Name: CRISPR/Cas9 ריבונואופפרוטאין-תיווך מדויק לעריכה גנטית על ידי אלקטרופורציה (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2019-06-20T13:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 31 s
Description: למד עריכת גנים מדויקת ב-CRISPR/Cas9 באמצעות אלקטרופורציה בצינור בתאי יונקים. שיטה זו מגבירה שרידות תאים ויעילות עריכה ללא וירוסים או תרופות ליישומים קליניים.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

עבודה זו נתמכת על ידי המכון הלאומי לבריאות (R21OD023194 כדי JX). עבודה זו מנוצל הליבה שירותים נתמך על ידי המרכז למודלים מתקדמים עבור מדעי טרנסלtional ו Therapeutics (CAMTraST) במרכז הרפואי של אוניברסיטת מישיגן.

כל תחזוקת בעלי חיים, טיפול, ושימוש בהליכים נבדקו ואושרו על ידי הוועדה לטיפול בבעלי חיים מוסדיים (IACUC) של אוניברסיטת מישיגן.
1. הכנת תאים
<ol><li>
לרכוש iPSCs אנושי (ACS-1030) מאוסף תרבות הסוג האמריקאי (ATCC). תרבות iPScs על מטריצה מלאכותית עם הגוף בינונית ללא מאכיל (ראה טבלת חומרים) בחממה לתרבות התא (5% CO2 ב 37 ° c) בעקבות הוראות הספק.
	<ol>
<li>2 h לפני החצייה, לטפל iPSCs עם 10 μM רו-משויך, סליל מתפתל המכיל חלבון קינאז (ROCK) מעכב Y27632 (שימוש אשר מפחית אפופטוזיס של hiPSCs אנושי המנתק ומגביר את יעילות ההישרדות והשכפול של hiPSCs ללא המשפיעים על הגמישות שלהם.</li>
		<li>בעת ההעברה, הניתוק iPSCs עם פתרון התנתקות התא (ראה טבלת חומרים) לתאים בודדים ב 37 ° c עבור 5 דקות.. תספור את מספר הטלפון</li>
	</ol>
</li>
	<li>
הקמת תרבות תא הארנב באמצעות התרבות העיקרית של ביופסיות רקמת העור באוזן, כפי שתוארה בעבר10.
	<ol>
<li>0.5 ס מ x 0.5 ס מ ביופסיה של עור האוזן מתקבל מקצה האוזן ארנב. . תגלח את השיער מרקמת האוזן</li>
		<li>לשטוף 2x עם מלוחים פוספט באגירה של Dulbecco (DPBS) עם 5% פניצילין-סטרפטומיצין. העבר את רקמת האוזן לצלחת חדשה 6 ס מ רקמת הרקמה, ואז לחתוך את הרקמה לחתיכות קטנות (~ 1.0 mm x 1.0 מ"מ). להוסיף כמה טיפות של סרום העוברי העובר כדי למנוע את רקמת מתייבש.</li>
		<li>הפיצו את הרקמה הגרוחת לצלחת 10 ס מ רקמות רקמה, ולאחר מכן להוסיף 10 מ ל של מדיום התרבות. הארנבונים התאים הארנב הם מתורבתים ב בינונית שונה ביותר של הנשר של דולבקה (DMEM) עם 10% סרום עוברי העובר. שים את הצלחת תרבות הרקמה בחממה לתרבות התא (5% CO2 ב 37 ° c).</li>
		<li>שלושה עד חמישה ימים לאחר הציפוי, השתמשו בטריפסין-אדטה כדי לעכל תאים ב-37 ° c עבור 2 דקות.. תספור את מספר הטלפון</li>
	</ol>
</li>
</ol>2. עיצוב וסינתזה של gRNAs והאוליגוס תורם
<ol><li>עבור כל גן, מדריך לעיצוב RNA המבוסס על רצף המיקוד באמצעות כלי מקוון (לדוגמה, < http://crispor.tefor.net/>).</li>
	<li>. הדבק את רצף הדי. אנ. איי של הריבית</li>
	<li>בחר הגנום ואת המוטיב הסמוך מוטיב (פאם). רצפי מדריך אפשריים ברצפי DNA קלט יוצגו בדף הפלט. מומלץ לבחור gRNA עם יעילות גבוהה יותר והפוטנציאל התחתון של היעד.</li>
	<li>לסנתז דנ א על ידי ספק מסחרי עבור תעבינג gRNAs. לבצע שעתוק מחוץ גופית של gRNA באמצעות ערכת סינתזה gRNA על פי הוראות היצרן.</li>
	<li>לטהר את gRNA באמצעות העמודה מיקרו RNA טיהור הכלול בערכת סינתזה gRNA. למדוד את הריכוז, ואז לאחסן את gRNAs ב-80 ° c.</li>
	<li>עצב תבנית של תורם ssODN עבור כל אתר מוטציה. ה-ssODNs יכול להיות מסונתז על ידי ספקים מסחריים כגון IDT. באופן כללי, כל ssODN הוא 120-160 נוקלאוטידים (nt) באורך, המורכב של 60-80 nt זרוע הומולוגיה שמאל 60-80 nt בזרוע הומולוגיה הנכון. כדי למנוע חיתוך מחדש של ה-DNA שנערך, מוטציה שקטה על פאם צריך להיות הציג את ssODN ככל האפשר. אתר הגזירה של CRISPR צריך להיות ממוקם קרוב לשינוי גנומית המיועד ככל האפשר.</li>
</ol>3. אלקטרופורציה של Cas9 RNP ו-ssODNs
<ol><li>הכן את התאים כמתואר בסעיף 1.</li>
	<li>להשעות מחדש 2-3 x 105 תאים ב 20 μl של מאגר אלקטרופורציה. פיפטה למעלה ולמטה בזהירות כדי ליצור השעיה לתא אחד.</li>
	<li>עבור Cas9 RNP הזיהום, מראשות המלך 2 μg של Cas9-NLS חלבון עם 0.67 μg של gRNA בטמפרטורת החדר (RT) עבור 10-15 דקות. הבא, בעדינות לערבב את מתחם RNP הקימו יחד עם 2 μg של ssODN עם תאים.</li>
	<li>העבר את התערובת לתא לצינור אלקטרופורציה של 20 μL בעזרת התאמת הצנרת האוניברסלית המסופקת על-ידי ערכת אלקטרופורציה של הצינורית. כדי להשיג אלקטרופורציה טובה יותר, נסה להימנע מהיווצרות בועות אוויר במהלך ההעברה.</li>
	<li>הניחו את צינור החשמל בחריץ של האלקטרופוראטור והקישו "Go" כדי לסיים. בצע את הפרמטרים המוצעים של היצרן עבור כל סוג תא. לדוגמה, עבור התאים האנושיים iPSCs והארנב בתאי הפיצוץ, ערכת המתח הוא 420 V וזמן הדופק הוא 30 ms. מחזור אלקטרופורציה מוצלחת מצוין על-ידי דוח הדופק על מסך התצוגה של האלקטרופוראטור.</li>
	<li>לאחר האלקטרופורציה, העבר את תאי ה-iPS האנושיים ל-1 מ ל של החברה המכילה את מדיום התרבות מראש-27632 שתוארה בחלק התרבותי של התאים. עבור התאים הארנבונים הפיצוץ בתאי, להעביר אותם DMEM עם 10% סרום עוברי העובר.</li>
	<li>צלחת להתאים את התאים לאחד היטב של 12 צלחת תרבות התא הטוב.</li>
	<li>לשנות את מדיום התרבות כל יום. Y-27632 מוסר מתוך בינונית התרבות iPSC האנושית 24 h פוסט אלקטרופורציה.</li>
</ol>4. ניתוח אירועי בעריכת גנים
<ol><li>הקציר תאים 72 h לאחר אלקטרופורציה. לעכל את התאים מלוח התרבות באמצעות טריפסין-EDTA עבור התאים הארנבונים בתאי הפיצוץ או ניתוק התאים פתרון עבור iPSCs אנושי. לאחר צנטריפוגה, להשעות את התאים עם 350 mL של מאגר הליזה (1 מטרים Tris HCl, 5 M הנאסה, 0.5 M EDTA; pH 8.0, 10% SDS, להוסיף 20 μL של 20 מ"ג/mL פרוטטינואז K מלאי ל 1 mL של מאגר הליזה), ולאחר מכן דגירה ב 55 ° צ' לילה</li>
	<li>לחלץ את ה-DNA גנומית עם פנול-כלורופורם באמצעות נהלים סטנדרטיים.</li>
	<li>להגביר 100-200 bp שברי DNA המכיל אזור ממוקדות באמצעות דנ א באמינות גבוהה פולימראז, לאחר מכן לטהר את שברי ה-DNA מ ג באמצעות ערכת החילוץ ג'ל או ישירות ממוצרי PCR באמצעות מיני PCR SV kit.</li>
	<li>כדי לקבוע את היעילות לעריכת גנים על ידי רצפי המושבה חיידקי, ליגאז מוצרי ה-PCR מטוהרים לתוך וקטור pCR4-topo באמצעות ערכת השכפול topo TA. באופן אקראי להרים שיבוטים חיידקיים, ולאחר מכן רצף את התוספות באמצעות רצף אוניברסלי שסופקו על ידי ערכת השכפול TOPO TA.</li>
	<li>כדי לקבוע את יעילות העריכה של גנים לפי רצף עמוק, לשלוח את מוצרי ה-PCR מטוהרים (~ 100-200 bp) משלב 4.3 עבור crispr אמפליקון רצף ב רצפי DNA הליבה.</li>
</ol>

