Name: ניתוח ביטוי גנים מקהילות מיקרוביאלית ימית באמצעות Transcriptomics הסביבה (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2009-02-18T00:00:00.000+00:00
Duration: 13 min 51 s
Description: למדו שיטה לניתוח ביטוי גנים בקהילות מיקרוביאליות ימיות באמצעות transcriptomics סביבתי. השיטה כוללת הסרת rRNA, הגברת mRNA וסינתזת cDNA לריצוף ואנוטציה ביואינפורמטית.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

המימון ניתן על ידי גורדון ובטי מור קרן מענקי הקרן הלאומית למדע מענק MCB-0702125.

<ol><li>Liang, P., Pardee, A. B. Science. 257 (5072), 967-967 (1992).</li>
<li>Belasco, J. G. Control of messenger RNA stability. Belasco, J. G., Brawerman, G. , Academic Press. San Diego. 3-11 (1993).</li>
<li>Poretsky, R. S., Bano, N., Buchan, A. 71 (7), 4121-4121 (2005).</li>
<li>Gelder, R. N. V., von Zastrow, M. E., Yool, A. Natl. Acad. Sci. USA. 87 (5), 1663-1663 (1990).</li>
<li>Margulies, M., Egholm, M., Altman, W. E. Nature. 437 (7057), 376-376 (2005).</li>
<li>Frias-Lopez, J., Shi, Y., Tyson, G. W. Natl. Acad. Sci. USA. 105 (10), 3805-3805 (2008).</li>
<li>Poretsky, R. S., Hewson, I., Sun, S., Allen, A. E., Zehr, J. P., Moran, M. A. Environ Microbiol. 11 (6), 1358-1375 (2009).</li>
</ol>

החקירה של ביטוי גנים על ידי קהילות מיקרוביאלי טבעי הפך נפוץ בשנים האחרונות כאמצעי לחקור את התפקידים האקולוגיים פונקציות של מיקרואורגניזמים. בשילוב עם זיהוי, כימות, ואפיון של מיקרואורגניזמים ימיים, ניתוח של ביטוי גנים ניתן להשתמש כדי לקשר תולדות הגזע לתפקד קהילות מיקרוביאלי טבעי. טכניקות רבות עבור מיקוד ביטוי גנים פונקציונליים להסתמך על בדיקות ספציפיות או קבוצות פריימר מיועד הגנים של רצף ידוע. לעומת זאת, transcriptomics סביבתיים יכולים לשמש לבדיקת ביטוי גנים ללא מגבלות שהוטלו על יד...

<table><tbody><tr><td>PowerSoil Bead Tubes</td><td>ערכה</td><td>MoBio</td><td>12866-25-PBT</td><td></td></tr><tr><td>RNeasy Mini Kit</td><td>ערכה</td><td>Qiagen</td><td>74104</td><td></td></tr><tr><td>TURBO DNA-&lt;em&gt;free&lt;/em&gt;</td><td>ערכה</td><td>Ambion</td><td>AM1907</td><td></td></tr><tr><td>ערכה לבידוד mRNA פרוקריוטי mRNA-ONLY</td><td>ערכה</td><td>Epicentre Biotechnologies</td><td>MOP51010/MOP51024</td><td></td></tr><tr><td>ערכה להעשרה של mRNA חיידקי MICROB&lt;em&gt;Express&lt;/em&gt;</td><td>ערכה</td><td>Ambion</td><td>AM1905</td><td></td></tr><tr><td>ערכת MICROB&lt;em&gt;Enrich&lt;/em&gt;</td><td>ערכה</td><td>Ambion</td><td>AM1901</td><td></td></tr><tr><td>ערכת הגברה של RNA לחיידקים MessageAmp II-Bacteria</td><td>ערכה</td><td>Ambion</td><td>AM1790</td><td></td></tr><tr><td>מערכת Universal RiboClone לסנתזת cDNA</td><td>ערכה</td><td>Promega Corp.</td><td>C4360</td><td></td></tr><tr><td>מערכת Wizard לניקוי DNA</td><td>ערכה</td><td>Promega Corp.</td><td>A7280</td><td></td></tr></tbody></table>

ניתוח ביטוי גנים מקהילות מיקרוביאלית ימית באמצעות transcriptomics הסביבה

Analyzing Gene Expression from Marine Microbial Communities using Environmental Transcriptomics

