Name: שיטה פשוטה DNA הקרינה באתר הכלאה לכרומוזומים סתמת (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2015-01-06T10:15:00.000+00:00
Duration: 11 min 36 s
Description: למדו שיטה פשוטה להכלאת DNA באתר בכרומוזומים סומטיים של Drosophila melanogaster באמצעות מיקרוסקופ פלואורסצנטי. הטכניקה מאפשרת מיפוי רצפים הטרוכרומטיים בלי שימוש בפורמאמיד.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

אנו מודים ל-Zhaohua Irene Tang ממחלקת המדע של W. M. Keck על השימוש במיקרוסקופ האפיפלואורסצנטי שלה ולמעבדת Werren על תרומת נסוניה לדיסקציות. עבודה זו נתמכה בחלקה על ידי מלגת NIH-NRSA (5F32GM105317-02) ל-AML.

<ol><li>Blattes, R., Kas, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fluorescent+in+situ+hybridization+%28FISH%29+on+diploid+nuclei+and+mitotic+chromosomes+from+Drosophila+melanogaster+larval+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Cold+Spring+Harbor+Protocols%22%5BJournal%5D)">Fluorescent in situ hybridization (FISH) on diploid nuclei and mitotic chromosomes from Drosophila melanogaster larval tissues.</a> Cold Spring Harbor Protocols. 2009 (9), (2009).</li>
<li>Dimitri, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fluorescent+in+situ+hybridization+with+transposable+element+probes+to+mitotic+chromosomal+heterochromatin+of+Drosophila%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">Fluorescent in situ hybridization with transposable element probes to mitotic chromosomal heterochromatin of Drosophila.</a> Methods in Molecular Biology. 260, 29-39 (2004).</li>
<li>Pardue, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+situ+hybridization+to+polytene+chromosomes+in+Drosophila+using+digoxigenin-labeled+probes%5BTitle%5D)+AND+%22Cold+Spring+Harbor+Protocols%22%5BJournal%5D)">In situ hybridization to polytene chromosomes in Drosophila using digoxigenin-labeled probes.</a> Cold Spring Harbor Protocols. 2011 (8), 1003-1006 (2011).</li>
<li>Hoskins, R. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Heterochromatic+sequences+in+a+Drosophila+whole-genome+shotgun+assembly%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biology%22%5BJournal%5D)">Heterochromatic sequences in a Drosophila whole-genome shotgun assembly.</a> Genome Biology. 3 (12), (2002).</li>
<li>Hoskins, R. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sequence+finishing+and+mapping+of+Drosophila+melanogaster+heterochromatin%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Sequence finishing and mapping of Drosophila melanogaster heterochromatin.</a> Science. 316 (58331), 1625-1628 (2007).</li>
<li>Treangen, T. J., Salzberg, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Repetitive+DNA+and+next-generation+sequencing%3A+computational+challenges+and+solutions%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Genetics%22%5BJournal%5D)">Repetitive DNA and next-generation sequencing: computational challenges and solutions.</a> Nature Reviews Genetics. 13 (1), 36-46 (2012).</li>
<li>He, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mapping+the+pericentric+heterochromatin+by+comparative+genomic+hybridization+analysis+and+chromosome+deletions+in+Drosophila+melanogaster%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Research%22%5BJournal%5D)">Mapping the pericentric heterochromatin by comparative genomic hybridization analysis and chromosome deletions in Drosophila melanogaster.</a> Genome Research. 22 (12), 2507-2519 (2012).</li>
<li>Pimpinelli, S., Bonaccorsi, S., Fanti, L., Gatti, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fluorescent+in+situ+hybridization+%28FISH%29+of+mitotic+chromosomes+from+Drosophila+larval+brain%5BTitle%5D)+AND+%22Cold+Spring+Harbor+Protocols%22%5BJournal%5D)">Fluorescent in situ hybridization (FISH) of mitotic chromosomes from Drosophila larval brain.</a> Cold Spring Harbor Protocols. 2010 (3), (2010).</li>
<li>Larracuente, A. M., Noor, M. A., Clark, A. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Translocation+of+Y-linked+genes+to+the+dot+chromosome+in+Drosophila+pseudoobscura%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Biology+and+Evolution%22%5BJournal%5D)">Translocation of Y-linked genes to the dot chromosome in Drosophila pseudoobscura.</a> Molecular Biology and Evolution. 27 (7), 1612-1620 (2010).</li>
<li>Ferree, P. M., Barbash, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Species-specific+heterochromatin+prevents+mitotic+chromosome+segregation+to+cause+hybrid+lethality+in+Drosophila%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Biology%22%5BJournal%5D)">Species-specific heterochromatin prevents mitotic chromosome segregation to cause hybrid lethality in Drosophila.</a> PLoS Biology. 7 (10), e1000234(2009).</li>
<li>Williams, B. C., Karr, T. L., Montgomery, J. M., Goldberg, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Drosophila+l%281%29zw10+gene+product%2C+required+for+accurate+mitotic+chromosome+segregation%2C+is+redistributed+at+anaphase+onset%5BTitle%5D)+AND+%22The+Journal+of+Cell+Biology%22%5BJournal%5D)">The Drosophila l(1)zw10 gene product, required for accurate mitotic chromosome segregation, is redistributed at anaphase onset.</a> The Journal of Cell Biology. 118 (4), 759-773 (1992).</li>
<li>Gatti, M., Bonaccorsi, S., Pimpinelli, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Looking+at+Drosophila+Mitotic+Chromosomes%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Cell+Biology%22%5BJournal%5D)">Looking at Drosophila Mitotic Chromosomes.</a> Methods in Cell Biology. 44, 371-391 (1994).</li>
<li>Werren, J. H., Stouthamer, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PSR+%28paternal+sex+ratio%29+chromosomes%3A+the+ultimate+selfish+genetic+elements%5BTitle%5D)+AND+%22Genetica%22%5BJournal%5D)">PSR (paternal sex ratio) chromosomes: the ultimate selfish genetic elements.</a> Genetica. 117 (1), 85-101 (2003).</li>
</ol>