<ol><li>Cong, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplex+genome+engineering+using+CRISPR%2FCas+systems%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Multiplex genome engineering using CRISPR/Cas systems.</a> Science. 339 (6121), 819-823 (2013).</li>
<li>Mout, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Direct+Cytosolic+Delivery+of+CRISPR%2FCas9-Ribonucleoprotein+for+Efficient+Gene+Editing%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Nano%22%5BJournal%5D)">Direct Cytosolic Delivery of CRISPR/Cas9-Ribonucleoprotein for Efficient Gene Editing.</a> ACS Nano. 11 (3), 2452-2458 (2017).</li>
<li>Zuris, J. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cationic+lipid-mediated+delivery+of+proteins+enables+efficient+protein-based+genome+editing+in+vitro+and+in+vivo%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Biotechnology%22%5BJournal%5D)">Cationic lipid-mediated delivery of proteins enables efficient protein-based genome editing in vitro and in vivo.</a> Nature Biotechnology. 33 (1), 73-80 (2015).</li>
<li>Miller, J. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Non-Viral+CRISPR%2FCas+Gene+Editing+In+Vitro+and+In+Vivo+Enabled+by+Synthetic+Nanoparticle+Co-Delivery+of+Cas9+mRNA+and+sgRNA%5BTitle%5D)+AND+%22Angew+Chem+Int+Ed+Engl%22%5BJournal%5D)">Non-Viral CRISPR/Cas Gene Editing In Vitro and In Vivo Enabled by Synthetic Nanoparticle Co-Delivery of Cas9 mRNA and sgRNA.</a> Angew Chem Int Ed Engl. 56 (4), 1059-1063 (2017).</li>
<li>Finn, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Single+Administration+of+CRISPR%2FCas9+Lipid+Nanoparticles+Achieves+Robust+and+Persistent+In+Vivo+Genome+Editing%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Reports%22%5BJournal%5D)">A Single Administration of CRISPR/Cas9 Lipid Nanoparticles Achieves Robust and Persistent In Vivo Genome Editing.</a> Cell Reports. 22 (9), 2227-2235 (2018).</li>
<li>Liang, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tumor+cell-targeted+delivery+of+CRISPR%2FCas9+by+aptamer-functionalized+lipopolymer+for+therapeutic+genome+editing+of+VEGFA+in+osteosarcoma%5BTitle%5D)+AND+%22Biomaterials%22%5BJournal%5D)">Tumor cell-targeted delivery of CRISPR/Cas9 by aptamer-functionalized lipopolymer for therapeutic genome editing of VEGFA in osteosarcoma.</a> Biomaterials. 147, 68-85 (2017).</li>
<li>Luo, Y. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Macrophage-Specific+in+Vivo+Gene+Editing+Using+Cationic+Lipid-Assisted+Polymeric+Nanoparticles%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Nano%22%5BJournal%5D)">Macrophage-Specific in Vivo Gene Editing Using Cationic Lipid-Assisted Polymeric Nanoparticles.</a> ACS Nano. 12 (2), 994-1005 (2018).</li>
<li>Wang, H. X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nonviral+gene+editing+via+CRISPR%2FCas9+delivery+by+membrane-disruptive+and+endosomolytic+helical+polypeptide%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Nonviral gene editing via CRISPR/Cas9 delivery by membrane-disruptive and endosomolytic helical polypeptide.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 115 (19), 4903-4908 (2018).</li>
<li>Xu, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Efficient+homology-directed+gene+editing+by+CRISPR%2FCas9+in+human+stem+and+primary+cells+using+tube+electroporation%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Efficient homology-directed gene editing by CRISPR/Cas9 in human stem and primary cells using tube electroporation.</a> Scientific Reports. 8 (1), 11649(2018).</li>
<li>Du, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Beneficial+effect+of+young+oocytes+for+rabbit+somatic+cell+nuclear+transfer%5BTitle%5D)+AND+%22Cloning+Stem+Cells%22%5BJournal%5D)">Beneficial effect of young oocytes for rabbit somatic cell nuclear transfer.</a> Cloning Stem Cells. 11 (1), 131-140 (2009).</li>
<li>Allenspach, E., Rawlings, D. J., Scharenberg, A. M. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aAllenspach%2C+E+%22GeneReviews%28R%29%22">GeneReviews(R)</a>. Adam, M. P., et al. , (1993).</li>
<li>Friedman, J., et al. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aFriedman%2C+J+%22GeneReviews%28R%29%22">GeneReviews(R)</a>. Adam, M. P., et al. , (1993).</li>
<li>Hidaka, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Most+T790M+mutations+are+present+on+the+same+EGFR+allele+as+activating+mutations+in+patients+with+non-small+cell+lung+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Lung+Cancer%22%5BJournal%5D)">Most T790M mutations are present on the same EGFR allele as activating mutations in patients with non-small cell lung cancer.</a> Lung Cancer. 108, 75-82 (2017).</li>
<li>Ma, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Correction+of+a+pathogenic+gene+mutation+in+human+embryos%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Correction of a pathogenic gene mutation in human embryos.</a> Nature. 548 (7668), 413-419 (2017).</li>
<li>Vakulskas, C. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+high-fidelity+Cas9+mutant+delivered+as+a+ribonucleoprotein+complex+enables+efficient+gene+editing+in+human+hematopoietic+stem+and+progenitor+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Medicine%22%5BJournal%5D)">A high-fidelity Cas9 mutant delivered as a ribonucleoprotein complex enables efficient gene editing in human hematopoietic stem and progenitor cells.</a> Nature Medicine. 24 (8), 1216-1224 (2018).</li>
<li>Song, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+and+Pneumocystis+Infections+in+the+Lungs+of+Gene-Knockout+Rabbits+with+Severe+Combined+Immunodeficiency%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Immunology%22%5BJournal%5D)">Bacterial and Pneumocystis Infections in the Lungs of Gene-Knockout Rabbits with Severe Combined Immunodeficiency.</a> Frontiers in Immunology. 9, 429(2018).</li>
<li>Song, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Production+of+immunodeficient+rabbits+by+multiplex+embryo+transfer+and+multiplex+gene+targeting%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Production of immunodeficient rabbits by multiplex embryo transfer and multiplex gene targeting.</a> Scientific Reports. 7 (1), 12202(2017).</li>
</ol>

