Name: EasyFiji: ממשק גרפי לעיבוד תמונות פלואורסצנציה ידידותי למשתמש בפיגי (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-02-20T15:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 9 s
Description: למד עיבוד תמונות פלואורסצנציה בקלות באמצעות EasyFiji, תוסף ידידותי למשתמש עבור תוכנת Fiji (ImageJ). שפר את זרימת העבודה שלך במחקרי מדעי החיים עם כלים פשוטים לכיול צבעים, סינון ושמירת נתונים.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Schindelin, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fiji%3A+an+open-source+platform+for+biological-image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Fiji: an open-source platform for biological-image analysis.</a> Nat Methods. 9 (7), 676-682 (2012).</li>
<li>Rueden, C. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ImageJ2%3A+ImageJ+for+the+next+generation+of+scientific+image+data%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">ImageJ2: ImageJ for the next generation of scientific image data.</a> BMC Bioinformatics. 18 (1), 529(2017).</li>
<li>Mutterer, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Custom+toolbars+and+mini+applications+with+Action+Bar%5BTitle%5D)+AND+%22Figshare%22%5BJournal%5D)">Custom toolbars and mini applications with Action Bar.</a> Figshare. 10 (m9), (2017).</li>
<li>Levet, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Developing+open-source+software+for+bioimage+analysis%3A+opportunities+and+challenges%5BTitle%5D)+AND+%22F1000Res%22%5BJournal%5D)">Developing open-source software for bioimage analysis: opportunities and challenges.</a> F1000Res. 10, 302(2021).</li>
<li>Aaron, J. S., Taylor, A. B., Chew, T. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Image+co-localization-co-occurrence+versus+correlation%5BTitle%5D)+AND+%22J+Cell+Sci%22%5BJournal%5D)">Image co-localization-co-occurrence versus correlation.</a> J Cell Sci. 131 (3), (2018).</li>
<li>Taylor, A. B., Ioannou, M. S., Watanabe, T., Hahn, K., Chew, T. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Perceptually+accurate+display+of+two+greyscale+images+as+a+single+colour+image%5BTitle%5D)+AND+%22J+Microsc%22%5BJournal%5D)">Perceptually accurate display of two greyscale images as a single colour image.</a> J Microsc. 268 (1), 73-83 (2017).</li>
<li>Mary, H., Brouhard, G. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aMary%2C+H+%22KymographBuilder%22">KymographBuilder</a>. , https://imagej.net/plugins/kymograph-builder (2016).</li>
<li>Schanda, J. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSchanda%2C+J+%22Colorimetry%3A+understanding+the+CIE+system%22">Colorimetry: understanding the CIE system</a>. , Wiley Interscience. Hoboken. (2007).</li>
<li>Dunn, K. W., Kamocka, M. M., McDonald, J. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+practical+guide+to+evaluating+colocalization+in+biological+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Physiol+Cell+Physiol%22%5BJournal%5D)">A practical guide to evaluating colocalization in biological microscopy.</a> Am J Physiol Cell Physiol. 300 (4), C723-C742 (2011).</li>
<li>Miura, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bleach+correction+ImageJ+plugin+for+compensating+the+photobleaching+of+time-lapse+sequences%5BTitle%5D)+AND+%22F1000Res%22%5BJournal%5D)">Bleach correction ImageJ plugin for compensating the photobleaching of time-lapse sequences.</a> F1000Res. 9, 1494(2020).</li>
<li>Reid, R. C. Jr, Shapley, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Brightness+induction+by+local+contrast+and+the+spatial+dependence+of+assimilation%5BTitle%5D)+AND+%22Vision+Res%22%5BJournal%5D)">Brightness induction by local contrast and the spatial dependence of assimilation.</a> Vision Res. 28 (1), 115-132 (1988).</li>
<li>Stauffer, W., Sheng, H., Lim, H. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((EzColocalization%3A+an+ImageJ+plugin+for+visualizing+and+measuring+colocalization+in+cells+and+organisms%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">EzColocalization: an ImageJ plugin for visualizing and measuring colocalization in cells and organisms.</a> Sci Rep. 8 (1), 15764(2018).</li>
<li>Taylor, A. B., Ioannou, M. S., Aaron, J., Chew, T. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Model-free+quantification+and+visualization+of+colocalization+in+fluorescence+images%5BTitle%5D)+AND+%22Cytometry+A%22%5BJournal%5D)">Model-free quantification and visualization of colocalization in fluorescence images.</a> Cytometry A. 93 (5), 504-516 (2018).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>אתר EasyFiji GitHub</td><td>קוד פתוח</td><td></td><td>https://github.com/stjude/EasyFiji</td></tr><tr><td>פורום EasyFiji Image.sc</td><td>קוד פתוח</td><td></td><td>https://forum.image.sc/t/announcing-easyfiji-a-user-friendly-gui-plugin-for-fiji/117617</td></tr><tr><td>אתר EasyFiji ImageJ.net</td><td>קוד פתוח</td><td></td><td>https://imagej.net/plugins/EasyFiji_plugin#quick-start</td></tr><tr><td>תוכנת פיג'י</td><td>קוד פתוח</td><td></td><td>https://imagej.net/software/fiji/downloads</td></tr><tr><td>נגן המדיה VLC</td><td>קוד פתוח</td><td></td><td>https://www.videolan.org/vlc/</td></tr></tbody></table>

