סבב עבודה מעשי לניתוח נתוני טרנסקריפטומיקה מרחבית: מרכישת נתונים ועד לניתוחים מתקדמים

363 צפיות

14:57 דק׳

21 באוגוסט 2026

363 צפיות

Hualin Wang¹ , Weijia Chen¹ , Yan Wu¹ , Chuanjing Sun¹ , Zhuang Zhu¹ , Kezhong Zhang² , Yao Geng¹ , Yuntao Zhou³ , Jianqiu Xiao¹

¹Rehabilitation Medicine Center, The First Affiliated Hospital with Nanjing Medical University, ²Department of Neurology, The First Affiliated Hospital with Nanjing Medical University, ³School of Rehabilitation Medicine, Nanjing Medical University

פרוטוקול זה מציג זרימת עבודה הניתנת לשחזור לניתוח נתוני טרנסקריפטומיקה מרחבית (spatial transcriptomics), ומנחה את המשתמשים החל מרכישת נתונים ציבוריים ובקרת איכות מבוססת Seurat, דרך אינטגרציה, זיהוי מאפיינים מרחביים, דה-קונבולוציה של סוגי תאים, אנוטציה של אזורי עניין (ROI) וניתוח תקשורת בין-תאית, כולל נקודות ביקורת מעשיות התומכות בביצוע שקוף.