Name: הפקת חומצה דאוקסיריבונוקלית בגנום מלא ממיני מיקובקטריום באמצעות טכניקת Cetyltrimethylammonium Bromide (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-12-12T12:40:00.000+00:00
Duration: 6 min 46 s
Description: למד שיטת CTAB לחילוץ DNA איכותי ממיני מיקובקטריום בעלי דופן תא עבה. הפרוטוקול מייצר DNA טהור לריצוף גנומי ומחקרים מולקולריים מתקדמים.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>FBouso, J. M., Planet, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Complete+non-tuberculous+mycobacteria+whole+genomes+using+an+optimized+DNA+extraction+protocol+for+long-read+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Complete non-tuberculous mycobacteria whole genomes using an optimized DNA extraction protocol for long-read sequencing.</a> BMC Genomics. 20 (1), 793(2019).</li>
<li>Daffé, M., Marrakchi, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Unraveling+the+structure+of+the+mycobacterial+envelope%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiol+Spectr%22%5BJournal%5D)">Unraveling the structure of the mycobacterial envelope.</a> Microbiol Spectr. 7 (4), 7.4.1(2019).</li>
<li>Wayne, L. G., Sohaskey, C. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nonreplicating+persistence+of+Mycobacterium+tuberculosis%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Nonreplicating persistence of Mycobacterium tuberculosis.</a> Annu Rev Microbiol. 55 (1), 139-163 (2001).</li>
<li>Mohammadi, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimal+DNA+isolation+method+for+detection+of+non-tuberculous+mycobacteria+by+polymerase+chain+reaction%5BTitle%5D)+AND+%22Adv+Biomed+Res%22%5BJournal%5D)">Optimal DNA isolation method for detection of non-tuberculous mycobacteria by polymerase chain reaction.</a> Adv Biomed Res. 6 (1), 133(2017).</li>
<li>Van Soolingen, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Occurrence+and+stability+of+insertion+sequences+in+Mycobacterium+tuberculosis+complex+strains%3A+Evaluation+of+an+insertion+sequence-dependent+DNA+polymorphism+as+a+tool+in+the+epidemiology+of+tuberculosis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Occurrence and stability of insertion sequences in Mycobacterium tuberculosis complex strains: Evaluation of an insertion sequence-dependent DNA polymorphism as a tool in the epidemiology of tuberculosis.</a> J Clin Microbiol. 29 (11), 2578-2586 (1991).</li>
<li>Wilson, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Preparation+of+genomic+DNA+from+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Protoc+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Preparation of genomic DNA from bacteria.</a> Curr Protoc Mol Biol. 56 (1), 2.4.1-2.4.5 (2001).</li>
<li>Van Embden, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Strain+identification+of+Mycobacterium+tuberculosis+by+DNA+fingerprinting%3A+Recommendations+for+a+standardized+methodology%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Strain identification of Mycobacterium tuberculosis by DNA fingerprinting: Recommendations for a standardized methodology.</a> J Clin Microbiol. 31 (2), 406-409 (1993).</li>
<li>Wang, W. -F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genomic+analysis+of+Mycobacterium+tuberculosis+isolates+and+construction+of+a+Beijing+lineage+reference+genome%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol+Evol%22%5BJournal%5D)">Genomic analysis of Mycobacterium tuberculosis isolates and construction of a Beijing lineage reference genome.</a> Genome Biol Evol. 12 (2), 3890-3905 (2020).</li>
<li>Epperson, L. E., Strong, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+scalable%2C+efficient%2C+and+safe+method+to+prepare+high+quality+DNA+from+mycobacteria+and+other+challenging+cells%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Tuberc+Other+Mycobact+Dis%22%5BJournal%5D)">A scalable, efficient, and safe method to prepare high quality DNA from mycobacteria and other challenging cells.</a> J Clin Tuberc Other Mycobact Dis. 19, 100150(2020).</li>
<li>Warren, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Safe+Mycobacterium+tuberculosis+DNA+extraction+method+that+does+not+compromise+integrity%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Safe Mycobacterium tuberculosis DNA extraction method that does not compromise integrity.</a> J Clin Microbiol. 44 (1), 254-256 (2006).</li>
