Name: ניתוח R ידידותי ועוצמתי של מערכי נתונים בקנה מידה גדול (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-11-04T13:30:00.000+00:00
Duration: 10 min 56 s
Description: למד לנתח מערכי נתונים בקנה מידה גדול מניסויים ביולוגיים באמצעות RStudio. הפרוטוקול מיועד לחוקרים ללא רקע בתכנות ומאפשר ניתוח סטטיסטי של נתוני זמן מלומינסנציה בצמחים ותאי יונקים.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Yamazaki, S., Takahashi, J. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Real-time+luminescence+reporting+of+circadian+gene+expression+in+mammals%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Enzymol%22%5BJournal%5D)">Real-time luminescence reporting of circadian gene expression in mammals.</a> Methods Enzymol. 393 (10), 288-301 (2005).</li>
<li>McClung, C. R., Xie, Q. Measurement of luciferase rhythms in plant circadian networks. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aMcClung%2C+CR+%22Circadian+Networks%22">Circadian Networks</a>. Staiger, D. , Springer. New York. 1-11 (2014).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22El+Temps%22">El Temps</a>. , Barcelona. (2020).</li>
<li>Abhilash, L., Sheeba, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RhythmicAlly%3A+Your+R+and+Shiny-based+open-source+ally+for+the+analysis+of+biological+rhythms%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Rhythms%22%5BJournal%5D)">RhythmicAlly: Your R and Shiny-based open-source ally for the analysis of biological rhythms.</a> J Biol Rhythms. 34 (5), 551-561 (2019).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22CAT%3A+Chronomics+Analysis+Toolkit%22">CAT: Chronomics Analysis Toolkit</a>. , University of Minnesota. (2013).</li>
<li>Geissmann, Q., Garcia Rodriguez, L., Beckwith, E. J., Gilestro, G. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rethomics%3A+An+R+framework+to+analyse+high-throughput+behavioural+data%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Rethomics: An R framework to analyse high-throughput behavioural data.</a> PLoS One. 14 (1), e0209331(2019).</li>
<li>ShinyR-DAM. v.3. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22GNU+General+Public+License%22">GNU General Public License</a>. , (2007).</li>
<li>Zielinski, T., Moore, A. M., Troup, E., Halliday, K. J., Millar, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Strengths+and+limitations+of+period+estimation+methods+for+circadian+data%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Strengths and limitations of period estimation methods for circadian data.</a> PLoS One. 9 (5), e96462(2014).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22RStudio%3A+Integrated+Development+for+R%22">RStudio: Integrated Development for R</a>. , Boston, MA. (2020).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22R%3A+A+Language+and+Environment+for+Statistical+Computing.%C2%A0v.4.0.2%22">R: A Language and Environment for Statistical Computing. v.4.0.2</a>. , Vienna, Austria. (2020).</li>
<li>Wu, G., Anafi, R. C., Hughes, M. E., Kornacker, K., Hogenesch, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MetaCycle%3A+An+integrated+R+package+to+evaluate+periodicity+in+large+scale+data%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">MetaCycle: An integrated R package to evaluate periodicity in large scale data.</a> Bioinformatics. 32 (21), 3351-3353 (2016).</li>
<li>Yang, R., Su, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analyzing+circadian+expression+data+by+harmonic+regression+based+on+autoregressive+spectral+estimation%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Analyzing circadian expression data by harmonic regression based on autoregressive spectral estimation.</a> Bioinformatics. 26 (12), i168-i174 (2010).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22ggplot2%3A+Elegant+Graphics+for+Data+Analysis%22">ggplot2: Elegant Graphics for Data Analysis</a>. , Springer-Verlag. New York. (2016).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22dplyr%3A+A+Grammar+of+Data+Manipulation%22">dplyr: A Grammar of Data Manipulation</a>. v.1.0.2, (2020).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22magrittr%3A+A+Forward-Pipe+Operator+for+R%22">magrittr: A Forward-Pipe Operator for R</a>. v.2.0.3, (2022).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22stringr%3A+Simple%2C+Consistent+Wrappers+for+Common+String+Operations%22">stringr: Simple, Consistent Wrappers for Common String Operations</a>. v.1.4.0, (2019).</li>
