Name: ניתוח אוטומטי של אוכלוסיה מבוססת נמטודות מבוססי Assay העדפה (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-07-13T14:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 44 s
Description: למדו פרוטוקול לניתוח התנהגות אוטומטי של Caenorhabditis elegans באמצעות מערכת רב-מצלמות וניתוח וידאו. השיטה מאפשרת מדידה סימולטנית של העדפות כימוסנסוריות באוכלוסיות נמטודות.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

כמה זנים סופקו על ידי המרכז הגנטיקה Caenorhabditis (CGC), אשר ממומן על ידי NIH משרד תוכניות מחקר מחקר (P40 OD010440). עבודה זו נתמכת על ידי הווארד יוז רפואי המכון, שבו PWS הוא חוקר.

<ol><li>White, J. G., Southgate, E., Thomson, J. N., Brenner, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+structure+of+the+nervous+system+of+the+nematode+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Philos+Trans+R+Soc+Lond+B+Biol+Sci%22%5BJournal%5D)">The structure of the nervous system of the nematode Caenorhabditis elegans.</a> Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 314, 1-340 (1986).</li>
<li>Bargmann, C. I., Horvitz, H. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chemosensory+neurons+with+overlapping+functions+direct+chemotaxis+to+multiple+chemicals+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Neuron%22%5BJournal%5D)">Chemosensory neurons with overlapping functions direct chemotaxis to multiple chemicals in C. elegans.</a> Neuron. 7 (5), 729-742 (1991).</li>
<li>Bargmann, C. I., Hartwieg, E., Horvitz, H. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Odorant-selective+genes+and+neurons+mediate+olfaction+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Odorant-selective genes and neurons mediate olfaction in C. elegans.</a> Cell. 74 (3), 515-527 (1993).</li>
<li>Hilliard, M. A., Bargmann, C. I., Bazzicalupo, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((C.+elegans+responds+to+chemical+repellents+by+integrating+sensory+inputs+from+the+head+and+the+tail%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Biol%22%5BJournal%5D)">C. elegans responds to chemical repellents by integrating sensory inputs from the head and the tail.</a> Curr Biol. 12 (9), 730-734 (2002).</li>
<li>Hilliard, M. A., Bergamasco, C., Arbucci, S., Plasterk, R. H., Bazzicalupo, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Worms+taste+bitter%3A+ASH+neurons%2C+QUI-1%2C+GPA-3+and+ODR-3+mediate+quinine+avoidance+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">Worms taste bitter: ASH neurons, QUI-1, GPA-3 and ODR-3 mediate quinine avoidance in Caenorhabditis elegans.</a> EMBO J. 23 (5), 1101-1111 (2004).</li>
<li>Zariwala, H. A., Miller, A. C., Faumont, S., Lockery, S. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Step+response+analysis+of+thermotaxis+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22J+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Step response analysis of thermotaxis in Caenorhabditis elegans.</a> J Neurosci. 23 (10), 4369-4377 (2003).</li>
<li>Ward, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chemotaxis+by+the+nematode+Caenorhabditis+elegans%3A+identification+of+attractants+and+analysis+of+the+response+by+use+of+mutants%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Chemotaxis by the nematode Caenorhabditis elegans: identification of attractants and analysis of the response by use of mutants.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 70 (3), 817-821 (1973).</li>
<li>Wicks, S. R., de Vries, C. J., van Luenen, H. G., Plasterk, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CHE-3%2C+a+cytosolic+dynein+heavy+chain%2C+is+required+for+sensory+cilia+structure+and+function+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">CHE-3, a cytosolic dynein heavy chain, is required for sensory cilia structure and function in Caenorhabditis elegans.</a> Dev Biol. 221 (2), 295-307 (2000).</li>
<li>Jansen, G., Weinkove, D., Plasterk, R. H. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+G-protein+subunit+gpc-1+of+the+nematode+C.+elegans+is+involved+in+taste+adaptation%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">The G-protein subunit gpc-1 of the nematode C. elegans is involved in taste adaptation.</a> EMBO J. 21 (5), 986-994 (2002).</li>
<li>Srinivasan, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+blend+of+small+molecules+regulates+both+mating+and+development+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">A blend of small molecules regulates both mating and development in Caenorhabditis elegans.</a> Nature. 454 (7208), 1115-1118 (2008).</li>
<li>Choe, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ascaroside+signaling+is+widely+conserved+among+nematodes%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Biol%22%5BJournal%5D)">Ascaroside signaling is widely conserved among nematodes.</a> Curr Biol. 22 (9), 772-780 (2012).</li>
<li>Ezcurra, M., Tanizawa, Y., Swoboda, P., Schafer, W. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Food+sensitizes+C.+elegans+avoidance+behaviours+through+acute+dopamine+signalling%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">Food sensitizes C. elegans avoidance behaviours through acute dopamine signalling.</a> EMBO J. 30 (6), 1110-1122 (2011).</li>
<li>Ward, A., Liu, J., Feng, Z., Xu, X. Z. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Light-sensitive+neurons+and+channels+mediate+phototaxis+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Light-sensitive neurons and channels mediate phototaxis in C. elegans.</a> Nat Neurosci. 11 (8), 916-922 (2008).</li>
<li>Kunitomo, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Concentration+memory-dependent+synaptic+plasticity+of+a+taste+circuit+regulates+salt+concentration+chemotaxis+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Concentration memory-dependent synaptic plasticity of a taste circuit regulates salt concentration chemotaxis in Caenorhabditis elegans.</a> Nat Commun. 4, 2210(2013).</li>
<li>Snow, J. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Two+anterograde+intraflagellar+transport+motors+cooperate+to+build+sensory+cilia+on+C.+elegans+neurons%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Two anterograde intraflagellar transport motors cooperate to build sensory cilia on C. elegans neurons.</a> Nat Cell Biol. 6 (11), 1109-1113 (2004).</li>
<li>Tobin, D. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Combinatorial+expression+of+TRPV+channel+proteins+defines+their+sensory+functions+and+subcellular+localization+in+C.+elegans+neurons%5BTitle%5D)+AND+%22Neuron%22%5BJournal%5D)">Combinatorial expression of TRPV channel proteins defines their sensory functions and subcellular localization in C. elegans neurons.</a> Neuron. 35 (2), 307-318 (2002).</li>
<li>Waggoner, L. E., Zhou, G. T., Schafer, R. W., Schafer, W. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Control+of+alternative+behavioral+states+by+serotonin+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Neuron%22%5BJournal%5D)">Control of alternative behavioral states by serotonin in Caenorhabditis elegans.</a> Neuron. 21 (1), 203-214 (1998).</li>
<li>Sawin, E. R. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22Genetic+and+cellular+analysis+of+modulated+behaviors+in+Caenorhabditis+elegans%22">Genetic and cellular analysis of modulated behaviors in Caenorhabditis elegans</a>. , M.I.T. Cambridge, MA. (1996).</li>
<li>Ramot, D., Johnson, B. E., Berry, T. L., Carnell, L., Goodman, M. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+parallel+worm+tracker%3A+A+platform+for+measuring+average+speed+and+drug-induced+paralysis+in+nematodes%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">The parallel worm tracker: A platform for measuring average speed and drug-induced paralysis in nematodes.</a> PLoS One. 3 (5), e2208(2008).</li>
<li>Swierczek, N. A., Giles, A. C., Rankin, C. H., Kerr, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-throughput+behavioral+analysis+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">High-throughput behavioral analysis in C. elegans.</a> Nat Methods. 8 (7), 592-598 (2011).</li>
</ol>

