Name: תא בודד RNA רצף וניתוח של איי הלבלב האנושי (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2019-07-18T14:00:00.000+00:00
Duration: 11 min 34 s
Description: למד ריצוף RNA של תא בודד באיי הלבלב האנושי לחקר הטרוגניות תאית ורגולציה גנית במחלות. שיטה זו מספקת נתונים בקנה מידה גדול ומאפשרת זיהוי סוגי תאים נדירים.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

<ol><li>Gutierrez, G. D., Gromada, J., Sussel, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Heterogeneity+of+the+Pancreatic+Beta+Cell%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Genetics%22%5BJournal%5D)">Heterogeneity of the Pancreatic Beta Cell.</a> Frontiers in Genetics. 8 (22), (2017).</li>
<li>Eizirik, D. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+human+pancreatic+islet+transcriptome%3A+expression+of+candidate+genes+for+type+1+diabetes+and+the+impact+of+pro-inflammatory+cytokines%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Genetics%22%5BJournal%5D)">The human pancreatic islet transcriptome: expression of candidate genes for type 1 diabetes and the impact of pro-inflammatory cytokines.</a> PLoS Genetics. 8 (3), e1002552(2012).</li>
<li>Fadista, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+genomic+and+transcriptomic+analysis+of+human+pancreatic+islets+reveals+novel+genes+influencing+glucose+metabolism%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences%22%5BJournal%5D)">Global genomic and transcriptomic analysis of human pancreatic islets reveals novel genes influencing glucose metabolism.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences. 111 (38), 13924-13929 (2014).</li>
<li>Gunton, J. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Loss+of+ARNT%2FHIF1beta+mediates+altered+gene+expression+and+pancreatic-islet+dysfunction+in+human+type+2+diabetes%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Loss of ARNT/HIF1beta mediates altered gene expression and pancreatic-islet dysfunction in human type 2 diabetes.</a> Cell. 122 (3), 337-349 (2005).</li>
<li>Kutlu, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detailed+transcriptome+atlas+of+the+pancreatic+beta+cell%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Medical+Genomics%22%5BJournal%5D)">Detailed transcriptome atlas of the pancreatic beta cell.</a> BMC Medical Genomics. 2 (3), (2009).</li>
<li>Maffei, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+tissue-restricted+transcripts+in+human+islets%5BTitle%5D)+AND+%22Endocrinology%22%5BJournal%5D)">Identification of tissue-restricted transcripts in human islets.</a> Endocrinology. 145 (10), 4513-4521 (2004).</li>
<li>Moran, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Human+beta+cell+transcriptome+analysis+uncovers+lncRNAs+that+are+tissue-specific%2C+dynamically+regulated%2C+and+abnormally+expressed+in+type+2+diabetes%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Metabolism%22%5BJournal%5D)">Human beta cell transcriptome analysis uncovers lncRNAs that are tissue-specific, dynamically regulated, and abnormally expressed in type 2 diabetes.</a> Cell Metabolism. 16 (4), 435-448 (2012).</li>
<li>van de Bunt, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transcript+Expression+Data+from+Human+Islets+Links+Regulatory+Signals+from+Genome-Wide+Association+Studies+for+Type+2+Diabetes+and+Glycemic+Traits+to+Their+Downstream+Effectors%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Genetics%22%5BJournal%5D)">Transcript Expression Data from Human Islets Links Regulatory Signals from Genome-Wide Association Studies for Type 2 Diabetes and Glycemic Traits to Their Downstream Effectors.</a> PLoS Genetics. 11 (12), e1005694(2015).</li>
<li>Ebrahimi, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evidence+of+stress+in+beta+cells+obtained+with+laser+capture+microdissection+from+pancreases+of+brain+dead+donors%5BTitle%5D)+AND+%22Islets%22%5BJournal%5D)">Evidence of stress in beta cells obtained with laser capture microdissection from pancreases of brain dead donors.</a> Islets. 9 (2), 19-29 (2017).</li>
<li>Marselli, L., Sgroi, D. C., Bonner-Weir, S., Weir, G. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Laser+capture+microdissection+of+human+pancreatic+beta-cells+and+RNA+preparation+for+gene+expression+profiling%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">Laser capture microdissection of human pancreatic beta-cells and RNA preparation for gene expression profiling.</a> Methods in Molecular Biology. 560, 87-98 (2009).</li>
