Name: ניתוח אוטומטי של תמונות פלואורסצנטיות של C. elegans באמצעות SegElegans (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-10-10T14:05:00.000+00:00
Duration: 6 min 27 s
Description: למדו לנתח תמונות פלואורסצנטיות של C. elegans באופן אוטומטי באמצעות SegElegans. מערכת הלמידה העמוקה מקצרת זמן הסגמנטציה מ-245 שניות לפחות מ-60 שניות ומגיעה לדיוק של מעל 93%.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Kaletta, T., Hengartner, M. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Finding+function+in+novel+targets%3A+C.+elegans+as+a+model+organism%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Drug+Discov%22%5BJournal%5D)">Finding function in novel targets: C. elegans as a model organism.</a> Nat Rev Drug Discov. 5 (5), 387-398 (2006).</li>
<li>Markaki, M., Tavernarakis, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Caenorhabditis+elegans+as+a+model+system+for+human+diseases%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Caenorhabditis elegans as a model system for human diseases.</a> Curr Opin Biotechnol. 63, 118-125 (2020).</li>
<li>Zuryn, S. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((elegans+as+a+model+for+health+and+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Semin+Cell+Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">elegans as a model for health and disease.</a> Semin Cell Dev Biol. 154 (Pt A), 1-3 (2024).</li>
<li>Corsi, A. K., Wightman, B., Chalfie, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+transparent+window+into+biology%3A+A+primer+on+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22WormBook%22%5BJournal%5D)">A transparent window into biology: A primer on Caenorhabditis elegans.</a> WormBook. , 1-31 (2015).</li>
<li>Kerr, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Imaging+the+activity+of+neurons+and+muscles%5BTitle%5D)+AND+%22WormBook%22%5BJournal%5D)">Imaging the activity of neurons and muscles.</a> WormBook. , 1-13 (2006).</li>
<li>Feinberg, E. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GFP+reconstitution+across+synaptic+partners+%28GRASP%29+defines+cell+contacts+and+synapses+in+living+nervous+systems%5BTitle%5D)+AND+%22Neuron%22%5BJournal%5D)">GFP reconstitution across synaptic partners (GRASP) defines cell contacts and synapses in living nervous systems.</a> Neuron. 57 (3), 353-363 (2008).</li>
<li>Hammarlund, M., Jin, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Axon+regeneration+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Neurobiol%22%5BJournal%5D)">Axon regeneration in C. elegans.</a> Curr Opin Neurobiol. 27, 199-207 (2014).</li>
<li>Daniele, J. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((UPR%28ER%29+promotes+lipophagy+independent+of+chaperones+to+extend+life+span%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">UPR(ER) promotes lipophagy independent of chaperones to extend life span.</a> Sci Adv. 6 (1), eaaz1441(2020).</li>
<li>Yemini, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((NeuroPAL%3A+A+multicolor+atlas+for+whole-brain+neuronal+identification+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">NeuroPAL: A multicolor atlas for whole-brain neuronal identification in C. elegans.</a> Cell. 184 (1), 272-288.e11 (2021).</li>
<li>Sinnige, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Kinetic+analysis+reveals+that+independent+nucleation+events+determine+the+progression+of+polyglutamine+aggregation+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Kinetic analysis reveals that independent nucleation events determine the progression of polyglutamine aggregation in C. elegans.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 118 (11), e2021888118(2021).</li>
<li>Gkikas, I., Daskalaki, I., Kounakis, K., Tavernarakis, N., Lionaki, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MitoSNARE+assembly+and+disassembly+factors+regulate+basal+autophagy+and+aging+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Mol+Sci%22%5BJournal%5D)">MitoSNARE assembly and disassembly factors regulate basal autophagy and aging in C. elegans.</a> Int J Mol Sci. 24 (4), 4230(2023).</li>
<li>Kutscher, L. M., Shaham, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Forward+and+reverse+mutagenesis+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22WormBook%22%5BJournal%5D)">Forward and reverse mutagenesis in C. elegans.</a> WormBook. , 1-26 (2014).</li>
