Name: מדריך מעשי לphylogenetics לNonexperts (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2014-02-05T17:00:00.000+00:00
Duration: 12 min
Description: למד לבנות עצי פילוגנטיקה אמינים מרצפי DNA או חלבון באמצעות כלי BLAST, יישור רצפים ומודלי אבולוציה. מדריך זה מספק למחקרים מתחילים שיטה מובנית לניתוח יחסים אבולוציוניים בביואינפורמטיקה.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

אנו מודים לחברים במעבדה או &#39;האלורן להערות על כתב היד. אנו מודים לג&#39;ורג&#39; וושינגטון אוניברסיטת המחלקה למדעי ביולוגיה וקולומביאני המכללה לאמנויות ומדעים למימון לד &#39;האלורן.

1. מקומי יישור כלי חיפוש בסיסי (תפציץ): באינטרנט ממשק <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על קישור זה לבקר בשרת האינטרנט תפציץ 1 במרכז הארצי למידע ביוטכנולוגיה (צמח השדה). - <a href="http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi">Http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi</a> (איור 1). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> קלט רצף FASTA מעוצב טקסט (ראה איור 2 לדוגמא) לתוך תיבת השאילתה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על התכנית המתאימה תפציץ ומסד נתונים רלוונטיים או מינים בודדים של עניין להשתמש בחיפוש, ולאחר מכן לחץ על &quot;פיצוץ&quot;. הערה: רצף FASTA מעוצב מתחיל בשורת תיאור מצויינים על ידי סימן &quot;&gt;&quot;. התיאור חייב לעקוב מייד אחרי הסימן &quot;&gt;&quot;, הרצף (כלומר. נוקלאוטידים או חומצות אמינו) בצעו את תיאורו בשורה הבאה. הפלט מחיפוש הפיצוץ מוצג כ-HTML, טקסט רגיל, XML, או ta פגעBles (טקסט או csv) עם ברירת המחדל שנקבע ל-HTML (איור 3). </li></ol> 2. מקומי יישור כלי חיפוש בסיסי (תפציץ): הרצה מקומית <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הורד את ההרצה של שורת הפקודה האחרונה תפציץ תפציץ מהקישור הזה: <a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/</a> - </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ פעמיים על קובץ win32.exe הפיצוץ האחרון ולקבל את הסכם הרישיון ולחץ על התקנה: em&gt; למשתמשי ה-PC. הערה: מדריך התקנת ברירת המחדל הוא C: + צמח השדה-פיצוץ 2.2.27. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הגדר את משתנה סביבת המחשב באופן הבא: <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על המחשב &quot;התחל&quot; כפתור, ולאחר מכן לחץ לחיצה ימנית על &quot;מחשב&quot;, </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על &quot;מאפיינים&quot; ובמוקפץ לחץ על הלשונית &quot;המתקדמת&quot; </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על הכפתור &quot;משתני הסביבה&quot; ובקופץ החדשים לחץ על לחצן &quot;החדש&quot; תחת ה&quot;משתני משתמש למשתמש&quot; סעיף ה </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> במוקפץ להוסיף את השם המשתנה &quot;נתיב&quot; וערך משתנה &quot;C: צמח השדה-פיצוץ 2.2.27 + bin. הערה: בספריית bin מכילה את קובץ ההפעלה (כלומר blastp, וכו &#39;.).. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> em&gt; למשתמשי מקינטוש: פתח את יישום המסוף (לעשות &quot;Finder&quot; רק פתוח זה ולחפש &quot;טרמינל&quot; וזה יציג את הסמל &quot;מסוף&quot;). לסוג חלון המסוף: &gt; Ftp <a href="ftp://ftp.ncbi.nih.gov">ftp.ncbi.nih.gov</a> הערה: ניתן גם להקליד את כתובת האתר בשימוש מעל בדוגמא למחשב </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כדי לגשת לסוג אתר FTP צמח השדה &quot;בעילום שם&quot; לשם וסיסמא, ולאחר מכן סוג: &gt; פיצוץ cd / הרצה / האחרון </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> רשימת ההרצה על ידי הקלדה: &gt; Ls </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> קבל את הגרסה האחרונה על ידי הקלדת הפקודה הבאה (או מה הגרסה האחרונה הוא כרגע): 2; לקבל צמח השדה פיצוץ-2.2.7-macosx.tar.gz </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לצאת מאתר צמח השדה שרת FTP על ידי הקלדה &quot;יציאה&quot;. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לשחרר לחץ הקבצים שהורדו על ידי הקלדה: &gt; זפת xzf צמח השדה פיצוץ-2.2.7-macosx.tar.gz </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הוסף את המיקום של הקבצים בינאריים להפעלת הפיצוץ לנתיב שלך, כך שהקליפה יכולה לחפש דרך ספרייה זו כאשר מחפשת פקודות על ידי הקלדה: &gt; PATH = $ PATH: new_folder_location </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בדוק אם זה הוסיף את המיקום לנתיב שלך על ידי הקלדה: &gt; PATH הד $ </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הורד מסדי נתונים מעוצבים מראש תפציץ (אשר מתעדכנים מדי יום) על ידי לחיצה כאן: <a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/</a> </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מניחים את מסד הנתונים לתיקייה &quot;DB&quot;. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> em&gt; במחשב: פתח את שורת הפקודה של MS-DOS (לעשות קליק זה &quot;התחל&quot; והקלד &quot;cmd&quot; בשורת החיפוש) ולשנות את הספרייה לתיקיית צמח השדה הפיצוץ על ידי הקלדה: C: Users&gt; cd .. [מהלכיםעד תיקייה אחת] C: cd &gt; צמח השדה-פיצוץ 2.2.27 + זה יהיה לשנות את הספרייה: C: צמח השדה-פיצוץ 2.2.27 +&gt; </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ליצור את מסד הנתונים בעזרת הפקודה &quot;makedb&quot; הבאה: &gt; Makedb-בdb / db prot-out briggsae.fasta-dbtype / briggsae הערה: בדוגמא הבאה (איור 4) מסד נתונים בשם &quot;briggsae&quot; ומורכב מקבוצת הצמדה אחד מן האורגניזם Caenorhabditis briggsae. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> יצירת רצף חלבון שאילתה שנקרא &quot;מבחן&quot; על ידי החדרת רצף טקסט FASTA מעוצב חלבון לתוך התיקייה &quot;DB&quot;. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחקור את מסד הנתונים באמצעות חיפוש blastp ידי הקלדת הפקודה הבאה: &gt; Db blastp השאילתה / db test.txt-db / briggsae החוצה text.txt </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> em&gt; במקינטוש: להוריד מסד הנתונים עבור חיפושי פיצוץ מקומיים על ידי גישה לאתר האינטרנט של ה-FTP צמח השדה בהתאם להוראות לעיל (שלב 2.4) וסוג n: &gt; LCD .. / מסדי נתונים / </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הורד את הגנום או רצף של עניין על ידי הקלדה: &gt; לקבל NC_ [# הצטרפות]. FNA הערה: &quot;. FNA&quot; מתייחס לרצף נוקליאוטידים FASTA המעוצב ו&quot; ה-FAA. &quot;מתייחסת לרצפי חומצות אמינו FASTA מעוצבים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> סוג &quot;לפרוש&quot; כדי לצאת מאתר FTP. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> להפוך את מסד הנתונים על ידי הקלדה: &gt; Makeblastdb-ב/ db prot עכבר dbtype mouse.faa-out </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכנס רצף שאילתה מעוצב FAST לתוך התיקייה &quot;הסל&quot; ולחקור את מסד הנתונים עם את הפקודה הבאה: results.txt blastp השאילתה &quot;query.fasta&quot;-db &quot;מסד הנתונים שלך&quot; החוצה&gt; </li></ol> 3. יצירת יישור רצף מרובה <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על הקישורים הבאים כדי לגשת למערך תוכניות נפוצות מרובות רצף (MSA): ClustalW 6 <a href="http://www.clustal.org/">http://www.clustal.org/</a> קאליGN 7 <a href="http://msa.sbc.su.se/cgi-bin/msa.cgi">http://msa.sbc.su.se/cgi-bin/msa.cgi</a> MAFFT 8,9 <a href="http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/">http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/</a> שרירים 10 <a href="http://www.drive5.com/muscle/">http://www.drive5.com/muscle/</a> 11 T-קפה <a href="http://www.tcoffee.org/Projects/tcoffee/">http://www.tcoffee.org/Projects/tcoffee/</a> 12 PROBCONS <a href="http://toolkit.tuebingen.mpg.de/probcons">http://toolkit.tuebingen.mpg.de/probcons</a> </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על קישור זה - <a href="http://tcoffee.crg.cat/apps/tcoffee/do:regular">http://tcoffee.crg.cat/apps/tcoffee/do:regular</a> - ונתוני רצף מעוצבים FASTA הקלט לתוך תיבת השאילתה הערה: פלט לדוגמא מ-T-קפה שניתן לראות בתרשים 5, שאריות דומות מקודד לפי צבע. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הורד את ה-MSA Clustal כגרסת שורת הפקודה (ClustalW) או v גרפיersion (ClustalX) על ידי לחיצה על קישור זה: <a href="http://www.clustal.org/clustal2/">http://www.clustal.org/clustal2/</a> - ואז ללחוץ על ההפעלה המתאימה (כלומר נצחון, לינוקס, Mac OS X). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> להעלות את הנתונים כטקסט רצף FASTA מעוצב וליישר (איור 6). </li></ol> 4. קביעת מודלים הטוב ביותר בכושר של אבולוציה <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ כאן כדי להוריד את תכנית ProtTest 13: <a href="http://darwin.uvigo.es/our-software/">http://darwin.uvigo.es/our-software/</a> </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ברגע שProtTest מורד, לחץ פעמיים על קובץ ProtTest.jar </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ברגע שProtTest הוא הושק, לחץ על &quot;בחר קובץ&quot; ולטעון את נתוני הרצף (איור 7). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לאחר מכן לחץ על &quot;התחל&quot; והתכנית תתחיל (איור 8). הערה: לאחר השלמת הריצה (איור 8), התכנית תציין את המודל הטוב ביותר על פי קריטריונים כגון:<html> &quot;המודל הטוב ביותר על פי המרכז לאינפורמציה אלטרנטיבית: לכשכש + I G +&quot; </li></ol> 5. הסיק phylogenies רצף בהתבסס על ידי נראה מקסימלית או הסקה בייס <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הורדתי 4 PhyML כאן: <a href="https://code.google.com/p/phyml/">https://code.google.com/p/phyml/</a> </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הפעל את קובץ ההפעלה על ידי לחיצה כפולה על היישום המתאים (כלומר phyml Windows, phyml לינוקס, וכו &#39;.) ואת חלון ממשק יצוץ (איור 9). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> טען את רצף הקלט כרצף PHYLIP מעוצב על ידי הקלדה: &gt; &quot;שם קובץ&quot;. PHY הערה: כדי להמיר בין פורמטי רצף, השתמש בתכנית &quot;Readseq&quot; האינטרנט זמינה ב - <a href="http://iubio.bio.indiana.edu/cgi-bin/readseq.cgi">http://iubio.bio.indiana.edu/cgi-bin/readseq.cgi.</a> </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הפעל את התכנית על ידי הקלדה &quot;Y&quot;. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הורד MrBayes 5 כאן: rceforge.net / download.php &quot;&gt; http://mrbayes.sourceforge.net/download.php </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כדי להפעיל את התכנית בלחיצה על קובץ ההפעלה ולקרוא את נתוני רצף NEXUS מעוצבים לתכנית על ידי הקלדה: &gt; הוצאת להורג &quot;שם קובץ&quot;. NEX </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הגדר את המודל האבולוציוני. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בחר את מספר הדורות המנוהל על ידי הקלדה: &gt; Mcmcp NGEN = 1000000 [זה מגדיר את מספר הדורות ל1000000] &gt; עוקה Burnin = 10,000 [זה מגדיר את Burnin ל10000] </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> שמור את אורכי הסניף בקובץ התוצאות על ידי הקלדה: &gt; Mcmcp savebrlens = כן </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הפעל את הניתוח על ידי הקלדה: &gt; המרק&quot;ם </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> סכם את העצים באמצעות הפקודה &quot;sumt&quot;. </li></ol> 6. חזותי phylogenies <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> להציג רשימה של תוכניות הצופה עץ כאן: <a href="http://www.treedyn.org/overview/editors.html">http://www.treedyn.org/overview/editors.html</a> </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הורד את progr 14 TreeViewהנני כאן: <a href="http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html">http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html</a> </li></ol>

