פרוטוקול זה נועד לבחון את המנגנון שבו QUF3 משפר את הקליטה של רירית הרחם ב-PCOS באמצעות פרמקולוגיה רשתית, עגינה וסימולציית MD.
הרשמה ל-JoVE נדרשת לצפייה בתוכן זה. התחברו או התחילו בגרסת ניסיון בחינם.
מאמר מחקר
מנגנוני נוסחה 3 של Qu לשיפור קליטת רירית הרחם ב-PCOS: שילוב של פרמקולוגיה רשת וסימולציה של דינמיקה מולקולרית
* These authors contributed equally
במאמר זה
סיכום
תקציר
פגיעה בקליטה של רירית הרחם היא סיבה מרכזית לאי פוריות בתסמונת השחלות הפוליציסטיות (PCOS). נוסחת Qu's Formula 3 (QUF3) היא נוסחת צמחים סינית המשמשת קלינית לשיפור הרגישות לררית הרחם אצל חולים עם PCOS. מחקר זה השתמש בסימולציות של פרמקולוגיה רשתית, עגינה מולקולרית ודינמיקה מולקולרית (MD) כדי לחקור את המנגנונים הבסיסיים. מרכיבים פעילים של QUF3 זוהו באמצעות מאגר הנתונים של TCMSP, ומטרות פוטנציאליות הקשורות לקליטת רירית הרחם ו-PCOS נאספו מ-DrugBank וממקורות נוספים. רשת אינטראקציה בין תרכובות למטרה ורשת אינטראקציה בין חלבון לחלבון (PPI) נבנו באמצעות Cytoscape לזיהוי מטרות מרכזיות. היעדים המרכזיים עברו ניתוחי העשרה של GO ו-KEGG. עגינה מולקולרית, סימולציות MD, ניתוח רכיבים עיקריים (PCA), נוף אנרגיה חופשית (FEL) ומטריצת קורלציה צולבת דינמית (DCCM) שימשו להערכת אינטראקציות קישור. מתוך 91 מרכיבים פעילים ו-294 יעדים פוטנציאליים לתרופות, זוהו 60 יעדים הקשורים למחלות. לוטאולין וססאמין היו בין הרכיבים המרכזיים בפרמקודינמיקה. זוהו עשרה יעדים מרכזיים: AKT1, EGFR, TNF, TP53, IL6, BCL2, ESR1, IL1B, STAT3 ו-MMP9. העשרת KEGG חשפה 132 מסלולי איתות, וניתוח GO זיהה 678 כניסות. סימולציות MD הראו כי הקשר בין חמשת המרכיבים הפעילים המובילים לבין היעדים שלהם היה יציב. PCA, FEL ו-DCCM הראו גם יציבות תרמודינמית גבוהה וקשיחות מבנית של קומפלקסים אלו. לסיכום, QUF3 משפר את קליטת רירית הרחם ב-PCOS באמצעות אינטראקציות רב-רכיביות, רב-מטרות ורב-מסלולים. מחקר זה מספק בסיס תיאורטי, מנקודת מבט של סימולציה חישובית, לפיתוח טיפולים מרפאים סיניים ממוקדים לאי פוריות הקשורה ל-PCOS, וייתכן שיהיו לו השלכות חיוביות לשיפור תוצאות ההריון בנשים עם PCOS בעתיד.
