שימוש במשטח סורקים לאיסוף תמונות-פקע זמן ברזולוציה גבוהה של ארבידופסיס רוט Gravitropic התגובה

המטרה הכוללת של סרטון זה היא להמחיש שיטה מבוססת סורק של לכידת תמונה ברזולוציה גבוהה של התגובה הטרופית השורשית באופסיס של צמח המודל. כדי להתחיל בפרוטוקול זה, זרעים ממלאי הזרעים המיועד נשתלים על צלחות פטרי המכילות מצע שקוף לאחר שהזרעים נבטו לפרק הזמן המיועד, צלחות פטרי מוסרות מתא הגידול, מוכנות לסריקה, ואז מונחות בסורקים שטוחים בכיוון אנכי. לאחר מכן הופכים את הלוחות ב-90 מעלות ונסרקים לפרק זמן מוגדר.

התמונות נשמרות במחשב או בהתקן אחסון נתונים ומשמשות מאוחר יותר לעיבוד תמונה. לפני רכישת התמונה, הכינו צלחות אגה המכילות את שתי רקמות הצמח הסרוקות B. ראשית, ספגו כל עיבוי שנאסף על המכסה והדפנות של צלחת ה-AGA בעזרת מגבון קים.

לאחר מכן, יש למרוח כמות נדיבה של Triton X 100 כדי למנוע עיבוי עתידי. לבסוף, סיים תהליך זה על ידי עטיפת הצלחת בסרט מיקרופור כדי לאבטח את המכסה ולאפשר לאוורור להתחיל ברכישת תמונה. הגדר תיקיות לשמירת התמונות במיקום הרצוי.

כל שם תיקיה מורכב מאוסף של מטה-נתונים המתייחסים למידע שיש לסרוק. בדוגמה זו, גיל, גודל ומלאי זרעים ייחודיים היו נתונים שנכללו בשמות התיקיות. לאחר מכן ניתן להעתיק ולהדביק מטה-נתונים אלה בשם תיקיה.

פרוטוקול זה מניח שנעשה שימוש ביותר מסורק אחד לאיסוף תמונות ומספק הוראות לחיבור סורקים מרובים למחשב אחד. מסיבה זו, מוגדרות שלוש תיקיות לשמירת תמונות. השלב הבא הוא הגדרת הטיימרים לזמן איסוף ייעודי.

מכיוון שיש עדיין לא מעט הכנה לעשות בשלב זה, הקפד לכוון את הטיימרים לקצת יותר זמן. לאחר מכן, הפעל את הסורק הראשון ופתח את תוכנית הסריקה view. תחת הכרטיסייה קלט, הגדר את המקור לסורק הנכון ואת התיבה הנפתחת חזרה אוטומטית לללא תחת הכרטיסייה חיתוך.

הגדר את אזור התצוגה המקדימה למקסימום ולחץ על תצוגה מקדימה. בחר תיבת חיתוך שתלכוד את אזור העניין והגדר את אזור התצוגה המקדימה לתיבת חיתוך. לאחר מכן הציגו שוב תצוגה מקדימה של התמונה.

כדי לשמור את הנתונים שנאספו במיקום הרצוי, לחץ על לשונית הפלט ומצא את שמות התיקיות שנוצרו בעבר התואמים לכל סורק. הפעל את הסורק הבא וחזור על סריקת התצוגה. הגדר הוראות עבור שני הסורקים האחרים, והקפד לבחור את התיקיות הנכונות לשמירת הנתונים.

חשוב גם לעבור על כל כרטיסייה ולוודא שכל הגדרות הסורק הן כרצונך. המעבדה שלנו מצאה שההגדרות הבאות מתאימות ביותר לסוג איסוף התמונות שמתבצע. עם זאת, סוגים שונים של איסוף תמונות עשויים לדרוש הגדרות אחרות.

לאחר בדיקת כל ההגדרות, בחר את כרטיסיית הקלט והגדר את התיבה הנפתחת חזרה אוטומטית לרציפה בכל שלושת הסורקים. הנח את הלוחות המוכנים בסורקים כשהשתילים מכוונים אופקית והנח באופן זמני את צד הלבד של הרקע כנגד הלוחות כדי להבטיח יציבות בסורק. אם מבצעים פרוטוקול זה עם בן זוג, אדם אחד מסובב את הלוחות ב-90 מעלות ומיד את הרקע המורגש, האדם השני לוחץ על כפתור הסריקה ושניהם מאבטחים את הרקע לסורק באמצעות כבל בנג'י.

חזרה על תהליך זה עבור סורקים 2 ו-3. סריקה מלאה של כל תמונה אמורה להימשך כשתיים עד שלוש דקות התמונות הסופיות יופיעו כפי שמוצג. מומלץ לבדוק את התיקיות שבהן נשמרות התמונות כדי לוודא שכולן נשמרות כהלכה.

אידיאלי לשמור את הסורקים באזור שיהיה נקי מהפרעות לסריקת הזמן המיועדת. כמו כן, כדאי לקחת בחשבון את התנאים הסביבתיים באזור הסריקה כדי להבטיח תגובות פנוטיפיות אידיאליות. התמונות הבאות הן דוגמאות לתמונות שנאספו בשיטה המתוארת בסרטון זה.

לוחות A ו-B ו-C ו-D הם התמונות הראשונות והאחרונות מתקופת סריקה אחת. A ו-B מציגים את האזור הסרוק המלא. בעוד ש-C ו-D הם אזור קצוץ של האזור הסרוק המציג לוח יחיד, ניתן להבחין במספר חוסר עקביות.

איור A מראה שונות בנביטה ובמסלול הגדילה. תמונה B מראה שצלחות יכולות לצבור עיבוי בעוד שתמונות C ו-D נחשבות לתוצאות טובות בשל הצמיחה החזקה של שתילים ואיכות התמונה לאורך כל הריצה. ההליך המתואר במאמר זה מתאים לנישה משלו בעולם הדמיית השורשים בכך שהוא תפוקה גבוהה ורזולוציה גבוהה תוך שהוא עדיין זול יחסית.

יתרון נוסף של גישה זו הוא שניתן להתאים אותה בקלות כדי להתאים לצרכי ההדמיה של קבוצת מחקר מסוימת. השיטה מותאמת גם להדמיה של אחרים.