EasyFiji: ממשק גרפי לעיבוד תמונות פלואורסצנציה ידידותי למשתמש בפיג'י

אם אי פעם תשתמש בפיג'י, אתה יודע כמה הוא חזק וכמה מהר אפשר ללכת לאיבוד בכל התפריטים וההגדרות האלה. EasyFiji מפחיתה את הלחץ מעיבוד התמונה עם כפתורים פשוטים, מחוונים וכלים חכמים שפשוט עובדים. זה פיג'י אבל ידידותי.

הדרך המומלצת להתקין את EasyFiji היא דרך אתר העדכון של Fiji. פשוט לחצו על עזרה, עדכון, לחצו על ניהול אתר העדכון והקלדו EasyFiji. זכור ללחוץ על זה, ללחוץ על הגשה וסגירה.

החלו שינויים, ואז אתחלו מחדש את EasyFiji. משתמשים מתקדמים יכלו גם לבחור להוריד את קבצי JAR מדף האינטרנט של GitHub. לגבי התאמת ערוץ הצבע, אפשר לפתוח כל תמונה מרובת ערוצים, ובאמצעות לשונית צבע הערוצים אפשר לבחור טבלאות חיפוש שונות כאן.

אנחנו יכולים לבחור אדום, ירוק, כחול, אקסטרה, או לבחור את השחור כדי להשבית את הערוץ הספציפי. אנחנו יכולים להשתמש בכל הערוצים כדי להציג את כל צבעי הערוצים, או בכל ערוץ כדי להציג רק ערוץ מסוים. לגבי מחווני הגיין אפשר להפוך את התמונות לבהירות יותר.

אם התמונה כהה מדי, נוכל להפוך אותה לבהירה יותר. ובמקרה של ההזזה, אפשר להגדיר את העוצמה המינימלית בתמונה. כך שנוכל להתאים את צבע כל הערוצים או רק את הערוצים הספציפיים.

לתצוגת הערוץ, פתח את התמונה המעניינת. זו תמונה מרובת ערוצים. אז לכל ערוץ יש עוצמות שונות ומיקום שונים.

עבור כפתור הקולוקליזציה, הוא ייצור את תמונות ה-RGB באמצעות שני ערוצים. הוא מדגיש אזורים שבהם לשני הערוצים יש עוצמות דומות על ידי הצגת אותם פיקסלים בצהוב. כפתור FFMerge גם משלב שני ערוצים לתוך תצוגת RGB, אך בצורה שונה.

כאן, כל ערוץ נשאר גלוי באותה מידה. זה מקל על פרשנות אזורים חופפים מבלי לאבד איזון ערוצים. כפתור FGMerge מכסה ערוץ אחד או יותר על ערוץ בקנה מידה ירוק.

הוא שימושי כשמשלבים תמונות בקנה מידה ירוק כמו DIC או EM. הערוצים נשמרים על ידי גודל הערוץ בקנה מידה ירוק, הניגודיות הכוללת יכולה לתת איכות תמונה טובה בהרבה. הנה דוגמה נוספת לתמונות המשתמשות ב-FGMerge. לתצוגות המחסנית, תוסף EasyFiji מספק פונקציות כמו הקרנת עוצמה מקסימלית, תצוגות פרוסות אורתוגונליות, והקימוגרף.

לשונית עיבוד תמונה. פתח תמונה, לחץ על כפתור ההקלטה כדי להתחיל את פקודת ההקלטה. הפונקציה החלקה תפעיל טשטוש גאוסיאני, ופונקציית ההסרת רעש תפעיל פילטר מדיאני, וכפתור החידוד יפעיל מסכה דו-ממדית לא-חדה, ורקע הנושא יפעיל את אות הכדור המתגלגל, אלגוריתם כדור גלגול להסרת הרקע.

וטבלת החיפוש שהחלה תשנה את ה-, תחיל את הגיין וההזזה כפי שמפורט בפאנל התצוגה. כאן יכולנו לראות, אחרי שהחלנו את פקודת העיבוד הזו, אפשר לראות שאיכות התמונה משתפרת משמעותית. כאן אראה דוגמה לשימוש בכפתור תיקון מקומי ליישום גורם תיקון כך שהעוצמה הבינונית של כל פריים תהפוך למקומית לערך עקומת ההתאמה.

תיקון מקומי וגלובלי יכול להיות מיושם ברצף על אותו מאגר נתונים. כאן הוא מציג את פרופיל העוצמה לפני ואחרי תיקון האקונומיקה. יכולנו לראות שהאות תוקן.

כאן אנו מציגים אפשרויות שמירה שונות. לוח השמירה מותאם למקרה שימושי למי שאינו מומחה בבחירת פורמט הקובץ הנכון לשימושם. אנחנו יכולים לשמור את התמונות כמערך נתונים גולמי.

הוא יכיל את כל המידע של התמונה. אנחנו יכולים לשמור כ-JPEG להצגה, או לשמור את התמונות בפורמט PNJ. ואפשר גם לשמור את ערימת התמונות כסרטים.

פאנל המידע של התמונה, מציג מטא-דאטה של רכישות ספציפיות לספקים בצורה קריאה לאדם עבור תמונות שנרכשו כך. לאחר הסרטון הזה, אמור להיות לך הבנה טובה כיצד להשתמש בתוסף הזה כדי להמחיש ולעבד תמונות ביו-רפואיות. המטרה שלנו לפתח את EasyFiji היא להקל על, להקל על ניתוח תמונות ולנגיש יותר עבור מדעני חיים.

בין אם אתם מתכננים ניגודיות, מיישמים פילטרים או חוקרים מטא-דאטה של תמונה, EasyFiji כאן כדי להפוך את העבודה שלכם עם Fiji לחלקה ומהנה יותר.