<li>Marselli, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gene+expression+profiles+of+Beta-cell+enriched+tissue+obtained+by+laser+capture+microdissection+from+subjects+with+type+2+diabetes%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Gene expression profiles of Beta-cell enriched tissue obtained by laser capture microdissection from subjects with type 2 diabetes.</a> PLoS One. 5 (7), e11499(2010).</li>
<li>Sturm, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improved+protocol+for+laser+microdissection+of+human+pancreatic+islets+from+surgical+specimens%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%22%5BJournal%5D)">Improved protocol for laser microdissection of human pancreatic islets from surgical specimens.</a> Journal of Visualized Experiments. (71), (2013).</li>
<li>Ackermann, A. M., Wang, Z., Schug, J., Naji, A., Kaestner, K. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integration+of+ATAC-seq+and+RNA-seq+identifies+human+alpha+cell+and+beta+cell+signature+genes%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Metabolism%22%5BJournal%5D)">Integration of ATAC-seq and RNA-seq identifies human alpha cell and beta cell signature genes.</a> Molecular Metabolism. 5 (3), 233-244 (2016).</li>
<li>Benner, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+transcriptional+landscape+of+mouse+beta+cells+compared+to+human+beta+cells+reveals+notable+species+differences+in+long+non-coding+RNA+and+protein-coding+gene+expression%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">The transcriptional landscape of mouse beta cells compared to human beta cells reveals notable species differences in long non-coding RNA and protein-coding gene expression.</a> BMC Genomics. 15 (620), (2014).</li>
<li>Blodgett, D. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Novel+Observations+From+Next-Generation+RNA+Sequencing+of+Highly+Purified+Human+Adult+and+Fetal+Islet+Cell+Subsets%5BTitle%5D)+AND+%22Diabetes%22%5BJournal%5D)">Novel Observations From Next-Generation RNA Sequencing of Highly Purified Human Adult and Fetal Islet Cell Subsets.</a> Diabetes. 64 (9), 3172-3181 (2015).</li>
<li>Bramswig, N. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epigenomic+plasticity+enables+human+pancreatic+alpha+to+beta+cell+reprogramming%5BTitle%5D)+AND+%22The+Journal+of+Clinical+Investigation%22%5BJournal%5D)">Epigenomic plasticity enables human pancreatic alpha to beta cell reprogramming.</a> The Journal of Clinical Investigation. 123 (3), 1275-1284 (2013).</li>
<li>Dorrell, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transcriptomes+of+the+major+human+pancreatic+cell+types%5BTitle%5D)+AND+%22Diabetologia%22%5BJournal%5D)">Transcriptomes of the major human pancreatic cell types.</a> Diabetologia. 54 (11), 2832-2844 (2011).</li>
<li>Nica, A. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell-type%2C+allelic%2C+and+genetic+signatures+in+the+human+pancreatic+beta+cell+transcriptome%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Research%22%5BJournal%5D)">Cell-type, allelic, and genetic signatures in the human pancreatic beta cell transcriptome.</a> Genome Research. 23 (9), 1554-1562 (2013).</li>
<li>Dorrell, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Human+islets+contain+four+distinct+subtypes+of+beta+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Communications%22%5BJournal%5D)">Human islets contain four distinct subtypes of beta cells.</a> Nature Communications. 7, 11756(2016).</li>
<li>Li, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+transcriptomes+reveal+characteristic+features+of+human+pancreatic+islet+cell+types%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+Reports%22%5BJournal%5D)">Single-cell transcriptomes reveal characteristic features of human pancreatic islet cell types.</a> EMBO Reports. 17 (2), 178-187 (2016).</li>
<li>Muraro, M. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Single-Cell+Transcriptome+Atlas+of+the+Human+Pancreas%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Systems%22%5BJournal%5D)">A Single-Cell Transcriptome Atlas of the Human Pancreas.</a> Cell Systems. 3 (4), 385-394 (2016).</li>