ג. ג. עובד בסלטריקס LLC, יצרן של אלקטרופוראטור צינור. ל. מ., ל. י, י. ס., ד. י., ג'יי זי, י. א. ק., וג אקס, לא מצהירים על אינטרסים מתחרים.

שיטת האלקטרופורציה החשמלית הייתה יעילה באספקת CRISPR/Cas9 RNP ו ssODNs לארנבים ולתאי אדם, המוביל לעריכת גנים מדויקת ואיתנה (PGE). ההבדל העיקרי בין TE לבין התקני אלקטרופורציה קונבנציונליים אחרים הוא השימוש בצינור, שבו שתי אלקטרודות הן על החלק העליון והתחתון של הצינור והמדגם נטען במלואו לאחר מכן חתום על אלקטרופורציה (איור 1). לעומת זאת, בקובט קונבנציונאלי, האלקטרודות נמצאות בצדדים והמדגם אינו אטום במלואו במהלך האלקטרופורציה. העיצוב החדש מפחית את הפקת בועת האוויר ודוחס את גודל בועת האוויר, וכתוצאה מכך משפרת גם את התפלגות המתח החשמלי, ומשום כך מביאה להפחתת מוות התאים ויעילות הזיהום הגבוה9. בעבודה הנוכחית, שיעורי PGE גבוה (15%-37%) הושגו מיקוד EGFR, Mybpc3 ו HBB גנים ב אדם iPSCs. תוצאות אלה מתאימות עם דו ח מוקדם שבו שיעורי PGE גבוה הושגו בתאי גזע האדם9.
מוטציות גרימת מחלות היו ממוקדות IL2RG ו SPR גנים בתאי ארנב. לאחרונה, הארנבונים IL2RG-הסתרה הופקו כמודלים לכשל החיסוני האנושי המשולב משולב חמור (scid-X1)16,17. העבודה הנוכחית מראה כי החולה IL2RG מוטציות (למשל, C231Y ו Q235X) ניתן לייצר ביעילות בתאי הארנב, הפגנת הכדאיות של יצירת SCID-X1 מודלים הארנב נושאת מוטציות החולה. זה הוכיח גם כי SPR R150G מוטציות ניתן ליצור ביעילות בתאי הארנב. המוטציה הזאת גורמת לחסרונות. מוטוריים וקוגניטיביים בילדים12 אלה IL2RG ו SPR מוטציה מודלים ארנב, שנוצר לאחר, עשוי לשמש מודלים רב ערך טרום קליני למחקרים טרנסלבותית. הם עשויים לשמש גם כדי ליצור therapeutics המבוסס על עריכת גנים עבור מחלות מונוגניים אלה.
דאגה אחת עבור CRISPR/Cas9 בתיווך גנים לעריכת יישומים הוא מחוץ ליעד האירועים עריכת. שיעורי indel נותחו באתרים העליונים הצפויים מחוץ ליעד עבור sgRNAs המשמשים במחקר זה (טבלה S1), באמצעות שיטות שתוארו בעבר9. בסך הכל, שבעה פוטנציאל העליון מחוץ לכוונת היעד נותחו עבור sg-rb-IL2RG-01, חמש עבור sg-rb-SPR, שבעה עבור sg-hEGFR, חמש עבור sg-hMybpc3, ושבעה עבור sg-hHBB), באמצעות התחל המפורטים בטבלה S2. לא off-היעד indels נחשפו על ידי T7E1 בחני (איור S1), המציין מינימלי מחוץ ליעד סיכונים עבור crispr/Cas9-תיווך גנים באמצעות אלה sgrnas. הוא גם מציין כי שיטת האלקטרופורציה של הצינור עצמה אינה גורמת או מגדיל את העריכה של היעד. עם זאת, יש להקדיש את המאמצים כדי להקטין או למנוע עריכות לא רצויות של היעד. רצף הגנום כולו עשוי להיות הכרחי כדי להוציא אירועים כאלה עבור תאים המיועדים לשמש יישומים קליניים.
ברמה הטכנית, הבאים נחשבים גורמי מפתח כדי להשיג יעיל הגנום מדויק העריכה על ידי CRISPR/Cas9 RNP שפופרת החשמל. ראשית, מומלץ לבחור sgRNA יעיל עם צפוי נמוך מחוץ ליעד פוטנציאל. חשוב לאמת את היעילות indel של sgRNA שנבחרו לפני שימוש בו עבור יישומים יתד. זה לא נדיר כי תוכנה ניבא sgRNA טוב נכשל בשלב האימות.
שנית, כדי להשיג PGE גבוהה, מומלץ לגרום מוטציה פם התורם ssODN כאשר הדבר אפשרי. הרציונל הוא כי על ידי כך, CRISPR/Cas9 re-גזירה לאחר שילוב תבנית התורם נמנעת. במקרים מסוימים, PGE עצמה מציגה מוטציות פאם. במקרים אחרים, ניתן להחדיר מוטציות שקטות לרצף פם. במקרה שמוטציה פם אינה אפשרית, מומלץ לנסות לכלול מספר מוטציות שקטות בתורם המתאים לרצף sgRNA.
שלישית, הרלוונטית במיוחד ל-TE, חשוב להימנע מהיווצרות בועות אוויר בעת העברת תאים ותערובת RNP לצינור האלקטרופורציה. בעוד העיצוב של צינור TE ממזער כבר היווצרות בועת אוויר, טיפול זהיר יהיה להפחית עוד ואולי אפילו להשלים להימנע היווצרות בועה אוויר. מדריך ירי בעייתי לבעיות תכופות שניתן להיתקל בהן ביישום אלקטרופורציה של שפופרת עבור CRISPR/Cas9 ribonucleoprotein בתיווך העריכה המדויקת מסופק בטבלה 2.
לסיכום, הוא מוצג כאן כי אלקטרופורציה הצינור הוא אמצעי יעיל להעברת CRISPR/Cas9 RNP ו ssODNs לתאי מדיה כדי להשיג שיעורי PGE גבוהה. טכניקת ההתפתחות החדשה של ה-TE ושיעור העריכה בגנים המדויקים שלה עשוי להקל על פיתוח יישומים לעריכת גנים.

