טכניקת ספקטרוסקופיית הדיכרואיזם המעגלי לחקר אינטראקציות DNA-חלבון

חלבוני שיפוץ כרומטין תלויי ATP מווסתים את ביטוי הגנים בכרומטין ארוז היטב על ידי שינוי קונפורמציה של ה-DNA באופן תלוי ATP.

כדי לחקור אינטראקציות כרומטין מחדש-DNA באמצעות דיכרואיזם מעגלי, או ספקטרוסקופי CD, קח תמיסה של אוליגונוקלאוטידים דו-גדיליים של DNA. מחממים כדי לנטרל את האוליגונוקלאוטידים, ומניחים על קרח.

קירור מהיר גורם לדנ"א להתחדש תוך יצירת מבנים משניים. אזור המעבר מכפול לגדיל יחיד מספק אתר קשירה אופטימלי עבור משפצי הכרומטין.

הוסף את ה- DNA מקורר בחום לקובטה. הוסף מאגר המכיל שיפוץ כרומטין תלוי ATP, ATP ויוני מגנזיום.

השיפוץ נקשר ל-DNA, ואחריו נקשר ATP מורכב יוני מגנזיום לחלבון - ומפעיל אותו. השיפוץ המופעל מבצע הידרוליזה של ATP - וגורם לקונפורמציה של לולאת גזע ב-DNA.

העבירו אור מקוטב מעגלי שמאלה וימינה - עם הפרש פאזה של 90° - דרך הדגימה. DNA כיראלי אופטי סופג את האור המקוטב מעגלי שמאל וימין בהיקפים שונים.

הבליעה הדיפרנציאלית, המכונה דיכרואיזם מעגלי, גורמת לכך שהאור המועבר מקוטב אליפטית, הנמדדת כאליפטיות. שתי פסגות חיוביות באורכי גל ספציפיים בספקטרום CD מאשרות את מבנה לולאת הגזע.

הוסף EDTA כדי לקלוט את יוני המגנזיום, ולעכב את פעילות ה-ATPase.

שינוי בספקטרום ה-CD בעת כלציה - המראה שיא שלילי ושיא חיובי רחב באורכי גל ספציפיים - מצביע על הפרעה בקונפורמציה של לולאת הגזע בהיעדר הידרו