Name: שיתוף immunoprecipitation של חלבון העכבר MX1 עם nucleoprotein וירוס השפעת (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2015-04-21T15:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 39 s
Description: למד שיתוף immunoprecipitation של חלבון MX1 עם nucleoprotein של וירוס השפעת בעכברים. שיטה זו מדגימה אינטראקציות חלבוניות בסביבה תאית טבעית ומסייעת בחקר מנגנונים נגד-ויראליים.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

עבודה זו נתמכה על ידי FWO-Vlaanderen, פרויקט צבא IOF10 / StarTT / 027 ואוניברסיטת גנט מיוחדת מענק מחקר BOF12 / גואה / 014.

הערה: פרוטוקול transfection ושיתוף immunoprecipitation הבא נקבע לפורמט צלחת פטרי 9 סנטימטרים. פורמטים אחרים גם אפשריים לאחר שטפס על הפרוטוקול. 1. הכליה העוברית האנושי תאי 293T זריעה (HEK) <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> זרעי יום אחד תאי HEK293T לפני transfection 1.2 x 10 6 תאים לכל 9 סנטימטר צלחת פטרי ב 12 מיליליטר של המדיום של הנשר שונה Dulbecco (DMEM) בתוספת 10% עגל בסרום עוברי, L-גלוטמין 2 מ&quot;מ, 0.4 מ&quot;מ Na-פירובט, 0.1 מ&quot;מ חומצות אמינו שאינו חיוניים, 100 U / ml פניצילין ו 0.1 מ&quot;ג / מיליליטר סטרפטומיצין. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לגדול התאים 16 שעות על 37 מעלות צלזיוס, 5% CO 2. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ראייה לבדוק את המורפולוגיה ויכולת קיום של התאים עם מיקרוסקופ אור הפוכה לפני transfection. התאים צריכים להיות תת-ומחוברות ליעילות transfection אופטימלית. </li></ol> 2. Transfection סידן-פוספט של תאי HEK293T הערה: השתמש 0.5-1 מיקרוגרם של pCAXL-NP או פלסמיד pCAXL הריק בשילוב עם 1-3 מיקרוגרם של pCAXL-MX1 לכל צלחת סנטימטר 9. השתמש בכמות שווה של DNA פלסמיד הכולל בכל הדגימות; להתאים עם פלסמיד הריק במידת צורך. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכן את מאגרי transfection הבאים: <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכן טריס-EDTA (TE) עם ריכוזים של 1.0 מ&quot;מ טריס-HCl pH 8.0 ו -0.1 מ&quot;מ EDTA pH 8.0. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכן BS / HEPES עם ריכוזים של 25 מ&quot;מ HEPES (5.96 גר &#39;/ ליטר, 4 (2-hydroxyethyl) חומצת -1-piperazineethanesulfonic), 274 מ&quot;מ NaCl (16 גר&#39; / ל &#39;), 10 מ&quot;מ KCl (0.74 גר&#39; / ליטר), 1.5 מ&quot;מ NaHPO 4 · 12H 2 O (0.5 g / L) ודקסטרוז 11.1 מ&quot;מ (L / 2 ז). התאם ל- pH 7.05. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכן CaCl 2 / HEPES עם ריכוזים של 1.25 M CaCl 2 · 2H 2 O (183.8 g / L) ו- 125 מ&quot;מ HEPES (29.79 g / L). התאם ל- pH 7.05 עם NaOH. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחמם את מאגרי transfection על 37 מעלות צלזיוס לפני השימוש. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכן את דגימות פלסמיד על ידי דילול DNA פלסמיד ב600 μl של TE.הכן תערובות אלה בבארות של צלחת 6-גם. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> להוסיף 150 μl של CaCl 2 / HEPES באופן מושכל ירידה לדגימות פלסמיד ומערבבים על ידי pipetting 3 פעמים למעלה ולמטה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכן את פתרון transfection אחר טיפה חכמה הוספת פתרון פלסמיד (TE + DNA + CaCl 2 / HEPES; 750 μl) 750 μl של חיץ BS / HEPES ניתן בצלחת 6-גם טרי. להפיץ את הפתרון באופן שווה על פלסמיד BS החיץ / HEPES המכיל גם המלא. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לנער את פתרון transfection על שייקר צלחת למשך 90 שניות ב 1000 סל&quot;ד. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> דגירה את התערובת במשך 5 דקות בטמפרטורת חדר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מוסיף את פתרון transfection (1.5 מיליליטר) שחרר חכם לתאים. השתמש micropipet P1000 לטפטף פתרון transfection בתאים. לפזר את התערובת על צלחת פטרי 9 סנטימטרים השלם ולנער את הצלחת בעדינות רבה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> דגירה התאים ב 37 מעלות צלזיוס, 5% CO 2 למשך 6 שעות. לאחר מכן להסיר את המדיום על ידי שאיפה ולהחליף wi מיידה בינונית טרי, מחומם מראש 12 מיליליטר. בעדינות להוסיף בינוני הטרי לתאים כדי למנוע ניתוק תא. לשם כך, מחזיק את קצה pipet נגד הצד השני של הבאר ודחף בעדינות את המדיום. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> דגירה התאים עבור 16 שעות נוספות על 37 מעלות צלזיוס, 5% CO 2. </li></ol> 3. Co-immunoprecipitation הערה: בצע את שיתוף immunoprecipitation 24 שעות לאחר transfection. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכנת מאגר תמוגה מלח הנמוך ולשטוף חיץ מלח גבוה. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכן פתרון מניות של 2 M N-ethylmaleimide (Nem) על ידי שקילת הסכום של nem ופירוקה באתנול המוחלט. הכן את פתרון מניות nem הטרי לפני השימוש. זהירות: nem הוא רעיל מאוד, להכין ולהשתמש בפתרון זה המניה במנדף. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכן מאגר תמוגה מלח נמוך בריכוזים של 50 מ&quot;מ טריס pH-HCl 8, 150 מ&quot;מ NaCl, חומצת ethylenediaminetetraacetic 5 מ&quot;מ (EDTA), 1% NP40 ומעכבי פרוטאז קוקטייל (לפזר שולחן 1t במאגר תמוגה 50 מיליליטר). להוסיף nem לריכוז סופי של 25 מ&quot;מ (כלומר, לדלל 1:80). שמור על קרח לאחר הוספת מעכבי פרוטאז וnem. הערה: תמיד להוסיף מעכבי פרוטאז וnem טריים לפני השימוש. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכן לשטוף חיץ מלח גבוה בריכוזים של 50 מ&quot;מ טריס pH-HCl 8, 500 מ&quot;מ NaCl, 5 מ&quot;מ EDTA וNP40 1%. שים לב שהחיץ לשטוף מלח הגבוה אינו מכיל nem. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכנת lysates תא. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הסר את המדיום ולשטוף את התאים עם 2 מיליליטר של תמיסת מלח שנאגרו פוספט הקר כקרח (PBS). מאוד בעדינות להוסיף את החיץ לשטוף, כמו תאי HEK293T לנתק בקלות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הסר את PBS ולהוסיף 600 μl של חיץ נמוך קר כקרח תמוגה מלח ל9 סנטימטר צלחת פטרי. