Name: וידאו ביואינפורמטיקה ניתוח גדילה אנושי בתאי גזע עובריים קולוני (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2010-05-20T17:00:00.000+00:00
Duration: 13 min 11 s
Description: חקור שיטת ביואינפורמטיקת וידאו לניתוח גדילת קולוניות תאי גזע עובריים אנושיים באמצעות סרטי time-lapse ותוכנת CL quant. השיטה מאפשרת מדידה אוטומטית מדויקת של קצב הגדילה בתאים חיים.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

הפיתוח של שיטה זו התאפשרה הודות למימון של תוכנית הקשורה טבק קליפורניה מחקר מחלות, המכון קליפורניה עבור רפואה רגנרטיבית, ו-NSF IGERT מענק על וידאו ביואינפורמטיקה (# 0903667) ב UCR ( <a href="http://www.cris.ucr.edu/IGERT/index.php">http://www.cris.ucr .edu / IGERT / index.php</a> ). סברינה לין נתמך על ידי עמיתי דיסרטציה מאגף בוגר, שון Forteno נתמך על ידי מרק NIH המלגה, ואת Shruthi סאטיש נתמך על ידי מלגת בוגר החטיבה. אנו מודים אנה Trtchounian על עזרתה בהכנת הדמויות. אנו מודים גם סם Alworth ונד Jastromb עבור מלמד אותנו איך להשתמש בתוכנה CL-קוואנט.

וידאו כלי ביואינפורמטיקה חזקים עבור במהירות לחילוץ נתונים תמונות וידאו. פרוטוקול שלנו לכימות המושבה צמיחה hESC מדגים יישום אחד של וידאו ביואינפורמטיקה לבעיה ביולוגית. שיטה זו היא כמותית יש תכונה מעניינת של הנתונים מגלה ממושבות hESC בודדים. וידאו מתכונים ביואינפורמטיקה ניתן לפתח כדי לפקח על תהליכים תאיים אחרים כגון, אפופטוזיס התפשטות, הגירה מצורף התא למצע, וכן מצורף תא לתאים סמוכים. הדיוק של המתכונים פותח באמצעות תוכנת CL-קוואנט היה תוקף באמצעות Photoshop ו נמצאה אמת. לאחר מתכונים ...

<table><tbody><tr><td>mTeSR1 Medium לתחזוקת תאי גזע עובריים אנושיים</td><td>Stem Cell Technologies</td><td>05850</td><td>או כל מצע מתאים לתרבית hESC.</td></tr><tr><td>BD Matrigel</td><td>BD Biosciences</td><td>356234</td><td>או תשתית מתאימה אחרת.</td></tr><tr><td>DMEM/F12 Basal Medium</td><td>Invitrogen</td><td>11330-032</td><td></td></tr><tr><td>Phosphate Buffered Saline ללא Ca&lt;sup&gt;2+&lt;/sup&gt; ו-Mg&lt;sup&gt;2+&lt;/sup&gt;</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Accutase Enzyme Medium להפרדת תאים</td><td>eBioscience</td><td>00-4555-56</td><td>או אנזים הפרדה מתאים אחר.</td></tr><tr><td>חרוזי זכוכית 3mm</td><td>Fisher Scientific</td><td>11-312A</td><td>אופציונלי.</td></tr><tr><td>פלטות לתרבית רקמה בעלות 12 בארות</td><td>BD Biosciences</td><td>353043</td><td>או כל פורמט פלטה אחר.</td></tr><tr><td>Nikon BioStation CT/IM</td><td></td><td></td><td>או אינקובטור/מיקרוסקופ אחר המתאים לאיסוף נתוני וידאו.</td></tr><tr><td>תוכנת CL-Quant (Nikon) ו/או Photoshop (Adobe).</td><td></td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