<li>filesstrings: An R Package for File and String Manipulation. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22J+Open+Source+Softw%22">J Open Source Softw</a>. , (2017).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22R+package+%27circular%27%3A+Circular+Statistics%22">R package 'circular': Circular Statistics</a>. v.0.4-95, (2022).</li>
<li>Mazerolle, M. J. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aMazerolle%2C+MJ+%22AICcmodavg%3A+Model+Selection+and+Multimodel+Inference+Based+on+%28Q%29AIC%28c%29%22">AICcmodavg: Model Selection and Multimodel Inference Based on (Q)AIC(c)</a>. , (2023).</li>
<li>broom: Convert Statistical Objects into Tidy Tibbles. , 
 <a target="_blank" href="https://CRAN.R-project.org/package=broom">https://CRAN.R-project.org/package=broom</a> (2023).</li>
<li>Gao, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Circadian+regulation+of+the+GLYCINE-RICH+RNA-BINDING+PROTEIN+gene+by+the+master+clock+protein+CIRCADIAN+CLOCK-ASSOCIATED+1+is+important+for+plant+innate+immunity%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Circadian regulation of the GLYCINE-RICH RNA-BINDING PROTEIN gene by the master clock protein CIRCADIAN CLOCK-ASSOCIATED 1 is important for plant innate immunity.</a> J Exp Bot. 74 (3), 991-1003 (2023).</li>
<li>Gao, M., Zhang, C., Lu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Coronatine+is+more+potent+than+jasmonates+in+regulating+clock%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Coronatine is more potent than jasmonates in regulating clock.</a> Sci Rep. 10 (1), 12862(2020).</li>
<li>Zhang, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((LUX+ARRHYTHMO+mediates+crosstalk+between+the+circadian+clock+and+defense+in+Commun%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">LUX ARRHYTHMO mediates crosstalk between the circadian clock and defense in Commun.</a> Nat Commun. 10 (1), 2543(2019).</li>
<li>Straume, M., Frasier-Cadoret, S. G., Johnson, M. L. Least squares analysis of fluorescence data. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aStraume%2C+M+%22Topics+in+Fluorescence+Spectroscopy%22">Topics in Fluorescence Spectroscopy</a>. 2, Plenum. 117-240 (1991).</li>
<li>Cal-Kayitmazbatir, S., Francey, L. J., Lee, Y., Liu, A. C., Hogenesch, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PSMD11+modulates+circadian+clock+function+through+PER+and+CRY+nuclear+translocation%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">PSMD11 modulates circadian clock function through PER and CRY nuclear translocation.</a> PLoS One. 18 (3), e0283463(2023).</li>
<li>Zhang, E. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+genome-wide+RNAi+screen+for+modifiers+of+the+circadian+clock+in+human+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">A genome-wide RNAi screen for modifiers of the circadian clock in human cells.</a> Cell. 139 (1), 199-210 (2009).</li>
<li>Baggs, J. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Network+features+of+the+mammalian+circadian+clock%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Biol%22%5BJournal%5D)">Network features of the mammalian circadian clock.</a> PLoS Biol. 7 (3), e52(2009).</li>
<li>Zipfel, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+disease+resistance+in+Arabidopsis+through+flagellin+perception%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Bacterial disease resistance in Arabidopsis through flagellin perception.</a> Nature. 428 (6984), 764-767 (2004).</li>
<li>Kunze, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+N+terminus+of+bacterial+elongation+factor+Tu+elicits+innate+immunity+in+Arabidopsis+plants%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">The N terminus of bacterial elongation factor Tu elicits innate immunity in Arabidopsis plants.</a> Plant Cell. 16 (12), 3496-3507 (2004).</li>
