Name: ויזואליזציה וכימות של אינטראקציות חלבון תוך-אברוני אנדוגניות באתרי קשר של ER-מיטוכונדריה על ידי מבחני קשירת קרבה (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2023-10-20T13:20:00.000+00:00
Duration: 8 min 27 s
Description: חקור אינטראקציות חלבון אנדוגניות באתרי קשר של ER-מיטוכונדריה באמצעות מבחן קשירת קרבה (PLA). שיטה זו מאפשרת ויזואליזציה וכימות מדויק של אינטראקציות ORP5-ORP8 בקשרים בין אברונים.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

עבודה זו נתמכה על ידי ANR Jeune Chercheur (ANR0015TD), תוכנית ATIP-Avenir, Fondation pour la Recherche Medicale (n°206548), ואת Fondation Vaincre Alzheimer (eOTP:669122 LS 212527), I'Agence Nationale de la Recherche (ANR-11-EQPX-0029/Morphoscope, ANR-10-INBS-04/FranceBioImaging; ANR-11-IDEX-0003-02/Saclay מדעי הצמח).

1. צביעה מיטוכונדריאלית ובדיקת קשירת קרבה (PLA)
<ol><li>צלחת 0.5 x 10 5-2 x 10 5 תאי HeLa, מתוחזקים בתווך הנשר המעובד של דולבקו (DMEM) בתוספת 10% FBS, 1% פניצילין/סטרפטומיצין ו-1% חומצות אמינו לא חיוניות ב-37°C עם 5% CO2, בזכוכית 13 מ"מ מכסה את החלקות בלוחות1.5 ב-24 בארות בדילול המאפשר מפגש תאים של 75%-90% ביום ההליך. הערה: יש לציין כי ניתן לשלוח תאי HeLa לטיפולים נוספים, כגון טיפול siRNA ו / או טרנספקציה פלסמיד DNA, לפני צביעה מיטוכונדריאלית ו- PLA.</li>
	<li>צביעת מיטוכונדריה<ol><li>יש לשטוף את התאים פעם אחת בתווך ללא סרום שחומם מראש ב-37°C. יש לדגור על התאים עם מדיום שחומם מראש ללא סרום למשך 10 דקות בטמפרטורה של 37°C עם 5% CO2.</li>
		<li>הכינו סמן מיטוכונדריאלי אדום 1 מיקרומטר בתווך שחומם מראש ללא סרום.</li>
		<li>לדגור על התאים עם 500 μL של תמיסת סמן מיטוכונדריאלי במשך 30 דקות ב 37 ° C עם 5% CO2. במהלך הטיפול בסמנים מיטוכונדריאליים ובשלבים הבאים של הפרוטוקול, יש לשמור על התאים על הכיסויים מוגנים מפני אור ככל האפשר.</li>
		<li>לאחר הדגירה, יש לשטוף את התאים 1x בתווך ללא סרום שחומם מראש ו-2x במי מלח חוצצים פוספט (PBS). בצעו שלב זה מהר ככל האפשר, שכן שלבי שטיפה ארוכים לפני הקיבוע עלולים להשפיע על המורפולוגיה של המיטוכונדריה.</li>
		<li>הסר את 1x PBS מהכיסויים, ותקן את התאים על ידי דגירה עליהם ב- 4% PFA טרי מוכן (ב- 1x PBS) למשך 30 דקות בטמפרטורת החדר (בחושך) מתחת למכסה המנוע הכימי. יש לשטוף 3 פעמים למשך 2 דקות ב-500 מיקרוליטר של 1x PBS (באמצעות פיפטים חד פעמיים או מערכת ואקום המחוברת למשאבה).</li>
		<li>הסר את 1x PBS, ודגר על הכיסויים עם 500 μL של 50mM NH4Cl למשך 15 דקות בטמפרטורת החדר (בחושך). יש לשטוף 1x במשך 2 דקות ב-500 μL של PSB אחד באמצעות מערכת ואקום.</li>
		<li>יש לשטוף 3x למשך 2 דקות ב-500 מיקרוליטר של חיץ חוסם 1 (BB1, 1%BSA, 0.1% סאפונין ב-1x PBS) עבור ORP5-ORP8 PLA או חיץ חוסם 2 (BB2, 2% BSA, 0.1% סרום עיזים רגיל, 0.1 סאפונין ב-1x PBS) עבור ORP8-PTPIP51 PLA.</li>
		<li>העבירו את הכיסויים מהצלחת בעלת 24 הבארות לתא לחות. לאחר העברת הכיסויים לתוך התא, להוסיף 100 μL של BB (BB1 או BB2, על פי זוגות נוגדנים בשימוש) כדי למנוע יובש. הערה: תא לחות מוגן מפני אור ניתן להשיג בקלות ובמהירות על ידי עטיפת צלחת פטרי (פלסטיק או זכוכית) ברדיד אלומיניום והוספת כמה חתיכות של מגבת נייר רטוב בשולי צלחת פטרי.</li>
	</ol></li>
	<li>בדיקת קשירת קרבה (PLA) הערה: פרוטוקול PLA עוקב אחר הוראות היצרן עם שינויים קלים.<ol><li>דגירה ראשונית של נוגדנים<ol><li>הכן את פתרון העבודה העיקרי נוגדנים. לדלל ארנב anti-ORP5 (1:150) בתוספת עכבר anti-ORP8 (1:200) ב-BB1, עכבר anti-ORP8 (1:200) בתוספת ארנב anti-PTPIP51 (1:200) ב-BB2, וארנב anti-ORP5 (1:150) בתוספת עכבר anti-PTPIP51 (1:200) ב-BB1. הכינו (לפחות) 40 מיקרוליטר של תמיסת נוגדנים ראשונית לכל כיסוי (למשל, 0.27 מיקרוליטר של ארנב נגד ORP5, 0.2 מיקרוליטר של עכבר נגד ORP8, 39.53 מיקרוליטר של BB1).</li>
			<li>הסר את ה- BB מהשטיפה הקודמת (שלב 1.2.8) באמצעות מערכת ואקום, והוסף 40 μL של תמיסת נוגדנים ראשונית לכיסויים. יש לדגור במשך שעה אחת בטמפרטורת החדר בתא לחות המוגן מפני אור.</li>
		</ol></li>
		<li>יש לכבס את החלקות 3x למשך 5 דקות עם 100 μL של BB המתאים באמצעות מערכת ואקום.</li>
		<li>דגירה של גשושית PLA<ol><li>הכן את פתרון העבודה של בדיקות PLA. לדלל ארנב PLUS (1:5) ועכבר מינוס (1:5) בדיקות PLA ב- BB, ולערבב. עבור כל כיסוי, הכינו (לפחות) 40 μL של תמיסת בדיקה PLA (למשל, 8 μL של בדיקת ארנב PLUS PLA, 8 μL של בדיקת עכבר MINUS PLA, 24 μL של BB). אפשר לתמיסת הבדיקה PLA לשבת במשך 20 דקות בטמפרטורת החדר לפני השימוש.</li>