<ol><li>Altschul, S. F., Carroll, R. J., Lipman, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Weights+for+data+related+by+a+tree%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">Weights for data related by a tree.</a> J. Mol. Biol. 207 (4), 647-653 (1989).</li>
<li>Akaike, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+new+look+at+the+statistical+model+identification%5BTitle%5D)+AND+%22IEEE+Trans.+Automat.+Contr%22%5BJournal%5D)">A new look at the statistical model identification.</a> IEEE Trans. Automat. Contr. 19 (6), 706-723 (1974).</li>
<li>Schwarz, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Estimating+the+dimension+of+a+model%5BTitle%5D)+AND+%22Ann.+Stat%22%5BJournal%5D)">Estimating the dimension of a model.</a> Ann. Stat. 6 (2), 461-464 (1978).</li>
<li>Guindon, S., Gascuel, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+simple%2C+fast%2C+and+accurate+algorithm+to+estimate+large+phylogenies+by+maximum+likelihood%5BTitle%5D)+AND+%22Syst.+Biol%22%5BJournal%5D)">A simple, fast, and accurate algorithm to estimate large phylogenies by maximum likelihood.</a> Syst. Biol. 52 (5), 696-704 (2003).</li>
<li>Huelsenbeck, J. P., Ronquist, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MRBAYES%3A+Bayesian+inference+of+phylogenetic+trees%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">MRBAYES: Bayesian inference of phylogenetic trees.</a> Bioinformatics. 17 (8), 754-755 (2001).</li>
<li>Thompson, J. D., Higgins, D. G., Gibson, T. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CLUSTAL+W%3A+Improving+the+sensitivity+of+progressive+multiple+sequence+alignment+through+sequence+weighting%2C+position-specific+gap+penalties+and+weight+matrix+choice%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">CLUSTAL W: Improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice.</a> Nucleic Acids Res. 22 (22), 4673-4680 (1994).</li>
<li>Lassmann, T., Sonnhammer, E. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Kalign--an+accurate+and+fast+multiple+sequence+alignment+algorithm%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Kalign--an accurate and fast multiple sequence alignment algorithm.</a> BMC Bioinformatics. 6, 298 (2005).</li>
<li>Katoh, K., Kuma, K., Toh, H., Miyata, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MAFFT+version+5%3A+Improvement+in+accuracy+of+multiple+sequence+alignment%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">MAFFT version 5: Improvement in accuracy of multiple sequence alignment.</a> Nucleic Acids Res. 33 (2), 511-518 (2005).</li>
<li>Katoh, K., Misawa, K., Kuma, K., Miyata, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MAFFT%3A+A+novel+method+for+rapid+multiple+sequence+alignment+based+on+fast+fourier+transform%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">MAFFT: A novel method for rapid multiple sequence alignment based on fast fourier transform.</a> Nucleic Acids Res. 30 (14), 3059-3066 (2002).</li>
<li>Edgar, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MUSCLE%3A+Multiple+sequence+alignment+with+high+accuracy+and+high+throughput%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">MUSCLE: Multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput.</a> Nucleic Acids Res. 32 (5), 1792-1797 (2004).</li>
<li>Notredame, C., Higgins, D. G., Heringa, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((T-coffee%3A+A+novel+method+for+fast+and+accurate+multiple+sequence+alignment%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">T-coffee: A novel method for fast and accurate multiple sequence alignment.</a> J. Mol. Biol. 302 (1), 205-217 (2000).</li>
<li>Do, C. B., Mahabhashyam, M. S., Brudno, M., Batzoglou, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ProbCons%3A+Probabilistic+consistency-based+multiple+sequence+alignment%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">ProbCons: Probabilistic consistency-based multiple sequence alignment.</a> Genome Res. 15 (2), 330-340 (2005).</li>
<li>Darriba, D., Taboada, G. L., Doallo, R., Posada, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ProtTest+3%3A+Fast+selection+of+best-fit+models+of+protein+evolution%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">ProtTest 3: Fast selection of best-fit models of protein evolution.</a> Bioinformatics. 27 (8), 1164-1165 (2011).</li>
<li>Page, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TreeView%3A+An+application+to+display+phylogenetic+trees+on+personal+computers%5BTitle%5D)+AND+%22Comput.+Appl.+Biosci%22%5BJournal%5D)">TreeView: An application to display phylogenetic trees on personal computers.</a> Comput. Appl. Biosci. 12 (4), 357-358 (1996).</li>
<li>Darriba, D., Taboada, G. L., Doallo, R., Posada, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((jModelTest+2%3A+More+models%2C+new+heuristics+and+parallel+computing%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Methods%22%5BJournal%5D)">jModelTest 2: More models, new heuristics and parallel computing.</a> Nat. Methods. 9 (8), 772 (2012).</li>
<li>Chevenet, F., Brun, C., Banuls, A. L., Jacq, B., Christen, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TreeDyn%3A+Towards+dynamic+graphics+and+annotations+for+analyses+of+trees%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">TreeDyn: Towards dynamic graphics and annotations for analyses of trees.</a> BMC Bioinformatics. 7, 439 (2006).</li>
</ol>

יש לנו מה למסור.

התקווה שלנו למאמר זה היא שזה ישמש כנקודת התחלה כדי להנחות את החוקרים או סטודנטים כי הם חדשים phylogenetics. פרויקטים לקביעת רצף הגנום הפכו פחות יקרות בשנים האחרונות, וכתוצאה מכך הביקוש למשתמש עבור טכנולוגיה זו הולך וגדל, ועכשיו הייצור של מערכי נתונים רצף גדולים הוא דבר שבשגרה במעבדות קטנות. מערכי נתונים אלה לעתים קרובות לספק לחוקרים עם קבוצות של גנים שדורשים מסגרת פילוגנטי כדי להתחיל להבין את תפקידם. יתר על כן, בגלל phylogenetics הוא למצוא בית במספר גדל והולך של מעבדות מחקר, אנחנו...

