FFPE Tumor Tissue Macrodissection: טכניקה להשגת רקמת גידול ספציפית מדגימות לא מוכתמות

רלוונטיות תעשייתית למנהלים

מקרו-דיסקציה (macrodissection) של רקמת גידול בשימור FFPE מאפשרת בידוד מדויק של אזורים סרטניים מדגימות שאינן צבועות, ובכך תומכת באנליזות גנומיות המשך במחקרים על סרטן במערכת העיכול. טכניקה זו משפרת את תיקוף המטרה על ידי אספקת DNA של גידול מpurified, מפחיתה זיהום של הסטרומה ומשפרת את איכות הנתונים לאפיון מוטציות ומתילציה. היא נותנת מענה לאתגר מרכזי בשלב הגילוי: השגת חומר גידולי הומוגני מדגימות ארכיוניות לצורך הפחתת סיכונים מכניסטיים וגילוי סמנים ביולוגיים.

יישומים אסטרטגיים במחקר ופיתוח בביו-פארמה

גילוי מוקדם ותיקוף מטרה

• ערך מדעי: מאפשר בחינה של שינויים גנומיים ספציפיים לגידול באמצעות בידוד תאי סרטן מחתכים הטרוגנאיים של FFPE.
• ערך תפעולי: תומך בהפחתת סיכונים ביולוגיים באמצעות זיהוי מדויק של אזורי גידול בעזרת צביעת ייחוס של H&E.
• ערך ניבוי: משפר את הביטחון בתיקוף המטרה על ידי מזעור זיהום של רקמה נורמלית בבדיקות מבוססות DNA.

סריקה ופיתוח בדיקה

• מוכנות הבדיקה: הכנת תבניות DNA בדרגת טיהור גבוהה המתאימות לפלטפורמות של סריקת מוטציות ומתילציה ברחבי הגנום.
• שחזוריות: סטנדרטיזציה של כמות הרקמה המוזנת באמצעות מקרו-דיסקציה ידנית המונחית על ידי שקופיות ייחוס צבועות.
• יכולת הרחבה: יישום על פני מספר בלוקים של FFPE עבור מאמצים לגילוי סממנים ביולוגיים מבוססי קוהורט.

מחקר תרגומי ופרה-קליני

• המשכיות תרגומית: מקשרת בין ניתוח של דגימות ארכיוניות לבין תיקוף תפקודי במודלים פרה-קליניים של סרטן מערכת העיכול.
• התאמת סמנים ביולוגיים: תומכת בגילוי של סמנים ביולוגיים המונעים על ידי מתילציה, באמצעות אפשור של פרופיל אפיגנטי נקי של אפיתל הגידול.
• קידום מותאם סיכון: משפרת את הפחתת הסיכונים החזויה על ידי הבטחה כי קריאות מולקולריות משקפות את הביולוגיה האמיתית של הגידול.

שילוב תהליכי עבודה וצינורות עיבוד

השיטה משתלבת ברצף הגילוי, החל מבדיקת היפותזת מטרה ועד לזיהוי מוביל (lead identification), ובמיוחד כאשר נעזרים באוספי FFPE ארכיוניים לצורך תיקוף רטרוספקטיבי של סמנים ביולוגיים.

• ביולוגיה של הגילוי: תומך בחקר מונחה-השערות של גנים מדכאי גידולים ומסלולים אונקוגניים באמצעות מיצוי DNA מומס.
• סריקה: מאפשר פרופיל אפיגנטי ומוטציוני מהימן על ידי אספקת ליזטים של רקמות עם רמה מופחתת של מזהמים.
• אנליטיקה: מייצר מדדי כמות ואיכות של תנובת ה-DNA, החיוניים לריצוף וליישומים מבוססי מערכים (arrays) בשלבים הבאים.
• מחקר תרגומי: מקשר בין ממצאים מולקולריים מדגימות אנושיות למודלים מכניסטיים באמצעות הכנה עקבית של רקמות.
• שימוש חוזר ארגוני: מבסס מודול להכנת רקמות הניתן לשימוש חוזר עבור תוכניות של סמנים ביולוגיים לאונקולוגיה במגוון התוויות של מערכת העיכול.

השפעה תפעולית וארגונית

• ערך מדעי: מגביר את הביטחון החזוי בתיקוף מטרות על ידי הפחתת דילול סטרומלי בניתוחים גנומיים.
• ערך תפעולי: מבצע סטנדרטיזציה של הכנת הדגימות באמצעות מקרו-דיסקציה מונחית H&E ומיצוי DNA מוגן מפני פרוטאז.
• ערך אסטרטגי: משפר את קבלת החלטות go/no-go על ידי הגברת אמינות הנתונים בהערכת מטרות בשלב מוקדם.
• השפעה על הפורטפוליו: מאפשר תיעוד עדיפויות של מטרות מבוסס סיכונים, בהתבסס על נתונים מולקולריים ברמת דיוק גבוהה מדגימות ארכיוניות.

שיקולי יישום

• דורש מומחיות בהיסטופתולוגיה כדי לזהות במדויק אזורי גידול על גבי שקופיות ייחוס צבועות ב-H&E.
• תלוי בתשתית של מיקרוטום ושקופיות זכוכית עבור חיתוך והרכבה של דגימות FFPE.
• מחייב שימוש בבופר ל ייס (lysis buffer) ובפרוטאז סטנדרטיים (למשל, subtilisin) להשגת השגה עקבית של DNA בין סדרות שונות.
• חייב להתחשב בהטרוגניות של הרקמה ובעובי החיתוך בעת ביצוע סקאלינג למספר דגימות.
• מוגבל על ידי דגרדציה של RNA ב-FFPE; מתאים ביותר ליישומים מבוססי DNA, אלא אם כן הוא משולב עם שיטות לייצוב RNA.

שאלות נפוצות בתחום הביופארמה