מקביל metagenomics, transcriptomics סביבתיים (metatranscriptomics) מאחזר רצפים mRNAs סביבתיים מתוך מכלול של חיידקים ללא ידיעה מוקדמת של מה הגנים הקהילה יכול להיות להביע. כך הוא מספק את הפרספקטיבה משוחדת ביותר על ביטוי גנים הקהילה<em&gt; באתרו</em&gt;. הסביבה פרוטוקולי transcriptomics קשה מבחינה טכנית מאז mRNAs פרוקריוטים בדרך כלל חוסר poly (A) זנבות שהופכים הבידוד של הודעות אוקריוטים פשוטה יחסית<sup&gt; 1</sup&gt; ובגלל מחצית חיים קצר יחסית mRNAs<sup&gt; 2</sup&gt;. בנוסף, mRNAs הרבה פחות בשפע מאשר rRNAs בסך הכל תמציות RNA, ובכך רקע rRNA לעתים קרובות גוברת אותות ה-mRNA. עם זאת, טכניקות להתגבר על חלק מן הקשיים הללו לאחרונה פותחו. הליך לניתוח transcriptomes הסביבה על ידי יצירת ספריות שיבוט באמצעות primers אקראי הפוכה לתמלל ולהגביר mRNAs הסביבה תוארה לאחרונה הצליחה בשתי סביבות טבעיות שונות, אבל התוצאות היו מוטים על ידי בחירה אקראית של primers משמשות ליצירת סינתזה cDNA<sup&gt; 3</sup&gt;. ההתקדמות הגברה ליניארית של mRNA לייתר את הצורך primers אקראי בשלב הגברה מאפשרים להשתמש בחומר המוצא פחות להקטין את זמן העיבוד איסוף של דגימות ובכך למזער RNA השפלה<sup&gt; 4</sup&gt;.<em&gt; במבחנה</em&gt; שיטות תעתיק של mRNA הגברה לערב polyadenylating ה-mRNA, בשילוב מקדם T7 אל הקצה 3 של התמליל. RNA Amplified (ארנה) אז יכול להיות מומר כפול cDNA תקועים באמצעות hexamers אקראי רצף ישירות על ידי pyrosequencing<sup&gt; 5</sup&gt;. השימוש הראשון בשיטה זו בתחנת אלוהה הפגינו השירות שלה לאפיון חיידקים ביטוי הגן הקהילה<sup&gt; 6</sup&gt;.

אנו מציגים שיטה להפקת cDNA מ-mRNA הסביבה. באופן כללי, הכולל RNA נאסף הראשון הסביבה, rRNA מוסר סלקטיבי, mRNA מוגבר באופן סלקטיבי, ועל cDNA מסונתז ממאגר mRNA מועשר הוא רצף. רצפים ששוחזרו ניתן להוסיף הערות באמצעות תקן טכניקות ביואינפורמטיקה כדי לזהות את הגנים לידי ביטוי.

ניתוח ביטוי גנים מקהילות מיקרוביאלית ימית באמצעות Transcriptomics הסביבה

בדומה למטגנומיקה, טרנסקריפטומיקה סביבתית (מטה-טרנסקריפטומיקה) שולפת ומרצפה mRNA סביבתי מתוך אשכול מיקרוביאלי...