<li>Praitis, V., Maduro, M. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transgenesis+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Transgenesis in C. elegans.</a> Methods Cell Biol. 106, 161-185 (2011).</li>
<li>Kim, H. M., Colaiacovo, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CRISPR-Cas9-guided+genome+engineering+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Protoc+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">CRISPR-Cas9-guided genome engineering in Caenorhabditis elegans.</a> Curr Protoc Mol Biol. 129 (1), e106(2019).</li>
<li>Kamath, R. S., Ahringer, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+RNAi+screening+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">Genome-wide RNAi screening in Caenorhabditis elegans.</a> Methods. 30 (4), 313-321 (2003).</li>
<li>Lai, C. H., Chou, C. Y., Ch'ang, L. Y., Liu, C. S., Lin, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+novel+human+genes+evolutionarily+conserved+in+Caenorhabditis+elegans+by+comparative+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Identification of novel human genes evolutionarily conserved in Caenorhabditis elegans by comparative proteomics.</a> Genome Res. 10 (5), 703-713 (2000).</li>
<li>Kuwabara, P. E., O'Neil, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+use+of+functional+genomics+in+C.+elegans+for+studying+human+development+and+disease%5BTitle%5D)+AND+%22J+Inherit+Metab+Dis%22%5BJournal%5D)">The use of functional genomics in C. elegans for studying human development and disease.</a> J Inherit Metab Dis. 24 (2), 127-138 (2001).</li>
<li>Ranganathan, R., Sawin, E. R., Trent, C., Horvitz, H. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mutations+in+the+Caenorhabditis+elegans+serotonin+reuptake+transporter+MOD-5+reveal+serotonin-dependent+and+-independent+activities+of+fluoxetine%5BTitle%5D)+AND+%22J+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Mutations in the Caenorhabditis elegans serotonin reuptake transporter MOD-5 reveal serotonin-dependent and -independent activities of fluoxetine.</a> J Neurosci. 21 (16), 5871-5884 (2001).</li>
<li>Lackner, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chemical+genetics+identifies+Rab+geranylgeranyl+transferase+as+an+apoptotic+target+of+farnesyl+transferase+inhibitors%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Cell%22%5BJournal%5D)">Chemical genetics identifies Rab geranylgeranyl transferase as an apoptotic target of farnesyl transferase inhibitors.</a> Cancer Cell. 7 (4), 325-336 (2005).</li>
<li>Yoon, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microfluidics+in+high-throughput+drug+screening%3A+Organ-on-a-chip+and+C.+elegans-based+innovations%5BTitle%5D)+AND+%22Biosensors+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Microfluidics in high-throughput drug screening: Organ-on-a-chip and C. elegans-based innovations.</a> Biosensors (Basel). 14 (1), 55(2024).</li>
<li>Schindelin, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fiji%3A+An+open-source+platform+for+biological-image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Fiji: An open-source platform for biological-image analysis.</a> Nat Methods. 9 (7), 676-682 (2012).</li>
<li>Schindelin, J., Rueden, C. T., Hiner, M. C., Eliceiri, K. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+ImageJ+ecosystem%3A+An+open+platform+for+biomedical+image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Reprod+Dev%22%5BJournal%5D)">The ImageJ ecosystem: An open platform for biomedical image analysis.</a> Mol Reprod Dev. 82 (7-8), 518-529 (2015).</li>
<li>Rueden, C. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ImageJ2%3A+ImageJ+for+the+next+generation+of+scientific+image+data%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">ImageJ2: ImageJ for the next generation of scientific image data.</a> BMC Bioinformatics. 18 (1), 529(2017).</li>
<li>Valente, A. J., Maddalena, L. A., Robb, E. L., Moradi, F., Stuart, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+simple+ImageJ+macro+tool+for+analyzing+mitochondrial+network+morphology+in+mammalian+cell+culture%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Histochem%22%5BJournal%5D)">A simple ImageJ macro tool for analyzing mitochondrial network morphology in mammalian cell culture.</a> Acta Histochem. 119 (3), 315-326 (2017).</li>
