Name: אסטרטגיות לשיפור טיפוח חיידקים אנאירוביים ממערכת העיכול של עוף (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2024-05-10T14:30:00.000+00:00
Duration: 4 min 36 s
Description: למדו אסטרטגיות לבידוד וטיפוח חיידקים אנאירוביים ממערכת העיכול של עוף. השיטה מאפשרת לחקור רשתות מיקרוביאליות ומטבוליזם של מיו-אינוזיטול במעי התרנגולת.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<meta charset="utf8"></head><body>אסטרטגיות טיפוח לגיוון מיקרוביאלי לא מתורבת במערכת העיכול של תרנגולות

<ol><li>Wylensek, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+collection+of+bacterial+isolates+from+the+pig+intestine+reveals+functional+and+taxonomic+diversity%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Comm%22%5BJournal%5D)">A collection of bacterial isolates from the pig intestine reveals functional and taxonomic diversity.</a> Nat Comm. 11 (1), 6389(2020).</li>
<li>Medvecky, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Whole+genome+sequencing+and+function+prediction+of+133+gut+anaerobes+isolated+from+chicken+caecum+in+pure+cultures%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Geno%22%5BJournal%5D)">Whole genome sequencing and function prediction of 133 gut anaerobes isolated from chicken caecum in pure cultures.</a> BMC Geno. 19 (1), 561(2018).</li>
<li>Zenner, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Early-life+immune+system+maturation+in+chickens+using+a+synthetic+community+of+cultured+gut+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22mSystems%22%5BJournal%5D)">Early-life immune system maturation in chickens using a synthetic community of cultured gut bacteria.</a> mSystems. 6 (3), 1110-1128 (2021).</li>
<li>Borda-Molina, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+on+the+ileal+microbiota+of+phosphorus+and+calcium+utilization%2C+bird+performance%2C+and+gender+in+japanese+quail%5BTitle%5D)+AND+%22Animals%22%5BJournal%5D)">Effects on the ileal microbiota of phosphorus and calcium utilization, bird performance, and gender in japanese quail.</a> Animals. 10 (5), 885(2020).</li>
<li>Bonnet, M., Lagier, J. C., Raoult, D., Khelaifia, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+culture+through+selective+and+non-selective+conditions%3A+The+evolution+of+culture+media+in+clinical+microbiology%5BTitle%5D)+AND+%22New+Micro+New+Infect%22%5BJournal%5D)">Bacterial culture through selective and non-selective conditions: The evolution of culture media in clinical microbiology.</a> New Micro New Infect. 34, 100622(2020).</li>
<li>Tanaka, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+hidden+pitfall+in+the+preparation+of+agar+media+undermines+microorganism+cultivability%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">A hidden pitfall in the preparation of agar media undermines microorganism cultivability.</a> Appl Environ Microbiol. 80 (24), 7659-7666 (2014).</li>
<li>Kawasaki, K., Kamagata, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phosphate-catalyzed+hydrogen+peroxide+formation+from+agar%2C+gellan%2C+and+%CE%BA-carrageenan+and+recovery+of+microbial+cultivability+via+catalase+and+pyruvate%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Phosphate-catalyzed hydrogen peroxide formation from agar, gellan, and κ-carrageenan and recovery of microbial cultivability via catalase and pyruvate.</a> Appl Environ Microbiol. 83 (21), e01366-e01417 (2017).</li>
<li>Kato, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+of+previously+uncultured+slow-growing+bacteria+by+using+a+simple+modification+in+the+preparation+of+agar+media%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Isolation of previously uncultured slow-growing bacteria by using a simple modification in the preparation of agar media.</a> Appl Environ Microbiol. 84 (19), e00807-e00818 (2018).</li>
<li>Lewis, W. H., Tahon, G., Geesink, P., Sousa, D. Z., Ettema, T. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Innovations+to+culturing+the+uncultured+microbial+majority%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Innovations to culturing the uncultured microbial majority.</a> Nat Rev Microbiol. 19 (4), 225-240 (2021).</li>
<li>Su, X. B., Ko, A. L. A., Saiardi, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulations+of+myo-inositol+homeostasis%3A+Mechanisms%2C+implications%2C+and+perspectives%5BTitle%5D)+AND+%22Adv+Biol+Regul%22%5BJournal%5D)">Regulations of myo-inositol homeostasis: Mechanisms, implications, and perspectives.</a> Adv Biol Regul. 87, 2212-4926 (2023).</li>
