Name: דגימת DNA סביבתית מכלי שיט לצפייה בלווייתנים למעקב אחר יונקים (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-04-10T12:35:00.000+00:00
Duration: 8 min 7 s
Description: למד פרוטוקול לדגימת DNA סביבתי מלווייתנים באמצעות כלי שיט לצפייה בלווייתנים. השיטה מאפשרת מעקב לא פולשני אחר מגוון ביולוגי ימי באיסלנד, פורטוגל ואיטליה.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<table><tbody><tr><td>מסנני eDNA חלופיים: SterivexTM /Waterra</td><td>מרק מיליפור/ווטרה פאפס בע"מ</td><td>SVHVL10RC/NA</td><td>0.45 ומיקרו; גודל נקבוביות. נדרש מאגרי שימור eDNA &nbsp;</td></tr><tr><td>AW1, AW2, מאגרי AE</td><td>Qiagen&nbsp; &nbsp;</td><td>19081, 19072, 19077</td><td>תמיסות בופר המשמשות לטיהור DNA במהלך החילוץ</td></tr><tr><td>תמיסת אקונומיקה (1:10)</td><td>DM - Denk mit, Hygienereiniger</td><td>מותאם אישית</td><td>ניקוי שטח. כל השלבים בתהליכי מעבדה</td></tr><tr><td>דליים</td><td>חנויות שיט, ציוד דיג, אמזון</td><td></td><td>נוקשה. גומי או פלסטיק קשה (יותר מ-10 ליטר). אחת או יותר, תלוי במבנה הדגימה ובלוגיסטיקה המובנית</td></tr><tr><td>תגובת ניקוי, אקספרס PCR&nbsp;</td><td>ExoSAP-IT</td><td>75001.1.EA</td><td>הכנת מוצרי PCR לריצוף סנגר</td></tr><tr><td>תיבת קירור</td><td>דיור</td><td></td><td>מיכל קשיח מבודד או שקית קירור</td></tr><tr><td>כפפות חד-פעמיות, גדלים גדולים (L) ובינוניים (M), ללא אבקה</td><td>קימברלי-קלארק</td><td>43431, 55090</td><td>כפפות ניטריל או לטקס חד פעמיות, קופסה של 100 יחידות. הכמות הנדרשת: קופסה אחת לכל 10 - 15 נסיעות</td></tr><tr><td>תקני DNA (3 & mu; L)&nbsp;</td><td>NA</td><td>מותאם אישית</td><td>רקמת DNA נגזרת - דילול סדרתי (8 נקודות, 10 ng/&micro; L) מלווייתן גבנון. כיול ב-qPCR</td></tr><tr><td>בגדי מעבדה בטוחים ל-DNA</td><td>פאלאנו, PP-כללי</td><td>081-2900</td><td>כל השלבים בתהליכים במעבדה.</td></tr><tr><td>מיכל eDNA</td><td>חנויות מגורים או חומרי בניין</td><td>NA</td><td>עם מכסה, עמיד, שקוף (מעל 10 ליטר).&nbsp;</td></tr><tr><td>פלטת הסחתה, כיסוי מוט, לוחות כביסה, לוח קשירה</td><td>קיאגן</td><td>19581, 997004, 1031656, 302570</td><td>פלסטיקים המשמשים להפקת DNA &nbsp;</td></tr><tr><td>אתנול (8:10)</td><td>Endure, ACS ISO צלצל</td><td>מגוון</td><td>חיטוי ספסל. כל שלבי המעבדה</td></tr><tr><td>גיליונות נתונים בשטח</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>בדיקת רגישות גבוהה מבוססת פלואורסצנציה</td><td>תרמו פישר סיינטיפיק</td><td>Q32851</td><td>בדיקת רגישות גבוהה של קיוביט dsDNA (Thermo Fisher Scientific, וולטהם, ארה"ב)</td></tr><tr><td>צנטריפוגה מהירה (24,000 סל"ד)</td><td>Hettich Zentrifugen &nbsp;</td><td></td><td>מפריד בין סופרנטנט המכיל DNA לבין פסולת. ניתוק DNA</td></tr><tr><td>חבילות קרח</td><td>חנויות מגורים</td><td></td><td>קירור הדגימות בתוך מכולת המשלוח</td></tr><tr><td>פריימרים קדימה ואחוריים של IPC</td><td>טכנולוגיות DNA משולבות</td><td>NA</td><td>מוצר מותאם אישית המשמש להגדלת DNA של מין יעד</td></tr><tr><td>גלאי IPC פריים טיים qPCR</td><td>טכנולוגיות DNA משולבות</td><td>NA</td><td>מוצר מותאם אישית המשמש להגדלת DNA של מין יעד</td></tr><tr><td>מכסה זרימה למינרי&nbsp;</td><td>מוצרי המעבדה של קנדרו</td><td>VFS1206</td><td>סביבה סטרילית להכנת תגובות בהכנת qPCR</td></tr><tr><td>פרוטוקול שדה מאויר למינציה &nbsp;</td><td></td><td></td><td>מותאם אישית</td></tr><tr><td>בופר Lysis</td><td>קיאגן</td><td>79216</td><td>בופר ליזיס DNeasy AL. חלופה ל-TES Buffer + Proteinase K</td></tr><tr><td>חרוז מגנטי & נדש; רובוט מבוסס