וידאו ביואינפורמטיקה ניתוח גדילה אנושי בתאי גזע עובריים קולוני

Video Bioinformatics Analysis of Human Embryonic Stem Cell Colony Growth

מאחר שהנתונים וידאו מורכבים מורכבות תמונות רבות, כריית מידע מתוך חומר וידאו קשה לעשות ללא סיוע של תוכנות מחשב. וידאו ביואינפורמטיקה היא גישה כמותית עוצמה לחילוץ במרחב ובזמן נתונים תמונות וידאו באמצעות תוכנת מחשב כדי לבצע כריית היכרויות וניתוח. במאמר זה, אנו מציגים שיטה וידאו ביואינפורמטיקה לכימות את הצמיחה של בתאי גזע עובריים אנושיים (hESC) על ידי ניתוח זמן לשגות קטעי וידאו שנאספו BioStation Nikon CT חממה מצויד במצלמת וידאו עבור הדמיה. בניסויים שלנו, מושבות hESC כי צורפו Matrigel צולמו במשך 48 שעות ב-CT BioStation. כדי לקבוע את קצב הגידול של מושבות אלו, המתכונים פותחו באמצעות CL-קוואנט תוכנה אשר מאפשרת למשתמשים להפיק סוגים שונים של נתוני תמונות וידאו. על מנת להעריך במדויק את הצמיחה המושבה, שלושה מתכונים שנוצרו. התמונה הראשונה מפולח לתוך המושבה ואת הרקע, התמונה השנייה משופרת להגדיר מושבות לאורך רצף וידאו במדויק, והשלישי מדדו את מספר הפיקסלים במושבה לאורך זמן. שלושת המתכונים נוהלו ברצף על נתונים שנאספו וידאו CT BioStation לנתח את קצב הגידול של מושבות hESC בודדים מעל 48 שעות. כדי לוודא את אמיתותם של CL-קוואנט מתכונים, נתונים באותו נותחו באופן ידני באמצעות תוכנת Adobe Photoshop. כאשר הנתונים שהתקבלו באמצעות CL-קוואנט מתכונים Photoshop הושוו, התוצאות היו כמעט זהים, המציין את CL-קוואנט המתכונים היו אמת. השיטה המתוארת כאן יכול להיות מיושם על כל הנתונים וידאו למדוד את שיעורי הצמיחה של hESC או תאים אחרים הגדלים במושבות. בנוסף, אחרים וידאו מתכונים ביואינפורמטיקה ניתן לפתח בעתיד תהליכים תאים אחרים כמו הגירה, אפופטוזיס, וכן הידבקות התא.

וידאו ביואינפורמטיקה הוא עיבוד וניתוח אוטומטי, הבנה, כריית נתונים של במרחב ובזמן נתונים ביולוגי המופק וידאו מיקרוסקופיים. מטרת מאמר זה היא להדגים שיטה למדידת תא גזע עובריים אנושיים צמיחה המושבה בשיטה ביואינפורמטיקה וידאו.

מכיוון שנתוני וידאו הם מורכבים ומורכבים מתמונות רבות, מיכור מידע מחומרי וידאו הוא קשה לביצוע ללא סיוע של מחשב...