למחברים אין מה לגלות.

צעד קריטי בפרוטוקול הוא להבטיח כי צלחות assay יש רמה עקבית של יובש על פני ימים ניסיוניים שונים. רמות יובש שונות יגרמו לשיעורי דיפוזיה שונים של הפתרון לתוך אגר וכתוצאה מכך, שינויים בתוצאות ההתנהגותיות. לפיכך, צלחות assay תמיד צריך להיות טרי על אחר הצהריים לפני ניסויים. מספר תולעים נבדק לכל assay צריך גם להיות מוסדר עבור הקלות השוואה בין טיפולים. עבור התייחסות, תולעת wild-type מטילה 4-10 ביצים / h על התשואה הממוצע&gt; 360 תולעים לכל assay אם פרוטוקול סינכרון תולעת לעיל הוא אחריו 17 . אם זנים מסוימים מוטציה הם ביצים הנחת פגום, לבחור יותר תולעים מבוגר גרב לביצה להטיל להגיע למספר היעד של הצאצאים. צעד חשוב נוסף בפרוטוקול הוא לטפל בתולעים בעדינות במהלך תהליך הכביסה ותולעת. תולעים רגישות לגירויים מכניים, אשר מעוררים תגובות מתח כגון<html> היפוך מעכבי ביצים 18 . יתר על כן, יש להקפיד להגדיר את ההחזר על ההשקעה במדויק ולקבוע את הערך האופטימלי סף קבוע עבור תנאי תאורה ספציפיים לפני שתמשיך עם ניתוח וידאו. כמו כן, מומלץ לחזור על תהליך הכיול ותהליך הסף אם חלף פרק זמן ממושך מאז הפעלת הניסוי האחרון. מגבלה של שיטה זו היא כי היא אינה מתאימה assaying תולעים קטנות אוכלוסיות. עם זאת, אם הבקרות המתאימות כדי לקבוע את ההשפעה של נוכחות של מזון על התנהגות חושית מבוצעות, ולאחר מכן ניצול מזון כדי להגביל את המיקום הגלישה מרחבית תולעים כמו assay השמירה אפשרי גם עם ההתקנה הזו. בנוסף, שיטה זו אינה מיועדת ללימוד ניווט גירויים גירוי בשל הקרבה ואת כמויות קטנות של שליטה וטיפות פתרון ניסיוני בשימוש. E_content &quot;&gt; בעתיד, תוכנת תכנות המאפשרת רב תולעת מעקב יחיד תולעת תכונה תולעת יכול להיות משולב לתוך מערכת זו 19 , 20. הקלטה פרמטרים התנהגות עדינה של התנהגות תולעת בודדת כגון מהירויות היפוך משרעת של כיפוף הגוף יספק תמונה מפורטת יותר של התנהגות chemosensory של תולעת בודדת בהקשר של assay מבוססי אוכלוסיה.ה assay יכול גם להיות שונה ללמוד הרגל על ​​ידי חורים משעמם באמצעות ההחזר על ההשקעה באמצעות מחטים מזרק עם גודל מד המתאים ומילוי החורים עם אגר חדורים עם מתחם ניסיוני או חיץ בקרה.זה יבטיח ריכוז השטח עקבית יותר של המתחם על פני תקופה ארוכה יותר של זמן ההקלטה כפי שנדרש במהלך מחקרים הרגולציה.יישום פוטנציאלי נוסף של שיטה זו היא לערוך מחקרים התנהגות השוואתית על פני מינים שונים nematode. בנוסף, תא התנהגותיכול להיות שונה במספר דרכים ללמוד תגובות התנהגותיות לגירויים multimodal. עבור יישומים optogenetic, בעוצמה גבוהה LED מערכים ניתן לחבר ליד המצלמה הר כדי סלקטיבי להפעיל נוירונים של עניין במהלך assay. אלמנטים חימום, מערכות קירור, חיישני טמפרטורה ניתן גם להוסיף את ההתקנה כדי ללמוד את ההשפעות של טמפרטורה על התנהגויות חושיות. יתר על כן, הריח מערכות משלוח יכול להיות מותקן בתוך החדר לחקור אינטראקציות בין אודורנסורי ו chemosensory modalities.

