Name: שימוש בנתונים של תולעת בודדת כדי לכמת את ההטרוגניות באינטראקציות של Caenorhabditis elegans-Bacterial (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2022-07-22T14:20:00.000+00:00
Duration: 9 min 54 s
Description: חקור שיטה לכימות עומס חיידקים בתולעי Caenorhabditis elegans בודדות באמצעות הפרעה מכנית בפורמט 96-באר. השיטה מאפשרת איסוף נתונים איכותיים בקנה מידה גדול לחקר אינטראקציות מיקרוביאליות.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

המחברים רוצים להודות ל-H. Schulenberg ול-C. LaRock על השיתוף הנדיב שלהם בזני חיידקים ששימשו בניסויים אלה. עבודה זו נתמכה על ידי מימון מאוניברסיטת אמורי ו- NSF (PHY2014173).

<ol><li>Armitage, D. W., Jones, S. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((How+sample+heterogeneity+can+obscure+the+signal+of+microbial+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22The+ISME+Journal%22%5BJournal%5D)">How sample heterogeneity can obscure the signal of microbial interactions.</a> The ISME Journal. 13 (11), 2639-2646 (2019).</li>
<li>Stephenson, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Host+heterogeneity+affects+both+parasite+transmission+to+and+fitness+on+subsequent+hosts%5BTitle%5D)+AND+%22Philosophical+Transactions+of+the+Royal+Society+B%3A+Biological+Sciences%22%5BJournal%5D)">Host heterogeneity affects both parasite transmission to and fitness on subsequent hosts.</a> Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences. 372 (1719), 20160093(2017).</li>
<li>VanderWaal, K. L., Ezenwa, V. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Heterogeneity+in+pathogen+transmission%3A+mechanisms+and+methodology%5BTitle%5D)+AND+%22Functional+Ecology%22%5BJournal%5D)">Heterogeneity in pathogen transmission: mechanisms and methodology.</a> Functional Ecology. 30 (10), 1606-1622 (2016).</li>
<li>Dwyer, G., Elkinton, J. S., Buonaccorsi, J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Host+heterogeneity+in+susceptibility+and+disease+dynamics%3A+tests+of+a+mathematical+model%5BTitle%5D)+AND+%22The+American+Naturalist%22%5BJournal%5D)">Host heterogeneity in susceptibility and disease dynamics: tests of a mathematical model.</a> The American Naturalist. 150 (6), 685-707 (1997).</li>
<li>Wu, D., Rea, S. L., Yashin, A. I., Johnson, T. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Visualizing+hidden+heterogeneity+in+isogenic+populations+of+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Experimental+Gerontology%22%5BJournal%5D)">Visualizing hidden heterogeneity in isogenic populations of C. elegans.</a> Experimental Gerontology. 41 (3), 261-270 (2006).</li>
<li>Yashin, A. I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Heat+shock+changes+the+heterogeneity+distribution+in+populations+of+Caenorhabditis+elegans+does+it+tell+us+anything+about+the+biological+mechanism+of+stress+response%5BTitle%5D)+AND+%22The+Journals+of+Gerontology+Series+A%3A+Biological+Sciences+and+Medical+Sciences%22%5BJournal%5D)">Heat shock changes the heterogeneity distribution in populations of Caenorhabditis elegans does it tell us anything about the biological mechanism of stress response.</a> The Journals of Gerontology Series A: Biological Sciences and Medical Sciences. 57 (3), 83-92 (2002).</li>
<li>Zhao, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Two+forms+of+death+in+ageing+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Communications%22%5BJournal%5D)">Two forms of death in ageing Caenorhabditis elegans.</a> Nature Communications. 8 (1), 1-8 (2017).</li>
<li>Eckley, D. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+characterization+of+the+transition+to+mid-life+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22AGE%22%5BJournal%5D)">Molecular characterization of the transition to mid-life in Caenorhabditis elegans.</a> AGE. 35 (3), 689-703 (2012).</li>
<li>Rea, S. L., Wu, D., Cypser, J. R., Vaupel, J. W., Johnson, T. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+stress-sensitive+reporter+predicts+longevity+in+isogenic+populations+of+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Genetics%22%5BJournal%5D)">A stress-sensitive reporter predicts longevity in isogenic populations of Caenorhabditis elegans.</a> Nature Genetics. 37 (8), 894-898 (2005).</li>
<li>Kinser, H. E., Mosley, M. C., Plutzer, I. B., Pincus, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global%2C+cell+non-autonomous+gene+regulation+drives+individual+lifespan+among+isogenic+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22eLife%22%5BJournal%5D)">Global, cell non-autonomous gene regulation drives individual lifespan among isogenic C. elegans.</a> eLife. , (2021).</li>
<li>Churgin, M. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Longitudinal+imaging+of+Caenorhabditis+elegans+in+a+microfabricated+device+reveals+variation+in+behavioral+decline+during+aging%5BTitle%5D)+AND+%22eLife%22%5BJournal%5D)">Longitudinal imaging of Caenorhabditis elegans in a microfabricated device reveals variation in behavioral decline during aging.</a> eLife. 6, 26652(2017).</li>
<li>Perez, M. F., Francesconi, M., Hidalgo-Carcedo, C., Lehner, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Maternal+age+generates+phenotypic+variation+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Maternal age generates phenotypic variation in Caenorhabditis elegans.</a> Nature. 552 (7683), 106-109 (2017).</li>
<li>Baeriswyl, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modulation+of+aging+profiles+in+isogenic+populations+of+Caenorhabditis+elegans+by+bacteria+causing+different+extrinsic+mortality+rates%5BTitle%5D)+AND+%22Biogerontology%22%5BJournal%5D)">Modulation of aging profiles in isogenic populations of Caenorhabditis elegans by bacteria causing different extrinsic mortality rates.</a> Biogerontology. 11 (1), 53(2009).</li>
