Name: באמצעות ניתוח פילוגנטי לחקור האיקריוטים מקור גנטי (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-08-14T12:30:00.000+00:00
Duration: 8 min 57 s
Description: למד לבנות עץ פילוגנטי באמצעות Clustal Omega ו-Mega לניתוח אבולוציוני של חלבוני SWEET באיקריוטים. שיטה זו מפשטת את הבנת יחסי האבולוציה בין גנים הומולוגיים.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

עבודה זו נתמכה על ידי נבחרת מדעי הטבע קרן של סין (31371596), המרכז לחקר ביו-טכנולוגיה, סין שלושת הערוצים האוניברסיטה (2016KBC04), יסודות מדעי הטבע במחוז ג'יאנגסו, סין (BK20151424).

1. עימוד רצפים
<ol><li>
לאסוף את רצפי החומצות של מתוקים האיקריוטים SemiSWEET prokaryotic במסמכים נפרדים ולפרט אותם בתבנית FASTA. להוריד רצפים של המרכז הארצי ביוטכנולוגיה מידע (NCBI), המעבדה לביולוגיה מולקולרית האירופית (EMBL) של הבנק נתונים הדנ א של מסדי נתונים של יפן (DDBJ) על ידי דמיון חיפוש בעזרת הכלי הבסיסי המקומי יישור חיפוש כלי (הפיצוץ).
	<ol>
<li>בתיבה הקבצים לדוגמה, לאסוף 228 רצפי חלבונים מתוק בשם בעל שני תחומים MtN3/רוק (7 transmembrane helices) בין רצפי חלבונים SemiSWEET 57 אחזקת מחשבים MtN3/רוק (3 transmembrane helices) בודדת של אאוקריוטים פרוקריוטים 13.</li>
		<li>כדי לפשט את התהליך, בחר המועמד 35 חלבונים מתוק של אורגניזמים האיקריוטים חד־תאיות בין הממתקים בשם 228 לבנייה עץ פילוגנטי. רצפים אלה מחוברים כך הקורא יכול להתאמן על ערכת נתונים אמיתיים.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
יישר את רצפי מתוק 35 דילי אותם לתוך אומגה Clustal (http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/).
	<ol>
<li>העתק והדבק את רצפי חלבונים בתבנית FASTA לתוך תיבת קלט או להעלות קובץ רצף בתבנית FASTA. לציין כי הם רצף חומצות אמיניות על-ידי לחיצה על הסמל תחת התפריט הנפתח בסעיף "שלב 1".</li>
		<li>ציין תבנית פלט ופרמטרים אחרים במקטע 'שלב 2', במידת הצורך. במחקר זה, להגדיר תבנית פלט "clustal ללא מספר", ולהשאיר את שאר הפרמטרים של הגדרות ברירת המחדל. ברוב המקרים, הפרמטרים של ברירת המחדל לעבוד בלי כל מפרט.</li>
	</ol>
</li>
	<li>שלח ולהפעיל את היישור במקטע 'שלב 3'. יכולה לקחת מספר שניות עד דקות לסיום היישור. בחלונית ' 'סיכום התוצאות' ', לחצו לחיצה ימנית על הקישור תחת "היישור בתבנית CLUSTAL" ושמור את רצפי מיושר "35.clustal" (איור 1).</li>
	<li>
פתח את הקובץ תוצאה יישור ב- BioEdit.
	<ol>
<li>על הלוח הראשי של BioEdit, לחץ "רצף" בחר "רוח לערוך" בתפריט הנפתח הראשון, ולאחר מכן לחץ על "ערוך משקעים" בתפריט המשנה (איור 2).</li>
		<li>בחר את רצפי בולטות בצד שמאל של היישור עם הסמן (הרצף שנבחר יוצג בשחור) ולחץ על הסמל "מחק" תחת תפריט "עריכה" כדי להסיר את רצפי שנבחר (איור 3).</li>
		<li>בחר, למחוק את רצפי בולטות בצד ימין של התחום MtN3/רוק הראשונה ולאחר שמירת הרצף החתוך MtN3/רוק הראשונה תחום 35-I.fas (איור 4). באופן דומה, למחוק את שמאל ואת צד ימין בולטות רצפים של התחום השני MtN3/רוק, שמור אותו כקובץ 35-II.fas. הראשון, הרצף השני של תחום MtN3/רוק ניתן לחזות עם קצב (http://proteinformatics.charite.de/rhythm/inndex.php?site=helix) או TMHMM (http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/) מראש.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
פתח את הקובץ 35-I.fas עם מגה ולאחר לחץ על "ישר" כאשר תתבקש לעשות זאת. תחת תפריט "עריכה", לחץ על "בחר הכל" ולאחר מכן לחץ על "בחר Sequence(s)"; השמות ואת רצף taxa ייבחרו בשחור (איור 5).
	<ol>
<li>בחר "עותק" מתפריט "עריכה" כדי להעתיק את רצפי ללוח ולאחר מכן הדבק את רצפי המועתק לקובץ doc.</li>
		<li>בקובץ doc, להחליף כל "#" ">", ולאחר מכן מחק את כל התווים שאינם קשורים כדי להמירם לתבנית FASTA. להוסיף "-אני" בסוף כל טקסון שם כדי לסמן אותם רצפים התחום הראשון של MtN3/רוק. תהליך הרצף השני של תחום MtN3/רוק בעקבות באותה השיטה ולהוסיף "-II" לאחר כל שם טקסון.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
שלב הרצף התחום הראשון והשני של MtN3/רוק, בתבנית FASTA בקובץ doc.
	<ol>
<li>לטעון את רצפי משולב לתוך אומגה Clustal שוב ויישר את רצפי כפי שתואר לעיל. לשמור את התוצאה "35 realigned.clustal".</li>
		<li>פתח את הקובץ "35 realigned.clustal" ב BioEdit, למחוק את שאריות חומצה אמינית (בולט) לא אחידה בשני צידי הרצף מיושר, ולאחר מכן לשמור את רצפי כמו "35 realigned.fas". לחץ על "כן" כאשר הזהיר כי לא ניתן לשמור חלק מהתווים שאינם סטנדרטיים.</li>
	</ol>
</li>
</ol>2. חישוב של עץ פילוגנטי
<ol><li>
לפתוח את "35 realigned.fas" מגה.
	<ol>
<li>לחץ על תפריט "נתונים", לבחור "יישור ייצוא" ושמור את היישור בתבנית PAUP (nexus) כמו "35.nex" לשימוש מאוחר יותר ב- MrBayes (איור 6).</li>
		<li>בינתיים, לחץ על הסמל "מודלים" על הלוח הראשי של מגה, לבחור "למצוא את הטוב ביותר DNA/חלבון מודלים (ML)" ולאחר לחץ על "אישור" בחלון מוקפץ. לחץ על "חשב" כדי להתחיל את מודל חיפוש תהליך (איור 7). פאנל התקדמות חדש ייפתח; תהליך זה נמשך מספר דקות מספר ימים, בהתאם למורכבות הרצפים טעון והביצועים של המחשב. הערה: טבלה המציגה שהתוצאות ייפתח לאחר סיום תהליך חיפוש מודל ( איור 8). התוצאה המזרחי הקטן יפורטו תחילה, ואחריו סדרה של מודלים שונים עם המזרחי הציונים הולך וגדל בהדרגה. המודל הראשון "LG + G + F" עם התוצאה המזרחי הקטן ביותר הוא הדגם המומלץ עבור עץ ML המבוסס על קובץ "35 realigned.fas".</li>
