הרשמה ל-JoVE נדרשת לצפייה בתוכן זה. התחברו או התחילו בגרסת ניסיון בחינם.

מאמר שיטה

התיישבות עם עכברים pks+ Escherichia coli בתנאים לא דלקתיים

352 צפיות

⸱

DOI:

10.3791/70204

⸱

10 במרץ 2026

 , 
1Nutrition and Microbiome Laboratory, Institut du Cancer de Montréal, Centre de recherche du Centre hospitalier de l’Université de Montréal (CRCHUM), 2Department of Medicine, Faculty of Medicine, Université de Montréal

במאמר זה

סיכום

פרוטוקול זה מתאר את השלבים הנדרשים להתיישבות בעכברים עם pks+ Escherichia coli בתנאים לא דלקתיים, וכן שיטות לא פולשניות לאימות קולוניזציה והערכת התרחבות pks+ E. coli בצואה.

תקציר

pks+ Escherichia coli מעורב יותר ויותר בהתפתחות סרטן המעי הגס (CRC), במיוחד בקרב תת-קבוצה מתפתחת במהירות של מטופלים צעירים עם CRC מוקדם. זני pks+ E. coli מייצרים את הגנטוקסין קוליבקטין, הידוע כגורם לשבירות DNA דו-גדילי ולמוטציות במסלולי התרבות והתמיינות תאים הקשורים ל-CRC. מאמר זה מפרט שיטה להתיישבות pks+ E. coli בעכברים בתנאים שאינם דלקתיים, מהכנת החיסון החיידקי ועד לאימות ההתיישבות. לאחר דגירה לילית, זן pks+ E. coli בשם E. coli NC101 ניתן לעכברים מותנים לאנטיביוטיקה באמצעות גאבאג' אוראלי. ההתיישבות מוערכת בצואה על ידי כימות מספר יחידות היווצרות מושבות גרם שליליות (CFUs) המתסיסות ללקטוז, וכן על ידי הגברה כמותית של PCR. באמצעות פרוטוקול זה, הוכח כי, לאחר הקולוניזציה המוצלחת של עכברי C57BL/6 עם E. coli NC101, תוספת סיבים אינולין קידם את צמיחת pks+ E. coli, כפי שמשתקף בהתאוששות מוגברת של CFUs, שפע גבוה יותר של משפחת Enterobacteriaceae, ועלייה ברמות ה-clbP ג'ין. לסיכום, מודל זה מאפשר חקר טיפולים מונעים וטיפוליים המיועדים לפתוביונט מרכזי המעורב בפיתוח CRC.

מבוא

המיקרוביום של המעי ידוע כממלא תפקיד משמעותי בבריאות ומחלות המארח, עם דיסביוזיס מיקרוביאלי במעי, או התפשטות יתר של חיידקים מסוימים שעלולים להיות פתוגניים (פתוביונטים), שמזוהה כסימן ההיכר של מספר מצבי מחלה, כולל מחלות לב וכלי דם, מחלות מעי דלקתיות (IBD) וסרטן1. pks+ Escherichia coli הוא פתוביון שמועשר בדגימות רקמת המעי הגס של חולים עם IBD2 וסרטן המעי הגס (CRC)3 בהשוואה לאנשים בריאים. הפעילות הפרו-גידולית של pks+ E. coli קשורה לביטוי אשכול הגנים של פוליקטיד סינתאז (pks) ולייצור הגנטוקסין קוליבקטין4. קוליבקטין עובר לגרעין תאי האפיתל במעי הגס, מה שמוביל להיווצרות שברי DNA כפולים5 ולמוטציות במסלולים מרכזיים הקשורים ל-CRC6. הוכח כי קולוניזציה של pks+ E. coli תורמת להתחלת הגידול7 ולהתקדמותהגידול 3 במודלים פרה-קליניים של CRC הקשור לקוליטיס (CAC). לאחרונה, מוטגנזה המושרה על ידי קוליבקטין נקשרה ל-CRC 8,9 בהופעה מוקדמת. שכיחות CRC מוקדם, המתרחשת בקרב צעירים מתחת לגיל 50, עלתה בעשורים האחרונים, עם פוטנציאל להפוך את הירידה הכוללת הנוכחית בשיעורי CRC9.