			<li>הסר את ה- BB מהכיסויים (משלב 1.3.2) באמצעות מערכת ואקום, והוסף 40 μL של תמיסת בדיקת PLA לכיסויים. יש לדגור במשך שעה אחת ב-37°C בתא לחות המוגן מפני האור.</li>
		</ol></li>
		<li>יש לכבס את הכיסויים פעמיים למשך 5 דקות ב-100 מיקרוליטר של חיץ כביסה A אחד בטמפרטורת החדר.</li>
		<li>קשירה<ol><li>מדללים את חיץ הקשירה פי 5 ל-1:5 במים טהורים במיוחד ומערבבים. עבור כל כיסוי, הכינו (לפחות) 40 μL של תמיסת קשירה (8 μL של 5x חיץ קשירה, 31 μL של מים טהורים במיוחד).</li>
			<li>מוסיפים את הליגאז (1 U/μL, מסופק בערכת PLA) למאגר קשירה 1x שהוכן בשלב הקודם בדילול של 1:40, ומערבבים.</li>
			<li>הסירו את חיץ הכביסה A אחד מהכיסויים (משלב 1.3.4) באמצעות מערכת ואקום, הוסיפו 40 מיקרוליטר של תמיסת ליגאז לכיסויים, ודגרו במשך 30 דקות בטמפרטורה של 37°C בתא לחות מוגן מפני האור.</li>
		</ol></li>
		<li>יש לכבס את הכיסויים 2 פעמים למשך 2 דקות ב-100 מיקרוליטר של חיץ כביסה A אחד בטמפרטורת החדר באמצעות מערכת הוואקום.</li>
		<li>פילמור<ol><li>יש לדלל את חיץ ההגברה פי 5 ביחס של 1:5 במים טהורים במיוחד, ולערבב. עבור כל כיסוי, הכינו (לפחות) 40 מיקרוליטר של תמיסת הגברה (8 מיקרוליטר של חיץ הגברה פי 5, 31.5 מיקרוליטר מים טהורים במיוחד).</li>
			<li>מוסיפים את הפולימראז (10 U/μL, מסופק בערכת PLA) למאגר פילמור 1x שהוכן בשלב הקודם בדילול של 1:80, ומערבבים.</li>
			<li>הסר חיץ כביסה A אחד מהכיסויים (משלב 1.3.6) באמצעות מערכת ואקום, הוסף 40 μL של תמיסת פולימראז לכיסויים, ודגר במשך שעה ו-40 דקות ב-37°C בתא לחות מוגן מפני האור.</li>
		</ol></li>
		<li>יש להסיר את תמיסת הפולימראז מהכיסויים ולשטוף פעמיים במשך 10 דקות ב-100 מיקרוליטר של חיץ כביסה B אחד בטמפרטורת החדר בתא לחות המוגן מפני האור.</li>
		<li>יש לכבס את הכיסויים פעם אחת למשך דקה אחת ב-100 מיקרוליטר של חיץ כביסה B של 0.001x בטמפרטורת החדר בתא לחות המוגן מפני האור.</li>
		<li>הרכיבו את הכיסויים על מגלשות זכוכית למיקרוסקופ באמצעות אמצעי הרכבה עם DAPI (ריכוז בין 1.6-0.4 מיקרוגרם/מ"ל). יש לאטום בלק.</li>
	</ol></li>
</ol>2. רכישת תמונות
<ol><li>התבונן בתוצאות ה- PLA, וקבל תמונות באמצעות מיקרוסקופ קונפוקלי פלואורסצנטי עם מטרת טבילת שמן 63x באמצעות התוכנה הנלווית.</li>
	<li>הגדר את העירור הפלואורסצנטי באמצעות דיודת לייזר 405 ננומטר או לייזר אור לבן, ואסוף את החלונות הספקטרליים באמצעות PMT GaAsP או גלאים היברידיים. בכל מישור מוקד (המשתרע על פני 300 ננומטר), רכשו את האותות הפלואורסצנטיים עבור PLA (λex = 488 ננומטר, λem = 505-560 ננומטר) ומיטוכונדריה (λex = 543 ננומטר, λem = 606-670 ננומטר).</li>
</ol>3. עיבוד תמונה והערכה של כתמי PLA הקשורים למיטוכונדריה
<ol><li>עבד את התמונות הקונפוקליות באמצעות תוכנה לניתוח תמונות המייצרת מפות מרחק בין רכיבי התא. עקבו אחר השלבים הבאים כדי ליצור בנייה מחדש תלת-ממדית של כתמי PLA והרשת המיטוכונדריאלית וכדי לגשת למרחק ביניהם באמצעות תוכנת דימות תאי (איור 1).</li>
	<li>התקנת הרחבת מפת המרחק התלת-ממדית<ol><li>התקן הן את חבילת התוכנה לניתוח תאים עם אפשרות XT והן את תוכנת MATLAB או רק זמן ריצה של מהדר MATLAB (MRC), שניתן להוריד באופן חופשי מהאתר.</li>
		<li>הגדירו את תוכנת ניתוח התאים להפעלת MATLAB בעת הפעלת XTension באופן הבא: מתוך האפשרות Imaris (Mac OS X) או בתפריט Edit (Windows), בחרו Preferences, שנו לחלונית Custom Tools ולאחר מכן קבעו את הנתיב: C:\Program Files\MATLAB\R201Xa_x64\bin\win64\MATLAB .exe עבור Windows או/Applications/MATLAB_R201Xa.app/bin/matlab עבור Mac OS X.</li>
	</ol></li>
	<li>ייבוא התמונות לתוכנה<ol><li>המרת תמונות הערימה הקונפוקלית ל- . קובץ IMS, ישירות דרך קטע הזירה או באמצעות ממיר הקבצים העצמאי המאפשר המרת אצווה.</li>
		<li>לאחר הייבוא, ודאו שהתמונות עדיין מכוילות כהלכה. לחצו על Edit > Image Properties > Image Geometry, ובדקו שגודל הווקסל מתאים ב-X וב-Y לגודל הפיקסלים הצפוי לתמונה בפועל (ראו כיול תמונה בתוכנת הרכישה) ושגודל הווקסל ב-Z מתאים לשלב שמופעל על ידי המיקרוסקופ ליצירת ערימת Z. אם הערכים אינם נכונים, שנה אותם כדי להבטיח הערכה נכונה של המרחקים בשלבים הבאים.</li>
