Automated Sample Preparation for the Multiplexed Analysis of Single-Cell Histone Post-Translational Modifications (sc-hPTM2)

Giulia Barotti; Ronald Cutler; Joshua Cantlon; Barbara Montanini; Simone Sidoli

doi:10.3791/69588

הכנת דגימה אוטומטית לניתוח מולטי-פלקסי של שינויים פוסט-תרגומיים בהיסטונים חד-תאיים (sc-hPTM2)

JoVE Journal
Biochemistry

A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.

JoVE Journal Biochemistry

Automated Sample Preparation for the Multiplexed Analysis of Single-Cell Histone Post-Translational Modifications (sc-hPTM2)

הכנת דגימה אוטומטית לניתוח מולטי-פלקסי של שינויים פוסט-תרגומיים בהיסטונים חד-תאיים (sc-hPTM2)

Full Text

31,022 Views

07:21 min

December 19, 2025

DOI: 10.3791/69588-v

Giulia Barotti¹, Ronald Cutler¹, Joshua Cantlon², Barbara Montanini³, Simone Sidoli¹

¹Albert Einstein College of Medicine, ²SCIENION, ³Department of Chemical, Life and Environmental Sustainability Sciences,University of Parma

Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

כאן אנו מציגים פרוטוקול לאוטומציה של ניתוח שינוי פוסט-תרגומי של היסטונים חד-תאיים באמצעות אסטרטגיית תיוג איזוטופי דו-פלקס ועיכול ArgC. תהליך עבודה זה מאפשר פרופילינג כמותי, שכפול ורגיש מאוד של הטרוגניות כרומטין ותגובות אפיגנטיות ברזולוציה של תא יחיד.

אנו מקדמים פרוטאומיקה חד-תאית באמצעות שיטת מולטיפלקס אוטומטית לחקר הטרוגניות כרומטין גלובלית לשינויים פוסט-תרגומיים. מה שמאתגר את הפרוטוקול הזה הוא הכנת הפרוטאומית בקנה מידה פיקוגרמה, תיוג מולטיפלקס, וכן פתרון פפטידי היסטונים מורכבים שעברו שינוי קומבינטורי. כדי להתחיל, לשחזר תאי קרצינומה כבדית של Hep G2/C3A בריכוז סופי של 200 עד 500 תאים למיקרוליטר ב-PBS קר מאוד.

הגדר את רוחב הפולס ומתח ההנעה של כל פיה לערכים שמספק היצרן. ליעילות איסוף מקסימלית, ודא שהסטייה של ה-Z בין שתי הפיות שונה בפחות מ-50 מיקרומטר. זהה את מיקום המגע האופטימלי לכל פיה והשווה את קריאות גובה ה-Z בלשונית הגדרת הפיה.

View the full transcript and gain access to thousands of scientific videos