נוהל זה מתחיל בהשגת ביומסה מיקרוביאלית ימית מדגימות מים על ידי סינון מקדים דרך מסננים של 5 ו-3 מיקרומטר, ולאחריו איסוף על מסנן של 0.22 מיקרומטר. לאחר מכן מופק total RNA מהאורגניזמים שנלכדו על מסנן ה-0.22 מיקרומטר. ה-rRNA מוסר מה-total RNA באמצעות דגרדציה אנזימטית סלקטיבית והיברידיזציה סובטרקטיבית, ו-Mr.N מועשר ומוגבר ליניארית באמצעות polyA tailing ותעתוק in vitro.ה-RNA נוגד-הsense המוגבר מומר לאחר מכן ל-CD NA דו-גדילי באמצעות random hexamer. ניתן לשבט ולרצף את ה-CD NA שהתקבל, או לבצע עבורו pyro sequencing באופן ישיר. שלום, אני רייצ'ל פרסקי מהמעבדה של ד"ר מריאן מוראן במחלקה למדעי הימים של אוניברסיטת ג'ורג'יה.היום נדגים לכם פרוצדורה לבחינת ביטוי גנים מדגימות סביבתיות, באמצעות מטא-טרנסקריפטומיקה סביבתית. סקוט גיפורד יראה לכם כיצד לעבד דגימות סביבתיות לצורך איסוף RNA.אראה לכם כיצד להפיק RNA מהדגימות ולבצע בדיקות RIN. AON תדגים את הסרת ה-RNA. לאחר מכן, מאריה קוסטה תעבור על שלבי הגברת ה-RNA וסינתזת cDNA.אם כן, נתחיל. כדי להתחיל באיסוף ה-RNA הסביבתי, נכין את מערכת קו הסינון על ידי הנחת קצה אחד של הצינור במים בעומק הדגימה הרצוי, ונחבר את הקצה השני למסנן 3 µm לנפח גבוה, כאשר המשאבה ממוקמת בין שני קצות הצינור. לאחר מכן, מסנן ה-3 µm מחובר למגדל סינונים של 0.22 µm, והזרימה מופנית ממגדל ה-0.22 µm אל תוך כלי מידה מדורג.העבירו מספר ליטרים של מים דרך המערכת לשטיפה. בסיום, הוציאו את הצינור מהמים בזמן שהמשאבה פועלת כדי לנקות את המים שנותרו בקו. לאחר מכן, השתמשו בפינצטה כדי להניח מסנן 0.22 micrometer על מגדל הסינון וסגרו אותו.החזירו את קצה הצינור אל תוך המים והפעילו את המשאבה. המתינו עד שהאוויר ינוקה משני המסננים ועקבו אחר נפח המים המסוננים באמצעות המד שעל המכל. לאחר שסונן הנפח הרצוי, הוציאו את הצינור מהמים ונקו את שארית המים מהמערכת.ברגע שהמסנן יבש, הסירו במהירות את פלטת המסננים העליונה וקפלו את נייר המסנן. הכניסו את המסנן לתוך whirl pack והקפיאו אותו באופן מיידי בחנקן נוזלי. לפני תחילת הניסוי, חשוב לציין כי מכיוון ש-RNAs נמצאים בכל מקום ו-mRNAs מתפרקים במהירות, יש להקפיד על אמצעי הזהירות הסטנדרטיים לעבודה בסביבה נקייה מריבונוקלאז, כולל משטחי העבודה והפיפטים.Bearing this in mind, יש להשתמש בכפפות נקיות בעת טיפול בכל החומרים המשמשים בפרוצדורה זו. כמו כן, יש לעבד את הדגימות בזמן קצר ככל האפשר. כדי להתחיל את מיצוי ה-RNA הכולל מהמסנן בעל נקבים של 0.22 µm, נכין מבחנות עם פנינים על ידי הוספת 8 mL של RLT buffer עם beta mercaptoethanol למבחנה קונית של 50 mL.לאחר מכן מוסיפים 1 עד 2 מיליליטר של חרוזי RNA מערכת הפקת קרקע של mobile power. מוציאים במהירות את המסנן הקפוא מהמקפיא ושומרים אותו בתוך ה-world pack. מנפצים אותו בעזרת פטיש.