך 5 דקות, כחולו במים זורמים במשך 5 דקות, וצבעו ב-eosin למשך 2 דקות. שקופיות הותקנו עם שרף ונבדקו לארכיטקטורת הקריפט, צפיפות תאי הגביע, המשכיות אפיתל וחדירה דלקתית. שינויים מייצגים יוצגו באמצעות חצים/ראשי חץ ויוגדרו באגדות הדמויות; פסי קנה מידה (למשל, 200 מיקרון) וספים ויזואליים מוגדרים מראש יוגדרו במקבלים.
9. אימונוהיסטוכימיה (IHC)
מקטעי הפרפין עברו שליפת אנטיגנים בבופר ציטראט (pH 6.0) במשך 15-20 דקות בטמפרטורה של 95-98 מעלות צלזיוס, הקפאה של פרוקסידאז אנדוגני עם 3% מי חמצן למשך 10 דקות, וחסימה עם 5% סרום תקין למשך שעה בטמפרטורת החדר. הנוגדנים הראשוניים דוגרו במהלך הלילה בטמפרטורה של 4 מעלות צלזיוס בתא לח. לאחר הכביסה, החלקים עובדו באמצעות מערכת זיהוי סטרפטווידין-פרוקסידאז, שפותחה עם DAB למשך 2 דקות (ניטור מיקרוסקופי), צובעה בהמטוקסילין, יובשה והותקנה. ביקורות שליליות ללא נוגדן ראשוני נכללו בכל אצווה.
10. ניתוח אימונופלואורסצנציה (IF)
מקטעים מוטמעים בפרפין עברו דה-פרפין ונחשפו לשאיבת אנטיגנים בבופר EDTA (pH 8.0). לאחר הקירור, הקישור הלא ספציפי נחסם עם 3% אלבומין סרום בקר למשך שעה בטמפרטורת החדר. החתכים נדגרו במהלך הלילה בטמפרטורה של 4°C עם נוגדנים ראשוניים נגד GFAP (1:500) ו-S100β (1:200), ואחריהם נוגדנים משניים מצומדים בפלואורופור (1:500) למשך שעה בטמפרטורת החדר בחושך. הגרעינים צובעו נגד DAPI, והשקופיות הותקנו במדיום נגד דהייה. התמונות צולמו באמצעות מטרות זהות, זמן חשיפה קבוע של 100 מילישניות, ורווח גלאי של 1.0 בין קבוצות. עוצמת הפלואורסצנציה הממוצעת נמדדה ב-ImageJ/Fiji v1.53 לאחר כיול גודל הפיקסלים, חיסור הרקע (רדיוס כדור גלגול 50 פיקסלים), ונרמול לאזור DAPI חיובי. נותחו לפחות חמישה שכפולים ביולוגיים בכל קבוצה ושלושה שדות לא חופפים לכל שכפול.
11. תרבית תאים וטיפולים
תאי גליה מעיים של עכברים (סימון CRL-2690) גודלו ב-DMEM עם תוספת של 10% סרום בקר עוברי ו-1% פניצילין-סטרפטומיצין בטמפרטורה של 37 מעלות צלזיוס בדגמה לח עם 5% CO₂. זהות התא אושרה באמצעות פרופילינג חוזר קצר בטנדם, והתרביות היו נקיות ממיקופלסמה. הניסויים בוצעו בקטעים 5-15. התאים הוזרעו ללוחות של 6 בארות באורך 2.0 × 10⁵ תאים לבאר במדיום של 2.0 מ"ל לבאר והותרו להיצמד למשך 24 שעות. קבוצות הניסוי היו: ביקורת לא מטופלת, בקרת רכב, מודל, סרום DBE, ומעכב.
לצורך השראה במודל, תאים נחשפו לליפופוליסכריד (LPS, 1 מיקרוגרם/מ"ל) בנוסף ל-IFN-γ (20 ng/mL) למשך 24 שעות בתווך שלם; ערך U/mL המתאים ל-IFN-γ מדווח בטבלת החומרים בהתאם לעוצמה ספציפית למגרש. לטיפול בסרום DBE, התאים קיבלו סרום חולדה שמכיל DBE מסונן בחום של 0.22% (v/v) (v/v) ומכיל DBE מסנן בטמפרטורה מלאה למשך 24 שעות (טווח מינון 5%-20% משמש לאופטימיזציית כדאיות כפי שמוגדר בסעיף CCK-8). לטיפול במעכבים, הוחל מעכב S100β סלקטיבי SBI-4211 (10-50 מיקרומון; 45 מיקרומטר לקריאות מפתח) למשך 24 שעות. בקרות הרכב התאימו את תכולת הממס (0.1% DMSO (v/v)) עם מדיום זהה אחרת. אלא אם צוין אחרת, הטיפולים הוכנו במדיום מחומם מראש (37 מעלות צלזיוס), והתאים נשטפו 2× עם PBS לפני החלפת הטיפול. לאחר הטיפול, תאים נאספו לצורך הפקת RNA, ניתוח חלבונים ואימונופלואורסצנציה כפי שפורט בחלקים הבאים. השכפול הביולוגי היה ≥ 5 תרביות עצמאיות לכל מצב.
