מחקר פרמקולוגיה רשת ועגינה מולקולרית של נוסחת TongBi לאוסטיאוארתריטיס

RuiGe Liang; Wei Zhang; Jin Xiong; Yi Peng; Jun Hu

doi:10.3791/71487

מאמר מחקר

מחקר פרמקולוגיה רשת ועגינה מולקולרית של נוסחת TongBi לאוסטיאוארתריטיס

DOI:

10.3791/71487

⸱

3 ביולי 2026

RuiGe Liang¹ , Wei Zhang¹ , Jin Xiong¹ , Yi Peng¹ , Jun Hu¹

¹Department of Traditional Chinese Medicine, Suining First People's Hospital

במאמר זה

סיכום

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

פרוטוקול זה חוזה מטרות טיפוליות פוטנציאליות ומנגנונים מולקולריים של נוסחת TongBi נגד אוסטאוארתריטיס באמצעות פרמקולוגיה רשתית ועגינה מולקולרית.

תקציר

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

מחקר זה יישם פרמקולוגיה רשתית בשילוב עם עגינה מולקולרית כדי לחזות את המטרות הטיפוליות הפוטנציאליות והמנגנונים המולקולריים של נוסחת TongBi (TBF) באוסטיאוארתריטיס (OA). רכיבים פעילים ומטרות מקבילות של TBF נאספו ממסד הנתונים והניתוח של Systems Pharmacology של הרפואה הסינית המסורתית, בעוד שמטרות הקשורות ל-OA נאספו מ-Online Mendelian Inheritance in Man, GeneCards, DrugBank ו-Therapeutic Target Database. תוכנת ויזואליזציה וניתוח רשת שימשה לבניית רשתות אינטראקציה בין תרכובות למטרה וחלבון וחלבון (PPI). אנוטציה פונקציונלית של גנים אונטולוגיה וניתוחי העשרת מסלולים באנציקלופדיה של קיוטו לגנים וגנומים בוצעו באמצעות פלטפורמת מסד הנתונים להערות, ויזואליזציה וגילוי משולב. ניתוח עגינה מולקולרי בוצע באמצעות תוכנת עגינה מולקולרית להערכת הזיקה החזויה של הקשר בין תרכובות פעילות מרכזיות לחלבוני המטרה המרכזיים. זוהו בסך הכל 47 מטרות חופפות בין TBF ל-OA. ניתוח רשתות PPI הדגיש את JUN, RELA, IL6, MAPK1 ו-IL10 כיעדי מרכזים פוטנציאליים. ניתוח העשרה הצביע על כך ש-TBF עשוי לווסת דלקת, מטבוליזם שומנים ומספר מסלולי איתות תוך-תאיים הקשורים להתקדמות OA. תוצאות העגינה המולקולרית הראו זיקות קשירה חיוביות צפויות בין תרכובות פעילות ליבה לבין מטרות מרכזיות של חלבונים הקשורים ל-OA. ממצאים אלו מספקים מסגרת חישובית להבנת המנגנונים הפוטנציאליים של TBF מול OA ותומכים באימות ניסויי נוסף.

מבוא

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

אוסטיאוארתריטיס (OA) היא מחלה דלקתית ניוונית בסחוס המפרקי¹. כיום, כ-58 מיליון מבוגרים מושפעים מ-OA, ומספר זה צפוי לעלות ל-78.4 מיליון עד 2040^. OA הוא גורם נפוץ לכאבי מפרקים ולפגיעה תפקודית ברחבי העולם³. בגלל הכאב החמור הקשור ל-OA, מטופלים חווים לעיתים קרובות נכות משמעותית בחיי היומיום^{שלהם 4}. גיל, מין נשי, השמנת יתר ונזק למפרקים הם גורמי הסיכון העיקריים ל-OA⁵. למרות שהשכיחות של OA גבוהה מאוד ויש לה השפעה משמעותית על מערכות הבריאות, אפשרויות הטיפול הזמינות נשארות מוגבלות⁶. הרפואה המודרנית מאמצת בדרך כלל טיפולים סימפטומטיים כגון תרופות אנטי-דלקתיות לא סטרואידיות ומגני סחוס. עם זאת, מתן ארוך טווח גורם לעיתים קרובות לתגובות לוואי, כולל נזק למערכת העיכול ותפקוד כבד וכליות לא תקין⁷. לכן, יש צורך דחוף לפתח שיטות טיפול חדשות או טיפולים חלופיים ל-OA.

הרפואה הסינית המסורתית (TCM) צברה ניסיון נרחב בטיפול בדלקת תסמונות, תוך הדגשת הבחנה בין תסמונות וויסות הוליסטי. נוסחת טונגבי (TBF) היא מרשם קלאסי המורכב בעיקר מדנגווי, דנשן, ג'יקואטנג, הייפנגטנג, טוגוקאו, דוהו, ויילינגשיאן ושיאנגפו. מנקודת מבט של ה-TCM, האופי הפתולוגי של OA נובע בעיקר מפלישה של רוח קרה ולחות וקיפאון של צ'י ודם⁸. התאימות הצמחית של TBF נועדה להתאים למנגנון פתולוגי מרכזי זה, כאשר כל הרכיבים הרפואיים פועלים בסינרגיה להרחיק רוח ולחות, לגרור מרידיאנים ולקדם את זרימת הדם, ובכך להתאים לתכונות האופייניות של תסמונת הרפואה הסינית הסינית (TCM). מחקרים קליניים הולכים וגדלים מצביעים על כך ש-TBF מותאם עשוי להקל על כאבי מפרקים ולשפר את תפקוד המוטוריקה של הגפיים אצל מטופלים עם OA⁹. תצפיות קליניות נוספות הראו גם את הפוטנציאל שלו לווסת תגובות דלקתיות במקרים¹⁰ של OA, בעוד שמטא-אנליזה עדכנית תמכה עוד יותר ביישום הקליני שלה להתערבות^{OA 11}.

