Name: התקנה מהירה של מיקרו-מערך רקמות והדמיית שטח אריחים במיקרוסקופ הדמיה של קרן יונים מרובת באמצעות ממשק אריח/SED/מערך (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2023-09-15T14:10:00.000+00:00
Duration: 6 min 15 s
Description: למד כיצד להגדיר במהירות שדות ראייה במיקרוסקופיית קרן יונים מרובת עבור מיקרו-מערכי רקמות באמצעות ממשק TSAI אינטואיטיבי. שיטה זו משפרת את היעילות ומפחיתה שגיאות משתמש.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<meta charset="utf8"></head><body>האצת הגדרת הפעלת MIBI באמצעות TSAI להדמיית מיקרו-מערך רקמות

<ol><li>Liu, C. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplexed+Ion+Beam+Imaging%3A+Insights+into+Pathobiology%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Pathol%22%5BJournal%5D)">Multiplexed Ion Beam Imaging: Insights into Pathobiology.</a> Annu Rev Pathol. 17, 403-423 (2022).</li>
<li>Keren, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MIBI-TOF%3A+A+multiplexed+imaging+platform+relates+cellular+phenotypes+and+tissue+structure%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">MIBI-TOF: A multiplexed imaging platform relates cellular phenotypes and tissue structure.</a> Sci Adv. 5 (10), 1-16 (2019).</li>
<li>Elhanani, O., Keren, L., Angelo, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-Dimensional+Tissue+Profiling+by+Multiplexed+Ion+Beam+Imaging%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">High-Dimensional Tissue Profiling by Multiplexed Ion Beam Imaging.</a> Methods Mol Biol. 2386, 147-156 (2022).</li>
<li>Greenwald, N. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Whole-cell+segmentation+of+tissue+images+with+human-level+performance+using+large-scale+data+annotation+and+deep+learning%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Whole-cell segmentation of tissue images with human-level performance using large-scale data annotation and deep learning.</a> Nat Biotechnol. 40 (4), 555-565 (2022).</li>
<li>Risom, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transition+to+invasive+breast+cancer+is+associated+with+progressive+changes+in+the+structure+and+composition+of+tumor+stroma%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Transition to invasive breast cancer is associated with progressive changes in the structure and composition of tumor stroma.</a> Cell. 185 (2), 299.e18-310.e18 (2022).</li>
<li>McCaffrey, E. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+immunoregulatory+landscape+of+human+tuberculosis+granulomas%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Immunol%22%5BJournal%5D)">The immunoregulatory landscape of human tuberculosis granulomas.</a> Nat. Immunol. 23 (2), 318-329 (2022).</li>
<li>Greenbaum, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+spatially+resolved+timeline+of+the+human+maternal%E2%80%93fetal+interface%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">A spatially resolved timeline of the human maternal–fetal interface.</a> Nature. 619 (7970), 595-605 (2023).</li>
<li>Hartmann, F. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+metabolic+profiling+of+human+cytotoxic+T+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Single-cell metabolic profiling of human cytotoxic T cells.</a> Nat Biotechnol. 39 (2), 186-197 (2021).</li>
<li>Patwa, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplexed+imaging+analysis+of+the+tumor-immune+microenvironment+reveals+predictors+of+outcome+in+triple-negative+breast+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Commun+Biol%22%5BJournal%5D)">Multiplexed imaging analysis of the tumor-immune microenvironment reveals predictors of outcome in triple-negative breast cancer.</a> Commun Biol. 4 (1), 852(2021).</li>
<li>Keren, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Structured+Tumor-Immune+Microenvironment+in+Triple+Negative+Breast+Cancer+Revealed+by+Multiplexed+Ion+Beam+Imaging%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">A Structured Tumor-Immune Microenvironment in Triple Negative Breast Cancer Revealed by Multiplexed Ion Beam Imaging.</a> Cell. 174 (6), 1373.e19-1387.e19 (2018).</li>
<li>Vijayaragavan, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+spatial+proteomic+imaging+for+human+neuropathology%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Neuropathol.+Commun%22%5BJournal%5D)">Single-cell spatial proteomic imaging for human neuropathology.</a> Acta Neuropathol. Commun. 10 (1), 158(2022).</li>
<li>GitHub - angelolab/toffy: Scripts for interacting with and generating data from the commercial MIBIScope. (n.d.). , https://github.com/angelolab/toffy (2023).</li>
<li>Web Hypertext Application Technology Working Group (WHATWG). (n.d.). HTML Living Standard. , from https://html.spec.whatwg.org/multipage (2023).</li>
<li>ECMA International. (n.d.). ECMAScript 2022 Language Specification. , https://www.ecma-international.org/publications-and-standards/standards/ecma-262 (2023).</li>
<li>World Wide Web Consortium (W3C). (n.d.). Cascading Style Sheets (CSS). , from https://www.w3.org/Style/CSS/Overview.en.html (2023).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>מחשב MIBI</td><td>Ionpath</td><td></td><td></td></tr><tr><td>MIBIcontrol (תוכנה)</td> <td>Ionpath</td><td></td><td></td></tr><tr><td>MIBIscope</td><td>Ionpath</td><td></td><td>Multiplexed Ion Beam Imaging (MIBI) מיקרוסקופ</td></tr><tr><td>MIBIslide</td><td>Ionpath</td><td>567001</td><td>שקופית מוליכה עבור ממשק MIBI</td></tr><tr><td>Tile / SED / Array (TSAI) (תוכנה https://github.com/ag-tsai/mibi_tsai/</td><td></td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