<li>Monastra, G., Dinicola, S., Unfer, V. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aMonastra%2C+G+%22Physiological+and+pathophysiological+roles+of+inositols+in+A+clinical+guide+to+inositols%22">Physiological and pathophysiological roles of inositols in A clinical guide to inositols</a>. , Elsevier. (2023).</li>
<li>Kanehisa, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Toward+understanding+the+origin+and+evolution+of+cellular+organisms%5BTitle%5D)+AND+%22Prot+Sci%22%5BJournal%5D)">Toward understanding the origin and evolution of cellular organisms.</a> Prot Sci. 28 (11), 1947-1951 (2019).</li>
<li>Lee, S. A., Nagalakshmi, D., Raju, M. V., Rao, S. V. R., Bedford, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+phytase+superdosing%2C+myo-inositol+and+available+phosphorus+concentrations+on+performance+and+bone+mineralisation+in+broilers%5BTitle%5D)+AND+%22Animal+Nutri%22%5BJournal%5D)">Effect of phytase superdosing, myo-inositol and available phosphorus concentrations on performance and bone mineralisation in broilers.</a> Animal Nutri. 3 (3), 247-251 (2017).</li>
<li>Farhadi, D., Karimi, A., Sadeghi, G., Rostamzadeh, J., Bedford, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+a+high+dose+of+microbial+phytase+and+myo-inositol+supplementation+on+growth+performance%2C+tibia+mineralization%2C+nutrient+digestibility%2C+litter+moisture+content%2C+and+foot+problems+in+broiler+chickens+fed+phosphorus-deficient+diets%5BTitle%5D)+AND+%22Poultry+Sci%22%5BJournal%5D)">Effects of a high dose of microbial phytase and myo-inositol supplementation on growth performance, tibia mineralization, nutrient digestibility, litter moisture content, and foot problems in broiler chickens fed phosphorus-deficient diets.</a> Poultry Sci. 96 (10), 3664-3675 (2017).</li>
<li>Weber, M., Fuchs, T. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metabolism+in+the+niche%3A+A+large-scale+genome-based+survey+reveals+inositol+utilization+to+be+widespread+among+soil%2C+commensal%2C+and+pathogenic+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Microbio+Spect%22%5BJournal%5D)">Metabolism in the niche: A large-scale genome-based survey reveals inositol utilization to be widespread among soil, commensal, and pathogenic bacteria.</a> Microbio Spect. 10 (4), e02013-e02022 (2022).</li>
<li>Kawsar, H. I., Ohtani, K., Okumura, K., Hayashi, H., Shimizu, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Organization+and+transcriptional+regulation+of+myo-inositol+operon+in+Clostridium+perfringens%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiol+Lett%22%5BJournal%5D)">Organization and transcriptional regulation of myo-inositol operon in Clostridium perfringens.</a> FEMS Microbiol Lett. 235 (2), 289-295 (2004).</li>
<li>Hellinckx, J., Heermann, R., Felsl, A., Fuchs, T. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High+binding+affinity+of+repressor+IolR+avoids+costs+of+untimely+induction+of+myo-inositol+utilization+by+Salmonella+Typhimurium%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">High binding affinity of repressor IolR avoids costs of untimely induction of myo-inositol utilization by Salmonella Typhimurium.</a> Sci Rep. 7 (1), 44362(2017).</li>
<li>Yebra, M. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+a+gene+cluster+enabling+Lactobacillus+casei+BL23+to+utilize+myo-inositol%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Identification of a gene cluster enabling Lactobacillus casei BL23 to utilize myo-inositol.</a> Appl Environ Microbiol. 73 (12), 3850-3858 (2007).</li>
<li>Zhang, W. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparative+analysis+of+iol+clusters+in+Lactobacillus+casei+strains%5BTitle%5D)+AND+%22World+J+Microbiol+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Comparative analysis of iol clusters in Lactobacillus casei strains.</a> World J Microbiol Biotechnol. 26, 1949-1955 (2010).</li>
<li>Labeda, D. P. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aLabeda%2C+DP+%22Bergey%27s+manual+of+systematic+bacteriology%22">Bergey's manual of systematic bacteriology</a>. , Springer. (2001).</li>
<li>Peterson, L. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+media+on+transport+and+recovery+of+anaerobic+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Infect+Dis%22%5BJournal%5D)">Effect of media on transport and recovery of anaerobic bacteria.</a> Clin Infect Dis. 25, 134-136 (1997).</li>