הוסיפו את המסנן המרוסק למבחנה קונית של 50 milliliter שהוכנה מראש, ואטמו את מכסה המבחנה בעזרת Parafilm או סרט דביק למעבדה; ערבבו ב-vortex למשך 10 דקות. לאחר מכן, סובבו את המבחנה של 50 milliliter בצנטריפוגה במהירות של 5, 000 RPM למשך דקה אחת. בטמפרטורת החדר, הסירו כמה שיותר מהליזאט (lysate) והעבירו אותו למבחנה של 15 milliliter לפני סבב צנטריפוגה נוסף של חמש דקות.ב-5,000 ×g, העבירו את העילאי לנבובת חדשה של 50 מיליליטר והוסיפו לנפיח הליסאט נפח אחד של 100% ethanol. בעזרת מזרק של 10 מיליליטר, שאבו את הליסאט דרך מחט בכיול 18 עד 21 gauge והחזירו אותו חמיש פעמים בערך. בשלבי המיצוי הבאים, השתמשו בערכה KaiGen R and easy mini בהתאם להוראות היצרן, תוך העברת הליסאט לעמודה המסופקת באמצעות סעפת ואקום או באמצעות צנטריפוגה חוזרת.כמת את ה-RNA הכולל באופן ספקטרופוטומטרי. לאחר קביעת תנובת ה-RNA הכוללת, נשתמש בערכת Ambien turbo DNA free בהתאם להוראות היצרן כדי להסיר זיהומים של DNA. כעת, כאשר מיצוי ה-RNA הושלם, אמסור את ה-RNA הכולל ליוחנה, שתבצע את השלבים הראשון והשני של הסרת RRNA.תודה רחל. כדי להתחיל את הסרת ה-RRNA, ערבבבי בעדינות וצנטריפוגי קצרות את תמיסת התגובה בריכוז 10x לפני השימוש. בתוך מבחנה סטרילית ללא RNA בנפח 0.5 מיליליטר, ערבבי את הנפחים המתאימים של תמיסת תגובה בריכוז 10x, מעכב RNA, דגימת RNA כולל ו-terminator exonuclease. בהתאם לפרוטוקול של epicenter, דגרי את התגובה בטמפרטורה של 30 °C למשך 60 דקות בטרמוסייקלר עם מכסה מחומם או במקלח מים.בשלב הבא, סיימו את התגובה באמצעות שיקוע פנול-אתנול על ידי הוספת מים נקיים ל-RNA עד לנפח כולל של 200 microliters, ולאחר מכן הוספת נפח אחד של תמיסת פנול-כלורופורם ביחס של 1:1 ל-mRNA בצנטריפוגה. אספו את הפאזה המימית ובצעו שיקוע באמצעות 100% ethanol ומלח. זוהי נקודה אפשרית לעצירה.ניתן לאחסן RNA בטמפרטורה של 80- מעלות צלזיוס עד למועד השימוש בדגימה ביישומים המשכיים. לאחר השלמת העשרה ראשונה של mRNA, נשתמש בערכות Ambien microbe enrich ו-microbe express בהתאם להוראות היצרן כדי להסיר שאריות של rRNA מהדגימה שלנו. כדי להקל על הסרת rRNA אוקריוטי, נשתמש בערכת microbe enrich.כל הנפחים נקבעים על פי הוראות היצרן. לתחילת העבודה, פפטר 300 microliters של תמיסת קישור (binding buffer) לשפופרת של 1.5 milliliter. הוסף 5 עד 100 micrograms של RNA כולל בנפח מקסימלי של 30 microliters וערבב באמצעות וורטקס.הוסיפו בעדינות 2 µL של תערובת capture oligo עבור 5 µg RNA לתוך binding buffer והקישו בעדינות על המבחנה. סובבו את התערובת קצרות בצנטריפוגה (spin down). דנטורו את התערובת בטמפרטורה של 70 °C למשך 10 דקות, לפני דגירה של התערובת בטמפרטורה של 37 °C למשך שעה אחת.במהלך דגירה זו, הכין את חרוזי המגנט (oligo mag beads) על ידי שטיפתם פעם אחת במים נקיים מנוקלאז (nuclease free water) ופעם אחת בבופר קישור (binding buffer), תוך כדי לכידת החרוזים על מעמד מגנטי בין השטיפות. שמור את החרוזים על קרח והבא אותם לטמפרטורת החדר. חמש דקות לפני השימוש, חמם את תמיסת השטיפה ל-37 °C בבלוק חימום.