<li>Taylor, M., Vega, N. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Host+immunity+alters+community+ecology+and+stability+of+the+microbiome+in+a+Caenorhabditis+elegans+model%5BTitle%5D)+AND+%22mSystems%22%5BJournal%5D)">Host immunity alters community ecology and stability of the microbiome in a Caenorhabditis elegans model.</a> mSystems. 6 (2), 00608-00620 (2021).</li>
<li>Diaz, S. A., Restif, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spread+and+transmission+of+bacterial+pathogens+in+experimental+populations+of+the+nematode+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Spread and transmission of bacterial pathogens in experimental populations of the nematode Caenorhabditis elegans.</a> Applied and Environmental Microbiology. 80 (17), 5411-5418 (2014).</li>
<li>Twumasi-Boateng, K., Berg, M., Shapira, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Automated+separation+of+C.+elegans+variably+colonized+by+a+bacterial+pathogen%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%3A+JoVE%22%5BJournal%5D)">Automated separation of C. elegans variably colonized by a bacterial pathogen.</a> Journal of Visualized Experiments: JoVE. (85), e51090(2014).</li>
<li>Ortiz, A., Vega, N. M., Ratzke, C., Gore, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Interspecies+bacterial+competition+regulates+community+assembly+in+the+C.+elegans+intestine%5BTitle%5D)+AND+%22The+ISME+Journal%22%5BJournal%5D)">Interspecies bacterial competition regulates community assembly in the C. elegans intestine.</a> The ISME Journal. 15 (7), 2131-2145 (2021).</li>
<li>Berg, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TGF%CE%B2%2FBMP+immune+signaling+affects+abundance+and+function+of+C.+elegans+gut+commensals%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Communications%22%5BJournal%5D)">TGFβ/BMP immune signaling affects abundance and function of C. elegans gut commensals.</a> Nature Communications. 10 (1), 604(2019).</li>
<li>Portal-Celhay, C., Blaser, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Competition+and+resilience+between+founder+and+introduced+bacteria+in+the+Caenorhabditis+elegans+gut%5BTitle%5D)+AND+%22Infection+and+Immunity%22%5BJournal%5D)">Competition and resilience between founder and introduced bacteria in the Caenorhabditis elegans gut.</a> Infection and Immunity. 80 (3), 1288-1299 (2012).</li>
<li>Scott, E., Holden-Dye, L., O'Connor, V., Wand, M. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intra+strain+variation+of+the+effects+of+gram-negative+ESKAPE+pathogens+on+intestinal+colonization%2C+host+viability%2C+and+host+response+in+the+model+organism+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Intra strain variation of the effects of gram-negative ESKAPE pathogens on intestinal colonization, host viability, and host response in the model organism Caenorhabditis elegans.</a> Frontiers in Microbiology. 10, 3113(2020).</li>
<li>Kamath, R. S., Martinez-Campos, M., Zipperlen, P., Fraser, A. G., Ahringer, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effectiveness+of+specific+RNA-mediated+interference+through+ingested+double-stranded+RNA+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biology%22%5BJournal%5D)">Effectiveness of specific RNA-mediated interference through ingested double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans.</a> Genome Biology. 2 (1), (2001).</li>
<li>Dirksen, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+native+microbiome+of+the+nematode+Caenorhabditis+elegans%3A+gateway+to+a+new+host-microbiome+model%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Biology%22%5BJournal%5D)">The native microbiome of the nematode Caenorhabditis elegans: gateway to a new host-microbiome model.</a> BMC Biology. 14, 38(2016).</li>
<li>Vega, N. M., Allison, K. R., Samuels, A. N., Klempner, M. S., Collins, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Salmonella+typhimurium+intercepts+Escherichia+coli+signaling+to+enhance+antibiotic+tolerance%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences%22%5BJournal%5D)">Salmonella typhimurium intercepts Escherichia coli signaling to enhance antibiotic tolerance.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences. 110 (35), 14420-14425 (2013).</li>
<li>Stiernagle, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Maintenance+of+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22WormBook%22%5BJournal%5D)">Maintenance of C. elegans.</a> WormBook. , (2006).</li>
<li>Tabara, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+rde-1+gene%2C+RNA+interference%2C+and+transposon+silencing+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">The rde-1 gene, RNA interference, and transposon silencing in C. elegans.</a> Cell. 99 (2), 123-132 (1999).</li>
<li>Ahringer, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reverse+genetics%5BTitle%5D)+AND+%22WormBook%22%5BJournal%5D)">Reverse genetics.</a> WormBook. , (2006).</li>
<li>Rual, J. -F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Toward+improving+Caenorhabditis+elegans+phenome+mapping+with+an+ORFeome-based+RNAi+library%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Research%22%5BJournal%5D)">Toward improving Caenorhabditis elegans phenome mapping with an ORFeome-based RNAi library.</a> Genome Research. 14 (10), 2162-2168 (2004).</li>