Crispr/Cas9 הוא הנפוץ ביותר לתכנות נוקלאז עבור עריכת גנים. זה עובד דרך מדריך יחיד RNA (sgRNA)-הכרה בתיווך של שני רצפי היעד ומוטיב הסמוך פרוטומרווח הסמוך (פאם) רצף בגנום. Cas9 נוקלאז יוצר הפסקה כפולה DNA (dsb) הממוקם שלושה נוקלאוטידים בזרם של פאם רצף1. ה-DSBs מתוקנים באמצעות שגיאות מועדים שאינם הומוולוגיים הצטרפות (NHEJ) או הומולוגיה-תיקון מכוון (HDR) מסלולים. כדי להשיג את העריכה גנטי מדויק באמצעות מסלול HDR, תבניות תורם מסופקים לעתים קרובות בפורמט של DNA פלמיד (pDNA) או יחיד תקוע oligodeoxynucleotide (ssODN).
Crispr/Cas9 ו sgrna ניתן להעביר את התאים בשלושה פורמטים: הקומפלקס ribonuאופאנפרוטאין (rnp) של Cas9 חלבון ו grna2,3; Cas9 mrna ו sgrna4,5; או DNA פלמיד (pdna) המכיל את היזמים הדרושים, sgrna מונחה, ו Cas9 coding אזור6,7,8. קבוצות רבות הוכיחו כי כאשר CRISPR/Cas9 מועברת כמו RNP, היעילות לעריכת גנים לעתים קרובות מבצעת אלה שהושגו ב-pDNA או mRNA פורמטים, המיוחס לגודל הקטן ביותר של RNP לעומת חומצות גרעין9. יתר על כן, זה כבר הראו בעבר כי המכשיר הרומן אלקטרופורציה (TE) מכונה יעילה במיוחד ביישומים לעריכת גנים במספר סוגי תאים9.
הציג בעבודה הנוכחית הוא פרוטוקול צעד אחר צעד בניצול TE עבור המסירה של CRISPR/Cas9 RNP לתאי מיונקים של מינים שונים בתוך מספר הבית הרלוונטי קלינית. טכניקת הפיתוח החדשני של הטכניקה ותופעת הקצב הגבוה של HDR עשויה למצוא יישומים נרחבים במחקר ביו-רפואי.

<table><tbody><tr><td>Accutase</td><td>STEMCELL Technologies</td><td>792</td><td>פתרון ניתוק תאים עבור iPSCs אנושיים, שנעשה בו שימוש לראשונה בשלב 1.1.2.&nbsp;</td></tr><tr><td>Cas9 Nuclease 3NLS</td><td>IDT</td><td>1074182</td><td>חלבון Cas9, ששימש לראשונה בשלב 3.3.&nbsp;</td></tr><tr><td>DMEM</td><td>Thermo Fisher</td><td>11965092</td><td>לתרבית תאים, שימש לראשונה בשלב 1.2.3.&nbsp;</td></tr><tr><td>DPBS</td><td>תרמו פישר</td><td>1708075</td><td>להכנת תרבית תאים, שימש לראשונה בשלב 1.2.2.&nbsp;</td></tr><tr><td>EDTA</td><td>Lonza</td><td>51201</td><td>להכנת מאגר ליזה, שימש לראשונה בשלב 4.1.&nbsp;</td></tr><tr><td>מאגר אלקטרופורציה</td><td>Celetrix</td><td>13&ndash; 0104</td><td>מאגר האלקטרופורציה, ששימש לראשונה בשלב 3.2.&nbsp;</td></tr><tr><td>צינורות אלקטרופורציה</td><td>Celetrix</td><td>20 &mu; L: 12&ndash; 0107; 120 &mu; L: 12&ndash; 0104</td><td>צינור האלקטרופורציה, ששימש לראשונה בשלב 3.4.&nbsp;</td></tr><tr><td>אלקטרופורטור</td><td>Celetrix</td><td>CTX-1500A LE</td><td>מכונת אלקטרופורציה של צינורות, ששימשה לראשונה בשלב 3.5</td></tr><tr><td>סרום בקר עוברי</td><td>Sigma Aldrich</td><td>12003C</td><td>לתרבית תאים, שימשה לראשונה בשלב 1.2.2.&nbsp;</td></tr><tr><td>פורמה CO2 אינקובטורים</td><td>תרמו פישר</td><td>דגם 370</td><td>לתרבית תאים, שימשה לראשונה בשלב 1.1.&nbsp;</td></tr><tr><td>ערכת מיצוי ג'ל</td><td>Qiagen</td><td>28115</td><td>לטיהור ג'ל, שימש לראשונה בשלב 4.3.&nbsp;</td></tr><tr><td>תאי גזע פלוריפוטנטיים מושרים אנושיים ACS-1030 תאי גזע פלוריפוטנטיים</td><td></td><td></td><td>אנושיים, שימשו לראשונה בשלב 1.1.&nbsp;</td></tr><tr><td>מטריגל&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</td><td>קורנינג</td><td>354277</td><td>מטריצה חוץ-תאית מלאכותית; לציפוי מראש של לוחית תרבית תאים, ששימשה לראשונה בשלב 1.1.&nbsp;</td></tr><tr><td>mTeSR 1 בינוני&nbsp;</td><td>STEMCELL Technologies</td><td>85850</td><td>מדיום תרבית תאים ללא מזין עבור iPSCs אנושיים, שימש לראשונה בשלב 1.1.&nbsp;</td></tr><tr><td>PCR SV mini</td><td>GeneAll</td><td>103-102</td><td>לטיהור מוצר PCR, שימש לראשונה בשלב 4.3.&nbsp;</td></tr><tr><td>פניצילין-סטרפטומיצין</td><td>תרמו פישר</td><td>15140163</td><td>להכנת תרבית תאים, שימש לראשונה בשלב 1.2.2.&nbsp;</td></tr><tr><td>פנול-כלורופורם</td><td>תרמו פישר</td><td>15593031</td><td>למיצוי DNA, שימש לראשונה בשלב 4.2.&nbsp;</td></tr><tr><td>ערכת סינתזה gRNA מדויקת</td><td>Invitrogen</td><td>A29377</td><td>ליצירת gRNA באורך מלא (RNA מדריך), ששימש לראשונה בשלב 2.4.&nbsp;</td></tr><tr><td>תמיסת Proteinase K</td><td>Thermo Fisher</td><td>AM2548</td><td>למיצוי DNA, שימש לראשונה בשלב 4.1.&nbsp;</td></tr><tr><td>Q5 DNA פולימראז בנאמנות גבוהה</td><td>NEB</td><td>M0491</td><td>להגברת PCR, שימש לראשונה בשלב 4.3.&nbsp;</td></tr><tr><td>נתרן דודציל סולפט</td><td>סיגמא אולדריץ'</td><td>L3771</td><td>להכנת מאגר ליזה, שימש לראשונה בשלב 4.1.&nbsp;</td></tr><tr><td>ערכת שיבוט ת"א&nbsp;</td><td>תרמו פישר</td><td>K457502</td><td>לרצף שיבוט TA, ששימש לראשונה בשלב 4.4.&nbsp;</td></tr><tr><td>צלחת תרבית רקמה (10 ס"מ)</td><td>FALCON</td><td>353003</td><td>לתרבית תאים, שימשה לראשונה בשלב 1.2.3.&nbsp;</td></tr><tr><td>צלחת תרבית רקמות (12 באר)</td><td>FALCON</td><td>353043</td><td>לתרבית תאים, שימש לראשונה בשלב 3.7.&nbsp;</td></tr><tr><td>צלחת תרבית רקמה (6 ס"מ)</td><td>FALCON</td><td>353004</td><td>לתרבית תאים, שימשה לראשונה בשלב 1.2.2.&nbsp;</td></tr><tr><td>Tris HCl</td><td>Thermo Fisher</td><td>BP1757-500</td><td>להכנת מאגר ליזה, ששימש לראשונה בשלב 4.1.&nbsp;</td></tr><tr><td>Trypsin-EDTA</td><td>Thermo Fisher</td><td>25200056</td><td>לעיכול תאים, שימש לראשונה בשלב 1.2. 4.</td></tr> <tr><td>טיפים לפיפטה בהתאמה אוניברסלית&nbsp;</td><td>Celetrix</td><td>14-0101</td><td>לאלקטרופורציה, שימש לראשונה בשלב 3.4.&nbsp;</td></tr><tr><td>Y27632</td><td>LC Labs</td><td>Y-5301</td><td>מעכב האפופטוזיס, ששימש לראשונה בשלב 1.1.1.&nbsp;</td></tr></tbody></table>

crispr/cas9 ריבונואופפרוטאין-תיווך מדויק לעריכה גנטית על ידי אלקטרופורציה

CRISPR/Cas9 Ribonucleoprotein-mediated Precise Gene Editing by Tube Electroporation

