1. Generazione degli organoidi CRC coltivati su matrice extracellulare artificiale
Le procedure sperimentali per la coltura di organoidi CRC dei PDX del colon sono descritte nella Figura 1B (passaggio 4).
- Stabilire un terreno di coltura adatto per gli organoidi CRC derivati da PDX (vedere la Tabella dei materiali, "il terreno di coltura per organoidi CRC") utilizzando terreni precedentemente descritti per gli organoidi del colon umano.
- Applicare 150 μL di matrice extracellulare artificiale (vedi Tabella dei materiali) per pozzetto su una piastra a 12 pozzetti su ghiaccio e poi incubarla per 30-60 minuti in un incubatore a 37 °C, CO2 al 5% per solidificare i gel.
- Sospendere il pellet cellulare di cellule CRC ottenute dal modello murino PDX con il terreno di coltura di organoidi CRC (dal passaggio 1.1) con FCS al 5% per regolare a 3 x 105 cellule/mL. Quindi, seminare 1 mL di terreno sulla piastra artificiale rivestita di matrice extracellulare preparata nella fase 1.2 e incubare per una notte a 37 °C sotto il 5% di CO2. Utilizzare un emocitometro per contare il numero di cellule tumorali, comprese le singole cellule e i cluster multicellulari (un gruppo di cellule aderenti) nella sospensione cellulare.
NOTA: In questo studio viene utilizzato FCS al 5% per estinguere l'attività enzimatica residua della collagenasi.
- Raccogliere con cura il terreno di coltura, comprese le cellule galleggianti staccate dalla piastra rivestita di matrice extracellulare artificiale, in una provetta da centrifuga da 1,5 ml il giorno successivo e centrifugarla a 1.400 x g per 5 minuti. Quindi, rimuovere il surnatante e risospendere il pellet in 70 μL di matrice extracellulare artificiale su ghiaccio.
- Per aumentare la vitalità delle cellule CRC, sovrapporre la matrice extracellulare artificiale contenente cellule tumorali sulle cellule organoidi tumorali attaccate alla piastra rivestita di matrice extracellulare artificiale e incubare per 30 minuti in un incubatore a 37 °C, CO2 al 5% per solidificare il rivestimento della matrice extracellulare artificiale. Quindi, incubarlo con 1 mL di terreno di coltura cellulare organoide CRC con FCS all'1% a 37 °C sotto il 5% di CO2.
- Cambiare il terreno di coltura ogni due giorni. Poiché gli organoidi CRC riempiono il terreno, potrebbe essere necessario cambiare il terreno ogni giorno.
2. Generazione e arricchimento di particelle lentivirali GFP
Le procedure sperimentali per la generazione e l'arricchimento di particelle lentivirali GFP sono descritte nella Figura 1C (fase 5).
- Coltivare HEK293T le cellule con il terreno 1640 del Roswell Park Memorial Institute (RPMI) contenente il 10% di FCS e preparare sei piastre da 10 cm (2 x 106 cellule per piastra) per la successiva procedura di trasfezione.
- Per la trasfezione per piastra, preparare 500 μl della miscela di cui 20 μl del reagente di trasfezione in DMEM con un vettore PRRL-GFP (5 μg) e due plasmidi lentivirali, come pCMV-VSV-G (1 μg) e pCMV-dR8.2 dvpr (5 μg), in una microprovetta sterile da 1,5 mL. Mantenere il composto a temperatura ambiente per 20 minuti, quindi sovrapporlo su ciascuno dei piatti da 10 cm e incubarli per 18 ore.
- Togliere il terreno, aggiungere 5 ml di terreno fresco al 10% FCS-RPMI 1640 in ogni piatto e lasciare riposare per 24 ore.
- Raccogliere il terreno condizionato da ciascuna piastra in una provetta da centrifuga da 50 ml e conservare un totale di 30 ml di terreno a 4 °C per una notte. Aggiungere 5 ml di RPMI 1640 fresco su ogni piatto e lasciare riposare per 24 ore.
- Raccogliere il terreno condizionato da ciascuna piastra in una provetta da centrifuga da 50 ml e conservare, in totale, 30 ml di terreno sul ghiaccio. Quindi, scartare le celle.
- Filtrare 60 mL di terreno (dai passaggi 2,4-2,5) attraverso un filtro da 0,45 μm per rimuovere le cellule e dividere questa quantità in dodici provette da centrifuga in polipropilene da 5 mL per l'ultracentrifugazione.
- Per concentrare i virus, centrifugarli utilizzando un rotore a secchiello oscillante a 85.327 x g per 1,5 ore a 4 °C.
- Rimuovere immediatamente il mezzo. Per risolvere il pellet virale concentrato, posizionare 250 μl di Nutrient Ham's Mixture F-12 (F12)/DMEM medium senza FCS in ciascuna delle dodici provette e mantenerlo a 4 °C per una notte. Si noti che il pellet virale è spesso invisibile.