<li>Ramki, K., Thiruppathi, G., Ramasamy, S. K., Sundararaj, P., Sakthivel, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+aggregation-induced+emission-based+ratiometric+fluorescent+chemosensor+for+Hg%28II%29+and+its+application+in+Caenorhabditis+elegans+imaging%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">An aggregation-induced emission-based ratiometric fluorescent chemosensor for Hg(II) and its application in Caenorhabditis elegans imaging.</a> Methods. 221, 1-11 (2024).</li>
<li>Boulin, T., Etchberger, J. F., Hobert, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reporter+gene+fusions%5BTitle%5D)+AND+%22WormBook%22%5BJournal%5D)">Reporter gene fusions.</a> WormBook. , 1-23 (2006).</li>
<li>Braeckman, B. P., Smolders, A., Back, P., De Henau, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vivo+detection+of+reactive+oxygen+species+and+redox+status+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Antioxid+Redox+Signal%22%5BJournal%5D)">In vivo detection of reactive oxygen species and redox status in Caenorhabditis elegans.</a> Antioxid Redox Signal. 25 (10), 577-592 (2016).</li>
<li>He, K., Gkioxari, G., Dollár, P., Girshick, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mask+R-CNN%5BTitle%5D)+AND+%22arXiv%22%5BJournal%5D)">Mask R-CNN.</a> arXiv. , (2017).</li>
<li>Ronneberger, O., Fischer, P., Brox, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((U-Net%3A+Convolutional+networks+for+biomedical+image+segmentation%5BTitle%5D)+AND+%22arXiv%22%5BJournal%5D)">U-Net: Convolutional networks for biomedical image segmentation.</a> arXiv. , (2015).</li>
<li>Exploring deep learning architectures in NAECON 2018. Proc IEEE NAECON. Alom, M. Z., Yakopcic, C., Taha, T. M., Asari, V. K. IEEE National Aerospace and Electronics Conference, , 228-233 (2018).</li>
<li>Micallef, N., Seychell, D., Bajada, C. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+the+U-Net%2B%2B+model+for+automatic+brain+tumor+segmentation%5BTitle%5D)+AND+%22IEEE+Access%22%5BJournal%5D)">Exploring the U-Net++ model for automatic brain tumor segmentation.</a> IEEE Access. 9, 125523-125539 (2021).</li>
<li>Plebani, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-throughput+segmentation+of+unmyelinated+axons+by+deep+learning%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">High-throughput segmentation of unmyelinated axons by deep learning.</a> Sci Rep. 12 (1), 1198(2022).</li>
<li>Fudickar, S., Nustede, E. J., Dreyer, E., Bornhorst, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mask+R-CNN+based+C.+elegans+detection+with+a+DIY+microscope%5BTitle%5D)+AND+%22Biosensors+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Mask R-CNN based C. elegans detection with a DIY microscope.</a> Biosensors (Basel). 11 (8), 257(2021).</li>
<li>Lalit, M., Tomancak, P., Jug, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((EmbedSeg%3A+Embedding-based+instance+segmentation+for+biomedical+microscopy+data%5BTitle%5D)+AND+%22Med+Image+Anal%22%5BJournal%5D)">EmbedSeg: Embedding-based instance segmentation for biomedical microscopy data.</a> Med Image Anal. 81, 102523(2022).</li>
<li>Layana Castro, P. E., Garvi, A. G., Sanchez-Salmeron, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Automatic+segmentation+of+Caenorhabditis+elegans+skeletons+in+worm+aggregations+using+improved+U-Net+in+low-resolution+image+sequences%5BTitle%5D)+AND+%22Heliyon%22%5BJournal%5D)">Automatic segmentation of Caenorhabditis elegans skeletons in worm aggregations using improved U-Net in low-resolution image sequences.</a> Heliyon. 9 (4), e14715(2023).</li>
<li>A convolutional neural network model for worm imaging in 2020. Proc IEEE ISBI. Chen, L., et al. IEEE 17th International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), , 508-512 (2020).</li>
<li>Guan, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell+lineage-resolved+embryonic+morphological+map+reveals+signaling+associated+with+cell+fate+and+size+asymmetry%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Cell lineage-resolved embryonic morphological map reveals signaling associated with cell fate and size asymmetry.</a> Nat Commun. 16 (1), 3700(2025).</li>
<li>Cao, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Establishment+of+a+morphological+atlas+of+the+Caenorhabditis+elegans+embryo+using+deep-learning-based+4D+segmentation%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Establishment of a morphological atlas of the Caenorhabditis elegans embryo using deep-learning-based 4D segmentation.</a> Nat Commun. 11 (1), 6254(2020).</li>