<li>Segerstolpe, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-Cell+Transcriptome+Profiling+of+Human+Pancreatic+Islets+in+Health+and+Type+2+Diabetes%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Metabolism%22%5BJournal%5D)">Single-Cell Transcriptome Profiling of Human Pancreatic Islets in Health and Type 2 Diabetes.</a> Cell Metabolism. 24 (4), 593-607 (2016).</li>
<li>Bose, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Scalable+microfluidics+for+single-cell+RNA+printing+and+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biology%22%5BJournal%5D)">Scalable microfluidics for single-cell RNA printing and sequencing.</a> Genome Biology. 16 (120), (2015).</li>
<li>Fan, H. C., Fu, G. K., Fodor, S. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Expression+profiling.+Combinatorial+labeling+of+single+cells+for+gene+expression+cytometry%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Expression profiling. Combinatorial labeling of single cells for gene expression cytometry.</a> Science. 347 (6222), 1258367(2015).</li>
<li>Klein, A. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Droplet+barcoding+for+single-cell+transcriptomics+applied+to+embryonic+stem+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Droplet barcoding for single-cell transcriptomics applied to embryonic stem cells.</a> Cell. 161 (5), 1187-1201 (2015).</li>
<li>Macosko, E. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Highly+Parallel+Genome-wide+Expression+Profiling+of+Individual+Cells+Using+Nanoliter+Droplets%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Highly Parallel Genome-wide Expression Profiling of Individual Cells Using Nanoliter Droplets.</a> Cell. 161 (5), 1202-1214 (2015).</li>
<li>Zheng, G. X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Massively+parallel+digital+transcriptional+profiling+of+single+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Communications%22%5BJournal%5D)">Massively parallel digital transcriptional profiling of single cells.</a> Nature Communications. 8 (14049), (2017).</li>
<li>Dominguez Gutierrez, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Signature+of+the+Human+Pancreatic+epsilon+Cell%5BTitle%5D)+AND+%22Endocrinology%22%5BJournal%5D)">Signature of the Human Pancreatic epsilon Cell.</a> Endocrinology. 159 (12), 4023-4032 (2018).</li>
<li>Baron, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Single-Cell+Transcriptomic+Map+of+the+Human+and+Mouse%5BTitle%5D)+AND+%22Pancreas+Reveals+Inter-+and+Intra-cell+Population+Structure.+Cell+Systems%22%5BJournal%5D)">A Single-Cell Transcriptomic Map of the Human and Mouse.</a> Pancreas Reveals Inter- and Intra-cell Population Structure. Cell Systems. 3 (4), 346-360 (2016).</li>
<li>Lawlor, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+transcriptomes+identify+human+islet+cell+signatures+and+reveal+cell-type-specific+expression+changes+in+type+2+diabetes%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Research%22%5BJournal%5D)">Single-cell transcriptomes identify human islet cell signatures and reveal cell-type-specific expression changes in type 2 diabetes.</a> Genome Research. 27 (2), 208-222 (2017).</li>
<li>Wang, Y. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-Cell+Transcriptomics+of+the+Human+Endocrine+Pancreas%5BTitle%5D)+AND+%22Diabetes%22%5BJournal%5D)">Single-Cell Transcriptomics of the Human Endocrine Pancreas.</a> Diabetes. 65 (10), 3028-3038 (2016).</li>
<li>Xin, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pseudotime+Ordering+of+Single+Human+beta-Cells+Reveals+States+of+Insulin+Production+and+Unfolded+Protein+Response%5BTitle%5D)+AND+%22Diabetes%22%5BJournal%5D)">Pseudotime Ordering of Single Human beta-Cells Reveals States of Insulin Production and Unfolded Protein Response.</a> Diabetes. 67 (9), 1783-1794 (2018).</li>
<li>Xin, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+Sequencing+of+Single+Human+Islet+Cells+Reveals+Type+2+Diabetes+Genes%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Metabolism%22%5BJournal%5D)">RNA Sequencing of Single Human Islet Cells Reveals Type 2 Diabetes Genes.</a> Cell Metabolism. 24 (4), 608-615 (2016).</li>
<li>Chemometec. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22Nucleocounter+NC-250%3A+Cell+count+and+viability+assay%22">Nucleocounter NC-250: Cell count and viability assay</a>. , (2015).</li>
<li>10X Genomics. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%2210X+Genomics%3A+Chromium+Single+Cell+3%E2%80%99+Reagents+Kits+v2%3A+User+Guide%22">10X Genomics: Chromium Single Cell 3’ Reagents Kits v2: User Guide</a>. , 10X Genomics. (2017).</li>