TBF משמש באופן מסורתי להרחקת רוח, פתיחת ערוצים, פיזור קור, הסרת לחות וקידום זרימת דם ותזונה. עם זאת, המנגנונים הספציפיים שבאמצעותם TBF מפעיל השפעות טיפוליות פוטנציאליות נגד OA נותרו לא ברורים, והרכיבים הפעילים והיעדים המרכזיים שלו טרם נקבעו. כדי לחקור מנגנונים אלה בצורה שיטתית ומקיפה יותר, השתמשנו בגישת פרמקולוגיה רשתית לבניית מפת רשת הממחישה את הקשרים בין תרופות, מטרות ומחלות¹². בנוסף, בוצעו ניתוחי העשרה של Gene Ontology (GO) ואנציקלופדיה של קיוטו לגנים וגנומים (KEGG) כדי לחקור את המנגנונים המולקולריים ומסלולי האיתות האפשריים המעורבים בפעולה הפרמקולוגית של TBF¹³. כדי לחקור באופן שיטתי את המנגנונים הפרמקולוגיים של מרשמים לרפואה הסינית הסינית, מחקר זה הקים תהליך אנליטי מלא הכולל סינון רכיבים פעילים, חיזוי מטרות, בניית רשתות, ניתוח העשרה פונקציונלית ועגינה מולקולרית. מסגרת מחקר כזו הוכרה כפרדיגמה סטנדרטית וניתנת לשחזור לחקר המנגנונים המולקולריים של נוסחאות הרפואה הסינית הסינית מול OA¹⁴. מחקרים מתודולוגיים קיימים תמכו עוד יותר ברציונליות המדעית וביישום המעשי של אסטרטגיית מחקר זו¹⁵. מעבר לסטנדרטיזציה מתודולוגית, המחקר הנוכחי מסייע להגדיר את הבסיס הבסיסי והיעדים הרגולטוריים המרכזיים של TBF ב-OA. בנוסף, הוא מספק הפניות תיאורטיות ליישום קליני ולאימות ניסויי עתידי של TBF, תוך שהוא מציע מסגרת מתודולוגית ישימה לחקירה מכנית של מרשמים אחרים לרפואה מסורתית.

במחקר זה השתמשנו בגישת פרמקולוגיה רשתית כדי לסינן רכיבים פעילים ולבנות רשת תרכובת-מטרה בשילוב גנים מטרה הקשורים ל-OA. ניתוח העשרה פונקציונלית ועגינה מולקולרית בוצעו לאחר מכן לחקר מכניסטי. פרמקולוגיה רשתית משלבת מידע ביולוגי ופרמקולוגי כדי לחקור את הקשרים בין תרופות, מטרה-מחלה מפרספקטיבה מקיפה ורב-ממדית¹⁶. אנו מאמינים שגישה זו עשויה לסייע בהבהרת המנגנונים הפרמקולוגיים הפוטנציאליים של TBF ולספק בסיס תיאורטי למחקר ניסויי עתידי. תהליך העבודה של המחקר מוצג באיור 1.

figure-introduction-1
איור 1. תהליך העבודה של תכנון מחקר פרמקולוגיית רשת ועגינה מולקולרית. סקירה סכמטית של זרימת העבודה האנליטית המשמשת לחקירת המנגנונים הפוטנציאליים של נוסחת TongBi (TBF) נגד אוסטיאוארתריטיס (OA). תהליך העבודה כלל סקר תרכובות אקטיביות, חיזוי מטרות, איסוף מטרות הקשור ל-OA, ניתוח חיתוכים, בניית רשתות, ניתוח אינטראקציה בין חלבונים לחלבון (PPI), ניתוחי העשרת אונטולוגיה גנטית (GO) ואנציקלופדיית קיוטו לגנים וגנומים (KEGG), ואימות עגינה מולקולרית. אנא לחצו כאן כדי לצפות בגרסה מוגדלת של הדמות הזו.

פרוטוקול

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

לא היו מעורבים משתתפים אנושיים, בעלי חוליות או דגימות רקמה במחקר זה. כל הניתוחים בוצעו באמצעות מאגרי מידע ביואינפורמטיים נגישים לציבור ושיטות עגינה מולקולרית; לכן, לא נדרשה אישור אתי.

סינון רכיבים ומטרות מקבילות של TBF
כל המרכיבים הצמחיים של TBF, כולל דאנגגווי, דנשן, ג'יקואטנג, הייפנגטנג, טוגוקאו, דוהו, ויילינגשיאן ושיאנגפו, נבדקו בפלטפורמת מסד הנתונים והניתוח של מערכות פרמקולוגיה של TCM (TCMSP) (נגיש בינואר 2026). מונחי החיפוש המדויקים התאימו לשמות הלטיניים הסטנדרטיים של כל תרופה צמחית: Angelicae Sinensis Radix (Danggui), Radix Salviae (Danshen), Spatholobus suberectus Dunn (Jixueteng), Caulis Piperis Kadsurae (Haifengteng), Impatiens balsamina (Tougucao), Radix Angelicae Biseratae (Duhuo), Radix Clematidis (Weilingxian) ו-Cyperi Rhizoma (שיאנגפו). הרכיבים הכימיים נבדקו לפי סף קבוע של זמינות ביולוגית דרך הפה (OB) ≥ 30% ודמיון תרופה (DL) ≥ 0.18. ערכי החיתוך הללו משמשים באופן נרחב במחקרי פרמקולוגיה ברשתות הרפואה הסינית הסינית לזיהוי תרכובות פעילות ביו-זמינות ודמויות תרופות עם פוטנציאל לפעילות בתוך החיים. תרכובות ללא ערכי OB או DL מפורשים במסד הנתונים הוצאו כדי לשמור על אמינות ועקביות של סקר תרכובות פעיל.

מטרות החלבון המתאימות של התרכובות הפעילות שנבדקו נאספו לאחר מכן ממאגר הפרמקולוגיה של ה-TCM. תקנון גנים מטרה בוצע באמצעות מאגר הנתונים של אנוטציות חלבון Universal Protein Resource (UniProt), כאשר המין הוגבל להומו ספיינס (ניגש בינואר 2026). שמות חלבונים מקוריים הוסבו לסמלים גנים אנושיים רשמיים, בעוד שרשומות מטרה חוזרות ולא אנושיות הוצאו ידנית. מטרות כפולות הוסרו באמצעות השוואה ואיסוף ידני ליצירת מערך הנתונים הסופי של TBF.

זיהוי מטרות הקשורות ל-OA ומטרות טיפוליות פוטנציאליות של TBF עבור OA
מטרות הקשורות ל-OA נאספו באמצעות מונח החיפוש המדויק "Osteoarthritis" במאגרי הנתונים Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM), GeneCards, DrugBank ו-Therapeutic Target Database (TTD) (ניגש בינואר 2026). מטרות כפולות שהושגו ממאגרי נתונים שונים הוסרו ידנית באמצעות איסוף והשוואה של נתונים ליצירת מאגר יעדים הקשור ל-OA. ב-GeneCards, רק מטרות עם ציון רלוונטיות ≥ 3 נשמרו. מטרות שנאספו מ-OMIM, DrugBank ו-TTD באמצעות מילת המפתח "Osteoarthritis" לא עברו קריטריוני סינון נוספים. היעדים החופפים בין מטרות הקשורות לתרכובות פעילות ליעדים הקשורים ל-OA זוהו באמצעות כלי ניתוח Venn מקוון Venny 2.1.0. ניתוח החיתוך בוצע כדי לקבוע את המטרות הטיפוליות האפשריות של TBF נגד OA.