<li>Revtovich, A. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Development+and+characterization+of+high-throughput+Caenorhabditis+elegans+-+Enterococcus+faecium+infection+model%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Cellular+and+Infection+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Development and characterization of high-throughput Caenorhabditis elegans - Enterococcus faecium infection model.</a> Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. 11, 667327(2021).</li>
<li>Anderson, Q. L., Revtovich, A. V., Kirienko, N. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+high-throughput%2C+high-content%2C+liquid-based+C.+elegans+pathosystem%5BTitle%5D)+AND+%22JoVE+%28Journal+of+Visualized+Experiments%22%5BJournal%5D)">A high-throughput, high-content, liquid-based C. elegans pathosystem.</a> JoVE (Journal of Visualized Experiments. (137), e58068(2018).</li>
<li>Scholz, M., Dinner, A. R., Levine, E., Biron, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stochastic+feeding+dynamics+arise+from+the+need+for+information+and+energy%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences%22%5BJournal%5D)">Stochastic feeding dynamics arise from the need for information and energy.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences. 114 (35), 9261-9266 (2017).</li>
<li>Wu, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pheromones+modulate+learning+by+regulating+the+balanced+signals+of+two+insulin-like+peptides%5BTitle%5D)+AND+%22Neuron%22%5BJournal%5D)">Pheromones modulate learning by regulating the balanced signals of two insulin-like peptides.</a> Neuron. 104 (6), 1095-1109 (2019).</li>
<li>Ching, T. -T., Hsu, A. -L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Solid+plate-based+dietary+restriction+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%3A+JoVE%22%5BJournal%5D)">Solid plate-based dietary restriction in Caenorhabditis elegans.</a> Journal of Visualized Experiments: JoVE. (51), e2701(2011).</li>
<li>Walker, A. C., Bhargava, R., Vaziriyan-Sani, A. S., Brust, A. S., Czyz, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantification+of+bacterial+loads+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Bio-protocol%22%5BJournal%5D)">Quantification of bacterial loads in Caenorhabditis elegans.</a> Bio-protocol. 12 (2), 4291-4291 (2022).</li>
<li>Manjarrez, J. R., Mailler, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stress+and+timing+associated+with+Caenorhabditis+elegans+immobilization+methods%5BTitle%5D)+AND+%22Heliyon%22%5BJournal%5D)">Stress and timing associated with Caenorhabditis elegans immobilization methods.</a> Heliyon. 6 (7), 04263(2020).</li>
<li>Zhang, S., Banerjee, D., Kuhn, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+culture+of+larval+cells+from+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Isolation and culture of larval cells from C. elegans.</a> PLoS ONE. 6 (4), 0019505(2011).</li>
<li>Garsin, D. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Long-lived+C.+elegans+daf-2+mutants+are+resistant+to+bacterial+pathogens%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Long-lived C. elegans daf-2 mutants are resistant to bacterial pathogens.</a> Science. 300 (5627), New York, N.Y. 1921(2003).</li>
<li>Thutupalli, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Farming+and+public+goods+production+in+Caenorhabditis+elegans+populations%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences%22%5BJournal%5D)">Farming and public goods production in Caenorhabditis elegans populations.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences. 114 (9), 2289-2294 (2017).</li>
<li>Ly, K., Reid, S. J., Snell, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+RNA+analysis+of+individual+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22MethodsX%22%5BJournal%5D)">Rapid RNA analysis of individual Caenorhabditis elegans.</a> MethodsX. 2, 59-63 (2015).</li>
<li>Johnke, J., Dirksen, P., Schulenburg, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Community+assembly+of+the+native+C.+elegans+microbiome+is+influenced+by+time%2C+substrate%2C+and+individual+bacterial+taxa%5BTitle%5D)+AND+%22Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Community assembly of the native C. elegans microbiome is influenced by time, substrate, and individual bacterial taxa.</a> Environmental Microbiology. 22 (4), 1265-1279 (2020).</li>
<li>Vega, N. M., Gore, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stochastic+assembly+produces+heterogeneous+communities+in+the+Caenorhabditis+elegans+intestine%5BTitle%5D)+AND+%22PLOS+Biology%22%5BJournal%5D)">Stochastic assembly produces heterogeneous communities in the Caenorhabditis elegans intestine.</a> PLOS Biology. 15 (3), 2000633(2017).</li>
<li>Gulyas, L., Powell, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cold+shock+induces+a+terminal+investment+reproductive+response+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Cold shock induces a terminal investment reproductive response in C. elegans.</a> Scientific Reports. 12 (1), 1338(2022).</li>
<li>Jiang, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+genetic+program+mediates+cold-warming+response+and+promotes+stress-induced+phenoptosis+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22eLife%22%5BJournal%5D)">A genetic program mediates cold-warming response and promotes stress-induced phenoptosis in C. elegans.</a> eLife. 7, 35037(2018).</li>
<li>Robinson, J. D., Powell, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Long-term+recovery+from+acute+cold+shock+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Cell+Biology%22%5BJournal%5D)">Long-term recovery from acute cold shock in Caenorhabditis elegans.</a> BMC Cell Biology. 17 (1), 2(2016).</li>
</ol>

