Name: ניתוח אינטראקציות DNA-חלבון עם אינטרפרומטריה ביו-שכבתית מבוססת סטרפטווידין (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-01-17T12:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 7 s
Description: למדו אינטראקציות DNA-חלבון באמצעות אינטרפרומטריה ביו-שכבתית מבוססת סטרפטווידין. השיטה מאפשרת ניתוח קינטיקת קישור בזמן אמת של חלבון RPA ל-DNA חד-גדילי ומחקר השפעת שינויים לאחר תרגום על יציבות הגנום.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<meta charset="utf8"></head><body>ניתוח כמותי של קינטיקה קושרת RPA-ssDNA בשיטות נטולות תוויות

<table><tbody><tr><td>0.5 מ"ל מיקרו צנטריפוגה צינורות</td><td>גלובוס מדעי</td><td>111554A</td><td></td></tr><tr><td>96 באר שחורה</td><td>סטנדרטית מיקרופלייט נקודה מדעית</td><td>4ti-0223</td><td></td></tr><tr><td>פולי dT ביוטיניל אוליגונוקלאוטיד</td><td>IDT</td><td></td><td></td></tr><tr><td>בקר סרום אלבומין (BSA)</td><td>סיגמא-אולדריץ'</td><td>A2153-10G</td><td></td></tr><tr><td>דיתיותרייטול (DTT)</td><td>Dot Scientific</td><td>DSD11000-10</td><td></td></tr><tr><td>חומצה אתילנדיאמינטטראצטית (EDTA)</td><td>Dot Scientific</td><td>DSE57020-500</td><td></td></tr><tr><td>חומצה הידרוכלורית&nbsp;</td><td>פישר סיינטיפיק&nbsp;</td><td>A144-500</td><td></td></tr><tr><td>Kimtec Science Kimwipes&nbsp;</td><td>Kimtech</td><td>34120</td><td></td></tr><tr><td>אוקטט N1 תוכנה</td><td>Sartorius&nbsp;</td><td>1.4.0.13</td><td></td></tr><tr><td>שמינייה SA ביו-חיישן&nbsp;</td><td>סרטוריוס&nbsp;</td><td>18-5019</td><td></td></tr><tr><td>PBS pH 7.2 (פי 10)</td><td>Gibco</td><td>1666711</td><td></td></tr><tr><td>בדיקה אישית Octet N1 מערכת</td><td>Sartorius&nbsp;</td><td></td><td></td></tr><tr><td>חומצה זרחתית&nbsp;</td><td>Ward's Science</td><td>470302-024</td><td></td></tr><tr><td>נתרן כלורי (NaCl)</td><td>Dot Scientific</td><td>DSS23020-5000</td><td></td></tr><tr><td>Tris Base</td><td>Dot Scientific</td><td>DST60040-5000</td><td></td></tr><tr><td>Tween20&nbsp;</td><td>ביו-רד</td><td>170-6531</td><td></td></tr></tbody></table>

ניתוח אינטראקציות dna-חלבון עם אינטרפרומטריה ביו-שכבתית מבוססת סטרפטווידין

Analyzing DNA-Protein Interactions with Streptavidin-Based Biolayer Interferometry

ב- BLI, אור לבן מוחזר מהממשק של biolayer/buffer ומממשק הייחוס הפנימי לספקטרומטר. תבנית ההתאבכות המתקבלת נרשמת, וההסטה הספקטרלית נמדדת על פני פרק זמן ומתוארת כתגובת עקומות קשירה בננומטר. איור מייצג המראה את קצה הביו-חיישן עם ובלי קישור אנליטי ואת שינוי אורך הגל הספקטרלי המתאים (ננומטר) מוצג באיור 1. עקומות הקשירה תואמות את קווי הבסיס, העמסת הפיתיון והקשר האנליטי ואחריו דיסוציאציה אנליטית, כפי שמוצג באיור 2.
לצורך בדיקה זו, חיץ קינטיקה ...

ניתוח אינטראקציות DNA-חלבון עם אינטרפרומטריה ביו-שכבתית מבוססת סטרפטווידין

Protein-DNA interactions underpin essential cellular processes. Understanding these interactions is critical for elucidating the molecular mechanisms of ...

analyzing-dna-protein-interactions-with-streptavidin-based-biolayer

Research

JoVE Journal

Biochemistry

ביוכימיה

בסרטון זה, אנו מדגימים טכנולוגיית אינטרפרומטריה ביו-שכבתית (BLI) כדי לזהות את האינטראקציות הבין-מולקולריות בין ליגנדות ואנליטות מטרה בזמן אמת. BLI מודד שינויים בתבנית ההתאבכות של אור לבן המוחזר משכבה של ליגנדים משותקים על משטח ביו-סנסור בזמן שהם מתקשרים עם אנליטים בתמיסה.

טכנולוגיית אינטרפרומטריה ביו-שכבתית לזיהוי אינטראקציות בין ליגנד לאנליט

הפרוטוקולים כאן לתאר מבחני הקינטית של חלבונים אינטראקציות עם Interferometry Bio-השכבה. ה-ATP synthase F-הסוג, שהוא מעורב בחילוף חומרים של אנרגיה בתאים, יכול להיות מעוכב על ידי מקטע ε בחיידקים. יש לנו להתאים Interferometry Bio-שכבה כדי לחקור אינטראקציות של קומפלקס קטליטי עם התחום בטרמינל C-המעכב של ε.