	</ol>
</li>
	<li>
לחץ על הסמל "טקסונומי" על הלוח הראשי של מגה, לחץ על "לבנות/בדיקות מקסימלית הסבירות לעץ" ולאחר מכן לחץ על "כן" על לוח מוקפץ. חלון חדש ייפתח מראה שונה פרמטרים צריכים להיות שצוין (איור 9).
	<ol>
<li>תחילה, הגדר את ערך האתחול במבחן של התיבה האמיניות; 500 או 1000 מספיקה ברוב המקרים. תחת המודל החלפת, בחר "חומצת אמינו" כסוג החלפה. המטרה של בחירת דגם החלפת היא להעריך את ההבדל האמיתי בין רצפים מבוסס על הברית הנוכחי שלהם3.</li>
		<li>בחר "LG עם Freqs. דגם (+F) "(LG + F) בתיבה מודל/שיטה. המחירים ואת התיבה תבנית, בחר "גאמא מבוזר" (G) לתאר את קצב וריאציות על-פני אתרים, כלומר., לתת יותר משקל שינויים לאט מתפתח אתרי3. בתיבה ערכת משנה נתונים, בחר "להשלים את המחיקה" כדי להסיר את כל העמודות המכילות מקפים.</li>
		<li>לשמור על פרמטרים אחרים במדינות ברירת המחדל שלהם (איור 9). לאחר מפרט של פרמטרים אלה, לחץ על הסמל "מחשוב" כדי להתחיל את החישוב.</li>
	</ol>
</li>
</ol>3. מצגת של עץ פילוגנטי
הערה: עץ פילוגנטי ML, יוצגו חישוב באמצעות מגה תסתיים (איור 10).
<ol><li>תחת התפריט הנפתח של סמל "קובץ" על לוח עץ, לבחור "שמור ההפעלה הנוכחית" כדי לשמור את התוצאה (.mas הוא סוג הקובץ המהווה ברירת מחדל). במחקר הנוכחי, התוצאה נשמרה כמו "35.mas". על לוח עץ, פרמטרים רבים, כולל אורך של קלייד, בסגנון עץ, עץ טופולוגיה, גופן של טקסון שם, גודל, צבע, מוצגים, ניתן להגדיר אפשרויות שונות.</li>
	<li>שמור את הקובץ הסופי עץ על-ידי לחיצה על סמל התמונה, ולשמור את הדמות בתבניות שונות או להעתיק את התמונה כמקור עבור עריכת תמונות.</li>
</ol>4. ניתוח של מערכת היחסים של ממתקים, SemiSWEETs באמצעות עימוד רצפים
הערה: שלב זה לא ייתכן שיהיה צורך בניתוח רצף רגיל.
<ol><li>יישר את הממתקים האיקריוטים 228 ו 57 SemiSWEETs prokaryotic Clustal באומגה כמתואר לעיל. ניתן להציג את התוצאות יישור ב- Jalview, שהוא משתלב אומגה Clustal, להעתיק לשמירת עורך צילום (איור 11). הערה: דוגמה ביישור, כמה SemiSWEETs של α-פרוטאובקטריה מיושרים עם קבוצת המחשבים MtN3/רוק הראשונה של הרצף מתוק, ואילו SemiSWEETs מ- Methanobacteria (ארכאונים) מיושרים עם התחום MtN3/רוק השני של הרצף מתוק.</li>
</ol>5. מבנה עץ פילוגנטי עם MrBayes
<ol><li>על מסקנות בייסיאניות עם MrBayes, פתח את קובץ ההפעלה של MrBayes, ממשק דוס יצוץ בחלון חדש. הצעד הראשון הוא לקרוא את ﬁle הנתונים נקסוס. קלט "בצע 35.nex" לאחר שורת (זכור לשמור את הקובץ nex 35. באותה ספריה של קובץ ההפעלה MrBayes, או לציין את הנתיב של הקובץ לפני שאתה מעלה אותו). הודעה "מטריקס קריאה מוצלחת" יוצגו בעקבות האחרון taxa הרשומים (איור 12). הקובץ nex 35. יש כבר היה מוכן והציל מגה (ראה 2.1 לעיל).</li>
	<li>
הגדרת המודל האבולוציוני.
	<ol>
<li>לאחר שורת, הקלד "prset aamodelpr = fixed(lg); המחירים lset = g ". "Lg" ו- "g" יתאימו למודל "LG" ו- "G" אשר שוכן מגה. לאחר הגדרת בהצלחה את המודל, הקלד "mcmc ב nchains = 4 ngen = 5,000,000" לאחר הבקשה. לנצל "nchains = 4" ערך מסמל את המספר הכולל של שרשרת קר אחד, שלושה חם שרשראות של צימוד מטרופוליס. "ngen = 5,000,000" פירושו לרוץ 5,000,000 דורות של מטרופוליס צימוד ההתכנסות של הרשתות קרים וחמים. במחקר זה, נחשב הממוצע סטיית התקן של פיצול התדרים מתחת 0.01 התכנסות של הרשתות חמים וקרים.</li>
		<li>הערה המספר ngen לא ניתן לחזות במדויק בתחילת התהליך, והוא בדרך כלל צריך להיות מותאם בהתבסס על השינוי הממוצע סטיית התקן של פיצול התדרים. בנוסף, המספר ngen להתקרבות עשוי להיות שונה בכל פעם בעת הפעלת התוכנית המבוססת על אותם נתונים.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
להפעיל את הניתוח: שלב זה נמשך כמה דקות ועד מספר ימים, בהתאם למורכבות של נתוני הקלט ואת הביצועים של המחשב. לאחר השלמת חישוב מראש, הנחיה ישאל "להמשיך עם ניתוח (כן/לא)?" אם "לא" זה מוקלד לאחר הבקשה, מחשוב יפסיק (איור 13), אחרת הוא ימשיך לחשב לאחר מספר דורות נוספים המוזנים. לאחר חישוב יושלם (עם סטיית תקן ממוצעת של פיצול התדרים < 0.01 או 0.05), להפסיק את חישוב על-ידי הקלדת "לא" לאחר שורת חקירה. הערה: 0.01 הוא קריטריון קפדנית, 0.05 היא מתונה בדרך כלל נאותה.</li>
	<li>
לסכם את הדוגמאות: הקלד "בור קיבול" אחרי שורת לסיכום דגימות של מודל פרמטרים (איור 14). לאחר מכן הקלד "sumt relburnin = burninfrac כן = 0.25" לאחר שורת לסיכום דגימות העץ. מידע מפורט אודות בניית עץ פילוגנטי תוצג כמו באיור 15, ואחריו שתי דמויות עץ שיופיע בקוד השני עולה על המסך, אמינות קלייד מראה את אורך סניף אחרים של הצגה. במקביל, קובץ עץ עם השם של "35.nex.con" יישמרו באופן אוטומטי.</li>
	<li>עבור הצגה טובה יותר של עץ פילוגנטי, פתח את הקובץ עץ "35.nex.con" בעזרת הכלי FigTree (http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/), בחר סגנון או גודל כדי להציג את התוצאה (באיור 16) או אפילו לערוך אותו בעורך צילום כדי להפוך אותו הקורא ידידותי יותר.</li>
</ol>