חיות החיות חייבות לשלב תשומות ממספר שיטות חישה ולבחור אסטרטגיות התנהגותיות מתאימות כדי לנווט בהצלחה את סביבתן. ההבנה כיצד מקבלים תשומות סנסוריות חיצוניות ומועברות לתוך מידע עצבי להנחיית בחירה בפעולה היא מטרה מרכזית בתחום הנוירוביולוגיה. נמטודת הגדילה הגנטית, C. elegans , היא אורגניזם מודל אטרקטיבי שבו ניתן לחקור את המנגנונים העצביים שבבסיס הביולוגיה החושית והאינטגרציה המולטימודלית. למרות C. elegans יש רק 302 נוירונים, הוא יכול לזהות להבחין בין מגוון רחב של גירויים סביבתיים, כולל תרכובות מסיסות, ריחני נדיפים, טמפרטורת הסביבה 1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 . הNematode C. elegans מסתמך בכבדות על מנגנון chemosensory שלה כדי למקם מקורות מזון להתריע בפני איומים פוטנציאליים. לפיכך, מבחני התנהגות שנועדו לסנן את התגובות של wild-type ומוטנטים C. elegans כדי גירויים כימיים לשחק תפקיד מכריע לנתח את המנגנונים הגנטיים, הסלולר, ואת עצבי ביסוד C. elegans &#39;יכולות חושיות יוצאת דופן. כדי לענות על התגובה לתרכובות מסיסות, שלושה סוגים של מבחני תוארו - מבחן ירידה, assay chemotaxis, ואת assay השמירה. במבחן הירידה, טיפה קטנה של המתחם ממוקמת בזנב של תולעת נעה והחלטת התולעת להפוך או להתקדם כאשר הנוזל מגיע למנגנון החושי הקדמי הוא הבקיע 4 . מבחן הירידה דורש הכנה ניסיונית קטנה והוא שימושי כאשר גודל המדגם של תולעים הוא קטן, כמו במקרה של תולעים המופעלות באמצעות לייזר. עם זאת, כמו רק תולעת אחתיכול להיות assayed בכל פעם הנסיין חייב להיות נוכח לאורך כל תקופת assay, מבחן ירידה יכול להיות זמן רב. מבחן הירידה הוא גם פגיע וריאציות ירידה משלוח בין כל תולעת בתוך מדגם, אשר עשוי להשפיע על התוצאות הכוללות של assay. מגבלה נוספת של מבחן הירידה היא כי ניתן להשתמש בו רק כדי assay התגובה של תולעת על תרכובות מרתיעה כפי שאי אפשר להפלות בין אפקט אטרקטיבי או נייטרלי של המתחם מהתנועה קדימה של התולעת. Assay chemotaxis עבור תרכובות מסיסות בדרך כלל מחייב חלוקת צלחת אגר לארבעה הרביעים, עם פתרון ניסיוני מעורב לתוך אגר של שני הרביעים מנוגדים פתרון שליטה מעורבב לתוך שני הרביעים השני 8 , 9 . בתחילת assay, טיפה של תולעים המכיל חיץ ממוקם במרכז הצלחת ואת מספר התולעים ב<html> כל רבע הוא הבקיע בנקודות זמן שונות. Assay chemotaxis מספק כוח סטטיסטי גדול יותר בהשוואה לבדיקת ירידה כמו מספר גדול של תולעים נבדקים assay כל. עם זאת, מגבלה אחת של שיטה זו היא כי הכנת לוחות assay chemotaxis דורש כמויות גדולות של המתחם ניסיוני. זה יקשה על ביצוע מסכי התנהגות בקנה מידה גדול, אם תהליך טיהור מסובך עם תשואות מוגבלות נדרש כדי להשיג את התרכובת של עניין, כמו במקרה של מולקולות איתות ascaroside 10 . בנוסף, ספירה ידנית של תולעים לאורך assay הוא רגישים שגיאות הפרעות של לוחות במהלך תהליך הספירה עשוי להשפיע על התוצאות. שלא כמו שתי השיטות הנ&quot;ל, assay שמירה משתמשת חזון המכונה, אשר ממזער שגיאה במהלך תהליך הבקיע ומקטין את ההתערבות של הנסיין במהלך assay<html> &gt; 11. ניתוח ממוחשב של הקלטות וידאו של התנהגות תולעת יכול גם לחשוף דינמיקה התנהגותית מתוחכמת כי יחמיץ כאשר הבקיע מבוצעת רק בכמה נקודות זמן בדידה. ב assay שימור, שתי נקודות כתמים מתווספים בצדדים הנגדיים של תיקון מזון קטן חיידקי עגול ואחריו המיקום של מספר קטן של תולעים באמצע תיקון המזון. התנהגות של תולעים אז הוא נרשם וידאו, ניתח, וערך אינדקס העדפה מחושב בהתבסס על המספר הכולל של פיקסלים תולעת בכל אזור פתרון. למרות נוכחותו של תיקון מזון אטרקטיבי מאפשר אוכלוסיות קטנות של תולעים לשמש assay כל, מזון בעבר הוכח רגיש התנהגויות הימנעות כדי repellants מסיסים 12 . יתר על כן, תולעים התערוכה תגובה photophobic אור אורך גל קצר ושימוש במקורות אור מיקרוסקופ כי לפלוט אור לבן בהתקנה ההקלטה התנהגות עשוי להשפיע על התנהגותS = &quot;xref&quot;&gt; 13. מטרת השיטה דנו במאמר זה היא להקליט ולנתח C. העדפת elegans עבור תרכובות מסיסות באמצעות assay מבוסס האוכלוסייה. לשם כך, השיטה הנוכחית משלבת ומשפרת על היבטים מכל שלוש השיטות שנדונו קודם לכן. זה מאפשר אוכלוסיות גדולות של תולעים להיבדק דורש רק כמויות קטנות של הפתרון הניסיוני לשמש בכל assay. בנוסף, assay מתנהל בתוך חדר התנהגות סגורה בנוי עם תאורה אחורית אינפרא אדום LED כדי למזער את ההשפעות של אור אורך גל קצר על ההתנהגות. כל חדר יכול להיות גם outfitted עם מספר רב של מצלמות מיקרוסקופ, אשר מגדיל את התפוקה הניסויית מבלי להתפשר שטח הספסל. לבסוף, תוכנת ניתוח וידאו פלט את ערך מדד ההעדפות עבור כל וידאו, כמו גם תלונת התפיסה הנלווית העלילה לדמיין את התנהגות הדינמיקה האוכלוסייה לאורך זמן. ההגדרה קאמרית ופרוטוקול ssay ניתן לשנות עוד ללמוד תגובות התנהגות multimodal כגון ההשפעה של odorants או טמפרטורה על התנהגויות chemosensory. מאמר זה מתאר את הבנייה של החדר התנהגות פרוטוקול assay. זה גם מדגים את התועלת של שיטה זו assaying התגובה של תולעים wild-type ו chemosensory מוטנטים פגומים לדוחה מסיסים ידוע, יונים נחושת 4 . לבסוף, תהליך ניתוח וידאו באמצעות התוכנה שסופקה מפורטת.