תפקידו של pks+ E. coli בהתפתחות CRC, וכן בהיבטים אחרים של בריאות המארח המתווכים על ידי מיקרוביוטה, ממשיך להיות מובהר. בנוסף, מספר גורמים הוכחו כמשפיעים על ביטוי הגנים של PKS, כולל דלקת10, ריכוזי ברזל לומינלי11, וגורמי תזונה12,13, שפותחים את הדלת להתערבויות המיקוד במיקרוביוטה. כאן מתוארת שיטה להתיישבות במעי pks+ E. coli באמצעות גג' אורלי בעכברים באמצעות זן עכברי pks+ E. coli NC101 (E. coli NC101). מודלים אחרים העריכו את השפעות E. coli NC101 על דלקת וקרצינוגנזה בעכברים ללא חיידקים (GF) שנלקחו מונוקולוניזציה באמצעות גוואג' אורלי וטוש רקטלי3, במודלים רגישים גנטית (IL-10-/-) של קוליטיס 3,14, ובמודלים כימיים של דלקת המעי הגס והפרעות במחסום המעי15. עם זאת, קולוניזציה חסכונית עם pks+ E. coli יכולה להתבצע גם בתנאים לא דלקתיים בעכברים ללא פתוגנים ספציפיים (SPF) שעברו טיפול מוקדם באנטיביוטיקה כדי ליצור נישה להתיישבות והתרחבות 14,16,17. מוצגות גם שיטות שונות לגילוי וכימות של pks+ E. coli בצואת עכברים, כולל הגברה כמותית של גן clbP (qPCR), הערכת qPCR לשפע משפחת Enterobacteriaceae, ושחזור יחידות יוצרות מושבות (CFUs) על מדיום אגר מק'קונקי הספציפי לחיידקים המותססים גראם שליליים לקטוז. שיטות אלו עשויות לשמש לסירוגין או בשילוב כדי לאשר את נוכחות pks+ E. coli וייצור קוליבקטין לצורכי אימות או להערכת הבדלים בהתפשטות pks+ E. coli בתגובה להתערבויות המיקוד במיקרוביוטה.

כאן, פרוטוקול זה משמש להערכת השפעת סיבי האינולין על התיישבות והרחבה של pks+ E. coli באמצעות qPCR והתאוששות של CFUs. אינולין הוא פרה-ביוטיקה שהוכח כמעודד את צמיחת מינים מועילים של ביפידובקטריום ולקטובצילוס במעי, וכן מגביר את ייצור חומצות שומן קצרות שרשרת, שממלאות תפקיד חשוב בהומאוסטזיס המעי18. עם זאת, הוכח גם כי אינולין מקדם את גדילה של pks+ E. coli וייצור קוליבקטין, מה שמוביל להגברת הגידול במודל CRC אדנומטי מטופל ב-DSS (Apc)Min/+ . ניסוי זה מעריך התרחבות pks+ E. coli בתגובה לאינולין תזונתי במודל עכבר ללא דלקת או מחסום מעי פגום.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

פרוטוקול

כל ההליכים בוצעו בהתאם להנחיות המועצה הקנדית לטיפול בבעלי חיים, לאחר אישור ועדת הטיפול המוסדי בבעלי חיים של מרכז מחקר מרכז האוניברסיטה של מונטריאול (CRCHUM). עכברים בני שבעה שבועות הושגו ממקור מסחרי והסתגלו למשך שבוע לפני תחילת הניסוי. ייצוג סכמטי של שיטה זו מוצג באיור 1. פרטי החיות, התגובות והציוד ששימשו במחקר זה מופיעים בטבלת החומרים.