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> דגירה הצלחות במשך 20 דקות על קרח. לוודא כי הצלחות נשמרות אופקית, כדי להבטיח כיסוי של פני השטח הצלחת עם חיץ תמוגה מלא. נער בעדינות את הצלחות כל 5 דקות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לאסוף את lysate התא בmicrocentrifuge 1.5 מיליליטרצינור ו צנטריפוגות במשך 3 דקות ב 4 ° C ו16,000 XG כדי גלולה חלק בלתי הפתיר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> העברת החלק המסיס, כלומר lysate לתא צינור microcentrifuge טרי 1.5 מ&quot;ל ולשמור על קרח. מייד להמשיך בפרוטוקול שיתוף immunoprecipitation, כדי למנוע ניתוק של חלבוני האינטראקציה. לבצע את כל השלבים עד כמה שניתן על קרח או על 4 מעלות צלזיוס הבאות כדי להגביל את פעילות מפרקי חלבונים בlysates. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> דור של חיסון-מתחמים. הערה: בשלב זה, החלבון של עניין קשור בנוגדן המתאים. כדי לחקור את האינטראקציה NP-MX1, להשתמש נוגדן חד שבטי עכבר אנטי-NP. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> עבור כל דגימה, לערבב 135 μl של lysate עם 2 μl של נוגדנים חד שבטיים אנטי-NP וμl 113 של חיץ הנמוך תמוגה מלח (נפח כולל של 250 μl). אחסן את lysate שנותר ב -20 ° C לניתוח נוסף כגון מערבי סופג, כדי לתעד את רמות הביטוי של Intera ניחששותפי ction בתאי transfected. הערה: לחלופין, למדוד את ריכוז החלבון של lysate (למשל עם מגיב ברדפורד) ולהשתמש בסכום קבוע של חלבון כולל, למשל, 400 מיקרוגרם, עבור כל lysate. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> דגירה תמהיל הנוגדנים lysate במשך 3 שעות על גלגל מסתובב ב 4 מעלות צלזיוס. צעד זה יכול להתארך עד דגירה לילה. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכנת חרוזים חלבון G. הערה: חרוזים החלבון G נשלחים ומאוחסנים ב -20% אתנול לשימור. חרוז-slurry בדרך כלל מורכב מחרוזי 50% וחרוזים האלה צריכים לשטוף לפני שהם משמשים לimmunoprecipitate חיסוניים-מתחמים. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> השתמש 50 μl של חרוזים, כלומר, של חרוז-slurry 100 μl, עבור כל דגימה. שטוף את הסכום של חרוזים הנדרשים לכל הדגימות בassay שיתוף immunoprecipitation בצינור אחד. חותך את הקצה של קצה פיפטה 1 מיליליטר כדי להקל pipetting של חרוז-התרחיף. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> צנטריפוגה חרוז-slurry החלבון G ב 8000 xg ו- 4 מעלות צלזיוס למשך 30 שניות. הסר את פתרון אתנול ולהוסיף נפח שווה של חיץ תמוגה מלח נמוך. צנטריפוגה חלבון חרוז-slurry G ב 8000 XG ו -4 מעלות צלזיוס למשך 30 שניות ולהסיר את supernatant בעדינות. חזור על שלב זה לשטוף 3 פעמים. הערה: מאגר תמוגה מלח הנמוך המשמש ללשטוף את החרוזים לא צריך לכלול מעכבי פרוטאז או nem. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לאמוד את היקף חרוזים חלבון G ולהוסיף נפח שווה של חיץ תמוגה מלח נמוך כדי להפוך 50% חרוז-זבל חדש במאגר תמוגה מלח נמוך. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> עבור כל דגימה, העברת חרוז-slurry 100 μl בצינור microcentrifuge טרי 1.5 מיליליטר ולאחסן על קרח עד לשימוש. להיות זהיר כדי resuspend חרוז-slurry לפני החלוקה, כחרוזים אלה משקעים במהירות לחלק התחתון של הצינור. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Immunoprecipitation של חיסון-המתחמים ידי חלבון G חרוזים וelution. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לפני השימוש בחרוזי החלבון G לimmunoprecipitation, צנטריפוגה כל הצינורות 30 שניות ב 8000 XG ו -4 ° C ולוודא על ידי בדיקה ויזואלית שיש כמות שווה של חרוזים נוכחת בכל הדגימות. אם יש צורך להתאים את כמות חרוזים בחלק מהדגימות ו צנטריפוגות שוב. מחק את supernatants. היזהר שלא להפריע את חרוזים חלבון G pelleted. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בקצרה צנטריפוגות חיסוניים-המתחמים (כלומר., Lysates עם נוגדן, 250 μl) למשך 30 שניות ב 8000 XG ו4 ° C כדי לאסוף את המדגם המלא בחלק התחתון של הצינור. העבר את החיסון-הקומפלקסים לחרוזי חלבון G (50 μl). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> דגירה 60 דקות על גלגל מסתובב ב 4 מעלות צלזיוס. אל דגירה מתחמים חיסוניים אלה דקות ארוכות מ -75 עם חרוזים כדי להפחית מחייב ספציפי של חלבונים לחרוזי חלבון G. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> צנטריפוגה חרוזים חלבון G (עם חיסון מתחמים מאוגדים) למשך 30 שניות ב 8000 XG ו4 ° C ולהסיר supernatants. היזהר שלא להפריע את חרוזים חלבון G pelleted. אופציונאלי: לאחסן זה supernatants על 4 מעלות צלזיוס או -20 ° C לניתוח מאוחר יותר,לדוגמא, כדי לאמוד את כמות החלבון מאוגד. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> שטוף את חרוזי חלבון G לכ 5 דקות עם 900 μl של חיץ תמוגה מלח גבוה. ודא שהחרוזים הם resuspended לחלוטין בחיץ לשטוף שטיפה אופטימלית. צנטריפוגה חלבון G חרוזים למשך 30 שניות ב 8000 XG ו4 ° C וזורקים את supernatants. חזור על שלב זה לשטוף 4 פעמים. היזהר שלא להפריע את חרוזים החלבון G pelleted כדי למנוע אובדן של חומר immunoprecipitated. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לאחר השלב לשטוף האחרון, להוסיף 50 μl של חיץ מדגם Laemmli 2x לחרוזים ולחמם את ההשעיה למשך 10 דקות ב 95 מעלות צלזיוס לelute חלבונים (במשותף) immunoprecipitated. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכן 10 מיליליטר של חיץ 6x Laemmli עם 1 גרם של סולפט dodecyl נתרן, 3.5 מיליליטר של גליצרול, 3.5 מיליליטר של 1 M טריס- HCl pH 6.8 ו 420 μl של β-mercaptoethanol. להסתגל להיקף כולל של 10 מיליליטר על ידי הוספת מים מזוקקים. לדלל 3 פעמים במים מזוקקים כדי להשיג חיץ 2x Laemmli. זהירות: &amp;# 946; -mercaptoethanol הוא רעיל, להכין ולהשתמש חיץ Laemmli במנדף. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לאחר חימום, צנטריפוגות חלבון G חרוזים למשך 30 שניות ב 8000 XG ולאחסן הדגימות ב 4 ° C (לטווח קצר) או -20 ° C (לטווח ארוך). </li></ol></li></ol> 4. ניתוח (שיתוף) החלבונים immunoprecipitated <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> דמיינו את החלבונים המצויים בlysate התא וeluate של שיתוף immunoprecipitation על ידי SDS-PAGE 20 ומערביים סופג 21,22. בדרך כלל נטען במחצית eluate Laemmli על ג&#39;ל. היזהר שלא להפריע את חרוזים חלבון G pelleted כאשר לוקחים דגימות לטעינת ג&#39;ל. MX1 וביטוי NP נחשפו עם אנטי-MX1 ונוגדן אנטי-NP, בהתאמה 14. הלהקות התגלו עם chemiluminescence מבוססת HRP ומפתחי סרט X-ray. </li></ol>