הנוקלאוסים לעריכת גנים, המיוצגים על ידי חלבון משויך של CRISPR 9 (Cas9), הופכים להיות כלים בזרם המרכזי במחקר ביו-רפואי. משלוח מוצלח של האלמנטים CRISPR/Cas9 לתוך התאים היעד על ידי החצייה היא תנאי מוקדם לעריכת גנים יעיל. פרוטוקול זה ממחיש כי אלקטרופורציה (TE) מכונה-בתיווך המסירה של CRISPR/Cas9 ריבונפרוטאין (RNP), יחד עם יחיד תקוע oligodeoxynucleotide (ssODN) התורמים תבניות לסוגים שונים של תאים היונקים, מוביל חזק מדויק לעריכת אירועים גנים. ראשון, TE הוחל כדי לספק crispr/Cas9 rnp ו ssodns כדי לגרום למחלות גרימת מוטציות ב-אינטרלויקין 2 הגמא היחידה משנה (IL2RG) גן ו sepiapterin רדוקטאז (spr) גן בתאי פיברוהפיצוץ תאים. שיעורי מוטציה מדויקים של 3.57%-20% הושגו כפי שנקבע על-ידי שיבוט החיידק TA השיבוט. אותה אסטרטגיה שימש אז iPSCs אנושי על כמה גנים רלוונטיים קליני כולל קולטן באפידרמיס גורם גידול (egfr), רירן מחייב חלבון C, לב (Mybpc3), ו-יחידת המוגלובין בטא (hbb). בעקביות, שיעורי מוטציה מדויקים מאוד הושגו (11.65%-37.92%) כפי שנקבע על ידי רצף עמוק (DeepSeq). העבודה הנוכחית ממחישה כי האלקטרופורציה של CRISPR/Cas9 RNP מייצגת פרוטוקול מעבר יעיל לעריכת גנים בתאי יונקים.