figure-protocol-1
איור 1: סכמטי של הכנת וקולוניזציה של pks+ E.coli . יום (D)-4: ארבעה ימים לפני ה-GAVAGE, התחל לעכברים לקבל אנטיביוטיקה. D-1: 24 שעות לפני הניתוח, להסיר אנטיביוטיקה. הכינו תרבית pks+ E. coli לדגירה לילה. D0: הכינו את החיסון החיידקי pks+ E. coli . נתנו את pks+ E. coli או מערכת שליטה ברכב (סליין) לעכברים באמצעות שיפוי אוראלי בהקדם האפשרי לאחר הכנת החיסון. D7+ איסוף צואה מעכברים לצורך גילוי וכימות של התיישבות pks+ E. coli . אנא לחצו כאן כדי לצפות בגרסה מוגדלת של הדמות הזו.

1. טיפול אנטיביוטי

  1. מדלל אמפיצילין, קוליסטין וסטרפטומיצין במי שתייה סטריליים לריכוז סופי של 1 מ"ג/מ"ל לאמפיצילין, 1 מ"ג/מ"ל לקוליסטין, ו-5 מ"ג/מ"ל לסטרפטומיצין.
  2. אפשר גישה אד ליביטום לאנטיביוטיקה במי שתייה למשך 3 ימים.
  3. הסר אנטיביוטיקה והשחזר את הגישה למים סטריליים לתקופת שטיפה של 24 שעות לפני החיסון עם E. coli NC101.
    הערה: יש להכין את תמיסת האנטיביוטיקה טרייה לכל ניסוי. יש לעקוב אחרי צריכה מספקת של תמיסת האנטיביוטיקה. במידת הצורך, ניתן להוסיף ממתיק למים.

2. הכנת חיסון E. coli NC101 (עד n = 12 עכברים)

הערה: שלבים 2.1-2.8 צריכים להתבצע בטכניקת אספטי.

  1. הכינו ואוטוקלב של מרק ליזוגני (LB).
  2. פס E. coli NC101 ממלאי גליצרול אל פלטת אגר LB באמצעות לולאת חיסון סטרילית. דגרו במהלך הלילה בטמפרטורה של 37 מעלות צלזיוס.
  3. החריקו 5 מ"ל של מרק LB סטרילי בצינור תרבית עם מושבה אחת מלוח האגר של LB באמצעות לולאת חיסון. דגרו לילה בטמפרטורה של 37 מעלות צלזיוס בשייקר דגירה על שולחן במהירות 150 סל"ד.
  4. צנטריפוגה את צינור התרבות בעוצמה של 1500 x גרם למשך 5 דקות בטמפרטורת החדר.
  5. הסר והשליך את הסופרנטנט, תוך הימנעות מהכדור החיידקי, שמופיע כמשקע לבן-שמנת בבסיס הצינור.
  6. החזירו את הכדור החיידקי ל-5 מ"ל של 0.9% מלח סטרילי.
  7. שטוף על ידי חזרה על שלבים 4 עד 6.
  8. מדדו את הצפיפות האופטית ב-600 ננומטר (OD600) באמצעות מד צפיפות תאים וכווננו אתה-OD 600 ל-0.625 (~1 x 108 CFU לעכבר) באמצעות סליין סטרילי.
    הערה: כדי להבטיח שלא יזיהום חיידקי בציר בשלב 3, דגרו שפופרת נפרדת של 2-3 מ"ל של מרק LB סטרילי למשך הלילה. המרק צריך להישאר נקי לאחר דגירה לילית, מה שמעיד שאין זיהום חיידקי. אם ה-OD600 ההתחלתי קטן מ-0.625, חזור על השלבים 4 עד 6, תוך שימוש בנפח קטן יותר כדי להחזיר את הכדור. כדי להבטיח מינון מדויק של E. coli NC101, יש לצלוח ולתרבתות את הנוזל הסדרתי של נוזל הגוואג' במהלך הלילה. מספר ה-CFU לכל דילול יכול לשמש להערכת כמות ה-CFU ההתחלתית בהשעיה החיידקית.