<ol><li>Nei, M., Kumar, S. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aNei%2C+M+%22Molecular+Evolution+and+Phylogenetics%22">Molecular Evolution and Phylogenetics</a>. , Oxford University Press. Oxford. (2000).</li>
<li>Foth, B. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phylogenetic+analysis+to+uncover+organellar+origins+of+nuclear-encoded+genes%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Phylogenetic analysis to uncover organellar origins of nuclear-encoded genes.</a> Methods Mol Biol. 390, 467-488 (2007).</li>
<li>Baldauf, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phylogeny+for+the+faint+of+heart%3A+a+tutorial%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Genet%22%5BJournal%5D)">Phylogeny for the faint of heart: a tutorial.</a> Trends Genet. 19, 345-351 (2003).</li>
<li>Feng, D. F., Doolittle, R. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Progressive+sequence+alignment+as+a+prerequisite+to+correct+phylogenetic+trees%5BTitle%5D)+AND+%22J+Mol+Evol%22%5BJournal%5D)">Progressive sequence alignment as a prerequisite to correct phylogenetic trees.</a> J Mol Evol. 25, 351-360 (1987).</li>
<li>Persson, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bioinformatics+in+protein+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22EXS%22%5BJournal%5D)">Bioinformatics in protein analysis.</a> EXS. 88, 215-231 (2000).</li>
<li>Sievers, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fast%2C+scalable+generation+of+high-quality+protein+multiple+sequence+alignments+using+Clustal+Omega%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Syst+Biol%22%5BJournal%5D)">Fast, scalable generation of high-quality protein multiple sequence alignments using Clustal Omega.</a> Mol Syst Biol. 7, 539(2011).</li>
<li>Sievers, F., Higgins, D. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Clustal+omega%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Protoc+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Clustal omega.</a> Curr Protoc Bioinformatics. 48, 1-16 (2014).</li>
<li>Yang, Z., Rannala, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+phylogenetics%3A+principles+and+practice%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">Molecular phylogenetics: principles and practice.</a> Nat Rev Genet. 13, 303-314 (2012).</li>
<li>Hall, B. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+the+accuracies+of+several+phylogenetic+methods+using+protein+and+DNA+sequences%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Biol+Evol%22%5BJournal%5D)">Comparison of the accuracies of several phylogenetic methods using protein and DNA sequences.</a> Mol Biol Evol. 22, 792-802 (2005).</li>
<li>Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A., Kumar, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MEGA6%3A+Molecular+Evolutionary+Genetics+Analysis+version+6.0%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Biol+Evol%22%5BJournal%5D)">MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0.</a> Mol Biol Evol. 30, 2725-2729 (2013).</li>
<li>Ronquist, F., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22357727">MrBayes 3.2: efficient Bayesian phylogenetic inference and model choice across a large model space.</a> Syst Biol. 61, 539-542 (2012).</li>
<li>Chen, L. Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sugar+transporters+for+intercellular+exchange+and+nutrition+of+pathogens%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Sugar transporters for intercellular exchange and nutrition of pathogens.</a> Nature. 468, 527-532 (2010).</li>
<li>Xuan, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+role+of+oligomerization+for+bacterial+and+plant+SWEET+sugar+transporter+family%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+USA%22%5BJournal%5D)">Functional role of oligomerization for bacterial and plant SWEET sugar transporter family.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 110, 3685-3694 (2013).</li>
<li>Hu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phylogenetic+evidence+for+a+fusion+of+archaeal+and+bacterial+SemiSWEETs+to+form+eukaryotic+SWEETs+and+identification+of+SWEET+hexose+transporters+in+the+amphibian+chytrid+pathogen+Batrachochytrium+dendrobatidis%5BTitle%5D)+AND+%22FASEB+J%22%5BJournal%5D)">Phylogenetic evidence for a fusion of archaeal and bacterial SemiSWEETs to form eukaryotic SWEETs and identification of SWEET hexose transporters in the amphibian chytrid pathogen Batrachochytrium dendrobatidis.</a> FASEB J. 30, 3644-3654 (2016).</li>
<li>Holder, M. T., Zwickl, D. J., Dessimoz, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluating+the+robustness+of+phylogenetic+methods+to+among-site+variability+in+substitution+processes%5BTitle%5D)+AND+%22Philos+Trans+R+Soc+Lond+B+Biol+Sci%22%5BJournal%5D)">Evaluating the robustness of phylogenetic methods to among-site variability in substitution processes.</a> Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 363, 4013-4021 (2008).</li>
<li>Alfaro, M. E., Holder, M. T. <a target="_blank" href="http://www.annualreviews.org/doi/abs/10.1146/annurev.ecolsys.37.091305.110021?journalCode=ecolsys">The Posterior and the Prior in Bayesian Phylogenetics.</a> Annu Rev Ecol Evol Syst. 37, 19-42 (2006).</li>
<li>Suchard, M., Rambaut, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Many-core+algorithms+for+statistical+phylogenetics%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Many-core algorithms for statistical phylogenetics.</a> Bioinformatics. 25, 1370-1376 (2009).</li>
<li>Zierke, S., Bakos, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((FPGA+acceleration+of+the+phylogenetic+likelihood+function+for+Bayesian+MCMC+inference+methods%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">FPGA acceleration of the phylogenetic likelihood function for Bayesian MCMC inference methods.</a> BMC Bioinformatics. 11, 184(2010).</li>
</ol>