המחברים מצהירים כי אין להם ניגוד אינטרסים פיננסי או כל ניגוד אינטרסים אחר.

DNA ISH משמש לעתים קרובות כדי למפות רצפים ספציפיים לכרומוזומים. שתארנו שיטה פשוטה לDNA ISH מותאם לגבוה עותק מספר, רצפי heterochromatic. במקום להשתמש בשטיפות בתמיסת פוראמיד, אשר היא דרישה בפרוטוקולי ISH DNA קיימים אחרים, אנו שמים שקופיות רכוב רקמה ישירות על בלוק מחומם מראש ללפגל DNA. שיטה זו עוקפת את השימוש בכמויות גדולות של פוראמיד. שלב קריטי אחד להפקת אותות הכלאה פריכות הוא לשימוש פתרון קיבעון טרי; כישלון לעשות זאת (או מה שהופך את הפתרון חדש עם paraformaldehyde שהיה פתוח יותר מאח...

DNA הכלאה באתר (DNA ISH) הוא שיטה נפוצות לרצפי מיפוי לאזורים של כרומוזום מסוימים. יכולות להיות שנוצרו בדיקות לאזורי עותק יחידים בתוך euchromatin באמצעות קומץ של גישות, כולל nick-תרגום או בסופו תיוג של מוצרי DNA ארוכים 1,2 ושילוב של deoxygenin (DIG) נוקלאוטידים -attached וההכרה שלהם באמצעות מגוון רחב של נוגדנים-מצומדות קבוצה 1-3. ויזואליזציה של רצפי euchromatic בעותק מספר מעטים או בודד מחייבת השימוש בשני בדיקות יחידים, גדולות עם פעילות ספציפית גבוהה או קוקטייל של בדיקות מרובות, קטנות יותר, כי באופן קולקטיבי לשפר אות. בניגוד לכך, חוזר על עצמו מאוד רצפים נמצאו בheterochromatin, כגון DNAs לווין, הם מטרות קלים יותר לDNA ISH מכיוון שהם קיימים בדרך כלל כעשרות אלפי חזרות התקבצו באזורי כרומוזום יחידים הידועים כלוקים. אלמנטים ניידים גם יכולים להיותנמצא במספרים גבוהים בעותק לוקוסי כרומוזומליות שונים 2. במקרים אלה, בדיקות יחידים עם פעילות ספציפית נמוכה יכולות למעשה תווית רצפי heterochromatic בשל ההכלאה שלהם באתרים מרובים. בדיקות רצפים חוזרים יכולות להיות מסונתזת oligonucleotides הקצר מסחרי כ( 30-50 נ&quot;ב) וכימיות מצומדות עם כל קבוצות ניאון שונות מרובות. מיפוי רצפים חוזרים בתוך heterochromatin על ידי שימוש בטכנולוגיות הגנום רצף קשה בשל אתגרים נתקלו בפיגומי בניין בלוקי לווין חוזר על עצמו מאוד 4-6,7. נכון לעכשיו, איש עומד כדרך היעילה ביותר למיפוי רצפים אלה ברמה תת-כרומוזום. אסטרטגיה זו היא חשובה למיפוי מספרים גדולים של רצפים חוזרים הנחשפים על ידי מחקרי הגנום ורצף transcriptome מתמשכים. היעילות וקלות רצפים חוזרים מיפוי על כרומוזומים רכוב שקופיות תהיה GREמשופר atly על ידי פרוטוקול פשוט לDNA ISH. לדוגמא, פרוטוקולים קיימים לDNA ISH כרוכים שטיפות מרובות של רקמות הכלאה בפתרון פוראמיד 2,8, ובכך להוסיף משמעותי את הזמן הנדרש לרצפי מיפוי וגם לייצר כמויות גדולות של פסולת כימית למגיב יקר זה. כאן אנו מתארים שיטת DNA ISH מתוקנת שעוקפת את הצורך בשטיפת פוראמיד ומשתמש בציוד מעבדה בסיסי וחומרים כימיים. שיטה זו תוכננה במקור למיפוי המהיר של רצפי DNA חוזר על עצמו מאוד באזורי heterochromatic של neuroblasts זחל תסיסנית באמצעות oligos מסונתז מסחרי המצומדות עם צבעי הקרינה. עם זאת, שיטה זו פועלת גם למיפוי רצפים חוזרים באמצעות בדיקות גדולות יותר מסונתזים באמצעים אחרים 9,10 ועל פני סוגי רקמות וכרומוזום שונים מרובים. בנוסף, שיטה זו יכולה לשמש כדי למפות רצפי euchromatic באמצעות יותר או multiple, בדיקות קצרות בתוך רצף euchromatic של עניין.