בניית רשת TBF–רכיב–יעד
נתוני אינטראקציה בין רכיבים–מטרה יובאו לתוכנת הוויזואליזציה והניתוח של רשת Cytoscape 3.10.2 לבניית רשת TBF–Component–Target (ניגש בינואר 2026). ברשת הבנויה, הצמתים ייצגו תרכובות צמחיות וגנים של מטרה, בעוד שהקצוות ייצגו את האינטראקציות בין תרכובות פעילות למטרות מתאימות. כדי למנוע ניתוח מיותר, תרכובות כפולות המשותפות בין עשבים מרובים אוחדו לצומת ייחודי אחד. ניתוח טופולוגי רשת בוצע לאחר מכן תוך שימוש בערך דרגה כפרמטר הערכה ראשי. תרכובות פעילות ליבה זוהו לפי דירוג הדרגה ונבחרו כמועמדים לליגנדים לניתוח עגינה מולקולרית מאוחר יותר.

בניית רשת PPI
מטרות טיפוליות פוטנציאליות יובאו למסד הנתונים של STRING PPI לניתוח PPI (ניגש בינואר 2026). פרמטר המין הוגבל להומו ספיינס, וציון האמון המינימלי הנדרש לאינטראקציה הוגדר ל-0.9, בעוד שכל הפרמטרים הנותרים נשמרו בהגדרות ברירת המחדל. נתוני האינטראקציה שנוצרו יוצאו והוצגו בהרחבה באמצעות תוכנת ההמחשה והניתוח של הרשת. ניתוח טופולוגי של רשת PPI בוצע באמצעות תוסף ניתוח טופולוגיית רשת CytoHubba. מדרגה, מרכזיות הביניים ומרכזיות הקרבה חושבו כדי להעריך את חשיבות הצמתים ברשת האינטראקציה. חלבוני המטרה המרכזיים זוהו על בסיס מאפיינים טופולוגיים משולבים ונבחרו לניתוח עגינה מולקולרית לאחר מכן. אלגוריתם Maximal Clique Centrality אומץ לסקר מטרות מרכזיות. צמתים ללא שותפים אינטראקטיביים הוצאו, מה שהוביל למספר נמוך יותר של צמתים ברשת הסופית מאשר במאגר הנתונים היעד המקורי המיובא.

גו וקג
ניתוח העשרת פונקציונליות GO וניתוח העשרת מסלולי KEGG בוצעו כדי לבדוק את הפונקציות הביולוגיות הפוטנציאליות ונתיבי האיתות הקשורים למטרות הטיפוליות שזוהו של TBF נגד OA. ניתוח GO כלל שלוש קטגוריות האונטולוגיה הסטנדרטיות: תהליך ביולוגי (BP), רכיב תאי (CC) ותפקוד מולקולרי (MF), כאשר תהליך ביולוגי מוגדר כמוקד העיקרי לפרשנות.

ניתוח העשרה פונקציונלית בוצע באמצעות מסד הנתונים להערות, ויזואליזציה וגילוי משולב (DAVID) בשילוב עם תוכנת R לניתוח סטטיסטי (גרסה 4.3.1; ניגש בינואר 2026). תוצאות ההעשרה עובדו והוצגו באמצעות חבילת clusterProfiler , כאשר פונקציות dotplot ו-barplot שימשו ליצירת דיאגרמות העשרה. כל הגנים המטרה עברו הערות על רקע הומו ספיינס . שיטת בנג'מיני–הוכברג יושמה לתיקון מספר בדיקות, וערך P מותאם < 0.05 נחשב מובהק סטטיסטית.

המחשה של תוצאות העשרת GO ו-KEGG בוצעה באמצעות פלטפורמת הניתוח המקוונת MicrobiomeAnalyst/MicrobiomeNet (גישה בינואר 2026). נוצרו גרפים עמודים ותרשימי בועות כדי להציג את מונחי GO ומסלולי KEGG המועשרים ביותר בצורה המשמעותית.

עגינה מולקולרית
שמות הגנים הרשמיים ומזהי מאגר נתוני החלבון (PDB) המתאימים של מטרות הליבה המובילות נאספו ממאגר ההערות של החלבונים17, ומבני הגבישים התלת-ממדיים שלהם הורדו מ-PDB של RCSB (ניגש בפברואר 2026). עבור כל חלבון יעד, שרשרת A נשמרה כמבנה הקולטן, בעוד ששרשראות חלבון מיותרות, הטרואטומים ומקטעים מבניים לא קשורים הוסרו במהלך הכנת הקולטנים. המבנים התלת-ממדיים של תרכובות פעילות ליבה נאספו ממאגר הנתונים של PubChem (נגיש בפברואר 2026). במחקר זה, קוורצטין נבחר כליגנד העגינה המייצג משום שהפגין את המרכזיות הטופולוגית הגבוהה ביותר ברשת הרכיב-יעד והוא פלבונואיד מאופיין היטב עם השפעות הגנה מדווחות מפני פתוגנזה של OA.

עיבוד מקדים של קולטנים וליגנדים בוצע באמצעות תוכנת הכנת עגינה מולקולרית, כולל הסרת מולקולות מים, הוספת אטומי מימן, טיפול בפרוטונציה והקצאת מטען גסטיגר. ניתוח עגינה מולקולרית בוצע לאחר מכן באמצעות תוכנת עגינה מולקולרית גרסה 1.5.7. ממדי קופסת הרשת הותאמו כך שיכללו את אזורי הקישור החזויים של כל חלבון יעד. תיבת הרשת הייתה ממוקמת סביב כיס הקשירה הטבעי של כל חלבון מטרה, עם גודל אחיד של 40 Å × 40 Å × 40 Å ומרווח רשת של 0.375 Å. חישובי עגינה בוצעו עם פרמטר מיצוי של 8, ונוצרו תשע קונפורמציות קישור מועמדות לכל זוג ליגנד–מטרה. קונפורמציית העגינה עם אנרגיית הקישור הנמוכה ביותר שנחזה נבחרה כעמדת הקישור המייצגת לפרשנות מבנית מאוחרת יותר. אימות רידוקינג והשוואת ליגנדים חיוביים-ביקורתיים לא בוצעו במחקר זה. כל נהלי העגינה והגדרות הפרמטרים פעלו לפי פרוטוקולים סטנדרטיים שאומצו בדרך כלל במחקר פרמקולוגיית רשת כדי לתמוך באמינות מצבי הקישור החזויים. קונפורמציות העגינה הוצגו באמצעות תוכנת ויזואליזציה מולקולרית גרסה 2.5.4. אנרגיית קישור של ≤−5.0 קקלורי/מול נחשבה כאינדיקציה לקישור יציב בין ליגנד לקולטן.

