מאמר מחקר
* These authors contributed equally
מחקר זה גוזר מערך גנים PANoptosis הקשור ל-COPD מנתוני טרנסקריפטומיה ציבוריים ומיישם אותו על קבוצות קרצינומה של תאי קשקש ריאות כדי לפתח חתימה פרוגנוסטית שנבדקה בדיעבד. החתימה הייתה קשורה לחדירה חיסונית ולרגישות חישובית לחיזוי תרופות, וסיפקה ביוסמנים מועמדים ליצירת השערות למחקרי סיכון עתידיים.
מחלת ריאות חסימתית כרונית (COPD) היא מחלה דלקתית מתקדמת שמגבירה את הסיכון לקרצינומה של תאי קשקש ריאה (LUSC). PANoptosis משלבת פירופטוזיס, אפופטוזיס ונקרופטוזיס, אך הקשר בין גני PANoptosis הקשורים ל-COPD לבין פרוגנוזה של LUSC נותר לא ברור. במחקר זה, תחילה גזרנו גנים מבוטאים באופן שונה הקשורים ל-COPD מ-GSE57148 על ידי השוואת רקמות ריאה של COPD עם רקמות ריאה תקינות וחצבנו גנים אלה עם רשימת גנים קשורה ל-PANoptosis. קבוצת הגנים שהתקבלה יושמה לאחר מכן על TCGA-LUSC, GSE30219 ו-GSE37745, שנותחו כקבוצות LUSC ללא תיעוד מאומת על תחלואה נלווית ברמת המטופל. הערכנו דפוסי ביטוי גנים של PANoptosis, ביצענו אשכולות ללא פיקוח, אפיינו הבדלים בחדירת מערכת החיסון בין אשכולות, ובנינו חתימה פרוגנוסטית עם אימות חיצוני. זיהינו 38 גני PANoptosis הקשורים ל-COPD עם ביטוי שונה בין סוגי רקמות. שני תתי-סוגים מולקולריים הציגו נופים חיסוניים מובחנים, ביטוי נקודות ביקורת חיסוני והישרדות כללית. מודל סיכון בן 12 גנים שנבחר על ידי רגרסיית Cox ו-LASSO Cox חד-משתנית, חילק את המטופלים לקבוצות סיכון גבוה ונמוך והראה ביצועים חיזויים מתונים עד בינוניים בקבוצות TCGA-LUSC, GSE30219 ו-GSE37745. מטופלים בסיכון גבוה גם הראו ערכי IC50 חישובית גבוהים יותר עבור מספר סוכנים, מה שמרמז על רגישות תרופתית נמוכה יותר מאשר עמידות לכימותרפיה שאושרה בניסוייה. ממצאים אלו מצביעים על כך שגנים של PANoptosis הקשורים ל-COPD קשורים לתחזית, לשינוי מיקרו-סביבה חיסונית ולרגישות תרופתית חזויה ב-LUSC, ועשויים לספק סמנים ביולוגיים שמייצרים השערות לאימות עתידי.
קרצינומה של תאי קשקש ריאה (LUSC), תת-סוג של סרטן ריאות לא קטן (NSCLC), מאופיין בהתרבות לא תקינה של תאי קשקש בתוך הריאה. למרות התקדמות בניתוחים, כימותרפיה מבוססת פלטינה, אימונותרפיה, רדיותרפיה, ואסטרטגיות מולקולרית נבחרות, שיעור הריפוי הכולל של LUSC נותר נמוך, במיוחד בקרב מטופלים עם מחלה מתקדמת 1,2. אופטימיזציה של יעילות הטיפול נותרת אתגר בשל הטרוגניות ניכרת בגידול ומנגנוני עמידות מרובים 3,4.