DNA</td><td>ראש PCR קינגפישר אפקס 96</td><td>5400910</td><td>תוכנה: BindIx PC&nbsp;</td></tr><tr><td>חלקיקים מגנטיים לקשירת חומצות גרעין (30 ומיקרו; L)</td><td>קיאגן</td><td>67563</td><td>חלקיקי MagAttract (חלקיקי MagTract). מקל על קישור DNA לחרוזים מגנטיים בהפקת DNA</td></tr><tr><td>מאסטר מיקס (5 ו-mu; L)</td><td>EMM, Life Technologies</td><td>4396838</td><td>TaqMan Environmental Master Mix (2.0)</td></tr><tr><td>צנטריפוגה מיני עם סיבוב לוחות&nbsp;</td><td>Labnet</td><td>C1000</td><td>סובב טיפות נוזל ועיבוי מ-PCR ולוחות מיקרו</td></tr><tr><td>ערכת הסרת מעכבי PCR OneStep-96</td><td>מחקר ZYMO</td><td>D6035</td><td>טיהור והסרת מזהמים בתמציות eDNA &nbsp;</td></tr><tr><td>לוחות PCR</td><td>ביו-ראד</td><td>HSP9601</td><td>באר 96 קשיחות</td></tr><tr><td>פיפטות + קצוות מסוננים סטריליים</td><td>פיפטות: BIOHIT, טיפים לסינון: Biozym Safe&nbsp; טיפים לחותמות &nbsp; מקצועי</td><td>מגוון</td><td>ניתן להשתמש בפיפטות ידניות או אלקטרוניות בנפחים מקסימליים שונים</td></tr><tr><td>צנטריפוגה עם ספינר לוחות&nbsp;</td><td>NA</td><td>NA</td><td>מסיר בועות לפני qPCR&nbsp;</td></tr><tr><td>פרוטאנאז K</td><td>Avantor VWR</td><td>A4392.0010</td><td>מעכל חלבונים כדי לסייע בשחרור DNA במהלך הליזה</td></tr><tr><td>מים מטוהרים</td><td>MilliQ</td><td>NA</td><td>מים ללא RNase, המשמשים לבקרות שליליות ותמיסת ניקוי &nbsp;</td></tr><tr><td>צינורות תגובה (2 מ"ל)</td><td>אפנדורף</td><td>30120094</td><td>ניתוק DNA</td></tr><tr><td>תרמחזור PCR כמותי בזמן אמת</td><td>Analytikjena</td><td>NA</td><td>פלטפורמת QTower 3G. מגבירה וכמתת את ה-DNA בזמן אמת</td></tr><tr><td>חבלים</td><td>שיט, חנויות כלי עבודה, נמלי דיג</td><td>NA</td><td>חומר חזק (למשל, פוליאתילן או חבל קלוע). אורך לפחות פי שניים מגובה הכלי</td></tr><tr><td>סרט איטום, דבק, אופטי</td><td>ביו-ראד</td><td>MSB1001</td><td>מיקרוסיל 'ב'. אטום לוחית PRC לפני PCR</td></tr><tr><td>מסנני eDNA משמרים את עצמם</td><td>סמית'-רוט&nbsp;</td><td>11579-25</td><td>1.2 ומיקרו; גודל נקבוביות. כמות לכל קמפיין דגימה: לפי הצורך</td></tr><tr><td>מכולת הובלה</td><td>מעבדות, בתי מרקחת, אמזון</td><td>מגוון</td><td>קלקר מבודד</td></tr><tr><td>תוכנה ליישור וניתוח רצפים ביולוגיים</td><td>עריכת ביוגרפיה</td><td>גרסה 7</td><td>עורך ותוכנת ניתוח יישור רצפים ביולוגיים ידידותית למשתמש עבור Windows 95/98/NT</td></tr><tr><td>בקבוק סחיטה</td><td>מעבדות, בתי מרקחת</td><td>מגוון</td><td>מלא באקונומיקה ביתית (1:10)</td></tr><tr><td>תוכנת ניתוח סטטיסטי</td><td>R Studio Team. (2023)</td><td>גרסה 4.2.1</td><td></td></tr><tr><td>כפפות מחוטאות ללא DNA</td><td>Sempercare&nbsp; מהדורה</td><td>79712</td><td>כל השלבים בתהליכי מעבדה. &nbsp;</td></tr><tr><td>בופר TES</td><td></td><td></td><td>מוצר מותאם אישית, המקביל ל-DNeasy lysis buffer</td></tr><tr><td>מיכל פסולת רעילה</td><td></td><td></td><td>סילוק בטוח של פסולת מסוכנת. כל השלבים</td></tr><tr><td>מנורת UV&nbsp;</td><td>SterilAIR</td><td></td><td>חיטוי מכסה המנוע להכנת qPCR</td></tr><tr><td>Vortex-genie 2 vortex mixer&nbsp;</td><td>תרמו פישר סיינטיפיק</td><td>50728002</td><td>הומוגניזציה ומערבבת ריאגנטים. ניתוק DNA, חילוץ</td></tr><tr><td>מיכל פסולת</td><td>חנויות מגורים</td><td></td><td>מיכל קשיח קטן</td></tr><tr><td>משאבת מים (פריסטלטיקה/ואקום)</td><td>אייקלקמפ; סולינסט/סמית'-רוט&nbsp;</td><td>12.34.SB; 410/12099</td><td>משאבות ניידות</td></tr><tr><td>טוש עמיד למים</td><td>מגוון</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

