Name: LeafJ: תוסף ImageJ למדידת צורת עלה חצי אוטומטית (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2013-01-21T12:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 14 s
Description: למד מדידת צורת עלה אוטומטית בקנה מידה גדול באמצעות תוסף LeafJ ל-ImageJ. השיטה מאפשרת ניתוח מהיר של מורפולוגיית עלים ותאים במחקרי צמחים.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

LeafJ נכתב על ידי תל&quot;י בזמן שהוא היה בשנת השבתון במעבדתו של ד&quot;ר קתרין פולארד במכון גלדסטון. עבודה זו נתמכה על ידי מענק מהקרן הלאומי למדע (מענק מספר IOS-0923752).

1. חומרים צמחיים שים לב שפרוטוקול גידול צמחים שזה מכוון לאיתור תגובת הימנעות צל. ניתן לגדל צמחים בתנאים המועדפים עליך. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מפזרי זרעי thaliana ארבידופסיס על מים ספוגים ניירות סינון ב 9 מנות סנטימטר הפטר וחנויות (רבד) ב 4 ° C במשך ארבעה ימים בחושך. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> להעביר צלחות פטרי אלה לתנאי יום ראשון מדומים: μE קרינת 80-100 photosynthetically פעילה (PAR) ותוספת מרחיקה אדומה להביא R: יחס FR ל1.86. השתמש בתנאי יום ארוכים (16 שעות אור / שעה אפלה 8) וטמפרטורה קבועה של 22 ° C. דגירה במצב זה במשך שלושה ימים על מנת לאפשר לזרעים לנבוט. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> העברת הזרעים מונבטים לאדמה ולשמור על צמחים בתנאי יום ראשון לניסויים בקנה מידה גדול, אנו ממליצים להכין תגים קטנים לתיוג כל צמחים באמצעות מיזוג נתוני מנהל ב-Microsoft Word 2004 (או מאוחר יותר) להדפסת תוויות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> עשרה ימים לאחר transfer לאדמה, להעביר מחצית מהצמחים לתנאי צל: כמו שמש אבל עם אור משלים מרחיקה אדומה כדי להביא את יחס R / FR ל0.52. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לאחר 12 ימים נוספים, הצמחים מוכנים להדמית עלה. בשלב זה את העלים המבוגרים הבשילו באופן מלא ואילו עלים צעירים עדיין מתרחבים, כך שאתה ללכוד תמונת מצב של פיתוח. ייתכן שתרצה לבחור זמן התפתחותי שונה בהתאם לצרכימים שלך. </li></ol> 2. לכידת תמונות עלים גזורים <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכן גיליונות שקפים שכותרתו עם גנוטיפ צמח ומצב צמיחה עם חמש מסגרות מלבניות. מסגרת אחת מתאימה לעלים מצמח אחד. Microsoft Excel יכול לשמש להדפסת רשת בקנה אחד עם תוויות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לנתח עלים של צמחים ישנים 26 יום. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הסריקה יוצאת ב600 dpi בסורק שטוח מיטה. שים לב שיוצא ממפעל אחד צריך להיות ממוקם אנכי בתוך חלון שחור בכריך של יריעות שקופות. הימנע מעלים נוגעיםלמסגרת שחורה חלון ועלים חופפים, אשר תיתנה לי טעויות בהליכים הבאים. </li></ol> 3. ניתוח תמונת עלה ידי LeafJ <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ההורדה ImageJ גרור את קובץ LeafJ.jar לתוך תיקיית plugins של ImageJ. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> פתח קובץ תמונה בImageJ 1.45s או במאוחר 14. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לפצל את התמונה לאפיקים השלושה צבעים (אדום, ירוק וכחול) על ידי &quot;תמונת צבע&gt;&gt; ערוצי Split&quot; ולהחיל סף לתמונה בערוץ הכחול. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בחר את כל העלים מצמח אחד על ידי כלי מלבן (איור 1 א). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בחר &quot;LeafJ&quot; מתפריט התוסף. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בחר מידע ליאור הצמח הזה מתיבת הדו השיח שמופיעה. אתה יכוללערוך את ערכי ברירת המחדל שמופיעים כאן על ידי לחיצה על &quot;ערוך אפשרויות אלה&quot;. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לאחר הפעלת תוסף LeafJ ולפני הלחיצה על כפתור &quot;אישור&quot;, לערוך לייחס קווים מאזור חלון עניין (ROI) מנהל (במידת צורך; 1B איור). לוח עם מסך מגע (כמו האייפד) שימושי להליך זה. אייפדים יכולים להיות מחוברים למחשב כצג חיצוני באמצעות תוכנת תצוגת אוויר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> יצוא תוצאות מדידה ומידע משויך (שמות קבצים, זמן פריחה, משופע ב, שנמדד על ידי, וכו &#39;) ל-Microsoft Excel או תוכנה מקבילה. </li></ol> 4. ניתוח תמונת תא עלה בImageJ <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> התקן גזור משאיר כמתואר ב15 התייחסות לאחר הסריקה (שלב 2). עלים קבועים FAA יכולים להיות כל זמן ב4 מעלות צלזיוס למשך 6 חודשים לפחות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> נקה את העלים על ידי שינוי מקבע-FAA לפתרון כלורל ועלי אינקובטורים ל1 ~ 2 שעות לפני התצפית מיקרוסקופית 15. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ההר משאיר במיילcroscope מחליק עם trichomes פונה כלפי מעלה. באמצעות הגדלת 40X במתחם מיקרוסקופ, תמונת שכבת mesophyll של מרכז כל עלה משני צדדיו של הווריד הראשי, הימנעות מתאים הסמוכים trichomes או ורידים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> תא עלה עקבות מתאר ידי כלי מנהל ROI ImageJ עם סיוע של לוח עם מסך מגע וסטיילוס (כמתואר בשלב 3). ניתוח תמונת תא משתמש בתכונות המוכללות של ImageJ אך אינו מחייב LeafJ. </li></ol>