מוות תאי מתוכנת (PCD) הוא חיוני לשמירה על הומאוסטזיס רקמתי ובריאות כללית. PANoptosis היא תוכנית ספציפית מתואמת למוות תאי דלקתי, המשלבת תכונות של פירופטוזיס, אפופטוזיס ונקרופטוזיס 5,6,7. קומפלקס הפאנופטוזום מורכב ממולקולות חישה ואיתות מעלה כגון נעדרות במלנומה 2 (AIM2), חלבון קושר Z-DNA 1 (ZBP1), וקינאז סרין/תראונין-חלבון 1 (RIPK1) האינטראקטיבי עם קולטנים, שיכולים לחוש גירויים ספציפיים, להפעיל הרכבת PANoptoזום ולהפעיל מסלולי PCD מרובים8.
שינוי באיתות אונקוגני, כולל פעילות מסלול MAPK (קינאז חלבון מופעל על ידי מיטוגן), תורם להטרוגניות LUSC ולעמידות לטיפול9. עם זאת, אפשרויות הטיפול הממוקדות ב-LUSC נשארות מוגבלות יותר מאלו של אדנוקרצינומה ריאות, ורבים מהמטופלים עדיין מקבלים כימותרפיה, אימונותרפיה, רדיותרפיה אומשטרים משולבים. מכיוון שהתחמקות ממוות תאים מבוקרת היא מנגנון אחד של עמידות טיפולית, ניתוח מתואם של מסלולים הקשורים ל-PANoptosis עשוי לסייע ביצירת השערות לגבי פגיעות הטיפול ב-LUSC11.
עמידות נרכשת היא סיבה מרכזית לכישלון טיפול ב-LUSC. עמידות זו יכולה להיות קשורה למוטציות גנטיות, סטיות במסלולים, שינוי באיתות מוות תאים, ושינויים במיקרו-סביבת הגידול12. מחקרים הראו שאפופטוזיס תורם ליעילות של תרופות אנטי-סרטניות רבות13. גנים המעורבים באפופטוזיס, פירופטוזיס ונקרופטוזיס עשויים לכן לסמן מצבי רגולציה של מוות תאים הקשורים לתגובה לטיפול. עם זאת, המחקר הנוכחי הוא חישובי ואינו בודק ישירות האם גנים אלו גורמים לעמידות ל-PANoptosis 14,15,16.
במחקר הנוכחי, אנו משתמשים במונח התפעולי גנים הקשורים ל-PANoptosis כדי לתאר גנים שנבחרו מתוך ספרות אפופטוזית-, פירופטוזיס-, נקרופטוזיס-, ו-PANoptosis 17,18,19,20,21. מונח זה מצביע על אסוציאציה של מסלולים ולא תפקוד עמידות מוכח ניסיוני ב-LUSC הקשור ל-COPD. על ידי שילוב שינויים טרנסקריפטומיים הקשורים ל-COPD עם מערך הגנים PANoptosis הזה, שאפנו לזהות גנים מועמדים ודפוסי ביטוי הקשורים לפוגנוזה, תכונות חיסוניות ורגישות תרופתית צפויה בקרב קבוצות LUSC ציבוריות.
מחלת ריאות חסימתית כרונית (COPD) היא מחלת ריאות כרונית המתאפיינת בחסימת דרכי הנשימה וירידה בתפקוד הריאות, והיא מהווה גורם סיכון משמעותי ל-LUSC22. הסביבה הדלקתית הכרונית בריאות של חולי COPD עשויה לספק תנאים נוחים להתפתחות סרטן23,24. COPD עשוי גם להשפיע על בחירת הטיפול וסבילותה, משום שפגיעה בתפקוד הנשימה עלולה להגביל את האפשרויות הטיפוליותב-25–27. בנוסף, דלקת הקשורה ל-COPD עשויה לשנות את המיקרו-סביבה החיסונית של הגידול ולהשפיע על התגובה לאימונותרפיה28–30. המחקר הנוכחי לא ניתח ישירות מקרים נלווים ל-COPD עם LUSC מאומתים קלינית; במקום זאת, הוא נגזר חתימת גן הקשורה ל-COPD מרקמת ריאה לא ממאירית של COPD והעריך את הקשרים הפרוגנוסטיים והחיסוניים שלו בקבוצות LUSC ציבוריות.
