Siti di legame conservati

In generale, i siti di legame del ligando si trovano all'interno di specifici cluster di aminoacidi o domini dedicati ad un certo tipo di interazione. Le parti che sono cruciali per la funzione di un dominio, come il legame del ligando, rimangono invariate durante l'evoluzione, perché di regola le mutazioni che eliminano funzioni vitali sono eliminate dalla selezione naturale. Per esempio, molte proteine nucleari, compresi i fattori di trascrizione, contengono 34.130:00:29.850 00:00:00 domini FF che si legano alla RNA polimerasi II;questi domini ottengono il loro nome dai due amminoacidi di fenilalanina presenti su eliche separate.

I due aminoacidi di fenilalanina, insieme ad alcuni altri aminoacidi altamente conservati, formano il nucleo idrofobo del sito di legame. La sostituzione di questi aminoacidi andrebbe a disgregare la formazione di questa struttura specifica, quindi influenzerebbe la sua capacità di legarsi alla RNA polimerasi II.Gli scienziati usano il tracciato evolutivo per trovare le regioni conservate dei domini;questo viene eseguito confrontando genoma e proteine, sequenze di domini simili e identificando gli amminoacidi che rimangono invariati. La successiva analisi di queste sequenze correlate permette l'identificazione di cluster formati dagli aminoacidi conservati.

Tali dati possono essere utilizzati per creare modelli 3D e determinare le forme delle proteine, così come le strutture ottimali dei loro siti di legame, analizzandone le sequenze conservate 00:01:35.000 00:01:37.610 e le strutture che permettono agli scienziati di studiare le relazioni evolutive tra le proteine e di predire i siti di legame di altre proteine contenenti cluster comparabili.