Sistema di Classificazione Microbica

La classificazione è il processo mediante il quale gli organismi vengono organizzati in gruppi gerarchicamente inclusivi, basati su somiglianze fenotipiche o relazioni evolutive. Una specie comprende uno o più ceppi, e le specie strettamente correlate vengono raggruppate in generi. I generi sono ulteriormente classificati in famiglie, le famiglie in ordini, gli ordini in classi e così via, fino al livello di dominio, che rappresenta il rango tassonomico più ampio, definito mediante una combinazione di dati fenotipici e genotipici.

La nomenclatura degli organismi segue il sistema binomiale sviluppato da Carl Linnaeus, in cui a ciascun organismo viene assegnato un nome di genere e un epiteto specifico, scritti in corsivo. L’attribuzione di nuovi taxa microbici è regolata dal Comitato Internazionale per la Sistematica dei Procarioti (ICSP), che supervisiona il Codice Internazionale di Nomenclatura dei Batteri (noto anche come Codice Batteriologico). Questo codice stabilisce le procedure formali necessarie per la validazione. Un nuovo nome di specie deve essere accompagnato da una descrizione dettagliata delle sue caratteristiche distintive e dalla deposizione di colture vitali in almeno due collezioni internazionali. Quando gli organismi non possono ancora essere coltivati o isolati in forma pura, viene assegnato un nome provvisorio con il prefisso "Candidatus." Ad esempio: Candidatus Pelagibacter ubique (una specie batterica ampiamente diffusa, molto difficile da coltivare in laboratorio), Candidatus Heliomonas lunata (una specie batterica che non può essere coltivata in coltura pura in laboratorio). Elenchi aggiornati e convalidati di batteri e archaei sono disponibili presso il Elenco dei nomi procariotici con posizione nella nomenclatura (http://www.bacterio.net) e Nomenclatura procariotica aggiornata (http://www.dsmz.de).

Il Manuale Sistematico di Batteriologia di Bergey (Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology) rappresenta il sistema di classificazione più riconosciuto per batteri e archaei. Sin dalla sua prima pubblicazione nel 1923, costituisce una risorsa essenziale per i microbiologi, offrendo informazioni dettagliate, incluse tabelle sistematiche, figure e strumenti di identificazione. Un’altra risorsa importante è The Prokaryotes, che fornisce ampie informazioni su fisiologia, ecologia, filogenesi e coltivazione degli organismi procariotici.

Le collezioni nazionali di colture microbiche, come l’American Type Culture Collection, la Belgian Coordinated Collection of Microorganisms, la Collezione dell'Institut Pasteur e molte altre, svolgono un ruolo fondamentale nella sistematica microbica. Questi depositi conservano colture vitali in condizioni che preservano l’integrità genetica, garantendone l’accessibilità per la ricerca e la conservazione della biodiversità. A differenza degli esemplari museali tradizionali, tali colture vengono mantenute in stato vitale, consentendo uno studio e una caratterizzazione continui. Queste collezioni custodiscono anche i ceppi tipo (type strains), che fungono da punti di riferimento per futuri confronti tassonomici.