בדיקת חממת מטבעות לחקר אינטראקציות תחרותיות בין זני חיידקים

התחל עם שני זני חיידקים, ייחוס ומתחרה, שכל אחד מהם מבטא סמן פלואורסצנטי מובהק לזיהוי זנים.

מערבבים את הזנים בפרופורציות שוות ומניחים את התערובת על צלחת אגר.

דגרו על הצלחת כדי לאפשר לזנים לגדול ולקיים אינטראקציה.

המתחרה מתחרה בזן הייחוס באמצעות מנגנונים תלויי מגע או בלתי תלויים במגע.

בתחרות תלוית מגע, המתחרה משתמש במערכות הפרשה מיוחדות כדי להעביר רעלים ישירות לזן הייחוס.

בתחרות שאינה תלויה במגע, המתחרה משחרר רעלים שמתפזרים לתווך שמסביב ונכנסים לזן הייחוס.

רעלים אלה משבשים תהליכים חיוניים בזן הייחוס, כולל סינתזת דופן התא, שכפול DNA וסינתזת חלבונים, מה שמוביל לעצירת גדילה, מוות תאים וביטוי פלואורסצנטי מופחת.

לאחר הדגירה, בדוק את הצלחת תחת מיקרוסקופ פלואורסצנטי.

פלואורסצנטיות מופחתת בזן הייחוס, בהשוואה לפלואורסצנטיות הבהירה יותר של המתחרה, מעידה על אינטראקציות תחרותיות.

כדי לערבב את זן הייחוס וזן המתחרה ביחס של אחד לאחד, הוסף 100 מיקרוליטר מכל זן מנורמל ל-OD 1.0 לצינור צנטריפוגה מסומן של 1.5 מיליליטר ומערבולת למשך שנייה עד שתיים. כבקרה, ערבבו את זן הייחוס עם גרסה מתויגת דיפרנציאלית של עצמו ושל מערבולת.

זה קריטי להשיג את יחס ההתחלה הנכון מכיוון שהוא יכול לשנות במידה ניכרת את תוצאת הניסוי. כדי להבטיח הצלחה, שלב זה עשוי לדרוש אופטימיזציה עבור זן חיידקים נתון. לאחר חזרה על שלב זה עבור כל שכפול ביולוגי, צריכים להיות ארבעה שכפולים ביולוגיים עם זני ייחוס מתויגים באופן דיפרנציאלי כבקרות וארבעה שכפולים ביולוגיים עם זני ייחוס ומתחרים מתויגים באופן דיפרנציאלי.

כדי ליצור כתמי תרבית שישמשו למיקרוסקופיה פלואורסצנטית לאחר הדגירה, הוסף 10 מיקרוליטר מכל תערובת בקרה וניסיונית על צלחת פטרי המכילה אגר LBS. לאחר שהכתמים התייבשו לחלוטין על הספסל, דגרו את הצלחות בחום של 24 מעלות צלזיוס למשך 24 שעות.