מבוא
תסמונת שחלות פוליציסטיות (PCOS) היא אחת ההפרעות האנדוקריניות הנפוצות ביותר בנשים1. המאפיינים העיקריים שלו כוללים תפקוד ביוץ כרוני ומתמשך, היפראנדרוגנמיה קלינית או ביוכימית, ומורפולוגיה של שחלות פוליציסטיות, עם תופעות קליניות כגון אמנוריה, אי פוריות, הירסוטיזם, אקנה והשמנה. בשנים האחרונות, התקדמות בהשראת ביוץ וטכנולוגיית רבייה מסייעת (ART) שיפרה משמעותית את שיעורי ההריון בקרב חולות PCOS; עם זאת, תוצאות ההריון נשארות גרועות יותר מאלו של נשים בריאות 2,3. קליטת רירית הרחם היא גורם מרכזי המשפיע על תוצאות ART4. קליטה של רירית הרחם מתייחסת ליכולת של רירית הרחם לקבל עובר בשלב פיזיולוגי מסוים, אשר ממלאת תפקיד מכריע בהשתלת העוברובהתפתחותו בהמשך. מצבים פתולוגיים הנפוצים ב-PCOS, כגון השמנת יתר, עמידות לאינסולין ודלקת כרונית, עלולים לפגוע בקליטת רירית הרחם, לעכב השתלת ביציות מופריות והתפתחות עוברים, ולבסוף להוביל לאי פוריות והפלה 7,8. עם זאת, המנגנונים הרגולטוריים שמאחורי קליטת רירית הרחם ב-PCOS נותרו ברובם לא ברורים, ורשת האינטראקציה בין גורמים משפיעים שונים טרם הובהרה. נוסחת Qu Formula 3 (QUF3), נוסחת צמחים סינית המשמשת קלינית לשיפור קליטת רירית הרחם אצל מטופלים עם PCOS, נתמכת בתיאוריות קלאסיות מוצקות של הרפואה הסינית המסורתית (TCM) בגינקולוגיה. הנוסחה כוללת את Paeoniae Radix Alba (Baishao), Rehmanniae Radix Praeparata (Shudihuang), זרע Cuscutae (Tusizi), Fructus Ligustri Lucidi (Nvzhenzi), Herba Taxilli (Sangjisheng), Radix Salviae (Danshen), ו-Cornus officinalis Sieb. et Zucc. (שנז'ויו) ביחס של 2:4:3:4:3:2:2, הוכן באמצעות הפקת ריפלוקס אתנול. QUF3 מפעיל אפקטים סינרגטיים של מספר עשבי מרפא, מחזק את הכליה, מעשיר את המהות, מזין את הדם ומקדם את זרימת הדם9. היעילות הקלינית שלו בשיפור קליטת רירית הרחם אצל חולות PCOS אושרה היטב, אך המנגנונים הפרמקולוגיים המרכזיים שלו עדיין צריכים להיבחן לעומק.
פרמקולוגיה רשתית היא גישה אנליטית מבוססת ביולוגיה מערכתית, שבונה רשתות רב-רמות של "רכיב צמחים-מטרה-מחלה" כדי לחשוף, מנקודת מבט הוליסטית, את השפעות ההתערבות של תרופות על רשתות מחלה. בניגוד למודל המסורתי של "תרופה בודדת-מטרה אחת", פרמקולוגיית רשת יכולה ללכוד באופן מקיף את המאפיינים הסינרגטיים של פעולות "רב-רכיבים, רב-מטרות ורב-מסלולים" של נוסחאות הרפואה הסינית הסינית, מה שהופך אותה למתאימה במיוחד לחקירת המנגנונים המורכבים של רפואה מסורתית. לעומת זאת, סימולציית דינמיקה מולקולרית (MD) היא טכניקה חישובית המבוססת על מכניקה ניוטונית המדמות ברמה האטומית את השינויים הקונפורמציונליים וההתנהגות הדינמית של קומפלקסים חלבונים-ליגנדים לאורך זמן. בהשוואה לעגינה מולקולרית סטטית, סימולציית MD יכולה להעריך פרמטרים דינמיים, כגון יציבות קישור, נופים של אנרגיה חופשית וקשיחות מבנית, ובכך לספק הערכה ריאליסטית יותר של אינטראקציות בין מולקולות תרופות לחלבוני מטרה. פרמקולוגיית רשת מתאימה לסינון גלובלי של מטרות ומסלולים פוטנציאליים של נוסחאות ה-TCM, בעוד שסימולציית MD יכולה להעריך באופן דינמי את יציבות הקישור בין רכיבים מרכזיים לחלבוני המטרה. שילוב שתי הגישות הללו מאפשר ניתוח אמין יותר של המנגנונים הסינרגטיים הרב-רכיביים והרב-מטריים של נוסחאות הרפואה הסינית הסינית. בהתבסס על הנימוק הזה, המחקר השתמש בגישה משולבת של פרמקולוגיה רשת וסימולציה של MD כדי לחקור באופן שיטתי את המנגנונים הפרמקולוגיים הפוטנציאליים העומדים בבסיס שיפור קליטת רירית הרחם של QUF3 בקרב חולות PCOS.