<table><tbody><tr><td>שחול מסגור מחורץ T מאלומיניום</td><td>McMaster-Carr</td><td>47065T101</td><td>פרופיל יחיד, גודל 1 אינץ', מוצק</td></tr><tr><td>סוגריים</td><td>McMaster-Carr</td><td>47065T236</td><td>1 אינץ' ארוך עבור 1 אינץ' גבוה פרופיל יחיד שחול</td></tr><tr><td>מחברים קומפקטיים להזנת קצה</td><td>McMaster-Carr</td><td>47065T139</td><td>1 אינץ' (יחיד), חבילה של 4</td></tr><tr><td>מחזיקי פאנל מוצק טוויסט-אין</td><td>McMaster-Carr</td><td>47065T251</td><td>עבור 1 "שחול גבוה</td></tr><tr><td>פלסטיק מכסי קצה</td><td>מקמאסטר-קאר</td><td>47065T91</td><td>עבור 1 "שחול גבוה</td></tr><tr><td>אופטית שקוף יצוק גיליון אקריליק</td><td>מקמאסטר-קאר</td><td>8560K211</td><td>3/16 אינץ' עובי, 12 אינץ' x 12 אינץ'</td></tr> <tr><td>בד פוליאסטר מצופה ויניל</td><td>מקמאסטר-קאר</td><td>88505K57</td><td>עובי 0.027 אינץ', רוחב 61 אינץ',</td></tr><tr><td>לולאות פליז שחורות</td><td>McMaster-Carr</td><td>9604K22</td><td>גודל סחר 0, 0.545 אינץ' קוטר חיצוני</td></tr><tr><td>מנקי פלדה</td><td>McMaster-Carr</td><td>90107A029</td><td>1/4 אינץ'</td></tr><tr><td>גודל בורג ברגי ראש מעוגלים</td><td>McMaster-Carr</td><td>90272A546</td><td>1/4 אינץ' - 20 גודל חוט, 1 - 1/2 אינץ' אורך</td></tr> תאורה <tr><td>אחורית הפעלה סטנדרטית</td><td>אורות ראייה חכמה</td><td>ראה ספק מקומי</td><td>8 אינץ' x 8 אינץ', אינפרא אדום 850 ננומטר</td></tr><tr><td>IVP-C1 סיר בקרה</td><td>משתנה אורות ראייה חכמה</td><td>ראה ספק</td><td></td></tr><tr><td>מקומי T1 ספק כוח</td><td>אורות ראייה חכמים</td><td>ראה ספק מקומי</td><td></td></tr><tr><td>Dino lite Pro AM4113T</td><td>מיקרוסקופ דיגיטלי Dino-Lite</td><td>ראה ספק</td><td></td>מקומי</tr><tr><td>מעמד מיקרוסקופ דיגיטלי MS09B</td> ראה ספק <td>מקומי</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

ניתוח אוטומטי של אוכלוסיה מבוססת נמטודות מבוססי assay העדפה

Automated Analysis of a Nematode Population-based Chemosensory Preference Assay

Nematode, Caenorhabditis elegans &#39;מערכת העצבים קומפקטית של רק 302 נוירונים מבסס רפרטואר מגוון של התנהגויות. כדי להקל על דיסקציה של מעגלים עצביים בבסיס התנהגויות אלה, פיתוח מבחני התנהגות חזקים לשעתקו נחוץ. מחקרים קודמים של C. elegans השתמשו בווריאציות של &quot;בדיקת טיפה&quot;, &quot;assay chemotaxis&quot; ו- assay לשמירה על מנת לחקור את התגובה של C. elegans לתרכובות מסיסות. השיטה המתוארת במאמר זה שואפת לשלב את החוזקות המשלימות של שלוש מבחני הנ&quot;ל. בקצרה, מעגל קטן באמצע כל צלחת assay מחולק לארבעה הרביעים עם שליטה פתרונות ניסיוניים להציב לסירוגין. לאחר התוספת של תולעים, צלחות assay נטענים לתוך חדר התנהגות שבו מצלמות מיקרוסקופ להקליט את המפגשים של תולעים עם האזורים המטופלים. ניתוח וידאו אוטומטי מבוצעת לאחר מכןNd נוצר ערך אינדקס מועדף (PI) עבור כל סרטון. רכישת וידאו ותכונות ניתוח אוטומטי של שיטה זו ממזער את מעורבותו של הנסיין ואת כל השגיאות הקשורות. יתר על כן, כמויות זעירות של המתחם ניסיוני משמשים assay ואת ההתקנה של החדר מרובה מצלמה ההתקנה מגדילה את התפוקה הניסויית. שיטה זו שימושית במיוחד לניהול מסכים התנהגותיים של מוטציות גנטיות ותרכובות כימיות חדשות. עם זאת, שיטה זו אינה מתאימה ללימוד ניווט גירוי שיפוע בשל הקרבה של אזורי פתרון ניסיוני. זה גם לא אמור לשמש כאשר רק אוכלוסייה קטנה של תולעים זמין. בעוד מתאים assaying תגובות רק תרכובות מסיסות בצורתו הנוכחית, שיטה זו יכולה להיות שונה בקלות כדי להתאים אינטראקציה חושי multimodal ומחקרים optogenetic. שיטה זו יכולה גם להיות מותאם כדי assay תגובות chemosensory של מינים אחרים nematode. </P&gt;