על מנת להבין כיצד שני (או יותר) מינים התפתחו, יש צורך קודם כל להשיג רצף או נתונים מורפולוגיים מכל מדגם, נתונים אלה מייצגים כמויות שאנחנו יכולים להשתמש בו כדי למדוד את מערכת היחסים שלהם בחלל אבולוציוני. בדיוק כמו כאשר מדידת מרחק לינארי, שיש יותר נתונים זמינים (למשל קילומטרים, סנטימטרים, מיקרון) יהיו שווים ל מדידה מדויקת יותר. Ergo, הדיוק שבה חוקר יכול להסיק מרחק האבולוציוני מושפע מאוד את נפח הנתונים אינפורמטיבי זמינים למדוד מערכות יחסים. יתר על כן, מכיוון שמדגמים שונים להתפתח בקצב שונה ועל ידי מנגנונים שונים, השיטה שאנו משתמשים כדי למדוד את היחסים בין שני מינים גם משפיעה ישירות על הדיוק של מדידות אבולוציוני. לכן, בגלל יחסים האבולוציוניים אינם ישירות שנצפו אך במקום זאת הם להסיק מרצף או נתונים מורפולוגיים, הבעיה של הסקה אבולוציוניתמערכות יחסים הופכים לאחד מהנתונים סטטיסטיים. Phylogenetics הוא הענף של ביולוגיה העוסקת ביישום מודלים סטטיסטיים לדפוסים של אבולוציה כדי לשחזר את ההיסטוריה האבולוציונית בין מינים בצורה אופטימלית. שחזור זה בין המינים המכונה תולדות הגזע של קטגוריות המיון. כדי לסייע לגשר על הפער במומחיות בין ביולוגים מולקולריים וביולוגים אבולוציוניים שאנו מתארים כאן צעד אחר צעד צינור כדי להסיק מסקנה, phylogenies מסט של רצפים. ראשית, אנחנו פירוט השלבים הכרוכים בחקירת מסד נתונים באמצעות מקומי יישור כלי חיפוש הבסיסי (תפציץ 1) אלגוריתם באמצעות הממשק מבוסס האינטרנט וגם באמצעות הרצה מקומית, זה הוא לעתים קרובות הצעד הראשון בהשגת רשימה של רצפים דומים למזוהה שאילתה, למרות שחלקם חוקרים עשויים להתעניין גם באיסוף נתונים עבור קבוצה אחת באמצעות ממשקי אינטרנט כגון Phylota (http://www.phylota.net/). פיצוץ הוא אלגוריתם לגomparing חומצת אמינו עיקרי או נתונים רצף נוקליאוטידים מול מסד נתונים של רצפים כדי לחפש את &quot;להיטים&quot; המזכירים את רצף השאילתה. התכנית תפציץ תוכננה על ידי סטיבן אלטשול et al. במכון הלאומי לבריאות (NIH) 1. השרת תפציץ מורכב ממספר התוכניות שונות, והנה רשימה של חלק מתוכניות תפציץ הנפוצות ביותר: i) תפציץ נוקלאוטיד נוקלאוטיד (blastn): תכנית זו דורשת קלט רצף ה-DNA ומחזירה את רצפי ה-DNA הדומה ביותר ממאגר ה-DNA שמציין המשתמש (לדוגמה לאורגניזם ספציפי). ii) פיצוץ חלבונים (blastp): כאן משתמש תשומות רצף חלבון והתכנית מחזירה את רצפי חלבונים דומים ביותר ממאגר החלבון שהמשתמש מציין. iii) תפציץ תפקיד ספציפי איטרטיבי (PSI-BLAST) (blastpgp): הקלט מהמשתמש הוא הגנה של מחזורברצף שמחזיר קבוצה של חלבונים הקשורים באופן הדוק, וממערך נתונים זה נשמר בפרופיל שנוצר. הבא שאילתה חדשה שנוצרה רק באמצעות אלה &quot;מוטיבים&quot; נשמרים בו נעשה שימוש כדי לחקור את מסד הנתונים של חלבון וזה מחזיר את קבוצה גדולה יותר של חלבונים שממנה הסט חדש של &quot;מוטיבים&quot; שימור מחולץ ולאחר מכן נעשה שימוש כדי לחקור את מסד הנתונים של חלבון עד קבוצה גדולה עוד יותר של חלבונים retuned ופרופיל אחר מופק והתהליך חוזר ונשנה. על ידי כולל חלבונים הקשורים לשאילתא בכל שלב בתכנית זו מאפשרת למשתמש לזהות רצפים שהם מסתעף יותר. iv) נוקלאוטיד תרגום חלבון 6-מסגרת (blastx): כאן המשתמש מספק קלט רצף נוקליאוטידים אשר מומר מוצרי שש מסגרת מושגית תרגום (כלומר שני גדילים) מול מסד נתוני רצף חלבון.. v) נוקלאוטיד תרגום נוקלאוטיד 6 מסגרתתרגום 6 מסגרת (tblastx): תכנית זו לוקחת קלט רצף נוקליאוטידים DNA ומתרגמת את הקלט לכל מוצרי התרגום הרעיוניים של שש המסגרת שבה משווה מול תרגומי שש מסגרת של מסד הנתונים רצף נוקליאוטידים. vi) תרגום חלבון נוקלאוטיד 6 מסגרת (tblastn): תכנית זו משתמשת קלט רצף חלבון להשוואה מול כל שש מסגרות הקריאה של מסד הנתונים רצף נוקליאוטידים. בשלב בא, אנו מתארים תוכניות נפוצות ליצירת רצף יישור מרובה (MSA) מבסיס נתוני רצף, וזה מלווה במדריך למשתמש לתוכניות שקובעות את הדגמים הטובים ביותר בכושר של אבולוציה לבסיס נתוני רצף. שחזור פילוגנטי הוא בעיה סטטיסטית, ובגלל זה, שיטות פילוגנטי צריכים לשלב מסגרת סטטיסטית. מסגרת סטטיסטית זה הופכת להיות מודל האבולוציוני שמשלב שינוי רצף בתוך בסיס הנתונים. מו האבולוציוני הזהדל מורכב מסט של הנחות לגבי התהליך של החלפות נוקלאוטיד או חומצה אמינית, והמודל הכי המתאים למערך נתונים מסוימים ניתן לבחור באמצעות בדיקה סטטיסטית. נכון לנתונים של דגמים שונים ניתן להשוות באמצעות בדיקות יחס סבירות (LRTs) או קריטריוני מידע כדי לבחור את המודל הטוב ביותר להתאמה בתוך קבוצה של אפשריים אלה. שני קריטריוני מידע משותפים הם קריטריון Akaike המידע (AIC) 2 והקריטריון בייס המידע (BIC) 3. ברגע יישור אופטימלי שנוצר, יש שיטות רבות ושונות ליצירת תולדות הגזע מהנתונים המיושרים. ישנן שיטות רבות של הסקת יחסים האבולוציוניים; רחב, הם יכולים להיות מחולקים לשתי קטגוריות: שיטות המבוסס על מרחק ושיטות המבוסס על רצף. שיטות המבוסס על מרחק לחשב מרחקי pairwise מרצפים, ולאחר מכן להשתמש במרחקים אלה כדי להשיג את העץ. שיטות המבוסס על רצף להשתמש ביישור הרצף באופן ישיר, ובדרך כלל לחפש tחלל רי באמצעות קריטריון אופטימלי. אנו מתארים שתי שיטות המבוסס על רצף לשיקום יחסים פילוגנטי: אלה הם 4 PhyML אשר מיישמת את מסגרת הסבירות המרבית, וMrBayes 5 אשר עושה שימוש בהיקש בייס שרשרת מרקוב מונטה קרלו. סבירות ושיטות בייס לספק מסגרת סטטיסטית לשחזור פילוגנטי. על ידי מתן מידע משתמש בכלים עץ בנייה נפוץ, אנחנו מציגים בפני הקורא את הנתונים הדרושים כדי להסיק יחסי פילוגנטי.

