כימות תנועתיות נחיל משטח חיידקי על לוחות הדרגתיים ממריץ

הפרוטוקול עוקב בו זמנית אחר תגובות נוהרות חיידקים לריכוזים שונים של ממריצים על אגר חצי-סולידי. זה מושג בצורה חסכונית. טכניקת סינון תפוקה גבוהה זו שוללת את הצורך של אגר עם ריכוזי ממריצים שונים כדי לבחון את התגובות המיקרו-כימוטקטיות.

הטכניקה מיועדת להקרנת סמים וגם להתבונן בתגובות המיקרופתוגן SD. כמו כן, זה יכול לשמש כדי ללמוד microresponses רמזים ביוכימיים שונים בפונדקאי האנושי. שיטה זו יכולה לספק תובנה על כימוטקסיס חיידקי.

חיידקים יגיבו לריכוזים שונים של מושכים כימיים המכונים כימוטקסיס חיובי או דוחה כימי המכונה כימוטקסיס שלילי. הגדרה מוכנה בקפידה היא חיונית כדי למנוע וריאציות בין זווית הג'ל של השכבה התחתונה כדי למנוע את בעיית הרבייה. בתור התחלה, תווית 13 על 13 ס"מ מרובע פטרי מנות עם כתמים ושמות ממריצים.

ואז להצמיד את הכלים מעל קצה המכסים. הוסיפו את תמיסת arabinose למדיום השכבה התחתונה החמה. מוסיפים 40 מיליליטר של שכבה תחתונה חמה בינונית.

אפשרו למדיום השכבה התחתונה לרפא שנחשף במשך שעה אחת בתוך מכסה מנוע זרימה למינארי ללא הפרעה. לאחר שהשכבה התחתונה מתגבשת לחלוטין, הסירו את המכסים והניחו את צלחות הפטרי בתוך מכסה מנוע זרימה למינארי. מוסיפים 40 מיליליטר של מדיום שכבה עליונה חמה באמצעות מסנן פיפטה ממונע.

לרפא את לוחות השכבה הכפולה מכוסה ללא הפרעה במשך שעה אחת, ולאחר מכן לאחסן אותם בארבע מעלות צלזיוס במשך 24 שעות. מניחים את נייר ה- A4 המסומן מתחת ללוח הדרגתי ממוצק היטב. דחפו את הצד הרחב יותר של קצה פיפטה של 100 מיקרוליטר למשטח הבינוני למחצה במיקום המסומן ולחצו על קצה הפיפטה עד שהוא מגיע לתחתית המדיום של השכבה העליונה.

כאשר הקצה נוגע בתחתית, הפסק להפעיל כל כוח אנכי על הקצה וסובב בעדינות את הקצה כדי לבודד את התוכן של הבאר הגלילית. הזיזו אופקית את קצה הפיפטה לאורך מרחק קטן כדי לאפשר זרימת אוויר למקום הצר המופרש בצד. לחץ על הקצה עם האצבע המורה כדי לחסום את זרימת הגז בתוך הקצה.

משוך את הקצה החוצה אנכית, שמירה על תוכן הבאר בקצה תוך משיכתו החוצה. הוסף 80 מיקרוליטרים של תרבות הצמיחה הלילית לכל באר. הוציאו את צלחות הנחיל מהחממה אחת בכל פעם כל 12 שעות והניחו אותן במערכת ההדמיה של הג'ל.

בחר מצב הדמיה ג'ל, לחשוף את צלחת הנחיל לאור לבן, ולהתאים את אורך המוקד כדי לקבל תצוגה ברורה של נחילים. שפר את הבהירות של הנחילים לתצפית מדויקת על ידי התאמת זמן החשיפה ל-300 אלפיות השנייה. התאם את הסף כדי למזער הפרעות מנורית הרקע.

שמור את קובץ התמונה לניתוח נוסף. הקלט את זמן ההדמיה, את סוג הממריץ, את כיוון מעבר הצבע ואת הזנים בקובץ txt. לחץ על עבד ולאחר מכן על צללים כדי לשפר את חדות התמונה.

לחץ על תהליך ואחריו אצווה כדי לעבד את התמונה. לאחר מכן עבד תמונה כהפניה על-ידי לחיצה על תהליך, צללים ודרום. לחץ על תהליך, אצווה, מאקרו כדי לפתוח את החלון תהליך אצווה.

חפש את הפקודות המוצגות בחלון. הקלד את כתובת התיקיה של התמונות המקוריות בכתובת קובץ הפלט על-ידי לחיצה על תהליך בחלון תהליך אצווה. השתמש בכלי מעקב השרביט כדי לבחור נחילים בנפרד ולחץ פעמיים על כלי עקיבת השרביט כדי להתאים את הסבילות עד שהקו שנוצר יתאים כראוי לגבול הנחיל.

לחץ על נתח ולאחר מכן מדוד כדי לייצא את ערך האזור. E.coli K12 YdeH נבדק על לוחות הדרגתיים arabinose המשמשים להדגמת תהליך נחיל פני השטח עם חפיפה המתרחשת בין בארות סמוכות. צלחת עם שלוש בארות בדיקה אפשרה היווצרות של גבולות שאינם חופפים.

תנועתיות נחיל P.aeruginosa PAO1 YdeH קודמה עם ריכוז ערבינוז מוגבר מהריכוז הנמוך ביותר, אך הוגבלה בהדרגה עם ריכוזים גבוהים יותר של ערבינוז. E.coli K12 זני סוג בר נבדקו על לוחות הדרגתיים רזברטרול בתוך טווח ריכוז אפס עד 400 מיקרוליטר הראה הגבלה צנועה של תנועתיות נוהר עם ריכוז רזברטרול גובר. אזורי נחיל היו כימותו על ידי תוכנת ImageJ.

עקומת הנחיל הציגה את תגובות הריכוז המרובות. החלק המכריע ביותר של הליך זה הוא ייצור צלחת נחיל שכבה כפולה עם טווח ריכוז מסוים של ממריצים. שיטה זו מאפשרת לחוקרים לחקור את פני השטח המושרים בתוך טווח ריכוז מסוים ולכמת את ההשפעות של ממריצים ורכיבים אחרים על נחיל.