תהליך חישובי משולב זה מתאים במיוחד לחקירה הראשונית של המנגנונים הרב-רכיביים והרב-מטריים של נוסחאות צמחיות סיניות או מוצרים טבעיים, במיוחד למערכות מורכבות שבהן המרכיבים הפעילים והיעדים אינם ידועים ברובם. המשתמשים צריכים להיות בעלי ידע בסיסי בביואינפורמטיקה, כולל חיפוש במסדי נתונים וניתוח רשתות, וכן יכולת לבצע ניתוחים בסיסיים בביולוגיה חישובית כגון עגינה מולקולרית וסימולציות דינמיקה מולקולרית באמצעות חבילות תוכנה נפוצות. מומלץ סביבת מחשוב מבוססת לינוקס עם לפחות 16GB זיכרון RAM, יחד עם גישה למאגרי מידע ציבוריים רלוונטיים כגון Conventional Chinese Chinese Systems Pharmacology Database and Analysis Platform (TCMSP), PubChem ו-UniProt. כל התוכנות המשמשות בזרימת עבודה זו (למשל, Cytoscape, AutoDockTools, GROMACS) הן קוד פתוח או חינמיות לשימוש אקדמי, והקוראים יכולים לקבל אותה מהמידע המסופק בטבלת החומרים.
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
פרוטוקול
סינון רכיבים פעילים ומטרות פוטנציאליות של QUF3
הרכיבים הכימיים הפעילים של ביישאו, שודיהואנג, טוזיזי, נווז'נזי, סנג'ישנג, דנשן ושנז'ויו בתרופות QUF3 זוהו באמצעות TCMSP ב-1 באפריל 2025. המרכיבים הפעילים נבדקו באופן ראשוני בהתבסס על תנאי זמינות ביולוגית דרך הפה (OB) ≥30% ודמיון תרופתי (DL) ≥ 0.1811. ספים אלו נבחרו כקריטריונים אמפיריים סטנדרטיים להבטחת ספיגה מספקת ותכונות דמויות תרופה. רצף SMILES הקנוני של כל תרכובת נבדק במאגר PubChem, והרצף שהתקבל שימש לחיזוי מטרות התרכובות במסד הנתונים המקוון של Swiss Target Prediction, ואחריו נאספו שמות גנים של חלבוני מטרה ומזהי UniProt ממסד הנתונים של UniProt 12,13,14. כנקודת ביקורת ביניים, נרשם מספר המטרות הייחודיות שהושגו לאחר הסרת כפילות.
זיהוי מטרות פעולה לקליטת רירית הרחם ב-PCOS
מילות המפתח "תסמונת השחלה הפוליציסטית" ו"קליטה של רירית הרחם" שימשו כמונחי חיפוש במאגרי מידע Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM), DrugBank, Therapeutic Target Database (TTD) ו-GeneCards לזיהוי מטרות פוטנציאליות 15,16,17,18. ב-GeneCards, רק מטרות עם ציון רלוונטיות >5 נשמרו; עבור מאגרי הנתונים האחרים, כל המטרות שנאספו נכללו. לאחר מיזוג והסרת רשומות כפולות, נרשם מספר היעדים הייחודיים הקשורים למחלה כפלט ביניים.
בניית הרשת של רכיבים ומטרות
מטרות החיתוך נוצרו על ידי הזנת היעדים האפשריים ל-QUF3, PCOS וקליטות רירית הרחם לכלי דיאגרמת ון מקוון. מטרות החיתוך הללו נחשבו ליעדים המרכזיים שבאמצעותם QUF3 מפעיל את יעילותו בשיפור קליטת רירית הרחם ב-PCOS. בהמשך, נוצרה רשת "יעד עשב-רכיב" (H-C-T) על ידי התאמת מטרות החיתוך הללו לנתוני המטרה הפעילים של QUF3 באמצעות Cytoscape19. הרשת הוצגה באמצעות כלי "Network Analyzer".