<table><tbody><tr><td>דף האינטרנט של BLAST&nbsp;</td><td></td><td></td><td><a href="http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi">http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi</a></td></tr><tr><td>BLAST executables&nbsp;</td><td></td><td></td><td><a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/</a></td></tr><tr><td>מסדי נתונים של BLAST בפורמט מראש<</td><td></td><td></td><td>a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/</a></td></tr><tr><td>Clustal</td><td></td><td></td><td><a href="http://www.clustal.org/ ">http://www.clustal.org/</a></td></tr><tr><td>Kalign</td><td></td><td></td><td><a href="http://msa.sbc.su.se/cgi-bin/msa.cgi">http://msa.sbc.su.se/cgi-bin/msa.cgi</a></td></tr><tr><td>MAFFT</td><td></td><td></td><td><a href="http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/">http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/</a></td></tr><tr><td>MUSCLE</td><td></td><td></td><td><a href="http://www.drive5.com/muscle/">http://www.drive5.com/muscle/</a></td></tr><tr><td>T-Coffee</td><td></td><td></td><td><a href="http://www.tcoffee.org/Projects/tcoffee/">http://www.tcoffee.org/Projects/tcoffee/</a></td></tr><tr><td>PROBCONS<</td><td></td><td></td><td>a href="http://toolkit.tuebingen.mpg.de/probcons">http://toolkit.tuebingen.mpg.de/probcons&nbsp; </a></td></tr><tr><td>Se-Al&nbsp;</td><td></td><td></td><td><a href="http://tree.bio.ed.ac.uk/software/seal/">http://tree.bio.ed.ac.uk/software/seal/</a></td></tr><tr><td>BSEdit&nbsp;</td><td></td><td></td><td><a href="http://www.bsedit.org/">http://www.bsedit.org/</a></td></tr><tr><td>JalView</td><td></td><td></td><td><a href="http://www.jalview.org/">http://www.jalview.org/</a></td></tr><tr><td>SeaView</td><td></td><td></td><td><a href="http://pbil.univ-lyon1.fr/software/seaview.html">http://pbil.univ-lyon1.fr/software/seaview.html</a></td></tr><tr><td>ProtTest& נ.ב.פ;</td><td></td><td></td><td><a href="https://code.google.com/p/prottest3/">https://code.google.com/p/prottest3/</a></td></tr><tr><td>Java Runtime&nbsp;</td><td></td><td></td><td><a href="http://www.java.com/en/download/chrome.jsp">http://www.java.com/en/download/chrome.jsp</a></td></tr><tr><td>Readseq</td><td></td><td></td><td><a href="http://iubio.bio.indiana.edu/cgi-bin/readseq.cgi">http://iubio.bio.indiana.edu/cgi-bin/readseq.cgi</a></td></tr><tr><td>jModelTest</td><td></td><td></td><td><a href="https://code.google.com/p/jmodeltest2/">https://code.google.com/p/jmodeltest2/</a></td></tr><tr><td>PhyML</td><td></td><td></td><<td>a href="https://code.google.com/p/phyml/">https://code.google.com/p/phyml/</a></td></tr><tr><td>MrBayes</td><td></td><td></td><td><a href="http://mrbayes.sourceforge.net/download.php">http://mrbayes.sourceforge.net/download.php</a></td></tr><tr><td>TreeView</td><td></td><td></td><td><a href="http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html">http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html</a></td></tr><tr><td>TreeDyn</td><td></td><td></td><td><a href="http://www.treedyn.org/">http://www.treedyn.org/</a></td></tr></tbody></table>