המחברים אין לחשוף.

זה הופך יותר ויותר פופולרי במחקר ביולוגי כדי להפוך עץ פילוגנטי בהתבסס על נוקלאוטיד או רצפי חומצות אמינו8. באופן כללי, ישנם שלושה שלבים קריטיים על המרפאה כולל עימוד רצפים, הערכה של הרצף מיושר עם השיטה הנכונה או אלגוריתם, והדמיה של תוצאה חישובית כמו עץ פילוגנטי. במסגרת המחקר הציג, נערכו שלושה סבבי עימוד רצפים: ראשית, רצפי חלבונים מתוק, כולל התחום MtN3/רוק הראשונה והשניה, היו מיושרים; שנית, כל אחד הרצפים בודדים של תחום MtN3/רוק של הממתקים כמו טקסון עצמאית היו אסף, מיושר יחד; לבסוף, רצפים SemiSWEET ור...

רצפי ה-DNA או RNA נושא מידע גנטי של פנוטיפים הבסיסי שניתן מנותח באמצעות שיטות פיזיולוגית ביוכימית או שנמדדו באמצעות ראייה פוסיליים מורפולוגיים. במובן מסוים, מידע גנטי אמינה יותר מאשר הערכת פנוטיפים חיצוני משום שהראשון הוא הבסיס האחרון. במחקר התפתחותי, המאובנים היא מאוד ישירה ומשכנע. אולם, אורגניזמים רבים, כגון מיקרואורגניזמים, יש סיכוי קטן כדי ליצור מאובן במהלך הדורות זמן גיאולוגית. לכן, מידע מולקולרי כגון רצפי חומצת אמינו רצפים של אורגניזמים הקיימים קשורים הם בעלי ערך עבור חקר יחסים אבולוציונית1. במחקר הנוכחי, הקדמה פשוטה של בסיסי ידע פילוגנטי, פרוטוקול קל-כדי-ללמוד סופקה עבור עולים חדשים אשר צריך לבנות עץ פילוגנטי בכוחות עצמם.
דנ א (נוקלאוטיד) והן רצפי חלבונים (חומצות אמינו) ניתן להסיק פילוגנטי קשרי הגומלין בין הגנים הומולוגיים, organelles או אפילו אורגניזמים2. רצפי DNA נוטים יותר להיות מושפע משינויים במהלך האבולוציה. לעומת זאת, רצפים של חומצות אמיניות הם הרבה יותר יציבה, בהתחשב בכך נרדף מוטציות ברצפים נוקלאוטיד אינם גורמים מוטציות ברצפים חומצת אמינו. כתוצאה מכך, רצפי DNA שימושיים השוואה של הגנים הומולוגי אורגניזמים הקשורים קשר הדוק, ואילו חומצת אמינו רצפים מתאימים עבור גנים הומולוגי אורגניזמים רחוקים קשורות3.
ניתוח פילוגנטי מתחיל עם היישור של חומצת אמינו או רצפי נוקלאוטיד4 שאוחזר מהגנום מוערת רצף מסד הנתונים5 המפורטים FASTA תבנית, קרי, חלבון בשם או ביטוי רצפים, רצפי RNA , או רצפי DNA. ראוי לציין כי זה קריטי כדי לאסוף רצפים באיכות גבוהה לניתוח, רצפים הומולוגיים רק יכול לשמש כדי לנתח קשרי גומלין פילוגנטי. פלטפורמות שונות רבות כגון Clustal W, Clustal X, שריר, T-קפה, MAFFT, יכול לשמש עבור עימוד רצפים. בשימוש נרחב ביותר הוא Clustal אומגה6,7 (http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/), אשר יכול לשמש באינטרנט או ניתן להוריד ללא תשלום תשלום. הכלי יישור כולל פרמטרים רבים, המשתמש יכול לשנות לפני שמתחילים את היישור, אך הפרמטרים של ברירת המחדל פועלות היטב ברוב המקרים. לאחר השלמת התהליך, יש לשמור את רצפי מסודרים בתבנית הנכונה עבור השלב הבא. הם יש ואז לערוך או חיתוך באמצעות תוכנת עריכת, כגון BioEdit, כי עץ פילוגנטי בנייה על ידי מגה דורש את רצפי להיות באורך שווה (כולל קיצורים חומצת אמינו והן מקפים. ברצף מיושר, בכל תנוחה ללא חומצת אמינו או נוקלאוטיד מיוצג על ידי מקף "-"). באופן כללי, כל חומצות אמינו בולטות או נוקלאוטידים בשני צידי היישור יש להסיר. בנוסף, ניתן למחוק עמודות המכילות רצפי לקוי מיושר היישור כי הם מעבירים מידע בעל ערך קטן, לפעמים יכול לתת מידע מבלבל או שקר3. ניתן למחוק את העמודות המכילות מקפים אחד או יותר בשלב זה או עץ בנייה בשלב מאוחר יותר. לחלופין, הם יכולים לשמש לחישוביות פילוגנטי. עימוד רצפים של זמירה תסתיים, יש לשמור את רצפי מיושר FASTA בתבנית, או את התבנית הרצויה, לשימוש מאוחר יותר.
פלטפורמות תוכנה רבות המספקות פונקציות בניה עץ באמצעות שיטות שונות או אלגוריתמים. באופן כללי, ניתן לסווג את השיטות שיטות מטריצה מרחק או שיטות נתונים בדיד. שיטות מטריצה מרחק הן פשוטה ומהירה כדי לחשב, ואילו שיטות נתונים בדיד מורכב ולגזול. עבור taxa הקשורים קשר הדוק מאוד עם רמה גבוהה של שיתוף של חומצת אמינו או נוקלאוטיד רצף הזהות, שיטה מטריקס מרחק (שכן הצטרפות: NJ; Unweighted שיטת קבוצה זוג עם ממוצע אריתמטי: UPGMA) הוא המתאים; עבור קרובים רחוקים taxa, שיטה נתונים בדיד (נראות מקסימלית: ML; בהססנות מרבי: MP; מסקנה בייסיאניות) היא אופטימלית3,8. במחקר זה, השיטות ML מגה (6.0.6), מסקנה בייסיאני (MrBayes 3.2) הוחלו לבנות עצים פילוגנטי9. באופן אידיאלי, כאשר המודל הנכון לבין פרמטרים משמשים, התוצאות נגזר שיטות שונות עלולות להיות עקבי, והם לכן אמין ומשכנע יותר.