פרוטוקול זה מדגים שיטת ביו-אינפורמטיקה מבוססת וידאו למדידת צמיחת מושבות של תאי גזע עובריים אנושיים, באמצעות ניתוח סרטוני time-lapse שנאספו באינקובטור icon bio station CT המצויד במצלמה לדמיון וידאו. מושבות של תאי גזע עובריים אנושיים (HESC) תורגבשו עד למסף של 70% fluency, נזרעו מחדש והודגרו למשך 48 שעות, שלאחר מכן צולמו סרטוני הווידאו של מושבות ה-HESC למשך 48 שעות נוספות ב-Biot ct. קצב הצמיחה נקבע באמצעות שיטות של שיפור סגמנטציה ומדידה שפותחו עם תוכנת CL quant.המתכונים תוקפו באמצעות השוואה ל-Adobe Photoshop, כלי לניתוח תמונות המאפשר התאמה ידנית מדויקת של מסכה לכל מושבה. ניתן להשתמש בתחום המתפתח של ביו-אינפורמטיקה של וידאו כדי לאוטומט את העיבוד, הניתוח והכרייה של נתונים ביולוגיים מסרטוני מיקרוסקופיה. שלום, אני סרנה לין מהמעבדה של ד"ר פרו טאלבוט במחלקה לביולוגיה של התא ומדעי העצבים כאן באוניברסיטת קליפורניה ריברסייד.שלום, אני שון פינו, גם אני ממעבדת טלבוט. שלום, אני טי סאטיש מתוכנית הדוקטורט לביולוגיה תאית, מולקולרית והתפתחותית. היום נראה לכם כיצד למדוד צמיחה של מושבות תאי גזע עובריים אנושיים באמצעות כלי ביואינפורמטיקה של וידאו.אנו משתמשים בנוהל זה במעבדה שלנו כדי למדוד את השפעותיהם של רעלים סביבתיים על התנהגותם של תאי גזע עובריים אנושיים. נדגים נוהל זה במתקן הליבה החדש שלנו לתאי גזע. אז בואו נתחיל.כדי להכין HESC לניתוח וידאו, גדלו HESC על פלטות שש בארות מצופות ב-matrigel עד להגעה ל-70% confluent, שאבו את המצע מאחת הבארים המכילה HESC ושטפו פעמיים עם 1 mL של PBS. הוסיפו 1 mL של Accutane והדגירו למשך דקה אחת ב-37 °C ב-5% carbon dioxide. לאחר מכן, הוסיפו 10 עד 12 חרוזי זכוכית לבאר ונערה את הפלטה בעדינות עד להתנתקות מלאה של המושבות.נטרלו את ה-Accutane באמצעות מיליליטר אחד של מצע תחזוקה לתאי גזע עובריים אנושיים או מצע מותנה של פיברובלסטים עובריים של עכבר. אספו את התאים שהסתרו ללא החרוזים לשפופרת קונית של 15 מיליליטר וסובבו בצנטריפוגה ב-200 G למשך שלוש דקות. שפכו את ה-SUP natant ופרו את המשקע עם 500 מיקרוליטר של מצע תחזוקה טרי לתאי גזע עובריים אנושיים או M-T-E-S-R. טפטפו 100 מיקרוליטר של תגסוס ה-HESC לתוך בארות מרובות של פלטת 12 בארות מצופה ב-matrigel.נענעו את הפלטה קדימה ואחורה בעדינות ובחנו את התרביות תחת מיקרוסקופ אור כדי לוודא שצברי התאים מפוזרים באופן שווה בכל הבארות. הניחו את הפלטה באינקובטור בטמפרטורה של 37 degrees וב-5% carbon dioxide למשך 48 שעות כדי להבטיח שהתאים נצמדו בצורה שטוחה ומספיק גדולים להדמיה קלה. לאחר 48 שעות, שאבו את המצע ושטפו את הבארות עם 500 microliters של PBS כדי להסיר תאים שאינם צמודים, ולאחר מכן הוסיפו 500 microliters של מצע M-T-E-S-R לכל בארה.הניחו מיד את הצלחת בתוך ה-Biot CT והתחילו באיסוף תמונות בשיטת time-lapse. נסו לבחור שדות עם מושבות בודדות ומובחנות שאינן צפויות לגדול אל תוך מושבות אחרות. בפרוטוקול זה, התאים מוקלטים בווידאו למשך 48 שעות נוספות, עם פריימים במרווחים של שבע דקות.כדי ליצור תחילה את מתכון הסגמנטציה, סרקו ידנית את הסרטון כולו כדי לוודא שהוא מכיל מושבה אחת שנותרה במצב פוקוס לאורך כל תקופת ההקלטה. לאחר מכן, פתחו את אשף הסגמנטציה בתוכנת CL quants ולחצו על כפתור ה-next. בחרו את ערוץ התמונה הנכון ולחצו על כפתור ה-next.