מדריך מעשי לphylogenetics לnonexperts

A Practical Guide to Phylogenetics for Nonexperts

חוקרים רבים, על פני מוקדים מגוונים להפליא, מתראיין phylogenetics לשאלת המחקר שלהם (S). עם זאת, חוקרים רבים חדשים לנושא זה וכך הוא מציג בעיות הטמונות. כאן אנו לקמפל הקדמה מעשית לphylogenetics לnonexperts. אנו מתארים באופן צעד אחר צעד, צינור להפקת phylogenies אמין ממערכי נתוני רצף גן. אנחנו מתחילים עם מדריך למשתמש עבור כלי חיפוש דמיון באמצעות ממשקי האינטרנט, כמו גם הרצה מקומית. בשלב בא, אנו לחקור תוכניות ליצירת מערכי רצף מרובים ואחרי פרוטוקולים לשימוש בתוכנה כדי לקבוע דגמים מיטבית של אבולוציה. לאחר מכן, אנו מתארים פרוטוקולים לשיקום יחסים פילוגנטי באמצעות סבירות המרבית וקריטריונים בייס ולבסוף מתארים את הכלים המאפשרים הדמית עצי פילוגנטי. אמנם זה לא בכל אמצעי תיאור ממצה של גישות פילוגנטי, הוא מספק את הקורא עם informat מתחיל מעשייון ביישומי תוכנת מפתח מנוצלים בדרך כלל על ידי phylogeneticists. החזון למאמר זה יהיה כי זה יכול לשמש ככלי הכשרה מעשי לחוקרים שיצאו ללימודי פילוגנטי וגם לשמש כמשאב חינוכי שיכול להיות משולב בתוך כיתה או במעבדת הוראה.

מציאת קווי דמיון לשאילתא מאפשרת לחוקרים מייחסים את זהות פוטנציאלית לרצפים חדשים וגם להסיק קשרים בין רצפים. סוג קלט קובץ ליפציץ 1 הוא רצף FASTA מעוצב טקסט או מספר הצטרפות GenBank. רצף FASTA מעוצב מתחיל בשורת תיאור מצויינים על ידי סימן &quot;&gt;&quot; (איור 2). התיאור חייב לעקוב מייד אחרי הסימן &quot;&gt;&quot;, הרצף (כלומר. נוקלאוטידים או חומצות אמינו) בצעו את תיאורו בשורה הבאה. כאשר קבצי רצף עריכת חיסכון ו, דרך טובה ביותר הוא להשתמש בעורך טקסט...

כאן אנו מתארים צינור צעד אחר צעד ליצירת phylogenies אמין ממערכי נתוני רצף נוקליאוטידים או חומצות אמינו. מדריך זה נועד לשרת את חוקרים או סטודנטים חדשים לניתוח פילוגנטי.

מדריך מעשי לphylogenetics לNonexperts

Many researchers, across incredibly diverse foci, are applying phylogenetics to their research question(s). However, many researchers are new to this ...