התקנה מהירה של מיקרו-מערך רקמות והדמיית שטח אריחים במיקרוסקופ הדמיה של קרן יונים מרובת באמצעות ממשק אריח/sed/מערך 

Rapid Setup of Tissue Microarray and Tiled Area Imaging on the Multiplexed Ion Beam Imaging Microscope Using the Tile/SED/Array Interface

TSAI מספק שתי שיטות להגדרת FOV (איור 2). משתמשים רק בתמונה האופטית (איור 2, TSAI, ענף שמאלי), בדומה לשיטות קיימות אחרות. השיטה השנייה - יצירת תמונת SED פרושה - ייחודית ל-TSAI (איור 2, TSAI, ענף ימני). TSAI מצייר FOV באופן מדויק על תמונה זו, ומבטל את הצורך להשקיע שעות בדחיפת FOV למקומם במצב SED של ממשק היצרן. עם זאת, יש להגדיר כראוי את מקדמי התיקון עבור אריחי SED, אחרת מיקומי ה- FOV המתקבלים עשויים שלא להיות מדויקים.
<p class="jo...

התקנה מהירה של מיקרו-מערך רקמות והדמיית שטח אריחים במיקרוסקופ הדמיה של קרן יונים מרובת באמצעות ממשק אריח/SED/מערך 

Multiplexed ion beam imaging (MIBI) is a next-generation mass spectrometry-based microscopy technique&#160;that generates 40+ plex images of protein ...

rapid-setup-tissue-microarray-tiled-area-imaging-on-multiplexed-ion

Research

JoVE Journal

Biology

ביולוגיה

פרוטוקול מפורט עבור לוח שש-marker immunofluorescence מולטיפלקס אופטימיזציה שבוצעו, באמצעות הוספת גוון לסמלים אוטומטיות עבור תוצאות עקביות יותר זמן הליך קצר יותר. גישה זו ניתן להתאים ישירות על ידי כל מעבדה לחקר חיסונית-אונקולוגיה.

לוח Immunofluorescence מולטיפלקס אוטומטיות חיסונית-אונקולוגיה במחקרים על דגימות רקמה קרצינומה פורמלין-קבוע

הוראה מפורטת מתואר כיצד לבנות מאוד נוטה נסחף מיקרוסקופ אריח (HIST) ואת השימוש עבור הדמיה מולקולה בודדת.

מדריך לבניית מאוד נוטה נסחף מיקרוסקופ אריח עבור הדמיה מולקולה בודדת שדה-of-view מורחבת

אנו מתארים את הכנת רצועות של מקטעים טוריים ואת האוסף שלהם על תמיכה בהעברה גדולה לשימוש כדגימות טומוגרפיה של מערך, יחד עם הליכי הדמיה אוטומטיים במיקרוסקופ אלקטרונים סורק. הפרוטוקול מאפשר סינון, אחזור והדמיה ממוקדת של אירועים מקומיים ונדירים ורכישת אמצעי אחסון גדולים של נתונים.

זרימת עבודה טומוגרפיה של מערך לרכישה ממוקדת של מידע אודות אמצעי אחסון באמצעות סריקת מיקרוסקופיית אלקטרונים

ניתוח תמונת ברקוד מרובה שיפר לאחרונה את אפיון המיקרו-סביבה של הגידול, ומאפשר מחקרים מקיפים של הרכב התא, המצב התפקודי והאינטראקציות בין התא לתא. במאמר זה אנו מתארים פרוטוקול צביעה והדמיה באמצעות ברקוד של נוגדנים מצומדים אוליגונוקלאוטידים והדמיית מחזור, המאפשרת שימוש בטכניקת ניתוח תמונה בממד גבוה.