הוסיפו את תערובת anoligos של לכידת RNA לחרוזי המגנט עם ה-oligo שנשטפו, ערבבו בעדינות את המבחנה וסובבו אותה בצנטריפוגה. דגרו את התערובת בקיצור בטמפרטורה של 37 °C למשך 15 דקות. הניחו את המבחנה במעמד המגנטי והמתינו כသုံး דקות לפני שאיבת הנוזל העליון המכיל mRNA והעברתו למבחנה איסוף על קרח.בשלב הבא, הוסף 100 µL של תמיסת שטיפה שחוממה מראש לחרוזי הלכידה. ערבב בעדינות באמצעות וורטקס (vortex) והוצא את הנוזל העליון (supernatant). העבר את הנוזל העליון המכיל mRNA למבחנה האיסוף על קרח.הניחו מבחנה לאיסוף על קרח בזמן ההכנה להסרת RRNA פרוקריוטי באמצעות ערכת ambi microbe express, אותה נשתמש כדי להסיר RRNA פרוקריוטי ששאר. השתמשו ב-bioanalyzer או ב-Experion כדי לבדוק זיהום של RRNA ואת איכות ה-MR.NA. זוהי נקודת עצירה פוטנציאלית.ניתן לאחסן RNA בטמפרטורה של 80- מעלות צלזיוס. לאחר הסרת ה-RRNA, נשתמש בערכה Ambien message AMP two bacteria בהתאם להוראות היצרן כדי להגביר את ה-mRNA שלנו. כעת, לאחר שיש בידינו דגימה טהורה של mRNA, אעביר את הניסוי למריה, שתדריך אתכם בתהליכי הגברת ה-mRNA וסינתזת CDNA.תודה לך, האנה. לפני שנתחיל בהגברת ה-mRNA, חשבי את הנפחים של כל רכיב בתערובות המאסטר של ערכת Ambien message AMP two bacteria באופן מקוון. נתחיל בפוליאדנילציה של RNA התבנית על ידי העברת עד 1000 nanograms של RNA כולל למבחנה מיקרוצנטריפוגית סטרילית ללא RNA. השתמשי ב-6.5 microliters של דגימה ובלי מים ללא RNA בבופר הראשון כדי לסנתז RNA באמצעות תעתוק במבחנה (in vitro transcription).מומלץ להשתמש בתנור היברידיזציה או באינקובטור בשל הטמפרטורה האחידה שלהם. ומכיוון שחשוב ביותר למנוע היווצרות עיבוי בתוך המבחנות, אנו ממליצים בחום על דגירה של תגובת שעתוק in vitro למשך 14 שעות. כדי למקסם את תנובת ה-RNA עבור תנובת A RNA הגבוהה ביותר, בצעו את ה-IBT בנפח תגובה סופי של 40 µL ואחסנו את ה-A RNA בטמפרטורה של 80°C- במקבצים של כ-10 µL.לאחר הגברת ה-RNA, הגיע הזמן לסנתז את ה-CDNA המשלימי. ערכת ה-Promega universal ribot Clone CDNA synthesis system משמשת לסנתז CDNA מה-RNA. הערכה מספקת הנחיות להמרת שני מיקרוגרם RNA ל-CDNA. אנו ממליצים על כמות התחלה של 6 עד 10 מיקרוגרם RNA והתאמה של התגובות בהתאם.יש לנקות את ה-CD NA באמצעות שקיעה באתנול או באמצעות מערכת ה-promega wizard DNA cleanup. בהתאם להוראות היצרן, יש לאחסן את הדגימות בטמפרטורה של 80- °C. בנקודה זו ניתן לבצע ריצוף ישיר של cDNA דו-גלי. מתוך 10 liters של מי ים, חילצנו כ-10 micrograms של RNA סביבתי והגברנו אותו פי 20; באמצעות המרה של ה-MR.NA המוגבר ל-cDNA דו-גלי, נוצרו כמויות מספיקות של חומר עבור ריצוף וניתוח של תמלילים סביבתיים. כעת הצגנו כיצד להעריך ביטוי גנים של קהילות מיקרוביאליות ימיות באמצעות מטא-טרנסקריפטומיקה סביבתית.זכרו תמיד כי בעת ביצוע פרוצדורה זו, ה-mRNA מתפרק במהירות ו-RNAs נמצאים בכל מקום. לכן, נקטו באמצעי זהירות סטנדרטיים לעבודה בסביבה נקייה מריבונוקלאז (RNase-free) ועבדו עם הדגימות במהירות האפשרית. זהו כל התהליך.תודה שצפיתם ובהצלחה בניסויים שלכם.