<li>Fabian, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+flowering+time+regulator+FLK+controls+pathogen+defense+in+Arabidopsis+thaliana%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Physiol%22%5BJournal%5D)">The flowering time regulator FLK controls pathogen defense in Arabidopsis thaliana.</a> Plant Physiol. 191 (4), 2461-2474 (2023).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>R</td><td>פרויקט R</td><td><a href="https://www.r-project.org/">https://www.r-project.org/&nbsp; </א></td><td>פלטפורמה חינמית וקוד פתוח שניתן להוריד מהאינטרנט ולהשתמש בה לקידוד, במיוחד לסטטיסטיקה.</td></tr><tr><td>Rstudio</td><td>תוכנת פוזיט</td><td><a href="https://posit.co/download/rstudio-desktop/">https://posit.co/download/rstudio-desktop/&nbsp; </א></td><td>תוכנה חינמית שניתן להוריד מהאינטרנט לגישה נוחה יותר ל-R.</td></tr><tr><td>MetaCycle</td><td>גאנג וו, קסבייר לי, מתיו קרלוצ'י, רון אנאפי, מייקל יוז, קרל קורנקר וג'ון הוגנש</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/MetaCycle/vignettes/implementation.html">https://cran.r-project.org/web/packages/MetaCycle/vignettes/implementation.html&nbsp; </א></td><td>אלגוריתם ARSER של חבילת MetaCycle משמש להערכת פרמטרי השעון, מחזור, פאזה ומשרעת.&nbsp;</td></tr><tr><td>ggplot2</td><td>תוכנת פוזיט</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/ggplot2/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/ggplot2/index.html&nbsp; </א></td><td>יוצר ויזואליזציות נתונים, במיוחד עבור גרפיקה סטטיסטית.</td></tr><tr><td>dplyr</td><td>תוכנת פוזיט</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/dplyr/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/dplyr/index.html&nbsp; </א></td><td>ספריית R בסיסית למניפולציה יעילה של נתונים.</td></tr><tr><td>מגריטר</td><td>תוכנת פוזיט</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/magrittr/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/magrittr/index.html&nbsp; </א></td><td>מספק מערך אופרטורים לשיפור קריאות הקוד ולהקל על זרימת נתונים טבעית יותר.</td></tr><tr><td>סטרינגר</td><td>תוכנת פוזיט</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/stringr/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/stringr/index.html&nbsp; </א></td><td>מספק סט פונקציות עקבי, פשוט וקל לשימוש לעבודה עם מחרוזות תווים.</td></tr><tr><td>קבצי מחרוזות</td><td>רורי נולאן וסרג'י פדילה-פארה</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/filesstrings/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/filesstrings/index.html&nbsp; </א></td><td>מספק פונקציות נוחות למניפולציה של קבצים ומחרוזות, במיוחד אלו הקשורות לשמות קבצים ונתיבים.</td></tr><tr><td>מעגלי</td><td>אולריק לונד, קלאודיו אגוסטינלי, הירויושי אראי, אלסנדו גגליארדי, אדוארדו גארק&יאקוטה; א-פורטוגוזי ואקוטי; ס, דימיטרי ג'יונקי, ז'אן-אוליבייה איריסון, מתיו פוצרניך ופדריקו רוטולו</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/circular/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/circular/index.html&nbsp; </א></td><td>מספק ניתוח סטטיסטי וייצוג גרפי של נתונים מעגליים.</td></tr><tr><td>AICcmodavg</td><td>מארק ג'יי. מזרול</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/AICcmodavg/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/AICcmodavg/index.html&nbsp; </א></td><td>יוצר טבלאות בחירת מודלים המבוססות על קריטריון המידע (AIC) של Akaike ומידע קשור.&nbsp;</td></tr><tr><td>מטאטא</td><td>תוכנת פוזיט</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/broom/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/broom/index.html&nbsp; </א></td><td>ממיר את הפלט של מודלים סטטיסטיים ואובייקטים שונים ל"טיבלס" "מסודרים" (פורמט מסגרת נתונים מודרני), מה שמקל על העבודה, ניתוח והדמיית תוצאות המודלים.</td></tr><tr><td>מכונת אוטוקלאב</td><td>Steris Amsco Eagle Century SG120 Scientific, Inc.</td><td>8901400012</td><td>מדיה אוטוקלאב</td></tr><tr><td>מכסה אדים כימי</td><td>עיצוב מעבדה & אספקה &nbsp;</td><td></td><td>עיקור זרעים</td></tr><tr><td>קורא אומגה לומינסנס&nbsp;</td><td>BMG LABTECH, Inc.</td><td></td><td>קורא לוחות</td></tr><tr><td>ארון זרימה למינרי</td><td>NuAire Nu-408FM-400</td><td>מחלקה II/סוג A&nbsp;</td><td>העברת שתילים לפלטת 96 בארות</td></tr><tr><td>מיקרולוחות עם 96 בארות</td><td>פרקין-אלמר</td><td>OptiPlate-96&nbsp;</td><td>גידול שתילים לבדיקת לוסיפראז</td></tr><tr><td>Flg22</td><td>GenScript Inc.</td><td>RP19986</td><td>מפעיל מחיידקי פלאג'לין.</td></tr><tr><td>Elf26</td><td>אלפא דיאג'אנסקטס אינטרנשיונל בע"מ</td><td>2427</td><td>מפעיל מתרגום חיידקים גורם הארכה-Tu.</td></tr><tr><td>D-Luciferin Firefly, מלח אשלגן</td><td>ביוסינת' כימיה & ביולוגיה</td><td>L-8220</td><td>מצע לוסיפראז</td></tr><tr><td>L-012 (לומינול)</td><td>פישר סיינטיפיק</td><td>NC0733364</td><td>תגובת בדיקת ROS</td></tr></tbody></table>