<li>Amaro, A., Duarte, E., Amado, A., Ferronha, H., Botelho, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+three+DNA+extraction+methods+for+Mycobacterium+bovis%2C+Mycobacterium+tuberculosis+and+Mycobacterium+avium+subsp.+avium%5BTitle%5D)+AND+%22Lett+Appl+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Comparison of three DNA extraction methods for Mycobacterium bovis, Mycobacterium tuberculosis and Mycobacterium avium subsp. avium.</a> Lett Appl Microbiol. 47 (1), 8-11 (2008).</li>
<li>Arslan, N., Demiray-Gurbuz, E., Ozkutuk, N., Esen, N., Özkütük, A. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+four+different+DNA+isolation+methods+from+MGIT+culture+for+long-read+whole+genome+sequencing+of+Mycobacterium+tuberculosis%5BTitle%5D)+AND+%22Jundishapur+J+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Comparison of four different DNA isolation methods from MGIT culture for long-read whole genome sequencing of Mycobacterium tuberculosis.</a> Jundishapur J Microbiol. 17 (9), e148070(2024).</li>
<li>Opperman, C. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mycobacterium+avium+DNA+extraction%3A+Implications+for+NTM+identification+and+amplicon+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22South+Afr+J+Infect+Dis%22%5BJournal%5D)">Mycobacterium avium DNA extraction: Implications for NTM identification and amplicon sequencing.</a> South Afr J Infect Dis. 40 (1), 5(2025).</li>
<li>Froenicke, L. Illumina and Aviti sample and library requirements. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aFroenicke%2C+L+%22DNA+Technol+Core%22">DNA Technol Core</a>. , https://dnatech.ucdavis.edu/illumina-aviti-sample-and-library-requirements (2015).</li>
<li>Froenicke, L. PacBio Revio and Sequel II library prep & sequencing. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aFroenicke%2C+L+%22DNA+Technol+Core%22">DNA Technol Core</a>. , https://dnatech.ucdavis.edu/pacbio-revio-and-sequel-ii-library-prep-sequencing (2016).</li>
<li>Dippenaar, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Droplet-based+whole+genome+amplification+for+sequencing+minute+amounts+of+purified+Mycobacterium+tuberculosis+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Droplet-based whole genome amplification for sequencing minute amounts of purified Mycobacterium tuberculosis DNA.</a> Sci Rep. 14, 9931(2024).</li>
<li>Doig, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+efficacy+of+the+heat-killing+of+Mycobacterium+tuberculosis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Pathol%22%5BJournal%5D)">The efficacy of the heat-killing of Mycobacterium tuberculosis.</a> J Clin Pathol. 55 (10), 778-779 (2002).</li>
<li>Li, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+systematic+investigation+of+key+factors+of+nucleic+acid+precipitation+toward+optimized+DNA%2FRNA+isolation%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechniques%22%5BJournal%5D)">A systematic investigation of key factors of nucleic acid precipitation toward optimized DNA/RNA isolation.</a> Biotechniques. 68 (4), 191-199 (2020).</li>
<li>Green, M. R., Sambrook, J., Sambrook, J. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aGreen%2C+MR+%22Molecular+cloning%3A+A+laboratory+manual%22">Molecular cloning: A laboratory manual</a>. , Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor. N.Y. (2012).</li>
<li>Van Soolingen, D., Hermans, P. W., De Haas, P. E., Van Embden, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Insertion+element+IS1081-associated+restriction+fragment+length+polymorphisms+in+Mycobacterium+tuberculosis+complex+species%3A+A+reliable+tool+for+recognizing+Mycobacterium+bovis+BCG%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Insertion element IS1081-associated restriction fragment length polymorphisms in Mycobacterium tuberculosis complex species: A reliable tool for recognizing Mycobacterium bovis BCG.</a> J Clin Microbiol. 30 (7), 1772-1777 (1992).</li>
<li>Doig, C., Seagar, A. L., Watt, B., Forbes, K. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+efficacy+of+the+heat+killing+of+Mycobacterium+tuberculosis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Pathol%22%5BJournal%5D)">The efficacy of the heat killing of Mycobacterium tuberculosis.</a> J Clin Pathol. 55 (10), 778-779 (2002).</li>
<li>Dippenaar, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+the+potential+of+Oxford+Nanopore+Technologies+sequencing+for+Mycobacterium+tuberculosis+sequencing%3A+An+assessment+of+R10+flowcells+and+V14+chemistry%5BTitle%5D)+AND+%22PLOS+ONE%22%5BJournal%5D)">Exploring the potential of Oxford Nanopore Technologies sequencing for Mycobacterium tuberculosis sequencing: An assessment of R10 flowcells and V14 chemistry.</a> PLOS ONE. 19 (6), e0303938(2024).</li>