למחברים אין ניגודי עניינים.

כאן מוצגים נתונים על היתרונות של כימות תולעת בודדת של עומס חיידקים ב- C. elegans, יחד עם פרוטוקול שיבוש של 96 בארות כדי לאפשר רכישה מהירה ועקבית של מערכי נתונים גדולים מסוג זה. בהשוואה לשיטות הקיימות33, פרוטוקולים אלה מאפשרים מדידה בתפוקה גבוהה יותר של קהילות מיקרוביאליות במעיים בתולעת.
לגישה זו יש ציפוי כצעד מגביל קצב ואינה באמת "תפוקה גבוהה". ציטומטריה של זרימה של עצמים גדולים (איור 3C,D) היא שיטה שימושית בעלת תפ...

הטרוגניות באסוציאציות בין חיידקים מארחים נצפית בכל מקום, ושונות בין פרטים מוכרת יותר ויותר כגורם תורם בתהליכים ברמת האוכלוסייה מתחרות ודו-קיום1 ועד העברת מחלות 2,3,4. ב- C. elegans, "הטרוגניות נסתרת" בתוך אוכלוסיות איזוגניות נצפתה שוב ושוב, כאשר תת-אוכלוסיות של פרטים הראו פנוטיפים שונים בתגובת הלם חום 5,6, הזדקנות ותוחלת חיים 7,8,9,10,11, והיבטים רבים אחרים של פיזיולוגיה ופיתוח12 . רוב הניתוחים המנסים לזהות מבנה תת-אוכלוסייה מספקים ראיות לשתי תת-אוכלוסיות באוכלוסיות ניסיוניות של תולעים איזוגניות ומסונכרנות 5,7,8, אם כי נתונים אחרים מצביעים על האפשרות של התפלגות בתוך האוכלוסייה של תכונות ולא קבוצות מובחנות 7,12,13 . רלוונטי כאן, הטרוגניות משמעותית באוכלוסיות מעיים נצפית אפילו בתוך אוכלוסיות איזוגניות של תולעים המיושבות ממקור משותף של מיקרובים 13,14,15,16, והטרוגניות זו יכולה להיות מוסתרת על ידי מדידות תקציר אצווה הנמצאות בשימוש נרחב 17,18,19,20 לכימות חיידקים בתולעת.
עבודה זו מציגה נתונים המצביעים על צורך בהסתמכות רבה יותר על מדידות של תולעים בודדות בקשר בין מיקרובים מארחים, כמו גם פרוטוקולים להגברת הדיוק והתפוקה בהפרעה לתולעת בודדת. פרוטוקולים אלה נועדו להקל על הפרעה מכנית של מספר גדול של C. elegans בודדים לכימות של עומס חיידקי בר-קיימא, תוך מתן יכולת חזרה טובה יותר ומאמץ נמוך יותר לכל דגימה מאשר הפרעה מבוססת מזיקים של תולעים בודדות. שלב מומלץ לטיהור המעיים, שבו תולעים מורשות להיזון מאי קולי מומת בחום לפני ההכנה לשיבוש, נכלל כדי למזער את התרומות של חיידקים ארעיים (שאינם דבקים) שנבלעו לאחרונה ואחרים (שאינם דבקים). פרוטוקולים אלה כוללים שיטת שיתוק קר לניקוי הציפורן עם טיפול באקונומיקה משטח בריכוז נמוך; הלבנת פני השטח יכולה לשמש כשלב הכנה בהפרעה לתולעת בודדת או כשיטה להכנת תולעים חיות, נטולות חיידקים מבחוץ. שיטת הלבנת פני השטח הזו מספיקה כדי להסיר מגוון רחב של חיידקים חיצוניים, וטיפול בקור מספק אלטרנטיבה לשיתוק קונבנציונלי מבוסס לבאמיזול; בעוד ש-levamisole יהיה מועדף לניסויים רגישים לקור, שיתוק קר ממזער את התרומות לזרמי פסולת מסוכנים ומאפשר חידוש מהיר של פעילות תקינה. בעוד שהפרוטוקול המלא מתאר ניסוי מעבדה שבו תולעים מתיישבות עם חיידקים ידועים, ההליכים לניקוי תולעים ושיבוש תולעים בודדות יכולים להיות מיושמים בקלות על תולעים שבודדו מדגימות בר או התיישבו בניסויי מיקרוקוסמוס. הפרוטוקולים המתוארים כאן מייצרים חיידקים חיים המופקים ממעי התולעת, המתאימים לציפוי ולכימות של יחידות יוצרות מושבה (CME) בתולעים בודדות; לצורך ניתוח קהילת המעיים המבוסס על ריצוף, יש להוסיף לפרוטוקולים אלה את שלבי התזה התאית ומיצוי חומצות הגרעין הבאים.