TE של Cas9 RNP ו-ssODNs לתאי פיברוהפיצוץ תאים
התהליך הכולל של מסירת בתיווך בCas9 RNP לתאי מיונקים מומחש באיור 1. ראשית, C231Y ו Q235X מוטציות יוצרו בגנים IL2RG, ואת מוטציה R150G הופק בגנים SPR ב הארנב פיברופיצוץ תאים. אובדן הפונקציה מוטציות ב IL2RG וגנים SPR ידועים לגרום הכשל החיסוני העיקרי11 ו-המנוע הקוגניטיבי לבין12, בהתאמה.
עיצובים sgRNA ספציפיים מומחשים באיור 2A. הצבעי היסוד ששימשו להגביר את האזורים המיועדים רשומים בטבלה 3. רצפים של ssODNs מוצגים בטבלה 1. שיעורי העריכה הגנים נקבעו על ידי שיבוט ה-TA בקטריאלי (איור 2B). ב IL2RG C231 לוקוס, מתוך 28 שיבוטים שהיו ברצף, אחד (3.57%) נשא את המוטציה C231Y מדויקת, ארבעה (14.28%) הכנסת הכניסה או מחיקה (indel) מוטציות, ואת 23 הנותרים (82%) היו מסוג פראי ב IL2RG Q235 לוקוס, מתוך 27 שיבוטים שהיו ברצף, שניים (7.41%) נשא את המוטציה Q235X מדויקת, שלושה מוטציות בindel שבוצעו (11.11%) והנותרים היו מסוג פראי. ב SPG R150 לוקוס, של 20 שיבוטים רצף, חמש (25%) נשא את המוטציה R150G מדויקת, 10 (50%) והנותרים היו מסוג פראי.
TE של Cas9 RNP ו ssODNs לאדם iPSCs
TE היה להשתמש לאחר מכן כדי לספק Cas9 RNP ו ssODNs לiPSCs האדם והיעד קלינית הקשר הרלוונטי EGFR, Mybpc3, ו HBB גנים. הנקודה מוטציות ב-egfr T790 האזור האבותית מעניקה עמידות בפני egfr טירוזין קינאז מעכבי בחולים של סרטן ריאות תאים לא קטנים (nsclc) מחסה הפעלת מוטציות של egfr13. מוטציה frameshift ב אקסון 16 ב Mybpc3 מעורב יפרטרופית שריר הלב14. מוטציה של נקודת E6V בגנים HBB מוביל למחלות תאים מגל15.
עיצובים sgRNA ספציפיים מומחשים באיור 3A. הצבעי היסוד ששימשו להגביר את האזורים המיועדים רשומים בטבלה 3. רצפים של ssODNs מוצגים בטבלה 1. שיעורי העריכה של הגן נקבעו על ידי DeepSeq (איור 3B). בשנת EGFR, 15.68% מכלל האללים נשאו את מוטציות הנקודה המדויקות (6,315 קריאות), 22.75% נשאו מוטציות indel (9,162 קריאות), והשאר 61.57% היו מסוג פראי (הקריאות ב24,797). ב Mybpc3 לוקוס, 37.92% נשא מחיקה מדויקת של 4 bp TGAA (11,654 קריאות), 2.24% שנשאו מוטציות indel (410 קריאות) ואת שאר 59.84% היו מסוג פראי (הקריאות 18,692). בשנת HBB לוקוס, 11.65% נשא את מוטציה E6V מדויק (6,565 קריאות), 23.35% נשאו מוטציות indel (13,163 קריאות) ואת שאר 65% היו פראי סוג (הקריאות 36,644).
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/59512/59512fig1.jpg"> איור 1: תזרים תרשים של אלקטרופורציה של Cas9 rnp.
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/59512/59512fig2.jpg"> איור 2 : עריכת גנים של תאים פיברומהדף הארנב. (א) איור של רצפי יעד. תיבות מציינות את השם המיועד. אותיות המסומנות בקו תחתון תואמות לרצפי gRNA. אותיות אדומות מצביעות על רצפי פאם. (ב) TA שיבוט תוצאות האירועים בעריכת גנים. . קופסאות מציינות מוטציה מדויקת רצף indel המוצג מייצג מסוג אלל אחד בלבד. רצפי indel אחרים אינם מוצגים. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/59512/59512fig2large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גירסה גדולה יותר של איור זה.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/59512/59512fig3.jpg"> איור 3 : עריכת גנים של iPSCs אנושי. (א) איור של רצפי יעד. תיבות מציינות את השם המיועד. אותיות המסומנות בקו תחתון תואמות לרצף gRNA. אותיות אדומות מצביעות על רצפי פאם. (ב) deepseq תוצאות של האירועים לעריכת גנים. . קופסאות מציינות מוטציה מדויקת אותיות אדומות מציינות מוטציות שקטות שהוצגו בתבניות התורמים. רצף indel המוצג מייצג מסוג אלל אחד בלבד. רצפי indel אחרים אינם מוצגים. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/59512/59512fig3large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גירסה גדולה יותר של איור זה.</a>
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td>לוקוס</td>
			<td colspan="8" rowspan="2">
רצף אוליגו 
			 </td>
		</tr>
<tr>
<td>(מוטציה ממוקדת)</td>
		</tr>
<tr>
<td>ארנב IL2RG (C231Y)</td>
			<td colspan="8">AGCGTGGATGGGCAGAAACTCTACACGTTCCGAGTCCGGAGCCGTTTTAACCCTTTGTATGGGAGTGCTCAGCATTGGAGT בדיקת מלאי הגנה מפני בעלי מחלקה (ca)</td>
		</tr>
<tr>
<td>ארנב IL2RG (Q235X)</td>
			<td colspan="8">AGCGTGGATGGGCAGAAACTCTACACGTTCCGAGTCCGGAGCCGTTTTAACCCTTTGTGTGGGAGTGCTTAGCATTGGAGT בדיקת מלאי הגנה מפני בעלי מחלקה (ca)</td>
		</tr>
<tr>
<td>הארנב SPR</td>
			<td colspan="8" rowspan="2">gacctccatgctctgcctgacctcctgcatcctgaaggcgtttcctgccagtcctggCctcagcgggactgtggtgaacatctcgtcgctgtgtgccctgcagcccttcaagggctggg cgctgtac</td>
		</tr>
<tr>
<td>(R150G)</td>
		</tr>
<tr>
<td>האדם האנושי</td>
			<td colspan="8" rowspan="2">מרכז התקני בקרת כמוסות בקרת מדיה (CGTGCTGTACACA) מאקרוקיקיקציטקציגcca הוראות הגנה מפני בעלי מטרה (CCTGCACTAATACCA).</td>
		</tr>
<tr>
<td>(מוטציות פוינט לT790)</td>
		</tr>
<tr>
<td>Mybpc3 אנושי</td>
			<td colspan="8" rowspan="2">GCCCCCTGTGCTCATCACGCGCCCCTTGGAGGACCAGCTGGTGATGGTGGGGCAGCGGGTGGAGTTTGCGAGGTATCGGA GGAGGGGGCGCAAGTCAAATGGTGAGTTCCAGAAGCACGGGGCATGGGTGTTGGGGGCAT</td>
		</tr>
<tr>
<td>(מחיקה של 4-bp)</td>
		</tr>
<tr>
<td>האדם HBB</td>
			<td colspan="8" rowspan="2">TCTGACACAACTGTGTTCACTAGCAACCTCAAACAGACACCATGGTGCATCTGACTCCTGTGGAGAAGTCTGCAGTTACTGCC מלון מיכאל שלמה היכל להיות מאוד מגניב</td>
		</tr>
<tr>
<td>(E6V)</td>
		</tr>
</tbody></table>שולחן 1: רצפים של ssODNs.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td>צעד</td>
			<td>עיה</td>
			<td>סיבות אפשריות</td>
			<td>פתרונות</td>
		</tr>
<tr>
<td>2.1</td>
			<td>קצב אינדקסים נמוך</td>
			<td>מדריך עני RNA עיצוב, מדריך RNA מניות &gt; 6 חודשים, מדריך נמוך הריכוז RNA</td>
			<td>עיצוב מדריך RNA, לייצר/להזמין מדריך חדש RNA.</td>
		</tr>
<tr>
<td>2.3</td>
			<td>נצילות PGE נמוכה</td>
			<td>עיצוב העניים DNA התורמים, מדריך יעיל ביותר RNA, כמות שגויה של ה-dna התורם או באיכות נמוכה DNA</td>
			<td>להגדיל את אורך הזרוע הומולוגיה, להציג מוטציה פם, להציג מוטציות שתיקה ל-DNA התורם, להשתמש מדריך יעיל יותר RNA, למטב את היחס של חלבון Cas9 על מדריך RNA.</td>
		</tr>
<tr>
<td>3.4</td>
			<td>העברה נכשלה</td>
			<td>בועות אוויר שנוצרו במהלך העברת תאים-מאגר תערובת לצינור אלקטרופורציה, הגדרת מתח/משך שגוי</td>
			<td>נסה להימנע מיצירת בועות אוויר, להתאים את הגדרת מתח/משך.</td>
		</tr>
<tr>
<td>3.6</td>
			<td>הכדאיות הנמוכה של תאים לאחר האלקטרופורציה</td>
			<td>הישרדות נמוכה של האדם היחיד</td>
			<td>הוסף מעכבי רוק לאחר אלקטרופורציה, להגדיל את מספר התאים.</td>
		</tr>
<tr>
<td>4.1</td>
			<td>כישלון ה-PCR</td>
			<td>תוכן GC גבוה או רצף חוזר</td>
			<td>מיטוב המצב PCR, להוסיף מערכת DMSO ל-PCR.</td>
		</tr>
</tbody></table>טבלה 2: פתרון בעיות מדריכים לבעיות תכופות.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td>שם תחל</td>
			<td>רצף</td>
			<td>הערה</td>
		</tr>
<tr>
<td>Rb-IL2RG-F</td>
			<td>כמוסות מגנט</td>
			<td rowspan="2">להגברה על הארנב IL2RG מרסיס DNA</td>
		</tr>
<tr>
<td>Rb-IL2RG-R</td>
			<td>כמוסות מגנט</td>
		</tr>
<tr>
<td>שוהם</td>
			<td>מיכל שגיא</td>
			<td rowspan="2">בשביל הגברה על הארנב</td>
		</tr>
<tr>
<td>רב-שיינר</td>
			<td>CTCAGCACCCTGACACTGGG</td>
		</tr>
<tr>
<td>H-EGFR-F</td>
			<td>מוזיאון התיירות</td>
			<td rowspan="2">לחיזוק משבר דנ א אנושי</td>
		</tr>
<tr>
<td>H-EGFR-R</td>
			<td>מיכל ברקת</td>
		</tr>
<tr>
<td>H-Mybpc3-F</td>
			<td>לינה והדר</td>
			<td rowspan="2">לחיזוק הMybpc3 של האדם מרסיס DNA</td>
		</tr>
<tr>
<td>H-Mybpc3-R</td>
			<td>מיכל ברקת</td>
		</tr>
<tr>
<td>H-HBB-F</td>
			<td>היכל הגנה</td>
			<td rowspan="2">על הגברה של משבר הדנ א של האדם</td>
		</tr>
<tr>
<td>H-HBB-R</td>
			<td>הגנה מפני החתול</td>
		</tr>
</tbody></table>שולחן 3: התחל בשימוש בשלב 4.3.

המוצג כאן הוא פרוטוקול עבור CRISPR/Cas9 ריבונאנאופלפרוטאין מתווך יעיל עריכת גנים בתאי מיונקים באמצעות אלקטרופורציה שפופרת.

CRISPR/Cas9 ריבונואופפרוטאין-תיווך מדויק לעריכה גנטית על ידי אלקטרופורציה

Gene editing nucleases, represented by CRISPR-associated protein 9 (Cas9), are becoming mainstream tools in biomedical research. Successful delivery of ...