		<li>התאם את הניגודיות של הערוצים השונים בתפריט התאמת תצוגה על ידי לחיצה על ערוך > הצג התאמת תצוגה. התאימו כל ערוץ בנפרד כדי למטב את התצוגה של כל צבע. שלב זה אינו משפיע ישירות על ערכי התמונה, אך הוא חיוני לקביעת ערכי סף מדויקים או לזיהוי עצמים חלשים.</li>
		<li>הגבל את הניתוח לתא בודד על-ידי חיתוך התמונה באמצעות האפשרויות Edit > Crop 3D. כדי לנתח תא אחר באותו שדה ראייה, פתח שוב את אותה תמונה וחתוך אותה באופן שונה.</li>
	</ol></li>
	<li>זיהוי נקודתי ORP5-ORP8<ol><li>זהה את אותות ה- PLA שנוצרו במיקום האינטראקציה של ORP5 ו- ORP8 על ידי לחיצה על האפשרות הוסף נקודות חדשות , אשר יוצרת קבוצה חדשה של אובייקטים ופותחת את אשף זיהוי הנקודות.</li>
		<li>בחרו בערוץ שבו יש לבצע את זיהוי הספוט.</li>
		<li>התאם את קוטר XY המשוער (יש להתאים את הטווח אם גודל האובייקט שונה) כדי לסייע לאלגוריתם זיהוי הכתמים למצוא את האובייקטים המעניינים. שים לב שאם הערך שנבחר גבוה מדי, האובייקטים הסמוכים יתמזגו. אם הערך קטן מדי, אות אחד עשוי להיחשב כאובייקטים מרובים, או אותות חריגים עשויים להתגלות.</li>
		<li>לחץ על חיסור רקע כדי להסיר את רקע התמונה לפני זיהוי הספוט כדי לשפר את הניגודיות המקומית סביב האובייקטים המעניינים.</li>
		<li>התאם את סף זיהוי הכתמים על-ידי שמירה על האיכות (העוצמה במרכז האובייקט) כפרמטר הסף והסף האוטומטי של התוכנה, או שנה מעט ערך זה כדי לזהות את כל האובייקטים. לאחר סיום זיהוי הספוט, שמרו את פרמטרי הזיהוי והשתמשו בהם שוב לעיבוד תמונות אחרות.</li>
	</ol></li>
	<li>זיהוי רשת מיטוכונדריאלית<ol><li>זהה את הרשת המיטוכונדריאלית כדי ליצור עיבוד משטח על ידי לחיצה על הוסף משטחים חדשים כדי ליצור אובייקט חדש, ופתח את אשף זיהוי המשטחים.</li>
		<li>בחרו בערוץ שבו יש לבצע את יצירת המשטח.</li>
		<li>החילו מסנן גאוס לקבלת משטח חלק יותר בלחיצה על תיבת הסימון 'החלק ' וקביעת סף המציין את הפרטים הקטנים ביותר שניתן לראות על פני השטח.</li>
		<li>בצע חיסור רקע כדי לשפר את הניגודיות המקומית ולסייע בשלב הסף.</li>
		<li>כוונן את הסף כדי לזהות את הרשת המיטוכונדריאלית בהתבסס על עוצמת האות. אם קשה להגדיר כראוי את הסף, מומלץ לחזור לשלב הקודם כדי להתאים את מידת החלקות וחיסור הרקע.</li>
		<li>במידת הצורך, יש למרוח מסנן על המשטח כדי להסיר שאריות קטנות הנובעות מהסף. לשם כך, בחר את המסנן מספר Voxels בחלון סיווג פני השטח, ושחק עם הסף העליון והתחתון כדי לשמור רק את האובייקטים המעניינים. לאחר סיום יצירת המשטח, שמרו את פרמטרי היצירה והשתמשו בהם שוב לעיבוד תמונות אחרות.</li>
	</ol></li>
	<li>יצירת מפת המרחק התלת-ממדית סביב המיטוכונדריה<ol><li>צור מפת מרחק מחוץ למשטח המיטוכונדריאלי שנוצרה בעבר באופן הבא. בחרו את משטח המיטוכונדריה בתיבת עץ הסצנה. לחץ על עיבוד תמונה > משטחים פונקציה > שינוי מרחק. פעולה זו תקרא Matlab XTension המבקשת מהמשתמש לבחור אם המפה צריכה להיות מחושבת מחוץ או בתוך משטח האובייקט.</li>
		<li>בחרו 'עצם חיצוני על פני השטח ' כדי למדוד את המרחק בין כתמי PLA לפני השטח של המיטוכונדריה. לאחר יצירתה, מפת המרחק מוצגת כערוץ חדש בחלונית התאמת התצוגה. בערוץ זה, לכל פיקסל יש ערך המתאים למרחק למיטוכונדריה הקרובה ביותר.</li>
	</ol></li>
	<li>מיצוי מרחקי העצמים מהמיטוכונדריה הקרובה ביותר<ol><li>כדי למדוד את המרחק מכל נקודה למיטוכונדריה הקרובה ביותר וכדי לזהות ולהציג באופן חזותי את הנקודות הקרובות ביותר, בחרו את הנקודות שנוצרו בעבר בתיבת עץ הסצנה.</li>
		<li>ביומן הסטטיסטיקה והמפורט, בחר ערכים ספציפיים (כדי לקבל מדידה אחת לכל נקודה). בחר Center Intensity Ch=X (כאשר X מתאים למספר ערוץ מפת המרחק). פעולה זו תמדוד את הערך של כל מרכז נקודתי, המתאים למרחקו למיטוכונדריה הקרובה ביותר, במפת המרחק.</li>
		<li>יצא את הנתונים כקובץ .csv על ידי לחיצה על סמל התקליטון בפינה השמאלית התחתונה של החלון.</li>
		<li>כדי לחלץ תת-אוכלוסייה של כתמים בהתבסס על מרחקיהם למיטוכונדריה, בחרו את הכתמים בעץ הסצנה ולחצו על הכרטיסייה מסננים .</li>
		<li>בחלון זה, הוסף מסנן חדש המבוסס שוב על עוצמת המרכז Ch=X, וחלץ את הכתמים במרחק של פחות מ- 380 ננומטר מהמיטוכונדריה על-ידי הגדרת הסף התחתון ל- 0 מיקרומטר והסף העליון ל- 0.380 מיקרומטר. הערה: הסף של 380 ננומטר הוערך בהתבסס על תגובת PLA כולל הקשר בין הנוגדנים הראשוניים והמשניים (30 ננומטר) בתוספת מחצית הרוחב המלא בחצי מקסימום (FWHM) של אותות ההגברה של PLA (350 ננומטר).</li>
		<li>כדי להתמקד בנקודות הנקודות שנבחרו, ולדוגמה, להעניק להן צבע ייחודי, בצעו שלב שכפול בלחיצה על הלחצן 'שכפל בחירה לנקודות חדשות' .</li>
	</ol></li>
</ol>