<ol><li>Verhelst, J., Hulpiau, P., Saelens, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mx+proteins%3A+antiviral+gatekeepers+that+restrain+the+uninvited%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiol+Mol+Biol+Rev%22%5BJournal%5D)">Mx proteins: antiviral gatekeepers that restrain the uninvited.</a> Microbiol Mol Biol Rev. 77 (4), 551-566 (2013).</li>
<li>Goujon, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Human+MX2+is+an+interferon-induced+post-entry+inhibitor+of+HIV-1+infection%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Human MX2 is an interferon-induced post-entry inhibitor of HIV-1 infection.</a> Nature. 502 (7472), 559-562 (2013).</li>
<li>Kane, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MX2+is+an+interferon-induced+inhibitor+of+HIV-1+infection%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">MX2 is an interferon-induced inhibitor of HIV-1 infection.</a> Nature. 502 (7472), 563-566 (2013).</li>
<li>Liu, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+interferon-inducible+MxB+protein+inhibits+HIV-1+infection%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Host+Microbe%22%5BJournal%5D)">The interferon-inducible MxB protein inhibits HIV-1 infection.</a> Cell Host Microbe. 14 (4), 398-410 (2013).</li>
<li>Kochs, G., Haller, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Interferon-induced+human+MxA+GTPase+blocks+nuclear+import+of+Thogoto+virus+nucleocapsids%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Interferon-induced human MxA GTPase blocks nuclear import of Thogoto virus nucleocapsids.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 96 (5), 2082-2086 (1999).</li>
<li>Flohr, F., Schneider-Schaulies, S., Haller, O., Kochs, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+central+interactive+region+of+human+MxA+GTPase+is+involved+in+GTPase+activation+and+interaction+with+viral+target+structures%5BTitle%5D)+AND+%22FEBS+Lett%22%5BJournal%5D)">The central interactive region of human MxA GTPase is involved in GTPase activation and interaction with viral target structures.</a> FEBS Lett. 463 (1-2), 24-28 (1999).</li>
<li>Kochs, G., Haller, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GTP-bound+human+MxA+protein+interacts+with+the+nucleocapsids+of+Thogoto+virus+%28Orthomyxoviridae%29%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">GTP-bound human MxA protein interacts with the nucleocapsids of Thogoto virus (Orthomyxoviridae).</a> J Biol Chem. 274 (7), 4370-4376 (1999).</li>
<li>Mitchell, P. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evolution-guided+identification+of+antiviral+specificity+determinants+in+the+broadly+acting+interferon-induced+innate+immunity+factor+MxA%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Host+Microbe%22%5BJournal%5D)">Evolution-guided identification of antiviral specificity determinants in the broadly acting interferon-induced innate immunity factor MxA.</a> Cell Host Microbe. 12 (4), 598-604 (2012).</li>
<li>Patzina, C., Haller, O., Kochs, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structural+requirements+for+the+antiviral+activity+of+the+human+MxA+protein+against+Thogoto+and+influenza+A+virus%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">Structural requirements for the antiviral activity of the human MxA protein against Thogoto and influenza A virus.</a> J Biol Chem. 289 (9), 6020-6027 (2014).</li>
<li>Turan, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nuclear+MxA+proteins+form+a+complex+with+influenza+virus+NP+and+inhibit+the+transcription+of+the+engineered+influenza+virus+genome%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Nuclear MxA proteins form a complex with influenza virus NP and inhibit the transcription of the engineered influenza virus genome.</a> Nucleic Acids Res. 32 (2), 643-652 (2004).</li>
<li>Dittmann, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Influenza+A+virus+strains+differ+in+sensitivity+to+the+antiviral+action+of+Mx-GTPase%5BTitle%5D)+AND+%22J+Virol%22%5BJournal%5D)">Influenza A virus strains differ in sensitivity to the antiviral action of Mx-GTPase.</a> J Virol. 82 (7), 3624-3631 (2008).</li>
<li>Zimmermann, P., Manz, B., Haller, O., Schwemmle, M., Kochs, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+viral+nucleoprotein+determines+Mx+sensitivity+of+influenza+A+viruses%5BTitle%5D)+AND+%22J+Virol%22%5BJournal%5D)">The viral nucleoprotein determines Mx sensitivity of influenza A viruses.</a> J Virol. 85 (16), 8133-8140 (2011).</li>
<li>Manz, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pandemic+influenza+A+viruses+escape+from+restriction+by+human+MxA+through+adaptive+mutations+in+the+nucleoprotein%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Pathog%22%5BJournal%5D)">Pandemic influenza A viruses escape from restriction by human MxA through adaptive mutations in the nucleoprotein.</a> PLoS Pathog. 9 (3), e1003279(2013).</li>
<li>Verhelst, J., Parthoens, E., Schepens, B., Fiers, W., Saelens, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Interferon-inducible+protein+Mx1+inhibits+influenza+virus+by+interfering+with+functional+viral+ribonucleoprotein+complex+assembly%5BTitle%5D)+AND+%22J+Virol%22%5BJournal%5D)">Interferon-inducible protein Mx1 inhibits influenza virus by interfering with functional viral ribonucleoprotein complex assembly.</a> J Virol. 86 (24), 13445-13455 (2012).</li>
<li>Brewer, C. F., Riehm, J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evidence+for+possible+nonspecific+reactions+between+N-ethylmaleimide+and+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Biochem%22%5BJournal%5D)">Evidence for possible nonspecific reactions between N-ethylmaleimide and proteins.</a> Anal Biochem. 18 (2), 248-255 (1967).</li>
<li>Wu, C. Y., Jeng, K. S., Lai, M. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+SUMOylation+of+matrix+protein+M1+modulates+the+assembly+and+morphogenesis+of+influenza+A+virus%5BTitle%5D)+AND+%22J+Virol%22%5BJournal%5D)">The SUMOylation of matrix protein M1 modulates the assembly and morphogenesis of influenza A virus.</a> J Virol. 85 (13), 6618-6628 (2011).</li>
<li>Chen, Z., Zhou, J., Zhang, Y., Bepler, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modulation+of+the+ribonucleotide+reductase+M1-gemcitabine+interaction+in+vivo+by+N-ethylmaleimide%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem+Biophys+Res+Commun%22%5BJournal%5D)">Modulation of the ribonucleotide reductase M1-gemcitabine interaction in vivo by N-ethylmaleimide.</a> Biochem Biophys Res Commun. 413 (2), 383-388 (2011).</li>
<li>Rennie, M. L., McKelvie, S. A., Bulloch, E. M., Kingston, R. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transient+dimerization+of+human+MxA+promotes+GTP+hydrolysis%2C+resulting+in+a+mechanical+power+stroke%5BTitle%5D)+AND+%22Structure%22%5BJournal%5D)">Transient dimerization of human MxA promotes GTP hydrolysis, resulting in a mechanical power stroke.</a> Structure. 22 (10), 1433-1445 (2014).</li>
<li>Gifford, J. L., Walsh, M. P., Vogel, H. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structures+and+metal-ion-binding+properties+of+the+Ca2%2B-binding+helix-loop-helix+EF-hand+motifs%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem+J%22%5BJournal%5D)">Structures and metal-ion-binding properties of the Ca2+-binding helix-loop-helix EF-hand motifs.</a> Biochem J. 405 (2), 199-221 (2007).</li>
<li>Separating Protein with SDS-PAGE. , JoVE. Available from: 
 <a target="_blank" href="http://www.jove.com/science-education/5058/separating-protein-with-sds-page">http://www.jove.com/science-education/5058/separating-protein-with-sds-page</a> (2014).</li>
<li>Gallagher, S., Chakavarti, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Immunoblot+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Immunoblot analysis.</a> J Vis Exp. (16), (2008).</li>
<li>Eslami, A., Lujan, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Western+blotting%3A+sample+preparation+to+detection%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Western blotting: sample preparation to detection.</a> J Vis Exp. (44), (2010).</li>
<li>Pavlovic, J., Haller, O., Staeheli, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Human+and+mouse+Mx+proteins+inhibit+different+steps+of+the+influenza+virus+multiplication+cycle%5BTitle%5D)+AND+%22J+Virol%22%5BJournal%5D)">Human and mouse Mx proteins inhibit different steps of the influenza virus multiplication cycle.</a> J Virol. 66 (4), 2564-2569 (1992).</li>
</ol>