12. מבחן הקיימות של תאי CCK-8
התאים הוזרעו ללוחות של 96 בארות באורך 5 × 10³ תאים לבאר במדיום של 100 מיקרוליטר ונתנו להם להידבק ללילה. המדיום הוחלף במדיום המכיל סרום מטופל ב-DBE ברמות של 5%, 10%, 15%, או 20% (v/v) למשך 24 שעות. נוסף תגובת CCK-8 (10 מיקרוליטר/באר), והצלחות הוגדרו למשך שעה אחת בטמפרטורה של 37 מעלות צלזיוס. הספיגה נמדדה ב-450 ננומטר עם חיסור ריק (בינוני + תגובה, ללא תאים). הכדאיות הובאה לידי ביטוי באחוז בקרת הרכב. כל תנאי השתמש ב-n ≥ 5 שכפולים ביולוגיים (תרביות עצמאיות) עם שלושה שכפולים טכניים בכל תרבית.
13. ELISA לציטוקינים של רקמות
רקמת המעי הגס עברה הומוגניזציה על קרח ב-PBS (1:9, w/v) המכיל מעכבי פרוטאז. הומוגנטים הובהרו ב-12,000 × גרם למשך 10 דקות בטמפרטורה של 4 מעלות צלזיוס; הסופרנטנטים נבדקו ל-IL-1β ו-TNF-α בהתאם לפרוטוקולי ה-KIT. תקנים ודגימות הועברו בשכפול, והעקומות הותקנו במודל לוגיסטי בעל ארבעה פרמטרים (4PL) עם R² ≥ 0.99; תקנים מחושבים לאחור התקבלו בטווח של 85%-115% מהנומינל. הספיגה נקראה ב-450 ננומטר עם רפרנס 620-650 ננומטר כאשר היה זמין. ריכוזי הציטוקינים נורמל למשקל הרקמה (רקמת pg/mg). כל קבוצה כללה n ≥ 5 שכפולים ביולוגיים.
14. PCR בזמן אמת כמותי (qPCR)
סך ה-RNA מרקמת המעי הגס (או תאים, לפי הצורך) בודד באמצעות ערכת עמוד ספין מסוג ממברנת סיליקה. שלמות ה-RNA אושרה באמצעות A₂₆₀/A₂₈₀ = 1.8-2.1 ובדיקת אגרוז-ג'ל. cDNA של גדיל ראשון סונתז מ-RNA של 1 מיקרוגרם עם הסרת DNA גנומי. qPCR השתמש במיקס מאסטר SYBR Green על תרמחזור מכויל עם התוכנית: 95 °C 30 שניות; 40 מחזורים של 95 °C 5 שניות, 60 °C 30 שניות; עקומת התכה 65-95 מעלות צלזיוס ב-0.5 מעלות צלזיוס ל-5 שניות. GAPDH שימש כבקרה האנדוגנית. הביטוי היחסי חושב על ידי 2⁻ΔΔCt לאחר אימות יעילות הפריימר (90%-110%, ממדרונות עקומות סטנדרטיות). נכללו בקרות ללא RT וללא תבניות. רצפי פריימר מפורטים בטבלה 2. לכל קבוצה היו n ≥ 5 שכפולים ביולוגיים ושתי חזרות טכניות לכל דגימה.
15. ניתוח כתמים מערביים
חלבונים מרקמת המעי הגס (או תאים) הופקו בבופר RIPA עם מעכבי פרוטאז/פוספטאז וכיומו באמצעות בדיקת BCA. חלבון שווה (30 מיקרוגרם לנתיב) עבר דנטרציה, נפתר על SDS-PAGE בגרדיאנט 4-20%, והועבר ל-PVDF (0.45 מיקרון; 0.2 מיקרון למטרות ≤ 20 קילו-דלטון). הממברנות נחסמו בחלב רזה של 5% למשך שעתיים בטמפרטורת החדר ודוגרו במהלך הלילה בטמפרטורה של 4 מעלות צלזיוס עם נוגדנים ראשוניים נגד GFAP (1:1,000), S100β (1:1,000), iNOS (1:1,000), NF-κB p65 (1:1,000), פוספו-NF-κB p65 (Ser536, 1:1,000), אוקלודין (1:1,000), קלודין-1 (1:1,000) ו-GAPDH (1:5,000). נוגדנים משניים מצומדים ל-HRP (1:5,000) הוחלו למשך שעה בטמפרטורת החדר. אותות פותחו עם ECL; זמני החשיפה הוגבלו לטווח הדינמי הליניארי (10-90 שניות). ההעברות אומתו על ידי צביעת ממברנה הפיכה לפני החסימה. עוצמות הרצועות נמדדו ב-ImageJ/Fiji v1.53 לאחר חיסור רקע ונרמלו ל-GAPDH. משקלים מולקולריים צפויים: GFAP ~49 kDa, S100β ~10-12 kDa, NF-κB p65 ~65 kDa, iNOS ~130 kDa, Occludin ~65 kDa, Claudin-1 ~22 kDa, GAPDH ~36-37 kDa. כל ניתוח כלל n ≥ 5 שכפולים ביולוגיים.