<ol><li>Scorrano, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Coming+together+to+define+membrane+contact+sites%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Communications%22%5BJournal%5D)">Coming together to define membrane contact sites.</a> Nature Communications. 10, 1287(2019).</li>
<li>Vance, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MAM+%28mitochondria-associated+membranes%29+in+mammalian+cells%3A+Lipids+and+beyond%5BTitle%5D)+AND+%22Biochimica+et+Biophysica+Acta+-+Molecular+and+Cell+Biology+of+Lipids%22%5BJournal%5D)">MAM (mitochondria-associated membranes) in mammalian cells: Lipids and beyond.</a> Biochimica et Biophysica Acta - Molecular and Cell Biology of Lipids. 1841 (4), 595-609 (2014).</li>
<li>Giordano, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Non-vesicular+lipid+trafficking+at+the+endoplasmic+reticulum-mitochondria+interface%5BTitle%5D)+AND+%22Biochemical+Society+Transactions%22%5BJournal%5D)">Non-vesicular lipid trafficking at the endoplasmic reticulum-mitochondria interface.</a> Biochemical Society Transactions. 46 (2), 437-452 (2018).</li>
<li>Söderberg, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Direct+observation+of+individual+endogenous+protein+complexes+in+situ+by+proximity+ligation%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">Direct observation of individual endogenous protein complexes in situ by proximity ligation.</a> Nature Methods. 3 (12), 995-1000 (2006).</li>
<li>Gomez-Suaga, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+ER-mitochondria+tethering+complex+VAPB-PTPIP51+regulates+autophagy%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Biology%22%5BJournal%5D)">The ER-mitochondria tethering complex VAPB-PTPIP51 regulates autophagy.</a> Current Biology. 27 (3), 371-385 (2017).</li>
<li>Han, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+role+of+Mfn2+in+the+structure+and+function+of+endoplasmic+reticulum-mitochondrial+tethering+in+vivo%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Cell+Science%22%5BJournal%5D)">The role of Mfn2 in the structure and function of endoplasmic reticulum-mitochondrial tethering in vivo.</a> Journal of Cell Science. 134 (13), jcs253443(2021).</li>
<li>Stoica, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ALS%2FFTD-associated+FUS+activates+GSK-3%CE%B2+to+disrupt+the+VAPB-PTPIP51+interaction+and+ER-mitochondria+associations%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+reports%22%5BJournal%5D)">ALS/FTD-associated FUS activates GSK-3β to disrupt the VAPB-PTPIP51 interaction and ER-mitochondria associations.</a> EMBO reports. 17 (9), 1326-1342 (2016).</li>
<li>Tubbs, E., Rieusset, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Study+of+endoplasmic+reticulum+and+mitochondria+interactions+by+in+situ+proximity+ligation+assay+in+fixed+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%22%5BJournal%5D)">Study of endoplasmic reticulum and mitochondria interactions by in situ proximity ligation assay in fixed cells.</a> Journal of Visualized Experiments. (118), e54899(2016).</li>
<li>Cuello, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Impairment+of+the+ER%2Fmitochondria+compartment+in+human+cardiomyocytes+with+PLN+p.Arg14del+mutation%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+Molecular+Medicine%22%5BJournal%5D)">Impairment of the ER/mitochondria compartment in human cardiomyocytes with PLN p.Arg14del mutation.</a> EMBO Molecular Medicine. 13 (6), e13074(2021).</li>
<li>Paillusson, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((%CE%B1-Synuclein+binds+to+the+ER-mitochondria+tethering+protein+VAPB+to+disrupt+Ca2%2B+homeostasis+and+mitochondrial+ATP+production%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Neuropathologica%22%5BJournal%5D)">α-Synuclein binds to the ER-mitochondria tethering protein VAPB to disrupt Ca2+ homeostasis and mitochondrial ATP production.</a> Acta Neuropathologica. 134 (1), 129-149 (2017).</li>
<li>Tubbs, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mitochondria-associated+endoplasmic+reticulum+membrane+%28MAM%29+integrity+is+required+for+insulin+signaling+and+is+implicated+in+hepatic+insulin+resistance%5BTitle%5D)+AND+%22Diabetes%22%5BJournal%5D)">Mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane (MAM) integrity is required for insulin signaling and is implicated in hepatic insulin resistance.</a> Diabetes. 63 (10), 3279-3294 (2014).</li>
<li>Chung, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PI4P%2Fphosphatidylserine+countertransport+at+ORP5-+and+ORP8-mediated+ER-plasma+membrane+contacts%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">PI4P/phosphatidylserine countertransport at ORP5- and ORP8-mediated ER-plasma membrane contacts.</a> Science. 349 (6246), 428-432 (2015).</li>
<li>Galmes, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ORP5%2FORP8+localize+to+endoplasmic+reticulum-mitochondria+contacts+and+are+involved+in+mitochondrial+function%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+Reports%22%5BJournal%5D)">ORP5/ORP8 localize to endoplasmic reticulum-mitochondria contacts and are involved in mitochondrial function.</a> EMBO Reports. 17 (6), 800-810 (2016).</li>
<li>Ghai, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ORP5+and+ORP8+bind+phosphatidylinositol-4%2C+5-biphosphate+%28PtdIns%284%2C5%29P+2%29+and+regulate+its+level+at+the+plasma+membrane%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Communications%22%5BJournal%5D)">ORP5 and ORP8 bind phosphatidylinositol-4, 5-biphosphate (PtdIns(4,5)P 2) and regulate its level at the plasma membrane.</a> Nature Communications. 8, 757(2017).</li>
<li>Monteiro-Cardoso, V. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ORP5%2F8+and+MIB%2FMICOS+link+ER-mitochondria+and+intra-mitochondrial+contacts+for+non-vesicular+transport+of+phosphatidylserine%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Reports%22%5BJournal%5D)">ORP5/8 and MIB/MICOS link ER-mitochondria and intra-mitochondrial contacts for non-vesicular transport of phosphatidylserine.</a> Cell Reports. 40 (12), 111364(2022).</li>
<li>Du, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ORP5+localizes+to+ER-lipid+droplet+contacts+and+regulates+the+level+of+PI%284%29P+on+lipid+droplets%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Cell+Biology%22%5BJournal%5D)">ORP5 localizes to ER-lipid droplet contacts and regulates the level of PI(4)P on lipid droplets.</a> Journal of Cell Biology. 219 (1), e201905162(2020).</li>
<li>Guyard, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ORP5+and+ORP8+orchestrate+lipid+droplet+biogenesis+and+maintenance+at+ER-mitochondria+contact+sites%5BTitle%5D)+AND+%22The+Journal+of+Cell+Biology%22%5BJournal%5D)">ORP5 and ORP8 orchestrate lipid droplet biogenesis and maintenance at ER-mitochondria contact sites.</a> The Journal of Cell Biology. 221 (9), e202112107(2022).</li>
<li>Ran, F. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome+engineering+using+the+CRISPR-Cas9+system%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Protocols%22%5BJournal%5D)">Genome engineering using the CRISPR-Cas9 system.</a> Nature Protocols. 8 (11), 2281-2308 (2013).</li>
</ol>