המחברים מצהירים שאין להם אינטרסים כלכליים מתחרים.

לומד את האינטראקציה בין חלבונים אנטי ויראלי והמטרות שלהם הוא מאוד חשוב להבין את פרטי המנגנון אנטי של החלבונים האלה. זה יכול לתת לי תובנות חדשות על איך וירוסים ומארחיהם התפתחו יחד ולהיות הבסיס לפיתוח אסטרטגיות אנטי חדשות. פרוטוקול שיתוף immunoprecipitation מותאם המתואר כאן מאפשר לחקור את האינטראקציה בין חלבוני MX1 העכבר והיעד הנגיפי שלה, חלבון NP שפעת. ההיבט החשוב ביותר של פרוטוקול זה הוא התוספת של nem במאגר תמוגה, כאינטראקצית NP-MX1 היא בלתי ניתנת לגילוי בהעדר nem (איור 3)...

חלבוני התנגדות Myxovirus (MX) הם חלק חשוב של ההגנה החיסונית המולדת נגד פתוגנים נגיפיים. חלבונים אלה הם GTPases כמו dynamin-גדול הנגרמים על ידי הסוג I וסוג III אינטרפרונים. גני Mx המקבילים נמצאים כמעט בכל בעלי חוליות בעותקים אחד או מספר המוצרים והגן לעכב מגוון רחב של וירוסים, כולל Orthomyxoviridae (למשל., וירוס שפעת), Rhabdoviridae (למשל., וירוס stomatitis שלפוחי), Bunyaviridae (למשל. , וירוס LA CROSSE) וRetroviridae (למשל, וירוס כשל חיסוני אנושי-1) 1-4. לא ברור כיצד חלבונים אלה להכיר מגוון רחב כל כך של וירוסים, ללא כל רצף ראשוני משותף לכאורה מוטיבים בוירוסים אלה. ניתוח האינטראקציה של חלבוני MX עם המטרות נגיפיות שלהם, שעלול להיות כרוכות במתחמים מסדר גבוהים יותר עם גורמי תא מארח אחרים, יעזור להבין את המנגנונים המולקולריים tכובע התפתח במרוץ החימוש בין וירוסים ומארחיהם. האינטראקציה בין חלבוני Mx יונקים ומטרות נגיפיות נחקרה בצורה נרחבת ביותר לMXA האנושי. MXA האדם יכול לעכב את השכפול של וירוסים רבים, כוללים שפעת orthomyxoviruses ווירוס Thogoto. MXA נקשר מתחמי Thogoto ribonucleoprotein הווירוס (vRNPs), ובכך למנוע הכניסה הגרעינית שלהם, וכתוצאה מכך הבלוק של זיהום 5. אינטראקציה זו בין vRNPs וירוס MXA וThogoto הודגמה בניסויי שיתוף שקיעה ושיתוף immunoprecipitation 6-9. איך חלבוני Mx לעכב נגיפי שפעת הוא פחות ברור. אחת בעיות עיקריות הוא שזה לא פשוט להפגין אינטראקציה בין חלבון מושלם וזה מוצר גן השפעת. דו&quot;ח אחד הפגין אינטראקציה בין MXA אדם וחלבון NP בשפעת תאים נגועים בוירוס 10. אינטראקציה זו יכולה להיות מוצגת רק על ידי שיתוף immunoprecipitation אם טופלו התאים עם dithiobis cross-linking מגיב (propionate succinimidyl) לפני תמוגה, המצביע על כך האינטראקציה היא חולפת ו / או חלשה. מחקרים מאוחרים יותר הראו כי רגישות Mx ההפרש של זני שפעת שונים נקבעת על ידי המקור של חלבון NP 11,12. בקנה אחד עם זו, נגיפי שפעת יכולים לברוח בחלק משליטת Mx על ידי מוטציה שאריות ספציפיות בחלבון NP 13. הדבר מצביע על כך היעד העיקרי של וירוסי שפעת למארח MX הוא חלבון NP, ככל הנראה NP התאסף במתחמי vRNP. עם זאת, אף אחד מהמחקרים שנעשה לאחרונה הראה יותר אלה אינטראקציה בין השפעת NP או vRNPs וגם MXA אדם או לעכבר MX1. לאחרונה הראו, בפעם הראשונה, אינטראקציה בין השפעת NP וחלבון MX1 עכבר עם פרוטוקול מותאם שיתוף immunoprecipitation 14, שתואר כאן בהרחבה. בשיתוף i הכללית,mmunoprecipitation הוא אחת הגישות הנפוצות ביותר בשימוש ביוכימיים לחקור אינטראקציות חלבון-חלבון. טכניקה זו לעתים קרובות עדיפה על טכניקות חלופיות, למשל, שמרי שתי היברידיים, שכן הוא מאפשר לחקור אינטראקציות חלבון-חלבון בסביבתם הטבעית. Co-immunoprecipitation יכול להתבצע על חלבונים הביעו endogenously אם נוגדנים נגד חלבוני עניין זמינים. לחלופין, חלבוני עניין יכולים לבוא לידי ביטוי בתא דרך transfection או זיהום ותג זיקה ניתן להשתמש. בנוסף ליתרונות שהוזכר לעיל, פרוטוקול שיתוף immunoprecipitation המתואר מאפשר זיהוי של אינטראקציות חלבון חלשות ו / או חולפות. המרכיב העיקרי בפרוטוקול מותאם זה הוא התוספת של N-ethylmaleimide (Nem) במאגר תמוגה התא. Nem הוא מגיב אלקילציה שמגיבה עם קבוצות תיאול חופשיות כמו הווה בcysteines, בpH של 6.5-7.5, כדי ליצור thio-אסתר יציבה(איור 1). ב- pH גבוה יותר, nem יכול גם להגיב עם קבוצות אמינו או לעבור הידרוליזה 15. Nem משמש בדרך כלל כדי לחסום קבוצות תיאול חופשיות, על מנת למנוע היווצרות קשר דיסולפיד או לעכב פעילות האנזימטית. לדוגמא, nem משמש לעתים קרובות כדי לחסום אנזימי desumoylating, אשר פרוטאזות ציסטאין. בפרוטוקול שיתוף immunoprecipitation תאר, nem תחילה כלול במאגר תמוגה משום שכבר דווחו כי sumoylation של חלבוני שפעת יכולה להשפיע על האינטראקציה בין חלבונים נגיפיים 16. באופן בלתי צפוי, התוספת של nem הוכיחה להיות מפתח ללתעד את האינטראקציה בין השפעת NP ועכבר MX1 על ידי שיתוף immunoprecipitation. לא ברור מדוע התוספת של nem היא חיונית כדי לזהות את האינטראקציה NP-MX1. אולי האינטראקציה מדי חולפת ו / או חלשה. Nem יכול לייצב את האינטראקציה, למשל, על ידי שמירת קונפורמציה ספציפית של MX1, חלבון נגיפי או אפילו compo שלישי לא ידועnent. כגון השפעה מייצבת של nem נצפתה לפני, למשל, לאינטראקציה בין reductase ribonucleotide M1 וgemcitabine המעכב (F2dC) 17. MX1 וNP שניהם מכילים שאריות ציסטאין מרובות אשר יכול להיות שונה על ידי nem. לדוגמא, מחקר שנערך לאחרונה על ידי רני et al. הוכיח כי stalkless MXA-variant מכיל שלוש שאריות ציסטאין נחשפו ממס שניתן לשנות על ידי iodoacetamide. מוטציה שאריות אלה לserines לא השפיעה על הפעילות האנזימטית של MXA, אבל מנעה צבירה בתיווך דיסולפיד 18. כcysteines אלה נשמרים בMX1, זה מצביע על כך cysteines המקביל בMX1 ניתן לשנות על ידי nem וכקונפורמציה השפעה כזו או מסיסות. בנוסף, nem עשוי להשפיע גם על פעילות GTPase של MX1, שהוא חיוני לפעילות נגד השפעת של MX1, ובכך לייצב את יחסי הגומלין בין MX1 וNP. עם זאת, השפעה ישירה של nem על acti GTPasevity של MX1 הוא סביר, כnem נדרש גם כדי לזהות את יחסי הגומלין בין השפעת NP וGTPase מוטציות לא פעילה של חלבון MX1 14. ברור, יש צורך במחקר נוסף כדי לפענח את ההשפעה של nem על האינטראקציה NP-MX1. לסיכום, פרוטוקול שיתוף immunoprecipitation המתואר מאפשר לחקור את האינטראקציה בין החלבונים אנטי MX1 והיעד הנגיפי שלה, חלבון NP שפעת. פרוטוקול זה יכול לשמש גם כדי לחקור אינטראקציות חלשות או חולפות אחרות שתלויים בייצוב של תצורות חלבון ספציפיות. אינטראקציה בין חלבונים התלויים בתצורות ספציפיות תוארה קודם לכן, למשל, למחייב חלבוני סידן כגון calmodulin 19. לבסוף, התפקיד מועיל של nem יכול לשמש גם בשיטות אחרות המזהות חלבונים אינטראקציות, כגון מבחני שיתוף שקיעה.

<table><tbody><tr><td>DMEM גלוקוז גבוה</td><td>Gibco</td><td>52100-047</td><td></td></tr><tr><td>N-Ethylmaleimide</td><td>Sigma</td><td>E-3876</td><td></td></tr><tr><td>Toxic Igepal CA-630</td><td>Sigma</td><td>I-30212</td><td>הידוע גם בשם קוקטייל מעכב פרוטאז NP40</td></tr><tr><td></td><td>Roche</td><td>11 873 580 001</td><td></td></tr><tr><td>נוגדן חד שבטי נגד NP</td><td>NIH הגנה ביולוגית וזיהומים מתעוררים מאגר</td> <td>משאבי מחקרNR-4282</td><td>תערובת מיימת של שיבוטים A1 ו-A3</td></tr><tr><td>אנטי-RNP סרום פוליקלונלי</td><td>NIH הגנה ביולוגית וזיהומים מתעוררים מאגר משאבי מחקר</td><td>NR-3133</td><td>מכוון נגד A/Scotland/840/74 (H3N2)</td></tr><tr><td>Protein G Sepharose 4FF</td><td>GE Healthcare</td><td>17-0618-01</td><td></td></tr><tr><td>Hyperfilm ECL 18 x 24 ס"מ</td><td>GE Healthcare</td><td>28-9068-36</td><td></td></tr><tr><td>ECL מצע כתמים מערבי</td><td>פירס</td><td>32106</td><td></td></tr></tbody></table>