3. תפוקה אוראלית של E. coli NC101

  1. ערבבו בעדינות את החיסון החיידקי כדי להבטיח פיזור שווה של חיידקים.
  2. התקן את מחט הגוואג' על מזרק של 1 מ"ל ומלא ב-0.2 מ"ל של חיסון חיידקים, כדי להסיר בועות אוויר.
  3. הוציאו את העכבר מהכלוב וליטפו אותו בעדינות אך בנחישות על ידי אחיזת העור מאחורי האוזניים ועד השכמות, באמצעות כרית האגודל וצד האצבע המורה. אבטח את הזנב עם האצבע האמצעית או הטבעת מאותה יד.
  4. החזק את העכבר במצב זקוף והכנס את מחט הגוואג' בצד הפה. החליק את קצה מחט הגוואג' לאורך תקרת הפה ואל הוושט והקיבה, דוחף בעדינות את ראש העכבר לאחור כדי להאריך את הצוואר. אם מרגישים התנגדות, הסר את מחט הגאוויג'. תחזור על העכבר אם צריך לפני שתנסה שוב.
  5. מזריקים לאט את החיסון החיידקי (0.2 מ"ל) ומשכו את המחט, בהתאם לאותה זווית כמו ההכנסה.
  6. החזירו את העכבר לכלוב והמשיכו עם העכברים שנותרו.
    הערה: יש לתת את החיסון החיידקי בהקדם האפשרי לאחר ההכנה. עכברי בקרה צריכים לקבל 0.2 מ"ל של 0.9% מלח סטרילי (רכב). יש לקבוע את האורך, המדד והקוטר הכדורי המתאימים של מחט הגאבג' בהתבסס על משקל הגוף הממוצע של העכברים בכל ניסוי. בדקו את דפוס הנשימה והפעילות של העכבר אחרי 5 דקות ולפני היציאה מהמתקן החי. אם נצפה קושי נשימה/מצוקה נשימתית, יש להמתים את העכבר בהתאם לפרוטוקול מאושר. בדיקת הפה צריכה להתבצע רק על ידי צוות מחקר מיומן. ביצוע לא נכון של גוואג' אוראלי עלול להוביל לסיבוכים חמורים או למוות עקב חור בוושט או הזרקת נוזל הגוואג' לריאות. כאשר מתבצעת על ידי צוות מחקר מנוסה, לא צפוי תמותה בהליך זה. עכברים ששימשו לניסוי זה צריכים להיות מאוחסנים בתנאי SPF. כדי למנוע זיהום בין הכלובים, יש להשתמש בכלובים מאווררים בנפרד, ויש לשלוט בעכברים בארון בטיחות ביולוגי. לפני פתיחת כל כלוב, יש לנקות את הידיים והחלק החיצוני של מכסה הכלוב עם חומר חיטוי מתאים (למשל, מי חמצן מואץ). דרישות ציוד מגן אישי למניפולציה של עכברים בפרוטוקול זה כוללות חלוק (חד-פעמי או רב-פעמי) וכפפות. ייתכן שיידרש ציוד מגן נוסף על ידי מתקן בעלי החיים המארחים. כל המניפולציות הכוללות עכברי בקרה צריכות להתבצע תחילה.