למחברים אין מה לחשוף.

פרוטוקול זה נועד לזהות ולכמת אינטראקציות PLA בין אברונים של חלבונים בMCSs, במיוחד ב- MERCSs. החידוש של הפרוטוקול הוא שהוא משלב PLA עם תיוג של אברונים מרובים, מיקרוסקופ קונפוקלי וניתוח תמונה תלת-ממדית כדי למקם ולכמת אינטראקציות PLA בין שני חלבונים השוכנים באותו ממברנה, במקרה זה בתוך קרום המיון בסמיכות לקרום המיטוכונדריה (MAM) או עם MAM ו-LDs בו זמנית. פרוטוקול זה יכול לשמש ככלי לאימות חלבונים שעשויים להתמקם ב- MERCSs ספציפיים, אך גם ב- MCS אחרים.
מאז פיתוחו בשנת 2006, PLA בין ER לחלבון מיטוכונד...

תקשורת בין אברונים היא מאפיין מגדיר של תאים אאוקריוטים. אחת הדרכים שבהן אברונים מתקשרים היא על ידי יצירת אתרי מגע עם ממברנות (MCS), שהם ניגודי קרום קרובים בין שני אברונים הנשמרים על ידי חלבונים מבניים ופונקציונליים, כגון קשירה, חלבוני העברת שומנים ותעלות סידן1. MCS יכולים להיווצר בין אברונים דומים או שונים, והם מתווכים את חילופי המרכיבים התאיים, אשר חשוב לשמירה על הומאוסטזיס תאי. עד כה זוהו מספר MCS, כולל רטיקולום אנדופלסמי (ER)-מיטוכונדריה, קרום פלזמה ER (PM) ומגעי טיפות ליפידים ER (LD)1. ביניהם, אלה שנוצרו בין ER לבין המיטוכונדריה (MERCSs) הם בין הנחקרים ביותר כפי שהם מעורבים ברגולציה של כמה פונקציות התאים, כולל שומנים וסידן הומאוסטזיס2. מכיוון שהמיטוכונדריה אינם נכללים במידה רבה במסלולי ההובלה השלפוחיתיים הקלאסיים, הם מסתמכים על MERCS ועל המרכיבים המולקולריים שלהם כדי לייבא שומנים מרכזיים או מבשרי שומנים מהמיון. ההובלה הלא-שלפוחית של שומנים אלה על פני MERCSs מבטיחה שמירה על הרכב שומנים מיטוכונדריאלי תקין, כמו גם שלמותם התפקודית והמבנית3.
בהתחשב במעורבות המכרעת של MCS בתפקודים תאיים שונים, העניין במתן הבנה עמוקה יותר של המרכיבים המולקולריים שלהם גדל מאוד בשנים האחרונות. מספר סוגים של גישות מבוססות הדמיה שימשו לקידום הידע על MCSs. ביניהם, בדיקת קשירת קרבה מבוססת פלואורסצנטיות (PLA) נמצאת בשימוש נרחב כאינדיקטור לשפע של MCS על ידי זיהוי אינטראקציות חלבון-חלבון בין אברונים (בטווח זיהוי של 40 ננומטר) ברמות אנדוגניות4. לדוגמה, MERCSs הודגמו וכומתו באמצעות PLA בין מספר זוגות חלבוני מיטוכונדריה-ER, כולל VDAC1-IP3R, GRP75-IP3R, CypD-IP3 ו- PTPIP51-VAPB 5,6,7,8. למרות שטכנולוגיה זו שימשה לזיהוי וכימות אינטראקציות חלבון-חלבון בין אברונים הנמצאים ב- MCS 5,7,9,10,11, רוב המחקרים לא שילבו PLA עם צביעת אברונים. כתוצאה מכך, שיטה כמותית המאפשרת למדוד את הקרבה בין אינטראקציות PLA לבין אברונים קשורים עדיין לא פותחה. עד כה, במקרה של חלבוני ER, האינטראקציה שלהם בתוך תת-תחומים של ממברנות במגע עם אברונים אחרים לא הובדלה מהאינטראקציה שלהם בתוך רשת המיון המפוזרת.
במאמר זה אנו מתארים פרוטוקול לזיהוי אינטראקציות PLA בין חלבונים השוכנים בקרום של אותו אברון ולניתוח קרבתם לממברנה של אברון השותף ב-MCS. פרוטוקול זה פותח בהתבסס על שתי הנחות: 1) מחקרים קודמים שהראו כי בתנאי ביטוי יתר, חלבוני העברת השומנים ER ORP5 ו- ORP8 מבצעים לוקליזציה משותפת ומקיימים אינטראקציה ב- ER-מיטוכונדריה וב- ER-PM MCSs 12,13,14,15 וכי ORP5 מתמקם במגעי ER-LD 16,17; 2) טכנולוגיות קיימות, כולל PLA, מיקרוסקופ קונפוקלי, תיוג אברונים וניתוח הדמיה תלת-ממדית.

<table><tbody><tr><td>1X תמיסת מלח פוספט חוצץ של Dulbecco (1X DPBS)</td><td>Gibco</td><td>14190-094</td><td></td></tr><tr><td>אמוניום כלוריד (NH4Cl)</td><td>VWR</td><td>21236.291</td><td></td></tr><tr><td>אלבומין סרום בקר (BSA)</td><td>Sigma</td><td>A7906</td><td></td></tr><tr><td>כיסויי זכוכית עגולים 13 מ"מ מס' 1.5</td><td>Agar Scientific</td><td>L46R13-15</td><td></td></tr><tr><td>CMXRos אדום MitoTracker</td><td>Invitrogen</td><td>M7512</td><td>סמן מיטוכונדריאלי אדום</td></tr><tr><td>מיקרוסקופ הפוך קונפוקלי SP8-X</td><td>Leica</td><td>DMI 6000</td><td></td></tr><tr><td>Corning Costar TC-מטופל צלחות 24 בארות</td><td>Merck</td><td>CLS3526</td><td></td></tr><tr><td>Duolink ריאגנטים לזיהוי באתרם ירוק&nbsp;</td><td>מדיום</td><td></td> הרכבה Sigma DUO92002 <td></td></tr><tr><td>Duolink באתרו עם DAPI&nbsp;</td><td>Sigma</td><td>DUO82040</td><td></td></tr><tr><td>Duolink באתרו PLA בדיקה נגד עכבר MINUS&nbsp;</td><td>סיגמא</td><td>DUO92004</td><td></td></tr><tr><td>Duolink באתרו PLA בדיקה נגד ארנב PLUS</td><td>Sigma</td><td>DUO92014</td><td></td></tr><tr><td>Duolink מאגרי כביסה באתר, פלואורסצנטי&nbsp;</td><td>Sigma</td><td>DUO82049</td><td></td></tr><tr><td>Gibco Opti-MEM I סרום מופחת בינוני, תוסף GlutaMAX&nbsp;</td><td>Gibco</td><td>51985026</td><td>סרום חינם בינוני</td></tr><tr><td>תוכנת Imaris v 9.3</td><td>Bitplane</td><td>N/A</td><td>תוכנת הדמיית תאים</td></tr><tr><td>אינקובטור UINCU-line IL10</td><td>VWR</td><td>390-0384</td><td></td></tr><tr><td>מיקרוסקופ שקופית StarFrost (3 אינץ' x 1 אינץ')&nbsp;</td><td>עכבר זכוכית</td><td></td><td></td>Knittel</tr><tr><td>anti-ORP8&nbsp;</td><td>סנטה קרוז</td><td>134409</td><td></td></tr><tr><td>פרפורמלדהיד (PFA)</td><td>סיגמא</td><td>P6148</td><td></td></tr><tr><td>ארנב נגד ORP5&nbsp;</td><td>Sigma</td><td>HAP038712</td><td></td></tr><tr><td>Saponin</td><td>Sigma</td><td>84510</td><td></td></tr><tr><td>מים מזוקקים טהורים במיוחד, Invitrogen ללא DNase/RNase</td><td></td><td>10977-035</td><td></td></tr></tbody></table>

