מינוף משאבים CyVerse עבור
10.2K צפיות
•
צוטט 7 פעמים
•
10:41 דק׳
•
9 במאי 2017
DOI :10.3791/55009-v
9 במאי 2017
•10.2K צפיות
Blake L. Joyce1,2 , Asher K. Haug-Baltzell3 , Jonathan P. Hulvey4 , Fiona McCarthy5 , Upendra Kumar Devisetty1,6 , Eric Lyons1,2,3
1BIO5 Institute, University of Arizona, 2The School of Plant Sciences, University of Arizona, 3Genetics GIDP, University of Arizona, 4Biology Department, University of Massachusetts Amherst, 5School of Animal and Comparative Biomedical Sciences, University of Arizona, 6CyVerse, University of Arizona
פרוטוקול זה מתאר זרימת עבודה השוואתית של הרכבה והערות של טרנסקריפטום דה נובו עבור ביואינפורמטיקאים מתחילים. זרימת העבודה זמינה בחינם לחלוטין דרך CyVerse ומחוברת על ידי מאגר הנתונים. נעשה שימוש בשורת פקודה ובממשקי משתמש גרפיים, אך כל הקוד הדרוש זמין להעתקה והדבקה.
Chapters in this video
0:05
כותרת
1:03
הגדרת הפרויקט, העלאת קריאות רצף גולמיות והערכת קריאות באמצעות FastQC
3:31
קיטום וסינון איכות של קריאות גולמיות להשגת רצפים באיכות גבוהה
4:32
הרכבת טרנסקריפטום *De Novo* באמצעות Trinity ב-Atmosphere
6:42
ניתוח ביטוי דיפרנציאלי זוגי באמצעות DESeq2 ב-DE
7:38
תוצאות: דוחות FastQC ו-rnaQUAST
9:24
סיכום
Related Videos
זכויות יוצרים © 2026 MyJoVE Corporation. כל הזכויות שמורות.