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
מחקר זה השתמש רק במאגרי נתונים זמינים לציבור ולא כללו ניסויים ישירים בבני אדם או בעלי חיים; לכן, לא נדרשו אישור נוסף של ועדת אתיקה והסכמה מדעת.
הורדה ועיבוד נתונים
נתוני ריצוף RNA ומידע קליני מקביל לקרצינומה של תאי קשקשי ריאה (LUSC) התקבלו ממאגר אטלס הגנום של הסרטן (TCGA) דרך פורטל הנתונים Genomic Data Commons במסגרת פרויקט TCGA-LUSC. מטריצת הביטוי TCGA-LUSC ששימשה במחקר זה התבססה על ערכי FPKM. ערכי ביטוי הגנים שונו ונרמלו לפני ניתוחים בהמשך. המשתנים הקליניים כללו גיל, מין, שלב הגידול, שלב פתולוגי של TNM, דרגה, זמן הישרדות ומצב הישרדות כאשר זמין. בסך הכול נאספו תחילה 489 מקרים של TCGA-LUSC, ו-381 מטופלים עם פרופילי ביטוי מלאים ומידע הישרדות כולל נכללו בבניית מודל פרוגנוסטי והערכה פנימית.
מערכי נתונים לאימות עצמאיים הורדו ממסד הנתונים Gene Expression Omnibus (GEO) ב-3 בינואר 2026. GSE30219 התבסס על פלטפורמת GPL570 וכלל 307 מטופלי LUSC עם ביטוי זמין ומידע הישרדות כללי. GSE37745 התבססה גם על פלטפורמת GPL570 וכללה 196 חולי LUSC עם מידע ביטוי והישרדות כולל זמין. GSE57148 התבסס על פלטפורמת GPL11154 וכלל 91 רקמות ריאה תקינות ו-98 רקמות ריאה מחולים עם מחלת ריאות חסימתית כרונית (COPD), בסך הכל 189 דגימות. GSE57148 שימש לזיהוי גנים המובעים באופן שונה הקשורים ל-COPD, בעוד GSE30219 ו-GSE37745 שימשו כקבוצות אימות חיצוניות עצמאיות.
עבור מערכי נתונים GEO, בוצעה אנווטציה של פרוב באמצעות חבילת R המתאימה וקבצי סימון פלטפורמה. מזהי הגשוש הוסבו לסמלים גנים רשמיים. כאשר מספר גשושים מופו לאותו גן, הגלאי עם ערך הביטוי הממוצע הגבוה ביותר נשמר כדי לייצג את הגן. לא זוהו גנים חסרים של מודל במאגרי הנתונים של האימות לאחר התאמת גנים-סמלים. TCGA-LUSC, GSE30219 ו-GSE37745 נותחו כקבוצות LUSC כלליות משום שמצב תחלואה נלווית ברמת המטופל לא אושר בהערות ששימשו לניתוח זה.
מכיוון שמאגרי TCGA ו-GEO נוצרו באמצעות פלטפורמות ביטוי שונות, נירמול חוצה פלטפורמות ותיקון אפקט אצווה בוצעו באמצעות שיטות קדם-עיבוד סטנדרטיות מבוססות R לפני יישום המודל. מודל הסיכון אומן במחזור TCGA-LUSC ולאחר מכן הוערך באופן עצמאי בכל קבוצה חיצונית של GEO במקום על ידי מיזוג ישיר של כל הקוהורטים. ניתוח ביטוי דיפרנציאלי בוצע באמצעות חבילת לימה R. גנים שביטאו באופן שונה הקשורים ל-COPD ב-GSE57148 נבדקו באמצעות |log2FC| > 0.263 ו-P < 0.05. סף log2FC זה תואם לשינוי של כ-1.2 פעמים ושימש כקריטריון סקר חקרני לשימור גנים הקשורים ל-PANoptosis פוטנציאליים רלוונטיים. בסך הכול נאספו 277 גנים הקשורים ל-PANoptosis מתוך מחקרים שפורסמו בעבר בנושא אפופטוזיס, פירופטוזיס, נקרופטוזיס ו-PANoptosis, ומופיעים בטבלה משלימה 1.