<ol><li>Furbank, R. T., Tester, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phenomics--technologies+to+relieve+the+phenotyping+bottleneck%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Plant+Sci%22%5BJournal%5D)">Phenomics--technologies to relieve the phenotyping bottleneck.</a> Trends Plant Sci. 16, 635-644 (2011).</li>
<li>Berger, B., Parent, B., Tester, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-throughput+shoot+imaging+to+study+drought+responses%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Exp.+Bot%22%5BJournal%5D)">High-throughput shoot imaging to study drought responses.</a> J. Exp. Bot. 61, 3519-3528 (2010).</li>
<li>Borevitz, J. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Natural+genetic+variation+for+growth+and+development+revealed+by+high-throughput+phenotyping+in+Arabidopsis+thaliana%5BTitle%5D)+AND+%22G3+%28Bethesda%29%22%5BJournal%5D)">Natural genetic variation for growth and development revealed by high-throughput phenotyping in Arabidopsis thaliana.</a> G3 (Bethesda). 2, 29-34 (2012).</li>
<li>Albrecht, D. R., Bargmann, C. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-content+behavioral+analysis+of+Caenorhabditis+elegans+in+precise+spatiotemporal+chemical+environments%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Methods%22%5BJournal%5D)">High-content behavioral analysis of Caenorhabditis elegans in precise spatiotemporal chemical environments.</a> Nat. Methods. 8, 599-605 (2011).</li>
<li>Chitwood, D. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Native+environment+modulates+leaf+size+and+response+to+simulated+foliar+shade+across+wild+tomato+species%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Native environment modulates leaf size and response to simulated foliar shade across wild tomato species.</a> PLoS ONE. 7, e29570(2012).</li>
<li>Chitwood, D. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+developmental+trajectory+of+leaflet+morphology+in+wild+tomato+species%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Physiol%22%5BJournal%5D)">The developmental trajectory of leaflet morphology in wild tomato species.</a> Plant Physiol. 158, 1230-1240 (2012).</li>
<li>Casal, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Shade+Avoidance%5BTitle%5D)+AND+%22The+Arabidopsis+Book%22%5BJournal%5D)">Shade Avoidance.</a> The Arabidopsis Book. , e0157(2012).</li>
<li>Smith, H. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSmith%2C+H+%22Photomorphogenesis+in+Plants%22">Photomorphogenesis in Plants</a>. Kendrick, R. E., Kronenberg, G. H. M. , Kluwer Academic Publishers. 377-416 (1994).</li>
<li>Iwata, H., Ukai, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SHAPE%3A+a+computer+program+package+for+quantitative+evaluation+of+biological+shapes+based+on+elliptic+Fourier+descriptors%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Hered%22%5BJournal%5D)">SHAPE: a computer program package for quantitative evaluation of biological shapes based on elliptic Fourier descriptors.</a> J. Hered. 93, 384-385 (2002).</li>