<li>Ulrich, R. L., Hughes, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+rapid+procedure+for+isolating+chromosomal+DNA+from+Lactobacillus+species+and+other+Gram-positive+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Lett+Appl+Microbiol%22%5BJournal%5D)">A rapid procedure for isolating chromosomal DNA from Lactobacillus species and other Gram-positive bacteria.</a> Lett Appl Microbiol. 32 (1), 52-56 (2008).</li>
<li>Relman, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Universal+bacterial+16s+rRNA+amplification+and+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Diag+Mol+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Universal bacterial 16s rRNA amplification and sequencing.</a> Diag Mol Microbiol. , 489-495 (1993).</li>
<li>Altschul, S. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gapped+BLAST+and+PSI-BLAST%3A+A+new+generation+of+protein+database+search+programs%5BTitle%5D)+AND+%22Nuc+Acid+Res%22%5BJournal%5D)">Gapped BLAST and PSI-BLAST: A new generation of protein database search programs.</a> Nuc Acid Res. 25 (17), 3389-3402 (1997).</li>
<li>Rios-Galicia, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Novel+taxonomic+and+functional+diversity+of+eight+bacteria+from+the+upper+digestive+tract+of+chicken%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Syst+Evol+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Novel taxonomic and functional diversity of eight bacteria from the upper digestive tract of chicken.</a> Int J Syst Evol Microbiol. 74 (1), 006210(2024).</li>
<li>Lagier, J. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+culturomics%3A+Paradigm+shift+in+the+human+gut+microbiome+study%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Microbiol+Infect%22%5BJournal%5D)">Microbial culturomics: Paradigm shift in the human gut microbiome study.</a> Clin Microbiol Infect. 18 (12), 1185-1193 (2012).</li>
<li>Lagkouvardos, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+mouse+intestinal+bacterial+collection+%28mibc%29+provides+host-specific+insight+into+cultured+diversity+and+functional+potential+of+the+gut+microbiota%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Microbiol%22%5BJournal%5D)">The mouse intestinal bacterial collection (mibc) provides host-specific insight into cultured diversity and functional potential of the gut microbiota.</a> Nat Microbiol. 1 (10), 1-15 (2016).</li>
<li>Gilroy, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Extensive+microbial+diversity+within+the+chicken+gut+microbiome+revealed+by+metagenomics+and+culture%5BTitle%5D)+AND+%22PeerJ%22%5BJournal%5D)">Extensive microbial diversity within the chicken gut microbiome revealed by metagenomics and culture.</a> PeerJ. 9, e10941(2021).</li>
<li>Huang, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+chicken+gut+metagenome+and+the+modulatory+effects+of+plant-derived+benzylisoquinoline+alkaloids%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">The chicken gut metagenome and the modulatory effects of plant-derived benzylisoquinoline alkaloids.</a> Microbiome. 6 (1), 1-17 (2018).</li>
<li>Zhang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improved+microbial+genomes+and+gene+catalog+of+the+chicken+gut+from+metagenomic+sequencing+of+high-fidelity+long+reads%5BTitle%5D)+AND+%22GigaScience%22%5BJournal%5D)">Improved microbial genomes and gene catalog of the chicken gut from metagenomic sequencing of high-fidelity long reads.</a> GigaScience. 11, 116(2022).</li>
<li>Segura-Wang, M., Grabner, N., Koestelbauer, A., Klose, V., Ghanbari, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-resolved+metagenomics+of+the+chicken+gut+microbiome%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Genome-resolved metagenomics of the chicken gut microbiome.</a> Front Microbiol. 12, 726923(2021).</li>
<li>Borrelli, R. C., Fogliano, V., Monti, S. M., Ames, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+of+melanoidins+from+a+glucose-glycine+model+system%5BTitle%5D)+AND+%22Euro+Food+Res+Technol%22%5BJournal%5D)">Characterization of melanoidins from a glucose-glycine model system.</a> Euro Food Res Technol. 215, 210-215 (2002).</li>