איור 3 א מציג את ערכי מדד ההעדפה המתקבלים עבור גנוטיפ שונים זוגות הטיפול. ערך אינדקס מועדף של 1 מציין נקודת משיכה חזקה לפתרון המוצב בחזר ה- ROI הניסיוני, בעוד שערך מדד ההעדפה של -1 מציין דחייה חזקה. מדד העדפה של 0.02 התקבל כאשר הפתרון M13 חיץ הוצב הן את השליטה ואת ההחזר על ההשקעה ניסיוני, הוכחת כי אין הטיה מרחבית כלפי החזר ההשקעה או. N2 תולעים נמנע מאוד יונים נחושת וכתוצאה מכך מדד ההעדפה של -0.67, אשר מאמת הממצאים הקודמים כי יונים נחושת הם רפלנט חזק ( סרט משלים 1 ) 4 . מוטציות אוסמו-3 , אשר חסר מבנה תקין של קטעים דיסטלי של אברי החוש, הראו ירידה משמעותית של יונים נחושת (PI = -0.19) 15 . Ocr-2 מוטציות, אשר דה<html> (FI = 0.19) ( סרט משלים 2 ) 16 . איור 3 ב מציג נציג התופסן תולעים מגרשים, אשר מצביעים על צפיפות של תולעים בשליטה לעומת החזר ROIs ניסיוני לאורך זמן בכל וידאו. ככל שהצבע כהה יותר, כך יגדל מספר הפיקסלים בתולעת החזר ה- ROI. חלקת התפוסה עבור תולעים N2 שטופלו עם חיץ M13 מראים כי מספר התולעים בשני החזרים להשקעה נשאר דומה לאורך כל assay. עם זאת, החלקה התפוסה עבור תולעים N2 מטופלים עם יונים נחושת עולה כי התולעים חזק בעקביות למנוע את ההחזר על ההשקעה ניסיוני לאורך assay. Gimg &quot;src =&quot; / files / ftp_upload / 55963 / 55963fig1.jpg &quot;/&gt; איור 1: תמונה וייצוג סכמטי של עיצוב התנהגות קאמרית. ( א ) מבט הקדמי של הגדרת החדר קאמרית (משמאל) וייצוג סכמטי המקביל של מסגרת קאמרית (מימין). סדינים פוליאסטר אטומים להקיף את החדר על כל הפרצופים למעט בפנים התחתונה, המאפשרת אור דרך הפנס תאורה אחורית אינפרא אדום. המספרים 1, 2 ו -3 תואמים את שכבות ההבלטה ב (B). ( ב ) סכמטי של תצוגה העליון של שכבות שחול המהווה את מסגרת החדר התנהגות. זה כולל את השכבה העליונה (1), באמצע המצלמה הר הרכבה שכבת (2), ואת השכבה שלב התחתון (3). <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55963/55963fig1large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של דמות זו.</a> <img alt="איור 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/55963/55963fig2.jpg"/&gt; איור 2: תבניות מיקום-מיקום ויישור יישור. ( א ) לתבנית המיקום של פתרון יש ארבעה רבעים וסמני יישור מספרים. פתרון הבקרה ממוקם בצד שמאל העליון התחתון ימין quadrants ואילו הפתרון הניסיוני ממוקם העליון הימני ואת התחתון משמאל quadrants. ( ב ) תבנית יישור צלחת יש רק מספר סמנים יישור כדי למזער חסימה של התולעים בתחום התצוגה במהלך הקלטת וידאו וניתוח. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55963/55963fig2large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של דמות זו.</a> <img alt="איור 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/55963/55963fig3.jpg" /> איור 3: נתונים לדוגמה שנאספו באמצעות Assay זה. ( A ) ערכי ההעדפה (PI) ערכים עבור wild-type N2 ו מוטציה C. elegans </e<html> M&gt; בתגובה למאגר M13 ו 10 מ&quot;מ CuCl 2 . תולעי N2 לא הראו כל העדפה בין בקרה לבין החזר ROI ניסיוני, כאשר פתרון בקרת M13 הושם בשני החזרים להשקעה, אך נמנע מאוד מהחזר ה- ROI הניסויי כאשר יונים נחושת הונחו בו (PI = 0.02 ו- -0.67, בהתאמה). ( מוטציות ) ו -3 ocr -2 ( מוטציות ak47) הראו ירידה משמעותית בהימנעות מיוני נחושת בהשוואה ל- N2 (PI = -0.1 ו -0.2, בהתאמה). N = 6 מבחני כל זיווג טיפול גנוטיפ, 360 תולעים לכל assay, ברים שגיאה מצביעים ± 1 SEM, *** p &lt;0.001, חד כיווני ANOVA ואחריו פוסט הוק הוקרה משמעותי הבדל משמעותי (HSD) הבדיקה. ( ב ) נציג תולעת התפקידים מגרשים עבור N2 תולעים עם חיץ M13 בשני ROIs (למעלה) ו N2 תולעים עם חיץ M13 ב ROI ההשקעה ויונים נחושת ההחזר על ההשקעה ניסיוני (התחתון). סולם הצבעים שמתחת לכל חלקת תפוסה מייצג את מספר פיקסלים התולעים.Pload / 55963 / 55963fig3large.jpg &quot;target =&quot; _ blank &quot;&gt; אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של דמות זו. סרט משלים 1: תגובה התנהגותית של תולעים N2 ל 10 מ&quot;מ כלוריד נחושת. תולעים נמשכים לרבעי הבקרה עם חיץ M13 (שמאל עליון וימני תחתון), אך נמנעים מאוד מהרבעים המכילים יונים נחושת מומסים במאגר M13 (ימין עליון ותחתון משמאל). וידאו הוקלט ב 1 מסגרת לשנייה ו sped up 15x. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55963/Supplementary_Video_1.mp4">לחץ כאן להורדת הקובץ.</a> סרט משלים 2: תגובה התנהגותית של ocr-2 (ak47) תולעים 10 מ&quot;מ כלוריד נחושת. תולעים לשוטט במידה שווה בערך בשני הרביעים שליטה עם חיץ M13 (השמאלי העליון והתחתון מימין) ואת הרבעS המכיל יונים נחושת מומס במאגר M13 (השמאלית העליונה והתחתית השמאלית) לאורך משך ההקלטה. מוטציות התערוכה עדיפות קלה עבור הרביעים המכילים יונים נחושת בתחילת ההקלטה. וידאו הוקלט ב 1 מסגרת לשנייה ו sped up 15x. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55963/Supplementary_video_2.mp4">לחץ כאן להורדת הקובץ.</a> קובץ משלים: פתרון-מיקום ויישור תבניות יישור. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55963/JoVE_template.pptx">לחץ כאן להורדת הקובץ.</a>