<table><tbody><tr><td>שקופיות מצופות פולי-L-ליזין (ניתן להשתמש גם בשקופיות רגילות)</td><td>סיגמא אולדריץ'</td><td></td><td></td></tr><tr><td>פינצטה אולטרה-דקה (5 מד)</td><td>Dumont</td><td></td><td></td></tr><tr><td>22 x 22 מ"מ כיסוי מחליקים</td><td>פישר</td><td></td><td>סיגמקוט מטופל על ידי טבילה למשך 15 שניות, ייבוש וניגוב כל העקבות של Sigmacote כך שהחלקת הכיסוי תהיה ברורה</td></tr><tr><td>Sigmacote</td><td>Sigma</td><td></td><td></td></tr><tr><td>נייר סינון</td><td></td><td></td><td>75 - 150 מ"מ</td></tr><tr>נייר <td></td><td></td><td></td><td>שעוות פרפין</td></tr><tr><td>בלוק חום עם מדחום</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>חממה</td><td></td><td></td><td></td>יבשה</tr><tr><td>סכיני</td><td></td><td></td><td></td>גילוח</tr><tr><td>תא</td><td></td><td></td> לחות <td>קופסת קצה פיפטה ריקה או טאפרוור, מרופדת במגבות נייר לחות או</td></tr><tr><td>צנצנות</td><td></td> Kimwipes Coplin<td></td><td>עם חריצי שקופיות</td></tr><tr><td>רדיד</td><td></td><td></td><td></td>אלומיניום</tr><tr><td>פיפטות</td><td></td><td></td><td></td>פסטר</tr><tr><td>1.5 מ"ל צינורות מיקרופוגה</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>לק</td><td></td><td></td><td>שקוף או צבעוני</td></tr><tr><td>P20 מיקרופיפטה וטיפים</td><td></td><td></td><td></td>מפלסטיק</tr><tr><td>מהדקי</td><td></td><td></td> נייר <td>20 - 25 מהדקי מתכת סטנדרטיים המקושרים ליצירת א chain</td></tr><tr><td colspan="4">ריאגנטים</td></tr><tr><td>16% דרגת EM פרפורמלדהיד</td><td>מיקרוסקופ אלקטרונים ריאגנטים</td><td></td><td></td></tr><tr><td>חומצה אצטית</td><td>סיגמא</td><td></td><td></td></tr><tr><td>חנקן</td><td></td><td></td><td></td>נוזלי</tr><tr><td>100% אתנול, כיתה</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr> כימית<td colspan="4">מסונתז מסחרית, מסומן פלואורסצנטי oligos</td></tr><tr><td>בדיקה ביוטינילית ארוכה</td><td>אינוויטרוגן; שלבים חלופיים 2.7.1-2.7.3</td><td></td><td>e. ניק מתורגם וביוטינילציה עם BioNick מ-Invitrogen</td></tr><tr><td>Rhodamine-Avidin</td><td>Roche; שלבים חלופיים 2.7.1-2.7.3</td><td></td><td>לזיהוי בדיקה ביוטינית ארוכה</td></tr><tr><td>מתכון</td><td>חיץ הכלאה</td> מעל <td></td><td></td></tr><tr><td>4x מתכון SSCT</td><td>מעל</td><td></td><td>מלח-נתרן ציטראט + טווין</td></tr><tr><td>0.1x מתכון SSC</td><td>מעל</td><td></td><td>מי מלח-נתרן ציטראט</td></tr><tr><td>מתכון</td><td>תמיסת חסימה</td> מעל <td></td><td></td></tr><tr><td>מתכון</td> <td>SBT</td> למעלה <td></td><td>SSC, אלבומין סרום בקר, Tween</td></tr><tr><td>1x PBT</td><td>מתכון מעל</td><td></td><td>מי מלח חוצץ פוספט + Tween</td></tr><tr><td>1x PBS</td><td></td><td></td><td>תמיסת מלח חוצצת פוספט</td></tr><tr><td>תמיסה</td><td></td><td></td> היפוטונית<td>, 0.5% נתרן ציטראט ב-H2O</td></tr><tr><td>פורממיד</td><td>סיגמא אולדריץ'</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Vectashield מדיום הרכבה עם וקטור DAPI</td><td> מעבדות</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