בניית רשת אינטראקציה בין חלבון לחלבון (PPI)
גנים פוטנציאליים למטרה של QUF3 לשיפור קליטת רירית הרחם ב-PCOS הוגשו כקלט לפלטפורמת הנתונים STRING20. המין הוגדר ל"הומו ספיינס", וסף האמון הוגדר ל"ביטחון בינוני (0.4)", מה שיצר קובץ TSV של נתוני אינטראקציה בין חלבון. קובץ זה יובא לאחר מכן לתוכנת ניתוח רשת כדי לבנות ולנתח את רשת PPI21. חשיבות הצומת ברשת מסומנת על ידי ערך "דרגה": ערך דרגה גבוה יותר מציין צומת משמעותי יותר. בהמשך, המרכיבים הפעילים העיקריים סווגו לפי דרגה, ועשרת היעדים המרכזיים המובילים נבחרו על פי דירוג הדרגה.
אונטולוגיית גנים (GO) ואנציקלופדיית קיוטו להעשרת מסלולי גנים וגנומים (KEGG)
ניתוחי העשרת מסלולי GO ו-KEGG נערכו באמצעות מאגר הנתונים של DAVID כדי לחקור את המסלולים והמנגנונים הביולוגיים שבאמצעותם QUF3 משפר את קליטת רירית הרחם ב-PCOS22. המין הוגדר ל"הומו ספיינס", וסף המובהקות נקבע על P < 0.05. ניתוח GO כלל תהליך ביולוגי (BP), רכיב תא (CC) ותפקוד מולקולרי (MF)23. התוצאות מוינו לפי מספר היעדים המועשרים. מסלולים הקשורים למטבוליזם ומחלות אנושיים הוצאו מהדרך, ו-20 מסלולי KEGG המובילים נבחרו להמחשה. רשת רב-ממדית "רכיב-מחלה-מסלול KEGG" נבנתה לאחר מכן באמצעות תוכנת ניתוח רשת.
ניתוח עגינה מולקולרית
עשרת המרכיבים הפעילים המרכזיים ועשרת היעדים המרכזיים נבחרו לניתוח עגינה מולקולרית באמצעות AutoDockTools ותוכנות PyMOL 24,25. קבצי PDB של היעדים המרכזיים הורדו ממסד נתונים של מבנה חלבונים26, וקבצי SDF של הרכיבים הפעילים העיקריים התקבלו ממסד נתונים כימי27. מולקולות החלבון עובדו לאחר מכן באמצעות תוכנת עגינה מולקולרית, שכללה הסרת מלח, הידרוגנציה וחישוב מטען. עגינה חצי-גמישה בוצעה באמצעות תיבת רשת שמכסה את כל אתר קישור החלבונים. תהליך העגינה נחשב מוצלח כאשר אנרגיית הקישור הייתה שלילית, וסטיית השורש-ממוצע-ריבוע (RMSD) של התנוחה העליונה הייתה ≤ 2.0 Å. לאחר העגינה, התוצאות של הרכיבים הפעילים העיקריים של QUF3 עם היעדים המרכזיים הוצגו באמצעות תוכנת ויזואליזציה מולקולרית.