בחר באפשרות soft matching ולחץ על Next. בחר אזור אחד או שניים הרצויים על ידי סימון מעגל מהקצה החיצוני אל האזור המרכזי של המושבה. שטח זה צריך להיות קטן ככל האפשר, אך מייצג את המושבה כולה.אין לבחור אזורים רבים מדי, שכן הדבר עלול להוביל ליישום מסכה שאינו מדויק. לחץ על כפתור ה-next. בחר ב-Don't want regions על ידי הקפת אזורים שאינם חלק מהמושבה ואינם חלק מהרקע.באזורים אלו קיימים דפוסים שיש לדכא, כגון שיירי תאים (debris) ותאים מתים. לחץ על הבא. בחר את הרקע על ידי הקפת אזורים שאינם מושבות, שיירי תאים או תאים מתים.הרקע צריך להיות אחיד וכזה שיופיע בכל פריים. בדרך כלל, נבחר את הרקע האפור מסביב למושבה. לחצו על כפתור ההמשך.מסכה צבעונית אמורה להיות מוצגת מעל אזור העניין אם המסכה אינה מכסה את אזור העניין באופן מדויק. ניתן להגדיל או להקטין את טווח סף הסגמנטציה בפינה הימנית התחתונה של המסך אם נדרש שינוי במסכה. בחר בעדכון אזורי התאמה רכה (updates soft matching regions).פעולה זו מאפשרת לשנות את האזורים הרצויים, הבלתי רצויים או אזורי הרקע. אם המסכה מספקת, בחרו ב-"apply threshold" (החלת סף) וב-"save my mask" (שמירת המסכה שלי). לאחר מכן, לחצו על כפתור ההמשך.לאחר מכן, המסכה תוצג בצבע שונה. בחרו ב-finish. המתכון אמור להופיע בפינה הימנית העליונה של התוכנה תחת segmentation recipe.שנו את שם המתכון במידת הצורך על ידי לחיצה ימנית והזנת שם חדש. כדי להחיל את המתכון, לחצו לחיצה ימנית והניחו את העכבר מעל.החל את המתכון. יופיע תפריט המאפשר לבחור את מספר הפריימים לשימוש. הגדר את מרווח הפריימים לכל 20 פריימים כדי להבטיח את דיוק המסכה.בצעו בדיקה ידנית אקראית של 10% מהפריימים שבהם הוחל המסך, כדי ליצור מתכון שיפור (enhancement recipe) שיסיר אזורים לא רצויים בשאריות (debris). לחצו לחיצה ימנית על תיקיית מתכון השיפור ולאחר מכן לחצו על "חדש" (new). מתכון שיפור חדש אמור להופיע מתוך שדה הראייה המקורי.העבר את העכבר מעל האייקונים בסרגל הכלים כדי לזהות את כפתור מודול שיפור התצוגה הממוקם מימין לתמונה ולחץ עליו. בחר בתפריט הנפתח של סימון (labeling). בחר בסימון עבור מחובר (connected) ובחר בסימון עבור מחובר שניים (connected two).סרגל משימות חדש אמור להופיע. גררו את המסכה הראשונית ממתכון הסגמנטציה אל תיבת הקלט. הסרגל אמור להציג כעת את מספר מסכת הקלט.גררו את האייקון עם מספר מסכת הקלט אל אייקון מסכה אפס. חפשו את min size בסרגל המשימות וכוונו את המספר עד שיוצג רק אזור העניין (region of interest). ודאו שאתם לוחצים על execute עבור כל ניסיון התאמה.לאחר שהתאמת הגודל המינימלי מספקת, לחצו על מתכון השיפור הקודם בתחתית המסך ובחרו בשמירה למתכון (save to recipe). התוכנה תבקש כעת לדרוס את המתכון הנבחר; בחרו כן (yes spot). בדקו את מתכון השיפור באמצעות אותו הליך המשמש לבדיקת סגמנטציה של נקודות (spot checking segmentation).אם התוצאות של מתכוני הסגמנטציה והשיפור מספקות, המשיכו ליצירת תבנית המדידה. כדי להתחיל, בחרו ב-create measurement template בסרגל הכלים הימני. בחלון המדידה, בחרו ב-move cursor מעל תא ה-clip art של הדמות.החזיקו את מקש ה-control ובחרו את התא תחת סעיף המורפולוגיה, בטלו את הסימון של פרמטר ברירת המחדל (default parameter) וסמנו את פרמטר השטח (area parameter). לאחר מכן צאו מחלון התבנית. בחרו את האייקון.