<li>Agilent Technologies. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22Agilent+Bioanalyzer%3A+High+Sensitivity+DNA+Kit+Guide%22">Agilent Bioanalyzer: High Sensitivity DNA Kit Guide</a>. , Agilent Technologies. (2013).</li>
<li>Thermo Fischer Scientific. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22Qubit%3A+dsDNA+High+Sensitivity+Assay+Kit%22">Qubit: dsDNA High Sensitivity Assay Kit</a>. , Thermo Fischer Scientific. (2015).</li>
<li>Illumina. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22Illumina+Nextera+DNA+Library+Prep+Reference+Guide%22">Illumina Nextera DNA Library Prep Reference Guide</a>. , Illumina. (2016).</li>
<li>Illumina. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22llumina+NextSeq+500+System+Guide%22">llumina NextSeq 500 System Guide</a>. , Illumina. (2018).</li>
<li>Scrucca, L., Fop, M., Murphy, T. B., Raftery, A. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((mclust+5%3A+Clustering%2C+Classification+and+Density+Estimation+Using+Gaussian+Finite+Mixture+Models%5BTitle%5D)+AND+%22R+J%22%5BJournal%5D)">mclust 5: Clustering, Classification and Density Estimation Using Gaussian Finite Mixture Models.</a> R J. 8 (1), 289-317 (2016).</li>
<li>Butler, A., Hoffman, P., Smibert, P., Papalexi, E., Satija, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrating+single-cell+transcriptomic+data+across+different+conditions%2C+technologies%2C+and+species%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Biotechnology%22%5BJournal%5D)">Integrating single-cell transcriptomic data across different conditions, technologies, and species.</a> Nature Biotechnology. 36 (5), 411-420 (2018).</li>
<li>Stuart, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comprehensive+integration+of+single+cell+data%5BTitle%5D)+AND+%22Preprint+at+bioRixv%22%5BJournal%5D)">Comprehensive integration of single cell data.</a> Preprint at bioRixv. , (2018).</li>
<li>DePasquale, E. A. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DoubletDecon%3A+Cell-State+Aware+Removal+of+Single-Cell+RNA-Seq+Doublets%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">DoubletDecon: Cell-State Aware Removal of Single-Cell RNA-Seq Doublets.</a> bioRxiv. , (2018).</li>
<li>McGinnis, C. S., Murrow, L. M., Gartner, Z. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DoubletFinder%3A+Doublet+detection+in+single-cell+RNA+sequencing+data+using+artificial+nearest+neighbors%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">DoubletFinder: Doublet detection in single-cell RNA sequencing data using artificial nearest neighbors.</a> bioRxiv. , (2018).</li>
<li>Wolock, S. L., Lopez, R., Klein, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Scrublet%3A+computational+identification+of+cell+doublets+in+single-cell+transcriptomic+data%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">Scrublet: computational identification of cell doublets in single-cell transcriptomic data.</a> bioRxiv. , (2018).</li>
<li>Dominguez Gutierrez, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gene+Signature+of+Proliferating+Human+Pancreatic+alpha+Cells%5BTitle%5D)+AND+%22Endocrinology%22%5BJournal%5D)">Gene Signature of Proliferating Human Pancreatic alpha Cells.</a> Endocrinology. 159 (9), 3177-3186 (2018).</li>
<li>Habib, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Massively+parallel+single-nucleus+RNA-seq+with+DroNc-seq%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">Massively parallel single-nucleus RNA-seq with DroNc-seq.</a> Nature Methods. 14 (10), 955-958 (2017).</li>
<li>Habib, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Div-Seq%3A+Single-nucleus+RNA-Seq+reveals+dynamics+of+rare+adult+newborn+neurons%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Div-Seq: Single-nucleus RNA-Seq reveals dynamics of rare adult newborn neurons.</a> Science. 353 (6302), 925-928 (2016).</li>
<li>Stoeckius, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell+Hashing+with+barcoded+antibodies+enables+multiplexing+and+doublet+detection+for+single+cell+genomics%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biology%22%5BJournal%5D)">Cell Hashing with barcoded antibodies enables multiplexing and doublet detection for single cell genomics.</a> Genome Biology. 19 (1), 224(2018).</li>
</ol>