<table><tbody><tr><td>לוחות פוליפרופילן עם תחתית שטוחה 96 בארות, 300 uL</td><td>Evergreen Labware</td><td>290-8350-03F</td><td></td></tr><tr><td>שטיח איטום צלחות 96 בארות, סיליקון, בארות מרובעות (AxyMat)</td> <td>Axygen</td><td>AM-2ML-SQ</td><td></td></tr><tr><td>צלחות 96 בארות, 2 מ"ל, בארות מרובעות</td><td>Axygen</td><td>P-2ML-SQ-C-S</td><td></td></tr><tr><td>96 בארות מכסי צלחות פוליפרופילן</td><td>Evergreen Labware</td><td>290-8020-03L</td><td></td></tr><tr><td>אגר</td><td></td><td></td> סט מתאם טחנת חרוזים של Fisher Scientific 443570050 <td></td></tr><tr><td>לצלחות 96 בארות</td><td>QIAGEN</td><td>119900</td><td>לוחות מתאם לשימוש עם שתי צלחות 96 בארות על</td></tr><tr><td>הומוגנייזר רקמות טחנת חרוזים TissueLyser II (TissueLyser II)</td> <td>QIAGEN</td><td>85300</td><td>הומוגנייזר מכני לשיבוש דגימה בתפוקה בינונית עד גבוהה</td></tr><tr><td>BioSorter</td><td>Union Biometrica</td><td>לפי ציטוט</td><td>סדרן חפצים גדול מצויד במיקוד של 250 מיקרון עבור C. elegans</td></tr><tr><td>אקונומיקה, מסחרי, 8.25% נתרן היפוכלוריט</td><td>Clorox</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Breathe-Easy 96-באר ממברנת איטום חדירה לגז</td><td>מגוונת</td><td>ביוטק BEM-1</td><td>ממברנות פוליאוריטן חדירות לגז. סרט איטום דק חדיר ל-O2, CO2 ואדי מים והוא שקוף UV עד 300 ננומטר. סטרילי, 100/קופסה.</td></tr><tr><td>סידן כלוריד דיהידרט</td><td>פישר סיינטיפיק</td><td>AC423525000</td><td></td></tr><tr><td>כולסטרול</td><td>VWR</td><td>AAA11470-30</td><td></td></tr><tr><td>חומצת לימון מונוהידראט</td><td>פישר סיינטיפיק</td><td>AC124910010</td><td></td></tr><tr><td>נחושת (II) סולפט פנטהידראט</td><td>פישר סיינטיפיק</td><td>AC197722500</td><td></td></tr><tr><td>קורנינג 6765 LSE מיני מיקרוצנטריפוגה</td><td>קורנינג</td><td>&nbsp; COR-6765</td><td></td></tr><tr><td>דיסודיום EDTA</td><td>Fisher Scientific</td><td>409971000</td><td></td></tr><tr><td>DL 1,4 Dithiothreitol, 99+%, לביולוגיה מול, DNAse, RNAse ופרוטאז ללא ACROS Organics</td><td>Fisher Scientific</td><td>327190010</td><td></td></tr><tr><td>Eppendorf 1.5 מ"ל צינורות מיקרוצנטריפוגה,</td> טבעי <td>Eppendorf</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Eppendorf 5424R מיקרוצנטריפוגה</td><td>Eppendorf</td><td>5406000640</td><td>24 מקומות בקירור מיקרוצנטריפוגה</td></tr><tr><td>ספסל Eppendorf 5810R עם רוטור S-4-104</td><td>Eppendorf</td><td>22627040</td><td>צנטריפוגה שולחנית 3L עם מתאמים לצינורות וצלחות 15-50 מ"ל</td></tr><tr><td>דלי צלחת אפנדורף (x2), לרוטור S-4-104</td><td>Eppendorf</td><td>22638930</td><td></td></tr><tr><td>אתנול 100%</td> <td>Fisher Scientific</td><td>BP2818500</td><td></td></tr><tr><td>חרוזי זכוכית, 2.7 מ"מ</td><td>מוצרי מדעי החיים</td><td>LS-79127</td><td></td></tr><tr><td>חרוזי זכוכית, שטופים בחומצה, 425-600 ומיקרו; m</td><td>Sigma</td><td>G877-500G</td><td></td></tr><tr><td>חרוזי ציפוי זכוכית</td><td>VWR</td><td>76005-124</td><td></td></tr><tr><td>חומצה הידרוכלורית</td><td>VWR</td><td>BDH7204-1</td><td></td></tr><tr><td>ברזל (II) סולפט הפטאהידראט</td><td>פישר סיינטיפיק</td><td>423731000</td><td></td></tr><tr><td>קימבל קונטס מנוע עלי גלולה</td><td>DWK מדעי החיים</td><td>749540-0000</td><td></td></tr><tr><td>קימבל קונטס עלי גלולה פוליפרופילן ו מיקרו-צינורות, 0.5 מ"ל</td><td>DWK מדעי החיים</td><td>749520-0590</td><td></td></tr><tr><td>Leica DMi8 מיקרוסקופ הפוך ממונע עם שלב ממונע</td><td>Leica</td><td>11889113</td><td></td></tr><tr><td>Leica LAS X תוכנת פרימיום</td><td>Leica</td><td>11640687</td><td></td></tr><tr><td>מגנזיום סולפט הפטהידראט</td><td>פישר AC124900010</td><td></td><td></td></tr><tr><td>מנגן (II) כלוריד טטרהידרט</td><td>VWR</td><td>470301-706</td><td></td></tr><tr><td>PARAFILM M סרט איטום מעבדה גמיש</td><td>Amcor</td><td>PM996</td><td></td></tr><tr><td>Peptone</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP1420-500</td><td></td></tr><tr><td>צלחות פטרי, עגולות, 10 ס"מ</td><td>VWR</td><td>25384-094</td><td></td></tr><tr><td>צלחות פטרי, עגולות, 6 ס"מ</td><td>VWR</td><td>25384-092</td><td></td></tr><tr><td>צלחות פטרי, מרובעות, 10 x 10 ס"מ</td><td>VWR</td><td>10799-140</td><td></td></tr><tr><td>מאגר פוספו מי מלח (1X PBS)</td><td>Gold Bio</td><td>P-271-200</td><td></td></tr><tr><td>מגש חיטוי פוליפרופילן, רדוד</td><td>Fisher Scientific</td><td>13-361-10</td><td></td></tr><tr><td>אשלגן הידרוקסיד</td><td>Fisher Scientific</td><td>AC134062500</td><td></td></tr><tr><td>אשלגן פוספט dibasic</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP363-1</td><td></td></tr><tr><td>אשלגן פוספט מונו-בסיסי</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP362-1</td><td></td></tr><tr><td>R 4.1.3/RStudio 2022.02.0 build 443</td><td>R Foundation</td><td>n/a</td><td></td></tr><tr><td>מרית מעבדה מסוג סקופ, מתכת</td><td>VWR</td><td>470149-438</td><td></td></tr><tr><td>כוסות סיליקון קרביד 36 חצץ</td><td>MJR</td> n<td>/a</td><td>חצץ סיליקון קרביד גס במיוחד שחור. זמין בגדלים של 0.5-5 פאונד מספק זה.</td></tr><tr><td>נתרן דודציל סולפט</td><td>פישר סיינטיפיק</td><td>BP166-100</td><td></td></tr><tr><td>נתרן הידרוקסיד</td><td>VWR</td><td>BDH7247-1</td><td></td></tr><tr><td>נתרן פוספט דו-בסיסי נטול מים</td><td>פישר סיינטיפיק</td><td>BP332-500</td><td></td></tr><tr><td>סודום כלוריד</td><td>פישר סיינטיפיק</td><td>BP358-1</td><td></td></tr><tr><td>סוכרוז</td><td>פישר סיינטיפיק</td><td>AC419760010</td><td></td></tr><tr><td>טרי-אשלגן ציטראט מונוהידראט</td><td>Fisher Scientific</td><td>AC611755000</td><td></td></tr><tr><td>Triton X-100</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP151-100</td><td></td></tr><tr><td>אבץ גופרתי heptahydrate</td><td>פישר סיינטיפיק</td><td>AC205982500</td><td></td></tr></tbody></table>

שימוש בנתונים של תולעת בודדת כדי לכמת את ההטרוגניות באינטראקציות של caenorhabditis elegans-bacterial

Using Single-Worm Data to Quantify Heterogeneity in Caenorhabditis elegans-Bacterial Interactions

הנמטודה Caenorhabditis elegans היא מערכת מודל לאינטראקציות בין פונדקאי למיקרוב ולמיקרוביום מארח-מיקרוביום. מחקרים רבים עד כה משתמשים בתקצירי אצווה ולא בדגימות תולעים בודדות כדי לכמת את עומס החיידקים באורגניזם זה. כאן נטען כי השונות הבין-אישית הגדולה הנראית בהתיישבות חיידקית במעי C. elegans היא אינפורמטיבית, וכי שיטות העיכול של האצווה משליכות מידע החשוב להשוואה מדויקת בין תנאים. מכיוון שתיאור השונות הטבועה בדגימות אלה דורש מספר רב של פרטים, נקבע פרוטוקול נוח של לוחות 96 בארות לשיבוש וציפוי מושבה של תולעים בודדות.