ויזואליזציה וכימות של אינטראקציות חלבון תוך-אברוני אנדוגניות באתרי קשר של er-מיטוכונדריה על ידי מבחני קשירת קרבה

Visualization and Quantification of Endogenous Intra-Organelle Protein Interactions at ER-Mitochondria Contact Sites by Proximity Ligation Assays

אתרי מגע עם ממברנות (MCSs) הם אזורים של קרבה קרובה לממברנה המאפשרים ומווסתים את החילוף הדינמי של ביומולקולות מגוונות (כלומר, סידן ושומנים) בין האברונים הסמוכים זה לזה מבלי לערב איחוי ממברנה. MCSs חיוניים להומאוסטזיס תאי, ותפקודם מובטח על ידי המרכיבים המקומיים, אשר קיימים לעתים קרובות כקומפלקסים חלבונים מולטימריים. MCS מערבת לעתים קרובות את הרשתית האנדופלסמית (ER), אתר עיקרי של סינתזת שומנים ואחסון סידן תאי, והם חשובים במיוחד עבור אברונים, כגון המיטוכונדריה, אשר אינם נכללים במסלולי ההובלה השלפוחית הקלאסיים. בשנים האחרונות, MCS בין חדר המיון למיטוכונדריה נחקרו בהרחבה, שכן תפקודיהם משפיעים מאוד על חילוף החומרים בתאים/ביו-אנרגטיקה. מספר חלבונים החלו להיות מזוהים באתרי מגע אלה, כולל קשירת ממברנה, תעלות סידן וחלבונים להעברת שומנים, מה שמעלה את הצורך במתודולוגיות חדשות ובגישות טכניות לחקר רכיבי MCS אלה. במאמר זה אנו מתארים פרוטוקול המורכב מגישות טכניות משולבות, הכוללות בדיקת קשירת קרבה (PLA), צביעת מיטוכונדריה וסגמנטציה של הדמיה תלת-ממדית, המאפשרת זיהוי חלבונים הקרובים פיזית (>40 ננומטר) זה לזה ושוכנים על אותו קרום ב-MCS של ER-מיטוכונדריה. לדוגמה, השתמשנו בשני חלבוני העברת שומנים מעוגני ER, ORP5 ו-ORP8, שהוכחו בעבר כמתקשרים ומתמקמים ב-MCS של קרום המיטוכונדריה והפלזמה של ER. על ידי שיוך ORP5-ORP8 PLA עם ניתוח תוכנה להדמיית תאים, ניתן היה להעריך את המרחק של קומפלקס ORP5-ORP8 מפני השטח המיטוכונדריאליים ולקבוע כי כ-50% מהאינטראקציה של ORP5-ORP8 PLA מתרחשת בתת-תחומים של ER בסמיכות למיטוכונדריה.

באמצעות הפרוטוקול שתואר לעיל, זיהינו את אתרי האינטראקציה של שני חלבוני העברת שומנים מעוגני ER, ORP5 ו- ORP8, והערכנו את התרחשותם בתת-תחומים של קרום ER במגע עם אברונים אחרים, בפרט, עם המיטוכונדריה. לשם כך, הרשת המיטוכונדריאלית בתאי HeLa הוכתמה בסמן מיטוכונדריאלי אדום, וכתמים ירוקים ORP5-ORP8 PLA זוהו לאחר קיבוע באמצעות נוגדנים ראשוניים anti-ORP5 ו- anti-ORP8, שהספציפיות שלהם נבדקה בעבר על ידי immunofluorescence15. תמונות קונפוקליות הראו כי אינטראקציות אנדוגניות של ORP5-ORP8 PLA בתאי HeLa התרחשו בחד...

הצורך בגישות חדשות לחקר אתרי מגע עם ממברנות (MCS) גדל עקב העניין הגובר בחקר מבנים תאיים אלה ומרכיביהם. כאן, אנו מציגים פרוטוקול המשלב טכנולוגיות מיקרוסקופיה שהיו זמינות בעבר כדי לזהות ולכמת קומפלקסים של חלבונים תוך-אברונים ובין אברונים השוכנים ב-MCS.

ויזואליזציה וכימות של אינטראקציות חלבון תוך-אברוני אנדוגניות באתרי קשר של ER-מיטוכונדריה על ידי מבחני קשירת קרבה

Membrane contact sites (MCSs) are areas of close membrane proximity that allow and regulate the dynamic exchange of diverse biomolecules (i.e., calcium ...

