מחקר זה עושה שימוש בניתוח ביבליומטרי כדי להגדיר את נוף המחקר הנוכחי של הפרעות שרירים הקשורות לדלקת מפרקים שגרונית, ובנוסף, משתמש בגישות ביואינפורמטיות לחקר גנים משותפים ומסלולים מועשרים בין דלקת מפרקים שגרונית למיוזיטיס.
מאמר מחקר
מחקר זה עושה שימוש בניתוח ביבליומטרי כדי להגדיר את נוף המחקר הנוכחי של הפרעות שרירים הקשורות לדלקת מפרקים שגרונית, ובנוסף, משתמש בגישות ביואינפורמטיות לחקר גנים משותפים ומסלולים מועשרים בין דלקת מפרקים שגרונית למיוזיטיס.
מחקר זה ערך ניתוח ביבליומטרי של פרסומים הקשורים לתחלואה נלווית בין דלקת מפרקים שגרונית (RA) להפרעות שרירים, שמקורו במאגר Web of Science Core Collection בין 1 בינואר 2015 ל-31 בדצמבר 2024. על ידי בחינת מאפיינים מרכזיים של המאמרים שפורסמו, המחקר נועד לזהות מוקדי מחקר עולמיים בתחום זה. באמצעות כלים כמו VOSviewer, CiteSpace, Scimago Graphica ו-Excel, בוצע ניתוח חזותי של נוף המחקר. הניתוח גילה כי תפוקת הפרסום השנתית בתחום זה הציגה תנודה מחזורית. ארצות הברית הובילה במספר הפרסומים הכללי, ואחריה סין. מוסדות הוצאה לאור יצרו רשתות שיתוף פעולה אזוריות עם השפעות קרינה משמעותיות. מכון קרולינסקה ובית החולים האוניברסיטאי קרולינסקה בשוודיה דורגו ראשון ושני, עם 50 ו-30 פרסומים, בהתאמה. לגבי נושאי מחקר ספציפיים, ניתוח אשכולות מילות המפתח זיהה 12 אשכולות נושאיים, כולל מיוזיטיס, גורם נמק הגידול ומטבוליזם. בהינתן שמיוזיטיס היא מוקד מחקר במקביל לתחלואה של RA והפרעות שריר, השתמשנו גם ב-GeneCards כדי לנתח את הקשר בין RA למיוזיטיס מבחינת ביטוי גנים ונתיבים, והצגנו את התוצאות בצורה גרפית. סקר GeneCards זיהה 359 גנים משותפים. ניתוח רשת אינטראקציה בין חלבון לחלבון גילה כי גנים כמו TNF, IL6 ו-IFNG תופסים עמדות מרכזיות. ניתוח העשרת KEGG הראה כי מסלולי האיתות TNF, JAK-STAT ו-IL-17 ממלאים תפקידים קריטיים.
דלקת מפרקים שגרונית (RA) היא הפרעה דלקתית אוטואימונית כרונית המתאפיינת במעורבות סימטרית של מפרקים, עם שכיחות עולמית של כ-0.5–1%1,2. המנגנון הפתולוגי המרכזי של דלקת מפרקים שגרונית כולל הפעלה חריגת של מערכת החיסון, המובילה לדלקת מתמשכת בממברנה הסינוביאלית ולשרשרת של שינויים פתולוגיים מפרקים 3,4,5. למרות שסינוביום מהווה את המטרה העיקרית של RA, המחלה מלווה לעיתים קרובות בביטויים מערכתיים שונים, כולל מחלות לב וכלי דם, אוסטאופורוזיס והפרעות שרירים 6,7,8,9. מבין אלה, שינויים שריריים הקשורים ל-RA, כגון ניוון שרירים, ירידה בכוח השרירים ומיוזיטיס, הפכו בהדרגה למוקד מחקר בשנים האחרונות. סיבוכים אלו לא רק מחמירים את הפגיעה התפקודית ומפחיתים את איכות החיים, אלא גם משפיעים על תחזית המחלה ותגובת הטיפול 10,11,12,13. למרות שהפרעות שרירים נפוצות קלינית בקרב מטופלים עם דלקת מפרקים שגרונית, מצבי נקודות החום הספציפיות עדיין אינם ברורים, והמנגנונים המולקולריים הנלווים עדיין לא הוברו באופן שיטתי. יתרה מזאת, מגמות המחקר הגלובליות ומבנה הידע בתחום זה דורשים חקירה שיטתית נוספת14.