<li>Zhao, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((EmbSAM%3A+Cell+boundary+localization+and+Segment+Anything+Model+for+fast+images+of+developing+embryos%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">EmbSAM: Cell boundary localization and Segment Anything Model for fast images of developing embryos.</a> bioRxiv. , (2024).</li>
<li>Castro, P. E. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SegElegans%3A+Instance+segmentation+using+dual+convolutional+recurrent+neural+network+decoder+in+Caenorhabditis+elegans+microscopic+images%5BTitle%5D)+AND+%22Comput+Biol+Med%22%5BJournal%5D)">SegElegans: Instance segmentation using dual convolutional recurrent neural network decoder in Caenorhabditis elegans microscopic images.</a> Comput Biol Med. 190, 110012(2025).</li>
<li>Trebing, K., Stańczyk, T., Mehrkanoon, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SmaAt-UNet%3A+Precipitation+nowcasting+using+a+small+attention-UNet+architecture%5BTitle%5D)+AND+%22Pattern+Recognit+Lett%22%5BJournal%5D)">SmaAt-UNet: Precipitation nowcasting using a small attention-UNet architecture.</a> Pattern Recognit Lett. 145, 178-186 (2021).</li>
<li>Woo, S., Park, J., Lee, J. Y., Kweon, I. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CBAM%3A+Convolutional+block+attention+module%5BTitle%5D)+AND+%22arXiv%22%5BJournal%5D)">CBAM: Convolutional block attention module.</a> arXiv. , (2018).</li>
<li>Shi, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Convolutional+LSTM+network%3A+A+machine+learning+approach+for+precipitation+nowcasting%5BTitle%5D)+AND+%22arXiv%22%5BJournal%5D)">Convolutional LSTM network: A machine learning approach for precipitation nowcasting.</a> arXiv. , (2015).</li>
<li>Stuhr, N. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+lipid+quantification+in+Caenorhabditis+elegans+by+Oil+Red+O+and+Nile+Red+staining%5BTitle%5D)+AND+%22Bio+Protoc%22%5BJournal%5D)">Rapid lipid quantification in Caenorhabditis elegans by Oil Red O and Nile Red staining.</a> Bio Protoc. 12 (5), e4340(2022).</li>
<li>Kuzmic, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+situ+visualization+of+carbonylation+and+its+co-localization+with+proteins%2C+lipids%2C+DNA+and+RNA+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Free+Radic+Biol+Med%22%5BJournal%5D)">In situ visualization of carbonylation and its co-localization with proteins, lipids, DNA and RNA in Caenorhabditis elegans.</a> Free Radic Biol Med. 101, 465-474 (2016).</li>
<li>Fang, E. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vitro+and+in+vivo+detection+of+mitophagy+in+human+cells%2C+C.+elegans%2C+and+mice%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">In vitro and in vivo detection of mitophagy in human cells, C. elegans, and mice.</a> J Vis Exp. (129), e56301(2017).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>מחשב עם גישה לאינטרנט (דוגמה: Dell Vostro Desktop)</td><td>כמה (למשל דל)</td><td>&nbsp;-</td><td>זה יאפשר להפעיל את SegElegans אונליין באמצעות מחשוב ענן כפי שמומלץ ובאמצעות תוכנות ניתוח תמונות כמו ImageJ.</td></tr><tr><td>יחידת עיבוד גרפיקה תואמת CUDA עם לפחות 6GB VRAM (לדוגמה: MSI Geforce RTX&nbsp; RTX3050 Ventus 2X 6GB) (אופציונלי)</td><td>NVIDIA + מספר יצרנים (למשל Micro Star International)</td><td>https://developer.nvidia.com/cuda-gpus</td><td>זה יאפשר להריץ SegElegans לא מקוון על מחשב מקומי. שבבי GPU תואמים ל-CUDA נמצאים כאן: https://developer.nvidia.com/cuda-gpus ה-VRAM תלוי ביישום בפועל של ערכת השבבים ב-GPU על ידי היצרן. אזהרה: תצטרך כרטיס CUDA יקר וחזק הרבה מעבר לדרישות המינימום (16+ GB VRAM) כדי להתאים לביצועים שהושגו בגרסת המחשוב בענן.</td></tr><tr><td>מיקרוסקופ אפיפלואורסצנציה (Invitrogen EVOS FL Auto 2)</td><td>ThermoFisher Scientific&nbsp;</td><td>AMAFD2000 למשל</td><td>אנו ממליצים להשתמש במערכת שיכולה לרכוש אוטומטית תמונות הן מערוץ פלואורסצנציה ב-brightfield והן מערוץ פלואורסצנציה אחד או יותר כמעט בו-זמנית.</td></tr><tr><td>ImageJ (אופציונלי)</td><td>NIH</td><td>https://imagej.net/software/fiji/downloads</td><td>אנו ממליצים על הפצת פיג'י, זמינה כאן: https://imagej.net/software/fiji/downloads</td></tr><tr><td>מחשב עם תאימות ל-GPU של NVIDIA (דוגמה: Dell Vostro Desktop) (אופציונלי)&nbsp;</td><td>כמה (למשל דל)</td><td>&nbsp;-</td><td>זה נדרש יחד עם ה-GPU כדי להריץ SegElegans לא מקוון על מחשב מקומי. GPU ידרוש חומרה תואמת Windows עם חריצי PCI מתאימים בלוח האם, מקום להתאים לכרטיס וספק כוח חזק מספיק.</td></tr><tr><td>SegElegans</td><td>-</td><td>https://github.com/KonstantinosKounakis/SegElegansOnline/tree/v1.0&nbsp;</td><td>ראו את כתב היד להוראות מלאות.&nbsp;</td></tr></tbody></table>