שיתוף immunoprecipitation של חלבון העכבר mx1 עם nucleoprotein וירוס השפעת

Co-immunoprecipitation of the Mouse Mx1 Protein with the Influenza A Virus Nucleoprotein

חקר האינטראקציה בין חלבונים הוא המפתח להבנת התפקוד שלהם. שיטה חזקה מאוד המשמשת לעתים קרובות לחקר אינטראקציות של חלבונים עם מקרומולקולות אחרות בדגימה מורכבת נקראת קו-אימונו-משקעים. פרוטוקול הקו-אימונו-משקעים המתואר מאפשר להדגים ולחקור עוד יותר את האינטראקציה בין חלבון העמידות האנטי-ויראלי למיקסווירוס 1 (Mx1) לבין אחת המטרות הוויראליות שלו, נוקלאופרוטאין נגיף השפעת A (NP). הפרוטוקול מתחיל בתאי יונקים שעברו טרנספטציה, אך ניתן גם להשתמש בתאים נגועים בנגיף שפעת A כחומר מוצא. לאחר ליזיס תאים, חלבון ה-NP הנגיפי נמשך כלפי מטה עם נוגדן ספציפי והקומפלקסים החיסוניים המתקבלים משקעים עם חרוזי חלבון G. המשיכה המוצלחת של NP והקו-אימונו-משקעים של חלבון Mx1 האנטי-ויראלי מתגלים לאחר מכן על ידי כתמים מערביים. תנאי מוקדם למשקעים חיסוניים מוצלחים של Mx1 עם NP הוא נוכחות של N-ethylmaleimide (NEM) במאגר הליזיס של התאים. NEM אלקילטים משחררים קבוצות תיול. יש להניח שתגובה זו מייצבת את האינטראקציה החלשה ו/או החולפת NP-Mx1 על ידי שימור קונפורמציה ספציפית של Mx1, המטרה הנגיפית שלו או מרכיב שלישי לא ידוע. מגבלה חשובה של ניסויי קו-אימונו-משקעים היא משיכה לא מכוונת של חלבונים מזהמים, הנגרמת על ידי קשירה לא ספציפית של חלבונים לחרוזי החלבון G או לנוגדנים. לכן, חשוב מאוד לכלול הגדרות בקרה כדי לא לכלול תוצאות חיוביות כוזבות. ניתן להשתמש בפרוטוקול הקו-אימונו-משקעים המתואר כדי לחקור את האינטראקציה של חלבוני Mx ממיני בעלי חוליות שונים עם חלבונים ויראליים, כל זוג חלבונים, או של חלבון עם מקרומולקולות אחרות. יש לבדוק את התפקיד המועיל של NEM לייצוב אינטראקציות חלשות ו/או חולפות עבור כל זוג אינטראקציות בנפרד.

N-ethylmaleimide היא תרכובת אורגנית שיכול לשמש כדי לשנות באופן בלתי הפיך קבוצות תיאול חופשיות, למשל לעכב פרוטאזות ציסטאין (איור 1). החלבון אנטי MX1 מעכב שפעת שכפול נגיף על ידי אינטראקציה עם nucleoprotein ויראלי. פרוטוקול שיתוף immunoprecipitation מותאם המתואר כאן מאפשר ללמוד אינטראקציה NP-MX1 זה. תאי HEK293T היו transfected עם וקטורי ביטוי לחלבון MX1 אנטי בהעדר או הנוכחות של חלבון NP שפע...

פרוטוקול קו-אימונו-משקעים זה מאפשר לחקור את האינטראקציה בין נוקלאופרוטאין של נגיף השפעת A לבין החלבון האנטי-ויראלי Mx1 בתאים אנושיים. הפרוטוקול מדגיש את החשיבות של N-ethylmaleimide להצלחה של קו-אימונו-משקעים של Mx1 ונוקלאופרוטאין של נגיף השפעת A.

שיתוף immunoprecipitation של חלבון העכבר MX1 עם nucleoprotein וירוס השפעת

Studying the interaction between proteins is key in understanding their function(s). A very powerful method that is frequently used to study interactions ...