בבטחה וביעילות אספקת אלמנטים Cas9 לתאים היא קריטית עבור טיפולים מבוססי עריכת גנים. הפרוטוקולים שאנו מראים כאן מציגים גישה חדשנית בכיוון זה. הפרוטוקול משתמש בשיטת אלקטרופורציה חדשה הנקראת אלקטרופורציה של צינור.זה מוביל שיעורי הישרדות הסלולר גבוהים, כמו גם שיעורי עריכת גנים. שיטת אלקטרופולציה צינור הוא וירוס, סמים, ואת הכתב העשרה חינם. אלה מועדפים ביישומים קליניים, כך עם טיפולים מבוססי עריכת גנים.השיטה ישימה באופן אוניברסלי לסוגי תאים רבים. לדוגמה, תאים hematopoietic אנושי, תאי T ראשיים, ותאים אחרים ניתן לערוך כל באמצעות השיטה שלנו. שיטת אלקטרופולציה צינור זה משתמש בצינור דק.אם אתה משתמש בפעם הראשונה, אתה יכול לנסות GFP להביע DNA פלסמיד. הדגמת ההליך תהיה ליניואן מא, פוסט-דוק מהמעבדה שלי. כדי להתחיל הליך זה לרכוש iPSCs אנושי מאוסף תרבות סוג אמריקאי.תרבות iPSCs על מטריצה חוץ תאית מלאכותית עם מדיום תרבות תאים ללא מאכילים ב חממה לתרבות תאים ב 37 מעלות צלזיוס עם 5% פחמן דו חמצני בעקבות הוראות הספק. שעתיים לפני transfection לטפל iPSCs עם 10 micromolar Rho הקשורים סליל סליל המכיל מעכבי קינאז חלבון Y-27632. בעת חילוף, נתק iPSCs עם פתרון ניתוק תאים לתאים בודדים ב 37 מעלות צלזיוס במשך חמש דקות.לאחר מכן ספור את מספר התאים. כדי להקים תרבות תאים פיברובלסט ארנב לקבל ביופסיה עור האוזן מה קצה אוזן ארנב. יש לשטוף את הרקמה פעמיים עם DPBS המכיל 5%פניצילין-סטרפטומיצין.מעבירים את רקמת האוזן המוזגת לצלחת חדשה של תרבות רקמת שישה ס"מ וחותכים את הרקמה לחתיכות קטנות, כל אחת על אחת על מילימטר. הוסף כמה טיפות של FBS כדי למנוע את הרקמה להתייבש. לאחר מכן, להפיץ את הרקמה מגוררת בצלחת תרבות רקמה 10 ס"מ ולהוסיף 10 מיליליטר של מדיום תרבות.דגירה התאים ב 37 מעלות צלזיוס עם 5%פחמן דו חמצני במשך שלושה עד חמישה ימים. שלושה עד חמישה ימים לאחר ציפוי להשתמש טריפסין-EDTA לעכל את התאים ב 37 מעלות צלזיוס במשך שתי דקות, ולאחר מכן לספור את מספר התאים. לאחר תכנון וסינתזה של gRNAs ואוליגוס התורם, להכין את התאים כפי שתואר קודם לכן.תן מחדש 20 עד 30, 000 תאים ב-20 מיקרוליטרים של מאגר אלקטרופולציה. פיפטה למעלה ולמטה בזהירות כדי לייצר השעיה תא יחיד. עבור Transfection Cas9 RNP, מערבבים מראש שני מיקרוגרם של חלבון Cas9 NLS עם 0.67 מיקרוגרם של gRNA בטמפרטורת החדר במשך 10 עד 15 דקות.מערבבים בעדינות את קומפלקס RNP שנוצר עם שני מיקרוגרם של ssODN עם תאים. באמצעות טיפים פיפטה אוניברסלית מערכת electroporation, להעביר את תערובת התא לצינור אלקטרופולציה 20 microliter. מניחים את צינור האלקטרופולציה בחריץ של האלקטרופורטור ולחץ ללכת לסיים.מחזור אלקטרופורציה מוצלח מסומן על ידי דו"ח הדופק על מסך התצוגה של האלקטרופורטור. לאחר האלקטרופוריה להעביר את תאי iPS האנושיים למיליליטר אחד של Y-27632 מחומם מראש המכיל מדיום תרבות כפי שתואר קודם לכן. ואז צלחת התאים המתווסתים באר אחת של צלחת תרבות תאים 12 היטב.המשך culturing את הצלחת, הקפד לשנות את מדיום התרבות כל יום. Y-27632 מוסר מן התרבות האנושית iPSC בינוני 24 שעות לאחר אלקטרופולציה. 72 שעות לאחר אלקטרופורציה, לקצור את התאים.לתאי פיברובלסט ארנב, השתמש טריפסין-EDTA לעכל את התאים מצלחת התרבות. עבור iPSCs אנושי להשתמש בתסכול ניתוק תאים כדי לעכל את התאים מן לוחות התרבות. בקצרה צנטריפוגה הדגימות ב 1000 סל"ד במשך חמש דקות, ו resuspend התאים עם 350 מיליליטר של מאגר תמוגה.דגירה לילה ב 55 מעלות צלזיוס. למחרת לחלץ את ה-DNA הגנומי עם פנול-כלורופורם באמצעות הליכים סטנדרטיים. הגבר 100 עד 200 זוגות בסיסים של שברי DNA מג'לים באמצעות ערכת מיצוי ג'ל או ישירות ממוצרים PCR באמצעות ערכת מיני PCR SV.כדי לקבוע את יעילות עריכת הגנים על-ידי ריצוף מושבת חיידקים, השתמש בערכת שיבוט TOPO-TA כדי לצרף את מוצרי PCR המטוהרים לווקטור PCR4-TOPO. איסוף אקראי של שיבוטים חיידקיים ורצף המכניסים באמצעות פריימר רצף אוניברסלי המסופק על-ידי ערכת השיבוט TOPO-TA. כדי לקבוע את יעילות עריכת הגנים על-ידי ריצוף עמוק, שלח את מוצרי PCR המטוהרים שהושגו בעבר עבור רצף אמפייקון CRISPR בליבת ריצוף DNA.במחקר זה נעשה שימוש יעיל בשיטת אלקטרופוזיה של צינור כדי לספק CRISPR/Cas9 RNP ו- ssODNs לארנב ולתאים אנושיים, מה שמוביל לעריכת גנים חזקה ומדויקת. ראשית, מוטציות C231Y ו- Q235X מיוצרות בגן IL2RG, והמוטציה R150G מיוצרת בגן SPR בתאי פיברובלסט ארנב. העיצובים הספציפיים של sgRNA ותעריפי עריכת הגנים שנקבעו על ידי שיבוט ת"א חיידקי מוצגים כאן.לוקוס IL2RG C231, מתוך 28 השיבוטים ברצף, אחד נושא את המוטציה המדויקת C231Y, ארבע מוטציות הכנסה או מחיקה לשאת, ואת 23 הנותרים הם סוג פראי. ב- IL2RG Q235 locus, מתוך 27 השיבוטים ברצף, שניים נושאים את המוטציה המדויקת Q235X, שלושה נושאים מוטציה indel, והיתר הם מסוג בר. ב- SPG R150 locus, מתוך 20 השיבוטים ברצף, חמישה נושאים את המוטציה המדויקת בגן R150, 10 נושאים מוטציות אינדל, והיתר הם מסוג פראי.אלקטרופוזיה צינור משמש לאחר מכן כדי לספק Cas9 RNP ו ssODNs iPSCs אנושיים ולמקד לוצי רלוונטי קלינית בגנים EGFR, Mybpc3, ו HBB. בלוקוס EGFR, 15.68% מהאלים נושאים את מוטציות הנקודה המדויקת, 22.75% נושאים מוטציות אינדל, ו-61.57% הנותרים הם מסוג פראי. במלון Mybpc3 locus, 37.92% נושאים את ארבעת הבסיסים המדויקים למחיקת TGAA, 2.24% נושאים מוטציות אינדל, ו-59.84% הנותרים הם מסוג פראי.בלוקוס HBB, 11.5% נושאים את המוטציה E6V המדויקת, 35.4% נושאים מוטציות אינדל, ו-65% הנותרים הם מסוג פראי. Cas9 RNP היא הצורה המועדפת של Cas9 בשל גודלו הקטן יותר בהשוואה ל- DNA פלסמיד. אלקטרופורציה הצינור היא שיטה יעילה כדי לספק Cas9 RNP.אנו מעוניינים במיוחד ניצול אלקטרופוזיה צינור של Cas9 RNP בתאי T ראשוניים עבור יישומי CAR T.