שיטה פשוטה dna הקרינה<em&gt; באתר</em&gt; הכלאה לכרומוזומים &quot;סתמת

Simple Method for Fluorescence DNA In Situ Hybridization to Squashed Chromosomes

DNA הכלאה באתר (DNA ISH) הוא שיטה נפוצות לרצפי מיפוי לאזורים של כרומוזום מסוימים. גישה זו היא יעילה במיוחד במיפוי רצפים חוזרים מאוד לאזורי heterochromatic, שבו גישות חישוביות להתמודד עם אתגרי אוסרני. כאן אנו מתארים פרוטוקול יעיל עבור DNA ISH שעוקף שוטף פוראמיד שהם צעדים סטנדרטיים בפרוטוקולי DNA ISH אחרים. הפרוטוקול שלנו מותאם להכלאה עם בדיקות יחידים קצרות גדיל DNA שנושאים צבעי ניאון, אשר למעשה לסמן רצפי DNA חוזר על עצמו באזורי כרומוזומים heterochromatic על פני מספר סוגים שונים של רקמות חרקים של. עם זאת, יישומים ניתן להאריך להשתמש עם בדיקות ויזואליזציה של רצפי DNA עותק יחיד (לא חוזר על עצמו) גדולים יותר. אנו מדגימים שיטה זו על ידי מיפוי כמה רצפים חוזרים שונים לכרומוזומים מעוכים מדרוזופילה melanogaster תאים עצביים וNasoniaspermatocytes vitripennis. אנחנו מראים דפוסי הכלאה של שני חלליות קטנות, מסונתזים באופן מסחרי ולבדיקה גדולה יותר להשוואה. הליך זה משתמש ציוד מעבדה פשוט וריאגנטים, והוא אידיאלי לחוקרים שיש להם ניסיון מועט עם ביצוע DNA ISH.

כדי להדגים שיטה זו, אנו הכלאה סט של oligos המסונתזת מסחרי הקטנה ששונו כימיים עם conjugates ניאון (איור 2) ובדיקה ארוכה יותר biotinylated (שנעשתה באמצעות תרגום ניק של מוצר ה- PCR; איור 2), לכרומוזומים מכמה רקמות שונות סוגים (ראה טבלה 1). רצפי היעד כללו חזרות לווין ממוקמות באזורי pericentromeric (heterochromatic) של כרומוזומים mitotic מד melanogaster neuroblasts זחל (איור 2 א-ג), והכרומוזומים meiotic מנ...