סימולציות דינמיקה מולקולרית (MD)
סימולציות MD של קומפלקס החלבון-ליגנד בוצעו באמצעות תוכנת GROMACS כדי לחקור את האינטראקציה בין קולטנים לליגנדים28,29. שדה הכוח amber99sb-ildn ושדה הכוח הענבר הכללי (GAFF) שימשו ליצירת הפרמטרים והטופולוגיות של חלבונים וליגנדים, בהתאמה. גודל תיבת הסימולציה נקבע כך שהמרחק בין כל אטום חלבון לקצה הקופסה היה גדול מ-1.0 ננומטר. הקופסה מולאה בממס מפורש באמצעות מודל המטען הנקודתי הפשוט (מולקולות מים SPC216), ומולקולות המים הוחלפו בנגדי Na⁺ ו-Cl⁻ כדי להפוך את מערכת הסימולציה לנייטרלית חשמלית. כל המערכת עוצבה בשיטת הירידה התלולה ביותר כדי להפחית מגעים בלתי סבירים או חפיפות אטומים. הושגה איזון מוקדם מספק של מערכת הסימולציה על ידי ביצוע אנסמבלים של NVT ו-NPT ל-100 ps, כל אחד ב-300 K ו-1 בר, בהתאמה. בהמשך, בוצעה סימולציה של MD של 100 ננו-נשנציה בתנאי גבול מחזוריים, כאשר טמפרטורה (300 K) ולחץ (1 בר) נשלטו על ידי שיטות V-rescale ו-Parrinello-Rahman, בהתאמה30. משוואות התנועה הניוטוניות נפתרו באמצעות אינטגרטור הקפיצה עם צעד זמן של 2 fs. אינטראקציות אלקטרוסטטיות ארוכות טווח חושבו באמצעות שיטת Particle Mesh Ewald (PME) עם מרווח פורייה של 0.16 ננומטר, וכל אורכי הקשרים הוגבלו באמצעות שיטת LINCS. תוכנת ה-VMD שימשה להצגה, ניתוח והנפשה של מסלולים31. אנרגיית הקישור החופשית של כל תרכובת חושבה באמצעות סקריפט חישוב אנרגיה חופשית של קישור.
ניתוח רכיבים עיקריים (PCA), נוף אנרגיה חופשית (FEL) וניתוח מטריצת קורלציה צולבת דינמית (DCCM)
PCA בוצע באמצעות תוכנת סימולציה MD לניתוח התנועות הקונפורמציה הדומיננטית של קומפלקסים APO וקשורים לליגנד. נוצרו מטריצות קווריאנטיות של תנודות אטומיות Cα, מהן התקבלו32 וקטורים עצמיים (תנועות קולקטיביות) וערכים עצמיים (גודל תנועה). אזורים דינמיים מרכזיים וגמישות מבנית הקשורה לקשירת ליגנדים זוהו באמצעות ניתוח זה. מסלולים מולקולריים הוקרנו על שני הרכיבים העיקריים הראשונים (PC1 ו-PC2) באמצעות כלי gmx anaeig, ובכך לכידו תנועות חיוניות33. רק ה-100 שניות הסופיים המאוזנים (פאזה יציבה ב-RMSD) שימשו לחישובי PCA ו-FEL. FEL נגזר מנתוני PCA תוך שימוש ב-GMX sham לחישוב האנרגיה החופשיתGibbs 34, וחשף קונפורמציות יציבות ומינימום אנרגיה המשקפים גיוון קונפורמציונלי ומעברי מצבים. בוצע ניתוח מטריצת קורלציה צולבת דינמית (DCCM) של אטומי Cα להערכת דינמיקת מבנים וקישור תנועה בין שאריות35. ניתוח זה הבהיר את היציבות, האינטראקציות הבין-מולקולריות והתנועות הקולקטיביות של קומפלקסי חלבון-ליגנד. מקדם הקורלציה הצולבת Cij בין השיירים i ו-j חושב כך:
בנוסחה, האותיות i ו-j מייצגות את אטומי Cα של שני שאריות. כאשר ערך ה-Cij חיובי וגדול מאפס; שני האטומים הנעים באותו כיוון נחשבים לתנועה מתואמת. כאשר ערך ה-Cij הוא שלילי וקטן מאפס, שני האטומים הנעים בכיוונים מנוגדים נחשבים לתנועה אנטי-קורלטיבית. ערך Cij של אפס מציין שאין קשר בין תנועות שני האטומים. יתרה מזאת, ערכי Cij מעל 0.7 פורשו כתנועות מתואמת חזקה (חיובית) או אנטי-מתואמות חזקה (שליליות). לאימות ההתכנסות, נבדקו פרופילי RMSD ו-Rg. הפרופילים היציבים אישרו כי 100 ה-ns האחרונים הספיקו לניתוח DCCM. דפוסי התנועה הללו חשפו כיצד קשירת הליגנדים מווסת תקשורת תוך-מולקולרית וסידור מחדש של תחום. כדי להבטיח יציבות דינמית והתכנסות, נותחו רק 100 ננו-נו-שניות האחרונים של מסלולים מאוזנים, ומפות קורלציה הוצגו כדי להדגיש אזורים עם אינטראקציה דינמית משמעותית.