אנו מציגים התנהגות הקלטה הקלטה ופרוטוקול המאפשר ניתוח אוטומטי של נמטודות, Caenorhabditis elegans &#39;העדפת תרכובות מסיסות באסאי מבוסס האוכלוסייה. מאמר זה מתאר את הבנייה של תא התנהגות, פרוטוקול assay התנהגותי, וניתוח וידאו השימוש בתוכנה.

ניתוח אוטומטי של אוכלוסיה מבוססת נמטודות מבוססי Assay העדפה

The nematode, Caenorhabditis elegans' compact nervous system of only 302 neurons underlies a diverse repertoire of behaviors. To facilitate the dissection ...

המטרה הכללית של מערך הקלטה ופרוטוקול התנהגות זה היא לכמת את ההעדפה הכימיסנסורית מבוססת-אוכלוסייה של C Elegans לתרכובות מסיסות, באמצעות מערכת רכישת וידאו מרובת מצלמות, ולאחריה ניתוח וידאו אוטומטי. שיטה זו יכולה להקל על המחקר הנוירוביולוגי של C Elegans על ידי אפשור ניתוח התנהגותי מהיר וסטנדרטי יותר של מוטציות גנטיות. היתרון המרכזי של טכניקה זו הוא שניתן לבחון מספר חזרות בו-זמנית תחת תנאים זהים, תוך ניטור הדינמיקה הזמנית של תגובת אוכלוסיית הנמטודות לרמזים מסיסים.כריסטופר קרונין, מדען צוות במעבדה זו, ידגים את הרכבת תא ההתנהגות. לתחילה, הכינו את כיסויי הבד, מוטות תושבת המצלמה, תומכי הפינות, מוטות האקסטרוזיה ומכלול תושבת המצלמה כפי שמתואר בפרוטוקול הטקסט המצורף. החל מהמוטות הקצביים המחוברים למוט המרכזי, חברו את מעמד המצלמה והנשקים למכלול תושבת המצלמה.בשלב הבא, הרכיבו את מסגרת תא ההתנהגות. התחילו בחיבור ארבעה מוטות אלומיניום מסוג extrusion באורך רגל אחת לגיליון פוליאסטר מרובע. החליקו מוט אחד על שני ה-T-nuts של ה-omni של גיליון הבד, תוך מרכוז המוט לאורך רוחב הבד.הדקו את המהדקים כדי לקבע את יריעת הבד לכל מוט. פרסו את יריעת הפוליאסטר המרובעת על משטח העבודה כאשר ארבעת מוטות האלומיניום המחוברים נמצאים למעלה. לאחר מכן, החליקו שמונה תומכי פינה אל פני השטח העליונים של ארבעת מוטות האלומיניום, אחד בכל קצה של כל מוט.מקמו את תומכי הפינה על המוטות כך שרגליו האנכיות של התומך יהיו בקו אחד עם קצוות המוטות, והדקו אותם למקומם על ידי הידוק הברגים לתוך ה-T-nuts. בכל פינה, הציבו פרופיל אלומיניום באורך של one foot בצורה אנכית, והחליקו את הפרופיל מעל ה-T-nuts שעל שתי רגלי תומך הפינה. לאחר מכן, קבעו את המוט האנכי למוטות האופקיים על ידי הידוק המחברים, ובכך חברו את שני המוטות האופקיים הסמוכים.החליקו את הברגי-T המשוחררים של מכלול תושבת המצלמה בצורת H למטה אל תוך המעמדים של המסגרת. הניחו ל-H להחליק עד למטה, כך שתנוח על תומכי הפינה בכל פינה של המסגרת. הדקו את מכלול תושבת המצלמה במקומו על ידי הידוק ארבעת ברגי תומכי הפינה.בשלב הבא, השתמש בארבעה מוטות אלומיניום מסוג extrusion באורך של רגל אחת כדי להרכיב את השכבה התחתונה של התא. מקם את תומכי הפינה כך שרגלי התומכים יהיו מיושרות לקצה המוט, והדק את הברגים כדי לקבע אותם במקומם. לאחר מכן, החלק את המוטות מטה בין עמודי המסגרת כאשר ה-T-nuts המשוחררים נמצאים בתעלות של העמודים.מקמו את המוט כך שפינות התושבות העליונות יהיו במרחק של one inch מתחת לקצה הפתוח של העמודי התמיכה, והדקו את ברגי התושבות כדי לקבען במקומן. לאחר מכן, החליקו את ה-T-nuts של ארבע לוחות הפוליאסטר המלבניים למטה אל תוך התעלות של מוטות האקסטרוזיה של העמודים כדי לכסות את דפנות התא, והדקו את המחברים כדי לקבעם. בחרו צד אחד שישמש כדלת לגישה לחלקו הפנימי של התא, והסירו את שני הברגים וה-T-nuts בשכבה התחתונה של התא.הניחו פקק פלסטיק בקצה העליון של כל פינה כדי שישמשו כרגליים למסגרת המוכנה. הפכו את המסגרת לצדה הימני והכניסו שני מחזיקי פאנלים לכל שקופית בתוך שכבת חלל המסגרת, וסובבו אותם כדי להדקיים למקומם. לאחר מכן, הניחו פיסת אקריליק שקופה בגודל 12 על 12 אינץ' על גבי מחזיקי הפאנלים כדי לספק במה עבור פלטות הבדיקה.לבסוף, מקמו את המצלמה ואת תבנית הבמה כפי שמתואר בפרוטוקול הטקסט המצורף. יום לפני הניסוי, הניחו 28 צלחות ריקות בקוטר 35 מילימטר בערימות של חמישה או פחות על משטח שטוח. מלאו כל צלחת בדיקה ב-5 מיליליטר של אגר מדיה לצמיחת נמטודות והשאירו את צלחות הבדיקה להתייבש במצב אנכי ללא המכסים, למשך לילה בטמפרטורת החדר.