המטרה הכללית של מאמר זה היא לשחזר עץ פילוגנטי מהימן מרצפי DNA או חלבונים. מטרה זו מושגת תחילה על ידי זיהוי רצפים דומים באמצעות תוכניות blast ב-NCBI. השלב השני הוא ביצוע יישור (alignment) של הרצפים הדומים.בשלב הבא, נקבע מודל האבולוציה המתאים ביותר על סמך השליחייה (alignment). השלב הסופי הוא הסקת מערכת היחסים הפילוגנטית מרצפי השליחייה. בסופו של דבר, השורה של שלבי העבודה (pipeline) משמשת להדגמה כיצד משתמשים יכולים להגיע מנתוני רצפים לעצי פילוגנייה מהימנים.שיטה זו יכולה לסייע במתן תשובות לשאלות מפתח בתחומים מגוונים, על ידי הסקת זהות ותפקוד של רצפים חדשים. כדי להשתמש בגרסה המקוונת של כלי החיפוש ליישור מקומי בסיסי, או blast, נווטו למרכז הלאומי למידע בביוטכנולוגיה (NCBI) או לשרת האינטרנט של Blast ב-NCBI. לחצו על תוכנית ה-blast המתאימה.הזינו לרשימת השאילתה רצף טקסט בפורמט FASTA, כגון זה המוצג כאן. לחצו על תוכנית ה-blast המתאימה לביצוע החיפוש, ולאחר מכן לחצו על blast. הפלט הוא בפורמט HTML כברירת מחדל ומציג את הרצפים הדומים ביותר לרצף הטקסט שהוזן.הסעיף הבא עוסק בשימוש בקובץ הרצה מקומי של blast במערכות הפעלה Windows ו-Mac. משתמשים יכולים לדלג לסעיף הבא שנקרא Blast Local executables for Macs x. כדי להריץ את תוכנית שורת הפקודה של blast במחשב עם מערכת הפעלה Windows, יש להוריד את קובץ ההרצה המתאים ל-Windows מאתר ה-blast של NCBI.לאחר התקנת תוכנת Blast, הגדירו את משתני הסביבה של המחשב באופן הבא: לחצו על כפתור ההתחלה של המחשב ולחצו קליק ימני על "המחשב זה" (Computer). לאחר מכן, לחצו על "מאפיינים" (Properties). בחלון החדש, בחרו ב"הגדרות מערכת מתקדמות" (Advanced system settings), ובלשונית "מתקדם" בחלון שנפתח, לחצו על כפתור "משתני סביבה" (Environment variables).לאחר מכן, תחת משתני המשתמש (user variables) במדור המשתמש, לחצו על הכפתור new. בחלון הצף שייפתח, הוסיפו את שם המשתנה path ואת ערך המשתנה המוצג כאן. לאחר מכן, הורידו מסד נתונים של blast בפורמט מוכן, המתעדכן מדי יום מאתר ה-NCBI, או גנום של אורגניזם מסוים.לאחר מכן, פתחו חלון שורת פקודה של MS DOS על ידי לחיצה על התחל והקלדת CMD בשורת החיפוש, ועברו לספריית ה-NCBI blast. צרו את מאגר הנתונים באמצעות פקודת Make blast DB המוצגת כאן. צרו רצף חלבון לשאילתה בשם test על ידי הכנסת רצף טקסט של חלבון בפורמט FASTA לתיקיית ה-DB.לאחר מכן, כדי לזהות את הרצפים הדומים ביותר לחלבון הבדיקה, יש לבצע שאילתה מול מסד הנתונים באמצעות פקודת blast P. הסעיף הבא חוזר על מידע זה עבור משתמשי Mac. משתמשי Windows יכולים לדלג לסעיף חמש, יצירת יישורי רצפים מרובים.כדי להריץ את תוכנת ה-blast משורת הפקודה במחשב Mac, הורד את קובץ ההרצה המתאים למערכת MAC באמצעות גישה מרחוק לאתר N-C-B-I-F-T-P. לשם כך, פתח את ה-finder וחפש את ה-terminal; בחלון הטרמינל, הקלד את כתובת ה-FTP של אתר N-C-B-I-F-T-P. הקלד anonymous כשם המשתמש ובסיסמה, ולאחר מכן הקלד CD blast slash executables slash latest.רשמו את קבצי ההרצה על ידי הקלדת LS והורידו את הגרסה העדכנית ביותר התואמת לדרישות המערכת שלכם על ידי הקלדת הפקודה הבאה. כעת, דחוסו את הקבצים שהורדו. כעת הוסיפו את נתיב הקבצים הבינאריים עבור קובץ ההרצה של blast לנתיב המערכת (path), כך שהמעטפת (shell) תוכל לחפש בתיקייה זו.בחיפוש אחר פקודות, הורד מאגר נתונים של blast בפורמט מוכן מראש או גנום מאתר ה-NCBI. חפש בתיקיית הגנומים על ידי הקלדת CD genomes. לאחר מכן, הורד את הגנום או את הרצף המבוקש באופן הבא, ואז הקלד quit כדי לצאת מאתר ה-FTP.בשלב הבא, צרו את בסיס הנתונים על ידי הקלדת ההוראה Make Blast DB. הכניסו רצף שאילתה בפורמט FASTA לתוך תיקיית ה-bin ובדקו את בסיס הנתונים באמצעות הפקודה blast P query כדי למצוא את הרצף הדמי ביותר לנתוני רצף הבדיקה; אחת מתוכנות יישור רצפים מרובים (MSA) הנפוצות היא tea coffee. לאחר הזנת נתוני רצף בפורמט fasta לתיבת השאילתה באתר tea coffee, הפלט מצביע על שאריות דומות באמצעות קידוד צבעים.תוכנת MSA נפוצה נוספת היא clusteral MSA, אותה ניתן להוריד כגרסת שורת פקודה, CLUSTERAL W, או כגרסה גרפית, CLUSTERAL X, עבור מערכות הפעלה שונות. לאחר מכן, טענו את הנתונים לתוכנת clusteral כטקסט רצפים בפורמט fast על ידי בחירת לשונית הקובץ. לאחר מכן, לחצו על כפתור טעינת הרצפים.כעת עברו ללשונית היישור (align) ולחצו על כפתור ביצוע יישור מלא (do complete alignment) כדי ליישר את הרצפים עבור מודל אבולוציה אופטימלי. הורידו את תוכנת protest. לאחר הורדת protest, לחצו פעמיים על protest.לאחר הפעלת PROTTEST, לחצו על select file בתיבת היישור (alignment) כדי לטעון את נתוני הרצף. לאחר מכן, לחצו על start להרצת התוכנית. עם סיום ההרצה, התוכנית תצביע על המודל המיטבי על בסיס הקריטריונים להסקת רצפים.לאחר הורדה והפעלה של Phi ML, טענו את רצף הקלט כקובץ רצף בפורמט lip על ידי הקלדת שם הקובץ ו-PY. לאחר מכן, הפעילו את התוכנה על ידי הקלדת y. לאחר הורדת תוכנית לחישוב הסקה בייסיאנית (Bayesian inference) מאתר Mr Bays, הפעילו את התוכנה על ידי לחיצה על קובץ ההפעלה. לאחר מכן, טענו לתוכנה נתוני רצפים בפורמט Nexus על ידי הקלדת execute ושם הקובץ עם סיומת NEX.בשלב הבא, הגדירו את המודל האבולוציוני ובחרו את מספר הדורות להרצה. לאחר הרצת הניתוח באמצעות הפקודה mc mc, סכמו את העצים באמצעות הפקודה sum T כדי לצפות בעץ פילוגנטי. הורידו את תוכנת התצוגה של העץ.כהערה סופית, ישנן גרסאות חדשות שיוצאות באופן קבוע לתוכנות המיועדות לספק יישור רצפים (alignments) טובים יותר, חיזויים של דמיון, או עצי פילוגנטיקה. בעוד שהסקירה בסרטון זה כיסתה תוכנות פופולריות, המצופה מהצופה לבחון אפשרויות נוספות. אלגוריתם ה-blast מבצע יישור רצפים מקומי, המחפש מקטעים קצרים של דמיון ברצף.לאחר שהאלגוריתם חיפש את כל הרצפים האפשריים מרצף השאילתה והרחיב רצפים אלו באופן מקסימלי, הוא מרכיב את ההתאמות (alignments). עבור כל זוג רצפי שאילתה, ערך ה-e מעיד על המובהקות הסטטיסטית של ההתאמה. ככל שערך ה-E נמוך יותר, כך הפגיעה (hit) מובהקת יותר.לדוגמה, יישור רצפים עם ערך E של 0.05 פירושו שההסתברות שההתאמה הזו תתרחש במקרה בלבד היא חמש מתוך 100. מדד ה-BIT score משתמש במטריצת ניקוד ספציפית כדי לספק אינדיקציה לאיכות היישור. ככל שערך ה-BIT score גבוה יותר, כך היישור טוב יותר.יישור רצפים מרובה, או MSA, הוא יישור רצפים של שלושה רצפים ראשוניים או יותר המורכבים מחומצות אמינו, DNA או RNA. הפלט מ-MSA tea coffee המוצג כאן, מקודד בצבעים שארידים דומים. יישור לדוגמה של שש רצפי חלבון שיושרו באמצעות cluster X מוצג כאן עבור יישורי חומצות אמינו.התוכנה protest משמשת לקביעת בחירת המודלים המתאימים ביותר להחלפות חומצות אמינו. בתוך הנתונים, התוכנה מפרטת את המודלים בעודם מנותחים ומציגה את ההתאמה הטובה ביותר עם סיום פעולת התוכנה. Phi ML מעריכה פילוגניות בשיטת נראות מקסימלית (maximum likelihood) מרצפי יישור של נוקלאוטידים או חומצות אמינו. היא כוללת מספר רב של מודלי החלפה המשולבים עם אפשרויות שונות לחיפוש במרחב הטופולוגיה של העץ.תוכנת Mr.Bayes משתמשת בהסקה של Bayesian CMC על פני מספר מודלים אבולוציוניים כדי לשחזר קשרים פילוגנטיים. לאחר הפעלת התוכנית, ניתן לעקוב אחר ההתקדמות במרווחי זמן ספציפיים כפי שמוצג כאן. ברגע שנוצר עץ פילוגנטי, יש להציג את הטופולוגיה שלו באופן חזותי.באיור זה, חלון תצוגת העץ מציג עץ לדוגמה של חלבונים מתוך fly.Base. תצוגת העץ כוללת עורך עצים המאפשר למשתמש להזיז ענפים ולשנות את ניתוב העצים. בעת ביצוע הליך זה, חשוב לזכור לקרוא בעיון את מדריכי המשתמש עבור כל תוכנה.פרוטוקול זה מספק נקודת התחלה מעשית להכרת אופן הפעולה של תוכניות אלו. עם זאת, אני ממליץ לקורא להתנסות ולהכיר את ההגדרות הרבות הקשורות לכל תוכנית.