כדי להסביר טוב יותר את אנרגיית האינטראקציה בין חלבונים לליגנדים, נעשה שימוש בסקריפט חישוב אנרגיה חופשית של קישור לחישוב אנרגיית הקשר של כל קומפלקסי החלבון-ליגנד בשיווי משקל. ביישום שיטת חישוב האנרגיה החופשית36, אנרגיית הקישור הכוללת פורקה לארבעה חלקים עצמאיים: אינטראקציה אלקטרוסטטית, אינטראקציה של ואן דר ואלס, המסה פולרית ואינטראקציה לא פולרית. מונח הפתרון הלא-קוטבי נקרא בדרך כלל SASA.
סיכום נקודת הסיום הפרוצדורלית לבחירת יעד ומסלול
בסיום תהליך העבודה נבחרו יעדים ונתיבים מאומתים סופיים על בסיס הקריטריונים הבאים: מטרות ליבה עם עשרת ערכי הדרגה העליונים ברשת ה-PPI, ורכיבים פעילים מרכזיים עם עשרת ערכי הדרגה העליונים ברשת H-C-T. לגבי מסלולי KEGG, לאחר הוצאת מסלולים הקשורים למטבוליזם ומחלות אנושיות, 20 המסלולים המובילים דורגו ונבחרו על בסיס מספר היעדים המועשרים. תוצאות סימולציה של MD שימשו לאישור קישור יציב בין המרכיבים המובילים למטרות הליבה. שלבים אלו הגדירו יחד את התוצאה הסופית של הפרוטוקול.
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
תוצאות
סינון רכיבים פעילים ומטרות פוטנציאליות של QUF3
בהתבסס על בדיקות סינון ≥ 30% ו-DL ≥ 0.18, לאחר חיפוש במאגר הנתונים של TCMSP, זיהה QUF3 126 רכיבים כימיים. מתוכם, Paeoniae Radix Alba (Baishao) הכיל 13 רכיבים פעילים, Rehmanniae Radix Praeparata (Shudihuang) הכיל 2, זרע Cuscutae (Tusizi) מכיל 13, Fructus Ligustri Lucidi (Nvzhenzi) מכיל 13, Herba Taxilli (Sangjisheng) מכיל 2, Radix Salviae (Danshen) מכיל 65, Cornus Officinalis Sieb. וזוק. (שנז'ויו) כללה 20 (כפי שמוצג בטבלה משלימה 1). 126 הר...
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
דיון
ישנן עדויות הולכות וגדלות לכך שרירית הרחם של חולות עם PCOS מציגה פגיעה בתפקוד, מה שעשוי להיות קשור לשיעורי כישלון השתלה גבוהים יותר ותוצאות היריון שליליות40. הבדלים בררית הרחם אצל נשים עם PCOS מאופיינים בעיקר בירידה בביטוי של פינופודים, מערכות תעלות גרעין, קולטני אסטרוגן וקולטני פרוגסטרון במהלך חלון ההשתלה (WOI)41. יתרה מזאת, הביטויים של הומאובוקס A10 (HOXA-10), הומאובוקס A11 (HOXA-11), אינטגרין אלפא V בטא 3 (αvβ3) וגורם מעכב לוקמיה (LIF) ש...
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
גילויים
אין ניגוד עניינים בהגשת כתב היד, וכתב היד מאושר על ידי כל המחברים לפרסום.
תודות
המחברים מצהירים כי אין אישורים נוספים לדווח עבור מחקר זה.