4. איסוף דגימות צואה

  1. אספו כדור צואתי מכל עכבר בצינור מיקרוצנטריפוגה בנפח 1.5 מ"ל על ידי ספירת העכבר כפי שמתואר בשלב 3.3. העכבר אמור להשתין מיד. חלופה נוספת היא לשים את העכבר בכלוב נקי וריק ולהמתין עד 30 דקות עד שהבגד יתרחש.
  2. הקפיאו את הדגימה על ידי הנחת הצינור בחנקן נוזלי. אחסן את הדגימה בטמפרטורה של -80°C עד לניתוח נוסף.
    הערה: יש לבצע זיהוי של clbA או כימות של clbP בצואה באמצעות PCR בזמן אמת לפני תחילת הניסוי כדי לוודא שעכברים אינם מיושבים עם pks+ E. coli. כדי לשמור על הקולוניזציה מעבר לשבוע, ייתכן שיהיה צורך בחזרה של ניתוח חיידקי ללא מתן מוקדם של אנטיביוטיקה (שלבים 2.1-3.6), בהתאם לתנאי הניסוי. כימות של E. coli NC101 בצואה באמצעות התאוששות CFU או PCR בזמן אמת צריך להתבצע לפחות שבועית לאורך כל תקופת הניסוי בעת יישום פרוטוקול זה לראשונה כדי למקסם את תדירות המינון.

5. חילוץ DNA מחיידקי צואה

  1. חלצו DNA חיידקי מדגימות צואה שנאספו באמצעות ערכת חילוץ DNA בהתאם להוראות היצרן.
  2. מדדו את ריכוז ה-DNA באמצעות ספקטרופוטומטר והתאימו את ריכוז ה-DNA ל-5 ng/μL.

6. אישור קולוניזציה על ידי זיהוי גנים clbA ואי . קולי 16S

  1. לבצע הגברה סימולטנית של גני ה-clbA ו-E. coli 16S של RNA ריבוזומי (rRNA) (טבלה משלימה 1) באמצעות PCR באמצעות תערובת מאסטר ומכשיר מתאים ל-PCR, בהתאם להוראות היצרן.
  2. הדמיינו את הגנים clbA ו-E. coli 16S בעכברים מושבעים על ידי E. coli NC101 באמצעות אלקטרופורזה בג'ל אגרוז כפי שתואר קודם19. עכברים שאינם קולוניאליים אמורים להיעדר את פס ה-clbA .

7. כימות של E. coli NC101 על ידי התאוששות מ-CFU

הערה: בצע שלבים 7.1-7.7 באמצעות טכניקת אספטית.

  1. שקול צינור מיקרוצנטריפוגה ריק בנפח 1.5 מ"ל.
  2. הוסיפו כ-20 מ"ג צואה לצינור המיקרוצנטריפוגה בנפח 1.5 מ"ל, ורשמו את משקל הצינור עם הדגימה הנוספת.
  3. הוסף 200 מיקרוליטר של 0.9% מלח סטרילי לכל צינור.
  4. המתן 10-15 דקות עד שהצואה תרכך בטמפרטורת החדר ומערבב כל צינור במשך 5 דקות במהירות מקסימלית כדי ליצור תלייה הומוגנית. חלקיקים קטנים של חומר מזון לא מעוכל יהיו נראים.
  5. העבר 100 מיקרוליטר מכל תלייה ללוח אגר של מקונקי ומפזר את ההומוגנט באופן שווה באמצעות מפזר בצורת L.
  6. דגרו את הצלחות בלילה בטמפרטורה של 37 מעלות צלזיוס.
  7. ספרו את מספר המושבות הורודות ונרמלו לפי משקל כל כדור צואה ונפח מצופה בצבע.
    הערה: אגר מקונקי בוחר חיידקים גרם-שליליים. בנוסף, חיידקים שיכולים לתסוס לקטוז (כמו E. coli) יוצרים מושבות ורודות, בעוד אלו שאינם יכולים יוצרים מושבות חסרות צבע או צהובות. רק מושבות ורודות צריכות להיספר למטרות פרוטוקול זה. אם מספר המושבה גבוה מדי לספירה, ניתן לבצע דילול סדרתי של ההומוגנט ההתחלתי באמצעות סליין סטרילי של 0.9%. יש לקחת בחשבון את גורם הדילול בעת חישוב מספר המושבות לכל מדגם.
    משקל כדור = משקל צינור מיקרוצנטריפוגה עם דגימת הכדור - משקל צינור מיקרוצנטריפוגה ריק.