a-practical-guide-to-phylogenetics-for-nonexperts

Research

JoVE Journal

Biology

ביולוגיה

מאגר ITS2 הוא שולחן העבודה של רצף היקש פילוגנטי בו זמנית בהתחשב ומבנה משני spacer עיבד פנימית 2. זה כולל איסוף נתונים עם ביאור מדויק, חיזוי מבנה, יישור מרובות ברצף, מבנה עץ חישוב מהיר. בקיצור, זה מפשט את שולחן העבודה ניתוח פילוגנטי הראשונים כמה קליקים.

מאגר ITS2

המטרה של פרוטוקול זה היא לפתח התייחסות חלבונים מתבדרת בקבוצה חסר קוהרנטי לקריטריונים במינוח והסיווג. הפניה זו יקל על ניתוח ודיון של הקבוצה בכללותה, יכול לשמש שמות הוקמה.

ליצירה והחלה הפניה כדי לקדם את הדיון ואת הסיווג של חלבונים בתוך קבוצה מגוונת

מתוארת שיטה של בניית עץ פילוגנטי בהתבסס על הומולוגיה רצף של ממתקים פרוקריוטים, SemiSWEETs של אאוקריוטים. ניתוח פילוגנטי הוא כלי שימושי עבור המסביר את relatedness האבולוציוני בין חלבונים הומולוגיים או גנים מקבוצות אורגניזם שונים.

באמצעות ניתוח פילוגנטי לחקור האיקריוטים מקור גנטי

מטרת פרוטוקול זה היא לחקור את האבולוציה והביטוי של גנים מועמדים באמצעות נתוני רצף RNA.

צינור ביואינפורמטיקה לחקירת אבולוציה מולקולרית וביטוי גנים באמצעות RNA-seq

שלב בסולם הליכה המשימה הוא מבחן חדש להערכת הליכה מיומנים למדוד גם forelimb ו hindlimb הצבת, דריכה, והוא בין איבר תיאום.

שלב בסולם הליכה משימה: שיטת הניקוד ואת היישום המעשי שלה.

מיפוי גנטי הגורל ועין מתנהלת (GIFM) סימני עקבות תאים עם שליטה במרחב ובזמן...

גישה מעשית מיפוי גנטי ועין מתנהלת הגורל: מדריך חזותי כדי מארק עקוב אחר תאים In vivo</em

אנחנו מתארים שיטה חדשה של בידוד הדנ"א הגנומי מכל הדם שנאסף לפלזמה / סרולוגיה. לאחר איסוף פלזמה, הדם הדחוס בדרך כלל מושלך. השיטה החדשה שלנו מהווה שיפור משמעותי על פני שיטות קיימות והופכת את ה-DNA ופלזמה זמינה מאוסף אחד, מבלי לבקש דם נוסף.

שיטה מעשית ורומן לחלץ הדנ&quot;א הגנומי מערכות דם אוסף לשימור חלבון פלזמה

גורלו של תא עוברי אדם יכול להיות מושפע על ידי מולקולות ירושה ו / או על ידי אותות מתאים שכנים. ניצול מפות גורלו של עובר Xenopus שלב המחשוף, לסטומרים בודדים ניתן לזהות לתרבות בבידוד כדי להעריך את התרומה של מולקולות ירושה לעומת אינטראקציות תא סלולרי.

Explants Blastomere לבדיקת מחויבות גורל תא במהלך התפתחות עוברית

זרימת עבודה V3 היא הליך כתם מערבי באמצעות ג'לים ללא כתמים. הטכנולוגיה נטולת הכתמים מאפשרת לחוקרים לדמיין את איכות הפרדת החלבון, לאמת את יעילות ההעברה, והכי חשוב, לאמת את השינוי בחלבון המעניין באמצעות כימות חלבונים כולל כבקרת טעינה אמינה.

זרימת עבודה ללא כתמים V3 לבקרת טעינת חלבונים מעשית, נוחה ואמינה ב-Blotting המערבי

התקדמות הכתם המערבי באמצעות פלואורסצנטיות אפשרה זיהוי של שינויים עדינים בביטוי החלבון המאפשר ניתוחים כמותיים. כאן אנו מתארים מתודולוגיה חזקה לזיהוי מגוון חלבונים על פני מגוון מינים וסוגי רקמות. ניתנת גם אסטרטגיה להתגברות על בעיות טכניות נפוצות.

מדריך למודרני כמותי פלורסנט המערבי סופג עם אסטרטגיות לפתרון בעיות

למד לבנות עצי פילוגנטיקה אמינים מרצפי DNA או חלבון באמצעות כלי BLAST, יישור רצפים ומודלי אבולוציה. מדריך זה מספק למחקרים מתחילים שיטה מובנית לניתוח יחסים אבולוציוניים בביואינפורמטיקה.

מדריך מעשי לphylogenetics לNonexperts

גלה סרטונים נוספים