צרו מתכון מדידה. שנו את שם המתכון. עברו ללשונית התבנית ובחרו אותה. בפינה הימנית העליונה, גררו והניחו את תבנית המדידה שנוצרה קודם לכן על חלון המדידה.לחצו על כן כדי להמשיך בחלון מתכון המדידה, ובחרו את מיפוי הערוצים. לאחר מכן, בחרו את מיפוי המסכות לבחירת תא שלם. לאחר מכן, בחרו באפשרות של תא שלם. עבור מסכה משופרת, בחרו את מתכון המדידה תחת לשונית המתכונים.בחלון הראשי, בחר בסמל השמירה בתוך חלון מתכון המדידה. לאחר מכן סגור את החלון. בשלב הבא סגור ופתח מחדש את שדה הראייה. לחץ לחיver עם המקש הימני על תיקיית רשימת המתכונים ולאחר מכן לחץ על "חדש", גרור את המתכונים לפי סדר היישום הנדרש אל רשימת המתכונים, בחר בנעילת רשימת המתכונים, והרץ את המתכונים באופן רצית על נתוני הווידאו באמצעות Adobe Photoshop.כל פריים עשורי של אותן מושבות נותח. פתחו באופן ידני פריים של תמונת מושבה בתוכנת Adobe Photoshop. לחצו על כלי השרביט הקסם (magic wand tool) בסרגל הכלים.לחץ על האזור שסביב המושבה כך שכל השדה יהיה מכוסה למעט אזור המושבה. ודא שהקו המקווקו סביב המושבה מתאים בדיוק להיקף המושבה ולא בתוכה. אם הקו המקווקו אינו סביב ההיקף, שנה את ערך הסבילות (tolerance) בסרגל הכלים העליון בהתאם.לחצו על edit במצב quick mask בסרגל הכלים ולחצו על המושבה כך שתהיה נבחרת. עברו לתפריט הנפתח של window ולחצו על histogram. ה-cache צריך להיות מוגדר ל-one.אם ערך המטמון הוא שתיים, לחצו על סימן הקריאה של הביטוי כדי לשנות את המטמון לאחד. רשמו את ערך הפיקסל בגיליון אלקטרוני. חזרו על התהליך שלעיל עבור כל פריים 20.ניתן להציג את הנתונים שנאספו באמצעות תוכנת Photoshop ותוכנת CL quant יחד בגרף. הפרוטוקול שלנו לכימות צמיחת מושבות HESC מדגים יישום אחד של ביו-אינפורמטיקה של וידאו לבעיה ביולוגית. כאן אנו מציגים גרף המשווה את העלייה בגודל המושבה לאורך 48 שעות, כפי שנקבע באמצעות תוכנת CL quant ותוכנת adobe Photoshop.הגרף מציג חמישה מושבות שונות שכל אחת מהן נותחה באמצעות שתי חבילות התוכנה. כל מושבה מיוצגת בצבע שונה. הקווים הרצופים הופקו באמצעות תוכנת sail quant, בעוד שהקווים המקווקווים נאספו באמצעות Photoshop.הגרף של הנתונים הגולמיים מראה כי שתי שיטות המדידה תואמות היטב, בהתחשב בעובדה שלמושבות יש גודל התחלתי שונה. איור זה מציג את הנתונים ששורטטו מחדש כאחוז העלייה בגודל המושבה. שיעורי הצמיחה דומים ללא קשר לגודל המושבה ההתחלתי, ושתי שיטות הניתוח נותנות תוצאות דומות.הגרף הבא מציג את הממוצעים של נתוני אחוזי השינוי הקודמים בצמיחת מושבות HESC. גרף זה מראה בבירור התאמה טובה בין הניתוח שבוצע באמצעות ביו-אינפורמטיקה של וידאו לבין Adobe Photoshop. כעת הצגנו בפניכם כיצד למדוד צמיחה של מושבות תאי גזע עובריים אנושיים באמצעות כלי ביו-אינפורמטיקה של וידאו.בעת ביצוע הליך זה באמצעות מיקרוסקופיית ניגודיות פאזה (phase contrast microscopy), יש לוודא שכל ההילה סביב המושבה נכללת, וזאת לצורך בחירה מדויקת של המושבות על ידי התוכנה. חשוב לזכור כי ניתן להשתמש בשיטות אחרות לתרבית, אינקובציה ואיסוף וידאו במקום הפרוטוקול שהדגמנו. ברגע שהמתכונים יפותחו ויעברו תיקוף, הם יבצעו את הניתוח במהירות רבה הרבה יותר ובשונות ניסויית נמוכה יותר מאשר ניתוח ידני.זהו זה. תודה שצפיתם ובהצלחה בניסוייכם.