עיקור אקונומיקה של תולעים חיות תולעים מולבנות על פני השטח נקיות למעשה מחיידקים חיצוניים עד שהתנועתיות חוזרת וההפרשה מתחדשת. בתנאים המשמשים כאן, נצפית הכחדה מהירה של חיידקים במאגר (איור 1A-C, איור משלים 2, וידאו 1) מבלי להפריע לחיידקים הקשורים למעיים בתולעים משותקות קרות (איור 1D-F, וידאו 2). נתונים אלה מצביעים על כך שניתן להשתמש בהלבנת פני השטח ביעילות כדי לטהר את התולעים באו...

פרוטוקול זה מתאר שיבוש של 96 קידוחים של קאנורהבדיטיס אלגאן (Caenorhabditis elegans ) המיושבים בחיידקים בעקבות שיתוק קר והלבנת פני השטח כדי לסלק חיידקים חיצוניים. התרחיף המתקבל מצופה על לוחות אגר כדי לאפשר כימות מדויק בתפוקה בינונית של עומס חיידקים במספר גדול של תולעים בודדות.

שימוש בנתונים של תולעת בודדת כדי לכמת את ההטרוגניות באינטראקציות של Caenorhabditis elegans-Bacterial

The nematode Caenorhabditis elegans is a model system for host-microbe and host-microbiome interactions. Many studies to date use batch digests rather ...