analyzing-gene-expression-from-marine-microbial-communities-using

Research

JoVE Journal

Biology

ביולוגיה

Gene Expression חיידקית ניתוח שימוש microarrays

בניה של ספריה fosmid עם הדנ"א הגנומי הסביבה מבודדים רצף העומק האנכי של פיורד hypoxic עונתיות מתואר. הספרייה שיבוט המתקבל הוא הרים את 384 גם צלחות בארכיון עבור סידור במורד וסינון תפקודית על ידי יישום של מערכת המושבה אוטומטיות קטיף.

הכנס גדול הסביבה הגנום ספריית הפקה

שיטה להפקת המטבוליט מקהילות planktonic חיידקים מוצגת. דגימה כל הקהילה מושג באמצעות סינון על מסנני שהוכנו במיוחד. לאחר lyophilization, מימית מסיסים מטבוליטים חילוץ. גישה זו מאפשרת יישום של metabolomics סביבתיים חוצה omics חקירות של קהילות חיידקים טבעיים או ניסיוני.

ריכוז מטבוליטים של צפיפות נמוכה עבור קהילות Planktonic metabolomics הסביבה באמצעות תהודה מגנטית גרעינית ספקטרוסקופיה

אפיון הקהילה המיקרוביאלית היה מטרה ארוכת שנים במיקרוביולוגיה סביבתית. שיטות ריצוף מהדור הבא מאפשרות כעת אפיון של קהילות מיקרוביאליות בעומק חסר תקדים עם עלות ועבודה מינימליות. אנו מפרטים כאן את הגישה שלנו לרצף גנים של RNA ריבוזומלי חיידקי 16S באמצעות רצף שולחני.

רצף של הדור הבא של 16S ריבוזומלי amplicons ג&#39;ין RNA

כאן, אנו מציגים פרוטוקול מקיף להערכת זמינות החומרים המזינים האורגניים והאנאורגניים ואת השפע והמבנה של קהילות מיקרוביאליות וויראליות בסביבות ימיות מרוחקות.

להתיר את השחקנים הנעלמת באוקיינוס ​​- מדריך שדה לכימיה מים והימי מיקרוביולוגיה

כתב יד זה מתאר את השימוש בטכנולוגיה חדישה המסופקת על ידי מיקרו-מערכי DNA. מיקרו-מערכים מספקים סקירה כללית של השינויים הטרנסקריפטומיים בחיידקים שנגרמו בתנאי מסוים. יתר על כן, אנו מדגישים את הקלות שבה ניתן לנתח כמויות גדולות של נתונים באמצעות חבילות תוכנה נוחות שפותחו בבית.

צינור מהיר ואמין למחקר בקטריאלי transcriptome ניתוח מקרה: ויסות גני Serine תלויה ב<em&gt; Streptococcus pneumoniae</em

פרוטוקול זה מיועד למיצוי וריכוז של חלבון ו-DNA מביומסה מיקרוביאלית שנאספה ממי ים, ולאחר מכן יצירת פפטידים טריפטיים המתאימים לניתוח פרוטאומי מבוסס ספקטרומטריית מסה טנדם.

Metaproteomics זרימת עבודה Aquatic מיקרוביאלית: מתאים לtryptic פפטידים מתאימים לניתוח מבוסס ספקטרומטריית מסת טנדם

פיתחנו פרוטוקול מהיר, רגיש וניתן לשחזור לפרופיל ביטוי גנים פתוגני במהלך זיהום.

פרופיל ביטוי גנים של חיידקים הדבקה באמצעות פלטפורמה דיגיטלית ברקוד

מסופק פרוטוקול לכימות גנים ותעתיקים של חיידקים 16S rRNA ממשקעי חוף באמצעות PCR בזמן אמת. המתודולוגיה כוללת מיצוי משותף של DNA ו-RNA; הכנת RNA נטול DNA; וכימות גן rRNA 16S וכימות תעתיק באמצעות RT-q-PCR, כולל בניית עקומה סטנדרטית.

הפקת DNA-RNA סימולטני החוף משקעים וכימות של 16S rRNA גנים תעתיקי ידי בזמן אמת PCR

כאן, אנו מציגים פרוטוקול כדי לחקור את ההשפעות של שבירה הידראולית על נחלים סמוכים על ידי ניתוח קהילות המים והמשקעים שלהם.

הערכת ההשפעה של שבירה הידראולית על נחלים באמצעות חתימות מולקולריות מיקרוביאליות

הפרוטוקול מזהה גנים מרכזיים של מחזור מתאן בביצות החוף של דרום טקסס ומדמיין את התפוצה המרחבית שלהם כדי לשפר את ההבנה של ויסות המתאן והשפעותיו הסביבתיות במערכות אקולוגיות דינמיות אלה.

הדמיה של דינמיקה מיקרוביאלית של מחזור מתאן בביצות חוף

למדו שיטה לניתוח ביטוי גנים בקהילות מיקרוביאליות ימיות באמצעות transcriptomics סביבתי. השיטה כוללת הסרת rRNA, הגברת mRNA וסינתזת cDNA לריצוף ואנוטציה ביואינפורמטית.

ניתוח ביטוי גנים מקהילות מיקרוביאלית ימית באמצעות Transcriptomics הסביבה

גלה סרטונים נוספים