פרוטוקול PLA שלנו מאפשר לזהות ולכמת אינטראקציה אנדוגנית בין חלבונים באתרי מגע עם ממברנה. השתמשנו בו כדי לחקור את האינטראקציה בין שני חלבוני רשתית אנדופלסמית באתרי מגע מיטוכונדריאליים ברשתית אנדופלסמית. טכניקה זו משלבת PLA עם צביעת אברונים וניתוח מרחקי אברונים.הוא מאפשר למקם ולכמת באינטראקציה בין חלבונים באתרי מגע בין אברונים. לאחר ביצוע בדיקת קשירת קרבה, או PLA, ורכישת תמונה, הגדר את תוכנת ניתוח התאים להפעיל את MATLAB ולהפעיל הרחבה על ידי לחיצה על האפשרות Imaris במערכת ההפעלה Mac או תפריט עריכה ב- Windows. בחרו בהעדפות, שנו לחלונית 'כלים מותאמים אישית' וקבעו את הנתיב.כדי לייבא את התמונות לתוכנה, המירו את תמונות המחסנית הקונפוקלית לקובץ IMS, ישירות דרך אזור הזירה או באמצעות ממיר הקבצים העצמאי המאפשר המרת אצווה. לאחר הייבוא, לחץ על עריכה, עבור אל מאפייני תמונה ובחר גיאומטריה של התמונה כדי לבדוק את כיול התמונה. בדקו שגודל הווקסל תואם לגודל הפיקסלים הצפוי לתמונה בפועל ב-X וב-Y, ואת השלב שמיישם המיקרוסקופ ליצירת ערימת Z ב-Z.To התאמת הניגודיות של הערוצים השונים לחצו על 'עריכה' בתפריט, עברו לכוונון התצוגה ובחרו 'הצג התאמת תצוגה'.התאימו כל ערוץ בנפרד כדי למטב את התצוגה של כל צבע. שלב זה חיוני כדי להגדיר ספים מדויקים או לזהות אובייקטים חלשים. לאחר מכן, לחץ על ערוך ובחר חתוך תלת-ממד כדי להגביל את הניתוח לתא בודד על-ידי חיתוך התמונה.כדי לנתח תא אחר באותו שדה ראייה, פתח שוב את אותה תמונה וחתוך אותה באופן שונה. זהה את אותות ה- PLA הנוצרים במיקום האינטראקציה של ORP5 ו- ORP8 על ידי לחיצה על האפשרות הוסף נקודות חדשות, אשר יוצרת קבוצה חדשה של אובייקטים ופותחת את אשף זיהוי הנקודות. בחרו בערוץ שבו יש לבצע את זיהוי הספוט.התאם את קוטר XY המשוער כדי לסייע לאלגוריתם זיהוי הכתמים למצוא את האובייקטים המעניינים. אם הערך שנבחר גבוה מדי, האובייקטים הסמוכים יתמזגו, ואם הערך קטן מדי, אותות חריגים עשויים להתגלות. כעת, לחץ על חיסור רקע כדי להסיר את רקע התמונה לפני זיהוי הספוט כדי לשפר את הניגודיות המקומית סביב האובייקטים המעניינים.התאם את סף זיהוי הכתמים על-ידי שמירה על האיכות כפרמטר הסף בסף האוטומטי של התוכנה, או שנה מעט ערך זה כדי לזהות את כל האובייקטים. לאחר סיום זיהוי הספוט, שמרו את פרמטרי הזיהוי והשתמשו בהם שוב לעיבוד תמונות אחרות. לאחר מכן, זהה את הרשת המיטוכונדריאלית כדי ליצור עיבוד משטח על ידי לחיצה על הוסף משטחים חדשים כדי ליצור אובייקט חדש ופתח את אשף זיהוי המשטחים.בחרו בערוץ שבו יש לבצע את יצירת המשטח. החילו את מסנן גאוס לקבלת משטח חלק יותר בלחיצה על תיבת הסימון 'חלק' וקבעו סף המציין את הפרטים הקטנים שניתן לראות על פני השטח. לאחר מכן, בצע חיסור רקע כדי לשפר את הניגודים המקומיים ולהתאים את הסף כדי לזהות את הרשת המיטוכונדריאלית בהתבסס על עוצמת האות.החילו מסנן על המשטח כדי להסיר שאריות קטנות מהסף על-ידי בחירת מספר מסנן הווקסלים בחלון המשטח המסווג, ושחקו עם הסף העליון והתחתון כדי לשמור רק על מושאי העניין. לאחר סיום יצירת המשטח, שמרו את פרמטרי היצירה והשתמשו בהם שוב לעיבוד תמונות אחרות. ליצירת מפת מרחק מחוץ למשטח המיטוכונדריה שנוצר, בחרו במשטח המיטוכונדריה בתיבת עץ הסצנה.לחצו על עיבוד תמונה ובחרו פונקציה 'משטחים', ולאחר מכן על שינוי המרחק. תוסף MATLAB המבקש מהמשתמש לבחור אם המפה צריכה להיות מחושבת מחוץ או בתוך משטח האובייקט יופיע. בחר עצם משטח חיצוני כדי למדוד את המרחק בין כתמי PLA לבין פני השטח של המיטוכונדריה.לאחר יצירת המפה, היא מופיעה כערוץ חדש בחלונית התאמת התצוגה. בערוץ זה, לכל פיקסל יש ערך המתאים למרחק למיטוכונדריה הקרובה ביותר. בחרו את הנקודות שנוצרו בעבר בתיבת עץ הסצנה כדי למדוד את המרחק מכל נקודה למיטוכונדריה הקרובה ביותר, וזהו והמחישו את הנקודות הקרובות ביותר.כעת, בחרו ערכים ספציפיים ועוצמת מרכז של הערוץ המתאימים למפת המרחק בסטטיסטיקה וביומן מפורט כדי למדוד את הערך של כל מרכז נקודתי, המתאים למרחק שלו למיטוכונדריה הקרובה ביותר במפת המרחק. ייצא את הנתונים כקובץ CSV על ידי לחיצה על סמל התקליטון בפינה השמאלית התחתונה של החלון. כדי לחלץ תת-אוכלוסייה של כתמים בהתבסס על מרחקיהם למיטוכונדריה, בחרו את הכתמים בעץ הסצנה ולחצו על לשונית המסננים.הוסף מסנן חדש המבוסס על עוצמת המרכז של הערוץ המתאים למפת המרחק בחלון זה, וחלץ את הכתמים במרחק של פחות מ- 380 ננומטר מהמיטוכונדריה על ידי הגדרת הסף התחתון לאפס מיקרומטר והסף העליון ל- 0.380 מיקרומטר. בצעו שלב שכפול בלחיצה על הלחצן 'שכפל בחירה לנקודות חדשות' כדי להתמקד בנקודות שנבחרו. תמונות קונפוקליות של ORP5-ORP8 PLA אנדוגני הראו אינטראקציות בתאי HeLa בתת-הדומיינים הרשתית, ER קליפת המוח ו-ER במגע הדוק עם מיטוכונדריה, המכונים בדרך כלל ממברנות ER הקשורות למיטוכונדריה.ניתוח הדמיה תלת-ממדית גילה כי כ-50% מהאינטראקציות האנדוגניות ORP5-ORP8 PLA זוהו בקרומי מיון הקשורים למיטוכונדריה. אחוז אינטראקציות ORP5-ORP8 PLA שהתרחשו בקרומי מיון הקשורים למיטוכונדריה בתאים עם ביטוי יתר ORP5 ו-ORP8 היה דומה לזה שנצפה בתאים שבהם חלבונים אלה באו לידי ביטוי ברמות אנדוגניות. הפחתת הרגולציה של ORP5 ו-ORP8 גרמה לירידה מסיבית במספר הכולל של אותות PLA, בעוד שביטוי היתר שלהם הגדיל את ה-PLA.אותות PLA זוהו בזוגות ORP5-PTPIP51 ו- ORP8-PTPIP51, והמספרים הממוצעים שלהם היו דומים לזוג ORP5-ORP8 PLA, ואישרו לוקליזציה של ORP5 ו- ORP8 באתרי מגע עם קרום ER-מיטוכונדריה. יתר על כן, האינטראקציה של ORP5-ORP8 PLA במגעים של קרום פלזמה ER באתר מגע משולש בין מיטוכונדריה, חדר מיון וטיפות שומנים מזוהים באמצעות תאי HeLa נגועים PHPLCD-RFP או mCherry-PLN1. כמו בכל שיטת ניתוח תמונה, איכות התמונה היא נקודת מפתח, ולכן אופטימיזציה של האות הוא מכריע עבור זיהוי אוטומטי של האובייקטים.טכניקה זו יכולה לשמש גם כדי לחקור את הקשרים בין שני אברונים תאיים או מרובים, כפי שעשינו במחקר האחרון שלנו על תפקוד ORP5 ו- ORP8 בשלושה צדדים ER, מיטוכונדריה וטיפות שומנים אתרי מגע. טכניקה זו יכולה להיות מועילה במחקרים אחרים בתחום התקשורת התוך-תאית כדי לזהות קשרים בין-אברונים רב-משתתפים חדשים.