בעשור האחרון הושג התקדמות משמעותית במחקר על הפרעות שרירים הקשורות ל-RA, בהובלת התקדמות בטיפולים ביולוגיים, טיפולים ממוקדים ורפואה שיקומית 15,16,17. עם זאת, עדיין חסר ניתוח מקיף של המוקד המחקרי המשתנה, רשתות שיתוף הפעולה והתפתחות הנושאים המרכזיים בקהילה האקדמית. ביבליומטריקה, שיטה כמותית לניתוח ספרות אקדמית, יכולה לחשוף מגמות מחקר, תרומות ממדינות ומוסדות, נקודות מילות מפתח ודינמיקות בין-תחומיות בתחום מסוים. טכניקות ויזואליזציה, כגון רשתות הופעות משותפות וניתוח אשכולות, מציעות תובנות אינטואיטיביות נוספות לגבי התפתחות מבני הידע. ניתוח ביואינפורמטיקה מאפשר כרייה מעמיקה של נתונים ביולוגיים כדי לחשוף פוטנציאל לפתוגנזה של מחלה ונתיבי רגולציה מרכזיים ברמה המולקולרית. השילוב בין שתי הגישות הללו מאפשר בניית מסגרת מחקר מקיפה, הכוללת מפות ידע מקרוסקופיות ועד רשתות מולקולריות מיקרוסקופיות, ובכך מספקת פרספקטיבות רב-ממדיות חדשות להבנת הפתוגנזה של הפרעות שרירים הקשורות ל-RA, ולזיהוי מטרות פוטנציאליות להתערבות.
בהתבסס על מאגר Web of Science, מחקר זה עושה שימוש בכלים ביבליומטריים כגון VOSviewer, CiteSpace, Scimago Graphica ו-Excel כדי לנתח באופן שיטתי את נפח הפרסום השנתי, תרומות לאומיות ומוסדיות, הופעת מילות מפתח משותפת, ומגמות נושאיות מתפתחות בתחום דלקת מפרקים מפרקטונית, הקשורות להפרעות שריר. בנוסף, מאגר GeneCards שימש לניתוח גנים משותפים ונתיבים מועשרים הקשורים למיוזיטיס ול-RA. הממצאים נועדו לספק תובנות חדשות על חקירה מכנית, התערבות קלינית ושיתוף פעולה בין-תחומי בנוגע להפרעות שרירים הקשורות לדלקת דלקת מפרקים שגרונית.
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
תהליך העבודה הכולל של מחקר זה מוצג באיור 1, המתאר את שלבי החיפוש בספרות, ניתוח ביבליומטרי, זיהוי גנים משותפים, בניית רשת האינטראקציה בין חלבון לחלבון וניתוח העשרת מסלולים.
אסטרטגיית חיפוש ספרות
חיפוש הספרות בוצע ב-22 ביוני 2025, במאגר Web of Science (WOS) CoreCollection 19. החיפוש הוגבל ל-Science Citation Index Expanded (SCI-Expanded) ול-Social Sciences Citation Index (SSCI), שכלל פרסומים מה-1 בינואר 2015 ועד ה-31 בדצמבר 2024. מונחי החיפוש הספציפיים ומספר התוצאות המתאים מופיעים בטבלה 1. לאחר החיפוש הראשוני, סוגי מסמכים כמו תקצירי פגישות, מאמרי כנס, חומרי עריכה, פרקי ספרים ופרסומים שנמשכו לא הוחלפו. לאחר מכן, נשמרו רק רשומות בשפה האנגלית ושל סוגי "מאמר" או "מאמר ביקורת" לניתוח נוסף.
ניתוח ביבליומטרי
ניתוח ביבליומטרי והדמיה דורשים תמיכה של כלים תוכנתיים ספציפיים, שפרטיהם מסופקים בטבלת החומרים. מחקר זה נועד לבנות מפת ידע של תחום המחקר הבין-תחומי שמגשר בין מיוזיטיס לדלקת מפרקים שגרונית. ההיקף האנליטי כולל ניתוח מגמות פרסומים בעשור האחרון, דפוסי שיתוף פעולה ורשתות שיתופיות בינלאומיות, השפעה אקדמית בין מוסדות/כתבי עת/מחברים, מילות מפתח מרכזיות המשקפות מוקדי מחקר וניתוח רשתות ציטוטים.