המטרה הכוללת של פרוצדורה זו היא להדגים את האינטראקציה בין חלבון ה-MX1 האנטי-ויראלי לבין המטרה הויראלית שלו, חלבון ה-nucleoprotein של שפעת, באמצעות co-immunoprecipitation. פעולה זו מבוצעת תחילה על ידי ליזיס של תאים שעברו טרנספקציה ומכילים את שני החלבונים בנוכחות ide. השלב השני הוא הוספת נוגדן ספציפי לחלבון הגרעיני כדי שייקשר לחלבון ה-nucleoprotein של השפעת ולחלבון ה-MX1 המקשר אליו.בשלב הבא, קומפלקסים חיסוניים שנוצרו משוקקעים באמצעות חרוזי protein G, והחלבונים המזהמים מוסרים באמצעות שטיפות נרחבות. השלב הסופי הוא אלוציה של חלבון הגרעין של השפעת ושל חלבון ה-MX one שהשקיע יחד איתו מהחרוזים של protein G. לבסוף, נעשה שימוש ב-western blotting כדי להראות את האינטראקציה בין חלבון הגרעין של השפעת לבין חלבון ה-MX one האנטי-ויראלי.היתרון המרכזי של טכניקה זו על פני שיטות קיימות, כגון שתי שיטות ההיבריד הללו, הוא שהחלבונים המקיים אינטראקציה נמצאים בסביבתם הטבעית, שהיא התא האנושי. שיטות אלו יכולות לספק תובנה לגבי האינטראקציה בין חלבון הגרעין של נגיף השפעת לבין החלבון האנטי-ויראלי AMX1, אך ניתן להתאימן גם כדי לחקור אינטראקציות חלבוני-חלבון חלשות או חולפות אחרות. הטכניקה תוּדגם במהלך הסרטון על ידי קולגה מהמעבדה שלי. הכין את כל תמיסורי הטרנספקציה כפי שמתואר בפרוטוקול הטקסט הנלווה.דללו את ה-DNA מהפלזמה לתוך 600 µL של tris EDTA. לאחר מכן, הוסיפו 150 µL של HEPES buffered calcium chloride בדמעות לדגימות הפלסמיד, וערבבו על ידי שאיבה ופליטה (pipetting) של הנוזל שלוש פעמים. הוסיפו את התוצאה, 750 µL של תמיסת פלסמיד, בטיפות לתוך 750 µL של HEPES buffered saline שהוכנסו לפלטת שש בארות (six well plate) נקייה.יש לוודא שפתרון הפלסמיד מופץ באופן שווה על פני כל הבאר. לאחר מכן, יש להניח את תמיסת הטרנספקציה על מנער פלטות למשך 90 שניות במהירות של 1000 RPMs, ולאחר מכן להדגיר את התערובת בטמפרטורת החדר למשך חמש דקות. קחו צלחת פטרי מצופה לתרבית רקמה בקוטר תשעה סנטימטרים המכילה תאי HEC 2 9 3 T, כאשר התאים נמצאים במצב של sub confluent ביום הטרנספקציה.באמצעות מיקרופיפט P 1000, הוסיפו את תמיססת הטרנספקציה בטפטוף אל התאים, תוך הקפדה על פיזור אחיד של התערובת על פני כל הפלטה. כאשר כל 1.5 milliliters של תמיססת הטרנספקציה הוספו, נערה את הפלטה בעדינות, והדגירו את התאים בטמפרטורה של 37 °C וב-5% carbon dioxide למשך שש שעות. לאחר מכן, שאבו את המצע והחליפו אותו מיד ובבעדינות ב-12 milliliters של מצע טרי שחומם מראש.כדי למנוע התנתקות תאים. הכינו את כל תמיסאות הליזיס הריכוזיות (stock) כפי שמתואר בפרוטוקול הטקסט המצורף. לאחר ההכנה, שטפו את התאים עם 2 mL של PBS קר מאוד. בצעו את השטיפה בעדינות, מכיוון שתאי HEC 2 9 3 T מתנתקים בקלות.בשלב הבא, הסירו את ה-PBS והוסיפו 600 µL של תמיסת ליזיס (lysis buffer) עם ריכוז נתרן נמוך, קרה מאוד, לכל פלטה, והניחו אותן על קרח למשך 20 דקות. בכל חמש דקות, נערו בעדינות כל פלטה וודאו שהפלטות נשמרות במצב אופקי. אספו את ליזט התאים לשפופרת מיקרו-צנטריפוגה של 1.5 mL וסובבו אותה במשך שלוש דקות בטמפרטורה של 4 °C ובמהירות של 16,000 ×g, כדי לשקיע את הפракציה הבלתי מסיסה. העבירו את הפракציה המסיסה לשפופרת מיקרו-צנטריפוגה חדשה של 1.5 mL והניחו אותה על קרח.בצע את השלבים הנותרים ככל האפשר על קרח או בטמפרטורה של ארבע מעלות כדי להגביל את הפעילות הפרוטאוליטית בליזאטים. להכנת הקומפלקסים החסוניים, ערבב 135 µL של ליזאט עם 2 µL של נוגדן מונוקלונלי anti NP ו-113 µL של בופר ליזה בעל ריכוז מלח נמוך. לנפח כולל של 250 µL, אחסן את שארית הליזאט במינוס 20 מעלות צלזיוס.