<li>Bylesjo, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((LAMINA%3A+a+tool+for+rapid+quantification+of+leaf+size+and+shape+parameters%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">LAMINA: a tool for rapid quantification of leaf size and shape parameters.</a> BMC Plant Biol. 8, 82(2008).</li>
<li>Weight, C., Parnham, D., Waites, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((LeafAnalyser%3A+a+computational+method+for+rapid+and+large-scale+analyses+of+leaf+shape+variation%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+J%22%5BJournal%5D)">LeafAnalyser: a computational method for rapid and large-scale analyses of leaf shape variation.</a> Plant J. 53, 578-586 (2008).</li>
<li>Backhaus, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((LEAFPROCESSOR%3A+a+new+leaf+phenotyping+tool+using+contour+bending+energy+and+shape+cluster+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22New+Phytol%22%5BJournal%5D)">LEAFPROCESSOR: a new leaf phenotyping tool using contour bending energy and shape cluster analysis.</a> New Phytol. 187, 251-261 (2010).</li>
<li>Tsukaya, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mechanisms+of+Leaf-shape+determination%5BTitle%5D)+AND+%22Annual+Review+of+Plant+Biology%22%5BJournal%5D)">Mechanisms of Leaf-shape determination.</a> Annual Review of Plant Biology. 57, 477-496 (2006).</li>
<li>Abramoff, M. D., Magalhaes, P. J., Ram, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Image+Processing+with+ImageJ%5BTitle%5D)+AND+%22Biophotonics+International%22%5BJournal%5D)">Image Processing with ImageJ.</a> Biophotonics International. 11, 36-42 (2004).</li>
<li>Horiguchi, G., Fujikura, U., Ferjani, A., Ishikawa, N., Tsukaya, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Large-scale+histological+analysis+of+leaf+mutants+using+two+simple+leaf+observation+methods%3A+identification+of+novel+genetic+pathways+governing+the+size+and+shape+of+leaves%5BTitle%5D)+AND+%22Plant.+J%22%5BJournal%5D)">Large-scale histological analysis of leaf mutants using two simple leaf observation methods: identification of novel genetic pathways governing the size and shape of leaves.</a> Plant. J. 48, 638-644 (2006).</li>
<li>Horiguchi, G., Ferjani, A., Fujikura, U., Tsukaya, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Coordination+of+cell+proliferation+and+cell+expansion+in+the+control+of+leaf+size+in+Arabidopsis+thaliana%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Plant.+Res%22%5BJournal%5D)">Coordination of cell proliferation and cell expansion in the control of leaf size in Arabidopsis thaliana.</a> J. Plant. Res. 119, 37-42 (2006).</li>
<li>Pierik, R., de Wit, M., Voesenek, L. A. C. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Growth-mediated+stress+escape%3A+convergence+of+signal+transduction+pathways+activated+upon+exposure+to+two+different+environmental+stresses%5BTitle%5D)+AND+%22New.+Phytol%22%5BJournal%5D)">Growth-mediated stress escape: convergence of signal transduction pathways activated upon exposure to two different environmental stresses.</a> New. Phytol. 189, 122-134 (2011).</li>
</ol>