ביום הניסוי, הדליקו את התאורה האחורית, הפעילו את המחשב והריצו את התוכנה ללכידת וידאו של מצלמת המיקרוסקופ. חברו את מצלמת המיקרוסקופ למחשב ולחצו על התמונה הממוזערת של המצלמה המסומנת במספר בחלק העליון של חלון התוכנה כדי לצפות בשידור החי מהמצלמה. כדי לכוון את הגדרות הקלטת הווידאו, פתחו את התפריט של פורמט הווידאו בפינה השמאלית העליונה של תצוגת המצלמה, ובחרו ב-MJPG 1280x1024.בשלב הבא, פתחו את תפריט התיקיות לצד תפריט פורמט הווידאו, ובחרו תיקייה לשמירת קבצי הווידאו. לחצו על סמל החשיפה האוטומטית בפינה הימנית העליונה של תצוגת המצלמה וכבו את החשיפה האוטומטית. לאחר מכן, לחצו על סמל ה-LED הממוקם מימין לסמל החשיפה האוטומטית כדי לכבות את נורות ה-LED המובנות של מצלמת המיקרוסקופ.לחצו על סמל ההגדרות הסמוך ובחרו ב-monochrome. הגבירו את הניגודיות והתאימו את הבהירות. יישרו תבנית למיקום תמיסות מעל תבנית יישור פלטת הבמה ולחצו על סמל הקלטת הווידאו ב-timelapse בצד השמאלי של תצוגת המצלמה.הזינו חמישה שניות למשך הזמן ושנייה אחת למרווח כדי להקליט סרטון כיול של חמש שניות בקצב של פריים אחד לשנייה. השתמשו בפיפט זכוכית של 5 מיליליטר כדי להוסיף 1.2 מיליליטר של תמיפת באפר למצע גידול נמטודות לצלחת של תולעים מסונכרנות, ונערה את הצלחת בעדינות כדי להעביר את התולעים אל הבאפר. שאבו את הבאפר מהצלחת בעזרת פיפט והעבירו את התולעים שבבאפר למבחנה נקייה למיקרו-צנטריפוגה.השאירו את המבחנות למשך דקה אחת עד שתיים כדי לאפשר לתולעים לשקוע לתחתית. לאחר מכן, השתמשו בקצה פלסטי של פיפטה כדי להסיר כמה שיותר מתמיס השטיפה מהמבחנות, מבלי להפריע למשקע של התולעים המצטבר בתחתית המבחנות. מלאו שוב את המבחנה ב-1 mL של תמיסת מצע גידול לנמטודות נקייה וחזרו על הליך השטיפה פעמיים נוספות.בשלב הבא, הדביקו תבנית למיקום תמיסות על גבי הבמה של מיקרוסקופ דיססקציה. לאחר מכן, הניחו פס של סרט הדבקה דו-צדדי משני צדי תבנית ליישור פלטות. יישרו את היקף פלטת הבדיקה עם העיגול שבתבנית ליישור הפלטות ולחצו כלפי מטה עד שהתבנית תידבק לתחתית הפלטה.לאחר מכן, יישרו את סימני חברי תבנית לוחת הבדיקה עם סימני חברי תבנית מיקום התמיסה במיקרוסקופ למניפולציות. לאחר מכן, השתמשו בפיפט P2 כדי להניח מיקרוליטר אחד של באפר M13 בכל אחד מהרבעים הראשון והרביעי. השתמשו בטיפ חדש כדי להניח מיקרוליטר אחד של תמיסת CuCl2 בריכוז 10 מילימולארית בכל אחד מהרבעים השני והשלישי.השתמשו בפיפטת פסטור מזכוכית כדי להעביר את התולעים השטופות לצלחות הבדיקה, לאחר שטיפות התמיסה נספגו לחלוטין באגר. הניחו טיפה של תולעים באזורים שמעל ומתחת לאזורי הטיפול המעגליים. קפלו את הנייר ארבע פעמים והשתמשו בקצה הבלתי חד כדי לספוג עודפי תמיסת שטיפה מלוחיות הבדיקה.סדרו מיד את פלטות הבדיקה תחת מצלמות המיקרוסקופ בתא ההתנהגות, על ידי יישור המספרים בפינות התבנית. המתינו שתיים עד שלוש דקות כדי לאפשר לתולעים להתרגל לפלטות הבדיקה. לאחר מכן, לחצו על סמל הקלטת וידאו ב-timelapse בצד שמאל של תצוגת המצלמה, והזינו 10 דקות כמשך זמן ושנייה אחת כמרווח, כדי להקליט סרטון של 10 דקות בקצב של פריים אחד לשנייה.לבסוף, לחצו על start כדי להתחיל את הקלטת הווידאו. עבור כל פריים בווידאו, פונקציית מדד ההעדפה סופרת את מספר פיקסלי התולעים בכל אזור עניין (region of interest) ומחשבת את אחוז פיקסל אחד מתוך המספר הכולל של הפיקסלים באזור העניין. ערכי מדד ההעדפה שהתקבלו עבור שילובי גנוטיפ וטיפול שונים מוצגים כאן.ערך חיובי של מדד ההעדפה מעיד על משיכה לטיפול, בעוד שערך שלילי של מדד ההעדפה מעיד על דחייה. מדד העדפה של 0.02 התקבל כאשר תמיסת הבאפר M13 הונחה הן באזור הביקורת והן באזור העניין הניסויי, מה שמוכיח כי אין הטיה מרחבית. גרף זה מראה גם כי תולעי N2 נמנעו בעוצמה מיוני הנחושת, מה שהוביל למדד העדפה של 0.67.בנוסף, מוטציות של osm-3, הפגומות ביצירת מוצגות (cilia) חיישניות, ומוטציות של ocr-2, הפגומות בתגובות נוציספטיביות המתווכות על ידי תאי ASH, הראו ירידה בהימנעות ואף משיכה קלה ליוני נחושת. בעת ביצוע פרוטוקול זה, חשוב לעבוד במהירות אך גם בצורה חלקה ועקבית. ניתן להתאים בקלות את מערך ההקלטה ואת פרוטוקול הבדיקה כדי לאפיין תגובות התנהגותיות מבוססות אוכלוסייה הנובעות מאינטראקציות בין זנים חיישניים שונים של C. elegans.