ניתוח אוטומטי של תמונות פלואורסצנטיות של c. elegans באמצעות segelegans

Automated Analysis of C. elegans Fluorescence Images using SegElegans

ניתוח אוטומטי של תמונות פלואורסצנטיות של C. elegans באמצעות SegElegans

Microscopy, particularly of the fluorescent kind, is a frequently used tool in C. elegans research. The analysis of data from microscopy experiments can, ...

automated-analysis-of-c-elegans-fluorescence-images-using-segelegans

Research

JoVE Journal

Biology

ביולוגיה

אנו מדווחים על פיתוח של מערכת הדמיה ניתוח אוטומטי של העוברים מהונדס דג הזברה בצלחות multiwell. זה מדגים את היכולת לאמוד את ההשפעות תלויות במינון של מולקולה קטנה, BCI, על גדילה פיברובלסטים ביטוי פקטור כתב גנים לספק טכנולוגיה להקמת תפוקה גבוהה כימיים מסכי דג הזברה.

פיתוח הדמיה ניתוח אוטומטיות עבור מסכי דג הזברה כימיים.

הדמיה ג elegans עוברים באמצעות מיקרוסקופ Epifluorescent ותוכנות קוד פתוח

שפע של קולטני הנוירוטרנסמיטר אשכולות על סינפסות מאוד משפיע כוח סינפטי. שיטה זו מכמת קולטני הנוירוטרנסמיטר fluorescently שכותרתו בשלושה ממדים עם רזולוציה אחת סינפסה...

כימות אוטומטי של הקרינה סינפטית<em&gt; ג elegans</em

פתחנו מערכת מיקרוסקופ מעקב וידאו שיעור שיכול להקליט...

מעקב סי אלגנס ומדידת התנהגות

סרטון זה מתאר את השימוש בתוכנת וידאו ומעקב כדי להקליט תנועת תולעים בזירה. הפרוטוקול לדוגמה מודד את ההשפעה של חשיפה לאתנול על תנועת תולעים.