ניתוח תמונת ברקוד מרובה פרופיל חיסוני ואפיון מיפוי מרחבי באנליזה חד-תאית של דגימות רקמת פרפין

במאמר זה מתואר פרוטוקול להגברת אות טירמיד ידנית (TSA) מולטיפלקס אימונופלואורסנציה (mIF) בשילוב עם ניתוח תמונה וניתוח מרחבי. ניתן להשתמש בפרוטוקול זה עם מקטעים משובצי פרפין קבועים פורמלין (FFPE) לצביעה של שניים עד שישה אנטיגנים לכל שקופית, בהתאם לסורק השקופיות הזמין במעבדה.

מולטיפלקס אימונופלואורסנציה בשילוב עם ניתוח תמונה מרחבית להערכה קלינית וביולוגית של מיקרו-סביבה של הגידול

פרוטוקול זה מדגים בידוד מונחה מיקרוסקופיה וצביעה אימונופלואורסצנטית של ורידים ריאתיים מורינים. אנו מכינים דגימות רקמה המכילות את אטריום שמאל, ורידים ריאתיים, ואת הריאות המתאימות ומכתימים אותם עבור טרופונין T לב ו Connexin 43.

מיקרודיסקציה וצביעה אימונופלואורסצנטית של שרוולי שריר הלב בוורידי ריאה מורין

שיטה זו מתארת את ניצול האות האנדוגני במודל עכבר טרנסגני ARL13B-CENTRIN-2 להדמיית ריסים ראשוניים באתרם, בתלת מימד על פני שטחים גדולים של רקמה מינרלית, מאיסוף רקמות ועד לניתוח ארגון הריסים. פרוטוקול זה עשוי להיות מיושם גם על סוגים אחרים של רקמות.

הדמיה נפחית וניתוח ריסים ראשוניים ברקמת שריר ושלד באמצעות מודל העכבר ARL13B-CENTRIN-2

מאמר זה מתאר פרוטוקול לאימונופלואורסצנציה מרובה המותאם לאפיון הארכיטקטורה התלת מימדית של גרורות צפק.

הדמיה תלת מימדית של רקמה נושאת גידול באמצעות הלבנה איטרטיבית מרחיבה את גישת המולטיפלקסיות

היישום של טכניקת הקרנה פוטו-ארבלית בעלות נמוכה בשיטת IBEX הידנית מאפשר הדמיה אופטימלית של רקמות אנושיות עם אוטופלואורסצנציה טבעית משמעותית. פרוטוקול זה מפרט כיצד להשיג תמונות מרובות ושקופיות שלמות מדגימות קליניות בארכיון באמצעות מיקרוסקופ הפוך, ריאגנטים זמינים באופן נרחב ותוכנת קוד פתוח ליישור ועיבוד תמונה.

זרימת עבודה אופטימלית להלבנה איטרטיבית מרחיבה את ההדמיה המרובה של דגימות קליניות אוטו-פלואורסצנטיות מאוד

פרוטוקול זה מפרט מתודולוגיה לזיהוי mRNA מרובה עם ציטומטריית מסה של הדמיית חלבון בקטעי רקמה משובצים פרפין קבועים בפורמלין.

קרטוגרפיה מולקולרית דו-מודאלית: שילוב זיהוי mRNA מרובה עם ציטומטריית מסה של הדמיית חלבון

הלבנה איטרטיבית ספקטרלית מרחיבה ריבוי (IBEX) מתבססת על טכניקת IBEX הבסיסית על ידי הוספת חסימת הפרין כדי למזער קשירה לא ספציפית ומינוף זיהוי ספקטרלי עם פירוק חישובי כדי לדכא אוטופלואורסצנטיות. גישה זו מאיצה את רכישת התמונה תוך הפחתת מקורות הרקע, ומאפשרת ניתוחים פרוטאומיים מרחביים רב-עגולים ובעלי פרמטרים גבוהים.

הדמיה גבוהה באמצעות מיקרוסקופיה קונפוקלית ספקטרלית כדי למזער פלואורסצנטיות רקמות לא ספציפיות

למד כיצד להגדיר במהירות שדות ראייה במיקרוסקופיית קרן יונים מרובת עבור מיקרו-מערכי רקמות באמצעות ממשק TSAI אינטואיטיבי. שיטה זו משפרת את היעילות ומפחיתה שגיאות משתמש.

התקנה מהירה של מיקרו-מערך רקמות והדמיית שטח אריחים במיקרוסקופ הדמיה של קרן יונים מרובת באמצעות ממשק אריח/SED/מערך

גלה סרטונים נוספים