ניתוח העשרה פונקציונלית של גנים
כדי להבהיר את ההשלכות הפונקציונליות של גני PANoptosis הקשורים ל-COPD שנבחרו ל-COPD, בוצעו ניתוחי העשרה של Gene Ontology (GO) ו-Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) באמצעות חבילת clusterProfiler R והארגון. Hs.eg.db חבילת הערות. הוערכו קטגוריות תהליכים ביולוגיים, רכיב תאי ותפקוד מולקולרי. בוצע ניתוח העשרת מסלולי KEGG לזיהוי מסלולי איתות הקשורים לגנים הנבחרים. ערכי P הותאמו לבדיקות מרובות באמצעות שיטת שיעור גילוי השגוי Benjamini-Hochberg כאשר הדבר רלוונטי. מונחי העשרה עם P < 0.05 נחשבו מובהקים סטטיסטית בניתוח חקרני זה. גרפים של העשרה נוצרו באמצעות ggplot2.
ניתוח אשכולות לא מפוקח של דפוסי ביטוי גנים הקשורים ל-PANoptosis
כדי לחקור הטרוגניות מולקולרית הקשורה לביטוי גנים הקשור ל-PANoptosis ב-LUSC, בוצעה קיבוץ קונצנזוס באמצעות חבילת ConsensusClusterPlus R. דגימות LUSC אוחסנו לפי פרופילי הביטוי של גני PANoptosis הקשורים להישרדות. האשכולות היררכיים יושמו עם מרחק קורלציה של פירסון. מספר האשכולות המקסימלי נקבע לשישה, ובוצעו 1,000 איטרציות דגימה מחדש להערכת עמידות האשכולות. מספר האשכול האופטימלי נקבע על ידי הערכת מטריצת הקונצנזוס, עקומת פונקציית ההתפלגות המצטברת, גרף שטח הדלתא, ויכולת הפרשנות הביולוגית של הקבוצות המתקבלות. בהתבסס על קריטריונים אלו, נבחר k = 2 לניתוח במורד הזרם. הבדלי ההישרדות בין שתי הקבוצות המולקולריות הוערכו באמצעות ניתוח קפלן-מאייר ומבחן הלוגריתם-ראנק.
ניתוח הבדלים בין מיקרו-סביבה חיסונית בין תת-סוגים
כדי להשוות תכונות מיקרו-סביבה חיסונית בין תת-סוגים מולקולריים, הוערך חדירת תאי החיסון באמצעות אלגוריתם הדקונבולוציה CIBERSORT עם מטריצת חתימת לויקוציטים LM22. הניתוח בוצע ב-R באמצעות חבילות e1071 ו-preprocessCore. ערכי פרמוטציה של CIBERSORT P נרשמו להערכת אמינות הערכות הדקונבולוציה. מכיוון שמחקר זה היה חקרני ומבוסס על נתונים טרנסקריפטומיים רטרוספקטיביים, ההבדלים בין תאי החיסון פורשו כדפוסי חדירה חישובית ולא כמדידות תאיות ישירות.