כל המחברים הם עובדים ובעלי מניות של Regeneron פרמצבטיקה, Inc.

טכנולוגיות חד-תאי שפותחו בשנים האחרונות מספקות פלטפורמה חדשה לאפיון סוגי תאים וטרוגניות מולקולרית לחקר באיים הלבלב האנושי. אימצנו פרוטוקול של מיקרופלואידיג בידוד תא בודד וניתוח נתונים כדי ללמוד איונים אנושיים. הפרוטוקול שלנו הפיק בהצלחה נתונים רצפי RNA של למעלה מ 20,000 תאים איון יחיד האדם עם וריאציות קטנות יחסית באיכות רצף אפקטים אצווה.
במיוחד, שני שלבים הם קריטיים בפרוטוקול זה עבור תוצאות באיכות גבוהה. היזהרו צריך להילקח כאשר מנתק את האיים האנושיים. . חשוב לא לעכל את האיונים חלוקה למחיצות של...

איולי הלבלב לשחרר הורמונים אנדוקרינית לווסת את רמות הגלוקוז בדם. חמישה סוגי תאים אנדוקרינית, אשר שונים מבחינה פונקציונלית מורפולוגית, מעורבים תפקיד חיוני זה: α-תאים לייצר glucagon, β-תאים אינסולין, δ-תאים סוסטטין, PP תאים הלבלב polypeptide, ו ε-תאים גרלין1. ביטוי גנטי פרופיל הוא גישה שימושית כדי לאפיין את התאים האנדוקרינית בתנאים נורמליים או ספציפיים. היסטורית, כל ביטוי גנים איון פרופיל נוצר באמצעות microarray הדור הבא RNA רצף2,3,4,5,6,7 , 8. למרות איון שלם ההמרה הוא אינפורמטיבי כדי לזהות את האיבר הספציפי האיברים המועמדים גנים המועמד, זה לא מצליח לחשוף את טרוגניות המולקולרי של כל סוג תא איון. לכידת לייזר מיקרודיסקציה (lcm) טכניקה הוחל ישירות להשיג סוגי תאים ספציפיים מ איי9,10,11,12 אבל נופל קצר של טוהר התא ממוקד אוכלוסייה. כדי להתגבר על מגבלות אלה, מיון תאים פלואורסצנטית המופעל (facs) נעשה שימוש כדי לבחור אוכלוסיות מסוימות של תאים אנדוקריניים, כגון α-ו β-תאים13,14,15,16 , מיכל בן 17 , 18. יתר על כן, dorrell ואח ' השתמשו בגישה המבוססת על נוגדן מיון facs לסווג β תאים לארבע אוכלוסיות משנה19. FACS-מיון תאים איון יכול גם להיות מצופה עבור רצפי RNA של תאים בודדים; עם זאת, השיטות המבוססות על הצלחת מתמודדות עם אתגרים במדרגיות20,21,22.
כדי להפיק באיכות גבוהה, בקנה מידה גדול נתונים הטרנססקריפט של כל סוג תא האנדוקרינית, אנו להחיל את הטכנולוגיה microfluidic לתאי איון האדם. פלטפורמת microflu, c מייצרת נתונים משני מספר גדול של תאים בודדים בתפוקה גבוהה, באיכות גבוהה ובצורה מדרגית,23,24,25,26,27. בנוסף חשיפת המאפיינים המולקולריים של סוג תא שנלכד בכמות גדולה, פלטפורמת microflu, מדרגיים במיוחד מאפשר זיהוי של סוגי תאים נדירים כאשר מספיק תאים מסופקים. מכאן, יישום של הפלטפורמה לאיונים הלבלב האנושי מותר על הפרופיל של ghrelin-הפרשה ε-תאים, סוג תא האנדוקרינית נדיר עם מעט הידוע בגלל המחסור שלה28. בשנים האחרונות, מספר מחקרים פורסמו על ידינו ואחרים מדווחים על נתונים בקנה מידה גדול של האיים האנושיים באמצעות טכנולוגיה29,30,31,32, 33. הנתונים הם זמינים לציבור משאבים שימושיים עבור הקהילה איון לחקור טרוגניות התא האנדוקרינית ואת המשתמע שלה במחלות.
כאן, אנו מתארים droplet-מבוססי מיקרופלואידיג המבוסס על פרוטוקול RNA, אשר שימש להפקת נתונים transcript של כ 20,000 תאים איון האדם כולל α-, β-, δ-, PP, ε-תאים, ושיעור קטן יותר של תאים שאינם אנדוקריניים 32. זרימת העבודה מתחיל עם איונים אנושיים בודדים ומתאר צעדים של דיסוציאציה תא איון, לכידת תא יחיד, ניתוח נתונים. הפרוטוקול דורש שימוש באיונים מבודדים טריים וניתן להחילם על איונים של בני אדם ומינים אחרים, כגון מכרסמים. באמצעות זרימת עבודה זו, משוחדת ואת האטלס התא המקיף איון תחת הבסיסית ותנאים אחרים ניתן לבנות.