לצורך ניתוחים נוספים כגון western blotting, דגרו את תערובת הנוגדן והליזאט למשך שלוש שעות ועד ללילה על גלגל סיבוב בטמפרטורה של 4 °C. לאחר מכן, הכינו את חרוזי ה-protein G על ידי הוספת 100 µL של תרחיף חרוזים לכל דגימה לשפרוה נפרדת. סבבו את התרחיף בצנטריפוגה במהירות של 8,000 ×g ובטמפרטורה של 4 °C למשך 30 שניות והסירו את תמיסת האתנול שבה הם מאוחסנים.הוסיפו נפח שווה של בופר ליזיס (lysis buffer) עם ריכוז נתרן נמוך וקר מאוד, וערבבו בעדינות. סבבו שוב את תגליל חרוזי ה-protein G בצנטריפוגה ב-8,000 ×g ובטמפרטורה של 4 °C למשך 30 שניות. לאחר מכן, הסירו בזהירות את הנוזל העליון (supernatant). העריכו את נפח חרוזי ה-protein G שנותרו, והוסיפו נפח שווה של בופר ליזיס עם ריכוז נתרן נמוך וקר מאוד כדי ליצור תגליל חרוזים חדש בריכוז של 50% בבופר ליזיס עם ריכוז נתרן נמוך.השעה את התרחיף והעבר 100 µL לשפופרת צנטריפוגה נקייה של 1.5 mL. אחסן את השפופרת על קרח עד למועד השימוש בחרוזי protein G לצורך immunoprecipitation; צנטריפוג את כל השפופרות למשך 30 שניות ב-8,000 ×g ובטמפרטורה של 4 °C. לאחר מכן, ודא באמצעות בדיקה חזותית כי קיימות כמויות שוות של חרוזים בכל הדגימות.במידת הצורך, התאימו את כמות החרוצים בחלק מהדגימות וסבבו שוב בצנטריפוגה. לאחר שכל הדגימות נראות שוות לנפח של כ-50 microliters, השליכו את העלויות תוך הקפדה שלא להפריע לחרוצי protein G השקועים. לאחר מכן, סבבו בקצרה את הקומפלקסים החסוניים בצנטריפוגה למשך 30 שניות ב-8,000 ×g ובטמפרטורה של 4 °C כדי לרכז את הדגימה בתחתית המבחנה.לאחר מכן, העבירו את כל הקומפלקסים החיסוניים לחרוזי protein G. דגרו למשך 60 דקות על גלגל סיבוב בטמפרטורה של ארבע מעלות צלזיוס. אין לדגור את החרוזים עם הקומפלקסים החיסוניים למשך יותר מ-75 דקות. דגירה למשך זמן רב יותר מגבירה את הקישור הלא-ספציפי של חלבונים לחרוזי protein G.לאחר מכן, סבבו בצנטריפוגה את חרוזי ה-protein G יחד עם הקומפלקסים החיסוניים שנקשרו אליהם. הסירו את העליון (supernatants), אך היזהרו לא להפריע למשקע של חרוזי ה-protein G. לאחר מכן, שטפו את חרוזי ה-protein G למשך כחמש דקות עם 900 µL של בופר ליזיס בריכוז מלח גבוה.וודאו שהחרוזיים תלוים באופן מלא במאזן השטיפה. לשטיפה אופטימלית, סבב את חרוזי protein G בצנטריפוגה למשך 30 שניות ב-8, 000 ×g ובטמפרטורה של ארבע מעלות צלזיוס והסר את על-מבאי השקיעה. היזהר לא להפריע למשקע של חרוזי protein G כדי למנוע אובדן של החומר שהושקה בשיטת אימונו-פרסיפיטציה.לאחר שלב השטיפה האחרון, הוסף 50 µL של Two x Laemmli sample buffer לחרוזים וחמם את התרחיף במשך 10 דקות ב-95 °C כדי לשחרר את החלבונים המשקעים. לאחר החימום, צנטריפוג את חרוזי ה-protein G למשך 30 שניות ב-8,000 ×g.G. לאחר מכן, אחסנו את הדגימות בטמפרטורה של 4 °C אם הן ישמשו באופן מיידי, או בטמפרטורה של 20 °C- לאחסון לטווח ארוך. מוצג כאן western blot של ניסוי co immunoprecipitation שבו מופיעות שתי דגימות: אחת, שבה נוכחים הן החלבון האנטי-ויראלי MX1 והן חלבוני הגרעין של נגיף השפעת A, ובקרה שבה נוכח חלבון MX1 בלבד. blot זה הוכיח שחלבון MX1 עובר co immunoprecipitation רק בנוכחות ביטוי משותף של חלבון הגרעין של נגיף השפעת A.כאן ניתן לראות את החשיבות של שימוש בחומר האלקיליציה N ide. בעת הכנת ליזאטים של תאים בנוכחות N ylm, ניתן לזהות את האינטראקציה של NP MX one, אך בהיעדרו, אינטראקציה זו אינה ניתנת לזיהוי. שיטה זו רב-גונית מאוד וניתן להשתמש בה כדי להעריך את השקיעה המשותפת (co-immunoprecipitation) של MX one עם influenza, וירוס, חלבון גרעיני מליזאטים המופקים מתאים תאים, תאים נגועים, או כאלו המופקים מ-varians.לאחר צפייה בסרטון זה, תהיה לכם הבנה טובה של אופן ביצוע ניסוי של שיקוע חיסוני משותף (co-immunoprecipitation). יתרה מכך, הוספה של מדיום לליזיס של התאים מאפשרת לחקור אינטראקציות חלשות או חולפות בין חלבונים, כגון האינטראקציה בין חלבון גרעיני של נגיף השפעת לבין החלבון האנטי-ויראלי Amex one.