אין ניגודי האינטרסים הכריזו.

התוסף שלנו &quot;LeafJ&quot; מאפשר מדידת אורך פטוטרת חצי אוטומטית, הגדלת תפוקה כמעט 6 פעמים במדידה ידנית. אורך פטוטרת הוא מדד חשוב של SAS וגם לציון דרך של תופעות אחרות, כגון התנגדות שקיעה וצמיחת hyponastic 17. לכן תוסף זה יכול להיות שימושי למגוון רחב של חוקרי צמחים. התוסף שלנו מיושם בתוכנה מבוססת היטב מבוססת ג&#39;אווה חופשיה, ImageJ. זה מאפשר התקנה קלה בפלטפורמות. קלות השינוי של התכנית היא גם יתרון של...

<html><table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> שם המגיב </td><td> חברה </td><td> מספר קטלוגים </td><td></td></tr><tr><td> אור מרחיק נורית אדומה </td><td> Orbitec </td><td> המנהג עשה </td><td></td></tr><tr><td> שקיפות </td><td> אייקון </td><td> HSCA / 5 </td><td></td></tr><tr><td> סורק </td><td> Epson </td><td> Epson Perfection V700 PHOTO </td><td></td></tr><tr><td> התמונה J </td><td> NIH </td><td></td><td> <a href="http://rsbweb.nih.gov/ij/" target="_blank">http://rsbweb.nih.gov/ij/</a> </td></tr><tr><td> LeafJ </td><td> מנהג </td><td></td><td> <a href="http://www.openwetware.org/wiki/Maloof_Lab" target="_blank">http://www.openwetware.org/wiki/Maloof_Lab</a> </td></tr><tr><td> אוויר תצוגה </td><td> Avatron תוכנה בע&quot;מ </td><td></td><td>ריק &quot;&gt; http://avatron.com/ </td></tr><tr><td> iPad2 </td><td> אפל </td><td></td><td> <a href="http://www.apple.com/" target="_blank">http://www.apple.com/</a> </td></tr></tbody></table>

leafj: תוסף imagej למדידת צורת עלה חצי אוטומטית

LeafJ: An ImageJ Plugin for Semi-automated Leaf Shape Measurement

phenotyping תפוקה הגבוהה (Phenomics) הוא כלי רב עצמה לקישור גנים לתפקידם (ראה 1 ביקורת והדוגמות אחרונות 2-4). עלים הם איבר הפוטוסינתזה הראשוני, והגודל וצורתם משתנים התפתחותית והסביבה בתוך מפעל. מסיבות אלה מחקרים על מורפולוגיה עלה דורשים מדידה של מספר פרמטרים מעלים רבים, שנעשה על ידי מיטב כלים אוטומטיים למחצה Phenomics 5,6. צל חופה הוא רמז סביבתי חשוב שמשפיע על אדריכלות מפעל ותולדות חיים; החבילה של תגובות נקראת באופן קולקטיבי תסמונת הימנעות הצל (SAS) 7. בין תגובות SAS, התארכות צל מושרה עלה פטוטרת ושינויים באזור הלהב הם שימושיים במיוחד כמדדי 8. נכון להיום, תוכניות צורת עלים (למשל SHAPE 9, Lamina 10, 11 LeafAnalyzer, LEAFPROCESSOR 12) יכולות למדוד את קווי מתאר עלים ולמיין צורות עלים, אבל לא יכול פלט אורך פטוטרת. חוסר מערכות מדידה בקנה מידה הגדולה של פטוטרות עלה יש עכבות גישות Phenomics לSAS מחקר. במאמר זה, אנו מתארים תוסף חדש שפותח ImageJ, נקרא LeafJ, שמהירות יכול למדוד אורך פטוטרת ופרמטרי להב עלה של צמח המודל ארבידופסיס thaliana. לעלה מזדמן שתיקון ידני הנדרש של גבול להב הפטוטרת / עלה הייתי לוח עם מסך מגע. יתר על כן, צורת תא עלה ומספרים סלולריים עלים הם גורמים חשובים בגודל העלה 13. נפרד מLeafJ אנחנו גם מציגים פרוטוקול לשימוש במחשב לוח עם מסך מגע למדידת צורת תא, שטח וגודל. מערכת מדידת תכונת עלנו אינה מוגבלת למחקר צל, הימנעות ותאיץ phenotyping עלה של מוטציות רבות וצמחים על ידי הקרנת phenotyping עלה.