<li>Ferrario, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Untangling+the+cecal+microbiota+of+feral+chickens+by+culturomic+and+metagenomic+analyses%5BTitle%5D)+AND+%22Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Untangling the cecal microbiota of feral chickens by culturomic and metagenomic analyses.</a> Environ Microbiol. 19 (11), 4771-4783 (2017).</li>
<li>Crhanova, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Systematic+culturomics+shows+that+half+of+chicken+caecal+microbiota+members+can+be+grown+in+vitro+except+for+two+lineages+of+clostridiales+and+a+single+lineage+of+bacteroidetes%5BTitle%5D)+AND+%22Microorganisms%22%5BJournal%5D)">Systematic culturomics shows that half of chicken caecal microbiota members can be grown in vitro except for two lineages of clostridiales and a single lineage of bacteroidetes.</a> Microorganisms. 7 (11), 496(2019).</li>
<li>Rubio, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Lactobacilli+counts+in+crop%2C+ileum+and+caecum+of+growing+broiler+chickens+fed+on+practical+diets+containing+whole+or+dehulled+sweet+lupin+%28lupinus+angustifolius%29+seed+meal%5BTitle%5D)+AND+%22British+Poult+Sci%22%5BJournal%5D)">Lactobacilli counts in crop, ileum and caecum of growing broiler chickens fed on practical diets containing whole or dehulled sweet lupin (lupinus angustifolius) seed meal.</a> British Poult Sci. 39 (3), 354-359 (1998).</li>
<li>Bjerrum, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+community+composition+of+the+ileum+and+cecum+of+broiler+chickens+as+revealed+by+molecular+and+culture-based+techniques%5BTitle%5D)+AND+%22Poult+Sci%22%5BJournal%5D)">Microbial community composition of the ileum and cecum of broiler chickens as revealed by molecular and culture-based techniques.</a> Poult Sci. 85 (7), 1151-1164 (2006).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>חומצה אצטית</td><td>VWR</td><td>20104.334</td><td></td></tr><tr><td>אגר</td><td>VWR</td><td>97064-332</td><td></td></tr><tr><td>אמוניום כלוריד</td><td>קארל רוט</td><td>P726.1</td><td></td></tr><tr><td>תחנה אנאירובית</td><td>דון וויטלי סיינטיפיק</td><td>A35 HEPA</td><td></td></tr><tr><td>חומצה בוטירית</td><td>Merck</td><td>8.0045.1000</td><td></td></tr><tr><td>סידן כלוריד דיהידרט&nbsp;</td><td>VWR</td><td>97061-904</td><td></td></tr><tr><td>צנטריפוגה</td><td>אפנדורף</td><td>5424R</td><td></td></tr><tr><td>ליזוזים עוף (מורמידאז)VWR</td><td></td> <td>1.05281.0010</td><td></td></tr><tr><td>ציסטאין</td><td>VWR</td><td>97061-204</td><td></td></tr><tr><td>דקסטרוז</td><td>VWR</td><td>90000-908</td><td></td></tr><tr><td>די-אשלגן מימן פוספט</td><td>קארל</td><td>רוט P749.1</td><td></td></tr><tr><td>EDTA</td><td>קארל רוט</td><td>8043.2</td><td></td></tr><tr><td>Legehennen/ Junghennenfutter</td><td>Deutsche Tiernahrung Cremer GmbH & Co. KG, D&uuml; סלדורף,</td> <td>גרמניה-MagAttract</td><td></td></tr> <tr><td>HMW DNA Kit</td><td>Qiagen</td><td>67563</td><td></td></tr><tr><td>מגנזיום כלוריד</td><td>קארל רוט</td><td>2189.1</td><td></td></tr><tr><td>גז מעורב (80% N2 (רמת איכות 5.0), 15% CO2 (רמת איכות 3.0) ו-5% H2 (רמת איכות 5.0))</td><td>Westfalen Gase GmbH,</td> גרמניה-Mutanolysin<td></td><td></td></tr><tr><td>, רקומביננט (ליופיליזאט)</td><td>A& ביוטכנולוגיה</td><td>1017-10L</td><td></td></tr><tr><td>מיו-אינוזיטול</td><td>קארל רוט</td><td>4191.2</td><td></td></tr><tr><td>PBS 1X</td><td>ChemSolute</td><td>8418.01</td><td></td></tr><tr><td>אשלגן דימימן פוספט</td><td>קארל רוט</td><td>3904.2</td><td></td></tr><tr><td>חומצה פרופיונית</td><td>קארל רוט</td><td>6026.1</td><td></td></tr><tr><td>מערכת QuantiFluor dsDNA Promega</td><td></td><td>E2671</td><td></td></tr><tr><td>RNAse A&nbsp;</td><td>QIAGEN ריבונוקלאז A (RNase A)&nbsp;</td><td>19101</td><td></td></tr><tr><td>נתרן כלורי</td><td>VWR</td><td>27800.291</td><td></td></tr><tr><td>נתרן רזזורין</td><td>VWR</td><td>85019-296</td><td></td></tr><tr><td>נתרן תיוגליקולט</td><td>סיגמא-אולדריץ'</td><td>102933</td><td></td></tr><tr><td>פפטון סויה, ללא GMO, ללא בעלי חיים</td><td>VWR</td><td>97064-186</td><td></td></tr><tr><td>Thermocycler</td><td>Bio-Rad</td><td>T100</td><td></td></tr><tr><td>טריפטון</td><td>קארל רוט</td><td>8952.1</td><td></td></tr><tr><td>Tween80</td><td>Carl Roth</td><td>9139.2</td><td></td></tr><tr><td>תערובת ויטמינים (תוסף)</td> <td>VWR</td><td>968290NL</td><td></td></tr><tr><td>Vortex</td><td>Star Lab</td><td>07127/92930</td><td></td></tr><tr><td>תמצית שמרים</td><td>Carl Roth</td><td>9257.05</td><td></td></tr><tr><td>&beta;-D-Fructose</td><td>VWR</td><td>53188-23-1</td><td></td></tr></tbody></table>