ניתוח r ידידותי ועוצמתי של מערכי נתונים בקנה מידה גדול

A User-friendly and Powerful R Analysis of Large-scale Datasets

ניתוח R ידידותי ועוצמתי של מערכי נתונים בקנה מידה גדול

Large datasets are increasingly common in the scientific field. It is important to develop user-friendly tools to allow researchers to analyze these large ...

a-user-friendly-and-powerful-r-analysis-of-large-scale-datasets

Research

JoVE Journal

Biology

ביולוגיה

ניתוח חזותי (VA) היא גישה חדשה לניתוח נתונים באופן אינטראקטיבי. בסרטון הזה, אנו דנים את הבעיה עומס הנתונים שהובאו על ידי תפוקה גבוהה ניסויים ביולוגיים, ולהציע VA כפתרון לבעיה כזו. הסרטון מדגים ניתוח בתוך ובין מערכי נתונים החיסונית באמצעות כלי VA נקרא המחזה.

להקל על ניתוח נתונים החיסוני עם טכניקות Analytic חזותית

על ידי הפעלת כלי המחקר של איגוד הנתיבים (PAST), באמצעות היישום הנוצץ או באמצעות קונסולת R, החוקרים יכולים לקבל הבנה עמוקה יותר של המשמעות הביולוגית של תוצאות מחקר הקשר הגנום שלהם (GWAS) על ידי חקירת המסלולים המטבוליים המעורבים.

כלי מחקר של איגוד הנתיבים עבור ניתוחי GWAS של מידע על מסלול מטבולי

DiCoExpress הוא כלי מבוסס סקריפט המיושם ב- R לביצוע ניתוח RNA-Seq מבקרת איכות לביטוי משותף. DiCoExpress מטפלת בעיצוב מלא ולא מאוזן עד 2 גורמים ביולוגיים. מדריך וידאו זה מנחה את המשתמש דרך התכונות השונות של DiCoExpress.