דגימת dna סביבתית מכלי שיט לצפייה בלווייתנים למעקב אחר יונקים

Environmental DNA Sampling from Whale-Watching Vessels for Cetacean Monitoring

דגימת DNA סביבתית מכלי שיט לצפייה בלווייתנים למעקב אחר יונקים

Environmental DNA (eDNA) offers a non-invasive approach for monitoring cetaceans, yet its widespread application from operational platforms requires ...

פרוטוקול זה מספק גישה סטנדרטית לדגימת eDNA של לווייתנים במהלך הפלגות צפייה בלווייתנים. קיימות שיטות דגימת eDNA שונות רבות. דבר זה פוגע בניתוח נתונים השוואתי.הפרוטוקול שלנו מותאם בהתאם לתנאים סביבתיים ומגן מפני זיהום. בעזרת מעבדת רדיו eDNA, פרוטוקול זה יכול להתבצע על ידי לא-מומחים ומדענים אזרחיים במהלך פעילויות צפייה בלווייתנים וברחבי העולם. כדי להתחיל, יש להכין חומרי תיעוד בשטח, כולל גיליונות הנתונים בשטח ופרוטוקול השדה הלמינציה שלב אחר שלב לדגימת DNA סביבתית של יונקים ימיים.שים טוש עמיד למים, שני מסנני eDNA בכל טביעת פלאק, מספר מספיק כפפות ומיכל פסולת ייעודי בקופסה. הכינו דליים קשיחים אחד או יותר המתאימים לסוג הכלי ולתצורה שעל הסיפון, מיכל DNA סביבתי משני, ומשאבת מים פריסטלטית או ואקום ניידת. לבשו כפפות במהלך כל טיפול בציוד והחליפו כפפות בין משימות.כדי לחטא את הציוד, מרחו תמיסת אקונומיקה ביתית מדוללת על ידי התזה אחידה על כל משטחי הדליים, המכסים, המיכלים וצינורות המשאבה. שטוף היטב במי ברז שלוש פעמים. הביאו את כל החומרים לפני הגעת הנוסעים ואחסנו אותם באזור נקי ייעודי.תאם דגימה, תזמון ומיקום הספינה עם צוות הספינה. התבוננו בדפוסי העלייה על פני המים כדי לצפות לצלילות לווייתנים. אספו 20 ליטר מי ים מהטביעת המים בהקדם האפשרי, תוך הבטחת עיכוב של לא יותר מ-10 דקות לאחר הצלילה של הלווייתן.השגת דגימות מאזורים שונים תוך שימוש בתנאים לוגיסטיים מותאמים אישית לכל מיקום ולכל סוג ספינה. במידת הצורך, העבירו את המים שנאספו לתחנת סינון ייעודית על הסיפון, תוך הימנעות משפיכה. רשמו זהות מין, קואורדינטות מערכת מיקום גאוגרפית, זמן ודגימה משכפלים זיהוי בגיליון הנתונים.החלפת כפפות לפני הסינון. פתח את שקית הסינון וטפל במסנן רק ליד השקע. הכניס את הפתח לסנורקל, ואז חבר את צינור המשאבה ליציאה.טבלו את השנורקל בדגימת המים מבלי לטבול את בית המסנן, והגדרו את המשאבה לקצב זרימה מהיר ויציב. סנן 10 ליטר ברציפות תוך כדי ניטור יציבות זרימה. לאחר מכן, הפוך את המסנן והפעיל את המשאבה במשך 30 עד 60 שניות כדי להסיר מים שנותרו.התאם את מערכת משאבת הסינון בהתאם לתנאי השדה. כבה את המשאבה ונתק את הצינור. שים את המסנן בשקית המקורית שלו ותסמן אותו מיד.