אסטרטגיות לשיפור טיפוח חיידקים אנאירוביים ממערכת העיכול של עוף

Strategies to Enhance Cultivation of Anaerobic Bacteria from Gastrointestinal Tract of Chicken

ניטור תנאים אנאירוביים במהלך התחבורה בשל תוספת של resazurin, השינוי בצבע של פתרון הובלה לוורוד לפני העברת הדגימה לתוך הצינור מצביע על הפרעה או כישלון בשמירה על תנאים אנאירוביים. לפיכך, הצינור שהראה שינוי צבע נמנע משימוש במהלך ההובלה ורק הצינורות שלא הראו שינוי צבע היו בשימוש, כפי שניתן לראות באיור 2.
ניתוח תוצאות ריצוף מיצוי DNA של מבודדים בעלי נתוני כרומטוגרמה עם רעשי רקע מוגזמים או הפרעה בקו הבסיס, שיא עם עוצמת אותות נמוכה, נוכחות של פסגות מרובות או חופפות במיקום יחיד, וגבהי שיא לא עקביים חזרו על עצמם באמצעות תרבית רעננה וטהורה מכיוון שהם מצביעים על זיהום הדגימה, הגברה לא אחידה או בעיה בתהליך הריצוף. בביצוע חיפוש BLAST ב- NCBI, הזן שהראה את אחוז הזהות הגבוה ביותר וכיסוי שאילתות גבוה היה הזן הקשור לבידוד שלנו שהוביל לזיהוי המבודד.
טיפוח ספקטרום רחב של חיידקים אנאירוביים בידודם של חיידקים אנאירוביים הביא ליותר מ-600 מבודדים שהושגו בחמישה מדיות שונות שהוכנו ועוקרו בבקבוקים נפרדים. הזיהוי באמצעות הגן 16S rRNA הניב 15 סוגים שונים של חיידקים (איור 4). בין כלל המבודדים, יותר ממחצית מייצגים חיידקים אנאירוביים קפדניים והשאר אנאירוביים פקולטטיביים.
מגוון המבודדים כולל שמונה זנים, המדגימים מינים טקסונומיים חדשים הקשורים לבני המשפחות Clostridiaceae, Lactobacillaceae ו-Oscillospiraceae (טבלה 5)25. תוצאות אלה מדגישות את החשיבות של הקפדה על פרקטיקות טובות בתרבות, הכנת מדיה ושימוש במגוון רחב של מדיות להצלחת מחקרי טיפוח.
בידוד ממוקד התצפית על מושבות על מדיום אגר מינימלי מצביעה על נוכחות פוטנציאלית של חיידקים אנאירוביים המסוגלים לנצל MI כמקור פחמן (איור 5). כדי לאשר ממצאים אלה באופן חד משמעי ברמה הגנטית, ניתן לבצע ניתוח מקיף באמצעות ריצוף גנום שלם. גישת ריצוף זו מאפשרת זיהוי של גנים ספציפיים הקשורים או תורמים למטבוליזם של MI, כולל iolA, iolB, iolC, iolD, iolE, iolF, iolG, iolH, iolI, iolJ, iolT ו- iolW.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66570/66570fig01.jpg"> איור 1: תהליך הדגימה וההובלה של מקטעי GIT לגידול חיידקים אנאירוביים. 1) החלקים מהודקים, סגורים לפני החיתוך. הקווים המקווקוים מציינים את מיקום החיתוך המומלץ. 2) העברת החלק שנדגם לתוך צינור Hungate מלא בתמיסת הובלה. 3) החלפת אטמוספירת האוויר על ידי הזרקת תמיסת תחבורה לשמירה על תנאים אנאירוביים. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66570/66570fig01large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66570/66570fig02.jpg"> איור 2: איור של צינורות הונגט המכילים דגימות שנלקחו מאזור אילאום של עוף. התמונה מדגימה מילוי נכון של צינורות Hungate בתמיסת הובלה, מה שמבטיח היעדר מרחב אוויר ושמירה על צבע עקבי בהשוואה לבקרה שאין בה דגימה. עכירות ניכרת בצינורות הדגימה מיוחסת לפירוק העיכול. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66570/66570fig02large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66570/66570fig03.jpg"> איור 3: שלבים עוקבים בשימור חיידקים אנאירוביים. 1) קציר ביומסה מ-24 שעות עד 48 שעות בתרבית אקסנית בתמיסה איזוטונית. 2) שטיפת תאי חיידקים בתהליך של צנטריפוגה וסילוק סופרנאטנטים כדי להיפטר משאריות מדיה. 3) חזרה על תהליך הכביסה. 4) המסת גלולות במדיה תרבית ותמיסת גליצרול 50% ואחריה אחסון ב -80 מעלות צלזיוס בקריובלים סטריליים. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66570/66570fig03large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66570/66570fig04.jpg"> איור 4: התפלגות טקסונומית של חיידקים מבודדים ברמת הסוג. תרשים העמודות המוערם מציג את מגוון החיידקים שבודדו מחמש פורמולציות מדיה שונות, ומדגיש את ההשפעה המועילה של שימוש בפורמולציות מדיה מגוונות במחקר זה. נוסח המדיה מפורט בטבלה 1. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66570/66570fig04large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66570/66570fig05.jpg"> איור 5: מושבות חיידקים אנאירוביות על תווך אגר מינימלי. מושבות חיידקים אנאירוביות משגשגות על מצע אגר מינימלי לאחר 24 שעות של דגירה ב 39 ° C. התפתחות המושבות מצביעה על הטמעה פוטנציאלית של מיו-אינוסיטול כמקור פחמן עיקרי, בין מקורות פחמן אחרים. שני דילולים מוצגים, (א) 10-1, החושפים ספירת מושבות העולה על ספירה מעשית בשל השפע; ו-(B) 10-2, המציג מושבות נבדלות וניתנות לספירה, מה שמקל על ניתוח סלקטיבי. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66570/66570fig05large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.</a>
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td rowspan="2">מדיה</td>
			<td>1</td>
			<td>2</td>
			<td>3</td>
			<td>4</td>
			<td>5</td>
		</tr><tr><td>מדיה פפטונים</td>
			<td>מדיה פוליסכרידים</td>
			<td>מדיה קצרה של חומצות שומן</td>
			<td>מדיה פחמימות</td>
			<td>מדיה של חיידקים מחזרי סולפטו (SRB)</td>
		</tr><tr><td rowspan="2">מקור C</td>
			<td>דקסטרוז 0.2%</td>
			<td rowspan="2">מזון לעופות (2%)</td>
			<td rowspan="2">חומצה אצטית 0.17%, חומצה איזוולרית 0.01%, חומצה פרופיונית 0.2%, חומצה בוטירית 0.2%</td>
			<td rowspan="2">דקסטרוז 5%</td>
			<td rowspan="2">Na-DL-לקטט, חומצה אסקורבית</td>
		</tr><tr><td>עמילן 0.05%</td>
		</tr><tr><td>מקור N</td>
			<td>חומצות אמינו מפולי סויה (1%)</td>
			<td>-</td>
			<td>חומצות אמינו מטריפטון ותמצית בשר (0.1%)</td>
			<td>חומצות אמינו מפפטוני סויה (0.1%), (NH4)3 ציטראט (0.1%)</td>
			<td>NH4Cl (0.1%)</td>
		</tr><tr><td>מקור למינרלים</td>
			<td>K2HPO4 (0.05%)</td>
			<td>-</td>
			<td>K2HPO4 (0.05%)</td>
			<td>K2HPO4 (0.05%)</td>
			<td>K2HPO4 (0.05%)</td>
		</tr><tr><td>אגר</td>
			<td>1.50%</td>
			<td>1.50%</td>
			<td>1.50%</td>
			<td>1.50%</td>
			<td>1.50%</td>
		</tr><tr><td>קופקטור (נוסף לאחר עיקור)</td>
			<td>תמצית שמרים (0.1%)</td>
			<td>-</td>
			<td>תערובת ויטמינים (0.01%)</td>
			<td>תערובת ויטמינים (0.01%)</td>
			<td>תמצית שמרים (0.01%)</td>
		</tr><tr><td>מעכבי</td>
			<td>ללא</td>
			<td>ללא</td>
			<td>טווין 80 (1%)</td>
			<td>מנדיון (0.05%)</td>
			<td>-</td>
		</tr></tbody></table>טבלה 1: הרכב מצע התרבית למגוון רחב של בידוד חיידקים. הרכב של חמישה מצעי אגר, כל אחד מהם נוסח באופן ייחודי המבוסס על וריאציות במקור פחמן, מקור חנקן, מקור מינרלים, ושילוב של קו-פקטורים ומעכבים.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>הרכב</td>
			<td>כמות (גר'/ל')</td>
		</tr><tr><td>קזאין פפטון</td>
			<td>17</td>
		</tr><tr><td>סויה פפטון</td>
			<td>3</td>
		</tr><tr><td>נתרן כלורי</td>
			<td>5</td>
		</tr><tr><td>דיפוטסיום מימן פוספט</td>
			<td>2.5</td>
		</tr><tr><td>מיו-אינוסיטול</td>
			<td>2.5</td>
		</tr></tbody></table>טבלה 2: הרכב אמצעי העשרה. נוסחה של מדיום שתוכננה עם תערובת של מרכיבים מורכבים לתמיכה בצמיחה של ספקטרום רחב של חיידקים. הכמות של כל מרכיב מצוינת בגרם / ליטר.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>הרכב</td>
			<td>מדיה אגר מינימלית (g / mL) / L</td>