16. ניתוח סטטיסטי
הנתונים נותחו ב-GraphPad Prism 8.0 והוצגו כממוצע ± SEM. להשוואות בין קבוצות מרובות, נעשה שימוש ב-ANOVA חד-כיווני ואחריו מבחן פוסט-הוק של טוקי; להשוואות זוגיות, מבחני t לסטודנט דו-זנביים לא מזווגים יושמו כאשר היה מתאים. לעיצובים עם מסלול זמן או דו-שלבי (למשל, טיפול × מינון או טיפול × זמן), נעשה שימוש ב-ANOVA דו-כיווני (מדידות חוזרות כאשר רלוונטי) עם תיקון של טוקי או דאנט כפי שמצוין בכתובות האיורים. מבחני שפירו-וילק ולביין שימשו לבחינת נורמליות והומוסקדסטיות לפני בדיקות פרמטריות; כאשר ההנחות הופרו, הנתונים עברו טרנספורמציה לוגיתמית או נותחו באמצעות מבחנים לא פרמטריים מתאימים (קרוסקל-ווליס עם הפוסט-הוק של דאן; Mann-Whitney U לזוגות). ערכי p מדויקים ומדדי גודל אפקט (η² עבור ANOVA, d של כהן למבחני t) מדווחים באגדות איורים כאשר רלוונטי. p דו-צדדי < 0.05 נחשב מובהק סטטיסטית. מיתוגי הדמויות משתמשים בסימון הבא למשמעות: *p<0.05, **p<0.01, *** p<0.001 מול Control; # p<0.05, ## p<0.01, ### p<0.001 מול DSS; NS, לא משמעותי.
17. תוצאות צפויות ובקרת איכות
מצופה ש-DSS יקצר את אורך המעי הגס, יעלה את מדד פעילות המחלה, ויגרום לנזק היסטולוגי (עיוות ארכיטקטורה של הקריפטה, דלדול תאי הגביע, שחיקה אפיתלית). טיפול ב-DBE אמור לשפר את המדדים הללו בהתאם למינון ולהפחית את סמני ההפעלה המעיים-גליאליים. כתמים מערביים צריכים להראות פסים במשקלים המולקולריים שצוינו לעיל, עם אותות מוגברים ב-DSS והחלשה באמצעות DBE או SBI-4211; החשיפות צריכות להישאר בטווח הדינמי הליניארי. אימונופלואורסצנציה עבור GFAP ו-S100β צפויה להראות עוצמות ממוצעות גבוהות ב-DSS וירידה לאחר טיפול ב-DBE. כרומטוגרמות LC-MS/MS אמורות להציג זמני שמירה יציבים (סטייה ≤ 0.2 דקות) ודיוקי מסה בטווח של ± 5 ppm ליוני ייחוס, עם יוני פרגמנט אופייניים לרכיבים מרכזיים. ביקורות שליליות (למשל, השמטת נוגדנים ראשוניים) לא אמורות להניב אות ספציפי. פרמטרי רכישת הדמיה (אובייקטיבי, חשיפה, רווח, גמא) חייבים להישאר קבועים בין קבוצות כדי לאפשר השוואות כמותיות תקפות.
18. הערות לפתרון תקלות
עכרות או חלקיקים בתמיסות DBE מעידים על סינון או משקעים לא מספקים; חזור על סינון של 0.22 מיקרון ואשר pH של 6.5-7.5. תמותה מופרזת או ירידה חמורה במשקל במהלך חשיפה ל-DSS מעידים על השראת יתר; הפחתת ריכוז DSS, בדיקת משקל מולקולרי באצוות, והחלפת תמיסות DSS מדי יום. כימות אימונופלואורסצנציה לא עקבי משקף בדרך כלל חשיפה משתנה; קבע את זמן החשיפה והרווח, וכלול שקופית ייחוס לכיול אצווה. רצועות ווסטרן-בלוט חלשות עשויות לשקף עומס נמוך או חוסר יעילות העברה; בדוק את כמות החלבון, בחר אחוז ג'ל או גרדיאנט מתאים, ואשר העברה באמצעות צביעת ממברנה הפיכה. התאמת ELISA לקויה (R² < 0.99 או חישוב אחורי סטנדרטי מחוץ ל-85-115%) מצדיקה חזרה על העקומה הסטנדרטית ובדיקת דגימות מדוללות. עבור qPCR עם יעילות פריימר מעבר ל-90-110%, יש לייעל מחדש את טמפרטורת החישוש או את ריכוז הפריימר לפני הניתוח.