החלף כפפות והכין את עצמך לביצוע סינון לשכפול השני. אחסן את מסנני ה-DNA הסביבתיים השומרים את עצמם במיכל בטוח ויבש בחדר מוצל עם טמפרטורת סביבה. שמרו את המסננים במקרר אם הטמפרטורה הסביבתית עולה על 20 מעלות צלזיוס ושלחו אותם תוך שלושה חודשים.בצע את כל הליכי המעבדה בחדרים ייעודיים עם עיקור אולטרה סגול עם אוורור מתאים. לאחר שלבוש כפפות ללא DNA וביגוד מגן, נקה היטב את שולחנות העבודה. באמצעות מלקחיים ללא DNA, קפלו את ממברנת הסינון למשולשים והעבירו אותה לצינור תגובה בקוטר שני מיליליטר כאשר הקצה מכוון כלפי מטה.הוסף 400 מיקרוליטר בופר ליזיס הכולל 380 מיקרוליטר TES buffer ו-20 מיקרוליטר פרוטאנאז K לכל צינור תגובה. מערבולת לזמן קצר ודגירה בטמפרטורה של 56 מעלות צלזיוס למשך לפחות שלוש שעות עם ערבוב. הכניסו את המסנן לפתח פלסטיק עם תחתית מחוררת וצנטריפוגה בטמפרטורה של 18, 626 גרם למשך 10 דקות בטמפרטורת החדר כדי להפריד את בופר הליזיס מהפילטר.תגובות חילוץ פיפטות ללוחות שטיפה וללוחות שחרור. השתמש במספר לוחות קישור אם נפח הליזאט הכולל עולה על 300 מיקרוליטר. חלקיקים מגנטיים של מערבולת, ומוסיפים 30 מיקרוליטר לכל באר בלוח הקישור הראשון.הרץ את תוכנית קליטת ה-DNA הראשונית לשני לוחות קישור ואת תוכנית חילוץ ה-DNA שלאחר מכן על הרובוט. כדי להריץ את כל תגובות ה-QPCR בשלוש עותקים, יש להכין את המיקס המאסטר הנדרש במרחב עבודה ייעודי ולהפיץ אותו בין הבארות. הוסף שלושה מיקרוליטרים של תקן DNA יעד או תמצית eDNA לכל באר.לאחר איטום לוח ה-PCR המוכן, צנטריפוגה אותה ב-3,500G למשך 10 שניות, והפלטה לתוך תרמחזור PCR כמותי בזמן אמת. לבסוף, יש לבצע את הבדיקה בתנאי מחזור אופטימליים. נאספו 247 דגימות DNA סביבתיות או eDNA במפרץ סקילפנדי, איסלנד, ובאיים האזוריים, שכללו איסוף של עד 10 ליטרים של מי ים עם שני מסנני eDNA משמרים את עצמם בכל טביעת פלאק.מתוך 44 מסנני eDNA שנבדקו עבור eDNA לווייתן גבנון, 20 הניבו אותות הגברה, בעוד ש-24 לא הראו הגברה. ריקות חילוץ, בקרות שדה ובקרות PCR כמותיות לא הראו הגברה ניתנת לזיהוי, מה שמעיד על היעדר זיהום. מבין התגובות החיוביות, תשעה מסנני eDNA הניבו לפחות ערך סף מחזור אחד מתחת לגבול הגילוי, וסווגו כזיהוי אמין.11 מסנני ה-EDNA הנותרים הפיקו ערכי סף מחזור מעל גבול הגילוי, מה שמעיד על גילויים סבירים. ערך סף המחזור הממוצע היה נמוך במעט במסנני eDNA של אזור האזורים, כ-34.7, לעומת מסנני איסלנד עם ערך של כ-36.9. ההבדל בערכי סף המחזור בין מסנני eDNA של האיים האזוריים לאיסלנד לא היה מובהק סטטיסטית.פרוטוקול זה יכול לשמש בקמפיינים עתידיים לדגימות eDNA רחבי היקף לחקר מגוון ביולוגי ימי או גנטיקה של אוכלוסיות לווייתנים. פרוטוקול זה מאפשר גילוי ומעקב לא פולשני אחרי יוונקים ימיים וטקסונים נלווים באמצעות eDNA הכלול בטביעות פלוק שנאספו מכלי שיט לצפייה בלווייתנים.