נתוני ספירת הפרסומים השנתית יוצאו לראשונה ממאגר Web of Science ושימשו ליצירת גרפים סטטיסטיים הממחישים מגמות פרסום. נתוני הספרות שנאספו יובאו לאחר מכן לתוכנת VOSviewer לניתוח: בתוך מודול "Co-Authorship", נבחרו ברצף אפשרויות ל"מחברים", "ארגונים" ו"מדינות" ליצירת רשתות שיתוף פעולה בין מחברים, רשתות שיתוף פעולה מוסדיות ורשתות שיתוף פעולה של מדינות בהתאמה; בתוך מודול "ציטוט", נבחרה האפשרות "מקורות" ליצירת רשתות שיתוף פעולה בכתבי עת; בתוך מודול "ציטוט משותף" נבחרו "מקורות מצוטטים" ו"מחברים מצוטטים" כדי לקבל רשתות שיתוף פעולה בכתבי עת מצוטטים ורשתות שיתוף פעולה עם מחברים מצוטטים. כדי להמחיש בצורה אינטואיטיבית יותר את יחסי שיתוף הפעולה הבינלאומיים, רשת שיתוף הפעולה במדינות עברה אופטימיזציה אסתטית נוספת באמצעות תוכנת Scimago Graphica לשיפור הבהירות הוויזואלית והפרשנות20.
ניתוח נקודות מילות מפתח ומונחים נושאיים בין-תחומיים בוצע באמצעות תוכנת CiteSpace21. אלגוריתם Pathfinder נבחר לגיזום רשת, כאשר טווח הזמן נקבע מינואר 2015 עד דצמבר 2024, מחולק לקטעי זמן חודשיים. סוג הצומת הוגדר כ"מילת מפתח", מה שיצר מפת אשכולות מבוססת מילות מפתח של נקודות מחקר חמות, מונחים נושאיים מייצגים לכל אשכול, ו-20 מילות המפתח הנפוצות ביותר בנקודות חמות. ניתוח רשת ציטוטים פעל לפי תהליך פרוצדורלי דומה, שדרש רק שינוי סוג הצומת ל"הפניה מצוטטת" כדי לבצע את הניתוח המתאים.
זיהוי גנים משותפים
בהתבסס על ניתוח ביבליומטרי, מילת המפתח "מיוזיטיס" הראתה בולטות משמעותית בתחום המחקר הבין-תחומי של פתולוגיית שרירים ודלקת מפרקים שגרונית. לכן, מחקר זה בחר מיוזיטיס ודלקת מפרקים שגרונית כנושאי מחקר לביצוע ניתוח גנים חופף. ההליך הספציפי היה כדלקמן: ראשית, גני המטרה הקשורים למיוזיטיס ולדלקת מפרקים שגרונית נאספו ממאגר GeneCards22. כדי להבטיח את הקימוטיות של הניתוח, מחקר זה לא קבע סף ציון רלוונטיות וכלל את כל הגנים המדווחים הקשורים למחלות, ובכך בנה שני מערכי גנים מתאימים. על ידי השוואת שתי קבוצות אלו, זוהו גנים חופפים. גנים חופפים אלו הוגדרו בסופו של דבר כ"גנים הקשורים לתחלואה נלווית של RA-Myositis" ושימשו כמאגר הנתונים המרכזי לניתוחים הבאים.
בניית רשת אינטראקציה בין חלבון לחלבון (PPI)
באמצעות פונקציית השאילתה "חלבונים מרובים" במסד הנתונים STRING, הגשנו את רשימת "גנים הקשורים למחלה נלווית של RA-myositis" לניתוח23. האורגניזם הוגדר ל"הומו ספיינס" עם סף מינימלי נדרש לציון אינטראקציה של ≥0.700 (ביטחון בינוני). נתוני רשת האינטראקציה בין חלבון לחלבון שהתקבלו יובאו לאחר מכן ל-Cytoscape לצורך ויזואליזציה. על ידי התאמת צורות וצבעים של הצמתים דרך פאנל STYLE, נוצרה דיאגרמת רשת אינטראקציה בין חלבון לחלבון המוצגת בבירור.