תוצאות

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

הרכב כימי וסינון מטרות של TBF
בסך הכל זוהו 2 רכיבים פעילים מדאנגגווי, 65 מדנשן, 24 מג'ישואטנג, 21 מהייפנגטנג, 6 מטוגקאו, 9 מדוהו, 7 מויילינגשיאן ו-18 משיאנגפו. מידע מפורט על התרכובות הפעילות שנבדקו מופיע בטבלה משלימה 1. בסך הכל נאספו בתחילה 2672 מטרות פוטנציאליות, כולל 266 מטרות לדאנגגווי, 689 לדנשן, 236 לדוהו, 188 להייפנגטנג, 545 לג'ישוטנג, 192 לטוגוקאאו, 102 לוויילינגשיאן ו-454 לשיאנגפו. מידע מפורט על היעד מוצג בטבלה משלימה 2. לאחר הסרת רשומות כפולות, הושגו 258 מטרות לא מיותרות הקשורות ל-TBF.

רשת TBF–רכיב–יעד
רשת TBF–Component–Target נבנתה באמצעות נתונים שנאספו ממאגר המידע הפרמקולוגי של TCM, כולל 152 תרכובות פעילות, 258 יעדים לא מיותרים, ו-8 צמתים לרפואה צמחית. נתונים אלו אורגנו לשני קבצים, שסומנו כ"רשת" ו"סוג" (טבלה משלימה 3). לאחר ייבוא הקבצים לתוכנת ההמחשה והניתוח של הרשת, הוקמה רשת מקיפה הכוללת 578 צמתים ו-3022 קשתות (איור 2). ברשת הבנויה, הצמתים ייצגו תרופות צמחיות, תרכובות ביואקטיביות וחלבוני מטרה מתאימים, בעוד שהקצוות ייצגו את האינטראקציות החזויות בין תרכובות למטרות. גודל הצומת הגדול יותר ועוצמת הצבע הכהה הצביעו על ערכי דרגה גבוהים יותר וקישוריות רשת מוגברת. בהתבסס על דירוג הדרגה שהתקבל מניתוח טופולוגי רשת, חמש התרכובות הפעילות המובילות זוהו כקוורצטין (A7-MOL000098), בטא-סיטוסטרול (B8-MOL000358), לוטאולין (A1-MOL000006), קאמפרול (C1-MOL000422) וסטיגמאסטרול (C2-MOL000449).

figure-results-1
איור 2. TBF–רכיב–רשת אינטראקציה של מטרה. הדמיית רשת של האינטראקציות בין TBF, תרכובות פעילות וגנים מטרה חזויים. צמתים מייצגים תרופות צמחיות, תרכובות פעילות או חלבוני מטרה, בעוד שקצוות מייצגים אינטראקציות חזויות בין תרכובות למטרות. גודל צומת גדול יותר ועוצמת צבע כהה יותר מצביעים על ערכי דרגה גבוהים יותר וקישוריות רשת מוגברת. אנא לחצו כאן כדי לצפות בגרסה מוגדלת של הדמות הזו.

מידע מטרות הקשור ל-OA ומטרות טיפוליות פוטנציאליות של TBF
מילת המפתח "אוסטיאוארתריטיס" נבדקה בארבעה מאגרי נתונים, והניבה 428 יעדים פוטנציאליים הקשורים למחלה, כולל 9 מ-OMIM, 349 מ-GeneCards, 32 מ-DrugBank ו-38 מ-TTD. דיאגרמת ון המדגימה את התפלגות היעד בין ארבעת מסדי הנתונים מוצגת באיור 3. לאחר מיזוג והסרת רשומות כפולות, הושגו 398 מטרות ייחודיות הקשורות ל-OA. ניתוח חיתוך בין מטרות הקשורות ל-OA לבין יעדים פעילים הקשורים לתרכובות TBF זיהה 47 מטרות חופפות, שנחשבו למטרות טיפוליות פוטנציאליות של TBF נגד OA. דיאגרמת ון המתאימה שנוצרה באמצעות כלי ניתוח ון מקוון מוצגת באיור 4.

figure-results-2
איור 3. דיאגרמת ון של מטרות הקשורות ל-OA שנאספה ממספר מסדי נתונים. דיאגרמת ון המציגה את החפיפה בין מטרות הקשורות ל-OA שזוהו במאגרי OMIM, GeneCards, DrugBank ומאגר מטרות טיפולי (TTD). אנא לחצו כאן כדי לצפות בגרסה מוגדלת של הדמות הזו.

figure-results-3
איור 4. זיהוי מטרות חופפות בין TBF ל-OA. דיאגרמת ון המציגה את החיתוך בין מטרות הקשורות לתרכובות פעילות של TBF לבין מטרות הקשורות ל-OA. היעדים החופפים נחשבו למטרות טיפוליות פוטנציאליות של TBF נגד OA. אנא לחצו כאן כדי לצפות בגרסה מוגדלת של הדמות הזו.

בנייה וניתוח רשת PPI
ניתוח רשת PPI של 47 היעדים החופפים בוצע באמצעות מסד הנתונים של PPI (איור 5) ולאחר מכן הוצג באמצעות תוכנות ויזואליזציה וניתוח רשת. במהלך בניית הרשת, צמתים מנותקים המייצגים מטרות מבודדות ללא אינטראקציות חלבון-חלבון (PPIs) הוסרו לפי נהלי טופולוגיית רשת סטנדרטיים, מה שהוביל לרשת משופרת הכוללת 39 צמתים ו-108 קשתות (איור 6). גודל הצומת ועוצמת הצבע שיקפו ערכי דרגות, מה שמעיד על החשיבות היחסית של מטרות ברשת.

figure-results-4
איור 5. רשת PPI של STRING של מטרות חופפות. רשת PPI שנוצרה באמצעות מסד הנתונים STRING עבור היעדים החופפים בין TBF ל-OA. צמתים מייצגים חלבוני מטרה וקצוות מייצגים PPIs צפויים. אנא לחצו כאן כדי לצפות בגרסה מוגדלת של הדמות הזו.

figure-results-5
איור 6. ניתוח רשת PPI מרכזי. רשת PPI משופרת לאחר הסרת צמתים מנותקים. גודל הצומת ועוצמת הצבע מייצגים ערכי דרגה ומצביעים על החשיבות היחסית של מטרות ברשת. מטרות ליבה כולל JUN, RELA, IL6, MAPK1 ו-IL10 הראו קישוריות רשת גבוהה. אנא לחצו כאן כדי לצפות בגרסה מוגדלת של הדמות הזו.