co-immunoprecipitation-mouse-mx1-protein-with-influenza-virus

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

אימונולוגיה וזיהומים

הגנום של שפעת וירוס כוללת שמונה מתחמים נפרדים של רנ"א וחלבונים, כינה מתחמי ribonucleoprotein ויראלי (vRNPs). מאמר זה מתאר את שיפוע גליצרול טיהור במיקרוסקופ אלקטרונים הילוכים להדמיה של שפעת vRNPs.

טיהור ויזואליזציה של שפעת מכלולים Ribonucleoprotein ויראלי

שיטה זו מתארת ​​את השימוש במערכת הדמיה צבע אינפרא אדום מבוסס על זיהוי של H1N1 בנוזל bronchioalveolar (BAL) שטיפה של עכברים נגועים על רגישות גבוהה. מתודולוגיה זו ניתן לבצע 96 - או 384 גם צלחת, דורש &lt;10 נפח μl של חומר הבדיקה יש פוטנציאל הקרנה בו זמנית של פתוגנים רבים.

תפוקה גבוהה איתור שיטת וירוס השפעת

נגיפי שפעת לשכפל גנום הרנ"א שלהם בשיתוף עם הכרומטין מארח תאים. כאן, אנו מציגים שיטה לטיהור שלמים מתחמי ribonucleoprotein ויראלי של הכרומטין של תאים נגועים. מטוהרים מתחמי ויראלי יכול להיות מנותח על ידי כתם הן המערבי תחל הרחבה של חלבון ותוכן RNA, בהתאמה.

זיקה טיהור של נגיף השפעת תסביכים Ribonucleoprotein של הכרומטין של תאים נגועים

סרטון זה מדגים את המשקעים החיסוניים של מקטעי DNA המקושרים עם חלבון מטרה מליזטים של נוירון מוטורי שמקורו בתאי גזע באמצעות חרוזים מגנטיים מצופים נוגדנים ספציפיים לחלבון מטרה.

משקעים חיסוניים של קומפלקסים חלבון-DNA מטרה מ נוירון מוטורי ליזט

יש חוסר ידע כללי על אופן פעולת החיסונים. כאן אנו מציעים שימוש משולב בגנטיקה הפוכה ועכברים כימריים של מח עצם כדי לקבל תובנה לגבי התגובות החיסוניות המוקדמות של המארח לחיסונים עם דגש מיוחד על תאים דנדריטיים וחסינות תאי T.

Intranasal המינהל של החיסונים שפעת רקומביננטי במודלי כימרי עכבר ללמוד חסינות רירית

מאמר זה מתאר פרוטוקול פשוט ומהיר להערכת המצב האוליגומרי של חלבון GTPase MxA דמוי דינמין מליזאטים של תאים אנושיים באמצעות שילוב של PAGE שאינו דנטורציה עם ניתוח כתמים מערביים.

אפיון של קומפלקסים חלבונים Multi-למקטע של MxA האדם שימוש ללא denaturing polyacrylamide ג&#39;ל אלקטרופורזה

וירוסים שפעת A (IAVs) הם חשובים פתוגנים הנשימה האנושית. כדי להבין את פתוגניות של IAVs וכדי לבצע בדיקות פרה גישות חיסון הרומן, חייתיים מחקה פיזיולוגיה אנושית נדרשים. כאן, אנו מתארים שיטות להערכת iav ב פתוגנזה, התגובות ההורמונאלית, יעילות החיסון באמצעות מודל של העכבר של זיהום.

מחקרים וירוס שפעת A במודל של עכברים של זיהום

במחקר זה, אנו מציגים פרוטוקול לבצע שני הפוטונים intravital הדמיה ותא ניתוח אינטראקציות בין רירית והכו אותי מאתר לאחר ההדבקה בנגיף שפעת. פרוטוקול זה יהיה רלוונטי עבור החוקרים ללמוד את הדינמיקה תא החיסון במהלך זיהומים בדרכי הנשימה.

אינטראקציה תא הדמיה ב רירית והכו אותי במהלך זיהום בנגיף שפעת באמצעות מיקרוסקופ שני הפוטונים Intravital

מאמר זה מתאר פרוטוקולים של הערכת תגובת Tfh ו- GC B במודל העכבר של זיהום וירוס שפעת.

הערכה של תאי עוזר T זקיקים ותגובת מרכז חיידקים במהלך שפעת זיהום וירוס בעכברים

הצלה של שפעת וירוסים מ-DNA פלסמיד היא טכניקה ניסויית בסיסי וחיוני המאפשר לחוקרים שפעת לייצר וירוסים רקומביננטי ללמוד היבטים מרובים הביולוגיה של נגיף השפעת, וכן לשמש וקטורים או חיסונים פוטנציאליים.

הדור של וירוס שפעת רקומביננטי מ-DNA פלסמיד

למד שיתוף immunoprecipitation של חלבון MX1 עם nucleoprotein של וירוס השפעת בעכברים. שיטה זו מדגימה אינטראקציות חלבוניות בסביבה תאית טבעית ומסייעת בחקר מנגנונים נגד-ויראליים.

שיתוף immunoprecipitation של חלבון העכבר MX1 עם nucleoprotein וירוס השפעת

גלה סרטונים נוספים