אלגוריתם ESTIMATE שימש לחישוב ציון סטרומל, ציון חיסון, ציון ESTIMATE וטוהר הגידול עבור כל דגימת גידול. GSVA יושם להערכת ציוני העשרה ברמת המסלול בהתבסס על מערכי גנים נבחרים. הבדלים קבוצתיים בחלקי תאי חיסון, גני נקודות ביקורת חיסוניות, גנים ממשפחת HLA וציוני ESTIMATE הוערכו באמצעות מבחנים לא פרמטריים. בהשוואות מרובות הקשורות למערכת החיסון, תיקון בנג'מיני-הוכברג יושם במידת הצורך; ניתוחים שדווחו באמצעות ערכי P נומינליים פורשו כחוקרים. ניתוח מתאם דירוג ספירמן שימש להערכת קשרים בין ביטוי גנים לסמנים הקשורים לחיסון, כאשר דווחו גם מקדמי קורלציה וגם ערכי P כאשר הדבר רלוונטי. הבדלים בתמלול HLA פורשו כשינויים בתמלול הקשורים להצגת אנטיגן ולא כראיות פונקציונליות ישירות לשיפור ביכולת הצגת האנטיגן.
קביעת חתימה פרוגונוסטית הקשורה לגנים הקשורים ל-PANoptosis
קבוצת TCGA-LUSC עם פרופילי ביטוי מלאים ומידע הישרדות כולל שימשה לבניית מודל פרוגנוסטי. מתוך 489 מקרים של TCGA-LUSC שנאספו בתחילה, נכללו בניתוח הפרוגנוסטי 381 מטופלים עם נתוני הישרדות מלאים. מטופלים אלו חולקו באקראי לקוהורט אימון וקוהורט בדיקות פנימי ביחס של 7:3. אקראיות שכבתית בוצעה בהתאם למצב ההישרדות כדי לשמור על התפלגות דומה של אירועי הישרדות בין קבוצות האימון והבדיקה.
בקבוצת ההכשרה, השתמשו לראשונה ברגרסיית הסיכונים הפרופורציונלית של Cox חד-משתנית להערכת הקשר בין כל גן מועמד הקשור ל-PANoptosis לבין ההישרדות הכוללת. גנים עם P < 0.05 נחשבו לגנים פרוגנוסטיים מועמדים ולאחר מכן הוכנסו לרגרסיית LASSO Cox באמצעות חבילת glmnet R. אימות צולב פי עשרה נעשה כדי לבחור את פרמטר העונש האופטימלי ולהפחתת התאמת יתר. בהתבסס על מקדמי רגרסיית LASSO Cox וערכי ביטוי גנים מנורמלים מתאימים, חושב ציון סיכון מותאם אישית לכל מטופל באמצעות הנוסחה:
ציון סיכון = Σ(coefi × Xi)
כאשר coefi מייצג את מקדם הרגרסיה של כל גן שנבחר ו-Xi מייצג את ערך הביטוי המנורמל של הגן המתאים. המודל הפרוגנוסטי הסופי כלל 12 גנים: GSDMD, IL18, NFKBIA, PIK3CA, IL1B, BIRC3, MCL1, PSMB10, LMNA, CFLAR, IL1R1 ו-AKT3. משוואת ציון הסיכון המלאה המבוססת על מקדם מוצגת בטבלה משלימה 2.
ציון הסיכון החציוני בקבוצת ההכשרה שימש כנקודת חיתוך לסיווג מטופלים לקבוצות סיכון גבוה ונמוך בסיכון. אותה נוסחת ציון סיכון יושמה על קבוצת הבדיקות הפנימית ועל קבוצות האימות החיצוניות GSE30219 ו-GSE37745. ניתוח הישרדות קפלן-מאייר, בדיקות דירוג לוגריתם, וניתוח עקומת תכונות תפעול תלויה זמן של מקלט שימשו להערכת ביצועי המודל. מכיוון שמאגרי האימות נוצרו באמצעות פלטפורמות מיקרו-אריי ולא כללו תופעות נלוות מאומתות של COPD, אימות חיצוני פורש כהערכה רטרוספקטיבית בקבוצות LUSC עצמאיות ולא כאימות אצל מטופלי COPD LUSC מאומתים קלינית.