ניתוח טופולוגי של רשת PPI בוצע באמצעות תוסף ניתוח טופולוגיית רשת עם אלגוריתם Degree לחישוב מאפייני טופולוגיה של צומתים. עשרת המטרות המובילות המדורגות לפי ערך הדרגה מוצגות בטבלה 1. חמשת היעדים המדורגים הגבוהים ביותר, כולל JUN, RELA, IL6, MAPK1 ו-IL10, נבחרו כמטרות ליבה לניתוח עגינה מולקולרי נוסף בהתבסס על ערך הדרגה, מרכזיות הקרבה, ומרכזיות הביניים.

ניתוח תפקוד ביולוגי GO וניתוח מסלול KEGG של TBF ב-OA
ניתוח העשרת GO זיהה מספר פונקציות ביולוגיות הקשורות ל-OA, כולל פעילות ציטוקינים, קישור לפקטור שעתוק ופעילות פקטורי גדילה, מה שמרמז על מעורבות אפשרית של TBF בוויסות דלקת, פעילות שעתוק והומאוסטזיס של הסחוס. 20 המונחים המועשרים ביותר ב-GO דורגו לפי ערכי ספירה והוצגו באמצעות תרשים בר (איור 7). ניתוח העשרת מסלולי KEGG התמקד במסלולי איתות הקשורים ל-OA, כולל תוצרי קצה מתקדמים של גליקציה – קולטן לנתיב איתות של תוצרי קצה גליקציה מתקדמים, מסלול איתות אינטרלוקין-17 (IL-17), מסלול איתות של פקטור נמק גידול (TNF) ומסלול איתות קולטני תאי T, אשר קשורים לוויסות דלקתי, קטבוליזם כונדרוציטים ותגובות חיסוניות ב-OA. מסלולים הקשורים למחלות זיהומיות שזוהו במהלך ניתוח ההעשרה לא פורשו כמנגנוני OA ישירים במחקר הנוכחי. ניתוח מסלולי KEGG בוצע באמצעות תוכנת ניתוח סטטיסטי ליצירת ויזואליזציה של תרשים בועה (איור 8). זוהו בסך הכל 20 מסלולי איתות מועשרים משמעותית. תוצאות אלו הציעו כי TBF עשוי לווסת תהליכים ביולוגיים ומסלולי איתות הקשורים ל-OA באמצעות מנגנון פרמקולוגי רב-מטרתי.

figure-results-6
איור 7. ניתוח העשרת GO של מטרות טיפוליות פוטנציאליות. תרשים בר המציג את 20 מונחי GO המועשרים ביותר הקשורים למטרות הטיפוליות הפוטנציאליות של TBF נגד OA. המונחים המועשרים כוללים תהליכים ביולוגיים, פונקציות מולקולריות ורכיבים תאיים הקשורים לדלקת, ויסות שעתוק והומאוסטזיס של הסחוס. אנא לחצו כאן כדי לצפות בגרסה מוגדלת של הדמות הזו.

figure-results-7
איור 8. ניתוח העשרת מסלולי KEGG של מטרות טיפוליות פוטנציאליות. הדמיית תרשים בועה של מסלולי האיתות KEGG המועשרים ביותר הקשורים למטרות הטיפוליות הפוטנציאליות של TBF נגד OA. גודל הבועה מייצג את מספר הגנים המועשרים, בעוד עוצמת הצבע משקפת את רמת המשמעות של ההעשרה. אנא לחצו כאן כדי לצפות בגרסה מוגדלת של הדמות הזו.

אימות עגינה מולקולרית
כדי לחקור לעומק את האינטראקציות הפוטנציאליות בין התרכובת הפעילה העיקרית של TBF לבין מטרות הליבה שזוהו מרשת ה-PPI, בוצע ניתוח עגינה מולקולרית בין קוורצטין, התרכובת הפעילה המובילה ברשת הרכיב-יעד, לבין חמשת היעדים הליבתיים JUN, RELA, IL6, MAPK1 ו-IL10 (טבלה 2). קוורצטין הוכיח את החשיבות הטופולוגית הגבוהה ביותר ברשת הרכיב-יעד ודווח נרחב כתרכובת ביואקטיבית מייצגת הקשורה לפעילות אנטי-דלקתית ולויסות מטבוליזם של הסחוס^18,19. אנרגיות הקשירה החזויות היו −8.4 קק"ל/מול עבור JUN, −7.6 קק"ל/מול עבור RELA, −6.9 קק"ל/מול עבור IL6, ו-−6.7 קקלורי/מול עבור MAPK1 ו-IL10, מה שמעיד על זיקות קשירה צפויות חיוביות בין קוורצטין למטרות הליבה הנבחרות. הדמיית קונפורמציות קישור ליגנד-קולטן סייעה בפרשנות של אינטראקציות מולקולריות פוטנציאליות. תוכנת ויזואליזציה מולקולרית גרסה 2.5.4 שימשה להמחשת קונפורמציות העגינה האופטימליות בין קוורצטין לחמשת היעדים המרכזיים (איור 9–13).

figure-results-8
איור 9. מודל עגינה מולקולרי של קוורצטין עם JUN (מזהה PDB: 1JNM). קונפורמציית עגינה מולקולרית תלת-ממדית של קוורצטין הקשור ל-JUN. קוורצטין נחזה להיקשר בתחום bZIP של JUN ולהתאים לחלל הקישור הידרופובי עם השלמה מבנית. אנא לחצו כאן כדי לצפות בגרסה מוגדלת של הדמות הזו.

figure-results-9
איור 10. מודל עגינה מולקולרי של קוורצטין עם RELA (מזהה PDB: 7LEU). קונפורמציית עגינה מולקולרית תלת-ממדית של קוורצטין הקשור ל-RELA. קוורצטין צפוי לקיים אינטראקציה עם האזור הפעיל של תחום ההומולוגיה של RELA Rela דרך אינטראקציות לא קוולנטיות. אנא לחצו כאן כדי לצפות בגרסה מוגדלת של הדמות הזו.