ניתוח העשרת מסלולים
תהליך העבודה הספציפי לניתוח העשרת מסלולים התנהל כך. ראשית, בוצע ניתוח העשרת מסלולים של אנציקלופדיית קיוטו לגנים וגנומים (KEGG) על קבוצת הגנים המשותפת באמצעות חבילת clusterProfiler בתוכנת R24. המובהקות הסטטיסטית הוערכה במבחן היפרגיאומטרי, וערכי p הותאמו לבדיקות מרובות בשיטת בנג'מיני-הוכברג לשליטה בשיעור הגילוי השגויים. מסלולים עם ערך p מותאם < 0.05 נחשבו כמועשרים משמעותית ונשמרו לניתוח נוסף. מסלולים הקשורים למחלות אנושיות ספציפיות או לתהליכים מטבוליים כלליים הוצאו ידנית כדי למקד את הניתוח במנגנוני איתות מרכזיים. המסלולים המסוננים והגנים הנלווים אליהם יובאו לאחר מכן לתוכנת Cytoscape לבניית רשת אינטראקציה25. אלגוריתם "yFiles Organic Layout" יושם כדי ליצור מבנה היררכי ברור. המאפיינים הוויזואליים שופרו עוד יותר בפאנל STYLE: עוצמת צבע הצמתים מופתה למשמעות העשרה, גודל הצומת הושקל לפי מספר הגנים המרכזיים בכל מסלול, ועובי הקשת נשקל על ידי מקדם הדמיון של Jaccard בין המסלולים כדי לשקף את מידת החפיפה הגנית. בסופו של דבר, הושגה רשת אינטראקציה של מסלולי KEGG לניתוח מקיף.
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
מספר הפרסומים השנתי
חיפוש במאגר WOS גילה כי בסך הכול פורסמו 1,352 מאמרי מחקר על דלקת מפרקים שגרונית ומחקרים הקשורים לשרירים בעשור האחרון. לאחר סינון להחרגת סוגי מסמכים כולל תקצירי פגישות, מאמרי כנס, חומרי עריכה, פרקי ספרים ופרסומים שנמשכו, נשמרו רק מאמרים ומאמרי סקירה, מה שהוביל ל-1,274 פרסומים. הגבלות נוספות על פרסומים באנגלית הניבו בסופו של דבר 1,249 מסמכים, הכוללים 895 מאמרים ו-354 מאמרי סקירה. נפח הפרסום השנתי ותדירותי הציטוטים מוצגים באיור 2<...
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
ניתוח ביבליומטרי מגלה התפתחות מדורגת מובחנת של מוקד מחקר בתחום זה: בעוד שמחקרים מוקדמים התמקדו בעיקר בחקר יסודי של מנגנוני דלקת מפרקים, המיקוד עבר בהדרגה לכיווני מחקר מקיפים הכוללים הקמת מערכות הערכה קליניות, הבהרת מסלולים מולקולריים ופיתוח אסטרטגיות התערבות ממוקדות למחלות נלוות מערכתיות26,27, 28. מעבר זה מדגיש את ההיגיון הטבוע בתחום, את המסלול האבולוציוני שלו. תפוקת הפרסום השנתית הציגה תנודות מ...
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
למחברים אין ניגודי עניינים להצהיר עליהם.
מחקר זה נתמך על ידי הקרן הלאומית למדעי הטבע של סין (מענק מס' 81704050).
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
| שם | חברה | מספר קטלוג | הערות |
|---|---|---|---|
| CiteSpace | אוניברסיטת דרקסל | https://citespace.podia.com | קיבוץ מילות מפתח, זיהוי פרצים וניתוח ציטוט משותף של הפניות |
| clusterProfiler | חבילת R / Bioconductor | https://bioconductor.org/packages/clusterProfiler | ניתוח העשרת מסלולי KEGG |
| ציטוסקייף | המכון הלאומי למדעי הרפואה הכללית (NIGMS) | https://cytoscape.org | ויזואליזציה של רשתות PPI ורשתות אינטראקציה עם מסלולי KEGG |
| אקסל | מיקרוסופט קורפוריישן | https://www.microsoft.com/excel | ארגון נתונים, גרפים סטטיסטיים וניתוח מגמות פרסום שנתי |
| ג'ינקארדס | מכון ויצמן למדעים | https://www.genecards.org | שליפת גנים מטרה לדלקת מפרקים שגרונית ומיוזיטיס |
| R Software | קרן R | https://www.r-project.org | מחשוב סטטיסטי, ניתוח נתונים ויצירת גרפים של העשרה |
| סקימאגו גרפיקה | מעבדת סימאגו | https://www.graphica.app | ויזואליזציה ואופטימיזציה אסתטית של רשתות שיתוף פעולה במדינות |
| מיתר | המכון השווייצרי לביואינפורמטיקה (SIB) ואחרים. | https://string-db.org | בניית רשת אינטראקציה בין חלבון לחלבון (PPI) |
| VOSviewer | אוניברסיטת ליידן | https://www.vosviewer.com | בניית רשתות שיתוף פעולה (מחברים, מוסדות, מדינות) וניתוח ציטוטים משותפים בכתבי עת |
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
בקש הרשאה לשימוש חוזר בטקסט או באיורים של מאמר JoVE זה
בקש הרשאה