1. תמונות עלים מציגים אומדני הפטוטרת וגבול להב עלה, ועל חלון המדידה שלהם אחת התכונות השימושיות ביותר של LeafJ הוא זיהוי אוטומטי של גבול להב / פטוטרת עלה (איור 1). אלגוריתם LeafJ עובד כדלקמן: הפונקציונליות המובנית ParticleAnalyzer ImageJ משמש כדי למצוא ולקבוע את הכיוון של העלים הפנימיים של בחירת המשתמש. לכל עלה הרוחב של העלה נקבע לאורך כל הציר של העלה. ואז השינוי ברוחב בכל עמדה על הציר נקבע באמצעות ח...

הדגמה של שיטות עיקריות למדידה עלתה תפוקה גבוהה. שיטות אלה יכולים לשמש כדי להאיץ phenotyping עלה כאשר לומדים הרבה מוטנטים צמחיים או אחר על ידי צמחי הקרנה פנוטיפ עלה.

LeafJ: תוסף ImageJ למדידת צורת עלה חצי אוטומטית

High throughput phenotyping (phenomics) is a powerful tool for linking genes to their functions (see review1 and recent examples2-4). Leaves are the ...

מטרת הליך זה היא להפוך את מדידת צורת העלים לאוטומטית עבור ניסויים בתפוקה גבוהה. זה מושג על ידי ניתוח העלים והדמתם באמצעות סורק שטוח. השלב השני של ההליך הוא שימוש בתוסף עלה J כדי לזהות ולמדוד את העלים.השלב השלישי הוא הכנת העלים למיקרוסקופיה וצילום באמצעות מיקרוסקופ מורכב. השלב האחרון הוא לעקוב אחר קווי המכירה בתמונות שנרכשו באמצעות טאבלט עם מסך מגע. בסופו של דבר, התוצאות יכולות להראות הבדלים בצורת העלה, גודל התא ומספר התא באמצעות שילוב זה של ניתוח תמונה.היתרון העיקרי של טכניקה זו על פני השיטות הקיימות הוא המהירות שלה. זה מהיר בערך פי שישה ממדידה ידנית. אנשים ידעו ששיטה זו עלולה להיאבק מכיוון שמיקום נכון של עלים הוא קריטי לניתוח במורד הזרם, ומכיוון שהרכבת עלים על מגלשות יכולה להיות מאתגרת מבחינה טכנית.הרעיון לשיטה הזו עלה לי לראשונה כשהבנתי שיש לנו כ-15,000 עלים לנתח, ולעשות את זה ביד ייקח חודשים רבים ויהיה משעמם להפליא, מה שמדגים שטכניקת דיסקציה של צמחים תגרום לנוירו-זואה. מדען מחקר מהמעבדה שלי התחיל בהכנת יריעות שקיפות בגודל 8.5 על 11 אינץ'. יש לפצל כל גיליון למסגרות מלבניות, גדולות מספיק כדי להכיל את העלים מצמח אחד, לחדד את יריעת השקיפות השנייה לגיליון המודפס כדי לשמש ככיסוי למניעת התייבשות העלים.תווית עם הצמח, הגנוטיפ ומצב הגידול. מנתחים את העלים של צמחי היום ה -26. סדרו את העלים על השקיפות בסדר טקטי מהצעיר למבוגר ביותר.מקם את העלים אנכית בתוך המסגרת מבלי לגעת בגבול או לחפוף דפים אחרים. אחרת, יתעוררו בעיות במהלך הניתוח, חשוב עלים מזרחיים אנכית לא נוגעים, מסגרת, לא חופפים עם העלים מסודרים. כריך אותם עם דף השקיפות הריק השני ומתלה כדי לשמור על העלים שטוחים.לאחר מכן, צרו תמונה באמצעות סורק שטוח עם רזולוציה של 600 נקודות לאינץ' לפחות. התחל בהתקנת התוסף. הורד את תמונה J וגרור את קובץ העלה jja לתיקיית התוספים של תמונה J.כאשר נעשה שימוש בתמונה J, התוסף עלה J יהיה זמין כעת.המשך בפתיחת קובץ תמונת העלה בתמונה J.ודא שתמונה J היא גרסה 1.45 שניות ואילך. פצלו את התמונה לשלושה ערוצי צבע, אדום, ירוק וכחול בלחיצה על ערוצי פיצול צבע בתמונה. לאחר מכן, החל סף על התמונה בערוץ הכחול.