crisprcas9-ribonucleoprotein-mediated-precise-gene-editing-tube

Research

JoVE Journal

Genetics

גנטיקה

סרטון זה מדגים בדיקה לביצוע עריכת גנים בתאי T אנושיים באמצעות טכנולוגיית CRISPR-Cas9. תערובת של תאי T ראשוניים CD4+ ו- CD8+ משולבת עם קומפלקס ריבונוקלאו פרוטאין CRISPR-Cas9, המכוון לגנים ספציפיים לנוקאאוט. לאחר ההתחשמלות, ה-sgRNA מנחה את Cas9 לרצף הדנ"א של המטרה, ויוצר חתכים מדויקים. חתכים אלה מתוקנים לאחר מכן על ידי מנגנון חיבור הקצה הלא הומולוגי של התא, המוביל לנוקאאוט גנטי.

טכניקת CRISPR-Cas9 לעריכת גנים בתאי T

סרטון זה מדגים טכניקה לשינוי גנטי בתיווך ריבונוקלאופרוטאין Cas9 של תאי הרג טבעי ראשוני (NK). ריבונוקלאופרוטאין Cas9, המורכב מאנדונוקלאז Cas9 הקשור ל-RNA מנחה (gRNA) שנוצר על ידי זיווג בסיסים של CRISPR RNA (crRNA) ו-crRNA מפעיל טרנס-מפעיל (tracrRNA), מוחדר לתאי הרג טבעיים ראשוניים באמצעות אלקטרופורציה. הריבונוקלאופרוטאין מכוון ומבקע את ה-DNA המארח באתר המטרה, מה שמוביל לנוקאאוט של הגן באמצעות שינוי גן המטרה באמצעות מכונות תיקון תאים.

טכניקה לעריכת גנים בתאי הרג טבעיים באמצעות CRISPR Cas9

ההתקדמות האחרונות ביכולת לתמרן גנטית קווי תאים סומטיים להחזיק פוטנציאל גדול עבור מחקר בסיסי ויישומי. כאן, אנו מציגים שתי גישות עבור CRISPR / Cas9 שנוצר נוקאאוט הייצור והקרנה שורות תאים יונקים, עם וללא שימוש סמנים לבחירה.

הבחירה תלויה עצמאית הדור של CRISPR / Cas9 בתיווך גין Knockouts בתאי יונקים

ניצול של Cas9 preassembled ribonucleoprotein מורכבים (RNP) היא שיטה חזקה לעריכת הגנום מדויק, יעיל. כאן, אנחנו להדגיש השירות שלה על פני מגוון רחב של תאים, אורגניזמים, כולל תאים אנושיים ראשי שני קלאסי והעתידיים דגם אורגניזמים.

הגנום משופרת עריכה עם Cas9 Ribonucleoprotein שונים תאים ואורגניזמים

כאן, אנו מציגים שיטה להנדס את הגנום של C. elegans שימוש CRISPR-Cas9 ribonucleoproteins ותבניות תיקון התלויים הומולוגיה.

מהירה עם צינור נתיישב עבור יצירת מוטציות נקודה גנומית ב- C. elegans באמצעות CRISPR/Cas9 Ribonucleoproteins

כאן, אנו מתארים כלי לעריכת גנום המבוסס על ייצוב זמני ומותנה של מקובצים באופן קבוע בין-חללים קצרים פלינדרומיים חוזרים- (CRISPR-) חלבון הקשורים 9 (Cas9) תחת המולקולה הקטנה, Shield-1. השיטה יכולה לשמש לתאים בתרבית ומודלים של בעלי חיים.

ערכת כלים חדשה להערכת פונקציות גנים באמצעות ייצוב מותנה של Cas9

מטרת פרוטוקול זה היא לאפשר עריכה חלקה של CRISPR/Cas9 של הגנום C. elegans באמצעות מתחמי ריבונוקלאופרוטאין מורכבים וסמן ה- DPY-10 המשותף CRISPR להקרנה. פרוטוקול זה יכול לשמש כדי לבצע מגוון של שינויים גנטיים C. elegans כולל הוספות, מחיקות, תחליפי גנים והחלפות קודון.

CRISPR/Cas9 עריכה של ג'ין C. elegans rbm-3.2 באמצעות סמן ההקרנה DPY-10 Co-CRISPR ומתחמי ריבונוקלאופרוטאין מורכבים.

במאמר זה אנו מתארים טכניקה פשוטה המיועדת לייצור יעיל של עכברים מהונדסים גנטית הנקראת CRISPR RNP Electroporation of Zygotes (CRISPR-EZ). שיטה זו מספקת ריאגנטים לעריכה על ידי אלקטרופורציה לעוברים ביעילות המתקרבת ל-100%. פרוטוקול זה יעיל עבור מוטציות נקודתיות, החדרות גנומיות קטנות ומחיקות בעוברי יונקים.

עריכה גנומית יעילה של עכברים על ידי CRISPR אלקטרופורציה של זיגוטים

קו התאים THP-1 נמצא בשימוש נרחב כמודל לחקירת התפקודים של מונוציטים/מקרופאגים אנושיים בתחומי מחקר שונים הקשורים לביולוגיה. מאמר זה מתאר פרוטוקול עבור הנדסה יעילה מבוססת CRISPR-Cas9 ובידוד שיבוטים של תא יחיד, המאפשר ייצור של נתונים פנוטיפיים חסונים וניתנים לשחזור.

נוקאאוט גנים בתיווך CRISPR-Cas9 מבוסס אלקטרופורציה בתאי THP-1 ובידוד שיבוט של תא בודד

העברת עורכי גנום כ-RNA היא אמצעי עוצמתי במיוחד לשינוי הגנומים של תאי יונקים ראשוניים וקווי תאים. מטרת הפרוטוקול היא להעביר עורכי גנום כ-mRNA לתאים ראשוניים ולקווי תאים ביונקים, ולאחר מכן ריצוף וניתוח ממוקדים של Illumina כדי לכמת את תוצאות העריכה.

עריכת גנום בתאי יונקים ראשוניים באמצעות אלקטרופורציה של RNA עורך

למד עריכת גנים מדויקת ב-CRISPR/Cas9 באמצעות אלקטרופורציה בצינור בתאי יונקים. שיטה זו מגבירה שרידות תאים ויעילות עריכה ללא וירוסים או תרופות ליישומים קליניים.

CRISPR/Cas9 ריבונואופפרוטאין-תיווך מדויק לעריכה גנטית על ידי אלקטרופורציה

גלה סרטונים נוספים