עבור עץ פילוגנטי ML נבנה באמצעות מגה10, יש אפשרות לטעון את הקובץ רצף מסודרים בתבנית FASTA לתוכנית. הצעד הראשון ואז היא לבחור דגם החלפת אופטימלית עבור הנתונים שהועלה. כל הדגמים זמינים החלפת מושווים בהתבסס על הרצף שהועלה, הציונים הסופי שלהם יוצג בטבלה התוצאות. בחר את הדגם עם הציון בקריטריון מידע בייסיאני (המזרחי) הקטן ביותר (מופיע תחילה בטבלה), לקבוע פרמטרים ML לפי הדגם המומלץ, ולהתחיל חישוב. חישוב הזמן משתנה בין מספר דקות עד מספר ימים, בהתאם למורכבות של הנתונים טעון (אורך של רצפים, מספר taxa) ואת הביצועים של המחשב שבו מופעלות התוכניות. חישוב תסתיים, עץ פילוגנטי יוצג בחלון חדש. שמור את הקובץ בשם "FileName.mat". לאחר הגדרת פרמטרים כדי לציין את המראה של העץ, לשמור פעם נוספת. באמצעות שיטה זו, מגה ניתן להפיק הפרסום כיתה עץ פילוגנטי דמויות.
לבנייה בעץ עם MrBayes11, הצעד הראשון הוא לשנות את רצף מיושר, אשר בדרך כלל מופיע בתבנית FASTA, לפורמט נקסוס (.nex כסוג קובץ). הפיכת FASTA קבצים לפורמט nexus ניתן יהיה לעבד מגה. לאחר מכן, ניתן להעלות את רצף מסודרים בתבנית נקסוס לתוך MrBayes. כאשר הקובץ מועלה בהצלחה, ציין פרמטרים מפורטים עבור חישוב עץ. פרמטרים אלה יש לכלול פרטים כגון דגם החלפת חומצת אמינו, וריאציה המחירים, שרשרת מספר עבור שרשרת מרקוב מונטה קרלו mcmc (ב) מצמד, מספר ngen, הממוצע סטיית התקן של פיצול התדרים, וכן הלאה. לאחר פרמטרים אלה צוינו, מתחילים חישוב. בסופו של דבר, שתי דמויות עץ קוד ASC II, מראה קלייד אמינות, אחרים מראה סניף המרחק, יוצג על המסך.
התוצאה עץ יישמרו באופן אוטומטי כמו "FileName.nex.con". קובץ זה עץ ניתן לפתוח ולערוך מאת FigTree, ניתן לשנות את הדמות המוצגת FigTree נוספת כדי להפוך אותו מתאים יותר לפרסום.
במחקר זה, 228 חלבונים מתוק, כולל 35 מ פרוקריוטים חד־תאיות וממתקים SemiSWEETs 57 מ אאוקריוטים, נותחו כדוגמה. ממתקים והן SemiSWEETs מאופיינים גלוקוז, פרוקטוז או סוכרוז מובילי מעבר ממברנות12,13. ניתוח פילוגנטי עולה כי שני התחומים MtN3/רוק המכיל ממתקים עשוי להיגזר פיוז ' ן אבולוציונית של חיידקי SemiSWEET ועורות של archaeon14.

<table><tbody><tr><td>Adobe Illustration</td><td></td><td></td><td>כלי גרפי שפותח על ידי Adobe Systems Software Ireland Ltd. זכויות יוצרים ועותקים; 2017</td></tr><tr><td>BioEdit</td><td></td><td></td><td>עורך יישור רצף ביולוגי שנכתב עבור Windows 95/98/NT/2000/XP/7. זכויות יוצרים והעתקה; Tom Hall</td></tr><tr><td>Clustal Omega</td><td></td><td></td><td>חבילה ליצירת יישור רצפים מרובים של רצפי חומצות אמינו או נוקלאוטיד.&nbsp; http://www.clustal.org/</td></tr> <tr><td>CorelDRAW</td><td></td><td></td><td>תוכנה לעיצוב גרפי. זכויות יוצרים והעתקה; 2017 Corel Corporation</td></tr><tr><td>FigTree</td><td></td><td></td><td>מציג גרפי של עצים פילוגנטיים שתוכנן על ידי אוניברסיטת אדינבורו</td></tr><tr><td>MEGA</td><td></td><td></td><td>MolecularEvolutionary Genetics Analysis גרסה 6.0 http://www.megasoftware.net/home</td></tr><tr><td>MrBayes</td><td></td><td></td><td>כלי הסקה פילוגנטי בייסיאני</td></tr><tr><td>NVIDIA</td><td></td><td></td><td>חברה מתכננת יחידות עיבוד גרפיות (GPUs) לשווקי המשחקים והמקצוענים. זכויות יוצרים ועותק של התאגיד; 2017</td></tr><tr><td>PAUP</td><td></td><td></td><td>ניתוח פילוגנטי באמצעות חסכנות. התוכנית של דייוויד סוופורד מיישמת את שיטת הסבירות המקסימלית תחת מספר מודלים של נוקלאוטידים.</td></tr><tr><td>Photoshop</td><td></td><td></td><td>עורך גרפי רסטר שפותח ופורסם על ידי Adobe Systems Software Ireland Ltd. זכויות יוצרים ועותקים; 2017</td></tr><tr><td>RHYTHM</td><td></td><td></td><td>חיזוי מבוסס ידע של אנשי קשר hekix. Charit&eacute; ברלין &ndash; Protein Formatics Group - זכויות יוצרים 2007-2009</td></tr><tr><td>TMHMM</td><td></td><td></td><td>כלי לחיזוי סלילי טרנסממברנה בחלבונים. http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/</td></tr> <tr>זיכרון <td>Compter</td><td></td><td></td><td>4 GB, מעבד Core 2 ומעלה. Windows 7, Windows 10</td></tr></tbody></table>