ניתוח חיזוי רגישות לתרופות
הרגישות לתרופות הוערכה באמצעות חבילת pRRophetic R, המנבאת תגובת תרופה מפרופילי ביטוי גנים של גידול בהתבסס על נתוני ייחוס פרמקוגנומיים ממאגר Genomics of Drug Sensitivity in Cancer. ערכי ריכוז מעכבים חצי-מקסימלי (IC50) חזויים עבור כל דגימה של מטופל. מטריצות הביטוי עובדו בהתאם לדרישות הקלט pRRophetic, ותיקון אפקט אצווה בוצע באמצעות זרימת העבודה הסטנדרטית התואמת pRRophetic. ערכי IC50 החזויים דווחו בסולם הפלט pRRophetic.
שמונה תרופות מועמדים, כולל סורפניב, גפיטיניב, בלומיצין, בוסוטיניב, אטופוזיד, לנלידומיד, קמפטוטצין ומתוטרקסט, הוערכו כפאנל חקר לרגישות לתרופות. הבדלים בערכי IC50 החזויים בין קבוצות סיכון גבוה ונמוך הושוו באמצעות מבחן סכום דירוג וילקוקסון. תוצאות אלו פורשו כהערכות חישוביות לרגישות תרופות ולא כתגובה קלינית לכימותרפיה או עמידות מאושרת ניסיונית.
ניתוח סטטיסטי
כל הניתוחים הסטטיסטיים בוצעו באמצעות תוכנת R. משתנים רציפים בין שתי קבוצות הושוו באמצעות מבחן סכום הדירוג של וילקוקסון, בעוד שהשוואות בין יותר משתי קבוצות בוצעו באמצעות מבחן קרוסקל-ווליס כאשר היה מתאים. הישרדות כוללת הוגדרה כנקודת הסיום העיקרית להישרדות. נוצרו עקומות הישרדות של קפלן-מאייר להשוואת הבדלים בהישרדות בין קבוצות, והמובהקות הסטטיסטית הוערכה באמצעות מבחן ה-log-rank. חד-משתני ורב-משתני
ניתוחי רגרסיה סיכונים פרופורציונליים של Cox שימשו להערכת קשרים פרוגנוסטיים בין משתנים קליניים, קבוצת סיכון והישרדות כללית. משתנים בעלי רלוונטיות קלינית או מובהקות סטטיסטית בניתוח קוקס חד-משתני נלקחו בחשבון עבור רגרסיה רב-משתנית של קוקס. הנחת הסיכונים הפרופורציונליים הוערכה באמצעות שאריות שונפלד. משתנים קליניים חסרים טופלו באמצעות ניתוח מקרה מלא לרגרסיית Cox ובניית נומוגרמה. הוערכה הקולינאריות בין משתנים קליניים לפני המידול הרב-משתני.
עקומות ROC התלויות זמן שימשו להערכת הביצועים החיזויים של מודל הסיכון להישרדות כוללת של 1, 3 ו-5 שנים. נומוגרמה נבנתה באמצעות משתנים שנשמרו במודל הרב-משתני או משתנים עם זמינות קלינית מספקת. גרפים של כיול שימשו להשוואת הסתברויות הישרדות חזויות ונצפויות. ניתוח עקומת ההחלטה בוצע כהערכה חקרנית של תועלת נטו פוטנציאלית על פני הסתברויות סף נבחרות.
ניתוח קורלציה בדירוג ספירמן שימש להערכת קשרים בין ביטוי גנים לתכונות הקשורות לחיסון. דווחו מקדמי קורלציה וערכי P כאשר היה רלוונטי. בהשוואות מרובות, יושם תיקון שיעור גילוי שגוי של בנג'מיני-הוכברג במידת הצורך. ניתוחים שדווחו באמצעות ערכי P נומינליים נחשבו לחוקרים. ערך P דו-צדדי < 0.05 נחשב מובהק סטטיסטית.