visualization-quantification-endogenous-intra-organelle-protein

Research

JoVE Journal

Biology

ביולוגיה

סרטון זה מתאר את בדיקת קשירת הקרבה כדי לחקור אינטראקציות חלבון-חלבון באתרן בתאי נמטודה. הקרבה של החלבונים המעניינים יוצרת את תבנית הדנ"א המעגלית בעזרת גשושית PLA המחוברת לנוגדן משני. הגשושית מוגברת עוד יותר באמצעות תמיסת ההגברה, המייצרת DNA חד גדילי ארוך ואחריו הכלאה של הגשושית הגלאי, המאפשרת לוקליזציה של אינטראקציות חלבון-חלבון בתאים.

בדיקת קשירת קרבה ללימוד אינטראקציות חלבון-חלבון באתרו

כאן, אנו מתארים הליך לחזות ולכמת עם רגישות גבוהה האינטראקציות אנדוגני בין הרטיקולום ואת המיטוכונדריה endoplasmic בתאים קבוע. הפרוטוקול כולל אופטימיזציה assay קשירת הקרבה באתרו מיקוד אינוסיטול 1,4,5-אדנוזין קולטן / גלוקוז מוסדר חלבון 75 / ערוץ אניון תלוי מתח / cyclophilin D מורכבים על ממשק הקרום קשור המיטוכונדריה.

לחקר endoplasmic reticulum ואת המיטוכונדריה אינטראקציות על ידי<em&gt; באתרו</em&gt; Assay קשירת הסמיכות בתאים קבועים

אינטראקציות חלבון-חלבון יכולות להתרחש הן בגרעין והן בציטופלזמה של התא. כדי לחקור אינטראקציות אלה, מיושמים קו-אימונו-משקעים מסורתיים ובדיקת קשירת קרבה מודרנית. במחקר זה, אנו משווים את שתי השיטות הללו כדי לדמיין את התפלגות האינטראקציות של NF90-RBM3 בגרעין ובציטופלזמה.

ויזואליזציה של אינטראקציה בין חלבונים ב גרעיני cytoplasmic שברים על ידי Co-immunoprecipitation ו<em&gt; באתרו</em&gt; Assay קשירת הסמיכות

הנה, הוא הוכיח כיצד באתרו Proximity Ligation Assay (PLA) ניתן להשתמש כדי לזהות ולחזות אינטראקציות חלבונים ישיר חלבון בין כספומט p53 בתרביות תאים ההשעיה חשופים ללחץ genotoxic.

איתור ויזואליזציה של DNA הנזק- Induced חלבון קומפלקסים ההשעיה תא תרבויות באמצעות Assay קשירת הקרבה

כאן, אנו מראים כיצד להשתמש Assay מצדו קרבה (PLA) כדי להמחיש את MST1/MST2 heterodimerization בתאים קבוע עם רגישות גבוהה.

זיהוי של Heterodimerization של חלבון איזופורמים שימוש בחיי עיר הקרבה מצדו Assay

אנו מציגים פרוטוקול כדי ללמוד את התפלגות המיטוסקופיה ורשתית העין בתאים שלמים לאחר שינוי גנטי באמצעות מיקרוסקופ האור והנפח האלקטרונים כולל ascorbate peroxidase 2 ו לחזרת peroxidase צביעת, שינוי סדרתי של תאים עם ובלי גן היעד באותו מקטע, והדמיה טורית דרך אלקטרון מיקרוסקופ.

הדמיה של מיקרוסקופיה ואנדופלזמית באמצעות מיקרוסקופ אלקטרונים באור ונפח

Cognate J-דומיין חלבונים לשתף פעולה עם המלווה Hsp70 לסייע במגוון של תהליכים ביולוגיים החל קיפול חלבון להשפלה. כאן, אנו מתארים את הקירבה באתרו בתוך הסמיכות, אשר מאפשר את הניטור של המלווה האלה בmachineries בלתי מלווה בחיידקים, שמרים ובתאי אדם.

במעקב באתרו של הרכבות מולקולרית הוקמה באמצעות מכלולים בחיידקים, שמרים, ותאים אנושיים

פרוטוקול פרוטאומיקה של ליזוזום עצבי המתייג קרבה מתואר כאן כדי לאפיין את המיקרו-סביבה הליזוזומלית הדינמית בתאי גזע פלוריפוטנטיים המושרים על ידי בני אדם. חלבוני קרום ליזוזומליים וחלבונים המקיימים אינטראקציה עם ליזוזומים (ביציבות או בחולף) ניתנים לכימות מדויק בשיטה זו עם רזולוציה מרחבית תוך תאית מצוינת בנוירונים אנושיים חיים.

אפיון של אינטראקטום ליזוזום עצבי עם פרוטאומיקה לתיוג קרבה

הקמנו בדיקת הרכבה מחדש של לוציפראז מפוצל כדי לפקח על המגעים האנדופלסמיים בין הרשתית למיטוכונדריה בתאים חיים. באמצעות בדיקה זו, אנו מתארים פרוטוקול למדידה כמותית של רמת הצימודים הבין-אברונים הללו בתאי HEK293T, בתנאי של טיפול כימי.

בדיקת הרכבה מחדש של Split-Luciferase למדידת מגעים אנדופלסמיים בין הרשתית למיטוכונדריה בתאים חיים

פרוטוקול זה מתאר כיצד חלבונים תמונה אינטראקציות באמצעות assay סריג מבוססי הקרבה.

הדמיה חלבונים אינטראקציות In vivo</em

חקור אינטראקציות חלבון אנדוגניות באתרי קשר של ER-מיטוכונדריה באמצעות מבחן קשירת קרבה (PLA). שיטה זו מאפשרת ויזואליזציה וכימות מדויק של אינטראקציות ORP5-ORP8 בקשרים בין אברונים.

ויזואליזציה וכימות של אינטראקציות חלבון תוך-אברוני אנדוגניות באתרי קשר של ER-מיטוכונדריה על ידי מבחני קשירת קרבה

גלה סרטונים נוספים