כעת בחר את כל העלים מצמח אחד באמצעות כלי הבחירה המלבני ולאחר מכן בחר את התוסף עלה J. התוסף יפתח כעת תיבה המאפשרת להגדיר את התנאים השונים של הניסוי, כגון קבוצת ניסוי וגנוטיפ. לפני שתמשיך, ערוך אפשרויות אלה, ולאחר מכן בחר את התנאים עבור העלים שנבחרו באזור העניין וספק שם תיאורי.לחץ על המשך ועלה J יתאר אוטומטית כל עלה עם תמונת החזר השקעה ייחודית. שגרות J מתאימות לאליפסה ללהב ומחשבות את הצירים העיקריים והקטנים של אותה אליפסה במידת הצורך. ערוך את קווי המעקב באמצעות חלון מנהל ההחזר על ההשקעה.טאבלט עם מסך מגע המחובר כצג חיצוני יכול להיות שימושי עבור הליך זה. כאשר הגבולות מוגדרים כהלכה, בצע את הניתוח על ידי לחיצה. אוקיי, עכשיו עלה J מוציא את אורך עלי הכותרת וגיאומטריות שונות של להב העלה.בסופו של דבר, ייצא את תוצאות המדידה והמידע המשויך לגיליון אלקטרוני. לאחר סריקת הדפים, תקן אותם ב-F-A-A-F-A. ניתן לאחסן עלים קבועים בארבע מעלות צלזיוס עד שישה חודשים.התקדמות שעה או שעתיים לפני הדמיית העלים מנקים את העלים על ידי החלפת קיבוע ה-FAA לתמיסת כלורו-הידרט. לאחר הניקוי, הרכיבו עלים על שקופיות עם טריכומות כלפי מעלה באמצעות הגדלה של פי 40 על תמונת מיקרוסקופ מורכבת, שכבת המסיל של מרכז כל עלה משני צידי הווריד הראשי, תוך הימנעות מתאים ליד טריכומות או ורידים. כדי למנוע קשיים בעיבוד תמונה, חשוב להסיר את כל בועות האוויר מהשקופיות בעת הרכבת עלים וגם לקבל תמונות ממוקדות בשלב הבא.לאחר איסוף התמונות הרצויות, פתח אחת בתמונה J ועקוב אחר קווי המתאר של תאי העלה באמצעות כלי מנהל JROI של תמונה בעזרת טאבלט מסך מגע ועט. פעולה זו אינה משתמשת בתוסף LEAF J. לפני השימוש ב-LEAF J לניסויים, הדיוק והמהירות של התוסף הושוו לאלו של חוקר מנוסה. הכולל.עלה J סיים 5.7 מהר יותר מהחישובים הידניים והשוואת הנתונים משתי השיטות הראתה שהתוצאות היו בקורלציה הדוקה עבור כל הפרמטרים שנמדדו מתוך 3,532 שהושוו. נקודות נתונים 172 היו חריגות. מבין החריגים הללו, 29 נגרמו על ידי תוסף LEAF J הרבה פחות מ-143 שנגרמו מטעות אנוש.במהלך מדידה ידנית, עלה J עודכן מאז כדי להפחית עוד יותר את מספר השגיאות. תוך הסתמכות על מדידות LEAF J, הוא שימש לבדיקת הימנעות מצל באמצעות מודל אפקטים מעורבים. הטיפול ומספר העלים היו השפעות קבועות והשכפול היה כאפקט אקראי.פרמטרים רבים הושפעו באופן משמעותי מטיפול בצל. לחלופין, חלק מהפרמטרים לא הושפעו באופן משמעותי מהצל. באמצעות ניתוח הדמיה בעזרת טבליה של פרמטרים של תאים, נבדקו 67 גנוטיפים של Arabidopsis ANA בסך הכל 8,629 תאים מ-877 עלים של 224 צמחים.לאחר מכן קובצו הגנוטיפים לשש מחלקות. לרוב הגנוטיפים יש גודל ומספר תאים נורמליים. עם זאת, לכמה מהם היה גודל תא גדול יותר עם מספר תאים תקין.בעוד שניסיון הליך זה חשוב להשתמש באקראיות ובתכנון ניסיוני בעת גידול הצמחים שלך, זכור שעבודה עם פורמלדהיד וכלורהידרט עלולה להיות מסוכנת ביותר. לכן יש לנקוט באמצעי זהירות כגון לבישת כפפות ועבודה במכסה המנוע בעת ביצוע הליך זה. לאחר צפייה בסרטון זה, אתה אמור להבין היטב כיצד לבצע סינון תפוקה גבוהה של פנוטיפים של עלים וצורת תא באמצעות תנאי הניסוי שלך בעקבות הליך זה.ניתן להשתמש בשיטות נוספות כמו ריצוף RNA כדי לענות על שאלות כמו אילו גנים מעצבים ביעילות.