figure-results-10
איור 11. מודל עגינה מולקולרי של קוורצטין עם IL6 (מזהה PDB: 1ALU). קונפורמציית עגינה מולקולרית תלת-ממדית של קוורצטין הקשור ל-IL6. קוורצטין צפוי לתפוס את חריץ הקשירה השמור לקולטנים של IL6. אנא לחצו כאן כדי לצפות בגרסה מוגדלת של הדמות הזו.

figure-results-11
איור 12. מודל עגינה מולקולרי של קוורצטין עם MAPK1 (מזהה PDB: 6D5Y). קונפורמציית עגינה מולקולרית תלת-ממדית של קוורצטין הקשור ל-MAPK1. קוורצטין צפוי לתפוס את כיס הקישור ל-ATP של MAPK1, מה שמרמז על אינטראקציות אפשריות הקשורות לקינאז. אנא לחצו כאן כדי לצפות בגרסה מוגדלת של הדמות הזו.

figure-results-12
איור 13. מודל עגינה מולקולרי של קוורצטין עם IL10 (מזהה PDB: 1ILK). קונפורמציית עגינה מולקולרית תלת-ממדית של קוורצטין הקשור ל-IL10. קוורצטין צפוי לקיים אינטראקציה בקרבת אזור הממשק הדימר של IL10 ועשוי לתרום לייצוב קומפלקס החלבונים. אנא לחצו כאן כדי לצפות בגרסה מוגדלת של הדמות הזו.

זמינות נתונים:
כל הנתונים התומכים בממצאי מחקר זה כלולים בכתב היד, בטבלאות, באיורים ובחומרים המשלימים שלו. טבלה משלימה 1 מכילה את התרכובות הפעילות המסננות של נוסחת TongBi (TBF), טבלה משלימה 2 מספקת את המידע המתאים, וטבלה משלימה 3 מכילה את נתוני קידוד הרשת והאינטראקציה המשמשים לבניית רשת וניתוח טופולוגי.

ג'ין	שם חלבון	תואר	מרכזיות הקרבה	מרכזיות הביניים
ג'ון	גורם שעתוק AP-1	18	0.58	0.22
רלה	פקטור שעתוק p65	15	0.56	0.15
IL6	אינטרלוקין 6	14	0.59	0.33
MAPK1	קינאז חלבון מופעל על ידי מיטוגן 1	13	0.54	0.16
IL10	אינטרלוקין 10	10	0.47	0.12
ESR1	קולטן אסטרוגן	10	0.44	0.03
IL2	אינטרלוקין 2	9	0.53	0.05
AKT1	RAC-אלפא סרין/תראונין-חלבון קינאז	9	0.44	0.04
MMP1	מטריצה מטאלופפטידאז 1	8	0.44	0.03
MMP2	מטריקס מטאלופפטידאז 2	8	0.44	0.03

טבלה 1: פרמטרים טופולוגיים של מטרות ליבה ברשת PPI. פרמטרים טופולוגיים של היעדים העיקריים שזוהו בניתוח רשת PPI. מדרגה, קרבה, מרכזיות ומרכזיות הביניים חושבו כדי להעריך את חשיבות הצומת ולזהות מטרות טיפוליות מרכזיות הקשורות ל-TBF נגד OA. מטרות עם ערכי דרגה ומרכזיות גבוהים נחשבו חשובים יותר ברשת האינטראקציה.

מטרה	מזהה PDB	קואורדינטות האתר הפעיל (X, Y, Z)	ליגנד	זיקה קשירה (קקאל/מול)
ג'ון	1JNM	X = 10.201; Y = 0.493; Z = 19.492	קוורצטין	−8.4
רלה	7LEU	X = 1.717; Y = 23.889; Z = −0.778		−7.6
IL6	1ALU	X = 2.599; Y = −20.016; Z = 8.749		−6.9
MAPK1	6D5Y	X = 7.052; Y = 12.800; Z = 20.749		−6.7
IL10	1ILK	X = 17.836; Y = 46.443; Z = 38.685		−6.7

טבלה 2: פרמטרי עגינה מולקולרית וזיקות קישור בין קוורצטין לחלבוני המטרה המרכזיים. עגינה מולקולרית מתבצעת בין קוורצטין לחלבוני הליבה הנבחרים JUN, RELA, IL6, MAPK1 ו-IL10. הטבלה מציגה מזהי מאגר נתוני חלבונים (PDB), קואורדינטות מרכזי רשת באתר פעיל המשמשות לחישובי עגינה, וערכי זיקה חזויים שהתקבלו מניתוח עגינה מולקולרי. ערכי אנרגיית קישור נמוכים יותר מעידים על זיקה חזקה יותר בין ליגנד לקולטן.

טבלה משלימה 1: תרכובות פעילות שזוהו מ-TBF. מידע מפורט על התרכובות הפעילות שנבדקו מ-TBF, כולל שמות תרכובות, מזהים מולקולריים, ערכי OB, ערכי DL ומקורות צמחיים מתאימים. אנא לחצו כאן להורדת הקובץ הזה.

טבלה משלימה 2: יעדים חזויים התואמים לתרכובות פעילות של TBF. רשימה מקיפה של יעדי חלבון חזויים המתאימות לתרכובות הפעילות שנבדקו של TBF, כולל סמלי גנים אנושיים סטנדרטיים שהתקבלו לאחר נרמול והסרת שכפול המטרה. אנא לחצו כאן להורדת הקובץ הזה.

טבלה משלימה 3: מידע על קידוד רשת עבור רשת TBF–רכיב–יעד. מידע קידוד מפורט המשמש לבניית רשת האינטראקציה בין רכיב למטרת TBF, כולל מזהים מולקולריים, מידע מטרה, קשרי רשת ונתוני סיווג צמתים המשמשים לניתוח טופולוגיית רשת. אנא לחצו כאן להורדת הקובץ הזה.