כאן, אנו מציגים שיטה פשוטה לביצוע הכלאה של DNA פלואורסצנטי באתרו (DNA ISH) כדי לדמיין רצפים הטרוכרומטיים חוזרים ונשנים על כרומוזומים המותקנים בשקופיות. השיטה דורשת ריאגנטים מינימליים והיא רב-תכליתית לשימוש עם בדיקות קצרות או ארוכות, רקמות שונות וזיהוי עם אותות פלואורסצנטיים או שאינם מבוססי פלואורסצנטיות.

שיטה פשוטה DNA הקרינה<em&gt; באתר</em&gt; הכלאה לכרומוזומים &quot;סתמת

DNA in situ hybridization (DNA ISH) is a commonly used method for mapping sequences to specific chromosome regions. This approach is particularly ...

המטרה הכללית של פרוצדורה זו היא להשתמש בהיברידיזציה של DNA in situ כדי למפות רצפים של Heterochromatin לכרומוזומים במיטוזה. הדבר מושג תחילה על ידי דיסקציה של מוחות של זחלי דרוזופילה בשליש השלישי, או של רקמה אחרת הרלוונטית למחקר. השלב השני הוא קיבוע של הרקמה על לוחית כיסוי.בשלב הבא, הרקמה נמעכה בין הזכוכית מכסה לבין הפסית. כדי להכין את הכרומוזומים להיברידיזציה, השלב הסופי הוא ביצוע היברידיזציה של גששים (probes) אוליגו סינתטיים קצרים לרקמה הממעכה. לבסוף, נעשה שימוש במיקרוסקופיה פלואורסצנטית כדי להראות את הלוקליזציה של רצפים המשלימים לגששי האוליגו על הכרומוזומים.היתרון העיקרי של שיטה זו על פני שיטות קיימות הוא פשטותה. רוב שיטות ההכלאה של כרומוזומים ו-C2 אחרות כוללות שטיפות בכמויות גדולות של formamide, שעלולות להיות יקרות ומסורבלות. השיטה שלנו אינה דורשת שטיפות formamide, מה שהופך אותה לטכניקה זולה, נקייה ומהירה יותר.אף ששיטה זו מספקת דרך פשוטה למיפוי נראה של רצפים על הכרומוזומים הסומטיים במוחות של דרוזופילה, ניתן להשתמש בה גם למיפוי רצפים בסוגים אחרים של כרומוזומים מרקמות שונות באורגניזמים שונים. עבור כל סרטית שיש להכין, הכינו ארבע או חמש רקמות, אך לא יותר עבור דיסקציות של מוח. התחילו בבחירת פשפשונים בשלב הזחילה של האינסטאר השלישי ואיספם לתוך טיפה של 1x PBS.בחרו מבחנות לאיסוף שאינן עמו

simple-method-for-fluorescence-dna-situ-hybridization-to-squashed

Research

JoVE Journal

Biology

ביולוגיה

הרכבות גנום המבוססות על טכנולוגיות ריצוף DNA מקבילי מאסיבי הן בדרך כלל מקוטעות מאוד. פיתוח מפות כרומוזומים פיזיות עשוי לשפר את הרכבות הגנום. כאן, אנו מציגים גישות חדשניות להכנת כרומוזומים, היברידיזציה פלואורסצנטית in situ ודימוי, המגבירות משמעותית את התפוקה של פיתוח המפה הפיזית.

תפוקה גבוהה מיפוי פיזי של הכרומוזומים באמצעות אוטומטי<em&gt; באתרו</em&gt; הכלאה

שיטה כמותית לניתוח עיתוי שכפול כרומוזום מתוארת. השיטה מנצלת התאגדות BrdU בשילוב עם...

עיתוי מעתיק כרומוזום בשילוב עם פלורסנט<em&gt; באתר</em&gt; הכלאה

כאן אנו מתארים פרוטוקול לזיהוי בו זמני של שינויי היסטון ידי רצפי DNA וimmunofluorescence ידי דגי DNA אחרי מיקרוסקופיה וניתוחים (דגי 3D החיסוני DNA) 3D.

Immunofluorescence שילוב ודגי DNA על 3D-השתמרו גרעיני Interphase לחקר שינויים בארגון גרעיני 3D

ציור כרומוזום הוא שיטה שימושית לחקר ארגון גרעין התא והתפתחות הקריוטיפ. כאן, אנו מדגימים גישה לבודד ולהגביר אזורים ספציפיים של עניין מכרומוזומי פוליטן יחיד המשמשים לאחר מכן עבור פלואורסצנט דו מימדי בהכלאה situ (FISH).