video-bioinformatics-analysis-human-embryonic-stem-cell-colony

Research

JoVE Journal

Biology

ביולוגיה

זה פרוטוקול וידאו מדגים כיצד להפלות ו למנות בתום תאים בתום גזע עצביים באוכלוסייה מעורבת של תאים עצביים מבשר באמצעות assay עצביים המושבה יוצרי התא.

עצבית, המושבה יצירת Assay נייד: Assay להפלות בונה תאים בתום גזע עצביים מן ובתאים עצבית

למרות מאמצים מתמשכים לתרבויות מעבר לתנאי מזין חינם, הגזירה והתרבות של תאי גזע עובריים אנושיים (hESC) יישארו תלוי במידה רבה בשיתוף עם תרבויות ניזונים עובריים של עכבר (MEFs). כאן, אנו מציגים שיטה חדשנית להסרת מתקני האכלה במהירות מתרבויות hESC לפני הניסויים.

הסרת פיברובלסטים מהירה מתרבויות צפיפות גבוהות אדם תאי גזע עובריות

assay ביטוי גני תא הבודד שדרוש להבנת heterogeneities בתאי גזע.

אפיון תאי גזע עוברי האנושי על ידי הפרט כמותי RT-PCR

מחקר זה מתאר פלטפורמה ניסיונית לאפיון מהיר של תאי גזע מהונדסים והתנהגויותיהם לפני יישומם במחקרי השתלה ארוכי טווח in vivo להצלה ותיקון של מערכת העצבים.

תפוקה אפיון גבוה של תאי גזע בוגרי תכנון הנדסי למשלוח גורמים טיפוליים לאסטרטגיה הגנה עצבית

מתוך כוונה לאפיין שינויים ב-miRNAs על תאי גזע עצביים אנושיים מובחנים (hNSCs) אנו מתארים התמיינות hNSC במערכת תלת מימדית, הערכת שינויים בביטוי microRNA על ידי מערך miRNA PCR, וניתוח חישובי לחיזוי יעד miRNA ואימותו על ידי בדיקת לוציפראז כפולה.