<table><tbody><tr><td>30 ומיקרו; m מסנני הפרדה מוקדמת</td><td>Miltenyi Biotec</td><td>130-041-407</td><td>מסננת תאים</td></tr><tr><td>8 חדרים שקופיות</td><td>Chemometec</td><td>102673-680</td><td>Dell ספירת שקופיות בדיקת</td></tr><tr><td>ביואנלייזר ערכת DNA רגישות גבוהה</td><td>Agilent</td><td>5067-4626</td><td>עבור QC</td></tr><tr><td>סרום בקר אלבומין</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A9647</td><td>מדיה תאית בודדת</td></tr><tr><td>כרום תא יחיד 3' ספרייה & ערכת חרוזי ג'ל v2, 16 rxns</td><td>10X גנומיקה</td><td>120237</td><td>ריאגנטים תאים בודדים</td></tr><tr><td>כרום תא יחיד ערכת שבב v2, 48 rx (6 שבבים)</td> <td>10X גנומיקה</td><td>120236</td><td>שבבים מיקרופלואידיים</td></tr><tr><td>CMRL-1066</td><td>ThermoFisher</td><td>11530-037</td><td>מדיה מלאה של אי</td></tr><tr><td>EB Buffer</td><td>Qiagen</td><td>19086</td><td>מאגר אלוטיון</td></tr><tr><td>צלחת PCR Eppendorf twin-tec, 96 בארות, כחול, חצי חצאית</td><td>VWR</td><td>47744-112</td><td>צלחת תחליב</td></tr><tr><td>סרום בקר עוברי</td><td>ThermoFisher</td><td>16000-036</td><td>מדיה מלאה</td></tr><tr><td>לאיים אנושיים Prodo</td><td>Labs</td><td>HIR</td><td>איים אנושיים מבודדים</td></tr><tr><td>L-גלוטמין (200 מ"מ)</td> <td>ThermoFisher</td><td>25030-081</td><td>מדיית אי מלאה</td></tr><tr><td>ערכת הכנת ספריית DNA Nextera (96 דגימות)</td>ספריית <td>Illumina</td><td>FC-121-1031</td><td> ריאגנטים להכנה</td></tr><tr><td>הבאSeq 500/550 ערכת תפוקה גבוהה v2.5 (75 מחזורים)</td><td>Illumina</td><td>FC-404-2005</td><td>רצף</td></tr><tr><td>פניצילין-סטרפטומיצין (10,000 U/mL)</td><td>ThermoFisher</td><td>15140-122</td><td>מדיה אי שלם</td></tr><tr><td>Qubit רגישות גבוהה dsDNA ערכת</td><td>טכנולוגיות חיים</td><td>Q32854</td><td>לפתרון QC</td></tr><tr><td>18</td><td>Chemometec</td><td>103011-420</td><td>בדיקת ספירת תאים מגיב</td></tr><tr><td>SPRISelect Reagent</td><td>Fisher Scientific</td><td>B23318</td><td>חרוזי טיהור</td></tr><tr><td>כלי תרבית רקמות (10 ס"מ)</td> <td>VWR</td><td>10861-594</td><td>לתרבית איים</td></tr><tr><td>TrypLE Express</td><td>Life Technologies</td><td>12604-013</td><td>פתרון דיסוציאציה של תאים</td></tr><tr><td>Zymo DNA Clean & רכז -5, 50 תגובות</td><td>VWR</td><td>77001-152</td><td>עמודות ניקוי ספרייה</td></tr></tbody></table>

תא בודד rna רצף וניתוח של איי הלבלב האנושי

Single-cell RNA Sequencing and Analysis of Human Pancreatic Islets

איונים הלבלב מהווים תאים אנדוקריניים עם דפוסי ביטוי הורמונים ייחודיים. התאים האנדוקריניים מציגים הבדלים פונקציונליים בתגובה לתנאים נורמליים ופתולוגיים. המטרה של פרוטוקול זה היא להפיק נתונים באיכות גבוהה, בקנה מידה גדול של כל סוג תא האנדוקרינית עם שימוש של מיקרופלואידיc מבוססי-droplet המבוססת על טכנולוגיית הרצף RNA של תא יחיד. נתונים אלה יכולים להיות מנוצל כדי לבנות את הפרופיל ביטוי גנים של כל סוג תא האנדוקרינית בתנאים נורמליים או ספציפיים. התהליך דורש טיפול זהיר, מדידה מדויקת ובקרת איכות קפדנית. בפרוטוקול זה, אנו מתארים צעדים מפורטים עבור האדם הלבלב, ברצף וניתוח נתונים. תוצאות הנציג של כ 20,000 האדם תאים איון יחיד להפגין את היישום המוצלח של הפרוטוקול.