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
דפוסי ביטוי והערה פונקציונלית של גנים הקשורים ל-PANoptosis ב-LUSC
נתונים טרנסקריפטומיים מ-GSE57148, כולל 91 רקמות ריאה תקינות ו-98 רקמות ריאה של COPD, נותחו לזיהוי גנים המובעים באופן שונה הקשורים ל-COPD. זוהו בסך הכול 2,182 גנים הקשורים ל-COPD, ו-38 גנים חפפו עם מערך הגנים המקושר ל-PANoptosis (איור 1A ו-1B). התפלגות הכרומוזומלית של 38 הגנים הללו מוצגת באיור 1C. דפוסי הביטוי שלהם הוערכו לאחר מ...
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
COPD ו-LUSC מחוברים קלינית וביולוגית דרך תהליכים פתוגניים משותפים הקשורים לדלקת, הקשורים לעישון ופגיעת דרכי הנשימה. למרות שמעכבי נקודות ביקורת חיסונית וטיפולים מערכתיים אחרים שיפרו את אפשרויות הטיפול ב-LUSC, התועלת המתמשכת נותרה מוגבלת עבור מטופלים רבים בשל הטרוגניות גידולית, שכבות ביומרקרים לא שלמות ועמידות לטיפול 31,32,33.
PANoptosis מספקת מסגרת שימושית לפרשנות ויסו...
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
למחברים אין ניגודי עניינים להצהיר עליהם.
המחברים מודים לאטלס הגנום של הסרטן, לאומניבוס ביטוי גנים ולפרויקט Genomics of Drug Sensitivity in Cancer על מתן מערכי הנתונים בגישה פתוחה ששימשו במחקר זה. מחקר זה לא קיבל מימון חיצוני.
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
| שם | חברה | מספר קטלוג | הערות |
|---|---|---|---|
| AnnotationDbi R package | Bioconductor | N/A | משמש לביצוע אנוטציה של גנים והמרת מזהי גנים. מקור: https://bioconductor.org/packages/AnnotationDbi/ |
| caret R package | CRAN | N/A | משמש לביצוע פיצול אקראי סטרטיפיקטיבי שניתן לשחזור של קבוצת ה-TCGA-LUSC לתת-קבוצות אימונים ובדיקה. מקור: https://cran.r-project.org/package=caret |
| CIBERSORT algorithm | CIBERSORT resource | N/A | משמש לפענוח תאי חיסון עם מטריצת החתימה LM22. הגישה והרישיון כפופים לספק המשאבים המקורי. מקור: https://cibersortx.stanford.edu/ |
| clusterProfiler R package | Bioconductor | N/A | משמש לביצוע ניתוחי העשרה של GO ו-KEGG. מקור: https://bioconductor.org/packages/clusterProfiler/ |
| ConsensusClusterPlus R package | Bioconductor | N/A | משמש לביצוע קיבוץ קונצנזוס של דפוסי ביטוי גנים הקשורים ל-PANoptosis. מקור: https://bioconductor.org/packages/ConsensusClusterPlus/ |
| e1071 R package | CRAN | N/A | משמש כתלות עבור ניתוח פענוח מבוסס CIBERSORT. מקור: https://cran.r-project.org/package=e1071 |
| edgeR R package | Bioconductor | N/A | משמש לעיבוד ספירת RNA-seq כאשר נורמליזציה מבוססת ספירה נדרשה. מקור: https://bioconductor.org/packages/edgeR/ |
| ESTIMATE R package | MD Anderson Cancer Center / SourceForge | N/A | משמש לחישוב ציון סטרומה, ציון חיסוני, ציון ESTIMATE וטוהר הגידול. מקור: https://sourceforge.net/projects/estimateproject/ |
| Genomic Data Commons Data Portal | National Cancer Institute | TCGA-LUSC | מקור לנתוני רצף RNA של TCGA-LUSC וביאורים קליניים. מקור: https://portal.gdc.cancer.gov/ |