מימון: קרן מדעי הטבע של מחוז ג'ג'יאנג בסין (מס' LZ26H270001 ל-F.Q.); הקרן הלאומית למדעי הטבע של סין (מס' 82575119 עד F.Q.); פרויקט הכשרת כישרונות ברמה גבוהה בתחום הבריאות, ועדת הבריאות של מחוז ג'ג'יאנג, סין (מענק מס' [2021] 40 עד F.Q.).
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
חומרים
| שם | חברה | מספר קטלוג | הערות |
|---|---|---|---|
| Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform (Version 2.3) | מעבדה של פרמקולוגיה של מערכות | https://www.tcmsp-e.com/load_intro.php?id=43 | מאגר נתונים לסינון של רכיבים פעילים |
| Swiss Target Prediction online database (גרסה 2019) | קבוצת דוגמנות מולקולרית, אוניברסיטת לוזאן & SIB המכון השוויצרי לביואינפורמטיקה | http://www.swisstargetprediction.ch/ | מאגר נתונים מקוון לחיזוי מטרות |
| מאגר PubChem | הספרייה הלאומית לרפואה, NIH | https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ | מאגר כימיקלים לאחזור SMILES/SDF של תרכובות |
| מאגר UniProt | NIH | https://www.uniprot.org/uniprotkb | מאגר חלבונים עבור זיהוי UniProt ושמות גנים |
| Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM) | אוניברסיטת ג'ונס הופקינס | https://www.omim.org/ | מאגר מטרות למחלות |
| DrugBank | אוניברסיטת אלברטה | https://www.drugbank.ca/ | מאגר מטרות למחלות |
| מאגר Therapeutic Target Database (TTD) | אוניברסיטת ג'ג'יאנג | https://ttd.idrblab.cn/ | מאגר מטרות למחלות |
| GeneCards (גרסה 5.26) | המכון למדע וויצמן, LifeMap Sciences | https://www.genecards.org/ | מאגר מטרות למחלות (ציון רלוונטיות >5) |
| פלטפורמת הדמיה Venny (גרסה 2.1.0) | Centro Nacional de Biotecnología (CNB-CSIC) | https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/ | כלי מקוון לדיאגרמת Venn להדמיית חיתוך מטרות |
| Cytoscape (גרסה 3.10.3) | המשאב הלאומי לביולוגיה של רשתות, NHGRI | https://cytoscape.org/ | תוכנת ניתוח והדמיה של רשתות עבור H-C-T, PPI ורשתות מסלול |
| מאגר STRING (גרסה 12.0) | קונסורציום STRING | https://string-db.org/ | מאגר אינטראקציות חלבון-חלבון עבור בניית רשתות PPI |
| מאגר DAVID (גרסה v2025-2) | מחלקת הבריאות והשירותים החברתיים של ארצות הברית, NIH | https://davidbioinformatics.nih.gov/ | מאגר ניתוח העשרה של גנים עבור GO ו-KEGG |
| AutoDockTools (גרסה 1.5.7) | המכון למחקר סקריפס | https://autodock.scripps.edu/ | תוכנת עגינה מולקולרית לעיבוד מוקדם וחישוב |
| תוכנת PyMOL (גרסה 3.0.3) | Schrödinger | https://pymol.org/ | תוכנת הדמיה מולקולרית להדמיית עגינה |
| Protein Data Bank (PDB) | RCSB | https://www.rcsb.org/ | מאגר מבני חלבונים להורדת קבצי PDB של המטרות |
| GROMACS (גרסה 2023.2) | צוות הפיתוח של GROMACS | https://www.gromacs.org/ | תוכנת סימולציה של דינמיקה מולקולרית |
| VMD (גרסה 1.9.3) | אוניברסיטת אילינוי | https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ | תוכנת הדמיה מולקולרית וניתוח מסלולי תנועה |
| gmx_MMPBSA | קוד פתוח (GitHub) | https://github.com/Valdes-Tresanco-MS/gmx_MMPBSA | כלי לחישוב אנרגיית קשירה חופשית מטרסיקציות MD |
| Science Data Bank | האקדמיה הסינית למדעים, מרכז המידע של רשת המחשבים | https://www.scidb.cn/ | מאגר נתונים מדעיים להנגשה והפקדת נתונים |