מדוע בדיקת השערת האפס חשובה לאישור מטרות המבוסס על NGS?

בדיקת השערת האפס בזרימות עבודה של NGS מבטיחה שהשינויים הגנומיים שזוהו הם בעלי מובהקות סטטיסטית ואינם נובעים מרעש רקע, ובכך תומכת באישוש בטוח של המטרה ב-NS-NSCLC. הקפדה סטטיסטית זו מהווה בסיס לזיהוי מהימן של מוטציות פעילות (actionable) לצורך בחירת טיפול. היא מפחיתה את הסיכון לתוצאות חיוביות שגויות בקבלת החלטות לגבי תיק הפיתוח.

כיצד בידוד משתנים בלתי תלויים משתלב בצינור הסבב (pipeline) של גילוי NGS?

בידוד משתנים בלתי תלויים, כגון מוטציות או חילוצים (fusions) ספציפיים של גנים, מאפשר לזרימת העבודה לייחס שינויים מולקולריים נצפים ישירות למטרות הניתנות לטיפול. בהירות זו תומכת בהסרת סיכונים מנקודת מבט מכניסטית ומספקת מידע לבדיקת היפותזות טיפוליות בהמשך. הדבר מייעל את המעבר משלב הגילוי ליישום קליני.

מה מאפשרות מדידות כמותיות של משתנים תלויים בניתוח NGS?

מדידות כמותיות של SNVs, INDELs, CNVs ומיתוכיים (fusions) מאפשרות השוואה מדויקת בין דגימות ותנאים, ובכך תומכות בפיתוח ובדיקות חסונות ובגילוי סמנים ביולוגיים. פלטים אלו מקלים על השחזור והיכולת להרחבה (scalability) במחקר אבחנתי ותרגומי. הם מספקים נתונים הניתנים ליישום עבור צוותי מו"פ רב-תחומיים.

מדוע דרישות השכפול קריטיות לשיתוף פעולה רב-תחומי של NGS?

שחזור מבטיח כי הממצאים המולקולריים עקביים בין סוגי דגימות והרצות שונות, ובכך תומך בביטחון בתוצרי האבחון והתרגום. אמינות זו חיונית לאינטגרציה בין צוותים ולהחלטות על קידום תיקי הפיתוח. היא מהווה את הבסיס לסטנדרטיזציה באבחון מולקולרי בקנה מידה ארגוני.

אילו יכולות ניתוח סטטיסטי נדרשות לפני יישום NGS?

ניתוח סטטיסטי חזק נחוץ כדי לתקף את הרגישות, הסגוליות והשחזוריות של וריאנטים שזוהו בתהליך העבודה של ה-NGS. יכולות אלו מבטיחות שרק שינויים רלוונטיים מבחינה קלינית ינחו את בחירת הטיפול ואת התקדמות תהליך הפיתוח. הן מהוות בסיס לקבלה רגולטורית ותפעולית במו"פ של ביו-פרמה.

ריצוף הדור הבא מבוסס אמפליקון מהיר במיוחד בסרטן ריאות של תאים לא קטנים שאינם קשקשיים

2K צפיות

צוטט 3 פעמים

07:59 דק'

8 בספטמבר 2023

10.3791/65190-v

8 בספטמבר 2023

2K צפיות

Christophe Bontoux¹^,²^,³^,⁴^,⁵ , Virginie Lespinet-Fabre¹^,²^,³^,⁴ , Olivier Bordone¹^,²^,³^,⁴ , Virginie Tanga¹^,²^,³^,⁴ , Maryline Allegra¹^,²^,³^,⁴ , Myriam Salah¹^,²^,³^,⁴ , Salomé Lalvée¹^,²^,³^,⁴ , Samantha Goffinet¹^,²^,³^,⁴ , Jonathan Benzaquen³^,⁴^,⁵^,⁶ , Charles-Hugo Marquette³^,⁴^,⁵^,⁶ , Marius Ilié¹^,²^,³^,⁴^,⁵ , Véronique Hofman¹^,²^,³^,⁴^,⁵ , Paul Hofman¹^,²^,³^,⁴^,⁵

¹Laboratory of Clinical and Experimental Pathology, Centre Hospitalier Universitaire de Nice, Université Côte d’Azur, CHU de Nice, ²Hospital-Integrated Biobank (BB-0033-00025), Université Côte d'Azur, Hôpital Pasteur, CHU de Nice, ³Institut Hospitalo-Universitaire (IHU), RespirERA, Université Côte d'Azur, Hôpital Pasteur, CHU de Nice, ⁴FHU OncoAge, Université Côte d'Azur, ⁵Team 4, Institute of Research on Cancer and Aging (IRCAN), CNRS INSERM, Centre Antoine-Lacassagne, Université Côte d'Azur, ⁶Department of Pulmonary Medicine and Thoracic Oncology, Centre Hospitalier Universitaire de Nice, Université Côte d'Azur

העלייה של סמנים ביולוגיים מולקולריים להיבדק עבור סרטן ריאה לא קשקשי של תאים לא קטנים (NS-NSCLC) ניהול הטיפול הניע את הפיתוח של שיטות זיהוי מולקולרי מהיר ואמין. אנו מתארים זרימת עבודה להערכת שינויים גנומיים עבור חולי NS-NSCLC באמצעות גישת ריצוף הדור הבא (NGS) מהירה במיוחד.