			<td>מדיה מרק מינימלית (גר'/מ"ל)/L</td>
		</tr><tr><td>ל-ציסטין</td>
			<td>0.5</td>
			<td>0.5</td>
		</tr><tr><td>נתרן כלורי</td>
			<td>0.3</td>
			<td>0.3</td>
		</tr><tr><td>נתרן thioglycolate</td>
			<td>0.5</td>
			<td>0.5</td>
		</tr><tr><td>נתרן מימן פוספט דיהידראט</td>
			<td>0.53</td>
			<td>0.53</td>
		</tr><tr><td>אשלגן דימימן פוספט</td>
			<td>0.41</td>
			<td>0.41</td>
		</tr><tr><td>אמוניום כלורי</td>
			<td>0.3</td>
			<td>0.3</td>
		</tr><tr><td>סידן כלורי</td>
			<td>0.11</td>
			<td>0.11</td>
		</tr><tr><td>מגנזיום כלורי</td>
			<td>0.1</td>
			<td>0.1</td>
		</tr><tr><td>טריפטון</td>
			<td>10</td>
			<td>10</td>
		</tr><tr><td>EDTA</td>
			<td>0.00773</td>
			<td>0.00773</td>
		</tr><tr><td>פתרון אלמנט קורט SL7</td>
			<td>1</td>
			<td>1</td>
		</tr><tr><td>תערובת ויטמינים</td>
			<td>0.2</td>
			<td>0.2</td>
		</tr><tr><td>מיו-אינוסיטול (20 מילימול)</td>
			<td>3.6</td>
			<td>3.6</td>
		</tr><tr><td>אגר</td>
			<td>15</td>
			<td>--</td>
		</tr><tr><td>pH (באמצעות 1 mM HCl)</td>
			<td>6 ± 0.2</td>
			<td>6 ± 0.2</td>
		</tr></tbody></table>טבלה 3: הרכב בינוני מינימלי. המדיום מנוסח עם מיו-אינוסיטול כמקור הפחמן העיקרי.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>דנטורציה ראשונית</td>
			<td>95 °C</td>
			<td>4 דקות</td>
			<td>1x</td>
		</tr><tr><td>דנטורציה</td>
			<td>95 °C</td>
			<td>30 שניות</td>
			<td></td>
		</tr><tr><td>חישול</td>
			<td>52 °C</td>
			<td>30 שניות</td>
			<td>פי 30</td>
		</tr><tr><td>סיומת</td>
			<td>68°C</td>
			<td>90 שניות</td>
			<td></td>
		</tr><tr><td>הארכה סופית</td>
			<td>68°C</td>
			<td>10 דק'</td>
			<td>1x</td>
		</tr><tr><td></td>
			<td>4 °C</td>
			<td>∞</td>
			<td></td>
		</tr></tbody></table>טבלה 4: תנאים אופטימליים להגברה של גן rRNA 16S. הפרמטרים האידיאליים של טמפרטורה, משך ומחזור לשימוש בתרמוסייקלר להגברה יעילה של גן המטרה.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>הקצאת טקסונומיה חדשה</td>
			<td>גודל גנום</td>
			<td>תוכן GC</td>
			<td>אזור המעי</td>
			<td>הצטרפות 16S </td>
		</tr><tr><td>Limosilactobacillus galli</td>
			<td>1861581</td>
			<td>50.43</td>
			<td>יבול</td>
			<td>OM760982</td>
		</tr><tr><td>Limosilactobacillus avium</td>
			<td>2158112</td>
			<td>48.49</td>
			<td>איליאום</td>
			<td>OM760983</td>
		</tr><tr><td>Limosilactobacillus pulli</td>
			<td>1924125</td>
			<td>45.87</td>
			<td>איליאום</td>
			<td>OQ831033</td>
		</tr><tr><td>Clostridium butanoliproducens</td>
			<td>3507657</td>
			<td>28.34</td>
			<td>יבול</td>
			<td>OQ831034</td>
		</tr><tr><td>Faecalispora anaeroviscerum</td>
			<td>2921858</td>
			<td>50.36</td>
			<td>איליאום</td>
			<td>OM760984</td>
		</tr><tr><td>Limosilactobacillus viscerum</td>
			<td>1993658</td>
			<td>44.9</td>
			<td>איליאום</td>
			<td>OM760986</td>
		</tr><tr><td>Ligilactobacillus hohenheimensis</td>
			<td>1381484</td>
			<td>50.47</td>
			<td>ג'ג'ונום</td>
			<td>OM760988</td>
		</tr><tr><td>Limosilactobacillus difficilis</td>
			<td>1998683</td>
			<td>47.38</td>
			<td>איליאום</td>
			<td>OQ832131</td>
		</tr></tbody></table>טבלה 5. זיהוי טקסונומי של מיני חיידקים חדשים. מיני החיידקים החדשים שבודדו וזוהו ממערכת העיכול של תרנגולות במחקר זה, מפורטים לצד גודל הגנום שלהם, תכולת GC, חתך והצטרפות לגן rRNA 16S. טבלה זו שונתה מ- 25.