באמצעות ניתוח פילוגנטי לחקור האיקריוטים מקור גנטי

Using Phylogenetic Analysis to Investigate Eukaryotic Gene Origin

ניתוח פילוגנטי משתמש נוקלאוטיד או רצפי חומצות אמינו או פרמטרים אחרים, כגון תחום רצפים ומבנה תלת מימדי, לבנות עץ כדי להראות את הקשר האבולוציוני בין taxa שונים (סיווג יחידות) מולקולרית רמה. ניתוח פילוגנטי יכול לשמש גם כדי לחקור תחום היחסים טקסון בודדים, במיוחד עבור אורגניזמים שעברו משמעותי לשנות מורפולוגיה ופיזיולוגיה, אך עבור חוקרים אשר חוסר ראייה פוסיליים בשל של אורגניזמים היסטוריה אבולוציונית זמן או מחסור של התאבנות.
בטקסט הזה, מתואר פרוטוקול מפורט עבור שימוש בשיטת פילוגנטי, כולל עימוד רצפים חומצת אמינו באמצעות אומגה Clustal ובניית עץ פילוגנטי עוקבות באמצעות שני המרבי הסבירות (ML) של גנטיקה מולקולרית אבולוציונית ניתוח (מגה), מסקנה בייסיאניות ויה MrBayes. כדי לחקור את המקור של גנים סוכרים יהיה בסופו של דבר להיות מובילי מיוצאים (מתוק) האיקריוטים, נותחו 228 סוויטס כולל 35 מתוק מהחלבונים פרוקריוטים חד־תאיות וחלבונים SemiSWEET 57 מ אאוקריוטים. מעניין, SemiSWEETs נמצאו אאוקריוטים, אך מתוקים נמצאו פרוקריוטים. שני העצים פילוגנטי נבנו תוך שימוש בשיטות שונות באופן תיאורטי הראו באופן עקבי כי הגן הראשון מתוק האיקריוטים שאולי נובעים הפיוז'ן של הגן SemiSWEET חיידקי וג'ין SemiSWEET archaeal. ראוי לציין שאת זה. צריך להיות זהיר כדי לצייר מסקנה בהתבסס רק על ניתוח פילוגנטי, למרות זה שימושי להסביר את הקשר הבסיסי בין taxa שונים, אשר קשה או אפילו בלתי אפשרי להבחין באמצעים ניסיוני .

עצים פילוגנטי להראות כי כל קבוצות MtN3/רוק הראשונה של הרצף מתוק 35 מקובצים באשכולות וגם קלייד אחד התחומים MtN3/רוק השני של הרצף מתוק מקובצים באשכולות כמו קלייד אחר. בנוסף, תוצאות היישור של ממתקים, SemiSWEETs להציג כמה SemiSWEETs של α-פרוטאובקטריה מיושר עם קבוצת המחשבים MtN3/רוק הראשונה של הרצף מתוק, ואילו SemiSWEETs מ- Methanobacteria (ארכאונים) מיושר עם הרוק/MtN3 השני התחום של הרצף מתוק. תוצאות אלו יחד מראים כי שני התחומים MtN3/רוק המכיל ממתקים עשוי להיגזר פיוז ' ן אבולוציונית של חיידקי ...

מתוארת שיטה של בניית עץ פילוגנטי בהתבסס על הומולוגיה רצף של ממתקים פרוקריוטים, SemiSWEETs של אאוקריוטים. ניתוח פילוגנטי הוא כלי שימושי עבור המסביר את relatedness האבולוציוני בין חלבונים הומולוגיים או גנים מקבוצות אורגניזם שונים.

Phylogenetic analysis uses nucleotide or amino acid sequences or other parameters, such as domain sequences and three-dimensional structure, to construct ...