<li>Chang, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metagenomic+DNA+sequencing+to+quantify+Mycobacterium+tuberculosis+DNA+and+diagnose+tuberculosis%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Metagenomic DNA sequencing to quantify Mycobacterium tuberculosis DNA and diagnose tuberculosis.</a> Sci Rep. 12, 16972(2022).</li>
<li>Forbes, J. D., Knox, N. C., Ronholm, J., Pagotto, F., Reimer, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metagenomics%3A+The+next+culture-independent+game+changer%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Metagenomics: The next culture-independent game changer.</a> Front Microbiol. 8, 1069(2017).</li>
<li>Marshall, J. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Methods+of+isolation+and+identification+of+non-tuberculous+mycobacteria+from+environmental+samples%3A+A+scoping+review%5BTitle%5D)+AND+%22Tuberculosis%22%5BJournal%5D)">Methods of isolation and identification of non-tuberculous mycobacteria from environmental samples: A scoping review.</a> Tuberculosis. 138, 102291(2023).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>קצות פיפטה של 1 מ"ל</td><td>כל ספק</td><td></td><td></td></tr><tr><td>10 ומיקרו; קצות פיפטה L</td><td>כל ספק</td><td></td><td></td></tr><tr><td>10% נתרן דודציל סולפט (SDS)</td><td>מרק (סיגמא-אלדריץ')</td><td>71736-100 ML</td><td></td></tr><tr><td>צינורות פוליפרופילן בנפח 15 מ"ל</td><td>כל ספק</td><td></td><td></td></tr><tr><td>צינורות של 2 מ"ל וצינורות של 1.5 מ"ל</td><td>כל ספק</td><td></td><td></td></tr><tr><td>200 ומיקרו; קצות פיפטה L</td><td>כל ספק</td><td></td><td></td></tr><tr><td>2-פרופנול, ביוריאגנט, עבור מולקולרי B &</td><td>מרק (סיגמא-אלדריץ')</td><td>I9516-1L&nbsp;</td><td>חנות ב-20-20 ומדרגות; C</td></tr><tr><td>37&g; חממת C</td><td>כל ספק</td><td></td><td></td></tr><tr><td>5 מיליון NaCl</td><td>מרק (סיגמא-אלדריץ')</td><td>S6546 - 100 ML</td><td></td></tr><tr><td>65&00; חממת C</td><td>כל ספק</td><td></td><td></td></tr><tr><td>ג'ל אגרוז</td><td>מרק (סיגמא-אלדריץ')</td><td></td><td></td></tr><tr><td>מערכת תיעוד ג'ל UV של Bio-Rad,</td><td>BioRad</td><td></td><td></td></tr><tr><td>צנטריפוגה (לצינורות 15 מ"ל של 50 מ"ל) ומיקרופוגה (לצינורות של 2 מ"ל)</td><td>כל ספק</td><td></td><td></td></tr><tr><td>כלורופורם לניתוח EMPARTA&REG; ACS</td><td>מרק (סיגמא-אלדריץ')</td><td>1070242500</td><td></td></tr><tr><td>כלורופורם/איזואמיל אלכוהול (24:1)</td><td></td><td></td><td>במכסה אדים, ערבב 384 מ"ל כלורופורם ו-16 מ"ל אלכוהול איזואמיל</td></tr><tr><td>פתרון CTAB/NaCl</td><td>מרק (סיגמא-אלדריץ')</td><td>52370-100 G</td><td>המיס 4.1 גרם NaCl ב-80 מ"ל מים מזוקקים. בזמן הערבוב, הוסף 10 גרם CTAB. תמיסת חום ב-65 מעלות; אינקובטור C. כוון את הנפח ל-100 מ"ל עם מים מזוקקים. אחסן בטמפרטורת החדר עד 6 חודשים.</td></tr><tr><td>סולם DNA 1 קילובייט</td><td>תרמו פישר סיינטיפיק</td><td></td><td></td></tr><tr><td>אלכוהול אתילי, טהור, 200 proof, עבור MOL &</td><td>מרק (סיגמא-אלדריץ')</td><td>E7023-500ML</td><td>מערבבים 75 מ"ל אתנול מוחלט ו-25 מ"ל מים מזוקקים</td></tr><tr><td>ליזוזים (10 מ"ג/מ"ל)</td><td>מרק (סיגמא-אלדריץ')</td><td>10837059001</td><td>לשחזר ליזוזים ליופילי (מובא לטמפרטורת החדר) עם מים מזוקקים ל-10 מ"ג/מ"ל</td></tr><tr><td>מדיית מידלברוק 7H9</td><td>מרק (סיגמא-אלדריץ')</td><td>M0178</td><td>פעלו לפי הנחיות היצרן להכנת המדיה הנוזלית</td></tr><tr><td>MIDDLEBROOK OADC ENRICHMENT 6 x 100 מ"ל F&NBSP;</td><td>BD</td><td>212240</td><td></td></tr><tr><td>מדיום צינור מד גדילה של מיקובקטריה (MGIT)</td><td>BD</td><td>245122</td><td></td></tr><tr><td>מערכת NanoDrop</td><td>תרמו פישר סיינטיפיק</td><td></td><td></td></tr><tr><td>פיפטת P10</td><td>כל ספק</td><td></td><td></td></tr><tr><td>פיפטת P1000</td><td>כל ספק</td><td></td><td></td></tr><tr><td>פיפטת P200</td><td>כל ספק</td><td></td><td></td></tr><tr><td>פרוטאינאז K, רקומב, PCR grd 2x250mg&nbsp;</td><td>מרק (סיגמא-אלדריץ')</td><td>3115801001</td><td>שחזור בקבוקון של פרוטינאז K ליופיליז עם מים מזוקקים ל-10 מ"ג/מ"ל. הקפיא אליקווטים בצינורות של 2 מ"ל בטמפרטורה של -20 &deg; C</td></tr><tr><td>SYBR-safe</td><td>תרמו פישר סיינטיפיק</td><td></td><td></td></tr><tr><td>בופר Tris/EDTA (TE) pH 8.0</td><td>מרק (סיגמא-אלדריץ')</td><td>8890-OP או 382499997</td><td></td></tr><tr><td>מערבולת</td><td>כל ספק</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