| Genomics of Drug Sensitivity in Cancer database | GDSC project | N/A | ערכת נתונים להתייחסות תגובה לתרופה המשמשת דרך הנתונים התואמים pRRophetic. מקור: https://www.cancerrxgene.org/ |
| GEOquery R package | Bioconductor | N/A | משמש להורדה וניתוח קובצי GEO Series Matrix. מקור: https://bioconductor.org/packages/GEOquery/ |
| ggplot2 R package | CRAN | N/A | משמש להמחשה ויצירת דמויות. מקור: https://cran.r-project.org/package=ggplot2 |
| ggpubr R package | CRAN | N/A | משמש להמחשה בסגנון פרסום והשוואת קבוצות. מקור: https://cran.r-project.org/package=ggpubr |
| glmnet R package | CRAN | N/A | משמש לרגרסיה LASSO Cox ובניית מודל פרוגנוסטי. מקור: https://cran.r-project.org/package=glmnet |
| GSE30219 dataset | NCBI Gene Expression Omnibus | GSE30219 | קבוצת אימות חיצונית של LUSC עם מידע על ביטוי והישרדות. מקור: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE30219 |
| GSE37745 dataset | NCBI Gene Expression Omnibus | GSE37745 | קבוצת אימות חיצונית של LUSC עם מידע על ביטוי והישרדות. מקור: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE37745 |
| GSE57148 dataset | NCBI Gene Expression Omnibus | GSE57148 | ערכת נתונים טרנסקריפטומים של COPD לעומת ריאות תקינות המשמשת לגזירת גנים מבוטאים שונה הקשורים ל-COPD. מקור: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE57148 |
| limma R package | Bioconductor | N/A | משמש לניתוח ביטוי דיפרנציאלי. מקור: https://bioconductor.org/packages/limma/ |
| org.Hs.eg.db annotation package | Bioconductor | N/A | משמש לאנוטציה של גנים אנושיים בניתוח העשרה. מקור: https://bioconductor.org/packages/org.Hs.eg.db/ |
| preprocessCore R package | Bioconductor | N/A | משמש לעיבוד מוקדם של ביטוי וזרימות עבודה תואמות CIBERSORT. מקור: https://bioconductor.org/packages/preprocessCore/ |
| pRRophetic R package | CRAN | N/A | משמש לחיזוי בחינתית של ערכי IC50 של תרופות מנתוני ביטוי גנים. מקור: https://cran.r-project.org/package=pRRophetic |
| R software | R Foundation for Statistical Computing | Version 4.1.0 | משמש לכל הניתוחים הסטטיסטיים ויצירת הדמויות. מקור: https://www.r-project.org/ |
| STRINGdb R package | Bioconductor | N/A | משמש לניתוח קשור לאינטראקציה בין חלבונים כאשר זה חל. מקור: https://bioconductor.org/packages/STRINGdb/ |
| SummarizedExperiment R package | Bioconductor | N/A | משמש לטיפול באובייקטי נתוני ביטוי TCGA שהורדו דרך TCGAbiolinks. מקור: https://bioconductor.org/packages/SummarizedExperiment/ |
| survival R package | CRAN | N/A | משמש לרגרסיה Cox וניתוח הישרדות Kaplan-Meier. מקור: https://cran.r-project.org/package=survival |
| survminer R package | CRAN | N/A | משמש להמחשה של עקומות הישרדות Kaplan-Meier וטבלאות סיכון. מקור: https://cran.r-project.org/package=survminer |
| TCGAbiolinks R package | Bioconductor | N/A | משמש להורדה ולהכנה של נתוני ביטוי וקליניים של TCGA-LUSC. מקור: https://bioconductor.org/packages/TCGAbiolinks/ |
| timeROC R package | CRAN | N/A |
בקש הרשאה לשימוש חוזר בטקסט או באיורים של מאמר JoVE זה
בקש הרשאה