שיטה זו יכולה לעזור לענות על שאלות מפתח בתחום הפיטוגנטי כגון כיצד לאסוף רצפים וכיצד לבחור את מודל החישוב הנכון. היתרון העיקרי של טכניקה זו הוא שקל מאוד ללמוד אותה. בדרך כלל, מי שחדש בשיטה זו עשוי להיאבק פשוט מכיוון שהוא לא יודע כיצד לטפל בנתונים בגלל חוסר ידע בסיסי בעקרונות ובשיטות הפילוגניה.שיטה זו פותחה לראשונה כאשר ניתחנו את היישור של גנים אוקריוטיים SWEET. הדגמה חזותית של שיטה זו היא קריטית מכיוון שיש גודל של אפשרויות והגדרות להיבטים שונים של היישור. התחל הליך זה עם בחירה של 35 חלבוני SWEET מועמדים מאורגניזמים אוקריוטיים חד-תאיים כמתואר בפרוטוקול הטקסט.יישר את 35 רצפי ה-SWEET על ידי הזנתם ל-Clustal Omega. העתק והדבק את רצפי החלבון בפורמט FASTA בתיבת הקלט או העלה קובץ רצף בפורמט FASTA. ציין שמדובר ברצף חומצות אמינו על ידי לחיצה על הסמל מתחת לתפריט הנפתח בסעיף שלב ראשון.ציין את פורמט הפלט ופרמטרים אחרים בסעיף שלב שני במידת הצורך. עבור מחקר זה, הגדר את פורמט הפלט כ-Clustal ללא מספר והשאר את הפרמטרים האחרים בהגדרות ברירת המחדל. ברוב המקרים, פרמטרי ברירת המחדל עובדים היטב ללא כל מפרט.שלח והפעל את היישור בסעיף שלב שלוש. ייתכן שיחלפו בין מספר שניות לדקות עד לסיום היישור. בחלונית Result Summary , לחץ לחיצה ימנית על הקישור תחת Alignment in CLUSTAL format ושמור את הרצפים המיושרים כ- 35.clustal.כדי לפתוח את קובץ תוצאת היישור ב-BioEdit, לחץ על רצף ובחר ערוך מצב רוח בתפריט הנפתח הראשון בחלונית הראשית של BioEdit. לאחר מכן לחץ על ערוך שאריות בתפריט המשנה. בחר את הרצפים הבולטים בצד שמאל של היישור עם הסמן ולחץ על הסמל מחק מתחת לתפריט עריכה כדי להסיר את הרצפים שנבחרו.בחר ומחק את הרצפים בצד ימין של תחום הרוק הראשון של MtN3 ושמור את רצפי תחום הרוק הראשונים של MtN3 שנחתכו כ- 35-1.fas. באופן דומה, מחק את רצפי הצד השמאלי והימני של תחום הרוק השני של MtN3 ושמור אותו כ- 35-2.fas. ניתן לחזות מראש את רצפי תחום הרוק הראשון והשני של MtN3 באמצעות קצב או TMHMM.פתח את הקובץ 35-1. fas עם MEGA ולחץ על ישר כאשר תתבקש. תחת תפריט עריכה, לחץ על בחר הכל.לאחר מכן לחץ על Select Sequences. השמות והרצפים של הטקסונים ייבחרו בשחור. בחר Copy מתפריט Edit כדי להעתיק את הרצפים ללוח ולאחר מכן להדביק את הרצפים שהועתקו בקובץ doc.בקובץ ה-doc, החלף את כל סימני המספרים בסימן הגדול מ-ולאחר מכן מחק את כל התווים הלא קשורים כדי להמיר אותם לפורמט FASTA. הוסף 1 בסוף כל שם טקסון כדי לסמן אותם כרצפי תחום הרוק הראשונים של MtN3. עבד את רצפי תחום הרוק השני של MtN3 באותה שיטה והוסף 2 אחרי כל שם טקסון.כעת שלב את רצפי תחום הרוק הראשון והשני של MtN3 בפורמט FASTA בקובץ מסמך. כדי לעשות זאת, טען שוב את הרצפים המשולבים לתוך Clustal Omega ויישר את הרצפים כמו קודם. שמור את התוצאה כ- 35realigned.clustal.פתח את ה-35realigned. קובץ clustal ב-BioEdit. מחק את שאריות חומצות האמינו הלא אחידות בשני קצות הרצפים המיושרים ולאחר מכן שמור את הרצפים כ- 35realigned.fas.לחץ על כן כאשר אתה מזהיר שלא ניתן לשמור תווים לא סטנדרטיים מסוימים. פתח 35מיושר מחדש. fas ב-MEGA.לחץ על תפריט נתונים ובחר ייצוא יישור. לאחר מכן שמור את היישור בפורמט POP כ- 35. הבא לשימוש מאוחר יותר ב-MR Base.בינתיים, לחץ על סמל הדגמים בפאנל הראשי של MEGA. בחר מצא את דגמי חלבון ה-DNA הטובים ביותר ולחץ על אישור בחלון המוקפץ. לחץ על מחשוב כדי להתחיל בתהליך חיפוש המודל.לוח התקדמות חדש ייפתח. תהליך זה נמשך מספר דקות עד מספר ימים בהתאם למורכבות הרצפים הטעונים וביצועי המחשב. טבלה המציגה את התוצאות תיפתח לאחר סיום תהליך חיפוש המודל.ציון ה-BIC הקטן ביותר יופיע ראשון ואחריו סדרה של מודלים שונים עם ציוני BIC הולכים וגדלים בהדרגה. המודל הראשון LG + G + F עם ציון ה- BIC הקטן ביותר הוא המודל המומלץ עבור עץ ה- ML המבוסס על 35 מיושר מחדש. FAS.לאחר מכן, לחץ על סמל פילוגנזה בלוח הראשי של MEGA. לחץ על בנה/בדוק את עץ הסבירות המקסימלית ולאחר מכן לחץ על כן בחלונית הקופצת. ייפתח חלון חדש המציג פרמטרים שונים שיש לציין.ראשית, הגדר את ערך האתחול במבחן של תיבת הפילוגניה. 500 או 1,000 מספיקים ברוב המקרים. תחת מודל ההחלפה, בחר חומצת אמינו כסוג ההחלפה.מטרת בחירת מודל החלפה היא להעריך את ההבדל האמיתי בין רצפים על סמך מצבם הנוכחי. בחר LG עם מודל תדרים בתיבה מודל ושיטה. בתיבה תעריפים ותבניות, בחר גאמה המחולקת כדי לתאר וריאציות קצב בין אתרים, כגון מתן משקל רב יותר לשינויים באתרים המתפתחים לאט.בתיבה ערכת משנה של נתונים, בחר מחיקה מלאה כדי להסיר את כל העמודות המכילות מקפים. שמור את כל הפרמטרים האחרים במצבי ברירת המחדל שלהם. לאחר פירוט פרמטרים אלה, לחץ על סמל מחשוב כדי להתחיל בחישוב.עץ ML פילוגנטי יוצג בסיום החישוב באמצעות MEGA. תחת התפריט הנפתח של סמל קובץ בחלונית עץ, בחר שמור הפעלה נוכחית כדי לשמור את התוצאה. במחקר הנוכחי, התוצאה נשמרה כ-35.mas.בחלונית Tree, פרמטרים רבים, כולל אורך הקלייד, סגנון העץ, טופולוגיית העץ, גופן שם הטקסון, גודל וצבע, מוצגים וניתן להגדיר אותם לאפשרויות שונות. שמור את קובץ העץ הסופי על ידי לחיצה על תמונה סמל ושמור את הדמות בפורמטים שונים או העתק את התמונה כמקור לעריכת תמונות. המשך בניתוח הקשר בין SWEETs ו-semiSWEETs וכן שימוש בבניית העץ הפילוגנטי של יישור הרצף עם MR Base כמפורט בפרוטוקול הטקסט.עצים פילוגנטיים מראים שכל תחומי הרוק הראשונים של MtN3 של 35 רצפי SWEET מקובצים כקלידה אחת ותחומי הרוק MtN3 השניים של רצפי SWEET מקובצים כקלידה אחרת. בנוסף, תוצאות היישור של ה-SWEETs וה-semiSWEETs מראות שחלק מה-semiSWEETs מ-Alpha-Proteobacteria מיושרים עם תחום הרוק הראשון של MtN3 של רצפי ה-SWEET בעוד ש-semiSWEETs מ-Methanobacteria מיושרים עם תחום הרוק השני של MtN3 של רצפי ה-SWEET. תוצאות אלה יחד מצביעות על כך ששני תחומי הרוק של MtN3 המכילים SWEETs עשויים להיגזר ממיזוג אבולוציוני של חיידק למחצה וארכאי.לאחר השליטה, ניתן לבצע טכניקה זו תוך שעה עד מספר ימים בהתאם למורכבות הנתונים. בעת ניסיון פרוטוקול זה, חשוב לאסוף רצפים באיכות גבוהה מראש. לאחר פיתוחו, פרוטוקול זה סלל את הדרך לחוקרי אבולוציה לחקור את הקשרים בין גנים הומולוגיים.לאחר צפייה בסרטון זה, אתה אמור להבין היטב כיצד לבנות עץ פילוגנטי.