דיון

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

מחקר זה השתמש בפרמקולוגיה רשתית ובגישות עגינה מולקולרית כדי לחקור את המנגנונים הפוטנציאליים של TBF נגד OA. התרופות הצמחיות המרכזיות שנבדקו כללו את דאנגגווי, דנשן, ג'יקואטנג, הייפנגטנג, טוגוקאו, דוהו, ויילינגשיאן ושיאנגפו. מחקרים קודמים הראו כי דנגווי (Angelica sinensis Radix) עשוי להקל על שינויים פתולוגיים הקשורים ל-OA, כולל ניוון סחוס, טרשת עצם תת-כונדרלית, הליכה לא תקינה ונפיחות בברך בתהליך חוסר יציבות של מודל המניסקוס המדיאלי²⁰. במודלים של תאי OA המושרים על ידי IL-1β, דאנגווי הפחית את הצטברות מיני החמצן הפעילים והגביר את פעילות אנזימי נוגדי החמצון, כולל סופראוקסיד דיסמוטאז וגלוטתיון²¹. Danshenindione IIA, רכיב פעיל ב-Salvia miltiorrhiza, דווח כמקל על ניוון הסחוס, משחזר הומאוסטזיס של עיצוב מחדש של עצם תת-כונדרלית, ומדכא אנגיוגנזה לא תקינה במודלים של עכברי OA²². בנוסף, רכיבים שמקורם ב-S. miltiorrhiza עשויים לווסת לחץ חמצוני ומטבוליזם עצם ^23,24. Spatholobus suberectus דווח כי דן מווסת את מסלולי האיתות PI3K/Akt/mTOR ו-Ras/Raf/MAPK²⁵, הקשורים למטבוליזם של הסחוס ולהתקדמות OA. תמציות של S. suberectus Dunn גם מעכבות את ייצור כימוקינים פרו-דלקתיים²⁶. יתרה מזאת, פעילויות נוגדות דלקת ונוגדי חמצון המדווחות עבור Impatiens balsamina עשויות להיות רלוונטיות לפתוגנזה של דלקת OA, משום שדלקת כרונית ולחץ חמצוני תורמים לניוון הסחוס²⁷. Radix Angelicae Biseratae נקשרה גם לשיפור במחזור הדם ולהקלה על תסמינים הקשורים לדלקת מפרקים^28,29. מחקרים מוגבלים חקרו את ההשפעות הטיפוליות האפשריות של ג'יקסוטנג (Spatholobus suberectus Dunn), הייפנטנג (Caulis Piperis Kadsurae) ושיאנגפו (Cyperi Rhizoma) ב-OA.

תחזית חישובית המבוססת על רשת PPI הציעה כי TBF עשוי להפעיל השפעות טיפוליות נגד OA באמצעות ויסות תגובות דלקתיות והגנה על סחוס מפרקי, אם כי תחזיות אלו דורשות אימות ניסיוני נוסף. היעדים המרכזיים עם ערכי דרגה גבוהים יחסית ברשת PPI כללו את JUN, RELA, IL6, MAPK1 ו-IL10. מחקרים קודמים הראו כי JUN קשור להזדקנות כונדרוציטים ולהתקדמות OA. עכברים כפולים של JunB/Jun מראים חדירה דלקתית לרקמות מפרק, מלווה בהרס עצם ופריאוסטיטיס³⁰. ניתוחים טרנסקריפטומיים של סחוס אוסטאוארתריטי וסינוביום הראו גם ירידה בביטוי JUN³¹. בנוסף, נצפה ירידה בביטוי חלבון JUN במודלים של חולדות OA שנגרמו על ידי חתך רצועות הצולבות הקדמיות ובכונדרוציטים מזדקנים³². מחקרים קודמים הציעו בנוסף כי איתות הקשור ל-JUN עשוי לווסת את התנוונות הסחוס, האפופטוזיס, האוטופגיה והמטבוליזם של המטריקס החוץ-תאית בכונדרוציטים OA³³. מחקרים קודמים הראו גם כי שברי RNA הנגזרים מווסתים את התרבות והישרדות כונדרוציטים מפרקים דרך^מסלולי איתות הקשורים ל-RELA. בנוסף, הגברת הגן Sox9 בשילוב עם עיכוב ביטוי RELA בתאי סטרומל מזנכימיים שיפרו את היכולות הכונדרוגניות והאימונומודולטוריות והאטו את התקדמות ה-OA במודלים ניסיוניים³⁵. ממצאים אלו תומכים ברלוונטיות הפוטנציאלית של מסלולי איתות הקשורים ל-JUN ו-RELA שזוהו בניתוח החישובי הנוכחי.

IL6 הוא מתווך דלקתי מרכזי ב-OA ומשחק תפקיד חשוב במטבוליזם הסחוס על ידי השפעת תהליכי התדרדרות ותיקון. במצבים דלקתיים כרוניים בדרגה נמוכה, רמות IL6 גבוהות תורמות להזדקנות כונדרוציטים, לירידה בסינתזת מטריצת הסחוס ולשיבוש ההומאוסטזיס של הסחוס³⁶. מחקרים קודמים הראו כי קולטני IL6/איתות JAK2 משתתפים בוויסות האפופטוזיס של תאי הזקנה, והסרה ממוקדת של תאים מזדקנים עשויה להחליש את התקדמות OA³⁷. בנוסף, לי צ'יו ועמיתיו דיווחו כי הגברת הוויסות של miR-186-5p מווסתת תגובות דלקתיות בכונדרוציטים המונעים על ידי IL-1β, בעוד שעיכוב miR-186-5p הקל על התקדמות OA באמצעות הגברת ביטוי MAPK1³⁸. ממצאים אלו תומכים במעורבות אפשרית של מסלולי איתות הקשורים ל-IL6 ו-MAPK1 שזוהו בניתוח החישובי הנוכחי.

IL10 ממלא תפקיד מגן בהומאוסטזיס הסחוס ועשוי לתרום לשמירה על מיקרו-סביבת הסחוס. מחקרים קודמים הראו כי IL10 מעכב אפופטוזיס של כונדרוציטים באמצעות ויסות מסלולי אפופטוזה מיטוכונדריאליים, הפחתת פעילות הקספסה, ומודולציה של יחס Bax/Bcl-2³⁹. בנוסף, IL10 נקשר להפחתת התדרדרות מטריצית חוץ-תאית ולביטוי מופחת של גורמים הקשורים לפירוק מטריצות, כולל MMP3, MMP13, ADAMTS4 וסינתאז תחמוצת חנקן מושרה, במודלים של סחוס מפרקי דחוס⁴⁰. ניתוח העשרת מסלולי KEGG במחקר הנוכחי הציע כי מסלולי האיתות של IL-17, TNF וגורם היפוקסיבי-1 (HIF-1) עשויים להיות קשורים להשפעות הטיפוליות החזויות של TBF נגד OA, אם כי תחזיות חישוביות אלו דורשות אישור ניסיוני. מחקרים קודמים הראו כי IL-17 תורם להתקדמות דלקת מיונית (OA) באמצעות ויסות תגובות דלקתיות ופעילות תאי סינוביאלית^41,42. הביטוי המוגבר של IL-17 נמצא גם הוא בקורלציה חיובית עם חומרת המחלה ב-OA⁴³ בברך. TNF-α הוא מתווך דלקתי מרכזי נוסף הקשור לדלקת, כאב וניוון סחוס הקשורים ל-OA, ועיכוב איתות TNF-α עשוי להקל^על התקדמות המחלה. בנוסף, HIF-1α ממלא תפקיד חשוב במטבוליזם היפוקסי של כונדרוציטים, ויסות מטריצת חוץ-תאית, דלקת סינוביאלית ועיצוב מחדש של עצם תת-כונדרלית ב-OA⁴⁵. מחקרים קודמים הציעו גם כי עיכוב איתות הקשור ל-HIF-1α עשוי להגן על תפקוד כונדרוציטים ולהפחית את התנוונות הסחובית⁴⁶. ממצאים אלה תואמים את מסלולי האיתות שזוהו בניתוח ההעשרה החישובית הנוכחי.