- Pipettare delicatamente il terreno per raccogliere 3 mL del 19 °C concentrato 5x GFP lentivirus, in totale, presumibilmente includendo particelle lentivirali GFP con 108 unità di trasduzione per mL (TU/mL). Quindi, conservare le dodici microprovette da 1,5 mL (di cui 250 μL per provetta) in condizioni sterili a -80 °C per un massimo di un anno. Preparare molte piccole aliquote della soluzione originale per evitare più cicli di congelamento-scongelamento.
3. Marcatura di cellule organoidi CRC con particelle lentivirali GFP coltivate su matrice extracellulare artificiale
Le procedure sperimentali per l'etichettatura delle cellule organoidi CRC con lentivirus GFP sono descritte nella Figura 1C (passaggio 6).
- Lasciare crescere gli organoidi CRC preparati nella fase 1.6 senza interferenze per 7-10 giorni, raccoglierli meccanicamente utilizzando un raschietto cellulare sterile e trasferirli in una microprovetta da 1,5 mL.
nota: La crescita degli organoidi di CRC in coltura dipende dalla natura dei tumori originali dei pazienti. Evitare la crescita eccessiva degli organoidi CRC mantenendoli al 60-70% di confluenza prima del trasferimento con un rapporto di divisione 1:2 su una nuova piastra a 12 pozzetti rivestita di matrice extracellulare artificiale.
- Centrifugare la microprovetta per 3 minuti a 1.400 x g, rimuovere il terreno di coltura e sciogliere il pellet cellulare in 500 μl di PBS picchiettando delicatamente.
- Centrifugare la microprovetta per 3 minuti a 1.400 x g ed eliminare la PBS.
- Per dissociare gli organoidi CRC aderenti, aggiungere 500 μl di una soluzione di distacco cellulare di enzimi proteolitici e collagenolitici al pellet cellulare nella provetta e mescolarlo picchiettando delicatamente. Quindi, lasciare riposare i tubi per 10 minuti a temperatura ambiente.
- Pipettare molto delicatamente la sospensione cellulare con altri 500 μL di FCS-DMEM all'1% più volte in una microprovetta da 1,5 mL per dissociare approssimativamente le cellule. La generazione di singole cellule dagli organoidi CRC mediante pipettaggio aggressivo riduce notevolmente la vitalità cellulare. Pertanto, è essenziale lasciare la massa di cellule visivamente rilevabile nella sospensione cellulare pipettandola delicatamente in una microprovetta da 1,5 mL.
- Centrifugare la sospensione cellulare per 3 minuti a 1.400 x g e rimuovere il surnatante.
- Risolvere il pellet cellulare con una miscela di 100 μL di 5x GFP lentivirus stock (>108 TU/mL) e 400 μL di terreno di coltura di organoidi CRC in una microprovetta da 1,5 mL picchiettando delicatamente per regolare a una concentrazione di 5 x 105 cellule tumorali dissociate per 500 μL. Utilizzare un emocitometro per contare il numero di cellule tumorali, comprese singole cellule e gruppi di cellule nella sospensione cellulare, come descritto sopra (passaggio 1.3).
- Preparare una piastra a 12 pozzetti rivestita di matrice extracellulare artificiale, come descritto al punto 1.2. Quindi, porre sulla piastra 500 μl della sospensione cellulare preparata al punto 3.7 e lasciarla per 18 ore a 37 °C sotto il 5% di CO2.
- Raccogliere il terreno con le cellule galleggianti staccate dalla piastra rivestita di matrice extracellulare artificiale in una provetta da centrifugazione da 1,5 mL. Centrifugarlo a 1.400 x g e quindi rimuovere il surnatante e risospendere il pellet in 70 μL di matrice extracellulare artificiale su ghiaccio.
- Per aumentare la vitalità delle cellule CRC, sovrapporre la matrice extracellulare artificiale contenente la cellula tumorale agli organoidi tumorali attaccati alla piastra a 12 pozzetti rivestita di matrice extracellulare artificiale, come descritto al punto 1.5. Successivamente, incubare la piastra per 30 minuti in un incubatore a 37 °C, CO2 al 5% per solidificare il rivestimento della matrice extracellulare artificiale e quindi coltivarla con 1 mL di terreno di coltura per organoidi CRC con FCS all'1% a 37 °C sotto il 5% di CO2.
- Osservare le cellule tre giorni dopo l'infezione al microscopio a fluorescenza per confermare quasi il 100% di positività alla GFP grazie all'uso di un alto titolo di particelle lentivirali (vedi Figura 2A).
- Coltivare gli organoidi CRC per 7-10 giorni per espandere la crescita cellulare prima dell'iniezione nei topi riceventi.