פרוטוקול זה מדגים שיבוש מכני של אלגנס ים. בפורמט של 96 בארות המאפשר כימות תפוקה בינונית של עומס חיידקים בתולעים בודדות. טכניקה זו מגבירה את המהירות והאחידות של שיבוש מכני בהשוואה לשיטות מבוססות פאסל המאפשרות לחוקרים לייצר בקלות ערכות נתונים גדולות יותר של מדידות תולעת בודדת באיכות גבוהה.טכניקה זו כוללת חלקים נעים רבים וקל לאבד את מקומך. ודאו שיש לכם את כל החומרים, הצינורות המסומנים, המאגרים והצלחות שהוכנו לפני שתתחילו. מי שתדגים את ההליך תהיה מייגן טיילור, מומחית מחקר מובילה מהמעבדה שלי.התחל על ידי השעיה מחדש של דגימת התולעת במיליליטר אחד של M nine TX zero one בצינור מיקרו צנטריפוגה. לאסוף את התולעים הבוגרות על ידי צנטריפוגה ולהשליך את supernatant. שימוש באותם פרמטרים של צנטריפוגה.שטפו את התולעים פעמיים עם מיליליטר אחד של M9TX01 ופעם אחת עם מיליליטר אחד של מאגר תולעים M9, כדי למזער את החיידקים החיצוניים. לאחר מכן, להשעות מחדש כל דגימה במיליליטר אחד של S בינוני ועוד שני x חום הרג OP50 בצינור תרבית. דגרו את הצינורות בטמפרטורה של 25 מעלות צלזיוס למשך 20 עד 30 דקות כדי להעביר את החיידקים שאינם דבקים במעיים.לאחר הדגירה, שטפו את התולעים המטוהרות פעמיים עם מיליליטר אחד של M9TX01 קר והשליכו את הסופר נטנט. שים את הצינורות על הקרח במשך 10 דקות כדי לשתק את התולעים. לאחר מכן הוסיפו מיליליטר אחד של חיץ תולעת M תשע קר כקרח עם אקונומיקה ללא בישום לכל צינור.דגירה של הצינורות על הקרח למשך 10 דקות לפחות כדי להרוג חיידקים חיצוניים. השליכו את חיץ האקונומיקה והחזירו את הצינורות לקרח כדי למנוע מהתולעים לשאוב. לאחר מכן, הוסף מיליליטר אחד של M9TX01 קר לכל צינור וצנטריפוגה למשך חמש שניות.במיני צנטריפוגה. החזירו את הצינורות לקרח והסירו את הסופרנטנט. חזור על שלב זה פעם אחת.עבור permeabilization כימי של הקוטיקולה תולעת. מעבירים את הצינורות המכילים את התולעים ב-20 מיקרוליטרים של חיץ למתלה צינורות בטמפרטורת החדר. לאחר מכן הוסיפו 100 מיקרוליטרים של תמיסת SDS/DTT לכל דגימה חמה.לדגור את הצינורות עד שמונה דקות על הספסל כדי לשבור חלקית את הקוטיקולה של התולעים הבוגרות. בשלב זה, התולעים ימותו וישקעו בתחתית הצינור. לאחר הדגירה, יש להשליך בזהירות את ה-SDS/DTT.לאחר מכן, הוסף מיליליטר אחד של M9TX01 לכל צינור וצנטריפוגה לזמן קצר כדי לגלגל את התולעים. השליכו את הסופר-נטנט ושעו מחדש את התולעים במיליליטר אחד M 9 תולעת חיץ עם 0.1% טריטון x-100. כדי להתכונן לשיבוש מכני של תולעים, להשיג באר סטרילית בעומק שני מיליליטר 96 צלחת באר וכיסוי צלחת סיליקון.השתמש במרית סקופ סטרילית כדי להוסיף כמות קטנה של קרביד סיליקון סטרילי 36 רשת לכל באר, כך שהרשת בקושי מכסה את תחתית הבאר. הוסף 180 מיקרוליטרים של מאגר תולעים M תשע לכל באר. תייג את העמודות והשורות ולאחר מכן כסה את הצלחת באופן רופף בכיסוי צלחת הסיליקון.לאחר מכן, העבירו את התולעים החדירות לצלחת פטרי קטנה עם M9TX01 מלא עד לעומק של סנטימטר אחד. באמצעות ניתוח מיקרוסקופ פיפטה החוצה תולעים בודדות בנפחים של 20 מיקרוליטר ולהעביר אותם לבארות בודדות של צלחת 96 באר כדי להוציא את כל התולעים דבוקות לפיפטה, לשאוף 20 מיקרוליטרים של M9TX01 מאזור ברור של צלחת פטרי ולשחרר אותו בחזרה לתוך המנה. לאחר העברת כל התולעים מכסים את צלחת הבאר 96 עם גיליון של סרט תקרה גמיש כאשר הצד המגובה בנייר פונה כלפי מטה אל בארות הדגימה.הניחו קלות את שטיחון תקרת הסיליקון על גבי סרט התקרה הגמיש מבלי ללחוץ את הכיסוי אל תוך הבארות. הניחו את הצלחת על ארבע מעלות צלזיוס למשך 30 עד 60 דקות כדי למנוע התחממות יתר במהלך הפרעה. לאחר קירור הצלחת לחץ על משטח תקרת הסיליקון בחוזקה לתוך הבארות כדי לאטום אותן.לאחר מכן אבטחו צלחות במשבש הרקמות. מנערים את הצלחות במשך דקה אחת ב-30 הרץ. לאחר מכן סובב את הצלחות ב -180 מעלות וחזור על הרעד במשך דקה אחת.הקש את הצלחות בחוזקה על הספסל פעמיים או שלוש כדי לנתק כל חצץ מסרט התקרה הגמיש. צנטריפוגה צלחת להגדיר 2, 400 פעמים G במשך שתי דקות כדי לאסוף את הדגימות בתחתית הבארות. לאחר מכן הסר את מכסה הסיליקון ומשוך את סרט התקרה.כדי להכין דילול סדרתי פי עשרה של עיכול התולעת, מלאו 180 מיקרוליטרים של X PBS אחד בשורות B עד D של צלחת 96 באר. באמצעות פייפטר רב-באר המוגדר ל-200 מיקרוליטרים, מערבבים באיטיות את תקציר התולעת על ידי פיפטינג. מעבירים את הכמות המרבית של הנוזל לשורה A של לוחית 96 הבאר המכילה PBS.באמצעות פיפטה רב ערוצית, הסר 20 מיקרוליטרים מהשורה העליונה וחלק לשורה B.ולאחר מכן ערבוב. חזור על שלב זה עבור שורה B עד C ולאחר מכן שורה C עד D כדי לקבל דילול פי 1000 עבור כימות חיידקי של תולעים מונו-קולוניאליות. צלחת 10 עד 20 מיקרוליטר של כל דילול על צלחות אגר מוצקות.עבור התיישבות מרובת מינים, צלחת 100 מיקרוליטר של כל דילול על לוחות אגר 10 ס"מ. באמצעות פרוטוקול זה, חיטוי חיצוני יעיל נצפה לאחר הלבנה על פני השטח של תולעים משותקות קרות כפי שניתן לראות על ידי ירידה של חיידקים חיצוניים במאגר. מבלי להשפיע על החיידקים הקשורים למעי.שיבוש ידני של תולעים הביא להטרוגניות רבה יותר. חצץ סיליקון קרביד היה אידיאלי לשיבוש עם או בלי טרי אנדקס. בשיטת 96 באר, חרוזי זכוכית גדולים לא התאימו לטכניקת 96 באר.חרוזי זכוכית קטנים הניבו תוצאות עקביות אך סתמו את הצינור בקצהו. תולעים שהתיישבו על אותו מאגר חיידקים הראו שונות גבוהה בעומס המעיים כאשר נצפו עבור חיידקים בודדים וקהילות חיידקים מרובות מינים. תולעים שהתיישבו עם חיידקים המבטאים GFP, הראו הטרוגניות במדידות תולעים בודדות.עבור GFP זה מבטא זן חיידקי המשווה את ההתיישבות של סוג בר בריסטול לן שתי תולעים. ל-DAF שני מוטנטים של IGF הראו כי המוטציה DAF 16 תומכת באוכלוסיות גדולות יותר של חיידקים, בעוד ש-DAF שתיים עמידות להתיישבות. הטרוגניות זו הייתה אופיינית ועקבית לאורך ריצות שונות של אותו ניסוי.דגימה מחדש של נתונים כדי לדמות תקצירי אצווה נמצאה כמשנה את ההתפלגות בהשוואה לנתוני תולעים בודדים. האצווה אקסטרפולציה של CFU לכל תולעת התרכזה סביב הממוצע האריתמטי של הנתונים הבודדים שהובילו לאובדן השונות הביולוגית. במקום להמשיך לעכל אקונומיקה של משטח חי ולשטוף תולעים ניתן להשתמש בהן לניסויים נוספים.התנועה תתחדש במהירות לאחר הסרת התולעים מהקור.

using-single-worm-data-to-quantify-heterogeneity-caenorhabditis

Research

JoVE Journal

Biology

ביולוגיה

מקור: טיילור, מ.נ., et.al. שימוש בנתוני תולעת בודדת כדי לכמת הטרוגניות באינטראקציות חיידקיות-חיידקיות Caenorhabditis elegans. J. Vis. Exp. (2022)סרטון זה מדגים את החשיפה של תולעי Caenorhabditis elegans נטולות חיידקים ותואמות גיל לזן חיידקים לצורך קולוניזציה של המעי. זה מסביר את ההסרה הסלקטיבית של חיידקים חיצוניים שאינם נדבקים, ומשאירים רק חיידקים ברי קיימא דבוקים לאפיתל המעי לצורך כימות.