מחקר זה בסיליקו כולל מספר מגבלות חשובות. ראשית, הניתוח התבסס על מאגרי מידע זמינים לציבור, שעשויים להכיל מידע חלקי או מוטה בנוגע לתרכובות צמחיות והערות מטרות. בנוסף, שיטות חיזוי מטרות חישובית כוללות אי-ודאות מובנית, והאינטראקציות החזויות שזוהו במחקר זה דורשות אימות ניסוי. ניתוח עגינה מולקולרית משקף פוטנציאל קישור תיאורטי ולא פעילות פיזיולוגית או פרמקולוגית ישירה. יתרה מזאת, לא נערכו ניסויי in vitro או in vivo לאימות התחזיות החישוביות. גורמים כמו מינון הצמחים, הפרמקוקינטיקה והזמינות הביולוגית הכוללת של הנוסחה המשולבת גם הם לא הוערכו. לכן, כל המסקנות הנגזרות מהמחקר הנוכחי צריכות להיחשב כחזויות ודורשות אישור ניסויי נוסף.

המחקר הנוכחי, המבוסס על פרמקולוגיה רשתית וניתוחי עגינה מולקולרית, מספק מסגרת חיזוי לחקירת המנגנונים הפוטנציאליים של TBF נגד OA. התוצאות הציעו כי TBF עשוי לווסת מספר מטרות הקשורות ל-OA באמצעות אינטראקציות בין תרכובות פעילות שמקורן בשמונת הצמחים המרכיבים אותו. היעדים שזוהו הועשרו בתהליכים ביולוגיים ובמסלולי איתות הקשורים לוויסות דלקתי, מטבוליזם של שומנים ואיתות הקשור להיפוקסיה, כולל מסלולי IL-17, TNF ו-HIF-1. ניתוח עגינה מולקולרית הראה עוד זיקות קשירה חיוביות צפויות בין קוורצטין למטרות הליבה JUN, RELA, IL6, MAPK1 ו-IL10. ביחד, ממצאים אלו מצביעים על כך ש-TBF עשוי להפעיל השפעות רגולטוריות רב-רכיביות ורב-מטריות נגד OA. מחקר זה מספק גם אסטרטגיה תיאורטית ומסגרת מתודולוגית למחקרים מכניים עתידיים ולאימות ניסויי של נוסחאות TCM במחקר OA.

גילויים

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

הצהרת אינטרסים מתחרים:

המחברים מצהירים שאין להם אינטרסים פיננסיים או אישיים מתחרים. כל המחברים בדקו ואישרו הצהרה זו.

תודות

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

לא התקבלו מימון, תמיכה מוסדית או סיוע טכני למחקר זה.

חומרים

```html

רשימת החומרים שנעשה בהם שימוש במאמר זה
שם	חברה	מספר קטלוג	הערות
AutoDockTools	תוכנה	גרסה 1.5.7; מכון המחקר סקריפס	https://autodock.scripps.edu/
AutoDock Vina	תוכנה	גרסה 1.5.7; מכון המחקר סקריפס	https://autodock.scripps.edu/
פונקציית barplot	פונקציית הדמיה R	חבילת clusterProfiler	https://bioconductor.org/packages/clusterProfiler/
clusterProfiler	חבילת R	חבילת Bioconductor לניתוח העשרה	https://bioconductor.org/packages/clusterProfiler/
CytoHubba	תוסף	תואם ל- Cytoscape 3.10.2	https://apps.cytoscape.org/apps/cytohubba
Cytoscape	תוכנה	גרסה 3.10.2; Cytoscape Consortium	https://cytoscape.org/
DAVID	מאגר מידע	מאגר מידע להעשרה, הדמיה וגילוי משולב	https://david.ncifcrf.gov/
פונקציית dotplot	פונקציית הדמיה R	חבילת clusterProfiler	https://bioconductor.org/packages/clusterProfiler/
DrugBank	מאגר מידע	אוניברסיטת אלברטה	https://go.drugbank.com/
GeneCards	מאגר מידע	סוויטת GeneCards	https://www.genecards.org/
MicrobiomeAnalyst / MicrobiomeNet	פלטפורמה מקוונת	פלטפורמת הדמיה מקוונת להעשרה	https://microbiomenet.com/
OMIM	מאגר מידע	תורשה מנדלית מקוונת בבני אדם	https://www.omim.org/
PDB	מאגר מידע	מאגר הנתונים של RCSB Protein	https://www.rcsb.org/
PubChem	מאגר מידע	המרכז הלאומי למידע ביוטכנולוגיה	https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
PyMOL	תוכנה	גרסה 2.5.4	https://pymol.org/
R	תוכנה	גרסה 4.3.1; R Foundation for Statistical Computing	https://www.r-project.org/
STRING	מאגר מידע	כלי חיפוש להחזרת גנים/חלבונים באינטראקציה	https://cn.string-db.org/
TCMSP	מאגר מידע	מאגר מידע לפרמקולוגיה של מערכות רפואה סינית מסורתית ופלטפורמת ניתוח	http://tcmspw.com/tcmsp.php
TTD	מאגר מידע	מאגר מטרות טיפוליות	https://db.idrblab.net/ttd/
UniProt	מאגר מידע	משאב חלבון אוניברסלי	https://www.uniprot.org/
Venny	תוכנה	גרסה 2.1.0	https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html

```

הדפסות חוזרות והרשאות

בקש הרשאה לשימוש חוזר בטקסט או באיורים של מאמר JoVE זה

בקש הרשאה

תגיות

233 233 TongBi TBF OA

מחקר פרמקולוגיה רשת ועגינה מולקולרית של נוסחת TongBi לאוסטיאוארתריטיס

במאמר זה

סיכום

תקציר

מבוא

פרוטוקול

תוצאות

דיון

גילויים

תודות

חומרים

הדפסות חוזרות והרשאות

תגיות

מאמרים קשורים