easyfiji: ממשק גרפי לעיבוד תמונות פלואורסצנציה ידידותי למשתמש בפיג'י

EasyFiji: A Graphical Interface for User-Friendly Fluorescence Image Processing in Fiji

EasyFiji: ממשק גרפי לעיבוד תמונות פלואורסצנציה ידידותי למשתמש בפיג'י

Fiji (Fiji Is Just ImageJ) is an extensive and extensible open-source image processing package widely employed by the bioimage analysis community. ...

easyfiji-graphical-interface-for-user-friendly-fluorescence-image

Research

JoVE Journal

Biology

ביולוגיה

Streptomyces מאופיינים במחזור חיים מורכב שהיה מאתגר מבחינה ניסויית למחקר באמצעים ביולוגיים של תאים. כאן אנו מציגים פרוטוקול לביצוע מיקרוסקופ פלואורסצנטי של מחזור החיים השלם על ידי גידול Streptomyces venezuelae במכשיר מיקרופלואידי.

זמן לשגות הדמיה הקרינה של השלם<em&gt; S. venezuelae</em&gt; מחזור החיים באמצעות מכשיר microfluidic

מיקרוסקופיה פלואורסצנטית של גיליון אור היא כלי מצוין להדמיית התפתחות עוברית. הוא מאפשר הקלטה של סרטוני זמן-lapse ארוכים של עוברים חיים בתנאים כמעט פיזיולוגיים. אנו מדגימים את היישום שלו להדמיית התפתחות עין דג הזברה על פני קני מידה רחבים מרחביים-זמניים ומציגים צינור לאיחוי ודה-קונבולוציה של מערכי נתונים מרובי תצוגות.

באמצעות מיקרוסקופ פלואורסצנטי גיליון אור פיתוח תמונה דג הזברה העין

הדמית morphogenesis של עוברי חרק עם מיקרוסקופ פלואורסצנטי מבוסס אור גיליון הפכה מדינה של האמנות. פרוטוקול זה מתאר ומשווה שלוש טכניקות הרכבה מתאימות עובר Tribolium castaneum, מציג שני קווים מהונדסים רומן מחוייט גם מתאים הדמיה חיה, דן בקרות איכות חיוניות ומציין מגבלות ניסוי נוכחיות.

גיליון מבוסס אור מיקרוסקופ פלואורסצנטי של חיים או קבוע מוכתמת<em&gt; Tribolium castaneum</em&gt; עובר

כאן אנו מציגים פרוטוקול לשילוב שני דוגמת עיבוד טכניקות, בלחץ גבוה מקפיא מדגם בסיוע מיקרוגל עיבוד, ואחריו שרף מינימלי הטבעה לרכישת נתונים עם מיקרוסקופ אלקטרונים סריקה קרן (שיקרתי-SEM) יון ממוקד. הוכח באמצעות העכבר העצב הטיביאלי מדגם Caenorhabditis elegans.