environmental-dna-sampling-from-whale-watching-vessels-for-cetacean

Research

JoVE Journal

Biology

ביולוגיה

סרט הווידאו הזה מתעד שיטות לאיסוף דגימות מים חוף הים ועיבוד אותם במורד הזרם עבור יישומים שונים, כולל ריכוז ביומסה, טיהור חומצות גרעין, שפע תאים, מזין ומנתח גז עקבות.

מי ים דגימה אוסף

אנו מציגים גישה דגימה פולשנית ביעילות לאסוף דגימות שיער של יונקים קטנים חמקמק, כפי שמוצג על pika האמריקאי. אנו מדגימים את השירות של שיטה זו על ידי מיצוי דנ"א של השיער שנדגמו הגברה מספר סוגים של סמנים מולקולריים נפוץ לימודי האקולוגיה ושימור חיות בר.

שיער פולשנית דגימה טכניקה לקבל DNA באיכות גבוהה מ יונקים קטנים החמקמק

אנו מתארים פרוטוקול לסינון דגימות מים עם מחסנית מסנן וחילוץ DNA סביבתי (eDNA) מבלי לחתוך את המארז כדי להסיר את המסנן. פרוטוקול זה פותח עבור מטברקוד דנ"א מדגים, אולם הוא ישים גם לדנ"א סביבתי מאורגניזמים אחרים.