8. כימות הגן clbP

  1. לבצע הגברה של גני clbP ו-16S rRNA אוניברסלי (טבלה משלימה 1) באמצעות PCR כמותי באמצעות תערובת מאסטר ומכשיר מתאימים ל-PCR בזמן אמת בהתאם להוראות היצרן.

9. כימות של אנטרובקטריאצאה

  1. לבצע הגברה של גני Enterobacteriaceae ו-RNA אוניברסלי 16S (משלים) באמצעות PCR כמותי באמצעות תערובת ראשית ומכשיר מתאים ל-PCR בזמן אמת.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

תוצאות

ההגברה וההמחשה של גני clbA ו-E. coli 16S בצואה בקצה באמצעות PCR ואלקטרופורזה ג'ל הראו שבעוד ששני הגנים היו נראים בעכברים שהתיישבו ב-NC101 על ידי E. coli , רק גן E. coli 16S היה נראה בעכברי ביקורת, מה שמאשר כי E. coli NC101 לא היה נוכח (איור 2B).

כצפוי,15 עכברים מתיישבים ב-E. coli NC101 שקיבלו תזונה עם תוספת אינולין הראו התרחבות מוגברת של E. coli...

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

דיון

ההשפעות הפרו-קרצינוגניות של pks+ E. coli שמייצר קוליבקטין נקשרו לאחרונה הן לעלייה ב-CRC9 המוקדם והן לאימוץ דיאטה "בסגנון מערבי"12, גורמים שימשיכו לעצב את מגמות ה-CRC בעשורים הקרובים. רוב המודלים של קולוניזציה של pks+ E. coli מוצגים בהקשר של סרטן הקשור לקוליטיס, שאינם מאפשרים אפיון של pks+ E. coli בתנאים שאינם דלקתיים. פרוטוקול זה מתאר שיטה של קולוניזציה של pks+ E. coli בעכברים, המאפשרת חקר אינטראקציות בין...

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

גילויים

למחברים אין ניגודי עניינים להצהיר עליהם.

תודות

עבודה זו מומנה על ידי מענק מהמכון הקנדי למחקר בריאות [CIHR, מענק CSV-198232]. אנו מודים למתקן בעלי החיים של CRCHUM. הדמויות נוצרו באמצעות BioRender.com.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

חומרים

רשימת החומרים שנעשה בהם שימוש במאמר זה
שםחברהמספר קטלוגהערות
סליין סטרילי של 0.9%בקסטרJF7634
תזונה מותאמת אישית של 10% אינוליןטקלאדTD.240286תוצאות ייצוגיות
דיאטה מותאמת אישית של FeS04 (ללא סיבים) 50 ppmטקלאדTD.120515תוצאות ייצוגיות
עכברים B6 נקבות בגיל 8-12 שבועותמעבדות צ'ארלס ריברC57BL/6תוצאות מייצגות 
אמפיצילין, נתרן, מלח Wisent Inc400-110 XG
צנטריפוגה על ספסלפישר סיינטי75004381
מד צפיפות תאיםביוכרום80-2116-30
צינור תרבית, 13 מ"לסארסטדט62.515.006
EcNC101לא זמיןלא זמיןמתנה על ידי ד"ר כריסטיאן ג'ובין, אוניברסיטת צפון קרוליינה בצ'אפל היל  
מחט Gavage, 38 מ"מ x 22 גרםהרווארד אפראטוס קנדה34-024לא זמין יותר - אפשרות חלופית זמינה ב-Instech Labs (FTP-22-38) 
רועיד מסלול מדוגרVWR980153
לולאת החיסוןפישר סיינטי22-363-595
מפזר בצורת Lפישר סיינטי14-665-230
מרק ליזוגני Wisent Inc800-060 LGהוסף 35 גרם אבקת LB 1 ליטר מים. אוטוקלב לפני השימוש.
אגר מרק ליזוגני Wisent Inc800-011 LGהוסף 35 גרם אבקת LB 1 ליטר מים. אוטוקלב לפני השימוש.
אגר מקונקיבקטון דיקינסון211387הוסף 50 גרם אבקת מקונקי לליטר מים אחד. אוטוקלאב לפני השימוש. 
ערכת חילוץ DNA מיקרוביאליקיאגן47016
חממה מיקרוביולוגיתפישר סיינטי150152633
צינור מיקרוצנטריפוגה, 1.5 מ"מ & nbsp;אולטידנט סיינטיפיק73-M150-C
צינורות רצועות רוטור-גן PCRאולטידנט סיינטיפיק73-V100-RG
צלחת פטריסארסטדט82.1472.001
מיקס גרין מאסטר PCR SYBR בזמן אמתתרמופישר A25742
מחזור תרמי PCR בזמן אמתקורבט ריסרץ'RG-3000A
צינור מכסה בורג, 15 מ"לסארסטדט62.554.502
נתרן colistimethate פרסניוס קביC309306
מלח סולפט סטרפטומיציןמיליפור סיגמאS9137
צינור החלקה של טוברקולין, 1 מ"לבקטון דיקינסון309659
מערבולתפישר סיינטי12-812