leafj-an-imagej-plugin-for-semi-automated-leaf-shape-measurement

Research

JoVE Journal

Biology

ביולוגיה

פיתחנו תוכנת מחשב לנתח מורפולוגיה עצביים. בשילוב עם שני כלים הקיימים ניתוח קוד פתוח, התוכנית שלנו מבצעת ניתוח Sholl וקובע את מספר neurites, נקודות הסניף, וטיפים neurite. הניתוחים מבוצעים כך שינויים מקומיים במורפולוגיה neurite ניתן לצפות.

ניתוח אוטומטי של מורפולוגיה Sholl העצבית סרוקים בקני מידה מרובים

שיטות רומן בעזרת מחשב של רכש בקנה מידה גדול וניתוח של immunohistochemically דגימות הלבלב מוכתם מתוארים: (1) ללכוד Slice וירטואלי של הסעיף כולו; (2) ניתוח המוניים בקנה מידה גדול של נתונים, (3) שחזור וירטואלי Slices 2D ; (4) מיפוי 3D איון; ו (5) ניתוח מתמטי.

בסיוע מחשב ויזואליזציה בקנה מידה גדול כימות המוניים הלבלב איילט, התפלגות גודל ואדריכלות

מאמר זה מתאר את הכימות של מיקרוגרפים המוציטומטריים והנדידה/פלישה באמצעות שני תוספים חדשים של ImageJ בקוד פתוח, מחשבון ריכוז תאים ומונה בדיקת הגירה.  יתר על כן, הוא מתאר פרוטוקולי קליטת וכיול תמונה וכן דן בפירוט בדרישות הקלט של התוספים.