הפקת חומצה דאוקסיריבונוקלית בגנום מלא ממיני מיקובקטריום באמצעות טכניקת cetyltrimethylammonium bromide

Whole-Genome Deoxyribonucleic Acid Extraction from Mycobacterium Species via the Cetyltrimethylammonium Bromide Technique

הפקת חומצה דאוקסיריבונוקלית בגנום מלא ממיני מיקובקטריום באמצעות טכניקת Cetyltrimethylammonium Bromide

Efficient and reliable DNA extraction is a fundamental step in molecular biology, providing high-quality genetic material for downstream applications such ...

whole-genome-deoxyribonucleic-acid-extraction-from-mycobacterium

Research

JoVE Journal

Biology

ביולוגיה

אנו מתארים שיטה להפקת גבוה הדנ"א הגנומי משקל מולקולרי מביומסה planktonic התרכז 0.22 מסננים מיקרומטר Sterivex, ואחריו צפיפות צזיום כלוריד צנטריפוגה שיפוע לטיהור.

הפקת DNA של 0.22 מיקרומטר מסננים Sterivex ו כלוריד צסיום צפיפות צנטריפוגה Gradient

מתודולוגיה לבודד משקל מולקולרי גבוה גבוה DNA הגנומי איכות מהקהילה חיידקים בקרקע מתואר.

הפקת DNA גבוהה מולקולרית משקל הגנום מקרקעות ו משקעים

וידאו זה מדגים את פרוטוקול להפקת דנ"א החומר פורמלין קבוע, פרפין, מוטבע. זהו הליך רב היום שבו חלקים רקמה deparaffinized עם קסילן, rehydrated עם אתנול שטופלו proteinase K לטהר לבודד DNA לצורך ניתוח גנטי ספציפי או הגנום כולו שלאחר מכן.