מקורות

  1. Hou, K., et al. Microbiota in health and diseases. Signal Transduct Target Ther. 7 (1), 135(2022).
  2. Martin, H. M., et al. Enhanced Escherichia coli adherence and invasion in Crohn's disease and colon cancer. Gastroenterology. 127 (1), 80-93 (2004).
  3. Arthur, J. C., et al. Intestinal Inflammation targets cancer-inducing activity of the microbiota. Science. 338 (6103), 120-123 (2012).
  4. Nougayrède, J. -P., et al. Escherichia coli Induces DNA double-strand breaks in eukaryotic cells. Science. 313 (5788), 848-851 (2006).
  5. Dziubańska-Kusibab, P. J., et al. Colibactin DNA-damage signature indicates mutational impact in colorectal cancer. Nat Med. 26 (7), 1063-1069 (2020).
  6. Iftekhar, A., et al. Genomic aberrations after short-term exposure to colibactin-producing E. coli transform primary colon epithelial cells. Nature Commun. 12 (1), 1003(2021).
  7. Yang, Y., Gharaibeh, R. Z., Newsome, R. C., Jobin, C. Amending microbiota by targeting intestinal inflammation with TNF blockade attenuates development of colorectal cancer. Nat Cancer. 1 (7), 723-734 (2020).
  8. Rosendahl Huber, A., et al. Improved detection of colibactin-induced mutations by genotoxic E. coli in organoids and colorectal cancer. Cancer Cell. 42 (3), 487-496.e6 (2024).
  9. Díaz-Gay, M., et al. Geographic and age variations in mutational processes in colorectal cancer. Nature. 643 (8070), 230-240 (2025).
  10. Arthur, J. C., et al. Microbial genomic analysis reveals the essential role of inflammation in bacteria-induced colorectal cancer. Nat Commun. 5 (1), 4724(2014).
  11. Tronnet, S., et al. High iron supply inhibits the synthesis of the genotoxin colibactin by pathogenic Escherichia coli through a non-canonical Fur/RyhB-mediated pathway. Pathog Dis. 75 (5), ftx066(2017).
  12. Arima, K., et al. Western-style diet, pks Island-carrying Escherichia coli, and colorectal cancer: Analyses from two large prospective cohort studies. Gastroenterology. 163 (4), 862-874 (2022).
  13. Oliero, M., et al. Oligosaccharides increase the genotoxic effect of colibactin produced by pks+ Escherichia coli strains. BMC Cancer. 21 (1), 172(2021).
  14. Thakur, B. K., et al. Dietary fibre counters the oncogenic potential of colibactin-producing Escherichia coli in colorectal cancer. Nat Microbiol. 10 (4), 855-870 (2025).
  15. Oliero, M., et al. Inulin impacts tumorigenesis promotion by colibactin-producing Escherichia coli in ApcMin/+ mice. Front Microbiol. 14, 067505(2023).
  16. Jans, M., et al. Colibactin-driven colon cancer requires adhesin-mediated epithelial binding. Nature. 635 (8038), 472-480 (2024).
  17. Devaux, A., et al. L-serine promotes pro-carcinogenic effects of colibactin-producing E. coli. Gut Microbes. 17 (1), 2515480(2025).