הערכת קולוניזציה של חיידקי מעיים ב - C. elegans נטול חיידקים

מקור: טיילור, מ. נ. ואחרים. שימוש בנתוני תולעת בודדת כדי לכמת הטרוגניות באינטראקציות חיידקיות-חיידקיות Caenorhabditis elegans. J. Vis. Exp. (2022)סרטון זה מדגים את הכימות של שונות העומס החיידקי במעי ב- Caenorhabditis elegans בודדים באמצעות שיבוש מכני. הוא מתאר את השלבים להכנת דגימה, שיבוש מכני, דילול סדרתי וספירת מושבות כדי להעריך את ההבדלים בעומס חיידקי המעיים בין תולעים בודדות.

שיבוש מכני של תולעים בודדות להערכת שונות באינטראקציות בין חיידקים מארחים

Wormsorter מאפשר מסכי גנטיים בelegans Caenorhabditis ידי מיון תולעים לפי ביטוי של כתבי ניאון. כאן, אנו מתארים את השימוש חדש: מיון על פי קולוניזציה על ידי פתוגן-GFP-לבטא, ואנו מעסיקים אותו כדי לבחון את התפקיד הבין היטב הכרת הפתוגן בייזום תגובה חיסונית.

הפרדה אוטומטית של<em&gt; ג elegans</em&gt; יישבו variably ידי פתוגן חיידקים

כאן, אנו מציגים את תולעים נימיות Caenorhabditis elegans כמודל מארח רב-תכליתי ללמוד אינטראקציה מיקרוביאלי.

נמטודות. Caenorhabditis Elegans - מודל רב תכליתי In Vivo ללמוד אינטראקציות מארח-חיידק

במאמר זה פרוטוקול תפוקה גבוהה עבור קביעה מהירה ואמינה של רמות ביטוי גנים בדגימות C. elegans יחיד או בתפזורת מתואר. פרוטוקול זה אינו דורש בידוד RNA ומייצר cDNA ישירות מדגימות. ניתן להשתמש בו יחד עם פלטפורמות qPCR ננופלואידיות מרובות תפוקה גבוהה בזמן אמת.

RT-PCR כמותי בעל תפוקה גבוהה בדגימות סי.

כדי לחקור אינטראקציות מלווה מלווה מלווה-מצע, אנו מבצעים מסכי אינטראקציה סינתטית ב elegans Caenorhabditis באמצעות הפרעות RNA בשילוב עם מוטציות קלות או ביטוי יתר של מלווים ולנטר תפקוד לקוי של חלבון ספציפי לרקמות ברמה האורגנית.

שימוש באלגנים של Caenorhabditis למסך עבור אינטראקציות ממלווים ספציפיות לרקמות

חיידקי מעיים עשויים להשפיע באופן חיובי או שלילי על בריאות המארח שלהם באמצעות מנגנונים ספציפיים או שמורים. Caenorhabditis elegans היא פלטפורמה נוחה לסינון עבור חיידקים כאלה. הפרוטוקול הנוכחי מתאר סינון בתפוקה גבוהה של 48 חיידקים מבודדים להשפעה על עמידות לעקה של נמטודה, המשמשים כפרוקסי לבריאות התולעים.

הקרנה בתפוקה גבוהה של מבודדים מיקרוביאליים עם השפעה על בריאות Caenorhabditis elegans

Caenorhabditis elegans הוא אחד ממיני המודל העיקריים בביולוגיה, אך כמעט כל המחקר מתבצע בהיעדר מיקרובים הקשורים אליו באופן טבעי. השיטות המתוארות כאן יסייעו לשפר את הבנתנו את מגוון המיקרובים הקשורים כבסיס למחקר פונקציונלי עתידי של C. elegans.

בידוד ואפיון המיקרוביוטה הטבעית של מודל נמטודה Caenorhabditis elegans

מיקרוקוסמוסים של קומפוסט מביאים את המגוון המיקרוביאלי שנמצא בטבע למעבדה כדי להקל על מחקר המיקרוביום ב-Caenorhabditis elegans. מובאים כאן פרוטוקולים להקמת ניסויי מיקרוקוסמוס, כאשר הניסויים מדגימים את היכולת לווסת את המגוון המיקרוביאלי הסביבתי כדי לחקור את הקשרים בין המגוון המיקרוביאלי הסביבתי לבין הרכב המיקרוביום של מעי התולעים.

מיקרוקוסמוסים של קומפוסט כסביבות טבעיות מגוונות מיקרוביאלית לחקר המיקרוביום ב-Caenorhabditis elegans

Caenorhabditis elegans הוא מודל רב-עוצמה לבחינת הדטרמיננטים המולקולריים המניעים אינטראקציות בין המארח למיקרוביום. אנו מציגים צינור בתפוקה גבוהה המתאר את רמות ההתיישבות של מיקרוביום המעי בבעלי חיים בודדים יחד עם היבטים מרכזיים של הפיזיולוגיה של C. elegans.

יישום של ורמימטריית זרימה לכימות וניתוח של מיקרוביום המעי Caenorhabditis elegans

חקור שיטה לכימות עומס חיידקים בתולעי Caenorhabditis elegans בודדות באמצעות הפרעה מכנית בפורמט 96-באר. השיטה מאפשרת איסוף נתונים איכותיים בקנה מידה גדול לחקר אינטראקציות מיקרוביאליות.

שימוש בנתונים של תולעת בודדת כדי לכמת את ההטרוגניות באינטראקציות של Caenorhabditis elegans-Bacterial

גלה סרטונים נוספים