בידול של קו תאי גזע עצבי אדם בשלוש תרבויות ממדים, גני ניתוח של MicroRNA והמשוער יעד

הפרוטוקול המובא במחקר זה מתאר שיטות לניטור בזמן אמת של התקדמות מחדש באמצעות מדידת הקינטית של סמנים בתאי גזע פלוריפוטנטיים חיוביים ושליליים באמצעות ניתוח תזרים cytometry. הפרוטוקול גם כולל את הערכה המבוססת על הדמיה של מורפולוגיה, סמן או ביטוי הכתב במהלך הדור iPSC.

מדידת קינטי Real Time ויזואליזציה של תכנות מחדש סומטיים

תפזורת ג'ין ביטוי מדידות ענן תא בודד הבדלים באוכלוסיות הטרוגניות תא. כאן, אנו מתארים את פרוטוקול עבור ביטוי מפענוח ואינדקס איך החד-תאיים מיון על-ידי Florescence מופעל התא מיון (FACS) יכול להיות משולב על הטרוגניות, immunophenotypically מאפיינות אוכלוסיות תאים נפרדים מולקולרי.

הגישה קומבינטורית תא בודד כדי לאפיין את מולקולרית והטרוגניות Immunophenotypic של גזע האדם ואוכלוסיות קדמון

בתאי הנבט הקדמוני (PGCs) הם מבשרי נפוצות של זרע וגם ביצים. PGCs עובריים אנושיים מצוינים מתאי epiblast pluripotent באמצעות אינטראקציות של ציטוקינים. כאן, אנו מתארים את פרוטוקול 13 יום של גרימת transcriptomally תאים אנושיים הדומה PGCs על פני השטח של גופים embryoid מתאי גזע pluripotent טענתי-pluripotency המושרה.

דור של תאים אנושיים כמו תא הנבט הקדמונים על פני השטח של גופים Embryoid מן pluripotency בשלה המושרה בתאי גזע Pluripotent

ליגתאי מטריקס ניתן להיות בתבנית על הידרואקרילאמיד הידרו כדי לאפשר את התרבות של תאים גזע האדם העובריים במושבות מוגבלים על מצעים תואמי. שיטה זו יכולה להיות משולבת עם מיקרוסקופ כוח המתיחה ביוכימיה ביוכימית לבחון את הגומלין בין הגיאומטריה רקמה, כוחות שנוצר התא, ואת מפרט הגורל.

הקמת הגיאומטריה של האדם תא גזע עובריים המושבות על מצעים תואמי כדי לשלוט במכניקה ברמת רקמות

פנוטיפים של צמיחת שמרים נמדדים במדויק באמצעות הדמיה מקבילה מאוד של תאים משותקים הגדלים למיקרוקולוניות. במקביל, ניתן לעקוב אחר עמידות ללחץ, ביטוי חלבון ולוקליזציה של חלבונים, וליצור ערכות נתונים משולבות כדי לחקור כיצד הבדלים סביבתיים וגנטיים, כמו גם הטרוגניות של ביטוי גנים בקרב תאים איסוגניים, מווסתים את הצמיחה.

הדמיה חיה בעלת תפוקה גבוהה של מיקרוקולוניות למדידת הטרוגניות בצמיחה ובביטוי גנים

כאן, אנו מספקים שיטה לניתוח הדמיית תאים חיים שניתן להשתמש בה כדי לעקוב באופן ידני אחר השושלות של קרטינוציטים במעבר 0 ומאפשרת איסוף מדדי התפשטות, כולל גורל חלוקת התא ומשך מחזור התא.

הדמיית תאים חיים עם צילום בהילוך מהיר לחקר קינטיקה של התפשטות קרטינוציטים באפידרמיס

חקור שיטת ביואינפורמטיקת וידאו לניתוח גדילת קולוניות תאי גזע עובריים אנושיים באמצעות סרטי time-lapse ותוכנת CL quant. השיטה מאפשרת מדידה אוטומטית מדויקת של קצב הגדילה בתאים חיים.

וידאו ביואינפורמטיקה ניתוח גדילה אנושי בתאי גזע עובריים קולוני

גלה סרטונים נוספים