ג. אלגנס מעקב אחר תנועה: שיטה להערכת תנועה בתולעים

מתודולוגיה יעילה ופשוט לניתוח במחשב מבוסס התנהגות שחי נמטודות בנוזל מתוארת. השיטה מחייבת לא מעט על מנת השקעה למעבדות C. elegans. החומרה בשימוש הוא רגיל, ואת תוכנת מחשב עבור ניתוח התנהגותי (CeleST) הוא קוד פתוח אחד.

ניתוח אוטומטי של<em&gt; C. elegans</em&gt; התנהגות שח שימוש CeleST תוכנה

כאן, אנו מציגים מסגרת להתייחס הגבלות תזונתיות מגוון רחב ביטוי גנים ואת תוחלת החיים. אנו מתארים פרוטוקולים עבור הגבלות תזונתיות מגוון רחב, הדמיה כמותית של ביטוי גנים תחת הפרדיגמה הזו. אנחנו עוד חלוקה לרמות ניתוחים חישובית לחשוף שבבסיס תכונות עיבוד המידע של מעגלים גנטי מעורב חישה מזון.

כימות של מידע מקודד על ידי גנים ביטוי רמות במהלך תוחלת החיים אפנון תחת הגבלת תזונה מגוון רחב C . elegans

כאן, אנו מציגים גישה קומבינטורית באמצעות מיקרוסקופ ברזולוציה גבוהה, כלים חישוביים, ותיוג תא יחיד בחיים C. אלגיה העוברים להבין דינמיקה תא בודד במהלך ההתפתחות העצבית.

איזוטרופי מיקרוסקופ גיליון אור אוטומטי שושלת היוחסין ניתוח לקטלוג Caenorditis הEmbryogenesis עם רזולוציה Subcellular

מחקר זה מתאר את המידות הכמותיות של גודל ולוקליזציה, מורפולוגיה שרירים וצורה מיטוכונדרילית ב -C. אלגיה באמצעות כלים זמינים לעיבוד תמונות באופן חופשי. גישה זו מאפשרת לימודים עתידיים ב -C. אלגיה להשוות בין היקף רקמות ושינויים מבניים כתוצאה מוטציות גנטיות.

גישות כמותיים ללימוד מבנים סלולאריים ומורפולוגיה ארגונית בקנבאבדיוטיס

עבודה זו מתארת פרוטוקול של תפוקה חצי-גבוהה המאפשרת הדמיה בו של embryogenesis בזמן בו במהירות של 80-100 ס מ עוברים בריצה אחת ללילה. בנוסף, כלי עיבוד תמונה ופריטים חזותיים נכללים כדי לייעל את ניתוח הנתונים. השילוב של שיטות אלה עם זני כתבת מותאמים אישית מאפשר ניטור מפורט של embryogenesis.

שיטת דימות למחצה של תפוקה גבוהה וערכת כלי הדמיה של נתונים כדי לנתח את הפיתוח העובריים של ס. אלאנס

Worm-align/Worm_CP היא זרימת עבודה פשוטה FIJI /CellProfiler שניתן להשתמש בה כדי ליישר וליישר דגימות אלגנס Caenorhabditis ולהבקיע תותלעת שלמה מבוססת תמונה assays ללא צורך בשלבי אימון קודמים. יישמו תולעת ליישר / Worm_CP לכימות של ביטוי הנגרמת הלם חום בבעלי חיים חיים או טיפות השומנים בדגימות קבועות.

ליישר תולעת Worm_CP, שני צינורות קוד פתוח ליישור וכימות של נתוני תמונה פלואורסצנטיים המתקבלים מ- Caenorhabditis elegans

למדו לנתח תמונות פלואורסצנטיות של C. elegans באופן אוטומטי באמצעות SegElegans. מערכת הלמידה העמוקה מקצרת זמן הסגמנטציה מ-245 שניות לפחות מ-60 שניות ומגיעה לדיוק של מעל 93%.

ניתוח אוטומטי של תמונות פלואורסצנטיות של C. elegans באמצעות SegElegans

גלה סרטונים נוספים