using-phylogenetic-analysis-to-investigate-eukaryotic-gene-origin

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

אימונולוגיה וזיהומים

כאן אנו מתארים צינור צעד אחר צעד ליצירת phylogenies אמין ממערכי נתוני רצף נוקליאוטידים או חומצות אמינו. מדריך זה נועד לשרת את חוקרים או סטודנטים חדשים לניתוח פילוגנטי.

מדריך מעשי לphylogenetics לNonexperts

מאמר זה מתאר הליך זיהוי ואפיון של משפחה ג'ין הגפן חלה על משפחתו של תודרנית Tóxicos ב Levadura (ATL) E3 אוביקוויטין ligases.

זרימת עבודה מקיפה עבור הביטוי מטא אנליזה ATL E3 אוביקוויטין ליגאז ג'ין משפחת גפן וזיהוי הגנום כולו

מטרת פרוטוקול זה היא לחקור את האבולוציה והביטוי של גנים מועמדים באמצעות נתוני רצף RNA.

צינור ביואינפורמטיקה לחקירת אבולוציה מולקולרית וביטוי גנים באמצעות RNA-seq

פלטפורמה חישובית אנליטית זו מספקת הדרכה מעשית למיקרוביולוגים, אקולוגים ואפידמיולוגים המתעניינים בגנומיקה של אוכלוסיית החיידקים. באופן ספציפי, העבודה שהוצגה כאן הדגימה כיצד לבצע: א) מיפוי מונחה פילוגניה של גנוטיפים היררכיים; 2) ניתוח מבוסס תדרים של גנוטיפים; 3) ניתוחי קרבה וקלונליות; 4) זיהוי של שושלת המבדילה בין לוקים לאביזר.

כרייה היוריסטית של גנוטיפים היררכיים וגושים של גנום עזר באוכלוסיות חיידקים

הפרוטוקול המתואר כאן מספק הוראות מפורטות כיצד לנתח אזורים גנומיים בעלי עניין עבור פוטנציאל קידוד מיקרופרוטאין באמצעות PhyloCSF בדפדפן הגנום הידידותי למשתמש UCSC. בנוסף, מומלץ להמשיך ולחקור את מאפייני הרצף של מיקרופרוטאינים שזוהו כדי לקבל תובנה לגבי הפונקציות הפוטטיביות שלהם.

גישה משולבת לזיהוי מיקרופרוטאינים וניתוח רצף

במקביל זיהום בנגיף שפעת היא אחד הגורמים המעורבים אינדוקציה של המחלה pneumococcal פולשנית במהלך...

באמצעות הדמיה Bioluminescent לחקור סינרגיזם בין Streptococcus pneumoniae ו שפעת וירוס עכברים תינוקות

פרוטוקול מהיר, פשוט וחסכוני עבור הדור של התורם הנגזרות multivirus ספציפי ההרג (rCTL) עבור עירוי כדי allogeneic hematopoietic בתאי גזע להשתלה (HSCT) מקבלי בסיכון לפתח זיהומים CMV, עו"ד או EBV. תהליך הייצור GMP תואמי וצריך להבטיח את יישום רחב יותר של חיסוני T-cell מעבר במרכזים מיוחדים.

דור Multivirus ספציפיים תאים T כדי למנוע / לטפל זיהומים נגיפיים לאחר השתלת allogeneic תא גזע hematopoietic

זיהום haemocolic אוראלי ותוך של זחלים של עש השעווה הגדולה...

החרקים<em&gt; גלרית mellonella</em&gt; כדגם זיהום רב עצמה כדי לחקור פתוגנזה קטריאלי

מתואר יצירת כימרות של בלוטות לימפה/כריות שומן לחקר מקור תאי סטרומה של בלוטות הלימפה. השיטה כוללת בידוד של בלוטות לימפה מעכברים שזה עתה נולדו וכריות שומן עובריות, יצירת רפידות שומן של בלוטות לימפה כימריות, והעברתן מתחת לקפסולת הכליה של עכבר מארח.

יצירת כימרות של כריות שומן בלוטות לימפה לחקר מקור תאי סטרומה של בלוטות הלימפה

חיידקי ליסטריה הוא פתוגן חיידקים גראם חיובי משמש לעתים קרובות כמודל עיקרי לחקר טפילות תאית. הדמיה מאוחר L. חיידקי לשלבי זיהום בהקשר של מסכי RNA התערבות קטנים מאפשר למחקר העולמי של מסלולים הסלולר נדרשים לזיהום חיידקים של תאי מארח יעד.

ההדמיה InlC הפרשה לחקר זיהום נייד על ידי פתוגן החיידקים<em&gt; חיידקי ליסטריה</em

למד לבנות עץ פילוגנטי באמצעות Clustal Omega ו-Mega לניתוח אבולוציוני של חלבוני SWEET באיקריוטים. שיטה זו מפשטת את הבנת יחסי האבולוציה בין גנים הומולוגיים.

באמצעות ניתוח פילוגנטי לחקור האיקריוטים מקור גנטי

גלה סרטונים נוספים