  18. Li, L. L., et al. Inulin with different degrees of polymerization protects against diet-induced endotoxemia and inflammation in association with gut microbiota regulation in mice. Sci Rep. 10 (1), 978(2020).
  19. Lee, P. Y., Costumbrado, J., Hsu, C. Y., Kim, Y. H. Agarose gel electrophoresis for the separation of DNA fragments. J Vis Exp. (62), e3923(2012).
  20. Oliero, M., et al. Putrescine supplementation limits the expansion of pks+ Escherichia coli and tumor development in the colon. Cancer Res Commun. 4 (7), 1777-1792 (2024).
  21. Jans, M., Vereecke, L. Physiological drivers of pks+ E. coli in colorectal cancer. Trends Microbiol. , (2025).
  22. Lavelle, A., et al. Baseline microbiota composition modulates antibiotic-mediated effects on the gut microbiota and host. Microbiome. 7 (1), 111(2019).
  23. Russell, A., et al. Reduced housing density improves statistical power of murine gut microbiota studies. Cell Rep. 39 (6), 110783(2022).
  24. Turner, P. V., Brabb, T., Pekow, C., Vasbinder, M. A. Administration of substances to laboratory animals: Routes of administration and factors to consider. J Am Assoc Lab Anim Sci. 50 (5), 600-613 (2011).
  25. Harnack, C., et al. Short-term mucosal disruption enables colibactin-producing E. coli to cause long-term perturbation of colonic homeostasis. Gut Microbes. 15 (1), 2233689(2023).
  26. Gurbatri, C. R., et al. Engineering tumor-colonizing E. coli Nissle 1917 for detection and treatment of colorectal neoplasia. Nat Commun. 15 (1), 646(2024).
  27. Yang, S., et al. Surface expression of antitoxin on engineered bacteria neutralizes genotoxic colibactin in the gut. Nat Microbiol. 11 (1), 53-66 (2026).
  28. Tronnet, S., et al. The Genotoxin colibactin shapes gut microbiota in mice. mSphere. 5 (4), (2020).
  29. Condamine, B., et al. Strain phylogroup and environmental constraints shape Escherichia coli dynamics and diversity over a 20-year human gut time series. ISME J. 19 (1), (2024).
  30. Cougnoux, A., et al. Bacterial genotoxin colibactin promotes colon tumour growth by inducing a senescence-associated secretory phenotype. Gut. 63 (12), 1932(2014).
  31. Oliero, M., et al. Prevalence of pks + bacteria and enterotoxigenic Bacteroides fragilis in patients with colorectal cancer. Gut Pathog. 14 (1), 51(2022).
  32. Chen, J., et al. A commensal-encoded genotoxin drives restriction of Vibrio cholerae colonization and host gut microbiome remodeling. PNAS. 119 (11), e2121180119(2022).

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

הדפסות חוזרות והרשאות

תגיות

PCREnterobacteriaceaeDNA
התיישבות עם עכברים pks+ Escherichia coli בתנאים לא דלקתיים
צרו קשר
המליצו לספרייה

פרטיות

תנאי שימוש

מדיניות

זכויות יוצרים © 2026 MyJoVE Corporation. כל הזכויות שמורות.