הכנת הדוגמא ביולוגית על ידי הקפאת בלחץ גבוה, שיפור ניגודיות בסיוע מיקרוגל, ושרף מינימלי הטמעה של אמצעי הדמיה

כאן, אנו מציגים עבור חלקיק יחיד מעקב וניתוח תמונות המאפשר הערכה כמותית של דיפוזיה מקדמים, סוגי תנועה וגדלי אשכול של חלקיקים אחד שזוהה על-ידי קרינה פלואורסצנטית מיקרוסקופ פרוטוקול.

עיבוד פרוטוקול עבור הניתוח של פעפוע וגודל האשכול של קולטני ממברנה על-ידי קרינה פלואורסצנטית מיקרוסקופ תמונה

המטרה הכוללת של הפרוטוקול היא להכין מעל 1,000,000 הורה, אחיד, יציב, ותואם ביולוגי טיפות של ליטר על 1 ס מ2 מצע מישורי שניתן להשתמש בו עבור סינתזה של חלבון תא ללא.

מערך מערכת Droplet ליטר ליצירת חלבון מקבילי בנפט ממולקולות דנ א יחיד

אנו מציגים זרימת עבודה זמינה בחופשיות שנבנתה לחיפוש מהיר וניתוח מדויק של גופים סלולריים בתאי תא ספציפיים בתמונות מיקרוסקופית הקרינה. זרימת עבודה ידידותית למשתמש זו מיועדת לתוכנה הפתוחה בקוד הפתוח אייסי ומשתמשת גם בפונקציות ImageJ. הצינור הוא במחיר סביר ללא ידע בניתוח תמונה.

מנתח מבנה משנה: זרימת עבודה ידידותית למשתמש לחקר מהיר וניתוח מדויק של גופים סלולריים בתמונות מיקרוסקופ פלואורסצנטית

פרימורדיה של עלי תירס עטופה ומגולגלת עמוק, מה שמקשה על מחקרם. כאן, אנו מציגים שיטות להכנת חתכים רוחביים ותושבות שלמות של פרימורדיה של עלי תירס להדמיה פלואורסצנטית וקונפוקלית.

שיטות משופרות להכנת חתכים רוחביים ותושבות שלמות לא מגולגלות של פרימורדיה של עלי תירס להדמיה פלואורסצנטית וקונפוקלית

שיטה זו מתארת פרוטוקול אימונופלואורסנציה וצינור כימות להערכת התפלגות חלבונים עם דפוסי ארגון גרעיני מגוונים בלימפוציטים מסוג T אנושיים. פרוטוקול זה מספק הדרכה שלב אחר שלב, החל מהכנת הדגימה והמשך בביצוע ניתוח חצי אוטומטי בפיג'י, וכלה בטיפול בנתונים על ידי מחברת Google Colab.

צינור רב-תכליתי לניתוח שינויים דינמיים בגופים גרעיניים במגוון סוגי תאים

השילוב של איטרטיבי-הלבנה-הרחבה-ריבוי (IBEX) ובדיקת תיוג נוקלאוטידים מסחרית (Click-iT EdU) מאפשר זיהוי וסיווג של סוגי תאים מתחלקים בתהליכים דינמיים ביותר בקטעי רקמת עכברים קפואים קבועים. יתר על כן, צינור עיבוד תמונה חדש בקוד פתוח מספק רכישה וניתוח של תמונות בתפוקה גבוהה.

זרימת עבודה של הדמיה וניתוח בתפוקה גבוהה להערכת פנוטיפים של תאי עור ומצבי התפשטות בדגימות רקמה

למד עיבוד תמונות פלואורסצנציה בקלות באמצעות EasyFiji, תוסף ידידותי למשתמש עבור תוכנת Fiji (ImageJ). שפר את זרימת העבודה שלך במחקרי מדעי החיים עם כלים פשוטים לכיול צבעים, סינון ושמירת נתונים.

EasyFiji: ממשק גרפי לעיבוד תמונות פלואורסצנציה ידידותי למשתמש בפיג'י

גלה סרטונים נוספים