בידוד דנ"א מיקרוביאלי בצואה: חקר השפעת העשרה סביבתית על מגוון המיקרוביום במודל הגידול המורין

- העשרה סביבתית, או EE, מתייחסת לשינויים בפרמטרים של הדיור כדי להשיג השפעות מועילות על מחלות שונות כגון סרטן. בעכבר הנושא גידול, EE מפעיל את מערכת החיסון ומפחית דלקת, מה שבסופו של דבר משפר את המיקרוביוטה של המעי ומשפר את שיעור ההישרדות. כדי לחקור את השינויים במיקרוביוטה של המעי, הוסיפו את הכמות הרצויה של חיץ ליזה בצואה בצינור המכיל את שרפרף העכבר.

צנטריפוגות את הדגימה ומעבירים את הסופרנאטנט לצינור מיקרוצנטריפוגה טרי. הוסף גואנידיניום כלוריד ליזיס חיץ כי denatures DNase ו RNase. לאחר מכן, מוסיפים אתנול ומעבירים את הדגימה לעמודת ספין סיליקה.

אתנול מסייע לדנ"א להיקשר לסיליקה. צנטריפוגה את הדגימה. כעת, העבירו את העמודה לצינור מיקרוצנטריפוגה טרי והוסיפו חיץ אלוציה לטור כדי ללוטש DNA.

צנטריפוגו את הדגימה והשליכו את העמודה. העבר את הדגימה לתוך צינור PCR והפעל PCR כדי להגביר את ה- DNA. טען את ה- DNA על ג'ל אגרוז ובצע אלקטרופורזה כדי לכמת את גודל ה- DNA המיקרוביאלי. בפרוטוקול הבא נבודד דנ"א מצואה כדי לנתח את השפעת EE על מיקרוביוטה של המעי הגס בעכבר הגידולי.

- השתמש בערכה מסחרית כדי לבודד DNA מיקרוביאלי מהצואה בעקבות פרוטוקול זיהוי פתוגן בצואה. כאשר עושים זאת, מעבירים את הדגימות מהמקפיא מינוס 80 מעלות צלזיוס על קרח יבש ושוקלים אותן. לאחר מכן, הגדר PCR שמגביר את הדנ"א המיקרוביאלי כמתואר בפרוט