ציור כרומוזום דו מימדי ותלות מימדי אצל יתושים מלריה

ניאון הכלאה באתרו (FISH) מאפשר זיהוי של חומצות גרעין בסביבה הטבעית שלהם בתוך תאים. אנחנו כאן מתארים פרוטוקול לזיהוי המשולב, בו זמני של RNA ו-DNA בדרך של דגים, אשר יכול לשמש כדי לחקור איון כרומוזום X בתאי גזע עובריים בעכבר.

DNA-RNA בשילוב פלורסנט<em&gt; באתרו</em&gt; הכלאה (דגים) לחקר איון כרומוזום X בתאי גזע הבדיל נקבה עכבר עוברי

כתב יד זה מתאר שיטת תיוג תעתיקים RNA שליח בודדים (mRNA) עם הגששים דנ א שכותרתו fluorescently, לשימוש בניסויים מולקולה בודדת פלורסצנטיות בחיי עיר הכלאה (smFISH) ב- e. coli. smFISH היא שיטת הדמיה המאפשרת זיהוי בו זמנית, לוקליזציה, כימות של יחיד מולקולות mRNA בתאים בודדים קבוע.

שיטת תיוג תעתיקים בתאים בודדים Escherichia coli לניסויים מולקולה בודדת פלורסצנטיות בחיי עיר הכלאה

כתב יד זה מציג שיטה מפורטת ליצירת X-כרומוזום הזרוע המחקרים וכל ביצוע קרינה פלואורסצנטית בחיי עיר הכלאה (דגים) לבדוק את מצבה של אחותך כרומטידה לכידות ב- prometaphase, מפה של עצרתי  דרוזופילה oocytes. פרוטוקול זה מתאים לקביעת אם הזרוע meiotic לכידות הוא שלם או קטועים ב שונים אחרים.

באמצעות קרינה פלואורסצנטית בחיי עיר הכלאה (דגים) כדי לנטר את מצב היד לכידות ב- Prometaphase, מפה של אני דרוזופילה Oocytes

קרינה פלואורסצנטית מולקולה בודדת בחיי עיר הכלאה הפרוטוקול ממוטבת כדי לכמת את מספר מולקולות RNA בניצני שמרים במהלך גידול וגטטיבי, מיוזה.

קרינה פלואורסצנטית מולקולה בודדת ב באתרו הכלאה (smFISH) ניתוח הנצה גידול וגטטיבי שמרים, מיוזה

אנו מציגים פרוטוקול דו-חלקי המשלב הדמיה של סידן פלורסנט עם היברידיזציה באתרו, ומאפשר לניסויים לתאם דפוסים של פעילות הסידן עם פרופילי ביטוי גנים ברמה של תא אחד.

סידן פלואורסצנטי הדמיה ובעקבות היברידיזציה באתרו לאפיון עצבי בלתי מבשר בקספוס זריזה

שילוב של תכשירי הילה של DNA עם הכלאה פלואורסצנטית באתרו מאפשר ניתוח ברזולוציה גבוהה של אינטראקציות גנומיות עם השלד הנוקלאו-שלד. גנום מחובר מוביל לאותות פלואורסצנטיים היברידיים הממוקמים בתוך הגרעינים השיוריים שחולצו, בעוד שהגנום שאינו מחובר נמצא בהילת הדנ"א המקיפה את הגרעינים השיוריים.

הכלאה פלואורסצנטית באתרה על תכשירי הילה של DNA לחשיפת כרומוזומים שלמים, טלומרים ומיקומי גנים

פרוטוקול זה ממחיש מערכת עמעום חלבונים המושרה כימית ליצירת עיבויים על כרומטין.  היווצרות של לוקמיה פרומיאלוציטית (PML) גוף גרעיני על טלומרים עם דימריזרים כימיים הוא הודגם. צמיחה טיפה, פירוק, לוקליזציה והרכב מנוטרים עם הדמיית תאים חיים, אימונופלואורסצנטיות (IF) ופלואורסצנטיות בהכלאה במקום (FISH).

חלבון המושרה בדמריזציה כימית מתנדם בטלומרים

למדו שיטה פשוטה להכלאת DNA באתר בכרומוזומים סומטיים של Drosophila melanogaster באמצעות מיקרוסקופ פלואורסצנטי. הטכניקה מאפשרת מיפוי רצפים הטרוכרומטיים בלי שימוש בפורמאמיד.

שיטה פשוטה DNA הקרינה

גלה סרטונים נוספים