The gastrointestinal tract (GIT) of chicken is a complex ecosystem harboring trillions of microbes that play a pivotal role in the host&#39;s physiology, ...

strategies-to-enhance-cultivation-anaerobic-bacteria-from

Research

JoVE Journal

Biology

ביולוגיה

difficile Clostridium הוא חיידק פתוגניים שהוא anaerobe מחמיר וגורם לשלשול לאנטיביוטיקה קשור (AAD). כאן, שיטות לבידוד, culturing ושמירה על ג תאים של צמח difficile ונבגים מתוארים. טכניקות אלו מחייבות תא אנאירובי, אשר דורשת תחזוקה שוטפת על מנת להבטיח תנאים נאותים לג האופטימלי טיפוח difficile.

Culturing ושמירה<em&gt; Difficile Clostridium</em&gt; בסביבת אנאירובית

Bacteriocins הם האמינו לשחק תפקיד מפתח בהגדרת מגוון חיידקים נישות אקולוגיות שונות. כאן, אנו מתארים הליך יעיל כדי להעריך כיצד bacteriocins להשפיע על ההרכב microbiota המעיים במודל חיה.

שיטה להעריך אפקטים Bacteriocin על מיקרוביוטה המעיים של עכברים

כמו אורגניזמים אנאירובית מחייב אינם מסוגלים לצמוח על החשיפה לחמצן, השימוש של טכניקות culturing אנאירובית הוא הכרחי. כאן, אנו להדגים שיטה פשוטה ויעילה לטפח תרבות מעורבת נגזר צמח ביוגז מפני התקשורת הכנה גז וכימות חומצות שומן נדיף.

הכנה בינונית לטיפוח מיקרואורגניזמים בתנאים אנאירובית/אנקסימית בלבד

כאן אנו מתארים שיטה ליצירת אפרוחים ללא חיידקים מביצים של קו ברוילר מסחרי, Ross PM3. שיטה זו יכולה להיות מותאמת לדור של בעלי חיים ללא חיידקים ממיני עופות אחרים.

ייצור של ברוילרים ללא חיידקים הגדלים במהירות מקו מסחרי ללימודי מיקרוביוטה

אנו מדגימים שיטה לבודד חברים קשים לגידול של פילום חיידקי הרומן, Saccharibacteria, על ידי סינון פלאק שיניים שיתוף culturing עם חיידקים מארחים.

הקמת תרבויות בינאריות יציבות של סקרייבקטריה סימביוטית מחלל הפה

הפרוטוקול מציג מודל עכברי של התיישבות נרתיקית עם חיידקי נרתיק אנושיים בתרבית אנאירובית. אנו מתמקדים ב- Gardnerella vaginalis, תוך הכללת הצעות עבור Prevotella bivia ו - Fusobacterium nucleatum. פרוטוקול זה יכול לשמש גם כמדריך לחיסונים וגינליים והתאוששות בת קיימא של חיידקים אחרים שגדלו באנאירוב.

מודלים של התיישבות נרתיקית מורין על ידי חיידקים שגודלו אנאירובית

המוקד של מאמר זה הוא לפרט שיטות עבודה מומלצות להכנת מדיה עבור מיקרואורגניזמים אנאירוביים מהירים שנרכשו מסביבה. שיטות אלה מסייעות בניהול תרביות אנאירוביות וניתן ליישם אותן כדי לתמוך בצמיחה של מיקרואורגניזמים חמקמקים ולא מתורבתים, "החומר האפל המיקרוביאלי".

קבוצה של פורמטים מדומים מדומים באתרם לטיפוח מיקרואורגניזמים אנאירוביים שנרכשו בסביבה

צ'יק ב electroporation אובו היא טכניקה המאפשרת מניפולציה גנטית של העובר העופות. יישומים נפוצים של טכניקה זו כוללות אנליזה פונקציונלית של גנים המשוערת אלמנטים משפר. וידאו זה מדגים electroporation neural tube אצל ה"ה 10 עוברי אפרוח. טכניקת הזרקת וטיפול נאות ביצה הם דנו.

ב Electroporations אובו של HH 10 עוברים שלב עוף

אנו מציגים שני תהליכים עבור microfabrication של שבבי פולימרי נקבובי לעיבוד תלת ממדי התא. הראשון הוא הבלטות חם בשילוב עם תהליך אדי ריתוך ממס. השני משתמש בתהליך microthermoforming פיתחה לאחרונה בשילוב עם טכנולוגיית מעקב יון המוביל פישוט משמעותי של ייצור.

Microfabrication של שבב בגודל פיגומים לעיבוד תלת ממדי נייד

במאמר זה אנו מציגים שיטה השתלת בתאי גזע האדם לאזורים שונים של מערכת העצבים המרכזית של העובר עוף. זה...

Xenotransplantation בתאי גזע אנושיים לתוך העובר עוף

למדו אסטרטגיות לבידוד וטיפוח חיידקים אנאירוביים ממערכת העיכול של עוף. השיטה מאפשרת לחקור רשתות מיקרוביאליות ומטבוליזם של מיו-אינוזיטול במעי התרנגולת.

אסטרטגיות לשיפור טיפוח חיידקים אנאירוביים ממערכת העיכול של עוף

גלה סרטונים נוספים