זרימת העבודה ברצף RNA של התא היחיד מורכבת משלושה שלבים: השעיית האיים האנושיים שלמים להשעיה של תא בודד, לכידת תאים בודדים באמצעות הטכנולוגיה מבוססת droplet, וניתוח של נתוני RNA-seq (איור 1). ראשית, האיים האנושיים הנרכשים. הוכנסו לפני הלילה האיים שלמים נבדקו תחת המיקרוסקופ (איור 2 א). היושרה של תאים שאינם מונתק מאומת באמצעות הזריחה של RNA ב היברידיזציה באתרו (RNA-FISH). כפי שמוצג באיור 2B, הנתק α-ו-β-ת...

כאן, אנו מציגים פרוטוקול כדי לייצר באיכות גבוהה, בקנה מידה גדול של נתונים הטרנססקריפט של תאים בודדים מבודדים איונים הלבלב האנושי באמצעות droplet-מבוססי microfluidic בודד מיקרופלוג של תא RNA רצף הטכנולוגיה.

תא בודד RNA רצף וניתוח של איי הלבלב האנושי

Pancreatic islets comprise of endocrine cells with distinctive hormone expression patterns. The endocrine cells show functional differences in response to ...

פרוטוקול זה מייצר נתוני שעתוק תפוקה גבוהה של תאי איון אנושיים בודדים, אשר ניתן להשתמש בהם כדי ללמוד הטרוגניות תא אנוכרום, לזהות סוג תא נדיר, ויסות גנים במחלה. טכניקה זו מייצרת נתונים בקנה מידה גדול יותר תא יחיד, קל לשימוש, ויש לו זמן עיבוד קצר למדי. שיטה זו יכולה להיות מיושמת על איונים ממינים אחרים ועל פרופיל רקמות אחרות מבודדות טרי.עם זאת, יש לייעל את הפרוטוקול כך שיתאים להליכי דיסוציאציה ספציפיים לרקמות. זה קריטי כדי להכין תאים דיסוציאציה באיכות גבוהה. QC של ההשעיה התא לפני חלוקה למחיצות תא יחיד הוא המפתח, כמו גם טיפול אמולסיה בזהירות ובמהירות.כמה נקודות ביקורת איכותיות כמו לדעת אם שבב סתום נראים טוב יותר מאשר לקרוא. לאחר השגת איונים אנושיים ודגירה בן לילה, לספור ולבט את היד 200 כדי 300 איונים באמצעות פיפטה P200. מעבירים את האיים לצינור חרוט 15 מ"מ המכיל חמישה מילימטרים של מדיה איון שלם, מחומם מראש ל 37 מעלות צלזיוס.מניחים את הצינור בצנטריפוגה ב 200 פעמים G במשך שתי דקות. שאף בעדינות את העל-טבעי מבלי להפריע לכדור בתחתית. מוסיפים מילימטר אחד של פתרון דיסוציאציה לתאים מחומם מראש ומשבשים את גלולת הכדור על ידי צינור בעדינות למעלה ולמטה.הדגירה את איונים ב 37 מעלות צלזיוס במשך תשע עד 11 דקות. כל שלוש דקות, פיפטה למעלה ולמטה לאט במשך 10 שניות כדי לנתק את התאים לתאים בודדים. לאחר שתאי הא

single-cell-rna-sequencing-and-analysis-of-human-pancreatic-islets

Research

JoVE Journal

Genetics

גנטיקה

השגת איכות גבוהה וכמות נאותה של איים האנושי הוא אחד התנאים המוקדמים הבולטים איון להשתלה מוצלחת. בסרטון הזה, אנו מתארים צעד אחר צעד את נוהלי בידוד איון האדם הלבלב (אני חלק: העיכול אוסף של רקמת לבלב) בשיטה אוטומטית שונה.

בידוד האדם לבלב: אני חלק: העיכול אוסף של רקמת לבלב

שיטות רומן בעזרת מחשב של רכש בקנה מידה גדול וניתוח של immunohistochemically דגימות הלבלב מוכתם מתוארים: (1) ללכוד Slice וירטואלי של הסעיף כולו; (2) ניתוח המוניים בקנה מידה גדול של נתונים, (3) שחזור וירטואלי Slices 2D ; (4) מיפוי 3D איון; ו (5) ניתוח מתמטי.