הפקת DNA מחומר פרפין Embedded עבור ניתוח גנטי epigenetic

אנו מספקים פרוטוקול משופר לחילוץ משקל מולקולרי גבוה DNA של חיידקים מחצלות hypersaline. תאים מיקרוביאלית מופרדים המטריצה ​​מחצלת לפני מיצוי DNA וטיהור. זה משפר את הריכוז, איכות, גודל של ה-DNA. הפרוטוקול ניתן להשתמש בדגימות עקשן אחרים.

הפקת DNA גבוהה מולקולרית משקל של מאטס מיקרוביאלית

לדוגמא הכנה של<em&gt; Mycobacterium tuberculosis</em&gt; תמציות ללימודי metabolomic תהודה מגנטיים גרעיניים

כאן אנו מציגים גישה חדשה לזיהוי וירוסים עם כפול-גדיל DNA הגנום. אנו משתמשים בשיטות הרגילות כדי לחלץ DNA ו- RNA עלים נגועים ולבצע רצף הדור הבא. כלים Bioinformatic להרכיב רצפים לתוך contigs, לזהות contigs המייצג את הגנום של וירוס והקצה הגנום לקבוצות בטקסונומיה.

שילוב ניתוח של דנ א ב מיצוי Virion גולמי עם הניתוח של RNA של עלים נגועים לגלות הגנום וירוס חדש

מתואר כאן פרוטוקול מיצוי DNA באמצעות חרוזים מגנטיים כדי לייצר עקירות DNA באיכות גבוהה יתושים. עקירות אלה מתאימות לגישת רצף של הדור הבא במורד הזרם.

פרוטוקול מיצוי DNA יתוש מבוסס חרוז מגנטי לרצף הדור הבא

אנו מציגים את תהליך הבידוד, ההתרבות והאפיון של חיידקים מפרקים פחמימנים מבתי גידול מימיים. הפרוטוקול מתאר בידוד חיידקים, זיהוי בשיטת 16S rRNA, ובדיקת פוטנציאל פירוק הפחמימנים שלהם. מאמר זה יסייע לחוקרים לאפיין מגוון ביולוגי מיקרוביאלי בדגימות סביבתיות, ובמיוחד לסנן מיקרובים בעלי פוטנציאל לריפוי ביולוגי.

בידוד, ריבוי וזיהוי של מיני חיידקים בעלי תכונות מטבוליזם פחמימני מבתי גידול מימיים

פרוטוקול זה מראה שהכאת חרוזים בשילוב עם טיהור חרוזי לכידת DNA מספקת שיטה מהירה ועקבית לחילוץ DNA מדגימות Mycobacterium tuberculosis , מה שהופך אותה לבחירה יעילה עבור יישומי ריצוף של הדור הבא.

מיצוי DNA מיקובקטריאלי באמצעות מכות חרוזים במאגר מותאם אישית ואחריו זרימת עבודה של NGS

אנו מציגים שיטה אופטימלית למיצוי DNA מליחה מזוהמת באמצעות שיטת מיצוי מבוססת מטריצה בשילוב עם טיהור חרוזים מגנטיים לריצוף ממוקד במורד הזרם של Mycobacterium tuberculosis.

מיצוי DNA מבוסס מטריצה לריצוף ממוקד של הדור הבא על דגימות ליחה מטוהרות

כאן, אנו מציגים שיטת שבב מיקרו-מערך DNA לזיהוי מיני מיקובקטריום , שתשפר את דיוק האבחון והיעילות של מחלות קשורות לשימוש קליני.

זיהוי מיני מיקובקטריום בשיטת שבב מיקרו-מערך DNA

למד שיטת CTAB לחילוץ DNA איכותי ממיני מיקובקטריום בעלי דופן תא עבה. הפרוטוקול מייצר DNA טהור לריצוף גנומי ומחקרים מולקולריים מתקדמים.

הפקת חומצה דאוקסיריבונוקלית בגנום מלא ממיני מיקובקטריום באמצעות טכניקת Cetyltrimethylammonium Bromide

גלה סרטונים נוספים