Interferometry Bio-שכבה למדידת קינטיקה של חלבונים אינטראקציות והשפעות יגנד allosteric

כאן אנו מתארים את המכשור ושיטות לגילוי מולקולות חלבון בודד fluorescently שכותרתו אינטראקציה עם מולקולת DNA חד התלויה בין שני microspheres הלכוד אופטי.

שילוב מניפולציה מולקולה בודדת והדמיה לחקר אינטראקציות החלבון-DNA

כאן אנו מציגים פרוטוקול כדי לנטר את הרכבה ופירוק של הרעלן גחלת באמצעות biolayer אינטרפרומטריה (בלי). בעקבות הרכבה/פירוק על פני ביוסנסור, משתחררים את מתחמי חלבון גדולה מפני השטח עבור פריט חזותי וזיהוי של רכיבי מתחמי באמצעות מיקרוסקופ אלקטרוני ו ספקטרומטר מסה, בהתאמה.

ניתוח דינאמי חלבון מתחמי נאסף בנושא ושוחרר מן Biolayer אינטרפרומטריה ביוסנסור באמצעות ספקטרומטר מסה ואלקטרון

אינטראקציות של גורמי שעתוק (TFs) עם RNA פולימראז הם בדרך כלל לומדים באמצעות הנפתח assays. אנו מיישמים טכנולוגיה של ביואולייר אינטרפרומטריה (בלי) כדי לאפיין את האינטראקציה של GrgA עם לא RNA פולימראז. בהשוואה למטה מוסר, בלי מזהה בזמן אמת שיוך ודיסוציאציה, מציע רגישות גבוהה יותר, והוא כמותי מאוד.

יישום של ביואולייר אינטרפרומטריה (בלי) ללימוד אינטראקציות חלבונים-חלבונים בתמלול

גמישות קונפורמציה משחקת תפקיד קריטי בתפקוד חלבון. בזאת, אנו מתארים את השימוש של ספקטרומטריית מסת electrospray יינון הזמן לפתור מצמידה את חילופי המימן-דאוטריום חיטוט השינויים המבניים המהירים שמניעים פונקצית חלבוני הורה אי סדר.

המרת מימן-דאוטריום electrospray יינון זמן נפתרה ספקטרומטריית מסה לימוד מבנה החלבון Dynamics

פרוטוקול זה מתאר את ההפרדה של מיטוכונדריאלי תפקודי שרשרת התחבורה אלקטרונים מתח (Cx) IV ו supercomplexes מהם באמצעות אלקטרופורזה יליד לחשוף מידע על הרכבה שלהם המבנה. ג'ל הילידים יכול להיות נתון immunoblotting, מבחני ג'ל, וטיהור על ידי electroelution כדי לאפיין עוד קומפלקסים בודדים.

ניתוח Supercomplexes של Mitochondrial אלקטרונים שרשרת התחבורה עם אלקטרופורזה הילידים, ב-מבחני ג&#39;ל, ו Electroelution

אנו מציגים פרוטוקול פלואורסנציה למערכות ביולוגיות קיפול ואיגוד אינטראקציות עם thermolabile ליגנדים שימוש דיפרנציאלי calorimetry סריקה מהירה.

מדידת למערכות ביולוגיות DSC פרופילים עם Thermolabile ליגנדים לאפיין במהירות קיפול ואיגוד אינטראקציות

פרוטוקול כאן מתאר את האינטראקציות של מטוהרים hEAG1 יון ערוץ חלבון עם מולקולה קטנה השומנים ליגנד phosphatidylinositol 4, 5-bisphosphate (פיפ2). המדידה מדגים כי מתה על יכול להיות שיטה אפשרית להקרנה ליגנד ערוץ הרומן יון מולקולה קטנה.

לכידת את האינטראקציה קינטיקה החלבון תעלת יונים עם מולקולות קטנות על ידי וזמינותו אינטרפרומטריה ביו-שכבה

מוטגנזה היא טכניקה המשמשת להציג מוטציות ספציפיות חומצה deoxyribonucleic (DNA). פרוטוקול זה מתאר איך לעשות מוטגנזה בצעד 2, 3-צעד תגובת שרשרת פולימראזית (PCR) המבוסס על הגישה, אשר חלים על כל מקטע DNA עניין.

מוטגנזה עבור במבחנה, בניסויים Vivo ביטוי עם אינטראקציות RNA ב- Escherichia Coli

למדו אינטראקציות DNA-חלבון באמצעות אינטרפרומטריה ביו-שכבתית מבוססת סטרפטווידין. השיטה מאפשרת ניתוח קינטיקת קישור בזמן אמת של חלבון RPA ל-DNA חד-גדילי ומחקר השפעת שינויים לאחר תרגום על יציבות הגנום.

ניתוח אינטראקציות DNA-חלבון עם אינטרפרומטריה ביו-שכבתית מבוססת סטרפטווידין

גלה סרטונים נוספים