automated-analysis-nematode-population-based-chemosensory-preference

Research

JoVE Journal

Behavior

התנהגות

סרטון זה מציג כימוטקסיס בנמטודה C. elegans ומציג פרוטוקול לדוגמה הבודק סלידה כימוטקטית מנחושת גופרתית.

ג. אלגנס בדיקת כימוטקסיס: שיטה לבדיקת כימוסנסציה בתולעים

חוקרים יכולים להפעיל תנועה לפי דרישה ב-C. elegans על ידי הפעלת שדה חשמלי שתולעים חשות בו ומגיבות אליו. סרטון זה מציג התנהגות אלקטרוטקטית ומציג פרוטוקול דגימה שנעשה במכשיר מיקרופלואידי.

בדיקת Electrotaxis: שיטה לצפייה בתנועה ב- C. elegans

סרטון זה מתאר בדיקת הימנעות אוסמוטית לבחינת התנהגות כימו-הימנעותית במודל תולעת טרנסגנית. התנהגות הימנעות נבדקת בצלחת בנוכחות מחסום אוסמוטי גבוה ו chemoattractant. התולעים עם אובדן תפקודי של נוירונים נמשכות על ידי הכימואטרקנט, חוצות את המחסום האוסמוטי הגבוה והופכות משותקות באזור המלכודת בגלל תמיסת ההרדמה.

לבחון התנהגות כימו-הימנעותית בתולעים טרנסגניות באמצעות בדיקת הימנעות אוסמוטית

שיטת הערכת כמותית תגובת chemotactic...

Assay Chemotaxis סי אלגנס

בדיקות התנהגותיות מספקות כלים רבי עוצמה להבנת תפקוד עצבי. כאן אנו מציגים מספר פרוטוקולים לכימות התנהגות האכלה טורפת שנמצאו בנמטודת המודל Pristionchus pacificus וקרובי משפחתה. בנוסף, אנו מספקים שיטות לניתוח התאמות האכלה טורפות כולל מבני פה ושיניים.

Assaying הרגלי התזונה הם טורפים ב<em&gt; Pristionchus</em&gt; נמטודות אחרים

כאן, אנו מציגים assay Caenorhabditis elegans- Specific שנועד להעריך שינויים התנהגות הנטייה נחושת ואת היכולת לאתר מקור מזון משותף, כמו האורגניזם מתקדמת ממצב תזונה רעב עד כדי רעב.

א<em&gt; Caenorhabditis elegans</em&gt; מצב תזונתיים מבוססי Assay Assersion

אנו מתארים פרוטוקולים עבור באמצעות פלטפורמת מעקב נמטודות רחב שדה-of-view (WF-NTP), המאפשרת אפיון פנוטיפי תפוקה גבוהה של אוכלוסיות גדולות של Caenorhabditis elegans. פרוטוקולים אלה ניתן לאפיין שינויים התנהגותיים עדינים זנים מוטציה או בתגובה טיפול תרופתי באופן מדרגי במיוחד.

אוטומטיות התנהגותית ניתוח של גדול C. elegans אוכלוסיות שימוש רחב שדה-of-view מעקב פלטפורמה

כאן, אנו מציגים פרוטוקול להערכת הפעילויות הנוירו-הגנתיות של תרכובות בדיקה ב - Caenorhabditis elegans, כולל צבירה של פוליגלוטמין, מוות עצבי והתנהגות כימואבואידית, כמו גם שילוב מופתי של פנוטיפים מרובים.

Caenorhabditis elegans כמערכת מודל לגילוי תרכובות ביו-אקטיביות נגד רעילות עצבית בתיווך פוליגלוטמין

כאן, אנו מציגים פרוטוקול לבדיקת למידה אסוציאטיבית על ידי ביצוע התניה קלאסית באורגניזם המודל C. elegans. הפרדיגמה מבוססת על זיווג ריכוז המלח בסביבה עם נוכחות או היעדר מזון, מה שמשנה את הכימוטקסיס שלהם לכיוון המלח או הרחק ממנו.

מדידת למידה אסוציאטיבית בכימוטקסיס של הנמטודה Caenorhabditis elegans

פרוטוקול זה קובע שיטות לחילוץ וכימות תגובות לפרומון המין הנדיף ב- C. elegans, ומספק כלים לחקר תקשורת כימית ומסלול ניווט.

מיצוי פרומון מין נדיף ובדיקת כימותרפיה ב- Caenorhabditis elegans

למדו פרוטוקול לניתוח התנהגות אוטומטי של Caenorhabditis elegans באמצעות מערכת רב-מצלמות וניתוח וידאו. השיטה מאפשרת מדידה סימולטנית של העדפות כימוסנסוריות באוכלוסיות נמטודות.

ניתוח אוטומטי של אוכלוסיה מבוססת נמטודות מבוססי Assay העדפה

גלה סרטונים נוספים