ניתוח ניסויי RNA-Seq מולטי-פקטוריאליים עם DiCoExpress

פלטפורמה חישובית אנליטית זו מספקת הדרכה מעשית למיקרוביולוגים, אקולוגים ואפידמיולוגים המתעניינים בגנומיקה של אוכלוסיית החיידקים. באופן ספציפי, העבודה שהוצגה כאן הדגימה כיצד לבצע: א) מיפוי מונחה פילוגניה של גנוטיפים היררכיים; 2) ניתוח מבוסס תדרים של גנוטיפים; 3) ניתוחי קרבה וקלונליות; 4) זיהוי של שושלת המבדילה בין לוקים לאביזר.

כרייה היוריסטית של גנוטיפים היררכיים וגושים של גנום עזר באוכלוסיות חיידקים

מתואר הליך לחקר הדינמיקה של מטבוליזם של דנ"א מיטוכונדריאלי (mtDNA) בתאים באמצעות פורמט צלחת מרובת בארות והדמיה אימונופלואורסצנטית אוטומטית כדי לזהות ולכמת סינתזה והפצה של mtDNA. זה יכול לשמש גם כדי לחקור את ההשפעות של מעכבים שונים, לחצים תאיים והשתקת גנים על חילוף החומרים mtDNA.

כימות מבוסס תמונה בתפוקה גבוהה של סינתזה והפצה של DNA מיטוכונדריאלי

פרוטוקול זה מנחה ביואינפורמטיקה מתחילים באמצעות צינור ניתוח CUT&amp;RUN מבוא המאפשר למשתמשים להשלים ניתוח ראשוני ואימות של נתוני רצף CUT&amp;RUN. השלמת שלבי הניתוח המתוארים כאן, בשילוב עם ביאור שיא במורד הזרם, תאפשר למשתמשים להסיק תובנות מכניסטיות לגבי ויסות הכרומטין.

ניתוח מבוא ותיקוף של נתוני רצף CUT&#38;RUN

ניתוח מדויק של נתוני מיקרוסקופיה רב-ממדיים דורש זרימות עבודה מורכבות. מאמר זה מדגים כיצד להשתמש בתוכנה Cell-ACDC. הוא ממנף מודלים חדישים מונעי בינה מלאכותית לפילוח, מעקב, ניתוח אילן יוחסין של תאים וכימות של נתוני מיקרוסקופיה. באופן מכריע, הוא משלים את המודלים הללו עם מסגרת חדשנית לתיקון אוטומטי למחצה של תפוקת הדגמים.

ניתוח נתוני מיקרוסקופיה רב-ממדית באמצעות Cell-ACDC

פרוטוקול זה מאפשר בקרת איכות ראשונית לניסויי RNA-seq עבור ביולוגים במעבדה רטובה עם ניסיון מוגבל בביואינפורמטיקה.

Rup (צינור הערכת שימושיות RNA-seq) - בקרת איכות לניסויי RNA-seq בתפזורת באיקריוטים

בקנה מידה גדול של מסכי ספריות Metagenomic

האנדותל להרכיב המושבה ובתאים (ECFCs) הם כלי מבטיח ללמוד הומאוסטזיס לתקן כלי הדם.

בידוד הרחבת בקנה מידה גדול של תאים אנושיים למבוגרים האנדותל המושבה יצירת אב

למד לנתח מערכי נתונים בקנה מידה גדול מניסויים ביולוגיים באמצעות RStudio. הפרוטוקול מיועד לחוקרים ללא רקע בתכנות ומאפשר ניתוח סטטיסטי של נתוני זמן מלומינסנציה בצמחים ותאי יונקים.

ניתוח R ידידותי ועוצמתי של מערכי נתונים בקנה מידה גדול

גלה סרטונים נוספים