כימותים אוטומטיים וניתוח הליכי ספירה הניידת באמצעות תוספי ImageJ

מאמר זה מתאר שני תוספים ImageJ חדשניים לניתוח 'שעון סריקה' תמונה. תוספים אלה להרחיב את הפונקציונליות של התוכנית הבסיסית Visual 6 הבסיסית, והכי חשוב, להפוך את התוכנית זמינה לקהילת מחקר גדול על ידי bundling אותו עם ImageJ חינם תמונה ניתוח תוכנה החבילה.

שעון סריקה פרוטוקול ניתוח תמונה: Plugins ImageJ

אנו מציגים זרימת עבודה עבור הממיין וכימות עצמות trabecular לתמונות מימד מבוסס על הגבול החיצוני של העצם באמצעות תוסף ImageJ. גישה זו הוא יותר יעיל, מדויק יותר הגישה הנוכחית יד-עיצוב ידני ומספק שכבה-על quantifications, אשר אינן זמינות תוכנה מסחרית הנוכחי.

החיצוני-גבולות בסיוע פילוח, כימות של עצמות Trabecular על ידי תוסף Imagej

מיקרוגלייה הם תאים חיסוניים המוח כי סקר ולהגיב המוח שינו פיסיולוגיה באמצעות שינויים מורפולוגיות אשר עשויים להעריך באופן כמותי. זה מתאר פרוטוקול ImageJ מבוסס פרוטוקול ניתוח כדי לייצג מיקרוגלייה מורפולוגיה רציפה לנתונים על פי מדדים כגון הסתעפויות תא, המורכבות צורה.

לכימות מיקרוגלייה מורפולוגיה של Photomicrographs של אימונוהיסטוכימיה מוכן רקמות באמצעות ImageJ

הגודל והצורה של חלקיקים ב בוצה מופעל הם פרמטרים חשובים זה נמדדים באמצעות שיטות שונות. אי דיוקים נובעים דגימה בלתי מייצג, שיוצרת תמונות ופרמטרים ניתוח סובייקטיבית. כדי למזער שגיאות אלה להקל על המדידה, אנו מציגים פרוטוקול ציון בכל שלב, כולל צינור תוכנה של קוד פתוח.

מדידת לצורה ולגודל החלקיקים בוצה מופעל מרותק למיטה בטיפול אגר עם צינור תוכנה קוד פתוח

המאמר מתאר את הכמת של 1) את גודל ומספר של הידעיות מיקוד ו 2) אינדקס צורת תא ואת ההתפלגות שלה מתוך תמונות קונפוקלית וקד של המונאולאיירס הקונאולית של תאים MCF7.

קוונפיקציה של אזור הדבקה בתשתית התא והפצות צורות התא ב-MCF7 Cell Monolayers

פרימורדיה של עלי תירס עטופה ומגולגלת עמוק, מה שמקשה על מחקרם. כאן, אנו מציגים שיטות להכנת חתכים רוחביים ותושבות שלמות של פרימורדיה של עלי תירס להדמיה פלואורסצנטית וקונפוקלית.

שיטות משופרות להכנת חתכים רוחביים ותושבות שלמות לא מגולגלות של פרימורדיה של עלי תירס להדמיה פלואורסצנטית וקונפוקלית

הפרוטוקול שהוצג מציג מדידה דיגיטלית וניתוח של תכונות פיזיונומיות רציפות של עלים על עלים מאובנים כדי לשחזר פליאואקלים ופליאואקולוגיה באמצעות פיזיונומיה דיגיטלית של עלים ושיטות שחזור מסת עלים לכל אזור.

שחזור פליאואקלים ופליאואקולוגיה יבשתיים עם עלים מאובנים באמצעות פיזיונומיה דיגיטלית של עלים ומסת עלים לכל אזור

למד מדידת צורת עלה אוטומטית בקנה מידה גדול באמצעות תוסף LeafJ ל-ImageJ. השיטה מאפשרת ניתוח מהיר של מורפולוגיית עלים ותאים במחקרי צמחים.

LeafJ: תוסף ImageJ למדידת צורת עלה חצי אוטומטית

גלה סרטונים נוספים