שימוש במחסנית סינון עבור הסינון של מי דוגמאות הפקת DNA הסביבה

הפרוטוקול שלהלן מתאר את המתודולוגיה: דגימת חלקיקים על פני הים, הפרדת זיהוי חלקיקי פלסטיק והכימי של חלקיקים. פרוטוקול זה עולה בקנה אחד עם ההמלצות לניטור חלקיקים בהוצאה בתת הטכנית MSFD על זבל ימי.

פרוטוקול עבור דגימת חלקיקים על פני הים וניתוח לדוגמא

רוב המחקרים microplastic לתאריך אירעה במערכות ימיות איפה מושעה מוצקים רמות נמוכות יחסית. המוקד עכשיו הסטה ל מערכות מים מתוקים, אשר ייתכן כוללים המון משקעים גבוהה ופסולת צף. פרוטוקול זה מטפל איסוף וניתוח microplastic דגימות סביבות הימית המכילים גבוהה המון מוצק על תנאי.

דגימה, מיון של אפיון Microplastics בסביבות מימיות עם המון משקעים מושעה גבוהה ופסולת צף גדול

בדיקות DNA סביבתיות דורשות תכנון קפדני, בדיקות, אופטימיזציה ואימות לפני תחילת איסוף נתוני השדה. כאן, אנו מציגים פרוטוקול שייקח את המשתמשים דרך כל שלב של תכנון בדיקת qPCR ספציפית למינים, מבוססת בדיקה לגילוי וכימות של דנ"א של מיני יעד מדגימות סביבתיות.

פיתוח ובדיקה של מבחני PCR כמותיים ספציפיים למינים עבור יישומי DNA סביבתיים

כאן אנו מציגים פרוטוקול פשוט לדגימה גנטית לא פולשנית של אוכלוסיות פרפרים בהתבסס על איסוף שדה של שאריות פסולת ביצים. ניתן להשתמש בו כדי לאשר את זהות המין ולכמת שונות גנטית. פרוטוקול זה יכול להיות מותאם בקלות לקבוצות רחבות יותר למעורבות מדעית קהילתית.

פריסת מדעני קהילה לביצוע דגימה גנטית לא פולשנית של אוכלוסיות פרפרים נדירות

כאן, אנו מציגים פרוטוקול חדשני לאחזור דנ"א סביבתי ימי באמצעות איסוף וסינון של דגימות מי ים ממעבורות תפעוליות וכלי שיט מסחריים אחרים.

המעבדה הצפה: נוהל תפעולי סטנדרטי לאיסוף וסינון דגימות מי ים ממעבורות הפעלה לניתוח DNA סביבתי

הפרוטוקול מזהה גנים מרכזיים של מחזור מתאן בביצות החוף של דרום טקסס ומדמיין את התפוצה המרחבית שלהם כדי לשפר את ההבנה של ויסות המתאן והשפעותיו הסביבתיות במערכות אקולוגיות דינמיות אלה.

הדמיה של דינמיקה מיקרוביאלית של מחזור מתאן בביצות חוף

כאן, אנו מתארים שיטות דגימה מהאזורים האופוטיים של מערכות אקולוגיות ימיות ומים מתוקים כדי לבודד ציאנופגים (והמארחים שלהם) ותהליכים שלאחר הדגימה המעשירים גנוטיפים בודדים ומאפיינים את דינמיקת האינטראקציה בין וירוס למארח.

דגימה סביבתית של מיקרובים פוטוסינתטיים ווירוסיהם: מהשדה למעבדה

למד פרוטוקול לדגימת DNA סביבתי מלווייתנים באמצעות כלי שיט לצפייה בלווייתנים. השיטה מאפשרת מעקב לא פולשני אחר מגוון ביולוגי ימי באיסלנד, פורטוגל ואיטליה.

דגימת DNA סביבתית מכלי שיט לצפייה בלווייתנים למעקב אחר יונקים

גלה סרטונים נוספים