בסיוע מחשב ויזואליזציה בקנה מידה גדול כימות המוניים הלבלב איילט, התפלגות גודל ואדריכלות

microdissection הליזר הוא טכניקה המאפשרת התאוששות של תאים נבחרים מכמויות זעירות של parenchyma. כאן אנו מתארים פרוטוקול לרכישת איי לבלב אנושיים מדגימות ניתוחיות שתשמש למחקרי transcriptomic. הפרוטוקול שלנו משפר את autofluorescence הפנימית של תאי הביתא אדם, ובכך להקל האוסף שלהם.

פרוטוקול משופר עבור microdissection הליזר של איי לבלב אנושיים מדוגמאות כירורגים

Ex-vivo הלבלב איון מחקרים חשובים לחקר הסוכרת. קיימות טכניקות ללמוד איונים בתרבית באדריכלות תלת-ממדי מקורי שלהם הן זמן רב, לא יעיל, הנמצאים בשימוש לעיתים רחוקות. עבודה זו מתאר שיטה חדשה, פשוט ויעיל ליצירת באיכות גבוהה פרפין מקטעי איונים תרבותי שלם.

הלבלב איון הטבעה למקטעי פרפין

אנו מתארים שיטה בידודו של תאים האנדוקרינית הלבלב עובריים, neonatal ופוסט ואחריו רצפי RNA בתא יחיד. שיטה זו מאפשרת ניתוח של השושלת האנדוקרינית הלבלב פיתוח, תא dynamics הטרוגניות, transcriptomic.

Transcriptomic תא בודד ניתוחים של תאים בלבלב האנדוקרינית העכבר

פרוטוקול זה מתאר שיטה לניתוח כמותי של היווצרות חלבון mitophagy במיוחד בתאי ביתא מדגימות איון האנושי העיקרי. טכניקה זו ובכך מאפשרת ניתוח של mitophagy מתוך חומר ביולוגי מוגבל, אשר חיוניים בדגימות יקרות של תא הלבלב האנושי.

ויזואליזציה של מתחמי מיטוגניים אנדוגני באתרו בתאי בטא הלבלב האנושי ניצול שיטת סמיכות הקירבה

בפרוטוקול זה, איי הלבלב משוחזרים ומנותחים באמצעות אלגוריתמים חישוביים המיושמים ביישום רב-תכליתי ייעודי.

שחזור חישובי של איי הלבלב ככלי לניתוח מבני ותפקודי

תאים מטאפלסטיים של הלבלב הם מבשרי תאים ממאירים המעוררים גידולים בלבלב. עם זאת, בידוד תאי לבלב שלמים הוא מאתגר. כאן, אנו מציגים שיטה יעילה לדיסוציאציה של רקמת הלבלב. התאים יכולים לשמש לריצוף רנ"א חד-תאי (scRNA-seq) או לתרבית משותפת דו-ממדית או תלת-ממדית.

דיסקציה של רקמת הלבלב לבידוד תאים בודדים בני קיימא

פרוטוקול זה מתאר שיטה לרכישה סינכרונית ורישום משותף של אירועי איתות תוך תאיים והפרשת אינסולין וגלוקגון על ידי פסאודואיסטים אנושיים ראשוניים באמצעות העברה אדנו-ויראלית של ביו-סנסור מחזורי אדנוזין מונופוספט (cAMP), גלאי הפרשי cAMP באתרו (cADDis) ומערכת מיקרופריפיוזיה.

מערכת פסאודואיסלט אנושית להערכה סינכרונית של דינמיקה ביו-חיישנית פלואורסצנטית ופרופילי הפרשת הורמונים

פרוטוקול זה מתאר את הבידוד של תאי אנדותל עכבר מלבלב שלם.

בידוד תאי אנדותל של לבלב עכבר

פרוטוקול זה מתאר הליכים לבידוד גרעינים באיכות גבוהה מאיי לבלב פרימטים קפואים שאינם אנושיים לשימוש בריצוף RNA סימולטני של גרעין יחיד וריצוף ATAC תוך שמירה על החלק הציטוסולי בתפזורת לניתוחים מטבוליים מאותן דגימות.

הכנת איים עובריים פרימטים קפואים שאינם אנושיים לריצוף RNA משולב של גרעינים בודדים וריצוף ATAC, ומטבולומיקה בתפזורת

למד ריצוף RNA של תא בודד באיי הלבלב האנושי לחקר הטרוגניות תאית ורגולציה גנית במחלות. שיטה זו מספקת נתונים בקנה מידה גדול ומאפשרת זיהוי סוגי תאים נדירים.

תא בודד RNA רצף וניתוח של איי הלבלב האנושי

גלה סרטונים נוספים